Les phlébotomes sont des insectes hématophages appartenant à la famille des Psychodidae et à la sous-famille des Phlebotominae. Cet insecte diptère, jaunâtre, relativement petit (2 à 3 mm) compte environ 800 espèces. 70 de ces espèces ont été identifiées comme vecteurs potentiels dont une quarantaine sont des vecteurs prouvés. Ils peuvent transmettre différents pathogènes dont les principaux sont les leishmanies et les phlébovirus. Ce travail de thèse est focalisé sur les phlébotomes vecteurs de la leishmaniose. Les leishmanioses sont des maladies parasitaires causées par un protozoaire du genre Leishmania. Elles touchent un large panel d’hôtes vertébrés, dont l’homme et le chien. Elles sont toujours un problème de santé publique majeur dans de nombreux pays et sont actuellement en expansion. Bien que cette maladie soit largement étudiée, nous avons encore beaucoup apprendre sur son vecteur : le phlébotome. Par exemple, l’organisation des populations dans les écosystèmes et les paramètres qui les structurent, sont à l’heure actuelle très peu étudiés. Il est pourtant primordial de bien connaitre la biologie des différents acteurs d’un cycle parasitaire pour mieux comprendre la transmission du pathogène, évaluer les risques et enfin être capable de lutter efficacement contre la maladie. Dans ce contexte, le but de cette thèse est d’étudier l’écologie et la structure des populations de phlébotomes dans un foyer connu de leishmaniose et l’impact des facteurs biotiques et abiotiques sur leur organisation. Pour atteindre cet objectif, nous avons réalisé une collecte de phlébotomes le long d’un transect de 14km localisé dans la région de Montpellier, présentant une diversité altitudinale, climatique et environnementale. Les populations de phlébotomes ont été caractérisées d’un point de vue taxonomique, spatio-temporel, génétique (microsatellites), et morphométrique (géométrie morphométrie). Les résultats génétiques, morphométriques et de distribution des espèces ont été ensuite confrontés à des paramètres climatiques (température, humidité) ou environnementaux (altitude, versant, station, microhabitat).Durant ce travail, 4 espèces ont été capturées : Phlebotomus ariasi (93,23%), P. perniciosus (0,48%), P. mascittii (0,11%) et S. minuta (6,18%). Elles ont une activité saisonnière de Mai à Octobre avec un pic d’abondance en Juillet-Août quand les températures moyennes sont optimales pour les phlébotomes (20-30°C). Bien que l'environnement ait été considérablement transformé dans notre zone d'étude en 30 ans, l'abondance des phlébotomes ne semble pas avoir changé de façon significative, soulignant leur capacité d'adaptation aux modifications de l'écosystème à court et long terme. La présence et l’abondance des deux espèces prédominantes (P. ariasi et S. minuta) sont significativement influencées par l’altitude, la température, l’humidité relative, le versant ainsi que l’orientation des murs. Les analyses génétiques montrent que la diversité est conservée à toutes les échelles d’études et qu’il existe une structuration des phlébotomes en micropopulations. Les données de géométrie morphométrie révèlent un dimorphisme sexuel bien connu chez les insectes mais également une structuration phénotypique en fonction des facteurs environnementaux ou temporels (mois, versant, altitude et station). Ces deux types d’approches permettent grâce à leur complémentarité d’apporter des informations sur l’écologie et l’organisation des populations de phlébotomes et de discuter des conséquences sur la transmission de la leishmaniose. / Sandflies are hematophagous insects belonging to the family Psychodidae and the subfamily phlebotominae. This diptera, yellowish, relatively small (2-3 mm) has about 800 species. 70 of these species have been identified as potential vectors of which forty are proven ones. They can transmit different pathogens; the main ones are Leishmania and phlebovirus.This thesis focused on sandflies, vectors of leishmaniasis. Leishmaniases are parasitic diseases caused by protozoa of the genus Leishmania. They affect a wide range of vertebrate hosts, including humans and dogs. They are still a major problem of public health in many countries and are currently in expansion. Although this disease is widely studied, we still have a lot to learn about its vector: the sandfly. For example, the organization of populations in ecosystems and the parameters which structure them are very little studied up to now. It is therefore essential to know the biology of the different actors of a parasite cycle to better understand the transmission of pathogens, to assess risks of transmission, and finally to be able to effectively fight against the disease.In this context, the aim of this thesis is to study the ecology and the structuring of sandfly populations in a known endemic area of leishmaniasis and the impact of biotic and abiotic factors on their organization. To reach this objective, we performed captures of sandflies along a 14km transect located in the Montpellier region which presents an altitudinal, climate and environmental diversity. Sandfly populations have been characterized by taxonomic, spatio-temporal, genetic (microsatellites) and morphometric (geometry morphometry) approaches. The genetic, morphometric and species distribution results were then confronted with climatic (temperature, relative humidity) or environmental parameters (altitude, slope, station, microhabitat).During this work, four species were captured: Phlebotomus ariasi (93.23%), P. perniciosus (0.48%), P. mascittii (0.11%) and S. minuta (6.18%). They have a seasonal activity from May to October with an abundance peak in July-August when average temperatures are optimal for sandflies (20-30°C). Although the environment has been considerably transformed in our study area in 30 years, the abundance of sandflies does not seem to have changed significantly, highlighting their ability to adapt to ecosystem modifications in short and long-term. The presence and abundance of the two predominant species (P. ariasi and S. minuta) are significantly influenced by altitude, temperature, relative humidity, slope and wall orientation.The genetic analyses show that diversity is maintained at all scales of study and that sandflies are organized in micropopulations. The morphometric geometry data reveal a sexual dimorphism, well known in insects but also a phenotypic structuring correlated to environmental or temporal factors (month, slope, altitude and station).Both of these approaches, because of their complementarity, help provide information on the ecology and organization of sandfly populations and to discuss about the consequences in terms of leishmaniasis transmission.

Les fluctuations climatiques Quaternaires (<2.5 Ma) offrent un contexte approprié à l'étude de l'impact du changement climatique actuel sur la biodiversité. La dernière glaciation, dont le maximum glaciaire s'est terminé il y a environ 19 000 ans, a ainsi largement participé à la distribution des espèces actuelles. Les derniers milliers d'années constituent donc une période propice à l'étude de la mise en place et du maintien de la biodiversité.L'objectif de ma thèse a été de mieux comprendre comment une espèce de rongeur forestier apparue il y a environ 2 Ma, le campagnol roussâtre (Myodes glareolus), a répondu à ces cycles du Quaternaire. Mon étude s'est basée sur une approche morphométrique de plusieurs caractères impliqués dans la mastication (mandibule et molaires), visant à quantifier la différenciation de forme associée à l'influence de différents facteurs.Des résultats contrastés ont été obtenus selon le caractère considéré, la mandibule montrant une importante variabilité liée aux variations de la structure d'âge des populations. Au contraire, les molaires ont pu être utilisées comme marqueur de la structuration biogéographique du campagnol roussâtre.L'étude dans l'actuel des variations de taille et de forme des molaires et mandibules du campagnol roussâtre Myodes glareolus a nécessité l'intégration de thématiques variées touchant au patrimoine génétique des organismes, à leur développement, aux traits d'histoire de vie, à l'environnement, etc. Ceci a permis de mieux appréhender la complexité des processus conduisant à la grande diversité des patrons de forme observés chez le campagnol roussâtre.

Dans la 1°partie sont étudiés les affleurements . Un historique sur l'origine des termes flysch et molasse est fait. La 2° partie aborde les résultats des méthodes utiliséees sur le terrain : stratonomie; figures sédimentaires; litage etc .. Les résultats obtenus en laboratoires sont étudiés en 3° partie. La 4° partie s'interesse aux caractères génétiques des deux faciés. En 5° partie : un essai de conclusion

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Les processus d’hybridation et d’introgression occupent une place importante dans l’étude du mécanisme de spéciation, car ils permettent d’analyser les conséquences évolutives des échanges génétiques entre espèces partiellement isolées. Ici, nous nous sommes intéressés à la zone d’hybridation entre les soles S. senegalensis et S. aegyptiaca au niveau des côtes nord-tunisiennes, pour comprendre l’origine de leur diversification. Nous avons premièrement caractérisé les conséquences phénotypiques de l’hybridation sur la variabilité morphologique. Nos résultats montrent que si l’introgression provoque la convergence de certains caractères morphologiques, elle est en revanche à l’origine de transgressions et de distorsions morphologiques sur d’autres traits, pouvant refléter une condition plus faible des génotypes recombinants. Les phénomènes d’incompatibilité génétique associés à une éventuelle contre-sélection des hybrides sont supposés créer une perméabilité différentielle du génome face au flux génique entre espèces. Pour étudier cette semi-perméabilité à l’échelle du génome, nous avons établi un jeu de données de polymorphisme par la méthode RAD-seq. Ceci nous a permis de génotyper 200 individus pour 10 756 marqueurs SNP, qui nous ont permis de caractériser les flux géniques entre ces deux espèces à travers trois approches complémentaires. La première est basée sur une reconstitution démographique de l’histoire des échanges génétiques qui intègre les effets de la semi-perméabilité des génomes. La seconde approche se focalise sur l’évolution spatiale des fréquences alléliques à travers la zone d’hybridation. La dernière méthode, dite des clines génomiques, compare le comportement de chaque locus au patron d’introgression moyen attendu sous l’hypothèse de neutralité. Nos résultats indiquent que S. senegalensis et S. aegyptiaca ont subi une divergence ancienne en allopatrie suivie d’un contact secondaire récent. Seule une faible proportion du génome parvient à introgresser de manière asymétrique dans la zone hybride qui en résulte, selon une grande diversité de patrons d’introgression dont nous discutons les origines possibles. / Hybridisation and introgression processes have an important place in the study of speciation as they allow to analyse the evolutionary consequences of genetic exchanges between partially isolated species. Here we are interested in the hybrid zone resulting from the contact between the soles S. aegyptiaca and S. senegalensis along the North Tunisian coast. First, we studied the consequences of hybridisation on phenotypic variation. This allowed us to evidence that phenotypic convergence in hybrids was accompanied by phenotypic transgression and morphological distortions for certain traits that seem to reflect a reduced condition of hybrids. Possible genetic incompatibilities between species should be responsible for the differential permeability of the genome to gene flow, thereby creating a semi-permeable barrier. To study this barrier at the genome scale, we have produced a polymorphism dataset using the RAD-seq method. This allowed us to genotype 200 individuals at 10,756 SNP markers and to characterise genomic patterns of gene flow between the two species through three complementary approaches. The first is based on a reconstruction of the demographic history of the genetic and exchanges that incorporates the effects of the semi-permeability to gene flow. The second approach focuses on the spatial evolution of allele frequencies across the hybrid zone. The last method, called genomic clines, compares the behaviour of each locus to the average introgression pattern expected under the hypothesis of neutrality. Our results indicate that S. aegyptiaca and S. senegalensis underwent ancient divergence in allopatry followed by a recent secondary contact. Only a small proportion of the genome can asymmetrically introgress across the hybrid zone, resulting in a variety of introgression patterns of which we discuss the possible origins.

Le premier objectif de ce travail de thèse était de développer la méthodologie d’étude des postures basée sur la morphométrie géométrique. Cela nécessitait un perfectionnement de la méthodologie déjà existante sur la ligne du dos du cheval afin d’obtenir une méthode précise, quantifiable, objective et reproductible, permettant de discriminer des populations. Pour cela, plusieurs améliorations méthodologiques (ajout de marqueurs pour dessiner le contour de laligne du dos du cheval, analyse de contour, annulation de la rotation de l’encolure) ont été testées sur un important jeu de données et finalement retenues. Cette méthodologie retenue a ensuite été utilisée afin de valider sa pertinence, et de rechercher des postures associées à des états de mal-être et à des conditions de travail différentes. Nos résultats ont tout d’abord mis en évidence l’existence d’une posture atypique, dans l’ensemble plate, voire creuse, associée à des marqueurs de mal-être parmi les chevaux de centre équestre. D’une part des chevaux issus de différentes disciplines équestres, et d’autre part des individus entrainés pour les courses de galop par plusieurs entraineurs, aux pratiques distinctes, ont permis d’observer un effet du type de travail sur la ligne du dessus notamment sur la forme de la croupe, del’encolure et du garrot. La méthodologie ainsi validée, il était possible de proposer un protocole de mesure de la posture par morphométrie géométrique chez l’humain, pour une application à l’étude de la communication non verbale, à la constitution d’un répertoire de postures « normales », ou encore pour le diagnostic de pathologies physiques (e.g. contextesportif) ou psychologiques. / The first goal of this thesis work was to develop the study methodology of the posture based on geometric morphometrics. This required an upgrading of the already existing methodology using the upper line of the horse in order to obtain a precise, quantifiable, unbiased and reproducible method which allows to discriminate populations. To achieve this, manymethodological improvements (addition of markers for the modelling of the contour of horse upper line, contour analyses, cancellation of the neck rotation) has been tested on a very large dataset and retained. Then this adopted methodology has been used to validate its relevance, and searching for postures associated with poor welfare and different working conditions. Our results has first brought to light the existence of an atypical posture, globally flat, even hollow, related to poor welfare indicators among the population of riding school horses. On one side horses from different equestrian disciplines, and on the other side individuals trained for horseracing by several trainers with distinct practices, has allowed to observe an impact of the type of work on the upper line, notably on the shape of the croup, neck and withers. This methodology thereby validated, it was possible to propose a protocol for the measure of the posture through geometric morphometrics on humans, for an application in the non-verbal communication research, the creation of a repertoire of « normal » postures, or for the diagnosis of psychological or physical pathologies (e.g. in the sport context).

Les variations de forme affectant le mentum et les ailes de Chironomus riparius (Insecte, Diptère), en réponse à un stress toxique, ont été analysées par morphométrie traditionnelle et par morphométrie géométrique. Afin de comprendre les causes et les mécanismes impliqués dans la genèse de ces variations phénotypiques, nous avons étudié : (1) la relation entre stress chimique, réponse cellulaire et variations de forme, (2) l'importance des variations de forme selon que le stress soit simple ou multiple, (3) l'évolution des variations de forme après la métamorphose des organismes ainsi que leur transmission à la génération suivante. Pour ce faire, nous avons exposé des larves de Chironomus riparius pendant l'intégralité de leur cycle larvaire, à du plomb (entre 3 et 500 mg/kg de MS), à du 4-nonylphénol (entre 0 et 200 mg/kg de MS), ainsi qu'à deux sédiments multi-contaminés provenant du milieu naturel : l'un caractérisé par une faible pollution d'origine urbaine, l'autre par une forte pollution d'origine urbaine et industrielle. Nous avons mesuré les effets du plomb sur la biochimie des organismes (réserves énergétiques, concentration en métallothionéines et dommages cellulaires). En outre, pour tous les essais, nous avons évalué les variations morphologiques (phénodéviations, asymétrie fluctuante et changement de la forme moyenne) affectant une pièce buccale du chironome : le mentum. Nous les avons également quantifiées, pour les essais portant sur les matrices provenant du milieu naturel, sur les ailes des adultes ainsi que sur le mentum des larves appartenant à la génération suivante. Enfin, dans la station dans laquelle le sédiment faiblement contaminé a été échantillonné, les variations phénotypiques affectant le mentum de la population en place, appartenant au genre Chironomus, ont été mesurées. Si le plomb affecte la biochimie de la larve de chironome, son action est, en revanche, peu visible au niveau de la forme du mentum. De même, nous n'observons que peu de variations morphologiques de cette pièce buccale après une exposition au 4-nonylphénol. Au contraire, nous notons une augmentation des phénodéviations du mentum chez les larves ayant crû dans le sédiment faiblement contaminé provenant du milieu naturel, ce qui suggère un effet toxique de cette matrice. Dans le sédiment fortement pollué, les faibles niveaux de phénodéviations et d'asymétrie fluctuante observés pourraient être expliqués par la sélection au cours du développement larvaire des individus présentant les phénotypes les plus stables. Cette hypothèse expliquerait, en outre, la ré-augmentation des instabilités de développement que nous observons chez la génération suivante placée dans un sédiment témoin. Aucune augmentation du niveau d'asymétrie fluctuante n'est détectée sur les ailes des adultes provenant de larves exposées. Enfin, nous remarquons que le niveau d'anomalies du mentum relevé dans le milieu naturel est similaire à celui observé sur la souche de laboratoire exposée au sédiment provenant de cette station. Les résultats obtenus mettent en évidence la faible réponse des biomarqueurs de forme étudiés en présence d'une pression toxique, qu'elle soit unique ou multiple. Ils soulignent, en outre, l'importance de la génétique de la population dans la réponse morphologique observée. Ces résultats suggèrent un intérêt limité de ces marqueurs ontogéniques pour révéler un stress chimique chez Chironomus riparius / Using traditional and geometric morphometrics, we analysed morphological variations of the mentum and the wings in Chironomus riparius (Insecta, Diptera) exposed to toxic stress. To understand both the causes and mechanisms involved in phenotypic changes, we studied: (1) the relationship between toxic stress, cellular response and shape variations, (2) the pattern of shape variations according to the type of stress: single vs toxic mixture, (3) the evolution of shape variations after metamorphosis and the transmission of the morphological defects to the next generation. To achieve this, Chironomus riparius larvae were exposed during their entire larval life cycle, first to sediment spiked with lead (from 3 to 500 mg/kg dry weight) or 4-NP (from 0 to 200 mg/kg dry weight), second to two sediments sampled in the wild. The first of the latter was characterized by light urban pollution and the other by heavy urban and industrial pollution. We measured the effects of lead on three biochemical markers (energy reserve content, concentrations of metallothionein and cellular damages). Furthermore, for all the bioassays, we assessed shape variations (phenodeviations, fluctuating asymmetry and mean shape changes) of the mentum, a mouthpart structure of the chironomid larvae. For both the sediments sampled in the wild, we also assessed the shape changes of imago wings and the shape changes of the mentum affecting the next generation. At the station where the sediment was characterized by light urban pollution, we also measured morphological variations of the mentum in the Chironomid population belonging to the genus Chironomus. Despite the adverse effects of lead observed at the biochemical level, only slight effects were observed in the mentum shape. Similarly, 4-NP exposure did not induce strong phenotypic defects. On the contrary, mentum deformities increased in Chironomid larvae exposed to slightly contaminated sediment sampled in the wild. This might have been due to the exposure to the toxic mixture. In the heavily contaminated sediment, the low levels of both deformities and fluctuating asymmetry observed might have been the result of selection acting during early developmental stages. This hypothesis could thus explain the increase of developmental instability observed in the next generation placed in a control sediment. In the imago from exposed larvae, no increases in fluctuating wing asymmetry were detected. We observed that the level of morphological variations observed in natural population was similar to that detected in the laboratory in our stock culture reared in the sediment from this station. These results underlined the weak response of the shape biomarkers studied to toxic stress, whether related to multiple toxic exposure or not. Moreover, they highlighted the importance of genetics in shape changes. Consequently, the use of these ontogenic biomarkers as indicators of toxic stress in Chironomus riparius seems to be of limited interest

Les canaux semi-circulaires présentent un grand intérêt dans l'évolution. Des travaux récents ont montré que pour certains caractères, le génome humain est plus étroitement lié à celui du bonobo ou du chimpanzé que ces derniers entre eux. Dans ce contexte, il est important de comprendre le degré auquel les différences morphologiques et structurales entre ces trois espèces, reflètent les connaissances phylogéniques actuelles. Cette étude vise à comparer la variabilité anatomique des canaux semi-circulaires à partir de 260 examens tomodensitométriques d'homo sapiens, pan paniscus et pan troglodytes existants. Nous appliquons un modèle mathématique valide avec des examens micro tomodensitométriques et une quantification de l'erreur de mesure. Principalement, nous trouvons que les humains et les bonobos partagent plus de similarités entre eux qu'avec les chimpanzés par rapport a l'orientation tridimensionnelle de leurs canaux semi-circulaires, un résultat qui ne cadre pas avec les connaissances phylogénétiques actuelles. Une première hypothèse consiste en une évolution convergente dans laquelle les bonobos et les humains produisent indépendamment, des phénotypes semblables, peut-être en réponse aux pressions de sélection similaires éventuellement associées à des adaptations posturales. Une deuxième explication possible et plus parcimonieuse, c'est que la morphologie labyrinthique partagée entre le bonobo et l'homme représente la condition ancestrale à partir de laquelle les chimpanzés se sont déviés par la suite. La symétrie remarquable des CSC est le deuxième résultat majeur de cette étude pour ses implications dans la taphonomie. Il a le potentiel pour enquêter sur les fossiles altérés, déduire la probabilité de déformation post-mortem qui peut conduire à des difficultés dans la compréhension de la variation taxonomique, des relations phylogénétiques et de la morphologie fonctionnelle. / For some traits, the human genome is more closely related to either the bonobo or the chimpanzee genome than these are to each other. Therefore, it becomes crucial to understand whether morphological differences between humans, chimpanzees and bonobos reflect the well known phylogeny. Here we investigate intra and extra labyrinthine semicircular canals morphology using 260 computed tomography scans of homo sapiens, pan paniscus and pan troglodytes. We apply a mathematical model validated with micro-computed tomography scans and measurement error quantification. We find striking differences between, on the one hand, humans and bonobos and, on the other hand, chimpanzees concerning the 3D orientation of their semicircular canals. This finding does not fit with the phylogenetic knowledge. The first hypothesis is convergent evolution in which bonobos and humans produce independently similar phenotypes possibly in response to similar selection pressure maybe associated with postural adaptations. A second possible and more parsimonious explanation is that the bonobo-human labyrinthine shared morphology represents the ancestral condition with chimpanzees being subsequently derived. The remarkable symmetry of the SCC is the second major result of this study for its implications in taphonomy. It has the potential to investigate altered fossil, inferring the probability of post-mortem deformation which can lead to difficulties in understanding taxonomic variation, phylogenetic relationships, and functional morphology.

La microporosité représente jusqu'à 95% de la porosité totale des réservoirs à hydrocarbures et des aquifères dans les calcaires crétacés du Moyen-Orient. Dans ces sédiments microporeux, la porosité est modérée à excellente (jusqu'à 35%), tandis que la perméabilité est faible à modérée (jusqu'à 190mD). A l'inverse, mes faciès microporeux peuvent former des niveaux denses, avec de très faibles porosité et perméabilité (respectivement 2–8% et 0,01–2mD). Dans ce travail, les échantillons proviennent essentiellement de la Formation Mishrif (Cénomanien), mais aussi de la Formation Habshan (Berriasien/Valanginien), afin d'examiner les grandes différences verticales et latérales des propriétés pétrophysiques. Le MEB a été utilisé pour étudier deux contrôles potentiels des qualités réservoir : (1) la morphologie des particules micritiques (forme et contacts intercristallins), et (2) la cristallométrie des micrites, définie comme la taille médiane des particules mesurées sur les clichés MEB. Les données morphométriques ont été comparées avec trois paramètres pétrophysiques (porosité, perméabilité, distribution des rayons de seuil de pore). Les résultats montrent que les matrices micritiques peuvent être subdivisées en trois classes pétrophysiques. La Classe C (micrites strictement microporeuses avec des cristaux grossiers ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents) est composée de particules grossières (>2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (8-28%), des perméabilités faibles à modérées (0,2-190mD), et des rayons de seuils de pores (PTR) moyens supérieurs à 0,5µm. Cette Classe C est généralement observée dans les shoals bioclastiques riches en rudistes, où de nombreux facteurs sédimentaires (hydrodynamisme…) peuvent défavoriser le dépôt des particules les plus fines. L'étude diagénétique montre que ces micrites grossières peuvent aussi être expliquées par une dissolution précoce des fines particules d'aragonite et de HMC dans des fluides météoriques oxydants, permettant la formation in-situ de surcroissances sur les particules de LMC au sommet de la nappe phréatique météorique. Ces processus induisent une augmentation de la taille des particules micritiques, une lithification précoce de la boue carbonatée, et donc une stabilisation minéralogique précoce des micrites grossières de la Classe C. La Classe F (micrites strictement microporeuses avec des cristaux fins ayant des contacts punctiques à partiellement coalescents, est composée de particules fines (<2µm), polyhédrales à arrondies. Elle présente des porosités bonnes à excellentes (3-35%), mais des valeurs de perméabilité souvent inférieures à 10mD, et des PTR inférieurs à 0,5µm. Cette Classe F est souvent observée dans les sédiments déposés en domaine de plate-forme interne boueuse. La formation de ces micrites fines est aussi expliquée par une stabilisation minéralogique précoce des particules micritiques dans des eaux météoriques confinées, favorisant les processus de néomorphisme, pouvant continuer au cours de l'enfouissement. Plus tard, au cours de l'enfouissement de la série, les qualités réservoirs des Classes C et F sont localement améliorées par de la dissolution mésogénétique (probablement liée à des acides organiques) affectant la matrice micritique durant la mise en charge des réservoirs. La Classe D est formée par des matrices micritiques denses, composées de cristaux anhédraux ou subhédraux avec des contacts fusionnés. Elle présente de très faibles données de porosité et de perméabilité. Ces micrites sont uniquement observées dans les niveaux de plate-forme interne et forment des intervalles inter-réservoirs, généralement en association avec des stylolites et un contenu argileux important, pouvant dépasser 10%. Quelque soit leur mode de formation, ces trois classes peuvent être incorporées dans les futures études de rock-typing portant sur les réservoirs carbonatés microporeux du Moyen-Orient / Microporosity may account for as much as 95% of the total porosity of hydrocarbon and water reservoirs in Cretaceous limestones of the Arabian Gulf. In these microporous facies porosity is moderate to excellent (up to 35%) while permeability is poor to moderate (up to 190mD). Conversely, microporous facies may form dense inter-reservoir or cap rock layers with very low porosity and permeability values (2–8% and 0.01–2mD, respectively). For this study, samples were mainly collected from the Cenomanian Mishrif Formation, but also from the Berriasian-Valanginian Habshan Formation, so as to examine the wide vertical and lateral discrepancies in their petrophysical parameters. Scanning Electron Microscopy was used to investigate two potential controls of reservoir properties: (1) micrite particle morphology (shape and inter-crystal contacts); and (2) micrite crystallometry, defined as the median size of micrite particles measured on SEM photomicrographs. The morphometric data are compared with three petrophysical parameters (porosity, permeability and pore threshold radius distribution). Results reveal that micrite matrixes can be subdivided into three petrophysical classes each with its own distinctive crystallometry, morphology and reservoir properties. Class C (strictly microporous limestones with coarse punctic-to-partially coalescent micrites) is made up of coarse (>2µm) polyhedral to rounded micritic crystals, it has good to excellent porosity (8–28%), poor to moderate permeability (0.2–190mD) and a mean pore threshold radius of more than 0.5µm. The class C is usually observed in rudist-rich bioclastic shoal facies where several sedimentary factors (hydrodynamism, bioproduction …) would disfavour deposition of the finer micritic crystals. Diagenetic study shows that the development of coarse micrites (Class C) must also be explained by the early dissolution of fine aragonite and high magnesium calcite particles in oxygenated meteoric fluids leading to a simultaneous in-situ overgrowth on LMC particles at the top of the meteoric phreatic lens. These processes induce an increase of the crystallometry of micritic particles, an early lithification of the carbonate mud, and so the mineralogical stabilization of coarse Class C micrites. Class F (strictly microporous limestones with fine punctic-to-partially coalescent micrites) is composed of fine (<2µm) polyhedral to rounded micrites with poor to excellent porosity (3–35%), but permeability values of less than 10mD and a mean pore threshold radius of less than 0.5µm. It is mostly observed in sediments deposited in a low energy muddy inner platform setting. The formation of fine micrites (Class F) is also explained by an early mineralogical stabilization of micritic particles in confined meteoric waters, favoring neomorphism processes, which may proceeds during burial. Later, during burial, reservoir properties of classes C and D strictly microporous samples where locally enhanced by mesogenetic dissolution (probably due to organic acids) affecting the microporous matrix during the oil emplacement. Class D (strictly microporous mud-dominated facies with compact anhedral to fused dense micrites) comprises subhedral to anhedral crystals with sutured to fused contacts forming a dense matrix. It has very low porosity and permeability. Class D is only found in low energy muddy inner platform facies and forms inter-reservoir or caps rock layers usually in association with stylolites and clay contents that exceed 10%. Regardless of how they formed, though, the three classes can be usefully incorporated into future rock-typing of the microporous carbonate reservoirs of the Middle East