Une augmentation des dépérissements forestiers a été observée ces dernières décennies et les mécanismes écophysiologiques sous-jacents à un phénomène de mortalité sont aujourd’hui mal connus. La multiplicité des études a permis de dégager plusieurs hypothèses sur les mécanismes fonctionnels mis à l’œuvre lors d’un événement de dépérissement menant à la mortalité dont deux se dégagent : un dysfonctionnement du système hydraulique ou un épuisement des réserves carbonées. Néanmoins, ces hypothèses se sont révélées être non exclusives, ni exhaustives. D’autres hypothèses ont alors été proposées, notamment la contribution d’un dysfonctionnement azoté. De nombreuses observations font état d’un risque potentiel sur l’état écologique du hêtre face à ces changements climatiques globaux par notamment une baisse de la disponibilité en azote du sol et une augmentation des événements de sécheresse. Le travail au sein de cette thèse a donc cherché à évaluer la contribution des métabolismes azoté et carboné aux dysfonctionnements observés lors d’un épisode de dépérissement menant à une mortalité. Durant les 3 ans du projet, nous avons étudié comment le métabolisme azoté et carboné pouvaient être impactés par des défoliations annuelles successives ou une sécheresse longue et intense. Notre étude a permis de montrer que face à une contrainte hydrique sévère ou une défoliation, le cycle azoté interne à l’arbre est conservé avec une forte allocation de l’azote vers le compartiment foliaire au printemps et un recyclage efficace vers les organes pérennes à l’automne. Nous avons pu estimer que cet azote recyclé à l’automne contribue fortement à la mise en place du nouveau compartiment foliaire au printemps suivant et ce, même face à des contraintes importantes. Nous avons pu également mettre en évidence que la quantité de réserves carbonées est maintenue face à une défoliation et, au moins dans un premier temps, face à une sécheresse. Néanmoins, la demande proportionnelle pour des besoins osmotiques a mené à des changements de la composition des sucres de jeunes branches et, face à une sécheresse longue et intense, à une baisse de la quantité de réserves carbonées jusqu’à la mort de l’arbre où les réserves carbonées sont fortement diminuées mais pas totalement épuisées. Finalement, le taux de mortalité dans notre expérimentation fut très faible indiquant la résistance du hêtre lorrain à des contraintes extrêmes. Nos résultats soulignent le caractère de résistance du hêtre face à une contrainte via des ajustements des métabolismes internes mais cette résistance pourrait être perdue si la contrainte est plus longue et plus récurrente. Ces éléments peuvent questionner sur le possible maintien du hêtre face aux changements climatiques / An increase in forest dieback has been observed in recent decades and the question of how trees will react to these brutal changes is raised by the scientific community but not yet resolved. The multiplicity of studies made it possible to draw several hypotheses on the functional mechanisms put into action during a death event leading to mortality, two of which emerge: a dysfunction of the hydraulic system or a depletion of carbon reserves. Nevertheless, these assumptions turned out to be neither exclusive nor exhaustive. Other hypotheses were then proposed in addition to existing ones, in particular the contribution of nitrogen metabolism during a mortality event. Numerous observations point to a potential risk to the ecological status of beech in the face of these global climate changes, in particular a decrease in the availability of soil nitrogen and an increase in drought events. The work in this thesis has therefore sought to evaluate the contribution of nitrogen and carbon metabolisms to dysfunctions observed during an episode of dieback leading to mortality. During the 3 years of the project, we studied how the nitrogen and carbon metabolism could be impacted by successive annual defoliation or a long and intense drought. Our study has shown the internal tree nitrogen cycle is conserved with a strong allocation of nitrogen to the leaf compartment in the spring, its conservation in the foliage during the growing season and an efficient recycling of the leaf nitrogen to the perennial organs during nitrogen winter remobilization. We have been able to estimate that this recycled nitrogen in the fall contributes significantly to the setting up of the new leaf compartment the following spring, even in the face of significant constraints. We have also been able to show that the quantity of carbon reserves is maintained in the face of defoliation and, at least initially, in the face of drought. Nevertheless, the proportional demand for osmotic requirements in the face of a long and intense drought has led to a decrease in the amount of carbon reserves. When the tree dies, the carbon reserves are greatly reduced, but not until exhaustion, contrary to the theory. Finally, the mortality rate in our experiment was quite low indicating the resistance of the Lorraine beech to extreme constraints such as successive defoliation or a long and intense drought. Our results emphasize the resistance character of the beech against a constraint via internal metabolism adjustments but this resistance could be lost if the stress is longer and more recurrent. These elements can question the possible maintenance of beech in the face of climate change

Les femmes représentent un tiers des personnes vivant avec le VIH en France. Les trois parties de cette thèse visent à explorer les principaux aspects cliniques de la maladie (causes de décès, morbidité grave) ou de la vie des femmes (ménopause) afin d’identifier des recommandations spécifiques pour la prise en charge des femmes dans un contexte d’accès aux soins similaire à celui des hommes.Les causes de décès des femmes infectées par le VIH ont été décrites grâce à l’enquête nationale ANRS EN19, Mortalité 2005. Les femmes décédaient plus fréquemment que les hommes de causes liées au sida (43% vs. 34% chez les hommes). Elles décédaient moins souvent de causes hépatiques (13 % vs. 16%), de cancers non sida-non hépatiques (14% vs. 17%) et de maladies cardiovasculaires (6% vs. 9%). La morbidité grave des patients infectés par le VIH a été étudiée au sein de la Cohorte ANRS CO3-Aquitaine, entre 2000 et 2008. Le taux d’incidence annuelle d’hospitalisation a diminué de moitié entre 2000 et 2008 (146 à 69 pour 1000 PA). Globalement, ce taux ne différait pas entre les femmes et les hommes. Les causes les plus fréquentes de morbidité grave conduisant à une hospitalisation étaient : les infections bactériennes, les événements sida, psychiatriques, hépatiques, hématologiques, infections virales, événements digestifs, infections parasitaires et les événements cardiovasculaires. Toutes ces causes ont eu une baisse de leur incidence annuelle entre 2000 et 2008 chez les hommes et les femmes, exceptés les événements hématologiques (de 2,5 à 15,1 pour 1000 PA), hépatiques (2,5 à11,5) et cardiovasculaires (6,3 à 14,2) qui ont augmenté chez les femmes. L’âge de survenue de la ménopause étudié grâce à une enquête menée au sein de la Cohorte ANRS CO3-Aquitaine était de 49 ans en médiane et 12% des femmes ont eu une ménopause précoce, survenant avant l’âge de 40 ans. L’origine africaine (RR : 8,2) et l’antécédent de toxicomanie IV (RR : 2,5) étaient liés à la survenue plus précoce de la ménopause. En conclusion, les femmes infectées par le VIH en France décèdent plus souvent de sida, mais présentent une morbidité grave caractérisée par une prédominance de complications non classant sida. Dans un contexte d’accès aux soins similaires à celui des hommes infectés par le VIH, les femmes ont un profil de maladies associées traduisant à la fois leurs co-morbidités (co-infections par les hépatites) ou l’inflammation chronique du VIH (maladies cardio-vasculaires) qui nécessitent d’être détectées précocement et prises spécifiquement en charge. / Women represent one third of HIV-infected patients in France. The objective of this thesis was to study the clinical features (causes of death and severe morbidity) and the age and determinants of menopause of these patients in a context of equal access to care for all HIV-infected patients.Causes of death of HIV-infected women were identified in 2005, in a nation-wide survey (ANRS EN19, Mortalité 2005). Women died more often than men from AIDS-related causes (43% vs. 34%) and less frequently from hepatic (13% vs. 16%), non-AIDS non-hepatic cancers (14% vs. 17%) and cardiovascular diseases (6% vs. 9%). Severe morbidity was studied within the ANRS CO3-Aquitaine Cohort between 2000 and 2008. Annual incidence rates of hospitalization globally decreased for men and women from 146 per 1000 PY in 2000 to 69 in 2008. The most frequent causes of severe morbidity leading to hospitalization were: bacterial infections, AIDS events, psychiatric, hepatic, hematologic events, viral infections, digestive events, parasitical infections and cardiovascular events. All events had decreased between 2000 and 2008 in men and women excepted for hematologic (2.5 to 15.1 per 1000 PY), hepatic (2.5 to 11.5) and cardiovascular (6.3 à 14.2) events that increased overtime in women. Age at onset and associated factors of menopause were determined within the ANRS CO3-Aquitaine Cohort. Median age at menopause was 49 years and 12% reached menopause before 40 years (premature menopause). African origin (HR: 8.2) and history of injecting drug use (HR: 2.5) were associated with earlier menopause.In conclusion, HIV infected women in France, die more often from AIDS events but present with a predominantly non-AIDS severe morbidity. In a context of similar access to care than men, women’s health care should take into account their co-morbidities (hepatitis co-infections) and the cardiovascular complications of a long term HIV infection.

La plupart des activités humaines, industrielles ou domestiques, requièrent aujourd’hui l’utilisation d’énergie électrique. Les choix faits pour la production de cette électricité ont nécessité le développement de réseaux de transport d’électricité. En raison de sa densité de câbles, ce réseau induit une fragmentation de l’habitat des animaux volants et principalement des oiseaux. Au-delà des électrocutions au niveau des pylônes, cette fragmentation peut causer la mort d’individus par collision avec les câbles (Bevanger, 1998; Jenkins et al., 2010) et également le dérangement des espèces ou des modifications de leur comportement (Deng and Frederick, 2001; Prinsen et al., 2011; Shimada, 2001). Un grand nombre de facteurs influençant les collisions sont aujourd’hui identifiés (Janss, 2000; Martin and Shaw, 2010). Cependant, la quantification de la mortalité par collision reste complexe en raison de l’hétérogénéité des méthodes utilisées et de l’existence de biais à la quantification (Bech et al., 2012; Ponce et al., 2010). Cette thèse se concentre sur une approche méthodologique de l’étude des interactions des oiseaux avec le réseau de lignes électriques haute-tension (HT) et très-haute-tension (THT) en France métropolitaine. Le premier volet de la thèse concerne la localisation et la hiérarchisation de zones à risque d’interaction pour les oiseaux sur l’ensemble du réseau. Dans ce but, des données de configuration des lignes électriques, de présence (atlas) et de déplacement (couloirs de migration) d’espèces d’oiseaux vulnérables aux lignes électriques sont combinées. Le deuxième volet de la thèse consiste à mettre au point des méthodes qui pourraient permettre de quantifier à l’échelle nationale la mortalité des oiseaux par collision avec les lignes électriques HT-THT. La méthodologie proposée se base sur l’estimation des biais à la quantification, réalisée au cours de la thèse, que sont la détection des cadavres d’oiseaux par les observateurs et la persistance des cadavres sous les lignes électriques. Le troisième et dernier volet de la thèse concerne les modifications de comportement des oiseaux en réponse à la fragmentation de l’espace aérien. Afin de caractériser les mouvements des oiseaux à l’approche des lignes électriques, nous avons adapté une méthodologie d’analyse proposée récemment pour étudier les stratégies d’évitement des oiseaux à différentes échelles spatiales. L’objectif de cette analyse est d’identifier les comportements de vol qui pourraient résulter en une collision avec les câbles. Des données de suivis par télémétrie en trois dimensions (données GPS 3D) de Vautour fauve (Gyps fulvus) sont utilisées dans cette étude comportementale. Ce travail de recherche a permis de proposer un cadre méthodologique pour l’étude des interactions entre oiseaux et lignes électriques et de mettre en évidence l’importance des biais de quantification associés à la recherche de cadavres d’oiseaux sous les lignes. Il a établi pour la première fois une hiérarchisation du risque d’interaction des oiseaux avec les lignes électriques sur l’ensemble du réseau de transport d’électricité français. Les facteurs qui influencent l’utilisation de l’espace à proximité des lignes électriques par les vautours fauves dans les Causses ont également été mis en évidence. / Nowadays, most human activities, be they industrial or domestic, involve the use of electricity. Electricity production choices have required the development of electricity transmission networks. The density of this network has fragmented the habitats of flying animals, birds mainly. Further to the electrocution at power poles, this fragmentation can also cause the death of birds colliding with power lines (Bevanger, 1998; Jenkins et al., 2010) and also the disturbance of species or changes in their behaviour (Deng and Frederick, 2001; Prinsen et al., 2011; Shimada, 2001). Many factors have been identified that influence collision (Janss, 2000; Martin and Shaw, 2010). However, bird mortality by collision is difficult to quantify because of the heterogeneity of methods used and also of the existence of quantification biases (Bech et al., 2012; Ponce et al., 2010). This work is centered on a methodological analysis of the interactions between birds and the High-Voltage(HV) and the Very-High-Voltage (VHV) power grid in Metropolitan France. The First Part discusses the localisation and proposes a hierarchy of the risk areas for birds all along the power network. To this purpose we combine data on the configuration of the power network with data on the presence (breeding atlas), and the movements (migration corridors) of bird species that are vulnerable to power lines. In the Second Part, we developed methods for the quantification, at the national level, of bird mortality that result from the collision with HV and VHV power lines. The methodology proposed builds on the estimation achieved during this thesis of the quantification biases through bird carcass detection by observers and the persistence of these carcasses below power lines. The third and last part of this thesis is about bird behaviour change as a response to airspace fragmentation. We characterised the behaviour of birds when they come close to power lines, by adapting a methodology that analyses bird movements. This methodology was recently proposed for the study of bird avoidance at different spatial scales. The aim of our analysis was to identify flight behavior that potentially results in a collision with power lines. Griffon vultures (Gyps fulvus) data collected with three dimensional telemetry (3D GPS data) were used in this behavioural study. This research corpus brings forward a methodological framework for the study of the interaction between birds and power lines and highlights the magnitude of quantification biases associated to the search for bird remains below power lines. For the first time a hierarchy of interactions risks between birds and power lines is established across the entire electricity transmission network in France. Factors that influence Griffon vultures spatial use in the vicinity of power lines in the French Causses were identified.

L'épidémie de SIDA a impliqué, au milieu des années 1980, une accélération de la réorientation des politiques publiques à l'égard des usagers de drogues. Elle a notamment conduit à la mise en place d'un système de soins chargé d'accueillir les toxicomanes. Indirectement, cela a permis de bénéficier de nouvelles sources de données qui ont autorisé une meilleure connaissance du phénomène d'usage de drogues. Néanmoins, les parcours d'usage ne peuvent que rarement être étudiés. Soit les sous-populations sont non représentatives de l'ensemble des usagers de drogues, soit le mode de collecte biaise les indicateurs qui peuvent être obtenus. Nous avons donc d'une part présenté la sélection opérée sur les différentes sous-populations d'usagers de drogues et proposé les méthodes de collecte qui éviteraient de telles sélections. D'autre part, nous avons élaboré, à partir des principes de l'analyse démographique, une estimation des biais induits par l'utilisation d'enquêtes en population générale afin de nous assurer de leur possible utilisation. Il semble que les biais sont assez faibles pour que puissent être réalisées des études qui n'en souffrent pas trop. Ce n'est toutefois que par le renouvellement de ce type d'enquêtes que les mesures pourront être affinées et nous en convaincre avec certitude. Il est toutefois dès à présent certain qu'une amélioration des données collectées est nécessaire pour comprendre la dynamique qui participe au renouvellement des sous-populations d'usagers de drogues. Il est à ce jour évident que plusieurs types d'usage de drogues existent, mais aucune source de données ne permet en France de mesurer la modification d'un type d'usage à un autre.

L'objet de ce travail est l'application de la démarche de l'analyse démographique sur des statistiques provenant de cinq pays francophones d'Afrique centrale (Cameroun, Congo, Gabon, RCA et Tchad) afin de mettre en lumière leurs faiblesses et de proposer des voies d'amélioration de la collecte. L'examen de l'évolution des phénomènes démographiques sur la période 1960-2000, au-delà des tendances observées, permet de constater les contraintes d'une conception de la collecte privilégiant l'approche transversale et empêchant une véritable confrontation avec l'approche longitudinale. De manière générale, les objectifs de la collecte, indépendamment des sources, contiennent les limites de l'utilisation des données en analyse démographique. La poursuite des objectifs de la démographie, en termes de connaissance et d'action, passe par la prise en compte des principes de l'analyse démographique, tout en remédiant à la marginalisation des mouvements migratoires, dans l'observation.

Cette thèse s'attache à décrire et à expliquer les différences entre hommes et femmes en matière de santé, y compris dans leurs variations sociales. Elle envisage la santé comme un prisme de lecture de la construction sociale du masculin et du féminin et des rapports de domination entre hommes et femmes. Elle se concentre sur deux questions. Pourquoi les femmes se déclarent-elles en plus mauvaise santé alors qu'elles vivent en moyenne plus longtemps que les hommes ? Pourquoi les inégalités sociales de santé et de mortalité semblent-elles moins prononcées chez les femmes ? Cette recherche s'appuie sur l'analyse secondaire de données quantitatives, principalement celles de l'INSEE. Par l'étude des expressions genrées du mal-être, elle met en évidence l'origine sociale commune de la mortalité prématurée des hommes (liée à l'alcool, au tabac, au suicide, à la violence) et de la sur-morbidité des femmes (essentiellement manifestée par des troubles psychologiques et somatiques). Par ailleurs, elle montre que la principale explication de la moindre ampleur des inégalités de santé chez les femmes en France tient aux mécanismes genrés de sélection par la santé (changement de travail pour les hommes, inactivité et temps partiel pour les femmes). Sur le plan théorique, cette thèse conduit à réexaminer la notion de domination masculine, en mettant en évidence le " coût " en termes de santé qu'acquittent les femmes qui souhaitent s'en abstraire et la préservation de la santé que permettent, à l'inverse, les opportunités de retrait du marché du travail pour les femmes, et en montrant les composantes paradoxales de l'égalisation des conditions masculine et féminine en matière de santé.

La pneumonie nosocomiale est l'infection la plus fréquente et la plus grave rencontrée en réanimation, notamment chez les patients sous ventilation mécanique invasive. L'objectif de ces travaux de thèse est d'élaborer des outils d'optimisation de la prévention des Pneumonies nosocomiales Acquises sous Ventilation Mécanique (PAVM) en utilisant les informations de la base de donnée OUCOMEREA. Ainsi, un score de PAVM a été construit à partir d'une régression logistique hiérarchique mixte à effet aléatoire permettant de comparer les structures de soin. Le modèle de régression logistique présentant quelques insuffisances, nos travaux ont été orientés vers les modèles multi-états. En particulier, nous avons étudié le modèle Progressive Disability à partir duquel la mortalité attribuable à la PAVM a été évaluée efficacement et les groupes de patients ayant une mortalité imputable très élevée ont été identifié. Ce modèle a été simplifié en modèle Disability. Par la suite, les covariables sont incluses via l'estimateur de Breslow et la mortalité imputable est ré-estimée. A partir du modèle Disability, une prédiction globale et individualisée de la PAVM dans les trois jours qui suivent l'instant d'observation est construite. La performance de la prédiction est évaluée par une fonction de perte pondérée par la fréquence des évènements au cours du temps.

La sclérose latérale amyotrophique ou SLA est une affection neurodegenerative conduisant à la mort des motoneurones, et responsable du décès des patients en moins de trois ans après la survenue des premiers symptômes. En l'absence de la découverte des causes chez la plupart des patients a considérablement pesé dans les difficultés que nous rencontrons pour découvrir un nouveau traitement. Une meilleure approche de l'épidémiologie pourrait permettre d'améliorer la connaissance de la maladie et pourrait offrir la possibilité de mieux formuler les hypothèses physio pathologiques possibles. Dans un premier temps, nous avons etudié le taux de mortalité de la SLA en France entre 1968 et 2007. Le taux brut a été de 1,74/100.000 avec un taux plus important chez l'homme que chez la femme. Le rapport standardisé de mortalité, après correction pour l'âge et le sexe, a augmenté de 0,54 (95% IC = .49-.59) en 1968 pour atteindre 1.26 (95% IC =1.20, 1.32) en 2007. Cette augmentation de mortalité est mieux expliquée par un effet dit cohorte, qui implique tous les sujets nés en même temps, plutôt que par un effet dit période. Le changement d'exposition à des toxiques environnementaux pourraient expliquer ces effets cohortes. Nous avons ensuite analysé les taux et les prédicteurs de survie au Centre SLA de la Salpêtrière en se focalisant sur la période 2002-2009 pour la survie et 1995-2009 pour les prédicteurs. Aucune variable n'est meilleure pour prédire la survie, mais une combinaison de variables (le début par les membres, la durée début des symptômes et première visite, et la force musculaire) est associée à une survie prolongée. Ce taux de survie a clairement augmenté depuis 2006.

La surveillance syndromique est un concept récent en épidémiologie. Fondée sur le suivi automatisé d'indicateurs de santé non spécifiques, cette nouvelle approche offre des perspectives intéressantes pour la détection de phénomènes pathologiques émergents. Nous nous sommes basés sur les données actuellement collectées en France sur la mortalité bovine pour évaluer la faisabilité et la pertinence d'un système de surveillance syndromique basé sur cet indicateur. Nous avons d'abord modélisé le niveau de référence de la mortalité bovine en France puis proposé des méthodes pour identifier et quantifier d'éventuels excès de mortalité. Nous avons d'abord analysé des données réelles pour estimer rétrospectivement les conséquences sur la mortalité de l'épizootie de fièvre catarrhale ovine qui a touché le cheptel bovin français en 2007 et 2008. Nous avons ensuite proposé une méthode visant à identifier des regroupements d'unités spatiales présentant des augmentations inhabituelles de mortalité, et évalué ses performances pour détecter des foyers d'une maladie infectieuse dont nous avons simulé la propagation dans le cheptel bovin. Sur la base de ces travaux, nous discutons finalement de l'intérêt pour la protection de la santé animale d'un système de surveillance non spécifique basé sur la mortalité, et émettons des propositions pour la mise en place opérationnelle d'un tel système.

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