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Les tests de causalité en variance entre deux séries chronologiques multivariées

Nkwimi-Tchahou, Herbert 12 1900 (has links)
Les modèles de séries chronologiques avec variances conditionnellement hétéroscédastiques sont devenus quasi incontournables afin de modéliser les séries chronologiques dans le contexte des données financières. Dans beaucoup d'applications, vérifier l'existence d'une relation entre deux séries chronologiques représente un enjeu important. Dans ce mémoire, nous généralisons dans plusieurs directions et dans un cadre multivarié, la procédure dévéloppée par Cheung et Ng (1996) conçue pour examiner la causalité en variance dans le cas de deux séries univariées. Reposant sur le travail de El Himdi et Roy (1997) et Duchesne (2004), nous proposons un test basé sur les matrices de corrélation croisée des résidus standardisés carrés et des produits croisés de ces résidus. Sous l'hypothèse nulle de l'absence de causalité en variance, nous établissons que les statistiques de test convergent en distribution vers des variables aléatoires khi-carrées. Dans une deuxième approche, nous définissons comme dans Ling et Li (1997) une transformation des résidus pour chaque série résiduelle vectorielle. Les statistiques de test sont construites à partir des corrélations croisées de ces résidus transformés. Dans les deux approches, des statistiques de test pour les délais individuels sont proposées ainsi que des tests de type portemanteau. Cette méthodologie est également utilisée pour déterminer la direction de la causalité en variance. Les résultats de simulation montrent que les tests proposés offrent des propriétés empiriques satisfaisantes. Une application avec des données réelles est également présentée afin d'illustrer les méthodes / Time series models with conditionnaly heteroskedastic variances have become almost inevitable to model financial time series. In many applications, to confirm the existence of a relationship between two time series is very important. In this Master thesis, we generalize in several directions and in a multivariate framework, the method developed by Cheung and Ng (1996) designed to examine causality in variance in the case of two univariate series. Based on the work of El Himdi and Roy (1997) and Duchesne (2004), we propose a test based on residual cross-correlation matrices of squared residuals and cross-products of these residuals. Under the null hypothesis of no causality in variance, we establish that the test statistics converge in distribution to chi-square random variables. In a second approach, we define as in Ling and Li (1997) a transformation of the residuals for each residual time series. The test statistics are built from the cross-correlations of these transformed residuals. In both approaches, test statistics at individual lags are presented and also portmanteau-type test statistics. That methodology is also used to determine the direction of causality in variance. The simulation results show that the proposed tests provide satisfactory empirical properties. An application with real data is also presented to illustrate the methods
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Sur la validation des modèles de séries chronologiques spatio-temporelles multivariées

Saint-Frard, Robinson 06 1900 (has links)
Dans ce mémoire, nous avons utilisé le logiciel R pour la programmation. / Le présent mémoire porte sur les séries chronologiques qui en plus d’être observées dans le temps, présentent également une composante spatiale. Plus particulièrement, nous étudions une certaine classe de modèles, les modèles autorégressifs spatio-temporels généralisés, ou GSTAR. Dans un premier temps, des liens sont effectués avec les modèles vectoriels autorégressifs (VAR). Nous obtenons explicitement la distribution asymptotique des autocovariances résiduelles pour les modèles GSTAR en supposant que le terme d’erreur est un bruit blanc gaussien, ce qui représente une première contribution originale. De ce résultat, des tests de type portemanteau sont proposés, dont les distributions asymptotiques sont étudiées. Afin d’illustrer la performance des statistiques de test, une étude de simulations est entreprise où des modèles GSTAR sont simulés et correctement ajustés. La méthodologie est illustrée avec des données réelles. Il est question de la production mensuelle de thé en Java occidental pour 24 villes, pour la période janvier 1992 à décembre 1999. / In this master thesis, time series models are studied, which have also a spatial component, in addition to the usual time index. More particularly, we study a certain class of models, the Generalized Space-Time AutoRegressive (GSTAR) time series models. First, links are considered between Vector AutoRegressive models(VAR) and GSTAR models. We obtain explicitly the asymptotic distribution of the residual autocovariances for the GSTAR models, assuming that the error term is a Gaussian white noise, which is a first original contribution. From that result, test statistics of the portmanteau type are proposed, and their asymptotic distributions are studied. In order to illustrate the behaviour of the test statistics, a simulation study is conducted where GSTAR models are simulated and correctly fitted. The methodology is illustrated with monthly real data concerning the production of tea in west Java for 24 cities from the period January 1992 to December 1999.
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Étude exploratoire sur les origines du peuplement de l’île de Madagascar : une approche de craniométrie comparative appliquée sur des populations modernes

Deswarte, Caroline 04 1900 (has links)
Les origines du peuplement de l’île de Madagascar ne sont encore que partiellement explorées à l’heure actuelle. Différentes populations ont contribué au peuplement de l’île, de nombreuses théories sur les origines de ce peuplement ont émergé et varient grandement selon les sources consultées. Selon l’archéologie et l’anthropologie culturelle, l’arrivée des premiers peuples remonterait à deux millénaires avant notre ère et plusieurs strates de vagues migratoires venues d’Afrique et d’Asie se sont succédées. Pour une vision complète du peuplement de toute l’île, ce sont les études en linguistique et en génétique qui ont donné les meilleures pistes en s’orientant vers une origine à prédominance indonésienne plutôt qu’africaine. Il reste cependant à confronter ces données diverses à celles issues de l’approche phénotypique, qui est peu utilisée. Mon objectif est donc d’explorer cette hypothèse à partir des données craniométriques, et ainsi de tester les modèles de peuplement proposés grâce à d’autres approches. Cet échantillon malgache (N=207) a été subdivisé sur la base de diverses données (géographie, ethnies et affiliations linguistiques). Après des analyses intra-groupe et intergroupes, ce dernier a été comparé à d’autres données craniométriques personnelles et publiées (N=1184). Deux types d’approches statistiques (multivariées classiques et issues de l’approche de la génétique des populations ou RMET) ont été utilisées afin d’obtenir des paramètres diversifiés et complémentaires. Les résultats issus des deux approches tendent vers une origine mixte (Afrique et Asie), dont la prépondérance varie en fonction de la région et du sexe. En effet, les hommes malgaches ont une origine triple (sud de l’Asie du Sud-est, sud de l’Afrique et côtes sud-est africaines), alors que les femmes ont plutôt une origine double (Afrique et Asie) selon l’approche multivariée classique. D’après les analyses RMET, on note que les individus des régions du nord et de l’est de l’île se rapprochent des populations de Tanzanie et les Malgaches présentent des similarités avec les populations indiennes. De plus, on remarque que les Malgaches du groupe nord présentent par rapport aux autres groupes un degré d’hétérogénéité plus élevé (Fst). Ce phénomène est dû probablement à des apports de populations plus diverses dès le début du peuplement de l’île dans cette région. Cette étude, basée sur un petit échantillon, confirme néanmoins les thèses antérieures sur la diversité du peuplement malgache et de plus elle démontre que les composantes prédominantes (Afrique ou Asie) varient selon les régions et le sexe. / As of now, origins of the island of Madagascar’s settlement have only been partially investigated. Various populations inhabited the island, thus numerous theories about these origins were devised and explanations vary greatly from source to source. According to archaeology and cultural anthropology, its first settlers came around two millennia before Christ and many waves of migration from Africa and Asia followed in their path. Studies in linguistics and genetics best laid the way for a comprehensive overview of that settlement and pointed to a predominantly Indonesian origin as opposed to an African one. However, comparing these many findings with those obtained through the rarely used phenotypic approach has yet to be done. My goal is therefore to explore this question using craniometric data to test settlement patterns proposed by other fields. Our Malagasy sample (N=207) was subdivided according to various factors (geography, ethnicities and linguistic affiliations). After intragroup and intergroup-based analyses, the sample was compared to more craniometric data, personal and published (N=1184). Two types of statistical approaches (classic multivariate and originating from genetics populations approach, or RMET) were used to achieve diversified and complementary parameters. Results from both approaches support the conclusion that the origins are in fact mixed (Africa and Asia) and their preponderance, linked to region and gender. Indeed, Malagasy men have three sources (south of Southeast Asia, southern Africa and southeast African coast), while women have more of a double origin (Africa and Asia) according to the classic multivariate approach. RMET analyses show that individuals from the northern and the eastern regions of the island share traits with Tanzanian populations as well as similarities with Indian populations. Furthermore, Malagasy from the northern group exhibit higher heterogeneity than other groups (Fst). This phenomenon is likely due to the influx of various populations early in the settlement of the island. This study, based on a small sample, nevertheless confirms previous theses on the diversity of the Malagasy settlement and, in addition, shows that its predominant parts (Africa and Asia) vary according to region and gender.
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Phylogeny and evolution of a highly diversified catfish subfamily : the Loricariinae (Siluriformes, Loricariidae) / Phylogénie et évolution d’une sous-famille très diversifiée de poissons-chats : les Loricariinae (Siluriformes, Loricariidae)

Covain, Raphaël 15 September 2011 (has links)
Les Loricariinae appartiennent à la famille des poissons-chats néotropicaux cuirassés Loricariidae, la famille de poissons-chats la plus riche en espèce au monde, et se caractérisent par un pédoncule caudal long et aplati et par l’absence de nageoire adipeuse. Préalablement aux études évolutives réalisées, une phylogénie exhaustive et robuste a été établie sur la base de données mitochondriales et nucléaires. Cette phylogénie a ensuite été utilisée dans des analyses multivariées et multi-tableaux afin de révéler les principales tendances évolutives de la sous-famille. La phylogénie obtenue indique que la tribu Harttiini forme un groupe paraphylétique et est restreinte à trois genres, et que dans la tribu Loricariini, deux sous-tribus soeurs se distinguent, les Farlowellina et les Loricariina, chacune présentant des patterns évolutifs complexes. Plusieurs nouveaux taxa ont aussi été mis en évidence et décrits. En utilisant la phylogénie comme outil exploratoire, nous avons démontré : (1) avec l’analyse de co-inertie que les caractères diagnostiques fournis pour définir les différents genres étaient sous dépendance phylogénétique ; (2) avec l’analyse de co-inertie multiple que les forces évolutives sous-jacentes dirigeant leur diversification incluaient des composantes intraphénotypiques (morphologie et génétique) et extraphénotypique (écologie et distribution) ; (3) avec l’analyse RLQ que des évènements de co-dispersion entre espèces codistribuées avaient eu lieu et étaient responsables de la distribution actuelle des espèces ; et (4) avec l’analyse de patterns multi-échelles que la co-évolution des traits liés aux caractéristiques de la bouche était liée à des fonctions reproductrices responsables d’une évolution tertiaire de cet organe. / The Loricariinae belong to the Neotropical mailed catfish family Loricariidae, the mostspeciose catfish family in the world, and are united by a long and flattened caudal peduncle and the absence of an adipose fin. Despite numerous works conducted on this group, no phylogeny is presently available. Prior to conduct evolutionary studies, an exhaustive and robust phylogeny was reconstructed using mitochondrial and nuclear data. Then, this phylogeny was used in multivariate and multi-table analyses to reveal the main evolutionary trends of the subfamily. The resulting phylogeny indicated that the Harttiini tribe, as classically defined, formed a paraphyletic assemblage and was restricted to three genera, and within the Loricariini tribe, two sister subtribes were distinguished, Farlowellina and Loricariina, both displaying complex evolutionary patterns. In addition several new taxa were highlighted and described. Subsequently using this phylogeny as exploratory tool, we demonstrated: (1) using co-inertia analysis that the diagnostic features provided to define the different genera were phylogenetically dependent; (2) using multiple co-inertia analysis that the underlying evolutionary forces shaping their diversification included intraphenotypic (morphology and genetics) and extraphenotypic (ecology and distribution) components; (3) using the RLQ analysis that co-dispersion events occurred between co-distributed species responsible for the current fish distribution; and (4) using the multi-scale pattern analysis that the co-evolution in traits related to the mouth characteristics was linked to reproductive functions responsible for a tertiary evolution of this organ.
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Potentialité de la biomasse végétale pour le traitement des eaux usées domestiques : développement d’un procédé de biofiltration pour l’assainissement non collectif / Potential of plant biomass for the treatment of domestic wastewater : development of a biofiltration process for on-site wastewater treatment

Breton, Audrey 04 October 2013 (has links)
En France, 13 millions de personnes sont concernées par l’assainissement non collectif (ANC). Un système d’ANC est composé d’un prétraitement, en général une fosse toutes eaux, suivi d’un système de traitement. Les récentes évolutions réglementaires ouvrent un éventail de possibilités quant aux systèmes de traitement possibles pour traiter les eaux usées. L’objectif de ce travail de thèse est de développer un système de traitement des eaux usées à partir de biomasse végétale issue de déchets de l’agriculture. Un suivi analytique de six habitations individuelles a permis l’étude des caractéristiques des eaux usées avant et après leur entrée dans le système de prétraitement. Ces eaux sont caractérisées par une grande variabilité d’une famille à une autre ainsi qu’au sein d’une même habitation. La charge organique par habitant à traiter est en moyenne de 60 gDBO5.j-1 pour un volume d’eau rejeté de 90 L.j-1, soit des effluents deux fois plus concentrés que ce qu’indique la réglementation. Le dimensionnement et le suivi d’un pilote à l’échelle laboratoire ont permis d’évaluer la potentialité de plusieurs milieux végétaux pour le traitement des eaux usées prétraitées. Ils sont comparés à un milieu de référence ayant une efficacité prouvée en traitement des eaux. L’étude des performances épuratoires, pour deux charges volumiques différentes, des différents milieux a été réalisée sur quarante semaines. Cette étude a permis l’élaboration et la mise en place d’un pilote in situ à l’échelle de la maison individuelle. La démarche de l’analyse de cycle de vie a été appliquée au pilote in situ dans le but d’optimiser le procédé mis en place. De plus, l’ACV a permis d’effectuer une comparaison avec différents procédés existants. / In France, 13 million people are concerned by on-site wastewater treatment (OSWWT). An OSWWT system consists of pretreatment, usually a septic tank, followed by a treatment system. Recent regulatory developments open up a range of possibilities as to possible treatment systems for wastewater treatment. The objective of this thesis is to develop a system of wastewater treatment based on plant biomass from waste of agriculture. Analytical monitoring of six individual houses allowed the study of the characteristics of the wastewater before and after their entry into the pretreatment system. Waters are characterized by a wide variability from one family to another and from the same house. The organic load per person is treating an average of 60 gDBO5.j-1 for a volume of water discharged 90 L.j-1, that to say effluent two times more concentrated than indicated by the regulations. The design and monitoring of a pilot scale laboratory were used to evaluate the potential of several plant biomass for the treatment of pretreated wastewater. They are compared to a reference medium with proven effectiveness in water treatment. The study of treatment performance for two different volume loads of different backgrounds was performed during forty weeks. This study resulted in the development and implementation of a pilot in situ for single house. The approach of life cycle analysis has been applied to in situ pilot in order to optimize the process in place. In addition, LCA has to make a comparison with different existing OSWWT.
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Extraction de composants multivariés des signaux cérébraux obtenus pendant l'anesthésie générale / Extraction of multivariate components in brain signals obtained during general anesthesia

Fedotenkova, Mariia 02 December 2016 (has links)
De nos jours, les opérations chirurgicales sont impossibles à imaginer sans anesthésie générale, qui implique la perte de conscience, l'immobilité, l'amnésie et l'analgésie. La compréhension des mécanismes sous-jacents de chacun de ces effets garantit un traitement médical bien contrôlé. Cette thèse se concentre sur l'effet analgésique de l'anesthésie générale, précisément, sur la réaction du patient aux stimuli nociceptifs. Nous étudions également les différences des réactions entre différents médicaments anesthésiques. L'étude a été effectuée sur un ensemble de données constituées de 230 signaux EEG : enregistrements pré- et post-incision obtenus sur 115 patients qui ont reçu du desflurane et du propofol. La première phase de l'étude comprend l'analyse spectrale de puissance, qui est une méthode très répandue dans le traitement du signal. L'information spectrale a été décrite en ajustant l'activité de fond, qui exhibe un comportement $1/f$, aux estimations de la densité spectrale de puissance des signaux d'EEG et en mesurant la puissance contenue dans des bandes delta et alpha par rapport à la puissance de l'activité de fond. Une autre amélioration a été réalisée par l'expansion des spectres avec des informations de temps en raison de la nature non stationnaire observée dans les signaux EEG. Pour obtenir les représentations temps-fréquence des signaux nous appliquons trois méthodes différentes: scalogramme (basé sur la transformée en ondelettes continue), spectrogramme classique, et réaffectation de spectrogramme. Celle-ci permet d'améliorer la lisibilité d'une représentation temps-fréquence en réaffectant l'énergie contenue dans le spectrogramme à des positions plus précises. Par la suite, les spectrogrammes obtenus ont été utilisés pour la reconstruction de l'espace de phase, pour l'analyse récurrence et pour sa quantification par une mesure de complexité. L'analyse de récurrence permet de décrire et visualiser les dynamiques récurrentes d'un système et de découvrir des motifs structurels contenus dans les données. Ici, les diagrammes de récurrence ont été utilisés comme réécriture de grammaire pour transformer le signal original en une séquence symbolique, où chaque symbole représente un certain état du système. Trois mesures de complexité différentes sont alors calculées à partir de ces séquences symboliques afin de les utiliser comme éléments de classification. Enfin, en combinant les caractéristiques obtenues avec l'analyse spectrale de puissance et avec l'analyse symbolique de récurrence, nous effectuons la classification des données en utilisant deux méthodes de classification~: l'analyse discriminante linéaire et les machines à vecteurs de support. La classification a été effectuée sur des problèmes à deux classes, la distinction entre les signaux EEG pré- / post-incision, ainsi qu'entre les deux différents médicaments anesthésiques, desflurane et propofol. / Nowadays, surgical operations are impossible to imagine without general anesthesia, which involves loss of consciousness, immobility, amnesia and analgesia. Understanding mechanisms underlying each of these effects guarantees well-controlled medical treatment. This thesis focuses on analgesia effect of general anesthesia, more specifically, on patients reaction to nociceptive stimuli. We also study differences in the reaction between different anesthetic drugs. The study was conducted on dataset consisting of 230 EEG signals: pre- and post-incision recordings obtained form 115 patients, who received desflurane and propofol. The first stage of the study comprise power spectral analysis, which is a widespread approach in signal processing. Spectral information was described by fitting the background activity, that exposes $1/f$ behavior, to power spectral density estimates of the EEG signals and measuring power contained in delta and alpha bands relatively to the power of background activity. A further improvement was done by expanding spectra with time information due to observed non-stationary nature of EEG signals. To obtain time-frequency representations of the signals we apply three different methods: scalogram (based on continuous wavelet transform), conventional spectrogram, and spectrogram reassignment. The latter allows to ameliorate readability of a time-frequency representation by reassigning energy contained in spectrogram to more precise positions. Subsequently, obtained spectrograms were used as phase space reconstruction in recurrence analysis and its quantification by complexity measure. Recurrence analysis allows to describe and visualize recurrent dynamics of a system and discover structural patterns contained in the data. Here, recurrence plots were used as rewriting grammar to turn an original signal into a symbolic sequence, where each symbol represents a certain state of the system. After computing three different complexity measures of resulting symbolic sequences they are used as features for classification. Finally, combining features obtained with power spectral analysis and recurrence symbolic analysis, we perform classification of the data using two classification methods: linear discriminant analysis and support vector machines. Classification was carried out on two-class problem, distinguishing between pre-/post-incision EEG signals, as well as between two different anesthetic drugs, desflurane and propofol.
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Traitement et analyse des processus stochastiques par EMD et ses extensions / No

Komaty, Ali 28 November 2014 (has links)
L’objectif de cette thèse est d’analyser le comportement de la décomposition modale empirique (EMD) et sa version multivariée (MEMD) dans le cas de processus stochastiques : bruit Gaussien fractionnaire (fGn) et processus symétrique alpha stable (SαS). Le fGn est un bruit large bande généralisant le cas du bruit blanc Gaussien et qui trouve des applications dans de nombreux domaines tels que le trafic internet, l’économie ou le climat. Par ailleurs, la nature «impulsive» d’un certain nombre de signaux (craquement des glaces, bruit des crevettes claqueuses, potentiel de champ local en neurosciences,…) est indéniable et le modèle Gaussien ne convient pas pour leur modélisation. La distribution SαS est une solution pour modéliser cette classe de signaux non-Gaussiens. L’EMD est un outil bien adapté au traitement et à l’analyse de ces signaux réels qui sont, en général, de nature complexe (non stationnaire,non linéaire). En effet, cette technique, pilotée par les données, permet la décomposition d’un signal en une somme réduite de composantes oscillantes, extraites de manière itérative, appelées modes empiriques ou IMFs (Intrinsic Mode Functions). Ainsi, nous avons montré que le MEMD s’organise spontanément en une structure de banc de filtres presque dyadiques. L'auto-similarité en termes de représentation spectrale des modes a aussi été établie. En outre, un estimateur de l’exposant de Hurst, caractérisant le fGn, a été construit et ses performances ont été comparées, en particulier à celles de l’approche ondelettes. Cette propriété de banc de filtres du MEMD a été vérifiée sur des données d'hydrodynamique navale (écoulement turbulent) et leur auto-similarité a été mise en évidence. De plus, l’estimation du coefficient de Hurst a mis en avant l’aspect longue dépendance (corrélation positive) des données. Enfin, l’aspect banc de filtres de l’EMD a été exploité à des fins de filtrage dans le domaine temporel en utilisant une mesure de similarité entre les densités de probabilités des modes extraits et celle du signal d’entrée. Pour éviter le problème du mode mixing de l'EMD standard, une approche de débruitage dans le domaine fréquentiel par une reconstruction complète des IMFs préalablement seuillées a été menée. L’ensemble des résultats a été validé par des simulations intensives (Monte Carlo) et sur des signaux réels. / The main contribution of this thesis is aimed towards understanding the behaviour of the empirical modes decomposition (EMD) and its extended versions in stochastic situations.
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(Ré)annotation de génomes procaryotes complets - Exploration de groupes de gènes chez les bactéries

Bocs, Stéphanie 19 May 2004 (has links) (PDF)
La stratégie experte semi-automatique de prédiction de Séquences CoDantes (CDS) d'un chromosome procaryote est fondée sur le modèle statistique des chaînes de Markov. Elle est constituée des stratégies AMIMat pour l'apprentissage de l'hétérogénéité de composition des CDS d'un chromosome et AMIGene pour la reconnaissance et le filtrage des CDS les plus probables. AMIMat permet de construire k matrices de transition à partir de k classes de gènes définies selon l'usage des codons synonymes. La précision d' AMIGene dépend de la qualité des matrices et d'autres paramètres validés automatiquement par rapport à des annotations de référence. Autour de ces stratégies, un processus de réannotation de génome complet a été développé, en interaction avec notre base multigénome PkGDB, qui facilite l'homogénéisation des annotations des banques. Ce processus de (ré)annotation est utilisé dans de nombreux projets : Bacillus, Neisseria, Acinetobacter, Entérobactéries.
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Gentrification et confort postmoderne. Eléments émergents de nouvelles centralités. L'exemple de Strasbourg

GERBER, Philippe 01 December 2000 (has links) (PDF)
Véritables lieux d'enjeux économiques, culturels et résidentiels, la plupart des centres-villes occidentaux ont connu de nombreuses rénovations qui ont renforcé leurs centralités de commerces et de services. En outre, les réhabilitations ont indéniablement amélioré le confort des résidences. Ces diverses politiques urbaines, associées à l'accroissement des ménages solvables au cours des Trente Glorieuses, entraînent un changement de population des centres, phénomène appelé gentrification. Caracérisée par une infiltration de classes moyennes et aisées aux dépens des couches populaires, la gentrification correspond aux mobilités résidentielles de ces ménages solvables, attirés par les logements de confort et les équipements commerciaux centraux. Car aujourd'hui le confort dépasse le cadre technique de la résidence. Il concerne également la demande de plus en plus exigeante des citadins solvables quant à l'usage des centralités : le confort d'appareillage, lié à la proximité, à la diversité et à la qualité de ces équipements, devient dans le choix du logement tout aussi prépondérant que le confort résidentiel. La notion de confort moderne, alliant appareillage et résidence, se présente alors comme un facteur essentiel de la compréhension du processus de gentrification. L'évolution de la demande citadine solvable se traduit encore par l'émergence d'un autre type de confort, nommé discret, nouvelle expression sociale et qualitative de l'individu. Confort moderne et confort discret forment ainsi le confort postmoderne, grille de lecture novatrice, évolutive et nécessaire à l'explication de la gentrification. En appliquant cette grille à l'analyse de Strasbourg et de sa Communauté, le confort postmoderne permet, grâce à son emploi systématique, d'appréhender différemment les articulations entre le ménage solvable, sa résidence, son environnement et les centralités, le tout dans un souci de saisir les aspirations du citadin, sans pour autant se limiter à l'étude du centre d'une ville.
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Classification de données multivariées multitypes basée sur des modèles de mélange : application à l'étude d'assemblages d'espèces en écologie

Georgescu, Vera 17 December 2010 (has links) (PDF)
En écologie des populations, les distributions spatiales d'espèces sont étudiées afin d'inférer l'existence de processus sous-jacents, tels que les interactions intra- et interspécifiques et les réponses des espèces à l'hétérogénéité de l'environnement. Nous proposons d'analyser les données spatiales multi-spécifiques sous l'angle des assemblages d'espèces, que nous considérons en termes d'abondances absolues et non de diversité des espèces. Les assemblages d'espèces sont une des signatures des interactions spatiales locales des espèces entre elles et avec leur environnement. L'étude des assemblages d'espèces peut permettre de détecter plusieurs types d'équilibres spatialisés et de les associer à l'effet de variables environnementales. Les assemblages d'espèces sont définis ici par classification non spatiale des observations multivariées d'abondances d'espèces. Les méthodes de classification basées sur les modèles de mélange ont été choisies afin d'avoir une mesure de l'incertitude de la classification et de modéliser un assemblage par une loi de probabilité multivariée. Dans ce cadre, nous proposons : 1. une méthode d'analyse exploratoire de données spatiales multivariées d'abondances d'espèces, qui permet de détecter des assemblages d'espèces par classification, de les cartographier et d'analyser leur structure spatiale. Des lois usuelles, telle que la Gaussienne multivariée, sont utilisées pour modéliser les assemblages, 2. un modèle hiérarchique pour les assemblages d'abondances lorsque les lois usuelles ne suffisent pas. Ce modèle peut facilement s'adapter à des données contenant des variables de types différents, qui sont fréquemment rencontrées en écologie, 3. une méthode de classification de données contenant des variables de types différents basée sur des mélanges de lois à structure hiérarchique (définies en 2.). Deux applications en écologie ont guidé et illustré ce travail : l'étude à petite échelle des assemblages de deux espèces de pucerons sur des feuilles de clémentinier et l'étude à large échelle des assemblages d'une plante hôte, le plantain lancéolé, et de son pathogène, l'oïdium, sur les îles Aland en Finlande

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