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Citric acid production by Aspergillus niger

Bowes, Isabelle January 1980 (has links)
No description available.
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Avaliação clínica e laboratorial da estomatite por protese

D'Avila, Susana [UNESP] 23 August 2006 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-08-23Bitstream added on 2014-06-13T20:06:09Z : No. of bitstreams: 1 davila_s_dr_arafo.pdf: 2082711 bytes, checksum: 82d60dc6354f3be897106558bb131668 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este estudo avaliou a estomatite por prótese total e as variáveis relacionadas à sua etiologia, considerando as características clínicas do indivíduo, as características micológicas e de adesão das espécies de Candida e o grupo sangüíneo dos indivíduos. Sessenta indivíduos portadores de prótese total superior (grupo teste) e 15 indivíduos não usuários de próteses removíveis (grupo controle) foram avaliados. As amostras micológicas foram coletadas da mucosa do palato, face interna da prótese e dorso da língua, por imprint. A identificação das espécies de Candida foi realizada por métodos clássicos (cultura) e moleculares (RAPD). A avaliação da qualidade das próteses totais foi realizada com base em cinco indicadores (defeitos, material, estabilidade, retenção e oclusão) e a da qualidade da higiene da prótese total, por meio da visualização do biofilme com o uso de evidenciador de placa. Não houve diferença significativa no diagnóstico de EP e na detecção de Candida spp. entre o gêneros, hábito de fumar, presença de doença sistêmica, uso de medicamentos e hábitos de higiene (cavidade bucal e PT). A EP foi correlacionada com detecção de Candida spp. no palato e com indivíduos O Rh+. Entretanto não foi correlacionada com um perfil genotípico de Candida spp. ou uma espécie de Candida, com a quantidade de células aderidas nos corpos de prova de resina, com o estado secretor do indivíduo, com o uso contínuo ou qualidade e higiene da prótese total. A detecção de Candida spp. foi correlacionada com a presença de EP, com doença sistêmica, uso de medicamentos, com a qualidade e higiene das próteses e com indivíduos A Rh+. Com base nos resultados obtidos verificamos que a presença de estomatite por prótese total foi correlacionada com o grupo sangüíneo do indivíduo e com Candida spp., a qual também foi correlacionada com características do hospedeiro e da prótese total. / This study evaluated the denture stomatitis (DS) and clinical variables related with its etiology, considering the characteristics of clinical, mycological, adhesion profile and blood group of the subjects. 60 denture wearers (test group) and 15 subjects without removable appliances (control group) were evaluated. The mycological samples were taken from palate, denture and tongue by imprint method. The Candida species were identified by classical (culture) and molecular (RAPD) methods. The evaluation of denture quality was performed on basis of five parameters (defect, material, stability, retention, and occlusion) and the hygiene of the denture by means of plaque observation. Statistical difference was not observed between diagnosis of DS and Candida detection for gender, smoking, systemic diseases, medication, hygiene habits (oral cavity and denture). The DS was correlated with Candida spp. on the palate and with subjects O Rh+. However, there was no significance with genotypic profile with any species of Candida either clinical or molecular features. The detection of Candida was correlated with DS, systemic diseases, medication, quality and hygiene of denture in A Rh+ subjects. Within the limits of this study we conclude that denture stomatitis was correlated with blood group and Candida as well as the characteristics of the host and the denture.
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Avaliação clínica e laboratorial da estomatite por protese /

D'Avila, Susana January 2006 (has links)
Resumo: Este estudo avaliou a estomatite por prótese total e as variáveis relacionadas à sua etiologia, considerando as características clínicas do indivíduo, as características micológicas e de adesão das espécies de Candida e o grupo sangüíneo dos indivíduos. Sessenta indivíduos portadores de prótese total superior (grupo teste) e 15 indivíduos não usuários de próteses removíveis (grupo controle) foram avaliados. As amostras micológicas foram coletadas da mucosa do palato, face interna da prótese e dorso da língua, por imprint. A identificação das espécies de Candida foi realizada por métodos clássicos (cultura) e moleculares (RAPD). A avaliação da qualidade das próteses totais foi realizada com base em cinco indicadores (defeitos, material, estabilidade, retenção e oclusão) e a da qualidade da higiene da prótese total, por meio da visualização do biofilme com o uso de evidenciador de placa. Não houve diferença significativa no diagnóstico de EP e na detecção de Candida spp. entre o gêneros, hábito de fumar, presença de doença sistêmica, uso de medicamentos e hábitos de higiene (cavidade bucal e PT). A EP foi correlacionada com detecção de Candida spp. no palato e com indivíduos O Rh+. Entretanto não foi correlacionada com um perfil genotípico de Candida spp. ou uma espécie de Candida, com a quantidade de células aderidas nos corpos de prova de resina, com o estado secretor do indivíduo, com o uso contínuo ou qualidade e higiene da prótese total. A detecção de Candida spp. foi correlacionada com a presença de EP, com doença sistêmica, uso de medicamentos, com a qualidade e higiene das próteses e com indivíduos A Rh+. Com base nos resultados obtidos verificamos que a presença de estomatite por prótese total foi correlacionada com o grupo sangüíneo do indivíduo e com Candida spp., a qual também foi correlacionada com características do hospedeiro e da prótese total. / Abstract: This study evaluated the denture stomatitis (DS) and clinical variables related with its etiology, considering the characteristics of clinical, mycological, adhesion profile and blood group of the subjects. 60 denture wearers (test group) and 15 subjects without removable appliances (control group) were evaluated. The mycological samples were taken from palate, denture and tongue by imprint method. The Candida species were identified by classical (culture) and molecular (RAPD) methods. The evaluation of denture quality was performed on basis of five parameters (defect, material, stability, retention, and occlusion) and the hygiene of the denture by means of plaque observation. Statistical difference was not observed between diagnosis of DS and Candida detection for gender, smoking, systemic diseases, medication, hygiene habits (oral cavity and denture). The DS was correlated with Candida spp. on the palate and with subjects O Rh+. However, there was no significance with genotypic profile with any species of Candida either clinical or molecular features. The detection of Candida was correlated with DS, systemic diseases, medication, quality and hygiene of denture in A Rh+ subjects. Within the limits of this study we conclude that denture stomatitis was correlated with blood group and Candida as well as the characteristics of the host and the denture. / Orientador: Maria Regina Sposto / Coorientador: Maria José Soares Mendes Giannini / Banca: Gelson Luis Adabo / Banca: Antonio Olavo Cardoso Jorge / Banca: Luciene Cristina de Figueiredo / Banca: Jacks Jorge Júnior / Doutor
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Candidemias associadas a neoplasias hematológicas: perfil epidemiológico e sensibilidade antifúngica

DINIZ, Madi Veiga 26 February 2016 (has links)
Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-28T14:36:57Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL PDF DIGITAL.pdf: 1241777 bytes, checksum: 0031dd125d40fe083cb1ec9da8552635 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T14:36:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) DISSERTAÇÃO FINAL PDF DIGITAL.pdf: 1241777 bytes, checksum: 0031dd125d40fe083cb1ec9da8552635 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CNPq / Pacientes acometidos por neoplasias hematológicas realizam tratamento quimioterápico intenso e têm alto risco de desenvolver infecções invasivas por espécies de Candida spp. devido à baixa resposta imune, neutropenia e outros fatores de risco, contribuindo para uma elevada morbimortalidade. Entretanto, devido a peculiaridades da imunossupressão a que são submetidos, a distinção entre os processos infecciosos ainda não é uma tarefa fácil podendo levar o paciente a óbito. O presente estudo teve como objetivo diagnosticar candidemias e avaliar o perfil epidemiológico e sensibilidade antifúngica em pacientes acometidos por neoplasias hematológicas. O diagnóstico micológico foi realizado através da taxonomia clássica e automatizada e confirmado pela técnica molecular (PCR-Reação em Cadeia da Polimerase) e identificação proteômica (MALDI-TOF MS). O teste de sensibilidade antifúngica seguiu as recomendações M27-A3 do Clinical & Laboratory Standards Institute (2008). A análise estatística descritiva foi realizada no programa GraphPad Prism6 através do teste exato de Fisher e cálculo do Odds ratio (intervalo de confiança de 95% para p < 0,05). Foram analisadas 105 amostras sanguíneas de 62 pacientes internados no serviço de Onco-hematologia do Hospital de Câncer de Pernambuco (HCP) no período de janeiro de 2015 a setembro de 2015. Dentre estas, foram isoladas nove (8,57%) leveduras do gênero Candida, sendo seis (66,66%) C. tropicalis e três (33,34%) C. albicans. O óbito ocorreu em 66,6% dos casos de candidemia demonstrando haver associação estatística significativa (p = 0,03, Odds Ratio = 5,53). O internamento em UTI, como fator de risco, foi associado à candidemia (p = 0,0008 Odds ratio = 24,8) e o choque séptico ao óbito (p= 0,0476 Odds ratio= 25,67). Ao teste de sensibilidade antifúngica, os isolados mostraram sensibilidade aos antimicóticos anfotericina B, caspofungina, micafungina, anidulafungina e fluconazol. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que candidemia é uma infecção invasiva frequente causada por espécies de Candida não-albicans, em pacientes com neoplasias hematológicas, como a espécie C. tropicalis. / Patients affected by neoplasia hematological which require intense chemotherapy treatment have high risk of developing invasive infections by Candida spp species due to low immune response, neutropenia and other risk factors contributing to high morbimortality. However, due to peculiarities of the immunosuppression that are submitted, the distinction between the infectious processes is still not an easy task and may progress rapidly and take the patient to death. The study aimed to identify the candidemia and epidemiological profile in patients with hematologic neoplasia. The mycological diagnosis was performed by classical taxonomy and automated and confirmed to molecular technique (PCR-polymerase chain reaction) and proteomics (MALDI-TOF MS). The antifungal susceptibility testing followed the M27 -A3 & recommendations of the Clinical Laboratory Standards Institute (2008). The descriptive statistical analysis was performed using GraphPad Prism6 program through the Fisher exact test and calculation of Odds ratio (95% confidence interval for p < 0.05) .Blood samples (105) were analysed of 62 patients admitted in the oncohematology service of the Hospital of Pernambuco (HCP) from January 2015 to September 2015. Among samples studied, nine (8,57%) were found positive for yeasts of the genus Candida in which identified six (66,66%) species C. tropicalis and three (33,34%) C. albicans. The death occurred in 66.6 % of cases of candidemia demonstrated significant statistical association (p = 0,03, Odds ratio = 5,53). The admission to the ICU, as a risk factor was associated with candidemia (p = 0.0008 Odds ratio = 24.8) and septic shock with death (p = 0.0476 Odds ratio = 25.67). The antifungal susceptibility testing, isolates were presented, in its entirety, sensitive to antifungal agents amphotericin B, caspofungin, micafungin, anidulafungin and fluconazole. Among the patients with candidemia 66,6% evolved to death. Based on these results, one can conclude that candidemia is a common invasive infection caused by Candida non-albicans species in patients with hematological malignancies, such as C. tropicalis species.
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A viagem de volta: cogumelos e cogumelosidades no processo da vida

Moraes, Jônathan Vinicius Dorini de 22 August 2018 (has links)
Submitted by Geandra Rodrigues (geandrar@gmail.com) on 2018-10-30T14:48:28Z No. of bitstreams: 1 jonathanviniciusdorinidemoraes.pdf: 1108891 bytes, checksum: 913d05a63b04d550cfc4dc23439e2505 (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2018-11-23T11:41:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 jonathanviniciusdorinidemoraes.pdf: 1108891 bytes, checksum: 913d05a63b04d550cfc4dc23439e2505 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-23T11:41:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 jonathanviniciusdorinidemoraes.pdf: 1108891 bytes, checksum: 913d05a63b04d550cfc4dc23439e2505 (MD5) Previous issue date: 2018-08-22 / Esta pesquisa visa uma aproximação à vida de uma espécie de cogumelos mágicos (Psilocybe cubensis) difundida em Minas Gerais e por outras regiões no Brasil e no mundo, e a um conjunto de relações entre estes e os humanos. Com base na teoria ator-rede de Bruno Latour e inspirado pela antropologia “de volta à vida”, de Tim Ingold, o trabalho busca desenhar este campo social a partir de um percurso etnográfico que considera diversas dimensões encontradas ao se perseguir as práticas humanas com estes cogumelos: regulações do uso; o ciberespaço e as técnicas micológicas; modalidades de trocas comerciais e não comerciais aí presentes; experimentos-eventos compartilhados entre pessoas-organismos e o relato de suas “viagens” com cogumelos. O trabalho considera os humanos e os cogumelos como protagonistas, e a prática de ingestão de cogumelos como relações entre pessoas e materiais; assim persegue os cogumelos e as cogumelosidades em contextos diversos e entre diferentes participantes da pesquisa. / This research aims at an approach to the life of a species of magic mushrooms (Psilocybe cubensis) spread in Minas Gerais and other regions in Brazil and the world, and to a set of relations between them and humans. Based on Bruno Latour's network-actor theory and inspired by Tim Ingold's "back to life" anthropology, the aim of this work is to draw this social field from an ethnographic course that considers several dimensions found when pursuing human practices with these mushrooms: use regulations; cyberspace and mycological techniques; modalities of trade and non-trade there; experiments-events shared between people-organisms and the reporting of their "trips" with mushrooms. The work considers humans and mushrooms as protagonists, and the practice of mushroom ingestion as relations between people and materials; thus chasing mushrooms and the conceptions of them in different contexts and between different research participants.
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Identificação fenotípica e molecular, perfil de suscetibilidade aos antifúngicos e detecção de glucuronoxilomanana em isolados clínicos de Trichosporon / Phenotypic and molecular identification, antifungal susceptibility profile, and glucuronoxylomannan detection in Trichosporon clinical isolates

Figueiredo, Dulce Sachiko Yamamoto de 06 December 2013 (has links)
Infecções invasivas por Trichosporon spp. ocorrem com maior frequência em pacientes neutropênicos, principalmente portadores de doenças hematológicas malignas, e estão associadas a elevados índices de mortalidade devido às dificuldades na identificação do patógeno e à resistência aos fármacos mais empregados na terapêutica antifúngica. A identificação das espécies de Trichosporon é importante tanto para estudos epidemiológicos, como para associar aspectos clínicos com as espécies causadoras das infecções. Além disso, auxilia no tratamento da enfermidade, uma vez que a suscetibilidades aos fármacos antifúngicos pode variar de acordo com a espécie. Além disso, as leveduras do gênero Trichosporon sintetizam a glucuronoxilomanana (GXM) em sua parede celular, que pode estar envolvida no mecanismo de virulência do patógeno. Este estudo teve como objetivo determinar, por identificação fenotípica e molecular, espécies isoladas de pacientes internados em unidades hospitalares, comparando os resultados obtidos por ambos os métodos; avaliar diferenças na distribuição dessas espécies em relação às formas invasivas e não invasivas da infecção; determinar o perfil de suscetibilidade dessas leveduras aos antifúngicos, empregando um método de micro-diluição de referência e um método comercial; e avaliar a presença de GXM na parede celular dos isolados. Foram avaliados 74 isolados obtidos de amostras clínicas de pacientes do Hospital das Clinicas da FMUSP e de outras unidades hospitalares do Estado de São Paulo, no período de 2003 a 2011. Dezenove amostras foram isoladas de sítios estéreis do organismo (infecções invasivas) e 55 foram isoladas de urina e cateter (isolados não invasivos). Para a identificação das espécies, os isolados foram submetidos a análises fenotípicas, que incluíram estudo macro e micromorfológico, provas fisiológicas e avaliação do perfil bioquímico por sistema automatizado VITEK 2. A identificação molecular foi realizada pelo sequenciamento das regiões IGS e D1/D2 do DNA ribossomal. O perfil de suscetibilidade dos 74 isolados foi analisado pelo método de micro-diluição EUCAST (referência) com os fármacos fluconazol (FCZ), itraconazol (ITZ), voriconazol (VCZ), cetoconazol (CTZ), anfotericina B (AMB) e 5-fluocitosina (5FC); e pelo método de micro-diluição comercial Sensititre YeastOne, com os mesmos fármacos empregados no EUCAST, acrescidos do posaconazol (POS) e caspofungina (CAS). Os valores das concentrações inibitórias mínimas (CIM), erros categórico e essencial, bem como outros parâmetros foram comparados entre os dois métodos. A presença de GXM na parede celular dos 74 isolados foi determinada por citometria de fluxo, empregando anticorpo monoclonal anti-GXM. Os resultados dos estudos morfológicos e fisiológicos foram insuficientes para definir as espécies dos 74 isolados. Pela assimilação de carboidratos analisada pelo sistema VITEK 2, verificou-se que 71 isolados foram identificados como T. asahii (17 de infecção invasiva e 54 não invasivos), um isolado como T. mucoides (invasivo), e para dois isolados (um invasivo e um não invasivo), a identificação não foi conclusiva. Para estes últimos foi realizado o auxanograma (método manual), e a identificação permaneceu inconclusiva, pois pelo perfil de assimilação, os isolados poderiam ser identificados como T. asahii ou T. faecale. Pela técnica de sequenciamento, 62 dos 74 isolados foram identificados como T. asahii, demonstrando 82,4% de concordância com o sistema VITEK 2. Onze isolados com identificações discordantes pertenciam às espécies T. inkin (8), T. faecale (2) e T. dermatis (1), como determinado por sequenciamento. Dos dois isolados com identificação inconclusiva pelo VITEK 2, um foi identificado pela técnica molecular como T. asahii, enquanto para o outro isolado não foi possível definir a espécie. Portanto, dos 74 isolados do estudo, 62 foram identificados como T. asahii, 8 como T. inkin, 2 como T. faecale e 1 T. dermatis; dois isolados permaneceram sem identificação conclusiva. Os resultados dos testes de suscetibilidade in vitro mostraram que, em ambos os métodos, VCZ apresentou a melhor atividade antifúngica. Pelo método EUCAST, foram obtidos valores elevados de CIM para AMB, enquanto o mesmo não foi observado no teste comercial. Neste último, foram observados valores elevados de CIM para FCZ, POS e CAS. Em relação à 5FC, os valores de CIM 90% por ambos os testes foram elevados (16mg/L). Diferenças significantes foram observadas entre os valores de CIM obtidas pelos dois métodos, e percentuais relativamente elevados de erros categóricos graves quando o método comercial foi comparado ao de referência. Não houve diferença estatística significante de valores de CIM entre isolados de infecção invasiva e não invasiva, exceto para ITZ e 5FC. Cerca de 30% dos isolados obtidos de casos de infecção invasiva e não invasivos apresentaram resistência cruzada entre os azóis FCZ e VCZ, e uma pequena porcentagem apresentou multirresistência. Para a análise de GXM na parede celular dos 74 isolados do estudo, foi avaliada a intensidade de fluorescência emitida pela citometria de fluxo, não tendo sido observada diferença estatística significante entre isolados invasivos e não invasivos. O estudo permitiu concluir que T. asahii foi a espécie mais isolada das amostras clínicas obtidas de sítios estéreis e não estéreis. A metodologia clássica de identificação fenotípica não foi suficiente para definir as espécies do gênero Trichosporon, e o sistema VITEK 2 apresentou discordância quando comparado à técnica molecular para as espécies não T. asahii. Em relação aos testes de suscetibilidade in vitro, VCZ apresentou-se mais adequado para a inibição das leveduras, enquanto os fármacos AMB, FCZ e POS não foram eficazes para a maior parte dos isolados. As discordâncias encontradas entre o método de referência e o comercial sugerem que, para o segundo, são necessárias mais avaliações para seu emprego em rotina laboratorial para o gênero Trichosporon. A detecção de GXM não resultou em diferenças entre os isolados de ambos os grupos; no entanto, para se determinar o efeito protetor do polissacarídeo contra a ação de macrófagos, ensaios de fagocitose devem ser realizados / Invasive Trichosporon spp. infections occur more frequently in neutropenic patients, especially those with hematologic malignancies, and are associated with high mortality rates due to difficulties in identifying the pathogen and treating patients with drugs most currently employed in antifungal therapy. Trichosporon species identification is important for epidemiological studies and to better define eventual species-specific clinical association. Additionally, antifungal susceptibility may vary according to the species. Furthermore, glucuronoxylomannan (GXM) is a cell wall-associated polysaccharide produced by genus Trichosporon, which may be involved in virulence mechanisms of this pathogen. This study aimed (i) to identify Trichosporon species isolated from hospitalized patients by both phenotypic and molecular methods, comparing results; (ii) to verify the distribution of these species in invasive and non-invasive infection episodes; (iii) to determine the in vitro activities of various antifungals agents against the Trichosporon spp. isolates, employing a reference micro-dilution method and a commercial system; (iv) and to analyze the surface expression of GXM. Seventy-four Trichosporon spp. isolates obtained from clinical specimens of patients admitted to the Hospital das Clínicas-FMUSP and to other hospitals in the state of São Paulo, from 2003 to 2011, were included in the study. Nineteen samples were isolated from sterile deep sites (invasive infections) and 55 were isolated from catheter and urine samples (non-invasive isolates). All isolates were submitted to phenotypic analysis, which consisted in morphological features observation, physiological tests and determination of the biochemical profile by VITEK 2 system. Molecular identification was performed by sequencing of IGS1 and D1/D2 regions from the ribosomal DNA. The susceptibility antifungal profiles of the 74 isolates were analyzed by both the EUCAST micro-dilution method (reference) employing fluconazole (FCZ), itraconazole (ITZ), voriconazole (VCZ), ketoconazole (CTZ), amphotericin B (AMB) and 5 - flucytosine (5FC), and the commercial micro-dilution test Sensititre YeastOne, with the same drugs employed in EUCAST plus posaconazole (POS) and caspofungin (CAS). The minimum inhibitory concentration values (MIC), categorical and essential errors as well as other susceptibility parameters were compared between both methods. The cell wall expression of GXM of all isolates was measured by flow cytometry employing an anti-GXM monoclonal antibody. The morphological and physiological features of the Trichosporon spp. isolates were insufficientto define species. The carbohydrate assimilation analysis, performed by VITEK 2 system, has resulted in 71 isolates identified as T. asahii (17 from invasive infections and 54 non-invasive isolates) and one isolate as T. mucoides (invasive). The species identification for the two remaining isolates (one invasive and one non-invasive) was inconclusive. For this reason, a manual auxanogram was performed with these isolates, resulting again in non-conclusive species identification. By the automated sequencing method, 62 of the 74 isolates were identified as T. asahii, showing 82.4% of agreement with the VITEK 2 identification. Eleven isolates were identified by sequencing as T. inkin (8), T. faecale (2) and T. dermatis (1), showing disagreement identification with the VITEK 2 system. Regarding the two isolates with inconclusive results by the carbohydrate assimilation, the molecular technique identified one as T. asahii, whereas for the other isolate the sequencing was also unable to define species. Therefore, among the 74 studied isolates, 62 were identified as T. asahii, eight as T. inkin, two as T. faecale and one as T. dermatis; and two isolates remained with unconclusive identification. Almost all Trichosporon spp. isolates displayed susceptibility to VCZ with both methods. By the EUCAST method, high values of MIC were observed for AMB, while by the commercial test especially the invasive isolates showed susceptibility to this drug. Additionally, the Sensititre kit provided elevated MIC values for FCZ, POS and CAS. In regards to 5FC, the MIC 90% values were consistently high (16 mg/L) in both methodologies. The MIC values obtained by both EUCAST and commercial methods were compared, resulting in significant differences of MIC values for all tested antifungal drugs; major categorical errors occurred at relatively high percentage with the commercial method. No statistically significant differences in MIC values were verified when invasive and non-invasive isolates were compared. Around 30% of both invasive and non-invasive isolates showed cross-resistance to FCZ and VCZ, while a small number of isolates was multiresistant. The GXM analysis by cytometry demonstrated no significant differences between invasive and non- invasive isolates. This study demonstrated that T. asahii was the most frequently isolated species from both deep and non-sterile sites of the patients. The classical phenotypic methodology was not able to define Trichosporon species, and the VITEK 2 system identification showed disagreement with the sequencing technique for the non-T. asahii species. Regarding the in vitro susceptibility tests, VCZ was the most effective drug against the isolates, whereas most of them appear to be less susceptible to AMB, FCZ and POS. The discrepancies in the Trichosporon spp. susceptibility results between the reference and commercial methods suggest that the latter requires further evaluation tests before it can be used in routine laboratory. Although the GXM expression seemed to be equal in both invasive and non-invasive Trichosporon spp. isolates, phagocytic assays should be performed in order to determine the protective effect of the polysaccharide against phagocytosis
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Identificação fenotípica e molecular, perfil de suscetibilidade aos antifúngicos e detecção de glucuronoxilomanana em isolados clínicos de Trichosporon / Phenotypic and molecular identification, antifungal susceptibility profile, and glucuronoxylomannan detection in Trichosporon clinical isolates

Dulce Sachiko Yamamoto de Figueiredo 06 December 2013 (has links)
Infecções invasivas por Trichosporon spp. ocorrem com maior frequência em pacientes neutropênicos, principalmente portadores de doenças hematológicas malignas, e estão associadas a elevados índices de mortalidade devido às dificuldades na identificação do patógeno e à resistência aos fármacos mais empregados na terapêutica antifúngica. A identificação das espécies de Trichosporon é importante tanto para estudos epidemiológicos, como para associar aspectos clínicos com as espécies causadoras das infecções. Além disso, auxilia no tratamento da enfermidade, uma vez que a suscetibilidades aos fármacos antifúngicos pode variar de acordo com a espécie. Além disso, as leveduras do gênero Trichosporon sintetizam a glucuronoxilomanana (GXM) em sua parede celular, que pode estar envolvida no mecanismo de virulência do patógeno. Este estudo teve como objetivo determinar, por identificação fenotípica e molecular, espécies isoladas de pacientes internados em unidades hospitalares, comparando os resultados obtidos por ambos os métodos; avaliar diferenças na distribuição dessas espécies em relação às formas invasivas e não invasivas da infecção; determinar o perfil de suscetibilidade dessas leveduras aos antifúngicos, empregando um método de micro-diluição de referência e um método comercial; e avaliar a presença de GXM na parede celular dos isolados. Foram avaliados 74 isolados obtidos de amostras clínicas de pacientes do Hospital das Clinicas da FMUSP e de outras unidades hospitalares do Estado de São Paulo, no período de 2003 a 2011. Dezenove amostras foram isoladas de sítios estéreis do organismo (infecções invasivas) e 55 foram isoladas de urina e cateter (isolados não invasivos). Para a identificação das espécies, os isolados foram submetidos a análises fenotípicas, que incluíram estudo macro e micromorfológico, provas fisiológicas e avaliação do perfil bioquímico por sistema automatizado VITEK 2. A identificação molecular foi realizada pelo sequenciamento das regiões IGS e D1/D2 do DNA ribossomal. O perfil de suscetibilidade dos 74 isolados foi analisado pelo método de micro-diluição EUCAST (referência) com os fármacos fluconazol (FCZ), itraconazol (ITZ), voriconazol (VCZ), cetoconazol (CTZ), anfotericina B (AMB) e 5-fluocitosina (5FC); e pelo método de micro-diluição comercial Sensititre YeastOne, com os mesmos fármacos empregados no EUCAST, acrescidos do posaconazol (POS) e caspofungina (CAS). Os valores das concentrações inibitórias mínimas (CIM), erros categórico e essencial, bem como outros parâmetros foram comparados entre os dois métodos. A presença de GXM na parede celular dos 74 isolados foi determinada por citometria de fluxo, empregando anticorpo monoclonal anti-GXM. Os resultados dos estudos morfológicos e fisiológicos foram insuficientes para definir as espécies dos 74 isolados. Pela assimilação de carboidratos analisada pelo sistema VITEK 2, verificou-se que 71 isolados foram identificados como T. asahii (17 de infecção invasiva e 54 não invasivos), um isolado como T. mucoides (invasivo), e para dois isolados (um invasivo e um não invasivo), a identificação não foi conclusiva. Para estes últimos foi realizado o auxanograma (método manual), e a identificação permaneceu inconclusiva, pois pelo perfil de assimilação, os isolados poderiam ser identificados como T. asahii ou T. faecale. Pela técnica de sequenciamento, 62 dos 74 isolados foram identificados como T. asahii, demonstrando 82,4% de concordância com o sistema VITEK 2. Onze isolados com identificações discordantes pertenciam às espécies T. inkin (8), T. faecale (2) e T. dermatis (1), como determinado por sequenciamento. Dos dois isolados com identificação inconclusiva pelo VITEK 2, um foi identificado pela técnica molecular como T. asahii, enquanto para o outro isolado não foi possível definir a espécie. Portanto, dos 74 isolados do estudo, 62 foram identificados como T. asahii, 8 como T. inkin, 2 como T. faecale e 1 T. dermatis; dois isolados permaneceram sem identificação conclusiva. Os resultados dos testes de suscetibilidade in vitro mostraram que, em ambos os métodos, VCZ apresentou a melhor atividade antifúngica. Pelo método EUCAST, foram obtidos valores elevados de CIM para AMB, enquanto o mesmo não foi observado no teste comercial. Neste último, foram observados valores elevados de CIM para FCZ, POS e CAS. Em relação à 5FC, os valores de CIM 90% por ambos os testes foram elevados (16mg/L). Diferenças significantes foram observadas entre os valores de CIM obtidas pelos dois métodos, e percentuais relativamente elevados de erros categóricos graves quando o método comercial foi comparado ao de referência. Não houve diferença estatística significante de valores de CIM entre isolados de infecção invasiva e não invasiva, exceto para ITZ e 5FC. Cerca de 30% dos isolados obtidos de casos de infecção invasiva e não invasivos apresentaram resistência cruzada entre os azóis FCZ e VCZ, e uma pequena porcentagem apresentou multirresistência. Para a análise de GXM na parede celular dos 74 isolados do estudo, foi avaliada a intensidade de fluorescência emitida pela citometria de fluxo, não tendo sido observada diferença estatística significante entre isolados invasivos e não invasivos. O estudo permitiu concluir que T. asahii foi a espécie mais isolada das amostras clínicas obtidas de sítios estéreis e não estéreis. A metodologia clássica de identificação fenotípica não foi suficiente para definir as espécies do gênero Trichosporon, e o sistema VITEK 2 apresentou discordância quando comparado à técnica molecular para as espécies não T. asahii. Em relação aos testes de suscetibilidade in vitro, VCZ apresentou-se mais adequado para a inibição das leveduras, enquanto os fármacos AMB, FCZ e POS não foram eficazes para a maior parte dos isolados. As discordâncias encontradas entre o método de referência e o comercial sugerem que, para o segundo, são necessárias mais avaliações para seu emprego em rotina laboratorial para o gênero Trichosporon. A detecção de GXM não resultou em diferenças entre os isolados de ambos os grupos; no entanto, para se determinar o efeito protetor do polissacarídeo contra a ação de macrófagos, ensaios de fagocitose devem ser realizados / Invasive Trichosporon spp. infections occur more frequently in neutropenic patients, especially those with hematologic malignancies, and are associated with high mortality rates due to difficulties in identifying the pathogen and treating patients with drugs most currently employed in antifungal therapy. Trichosporon species identification is important for epidemiological studies and to better define eventual species-specific clinical association. Additionally, antifungal susceptibility may vary according to the species. Furthermore, glucuronoxylomannan (GXM) is a cell wall-associated polysaccharide produced by genus Trichosporon, which may be involved in virulence mechanisms of this pathogen. This study aimed (i) to identify Trichosporon species isolated from hospitalized patients by both phenotypic and molecular methods, comparing results; (ii) to verify the distribution of these species in invasive and non-invasive infection episodes; (iii) to determine the in vitro activities of various antifungals agents against the Trichosporon spp. isolates, employing a reference micro-dilution method and a commercial system; (iv) and to analyze the surface expression of GXM. Seventy-four Trichosporon spp. isolates obtained from clinical specimens of patients admitted to the Hospital das Clínicas-FMUSP and to other hospitals in the state of São Paulo, from 2003 to 2011, were included in the study. Nineteen samples were isolated from sterile deep sites (invasive infections) and 55 were isolated from catheter and urine samples (non-invasive isolates). All isolates were submitted to phenotypic analysis, which consisted in morphological features observation, physiological tests and determination of the biochemical profile by VITEK 2 system. Molecular identification was performed by sequencing of IGS1 and D1/D2 regions from the ribosomal DNA. The susceptibility antifungal profiles of the 74 isolates were analyzed by both the EUCAST micro-dilution method (reference) employing fluconazole (FCZ), itraconazole (ITZ), voriconazole (VCZ), ketoconazole (CTZ), amphotericin B (AMB) and 5 - flucytosine (5FC), and the commercial micro-dilution test Sensititre YeastOne, with the same drugs employed in EUCAST plus posaconazole (POS) and caspofungin (CAS). The minimum inhibitory concentration values (MIC), categorical and essential errors as well as other susceptibility parameters were compared between both methods. The cell wall expression of GXM of all isolates was measured by flow cytometry employing an anti-GXM monoclonal antibody. The morphological and physiological features of the Trichosporon spp. isolates were insufficientto define species. The carbohydrate assimilation analysis, performed by VITEK 2 system, has resulted in 71 isolates identified as T. asahii (17 from invasive infections and 54 non-invasive isolates) and one isolate as T. mucoides (invasive). The species identification for the two remaining isolates (one invasive and one non-invasive) was inconclusive. For this reason, a manual auxanogram was performed with these isolates, resulting again in non-conclusive species identification. By the automated sequencing method, 62 of the 74 isolates were identified as T. asahii, showing 82.4% of agreement with the VITEK 2 identification. Eleven isolates were identified by sequencing as T. inkin (8), T. faecale (2) and T. dermatis (1), showing disagreement identification with the VITEK 2 system. Regarding the two isolates with inconclusive results by the carbohydrate assimilation, the molecular technique identified one as T. asahii, whereas for the other isolate the sequencing was also unable to define species. Therefore, among the 74 studied isolates, 62 were identified as T. asahii, eight as T. inkin, two as T. faecale and one as T. dermatis; and two isolates remained with unconclusive identification. Almost all Trichosporon spp. isolates displayed susceptibility to VCZ with both methods. By the EUCAST method, high values of MIC were observed for AMB, while by the commercial test especially the invasive isolates showed susceptibility to this drug. Additionally, the Sensititre kit provided elevated MIC values for FCZ, POS and CAS. In regards to 5FC, the MIC 90% values were consistently high (16 mg/L) in both methodologies. The MIC values obtained by both EUCAST and commercial methods were compared, resulting in significant differences of MIC values for all tested antifungal drugs; major categorical errors occurred at relatively high percentage with the commercial method. No statistically significant differences in MIC values were verified when invasive and non-invasive isolates were compared. Around 30% of both invasive and non-invasive isolates showed cross-resistance to FCZ and VCZ, while a small number of isolates was multiresistant. The GXM analysis by cytometry demonstrated no significant differences between invasive and non- invasive isolates. This study demonstrated that T. asahii was the most frequently isolated species from both deep and non-sterile sites of the patients. The classical phenotypic methodology was not able to define Trichosporon species, and the VITEK 2 system identification showed disagreement with the sequencing technique for the non-T. asahii species. Regarding the in vitro susceptibility tests, VCZ was the most effective drug against the isolates, whereas most of them appear to be less susceptible to AMB, FCZ and POS. The discrepancies in the Trichosporon spp. susceptibility results between the reference and commercial methods suggest that the latter requires further evaluation tests before it can be used in routine laboratory. Although the GXM expression seemed to be equal in both invasive and non-invasive Trichosporon spp. isolates, phagocytic assays should be performed in order to determine the protective effect of the polysaccharide against phagocytosis
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Zone line formation on artificial media and in hardwoods by basidiomycetes for production of spalted wood

Gantz, Stephanie, Steudler, Susanne, Delenk, Hubertus, Wagenführ, André, Bley, Thomas 23 June 2020 (has links)
One of the visual modification of wood is the formation of dark zone lines (ZLs) via interaction of fungi. The result is called spalted wood, which has hitherto been produced mainly in small batches. The main goal of the present study is to further develop techniques for rapid formation of ZLs in hardwoods. Various white rot and brown rot fungi were tested to this purpose. Initially, interactions of 148 combinations of 17 basidiomycetes in malt extract agar were evaluated and their antagonistic interactions were characterised in order to identify fungal pairs capable of rapidly forming high-quality ZLs. Six types of interactions were observed, among others; antibiosis and inhibition in contact, which differ in terms of variables including mycelial overgrowth and zone line formation. Furthermore, 23 pairs of ZL forming fungi on malt extract agar were identified. Then the interactions of five selected pairs of fungi grown on the hardwood species Acer pseudoplatanus L., Betula pendula Roth. and Populus nigra L. were examined to assess their utility for controlled mycological wood modification, also in terms of a possible substrate dependency of their interactions. The results indicate that Lentinus tigrinus fungus is one of the best and quickest producer of ZLs in mycological wood modification.
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70 years of wood modification with fungi

Stange, Stephanie, Wagenführ, André 08 April 2024 (has links)
To obtain special wood properties for various technical applications, fungi with their broad spectrum of activity can make a contribution. The foundations for today's mycological wood modifications were laid by researchers who wanted to increase the yield of edible mushrooms. They noticed the changed properties of the wooden substrate by the progressive wood degradation. Controlled use of fungi and an eye for the technical benefits of mycologically degraded wood revolutionized the fundaments of wood modification, primarily biological. In this context, the so-called Myko-Holz (myco-wood) plays a unique role and influences the current research for pencil wood, tone wood or even spalting.

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