S.pneumoniae yra vienas dažniausiai sutinkamų bakterinių patogenų, sukeliančių ligas mažiems vaikams. S.pneumoniae, ypatingai atskirų jo serotipų, paplitimas, jautrumas antibakteriniams preparatams yra skirtingas įvairiose šalyse ir nuolat kinta. Pagrindinis S.pneumoniae infekcijos šaltinis – sveiki ikimokyklinio amžiaus vaikai, nešiojantys pneumokoką nosiaryklėje. Šio tyrimo tikslas – išanalizuoti S.pneumoniae nešiojimo nosiaryklėje dažnumą tarp sveikų ir dažnai sergančių kvėpavimo takų ligomis vaikų Vilniuje, nustatyti vyraujančius S.pneumoniae serotipus ir jų jautrumą antibakteriniams preparatams. Taip pat nustatyti dažno antibakterinių preparatų vartojimo įtaką pneumokokų nešiojimui nosiaryklėje, atskirų serotipų paplitimui, jautrumui antibakteriniams preparatams. Įvertinti gleivinių imuninį atsaką į pneumokokinę infekciją, pagal seilėse esančius imunoglobulinus. Išvados: 1. Nustatytas dažnas - apie 40% S.pneumoniae nešiojimas tirtų vaikų nosiaryklėse, vyrauja invazines ligas sukeliantys S.pneumoniae serotipai. 2. Jautrumas penicilino grupės antibakteriniams preparatams išlieka nekintantis ir sudaro 90% visų tirtų S.pneumoniae padermių. Jautrumas makrolidų grupės antibakteriniams preparatams palaipsniui mažėja, nuo 96% iki 82 %; tai susiję su dažnėjančiu naujos kartos makrolidų vartojimu. 3. Daugkartinis antibakterinių preparatų vartojimas neapsaugo nuo S.pneumoniae nešiojimo nosiaryklėje. 4. Vaikų gleivinių imuninis atsakas skirtingas atskiriems S.pneumoniae serotipams... [toliau žr. visą tekstą] / Streptococcus pneumoniae, or pneumococcus, is Gram-positive, alpha-hemolytic, bile soluble diplococcus aerotolerant anaerobe and a member of the genus Streptococcus (phylum Firmicutes). Streptococcus pneumoniae (S.pneumoniae) is known in medical microbiology as the pneumococcus. It has a polysaccharide capsule that acts as a virulence factor for the organism; more than 90 different serotypes are known, and these types differ in virulence, prevalence, and extent of drug resistance. Streptococcus pneumoniae is a normal inhabitant of the human upper respiratory tract. The serotype distribution among nasopharyngeal carriage isolates varies by country, age-group, origin, type of cohort. Pneumococcal disease will not occur without preceding nasopharyngeal colonization with the homologous strain. In addition, pneumococcal carriage is believed to be an important source of horizontal spread this pathogen within the community. Because the highest frequency of the pneumococcal colonization and the highest crowding index are found in young children, this risk group is thought to be the most important vector for horizontal dissemination of pneumococcal strains within the community. In Europe asymptomatic nasopharyngeal carriage of pneumococcal infection is 30% -60% and in Asia or Africa it is up to 98%. Carriage rate of different serotypes in the same population changes during the time. S.pneumoniae is a common bacterial agent that causes a wide variety of infections including mucosal... [to full text]

Streptococcus pneumoniae, or pneumococcus, is Gram-positive, alpha-hemolytic, bile soluble diplococcus aerotolerant anaerobe and a member of the genus Streptococcus (phylum Firmicutes). Streptococcus pneumoniae (S.pneumoniae) is known in medical microbiology as the pneumococcus. It has a polysaccharide capsule that acts as a virulence factor for the organism; more than 90 different serotypes are known, and these types differ in virulence, prevalence, and extent of drug resistance. Streptococcus pneumoniae is a normal inhabitant of the human upper respiratory tract. The serotype distribution among nasopharyngeal carriage isolates varies by country, age-group, origin, type of cohort. Pneumococcal disease will not occur without preceding nasopharyngeal colonization with the homologous strain. In addition, pneumococcal carriage is believed to be an important source of horizontal spread this pathogen within the community. Because the highest frequency of the pneumococcal colonization and the highest crowding index are found in young children, this risk group is thought to be the most important vector for horizontal dissemination of pneumococcal strains within the community. In Europe asymptomatic nasopharyngeal carriage of pneumococcal infection is 30% -60% and in Asia or Africa it is up to 98%. Carriage rate of different serotypes in the same population changes during the time. S.pneumoniae is a common bacterial agent that causes a wide variety of infections including mucosal... [to full text] / S.pneumoniae yra vienas dažniausiai sutinkamų bakterinių patogenų, sukeliančių ligas mažiems vaikams. S.pneumoniae, ypatingai atskirų jo serotipų, paplitimas, jautrumas antibakteriniams preparatams yra skirtingas įvairiose šalyse ir nuolat kinta. Pagrindinis S.pneumoniae infekcijos šaltinis – sveiki ikimokyklinio amžiaus vaikai, nešiojantys pneumokoką nosiaryklėje. Šio tyrimo tikslas – išanalizuoti S.pneumoniae nešiojimo nosiaryklėje dažnumą tarp sveikų ir dažnai sergančių kvėpavimo takų ligomis vaikų Vilniuje, nustatyti vyraujančius S.pneumoniae serotipus ir jų jautrumą antibakteriniams preparatams. Taip pat nustatyti dažno antibakterinių preparatų vartojimo įtaką pneumokokų nešiojimui nosiaryklėje, atskirų serotipų paplitimui, jautrumui antibakteriniams preparatams. Įvertinti gleivinių imuninį atsaką į pneumokokinę infekciją, pagal seilėse esančius imunoglobulinus. Išvados: 1. Nustatytas dažnas - apie 40% S.pneumoniae nešiojimas tirtų vaikų nosiaryklėse, vyrauja invazines ligas sukeliantys S.pneumoniae serotipai. 2. Jautrumas penicilino grupės antibakteriniams preparatams išlieka nekintantis ir sudaro 90% visų tirtų S.pneumoniae padermių. Jautrumas makrolidų grupės antibakteriniams preparatams palaipsniui mažėja, nuo 96% iki 82 %; tai susiję su dažnėjančiu naujos kartos makrolidų vartojimu. 3. Daugkartinis antibakterinių preparatų vartojimas neapsaugo nuo S.pneumoniae nešiojimo nosiaryklėje. 4. Vaikų gleivinių imuninis atsakas skirtingas atskiriems S.pneumoniae serotipams... [toliau žr. visą tekstą]

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-11-24T17:17:11Z No. of bitstreams: 1 Ana Paula Menezes.Colonização...pdf: 2951203 bytes, checksum: 9bb7bf3f9b13f1072a22b34565226bf2 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-24T17:17:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Paula Menezes.Colonização...pdf: 2951203 bytes, checksum: 9bb7bf3f9b13f1072a22b34565226bf2 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Streptococcus pneumoniae é um dos agentes etiológicos mais importantes em infecções adquiridas na comunidade. Este patógeno coloniza o trato respiratório de indivíduos saudáveis, apresentando maior prevalência entre 1 e 2 anos de idade (aproximadamente 50%) e depois diminui com a idade adulta (aproximadamente 10%). A alta incidência das doenças pneumocócicas e a crescente resistência aos antimicrobianos, favoreceu a introdução das vacinas conjugadas (ano de 2000). Após a introdução das vacinas conjugadas foi observado à queda na incidência da doença pneumocócica e diminuição da prevalência de colonização por sorotipos vacinais. Em contrapartida vem sendo notado o aumento de casos de doença sorotipos não vacinais. Por isso a importância de verificar a dinâmica da colonização nasofaringeana por pneumococos em crianças < 5 anos de idade antes da introdução da vacina. Foram selecionadas radomicamente 203 crianças residentes da comunidade de Pau da Lima, Salvador, Bahia, das quais foi colhido a amostra nasofaringeana em quatro períodos durante um ano com intervalo de três a quatro meses entre cada coleta. No período de janeiro de 2008 a janeiro de 2009 foram colhidos um total de 721 swabs, sendo 398 positivos para pneumococos (56%). Os fatores de risco associados a colonização foram: aglomeração, contato com crianças menores de 2 anos de idade e presença de ITRS. Os sorotipos vacinais mais prevalentes foram o 6A/B, 19F, 14, 23F e 18. O sorotipo 19F foi o segundo mais prevalente e associado com a não susceptibilidade à penicilina. Dezesseis isolados do sorotipo 19F foram não tipáveis (NT) pelo método de multiplex PCR; sendo identificados apenas quando submetidos a reação de Quellung. Por isso, foi desenvolvido um novo primer para identificação deste sorotipo. Entre os sorotipos não vacinais os mais prevalentes foram o 16F, 15B/C, 6C e 34. A não susceptibilidade a penicilina e TMP/SMX foi de 38,5% e 58,0%, respectivamente. Pode-se observar que 91% dessas crianças estiveram colonizadas pelo menos uma vez durante o seguimento e que sorotipos não vacinais (34 e 15B/C) persistiram colonizando a mesma criança em mais de uma coleta. Ao longo do estudo, clones internacionais foram identificados na comunidade como o “Spain9V-3” (ST 156) e “Portugal 19F-21” (ST 177), relacionados com a não susceptibilidade a penicilina. O monitoramento da dinâmica da colonização pós-vacina é importante para a adequação da prevenção na era das vacinas conjugadas com limitado número de sorotipos. / Streptococcus pneumoniae is one of the most important etiologic agents in community-acquired infections. This pathogen colonizes the respiratory tract of healthy individuals shortly after birth, with higher prevalence of between 1 and 2 years of age (approximately 50%) and then decreases with age reaching adult rates below 10%. The high incidence and increasing antimicrobial resistance, favored the introduction of conjugate vaccines in 2000. After the introduction of conjugate vaccines a decreasing incidence of pneumococcal disease and carriage rates by vaccine serotypes was observed. In contrast we observe an increase in number of cases of disease and carriage by non-vaccine serotypes. Thus, this study aims to determine the dynamics of nasopharyngeal colonization by pneumococci in children <5 years of age after introduced the conjugate vaccine. A total of 203 children were random selected at the community of Pau da Lima in Salvador, Bahia, of whom the nasopharyngeal swab was collected in four periods with interval of 3 to 4 months between each collection. A total of 721 swabs were collected from January 2008 to January 2009, with 398 positive for pneumococci (56%). Risk factors associated with colonization were: crowding, contact with children lower than 2 years old and the presence of URTI. and The most prevalent vaccine serotype were 6A / B, 19F, 14; 23F and 18. The serotype 19F was the second most prevalent and associated with non-susceptibility to penicillin. Sixteen isolates of serotype 19F were nontypeable (NT) by the method of multiplex PCR; being identified only when submitted to Quellung reaction. Therefore, we developed a new primer to identify this serotype. The most prevalent non-vaccine serotypes were 16F, 15B / C, 6C and 34. The non-susceptibility to penicillin and TMP / SMX was 38.5% and 58.0%, respectively. It can be seen that 91% of the children were colonized at least once during follow-up and non-vaccine serotypes (34 and 15B / C) persisted colonizing the same child on more the one collection. Throughout the study, international clones were identified circulating at this community as the Spain9V-3 (ST 156) and Portugal 19F-21 (ST 177), all related with non-susceptibility to penicillin. The monitoring of the dynamics of post-vaccine colonization is important for the adequacy of prevention in the era of conjugated vaccines with limited repertoire of serotypes.

Submitted by Marlene Santos (marlene.bc.ufg@gmail.com) on 2014-12-01T16:24:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-12-04T14:30:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação- Weslley José Moreira Garcia - 2013.pdf: 1042957 bytes, checksum: a4d228204aeaaf723a235c9bd9929256 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-01-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Brazil was the first country to introduce the pneumococcal conjugate 10valent vaccine into the National Immunization Program for infants, in 2010. The nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae occurs early in life. It is the first step for the development of invasive diseases. So far no study has evaluated the impact of vaccination on the reduction on pneumococcal carriage. The evaluation of the impact of vaccination should based on technologies with high accuracy. In this investigation we applied molecular technologies, recently developed, to ascertain pneumococcal nasopharyngeal colonization and serotypes. Objectives: (i) to compare the prevalence of S. pneumoniae nasopharyngeal colonization by using real-time PCR (RT-PCR) and multiplex PCR, and culture (“gold standard”) in children residing in Goiania municipality; (ii) to evaluate the simultaneous colonization by different serotypes by using the multiplex PCR technique. Methods: A household populationbased survey was carried out between October/2010 and March/2011 by using a systematic sampling, weighted by census tract. Based on previous studies, the sample size was calculated taking into account an estimated 50% of pneumocococcal carriage. A total of 1,437 nasopharyngeal swabs were collected from children less than 24 months of age. Broth-enriched culture of nasopharynx specimens followed by pneumococcal isolation by both, culture and RT-PCR targeting the lytA gene (S. pneumoniae) were performed. Pneumococcal carriage was defined for RT-PCR Cycle threshold (Ct) < 35.0, and therefore all samples were submitted to multiplex PCR to detect serotypes. ROC curve (Receiver Operating Characteristics) were built up to identify Ct values predicted of S. pneumoniae positive culture. Results: The prevalence of pneumococcal carriage by RT-PCR (56.9%) was statistically higher (p< 0,001), compared to that obtained by culture (39.3%), regardless of the vaccination status. Among the 818 positive children/samples by RT-PCR, in 54.2% of them it was possible to detect the serotype. Simultaneous colonization by different types was found in 6.9% of the children. Ct values Ct33.0 showed the best accuracy (91.4%) to predict positive pneumococcal culture (Sensitivity=88% and Specificity=81.2%). When using Ct values  32.0 we found the best accuracy of multiplex PCR in detecting serotypes (Sensitivity =90% and Specificity =84,7%). Conclusion: Our findings suggest that RT-PCR and multiplex PCR techniques showed great potential to be used in evaluating the vaccination impact. Further studies are needed to evaluate the cost-effectiveness of using these technologies on a large scale. / O Brasil foi o primeiro pais a introduzir a vacina pneumocócica conjugada, 10-valente (PCV10), no Programa de Imunização infantil, em 2010. A colonização nasofaringeana pelo Streptococcus pneumoniae ocorre na infância e é etapa obrigatória para desenvolvimento da doença invasiva. Até o momento nenhum estudo avaliou o impacto da vacinação na redução do estado de portador. Para avaliação do impacto de vacinas deve-se utilizar tecnologias de alta acurácia. Este estudo utiliza técnicas moleculares, recentemente desenvolvidas, para detecção de pneumococo e sorotipos de secreção nasofaringeana.Objetivos: (i) Comparar a prevalência de colonização nasofaringeana por S. pneumoniae pelas técnicas de PCR em tempo real (RT-PCR) e cultura (―padrão-ouro‖) em crianças residentes em Goiânia no primeiro ano de introdução da PCV10; (ii) avaliar a colonização simultânea por pneumococo por diferentes sorotipos por meio da reação de PCR multiplex. Métodos: Um inquérito populacional domiciliar foi conduzido de outubro/2010 a março/2011, com coleta de 1.437 swabs nasofaríngeos de crianças < 24 meses de idade. A amostragem foi sistemática, ponderada por setor censitário, com tamanho da amostra calculado para prevalência esperada de 50% de portador. O isolamento do pneumococo foi realizado a partir do caldo enriquecido (meio STGG). A cultura foi realizada pela semeadura do caldo em placas de Agar sangue de carneiro. A RT-PCR foi direcionada para o gene lytA do pneumococo, utilizando como positividade valores do ciclo da PCR (Ct-Cycle threshold) <35,0. A reação de PCR multiplex para sorotipagem foi realizada para amostras com valores de Ct<35,0. Foram construídas curvas ROC (Receiver Operating Characteristics) para identificação de valores de Ct preditivos de cultura positiva e de tipo capsular. Resultados: A prevalência de pneumococo obtida pela RT-PCR foi de 56,9%, estatisticamente maior do que a prevalência de 39,3% obtida pela cultura (p< 0,001), independente da situação vacinal da criança. Dentre as 818 crianças positivas pela RT-PCR, em 54,2% delas foi possível detectar-se o tipo capsular. Cocolonização por diferentes sorotipos foi encontrada em 6,9% (100/1.437) das crianças. Valores de Ct33,0 apresentaram a melhor acurácia (91,4%) na predição de cultura positiva para pneumococo (sensibilidade/S=88% e especificidade/E=81,2%). Para detecção de sorotipos a melhor acurácia da PCR multiplex foi para valores de Ct32,0 (S=90% e E=84,7%). Conclusão: Os resultados sugerem que as técnicas de PCR em tempo real e multiplex apresentam grande potencial para serem utilizadas em estudos de avaliação de impacto da vacinação, respectivamente no portador e nos sorotipos vacinais. Estudos deverão ser conduzidos para se avaliar o custo-benefício da utilização desta tecnologia em larga escala.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseCristyaneBenicio2010.pdf: 531193 bytes, checksum: 9a3d68036fe340ca60db84cb20f7066b (MD5) Previous issue date: 2010-02-18 / Objectives (i) Present review article focusing on pneumococcal vaccines and carriage; (ii) to validate sequential multiplex PCR for identifying pneumococcal capsular serotypes from children attending day-care centers; (iii) determine the multilocus sequence typing; (iv) to identify the capsular types of multiple colonies of S. pneumoniae isolates from a single sample of nasopharyngeal secretions of children attending day-care centers in Goiânia. Materials and Methods S. pneumoniae was obtained from health children less than 5 years old attending 62 day care centers of Goiânia. The laboratory procedures were performed according to WHO recommendations. Were selected 217 isolates (penicillin resistant and sensitive) for capsular typing by multiplex PCR technique. MLST was performed for 55 isolates representing the serotypes detected and the different susceptibility patterns for penicillin. Quellung reaction was used for typing isolates serotypes 6A, 6B, 18C and the isolates not typed by multiplex PCR. For 28 presumptive pneumococcal positive NP swabs, 3 colonies were picked to acess possible serotype diversity. Eighty four pneumococci were identified by conventionally procedure and multiplex PCR was performed. Results Serotypes were deduced for 177/217 (81.6%) of the pneumococcal. The most frequent serogroups/serotypes were 14, 6, 23F, 19F and 18. Multiple serotypes were detected in 13 specimens. Were found 19 MLST types and two new ST. Forty (18.4%) were not serotyped by the multiplex PCR and quellung reaction. The analysis of three colonies from the same NP permitted the detection of differente serotypes in 7/28 (25%) NP samples. Conclusion (i) The multiplex PCR is simple and cost-effective method for detecting multiple serotypes in nasopharyngeal isolates; (ii) and thus might be useful for the monitoring of pneumococcal colonization over time; (iii) the use of multiplex PCR can further broaden our understanding of the dynamics of pneumococcal carriage, including multiple serotypes, the effect of vaccination on carriage, and transmission, as well as surveillance of IPD and co-colonization. / Objetivos: (i) Apresentar uma revisão focando as vacinas pneumocócicas e o portador de S. pneumoniae na nasofaringe; (ii) realizar a tipagem capsular de pneumococos colonizadores de nasofaringe de crianças de creches pela técnica de multiplex PCR; (iii) identificar o perfil MLST dos pneumococos isolados na nasofaringe; (iv) identificar os tipos capsulares de múltiplas colônias de S. pneumoniae isolados de uma única amostra de secreção da nasofaringe de crianças que frequentam creches do município de Goiânia pela técnica de multiplex PCR. Material e Métodos: Um estudo de prevalência de portador de pneumococo foi conduzido de agosto a dezembro de 2005, em crianças de dois a 59 meses de idade, atendidas em 62 creches em Goiânia. Os procedimentos laboratoriais para isolamento e identificação dos pneumococos foram realizados de acordo com as técnicas recomendadas pela Organização Mundial de Saúde. Foram selecionados 217 isolados (resistentes e sensíveis à penicilina) para a tipagem capsular pela técnica de multiplex PCR. O perfil MLST foi realizado para 55 isolados, representando os sorotipos detectados e os diferentes perfis de suscetibilidade à penicilina. A reação de Quellung foi usada para tipar os sorotipos 6A, 6B e 18C e os isolados não tipados pelo multiplex PCR. Para a análise de múltiplas colônias de S. pneumoniae, utilizou-se 28 amostras positivas para pneumococo, das quais se recuperou 3 colônias de cada placa de ágar sangue, totalizando 84 colônias, que foram submetidas aos testes de tipagem fenotípica e caracterização capsular pela técnica de multiplex PCR. Resultados: Cento e setenta e sete sorotipos em duzentos e dezessete (177/217), totalizando 81,6% dos pneumococos foram tipados. Os sorotipos mais freqüentes foram 14, 6, 23F, 19F e 18. Foram identificadas múltiplas colônias em 13 amostras de nasofaringe. Foram observados 19 tipos MLST e dois novos tipos de seqüência (ST). Quarenta (18,4%) dos isolados não foram tipados pelo multiplex PCR e todos não tipados pela reação de Quellung. A análise de múltiplas colônias de S. pneumoniae pela técnica de multiplex PCR permitiu a detecção de mais de um tipo em 25% (7/28) das amostras. Conclusões: (i) O método de multiplex PCR mostrou-se seguro e simples na detecção de diferentes tipos capsulares incluídos na reação, além de mais barato; (ii) representou uma valiosa ferramenta em investigações de vigilância de pneumococos; (iii) Aplicação da técnica multiplex PCR permitiu o conhecimento da diversidade genética de pneumococos colonizadores da nasofaringe, detectando a dinâmica da colonização desta bactéria na população, incluindo a colonização por múltiplos sorotipos; a substituição ou mudança de sorotipo como resultado da vacinação; como também vigilância das doenças pneumocócicas invasivas.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-09T13:25:07Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-08-09T13:27:31Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-09T13:27:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tainá Carvalho Guerreiro - 2015.pdf: 1793254 bytes, checksum: b06a919b2f95dde4661fe77445d3668c (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-07-08 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Streptococcus pneumoniae remains as a major cause of childhood morbidity and mortality worldwide, especially in developing countries. Nasopharyngeal colonization is the key of the development of pneumococcal diseases as well as for horizontal spread of this pathogen in the community. Children are the main reservoir of S. pneumoniae and act as vectors in the transmission chain of this microorganism. Pneumococcal conjugate vaccines protect against pneumococcal disease caused by vaccine serotypes, also contributes to the protection against colonization by the same serotypes. In 2010, PCV10 was introduced in the childhood immunization program of Brazil. This is a population-based study that was conducted immediately after the introduction of the vaccine in order to determine the carriage rate of this pathogen in children attending in day care centers in Goiania. These data may be used as a predictor for evaluating the dynamic of the circulating serotypes into the community after the vaccine introduction. Between October and November 2010, nasopharyngeal swabs were collected from 853 children ranging from 36 to 59 months attending in day care centers in Goiania. Isolation and identification of S. pneumoniae were done after the incubation step on broth-enriched for 6 h and posterior plating on blood agar. Isolates that were α-haemolytic, optochin-sensitive and soluble in bile were identified as S. pneumoniae. The isolates were serotyped by cmPCR. The database had been built with the statistical program SPSS (Chicago, IL, USA) version 18.0. The possible risk factors were assessed by multivariate Poisson regression. The level of probability of 0.05 (two-tailed) was used to determine statistical significance. The prevalence of pneumococcus carrier was 57.6% (CI95%: 54.2% - 60.9%). According to the multivariate Poisson regression analysis, children aged 36-47 months (IRR: 1.117; CI95%: 1.007-1.238; p: 0.035) and children in whose houses had four or more residents (IRR: 1.1214; CI95%: 1.078-1.368; p 0.001) were considered risk factors independently associated to pneumococcal colonization. The variable family income equal to or greater than three minimum wages was considered a protective factor independently associated to pneumococcal colonization (IRR: 0.787; CI95%: 0.627-0.990; p 0.041). The most prevalent serotypes and serogroups founded were 6A/6B/6C/6D (n=80; 16.3%), 14 (n=47; 9.6%), 23F (n=46; 9.4%), 19F (n=43; 8.8%), 15B/15C (n=30; 6.1%), 11A/11D (n=28; 5.7%), 3 (n=22; 4.5%) and 19A (n=16; 3.3%). Our results showed a high prevalence of pneumococcal colonization among the study population, indicating that colonization by this microrganism is common among children, especially in environments that favor crowding. The main serotypes/serogroups are cover by PCV10. / Streptococcus pneumoniae é o patógeno responsável pelas maiores taxas de morbidade e mortalidade em crianças, principalmente em países em desenvolvimento. A colonização da nasofaringe é a chave para o desenvolvimento das doenças pneumocócicas, bem como para a transmissão horizontal desse patógeno na comunidade. Crianças são o principal reservatório de S. pneumoniae e atuam como vetores dentro da cadeia de transmissão desse microrganismo. As vacinas pneumocócicas conjugadas (PCV) protegem contra as doenças pneumocócicas causadas pelos sorotipos vacinais, atuando também na proteção contra a colonização pelos mesmos sorotipos. Em 2010, o Brasil introduziu a PCV10 no programa de imunização infantil. Este trabalho é um estudo de base populacional que foi conduzido imediatamente após a introdução da PCV10 para determinar a taxa de portador desse patógeno em crianças não vacinadas que frequentam creches no município de Goiânia. Esses dados poderão ser utilizados como linha de base epidemiológica para avaliação da dinâmica dos sorotipos circulantes na comunidade após a introdução da vacina. Foram coletados, nos meses de outubro e novembro de 2010, 853 swabs de secreção da nasofaringe em crianças entre 36 a 59 meses que frequentavam creches no município de Goiânia. Para o isolamento e identificação de S. pneumoniae as amostras foram incubadas por 6 h em caldo enriquecido e semeadas em ágar sangue. Colônias α-hemolíticas sensíveis à optoquina e à bile foram identificadas como S. pneumoniae. Os isolados foram sorotipados por PCR multiplex convencional. A base de dados foi construída com o programa estatístico SPSS (Chicago, IL, USA) versão 18.0. Os possíveis fatores de risco foram avaliados por regressão de Poisson multivariada. O nível de probabilidade de 0,05 (bi-caudal) foi utilizado para determinar a significância estatística. A prevalência de portador do pneumococo foi de 57,6% (IC95%: 54,2% - 60,9%). De acordo com a análise multivariada crianças com idade entre 36-47 meses de idade (IRR: 1,117; IC95%:1,007 – 1,238; p= 0,035) e crianças em cujos domicílios haviam quatro ou mais pessoas residentes (IRR: 1,1214; IC95%: 1,078 – 1,368; p= 0,001) foram considerados fatores de risco independentemente associados para a colonização pneumocócica. A variável renda familiar igual ou superior a três salários mínimos foi considerada um fator protetor independentemente associado para a colonização pneumocócica (IRR: 0,787; IC95%: 0,627 – 0,990; p= 0,041). Os sorotipos/sorogrupos mais prevalentes foram 6A/6B/6C/6D (n=80; 16,3%), 14 (n=47; 9,6%), 23F (n=46; 9,4%), 19F (n=43; 8,8%), 15B/15C (n=30; 6,1%), 11A/11D (n=28; 5,7%), 3 (n=22; 4,5%) e 19A (n=16; 3,3%). Nossos resultados mostraram uma alta prevalência de colonização por pneumococo entre a população estudada, indicando que a colonização por esse microrganismo é comum entre crianças, principalmente em ambientes que favorecem a aglomeração. Os principais sorotipos/sorogrupos encontrados são contemplados pela PCV10.

Abstract The purpose of this study was to develop sensitive and specific laboratory diagnostic methods for the demonstration of pneumococcal surface antigens or pneumococcus-specific antibodies in clinical samples. The work took account of epidemiological aspects of both pneumococcal disease and nasopharyngeal carriage of pneumococcus. We first compared the sensitivity of pneumococcal culture and antigen detection methods in nasopharyngeal samples in a developing country setting and then investigated the possibility of improving the sensitivity of the antigen detection by introducing an enrichment step in the procedure. — Further investigations were designed to determine the validity of pneumolysin-specific immune complex bound antibody assay as a tool for diagnosing pneumococcal ALRI in a developing country setting. Finally, we developed an enzyme immunoassay for the detection of pneumococcal capsular polysaccharide antigens, using type-specific antibodies produced in-house in rabbits through immunisation with an in-house-produced pneumococcal whole cell vaccine. The method was tested in nasopharyngeal and middle ear fluid samples. The first results indicated that antigen detection might be more sensitive than culture in demonstrating pneumococci in URT, particularly in children with prior antimicrobial therapy. Antigen detection is a feasible method for studies on pneumococci in developing countries. For type-specific demonstration of S. pneumoniae, detection of pneumococcal antigen after an enrichment step proved a sensitive method that can be applied for epidemiologic study purposes, e.g., in vaccine trials, in areas without ready access to a good microbiology laboratory. Determination of IC-bound pneumolysin IgG antibodies appears to be a useful method for species-specific diagnosis of pneumococcal infections. The results indicating pneumococcal aetiology in ALRI patients in this study compare well with the best results obtained by the use of lung aspirates. Increasing the number of serial samples improves the sensitivity of the assay, but even two samples provide more positive findings than other methods currently in routine use. Criteria of positivity need to be confirmed in subsequent larger studies with both healthy controls and patients with confirmed pneumococcal disease. It is also important to control the findings in patients with pneumonia of non-pneumococcal origin. The novel enzyme immunoassay was shown to work well with enrichment culture samples, with an almost 100% sensitivity compared with the culture. Middle ear fluid samples were too diluted for the enzyme immunoassay method used, and only 74% sensitivity compared with culture was achieved. Provided that adequate samples can be obtained, the method will be a useful complement to the current laboratory methods used to diagnose pneumococcal disease. With the existence of a broad spectrum of microbiological and immunological methods, it is imperative to seek international consensus for standard methods to demonstrate pneumococcus. Otherwise it is very difficult to compare results from different clinical studies. A WHO Working Group recently proposed a standard method for detecting upper respiratory carriage of pneumococcus, but a lot of work remains to be done in other areas of research on pneumococcal infections.