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CHARACTERIZATION OF BACTERIAL LIPOPOLYSACCHARIDES (Pseudomonas syringae pv. tomato and Pseudomonas syringae pv. apii) AND PECTINS OF TOMATO AND CELERY PLANTS (Lycopersicon esculentum and Apium graveolens) REGARDING THEIR POSSIBLE ROLE IN HOST/PATHOGEN-INTERACTION / KENNZEICHNUNG VON BAKTERIELLEN LIPOPOLYSACCHARIDES (Pseudomonas syringae pv. tomato und Pseudomonas syringae pv. apii) UND DER PEKTINE DER TOMATO-UND SELLERIE-PFLANZEN (Lycopersicon esculentum und Apium graveolens) BETREFFEND IHRE MÖGLICHE ROLLE IN HAUPTRECHNER KRANKHEITSERREGER-INTERAKTION

Venkatesh, Balakrishnan 19 June 2002 (has links)
No description available.
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Cyclic GMP signaling during the lytic cycle of Toxoplasma gondii

Günay-Esiyok, Özlem 21 November 2019 (has links)
Der cGMP-Signalweg ist als einer der Hauptregulatoren von diversen Funktionen in Eukaryoten bekannt; allerdings ist seine Funktionsweise in Protozoen wenig verstanden. Im Rahmen dieser Arbeit wurde eine Guanylatcyclase, gekoppelt mit N-terminalen P4-ATPase, in intrazellulären Parasiten Toxoplasma gondii gemeldet. Eine in silico-Analyse wies auf eine Aktivierung der Guanylatcyclase durch Heterodimerisierung ihrer Cyclasedomänen hin und ermöglichte wertvolle Einsichten in mögliche Funktionen ihrer ATPase-Domäne. Dieses Protein (477-kDa) bezeichnet als TgATPaseP-GC in dieser Studie, lokalisiert in der Plasmamembran am apikalen Pol des Parasiten. TgATPaseP-GC ist unempfänglich gegenüber genetischer Deletion und seine CRISPR/Cas9 unterstützte Spaltung beendet den lytischen Zyklus von T. gondii vorzeitig. Darüber hinaus reduzierte ein Cre/loxP-vermittelter Knockdown von TgATPaseP-GC die Synthese von cGMP im Tachyzoiten und inhibierte das Parasitenwachstum aufgrund von Beeinträchtigungen Motilitäts-abhängiger Prozesse des Austretens und Eindringens. Trotz seiner zeitlich beschränkten Funktion ist TgATPaseP-GC konstitutiv während des ganzen lytischen Zyklus exprimiert, welches eine post-translationale Regulierung des cGMP-Signalweges bedingt. Nicht zuletzt impliziert das Vorhandensein von TgATPaseP-GC-Orthologen in anderen Alveolata eine divergente Umfunktionierung der cGMP-Signalwege in Protozoen. Darüber hinaus wurde ein optogenetischer Ansatz verwendet, um den cGMP-Weg durch eine photo-aktivierte Rhodopsin-Guanylat-Cyclase (RhoGC) in T. gondii zu exprimiert. Dieses System erlaubte eine kontrollierte Erhöhung von cGMP durch Licht in einer schnellen und reversiblen Weise. Die Anregung von RhoGC stimulierte signifikant die Parasitenmotilität, deren Auswirkung auch mit erhöhten Eindringen und Austreten überwacht wurde; im Gegensatz zum genetischen Knockdown von TgATPaseP-GC. Das System ermöglicht die Vermittler des cGMP-Signalwegs durch Phosphoproteomics zu identifizieren. / cGMP signaling is known as one of the master regulators of diverse functions in eukaryotes; however, its architecture and functioning in protozoans remain poorly understood. In the scope of this thesis, an exclusive guanylate cyclase coupled with N-terminal P4-ATPase was reported in an obligate intracellular parasite Toxoplasma gondii. In silico analysis indicated an activation of the guanylate cyclase by heterodimerization of its two cyclase domains and offered valuable insights into possible functions of its ATPase domain. This bulky protein (477-kDa), termed in this study as TgATPaseP-GC to reflect its envisaged multifunctionality, localizes in the plasma membrane at the apical pole of the parasite. TgATPaseP-GC is refractory to genetic deletion, and its CRISPR/Cas9-assisted disruption aborts the lytic cycle of T. gondii. Besides, Cre/loxP-mediated knockdown of TgATPaseP-GC reduced the synthesis of cGMP in tachyzoites and inhibited the parasite growth due to impairments of motility-dependent egress and invasion events. Notably, despite its temporally restricted function, TgATPaseP-GC is expressed constitutively throughout the lytic cycle, entailing a post-translational regulation of cGMP signaling. Not least, the occurrence of TgATPaseP-GC orthologs in several other alveolates implies a divergent functional repurposing of cGMP signaling in protozoans. Furthermore, an optogenetic approach was utilized to induce cGMP pathway by a photo-activated rhodopsin-guanylate cyclase (RhoGC) in T. gondii. The system enabled a light-control of cGMP elevation on crucial steps of lytic cycle in a fast, spatial and reversible manner. Excitation of RhoGC significantly stimulated the parasite motility of which impact was also monitored with an increased host-cell invasion and egress; as opposed to the genetic knockdown of TgATPaseP-GC. Having an established optogenetic system in the parasite allows to identify downstream targets of cGMP signaling via phosphoproteomic analysis.
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Evolution of 3D Chromatin Architecture: the Role of CTCF Across Taxa

Astica, Liene 07 November 2023 (has links)
Die Anordnung von Tiergenomen in topologisch assoziierten Domänen (TADs) spielt eine entscheidende Rolle bei der Regulation von Genen. Diese TADs sind Bereiche mit erhöhter Interaktion, die durch kontaktarme Zonen getrennt sind. In Wirbeltieren erfolgt die Bildung von TADs durch die Bindung von Kohäsin und CTCF (CCCTC-bindender Faktor) im Rahmen eines dynamischen Prozesses namens Loop-Extrusion. Dieser Prozess erzeugt Chromatinschleifen, die gestoppt werden, wenn sie auf CTCF-Proteine in einer spezifischen Ausrichtung treffen. Obwohl CTCF in den meisten Bilaterien stark konserviert ist, wurde seine globale architektonische Funktion in Fliegen bisher nicht erforscht. In dieser Studie wurde ein innovativer Ansatz entwickelt, um die evolutionären Aspekte der CTCF-vermittelten 3D-Chromatinorganisation zu untersuchen. Die Auswirkungen des Austauschs von CTCF-Orthologen innerhalb der Bilateriengruppe auf Lebensfähigkeit, Phänotypen, Genexpression, Genomarchitektur und genomweite Bindungsmuster wurden analysiert. Die Ergebnisse zeigen, dass die nicht-vertebraten Chordatiere C. robusta, unabhängig von der Anwesenheit von CTCF, keine herkömmlichen TAD-Strukturen aufweisen. Dennoch kann das Ciona-Ortholog als Transkriptionsfaktor fungieren, um die Expression bestimmter Gene und die Lebensfähigkeit wiederherzustellen, die bei vollständigem CTCF-Verlust in embryonalen Stammzellen der Maus dysreguliert sind. Dies deutet darauf hin, dass CTCF eine konservierte Rolle als Transkriptionsregulator hat, die über seine bekannte Funktion als architektonisches Protein in einigen Arten hinausgeht. Weitere Untersuchungen sind erforderlich, um festzustellen, ob CTCF in Ciona das Genom in seiner nativen Umgebung bindet und die Bindung von Kohäsin aufrechterhält. Die Unfähigkeit des CTCF-Orthologs der Maus, Chromatinschleifen im Genom der Fruchtfliege zu erzeugen, legt nahe, dass die Wirbeltier-Version von CTCF allein nicht für eine funktionelle Schleifen-Extrusion ausreicht. Es könnte notwendig sein, dass sie mit Fliegen-Kohäsin oder spezifischen Kofaktoren kompatibel ist. Die Studie zeigt auch subtile Unterschiede in den Bindungsmotiven von CTCF zwischen den Arten. Während die Orthologe der Chordatiere ähnliche Motivstrukturen aufweisen, zeigt das Fliegen-Ortholog eine abweichende Musterpräferenz. Diese Erkenntnisse verdeutlichen die evolutionären Verschiebungen in den Bindungsvorlieben von CTCF in pan-chordaten Linien. Zusammenfassend bietet diese Forschung wertvolle Einblicke in die evolutionäre Bewahrung und funktionelle Divergenz von CTCF-vermittelten Chromatin-Kontakten bei Bilaterien. Sie betont die Bedeutung artspezifischer Faktoren und koevolutionärer Dynamiken bei der Gestaltung der Chromatinorganisation und Genregulation. Weitere Untersuchungen an verschiedenen Arten sind entscheidend, um die Entstehung und Bewahrung der CTCF-vermittelten Chromatinarchitektur im Verlauf der Evolution genau zu verstehen. / The three-dimensional organization of animal genomes, known as topologically associating domains (TADs), is crucial for controlling gene activity. TADs are regions with increased genetic interactions, separated by zones with fewer contacts. In vertebrates, the formation of TADs involves a dynamic process called loop extrusion, where cohesin and CTCFs bind to the chromatin. This process creates chromatin loops, with cohesin complexes pausing when they encounter CTCF molecules in a specific orientation. However, although CTCF is highly conserved among bilaterian species, its vital role in organizing genomes spatially has not been observed in invertebrates like flies. This study investigates the chromatin structure in Ciona robusta, a chordate species situated evolutionarily between well-studied organisms like mice and fruit flies. A unique approach was developed to explore the evolution of CTCF as a mediator of three-dimensional chromatin organization. By swapping CTCF orthologs from representative species across the bilaterian group, the research examined their impact on viability, traits, gene expression, genome architecture, and binding patterns across the genome. The findings indicate that Ciona robusta, a non-vertebrate chordate, lacks typical TAD structures, even in the presence of CTCF. However, although the Ciona ortholog cannot create TADs in mouse embryonic stem cells, it can act as a transcription factor, restoring the expression of specific genes and viability in cases of complete CTCF loss. This suggests that CTCF serves a conserved role as a transcription regulator, beyond its recognized role as a structural component in some species. Furthermore, when the mouse ortholog of CTCF was introduced into the fruit fly genome, it failed to induce the formation of chromatin loops, suggesting that the vertebrate version of CTCF alone is insufficient for effective loop extrusion. Additionally, the study revealed subtle differences in CTCF's binding motif preferences between species. While chordate orthologs shared similar motif structures, the fly ortholog had a distinct pattern. These findings underscore the evolutionary changes in CTCF binding preferences among chordate lineages. In summary, this research offers valuable insights into the evolutionary preservation and functional differences in CTCF-mediated chromatin interactions in bilaterian species. It highlights the significance of species-specific factors and co-evolutionary dynamics in shaping chromatin organization and gene regulation.
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Impact of external stimuli on life cycle progression in the intestinal parasites Eimeria falciformis and Giardia duodenalis

Ehret Kasemo, Totta 26 June 2020 (has links)
Parasiten durchlaufen in ihrem Lebenszyklus morphologisch verschiedene Stadien. Die Kontrolle des Übergangs zwischen den Stadien kann die Transmission in einen neuen Wirt begünstigen. Bei vielen Parasiten ist unbekannt, welche Faktoren die Progression des Lebenszyklus beeinflussen. Der Ablauf kann genetisch prädeterminiert sein (kanalisiert) oder von äußeren Einflüssen abhängen (phänotypische Plastizität). Hier wurde die Progression des Lebenszyklus zweier Darmparasiten in Mäusen untersucht. Die Oozysten von Eimeria falciformis wurden quantifiziert und die Transkriptome von Parasit und Wirt wurden in Mäusen unterschiedlicher Immunkompetenz analysiert. Wenngleich erwartet wurde, dass die Immunantwort einen Stressor für das Pathogen darstellt, hatte die Immunkompetenz des Wirts keine Auswirkungen auf den Zeitpunkt der Oozystenausscheidung und das Transkriptomprofil des Parasiten. E. falciformis konnte nicht von der Immunschwäche des Wirtes profitieren; ist also hinsichtlich der Immunantwort des Wirts genetisch kanalisiert. In G. duodenalis wurde untersucht, inwiefern die Progression des Lebenszyklus, d.h die Trophozoitenreplikation bzw. die Zystenausscheidung, von Arginin abhängt. Die Replikation der Trophozoiten war nicht von Arginin aus der Nahrung abhängig; die Ausscheidung infektiöser Zysten war unter argininarmen Bedingungen jedoch verringert. Dies lässt vermuten, dass der Ablauf des Lebenszyklus von G. duodenalis, insbesondere die Enzystierung, an die Argininzufuhr gekoppelt ist. Die Umstellung des Metabolismus von G. duodenalis hin zur Produktion eines wichtigen Zystenwandbestandteils wird hier als mechanistische Verbindung zwischen ATP-Erzeugung aus Arginin in Nichtsäugetieren (Arginindihydrolase-Stoffwechselweg), verringerter Glykolyse und der Zystenwandsynthese erörtert. Somit könnte Arginin als Stimulus für phänotypische Plastizität bei der Enzystierung von G. duodenalis dienen. / Eukaryotic parasites have life cycles with morphologically distinct stages. Accurate timing of the conversion from one stage into another can be beneficial for transmission into a new host. Often little is known about determinants for such life cycle progression or the genes involved. Timing can be genetically pre-determined (canalized) or depend on exposure to a stimulus (phenotypic plasticity). Here, life cycle progression of two unicellular intestinal parasites was investigated in mice. For Eimeria falciformis, oocyst stage parasites were quantified, and parasite and host transcriptomes analyzed in differently immune competent hosts. Host immune response stimuli are expected to induce stress on the pathogen, but different host immune competences did not change the timing of oocyst shedding or influence parasite transcriptome profiles. E. falciformis was unable to benefit from hosts with weakened immune responses. It is therefore an example of a genetically canalized parasite with regards to host immune stimulus. In Giardia duodenalis, dependence on arginine for life cycle progression was investigated. The in vivo relevance for parasite replication is unknown. Trophozoite stage replication and cyst shedding were assessed in hosts fed normal and arginine-free diets. G. duodenalis did not depend on dietary arginine for trophozoite replication, but infective cysts were reduced in number under arginine-poor conditions. Dependence on arginine for life stage switching suggests that G. duodenalis could time progression by encysting upon arginine exposure. G. duodenalis metabolic reprograming to generate a major cyst wall component is discussed as a strategy to mechanistically link 1) non-mammalian ATP generation (arginine dihydrolase pathway) from arginine with 2) decreased glycolytic flux and 3) cyst wall generation. Therefore, arginine may be an external stimulus for phenotypic plasticity of encystation in G. duodenalis.
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Transcriptional timing and noise of yeast cell cycle regulators

Amoussouvi, Aouefa 15 June 2020 (has links)
Die Genexpression ist ein stochastischer Prozess, dessen strenge Regulation einen ungestörten Zellzyklusverlauf ermöglicht. Jeglicher Stress löst eine Neuprogrammierung der Expression und somit einen Stillstand des Zellzyklus aus. Um ein besseres Verständnis des eukaryotischen Zellzyklus zu erlangen, wurde in dieser Arbeit die Fluoreszenzmikroskopie einzelner Zellen (S.cerevisiae) mit stochastischer Modellierung der Hauptregulatorgene des G1/S-Übergangs (SIC1, CLN2, CLB5) kombiniert. Mithilfe des MS2-CP-Systems wurden mRNA-Level von SIC1 in lebenden Zellen bestimmt und verschiedene Transportwege von SIC1-mRNA visualisiert. RNA-FISH in Kombination mit genetischen und morphologischen Markierungen ermöglichte es, die absolute Quantifizierung von SIC1-, CLN2- und CLB5-mRNA in allen Zyklusphasen vorzunehmen. Die Auswirkung von Osmostress, in Hinblick auf eine transkriptionale Verzerrung, wurde untersucht. Basierend auf den experimentellen-Daten wurde ein stochastisches Model entwickelt, dass die Expression von SIC1, CLN2 und CLB5 mRNA und Proteinlevel in Abhängigkeit von Osmostress über den gesamten Zellzyklus hinweg abbildet. Die Modellierung ermöglichte eine in silico Synchronisation und somit die Extraktion kinetischer Parameter. Die Expression der beobachteten Gene wurde im Verlauf des Zellzyklus nicht ein- und ausgeschaltet, stattdessen kam es zu Phasen hoher oder niedriger Expression. Niedriger SIC1 Expression gewährleistete niedriger Sic1 Protein Verzerrung und robustes G1/S Timing. CLN2 und CLB5 zeigten ein maximales Expressionslevel in G1 und auch eine erhöhte Expression in der späten Mitose. Osmostress induzierte einen langanhaltenden Effekt auf die Transkription und die Dauer der Zellzyklusphasen. Der hier vorgestellte Ansatz ermöglichte quantitative Einblicke in die Genexpression und zeitliche Koordination des Zellzyklus von S.cerevisiae. Einige der hier beobachteten Regulationsmechanismen könnten allgemeine Gültigkeit im eukaryotischen Zellzyklus besitzen. / Gene expression is a stochastic process and its appropriate regulation is critical for cell cycle progression. Cellular stress response requires expression reprogramming and cell cycle arrest. Time-resolved quantitative methods on single cells are needed to understand eukaryotic cell cycle in context of noisy gene expression and external perturbations. We applied single-cell fluorescence microscopy and stochastic modeling to SIC1, CLN2 and CLB5, the main G1/S regulators in S. cerevisiae. Using MS2-CP system we estimated SIC1 mRNA levels and visualized different types of transport for SIC1 mRNA particles in living cells. With RNA-FISH combined to genetic and morphological markers we monitored absolute numbers of mRNA and transcriptional noise over cell cycle phases with and without osmostress. Stochastic modeling enabled in silico synchronization, the extraction of kinetic parameters as well as expanded the static mRNA data into time courses for mRNAs, proteins and their noise. Based on our experimental data we developed a stochastic model of G1/S timing centered on SIC1 and a second one for the entire cell cycle involving SIC1, CLN2 and CLB5 and the response to osmostress. All three genes exhibited basal expression throughout cell cycle enlightening that transcription is not divided in on and off but rather in high and low phases. A low SIC1 transcript level ensured a low protein noise and a robust timing of the G1/S transition. CLN2 and CLB5 showed main expression peaks in G1 as well as an expression upshift in late mitosis. Osmostress induced different periods of transcriptional inhibition for CLN2 and CLB5 and long-term impact on cell cycle phase duration. Our approach disclosed detailed quantitative insights into gene expression and cell cycle timing, not available from bulk experiments. Importantly some regulation mechanisms specific to SIC1, CLN2 and CLB5 might be generalized to other genes as well as to other organisms.
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Große Familien - Große Namen. Die Schlegels aus Altenburg

Schönfuß-Krause, Renate 05 September 2022 (has links)
Die Familienlinien Schlegel waren seit Mitte des 18. Jahrhunderts nachweisbar in die Stadt Altenburg involviert, hatten teilweise durchaus die Geschicke und die Geschichte der Stadt mitgetragen und beeinflusst. In der Zeit um 1800 existierten zwei bedeutende Schlegel-Linien in Altenburg, die des Instrumentenfabrikanten Elias Schlegel (1750 Prößdorf - 1805 Baalsdorf) und die der Rotgießer-Familie Schlegel, die mit Melchior Schlegel (1746 Ungarn - 1805 Altenburg) in der Stadt ansässig wurde. Dessen Sohn David Schlegel (* 17. Okt. 1769, † 4. Dez. 1850) führte die Linie als Gelbgießermeister in Altenburg weiter. Sein ältester Sohn war Hermann Schlegel (1804 Altenburg - 1884 Leiden). Hermann Schlegel, befreundet mit dem Ornithologen Brehm, wurde zu einem bedeutenden europäischen Gelehrten, der noch nicht 18-jährig seine Geburtsstadt Altenburg verließ, um über die Stationen Dresden und Wien in Leiden/Holland am Reichsmuseum Präparator und Konservator zu werden und sich zu einem der verdientesten Ornithologen und Zoologen seiner Zeit hochzuarbeiten. Sein Schaffen wurde begünstigt durch die Forschungsreisenden und ihre Neuentdeckungen der Tier- und Pflanzenwelt in den Kolonien der Niederlande. Er wurde als Naturwissenschaftler schließlich Professor und Direktor des „Königlichen Niederländischen Reichsmuseums für Naturgeschichte“ in Leiden. Unter seiner Leitung und Neuordnung entwickelte sich das Reichsmuseum zu einer der größten und bedeutendsten Einrichtungen Europas, zu einem Institut von Weltruf. Er hatte enge Kontakte zu berühmten Zeitgenossen, die seinen wissenschaftlichen Rat und seine Bekanntschaft suchten. Schlegel wurde bereits zu Lebzeiten als einer der letzten universellen Naturwissenschaftler hochgeschätzt und hatte sich, in seinem fast 60-jährigen Wirken an einer der größten Museen Europas, höchste Anerkennung und Ruhm in der Fachwelt erworben. Seine Söhne wurden ebenfalls zu Berühmtheiten. Sein ältester Sohn Gustav (auch: Gustaaf, 1840-1903) war ein berühmter Sinologe und hatte eine Professur an der Universität Leiden inne, der jüngste Sohn Leander (1844-1913) studierte in Leipzig Musik und war ein niederländischer Pianist, Direktor einer Musikschule und Komponist in Haarlem / Nordholland.
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Wood treated with nano metal fluorides - relations between composition, size, and durability

Usmani, Shirin Mustaquim 31 March 2021 (has links)
In dieser Arbeit werden die nanoskaligen Partikel von Magnesiumfluorid (MgF2) und Calciumfluorid (CaF2), die als Nano-Metallfluoride (NMFs) bekannt sind, auf ihr Potenzial zur Verbesserung der Beständigkeit von Holz-basierten Materialien untersucht. Ihre besondere Eigenschaft der geringen Wasserlöslichkeit ist Grundlage dafür, einen langanhaltenden Schutz des behandelten Holzes aufrechtzuerhalten, indem die Auslaugung von Fluorid reduziert wird. Die Partikelgröße der synthetisierten NMFs und ihre Verteilung in behandelten Holzproben wurde charakterisiert. Rasterelektronenemikroskopaufnahmen und der zugehörigen energiedispersiven Röntgenspektroskopie zeigen, dass Aggregate dieser Partikel eine homogene verteilung in der untersuchten Holzmatrix von behandelten Proben. Die Fluoridaggregate bilden eine Schutzschicht um die Zellwände und blockieren deren Hoftüpfel, dadurch ist der mögliche Fließweg für die Wasseraufnahme ins Holz eingeschränkt. Dies zeigt sich in erhöhter Hydrophobie des mit Nano-Metallfluorid (NMF)-behandelten Holzproben. Die biozide Wirkung der NMFs wurde gegen Braunfäulepilzen (Coniophora puteana und Rhodonia placenta), am Weißfäulepilz (Trametes versicolor) und den Termiten (Coptotermes formosanus) geprüft. Im Vergleich zu unbehandelten Proben weist das mit Fluorid behandelte Holz eine höhere Beständigkeit gegen Fäulnis und Termitenfraß auf. Obwohl alle NMF-Behandlungen den durch Fäulnis verursachten Masseverlust des Holzes reduzieren, zeigt nur eine kombinierte Behandlung mit MgF2 and CaF2 eine höhere Wirksamkeit gegen Fäulnis und Termitenfraß auf. Die Ergebnisse dieser Arbeit zeigen, dass NMFs robust genug sind für Anwendungen im Freien mit Bodenkontakt. Darüber hinaus stellen sie aufgrund ihrer sehr schlechten Wasserlöslichkeit ein geringeres Risiko für die menschliche Gesundheit und Umwelt dar. Die neuartigen Ergebnisse dieser Arbeit zeigen das Potenzial von NMFs, die Lebensdauer von Baumaterialien aus nicht haltbarem Holz zu erhöhen. / In this study, nanoscopic particles of magnesium fluoride (MgF2) and calcium fluoride (CaF2) also known as nano metal fluorides (NMFs), were evaluated for their potential to improve wood durability. Their distinct property of low-water solubility is proposed to maintain long-lasting protection of treated wood by reducing the leaching of fluoride. Analytical methods were used to characterize the synthesized NMFs and their distribution in treated wood specimens. In nano metal fluoride (NMF) treated specimens, aggregates of these particles are uniformly distributed in the wood matrix as confirmed with scanning electron microscopy images and their corresponding energy-dispersive X-ray spectroscopy maps. The fluoride aggregates form a protective layer around the tracheid walls and block the bordered pits, thus reducing the possible flow path for water absorption into wood. This is reflected in the increased hydrophobicity of NMF treated wood. The biocidal efficacy of NMFs was tested against brown-rot fungi (Coniophora puteana and Rhodonia placenta), white-rot fungus (Trametes versicolor), and termites (Coptotermes formosanus). Compared to untreated specimens, the NMF treated specimens have a higher resistance to decay caused by brown-rot fungi, white-rot fungus, and termites. Although all NMF treatments in wood reduce the mass loss caused by fungal decay and termite attack, only the combined treatment of MgF2 and CaF2 has efficacy against brown-rot fungi and white-rot fungus. Similarly, wood treated with the combined NMF formulation is the least susceptible to attack by C. formosanus. In this thesis, it was proven that NMFs are robust enough for above ground contact outdoor applications of wood in permanent wetness conditions. Also, they pose a low risk to human health and the environment because they are sparingly soluble. Overall, the novel results of this study show the potential of NMFs to increase the service life of building materials made from non-durable wood.
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Gen-Editierung von Photorezeptorgenen in der Grünalge Chlamydomonas reinhardtii mithilfe des CRISPR/Cas9-Systems

Kelterborn, Simon 06 November 2020 (has links)
Die Modifikation von Genen ist in den molekularen Biowissenschaften ein fundamentales Werkzeug, um die Funktion von Genen zu studieren (Reverse Genetik). Diese Arbeit hat erfolgreich Zinkfinger- und CRISPR/Cas9-Nukleasen für die Verwendung in C. reinhardtii etabliert, um Gene im Kerngenom gezielt auszuschalten und präzise zu verändern. Basierend auf vorausgegangener Arbeit mit Zinkfingernukleasen (ZFN) konnte die Transformationseffizienz um das 300-fache verbessert werden, was die Inaktivierung von Genen auch in motilen Wildtyp-Zellen ermöglichte. Damit war es möglich, die Gene für das Kanalrhodopsin-1 (ChR1), Kanalrhodopsin-2 (ChR2) und das Chlamyopsin-1/2-Gen (COP1/2) einzeln und gemeinsam auszuschalten. Eine Analyse der Phototaxis in diesen Stämmen ergab, dass die Phototaxis durch Inaktivierung von ChR1 stärker beeinträchtigt ist als durch Inaktivierung von ChR2. Um das CRISPR/Cas9-System zu verwenden, wurden die Transformationsbedingungen so angepasst und optimiert, dass der Cas9-gRNA-Komplex als in vitro hergestelltes Ribonukleoprotein in die Zellen transformiert wurde. Um die Bedingungen für präzise Genmodifikationen zu messen und zu verbessern, wurde das SNRK2.2-Gen als Reportergen für eine „Blau-Grün Test“ etabliert. Kleine Insertionen von bis zu 30 bp konnten mit kurzen Oligonukleotiden eingefügt werden, während größere Reportergene (mVenus, SNAP-Tag) mithilfe eines Donor-Plasmids generiert wurden. In dieser Arbeit konnten mehr als 20 nicht-selektierbare Gene – darunter 10 der 15 potenziellen Photorezeptorgene – mit einer durchschnittlichen Mutationsrate von 12,1 % inaktiviert werden. Insgesamt zeigt diese Arbeit in umfassender Weise, wie Gen-Inaktivierungen und Modifikationen mithilfe von ZFNs und des CRISPR/Cas9-Systems in der Grünalge C. reinhardtii durchgeführt werden können. Außerdem bietet die Sammlung der zehn Photorezeptor-Knockouts eine aussichtsreiche Grundlage, um die Vielfalt der Photorezeptoren in C. reinhardtii zu erforschen. / Gene editing is a fundamental tool in molecular biosciences in order to study the function of genes (reverse genetics). This study established zinc-finger and CRISPR/Cas9 nucleases for gene editing to target and inactivate the photoreceptor genes in C. reinhardtii. In continuation of previous work with designer zinc-finger nucleases (ZFN), the transformation efficiency could be improved 300-fold, which enabled the inactivation of genes in motile wild type cells. This made it possible to disrupt the Channelrhodopsin-1 (ChR1), Channelrhodopsin-2 (ChR2) and Chlamyopsin-1/2 (COP1/2) genes individually and in parallel. Phototaxis experiments in these strains revealed that the inactivation of ChR1 had a greater effect on phototaxis than the inactivation of ChR2. To apply the CRISPR/Cas9 system, the transformation conditions were adapted and optimized so that the Cas9-gRNA complex was successfully electroporated into the cells as an in vitro synthesized ribonucleoprotein. This approach enabled gene inactivations with CRISPR/Cas9 in C. reinhardtii. In order to measure and improve the conditions for precise gene modifications, the SNRK2.2 gene was established as a reporter gene for a ‘Blue-Green test’. Small insertions of up to 30 bp were inserted using short oligonucleotides, while larger reporter genes (mVenus, SNAP-tag) were integrated using donor plasmids. Throughout this study, more than 20 non-selectable genes were disrupted, including 10 of the photoreceptor genes, with an average mutation rate of 12,1 %. Overall, this work shows in a comprehensive way how gene inactivations and modifications can be performed in green alga C. reinhardtii using ZFNs or CRISPR/Cas9. In addition, the collection of the ten photoreceptor knockouts provides a promising source to investigate the diversity of photoreceptor genes in C. reinhardtii.

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