Ce projet concerne l’analyse de l’organisation de populations microbiennes au sein de structures complexescomme des dépôts ou des biofilms.Si différentes méthodes sont couramment utilisées pour étudier la structure globale ou l’organisation localed’agrégats microbiens, peu d’entre elles, permettent de réaliser simultanément ces deux analyses et nécessitentsouvent des étapes de préparation qui pénalisent un approche in-vivo et en dynamique.La stratégie proposée repose sur la mise en oeuvre de micro-organismes modèles autofluorescents (levures etbactéries) qui peuvent sans aucun traitement être directement observés en microscopie. La similitude ducomportement physiologique de ces micro-organismes avec celui des souches sauvages a été démontrée. Lesconditions d’acquisition des images en microscopie confocale ont été optimisées. Des dispositifs spécifiques ontété conçus pour générer des dépôts ou des biofilms dans des conditions de contraintes physico-mécaniques etbiochimiques maîtrisées afin d’analyser simultanément leurs caractéristiques et les performances du bioprocédé.Ainsi les dépôts ont pu être observés in-vivo et in-situ grâce à une cellule de filtration équipée d’une fenêtred’observation. Le développement d’un biofilm mixte composé de levures et bactéries modèles autofluorescentes,dans un réacteur continu spécifique, a également été analysé par microscopie confocale.Le traitement et les analyses des images acquises au cours des expériences ont été effectués et ont permisd‘étudier la structure globale des agrégats biologiques et l’organisation tridimensionnelle des micro-organismesdans ces structures, en mettant par exemple en évidence une répartition hétérogène de deux populationsmicrobiennes dans des dépôts de filtration ou en comparant la capacité de deux espèces microbiennes à formerdes biofilms en étudiant in-vivo la dynamique de croissance de chacune des espèces.Cette étude a en outre permis de démontrer la pertinence de la méthode proposée, de définir ses limites et sonchamp d’application / The aim of this project deals with the analysis of both the local localization and organization of microbialpopulations in complex structures such as deposits or biofilms. Different methods are currently used to study theglobal structure or the local organization of biological aggregates but only few ones allow a combined approachand require ex-vivo analyses.The proposed strategy uses home-designed model auto-fluorescent microorganisms (yeasts and bacteria) whichcan be observed directly by microscopy without any dying treatment. Same kinetic behaviours between the wildstrains and their recombinant ones were demonstrated. The confocal microscopy conditions were optimised.Specific devices were developed to generate deposits or biofilms under controlled and known hydrodynamic orbiochemical environment conditions to analyse their structure characteristics linked to the bioprocessperformances.Based on the proposed strategy, microbial deposits modifications due to pressure constraints were observed invivo in a specifically designed flow cell equipped with a microscope glass coverslip. A mixed biofilm composedby our auto-fluorescent yeasts and bacteria was carried out in a specific bioreactor allowing the sampling ofbiofilms during their development to be analysed by confocal microscopy. Both studies have shown specificorganisations between yeasts and bacteria mainly depending on their size and on the environment conditions(pressure or dilution rate).These studies of both local and global structure of biological aggregates and 3D-organisation of themicroorganisms within theses structures demonstrated the relevance of the proposed strategy defining the limitsof the method and proposing various perspectives for further characterizations and applications

Le contrat de gestion collective est un acte qui a toujours suscité réflexion et qui demeure un mécanisme original. Son étude devait, en premier lieu, permettre d’en identifier la nature juridique. Qualifié d’« autorisation de gestion » par l’ordonnance n° 2016-1823 du 22 décembre 2016 et d’« apport » par la quasi-totalité des statuts desgestion collective, celui-ci permet d’organiser l’exercice collectif des droits d’auteur. L’examen de son objet, de ses finalités, ainsi que de ses effets, aussi bien à l’égard des parties qu’à l’égard du droit transmis en gestion, était nécessaire, pour découvrir sa structure juridique, ainsi que sa dynamique. Aussi, la présente thèse propose de retenir une qualification unitaire à l’égard de ce contrat particulier, pratiqué désormais depuis des siècles, et qui conserve la particularité de mettre en exergue les nouveaux modes d’exercice de la propriété, et singulièrement de la propriété intellectuelle. / The contract of collective copyrights management is an act, which has always been source of doctrinal reflection and which remains original in many aspects. Studying this mechanism required to identify its legal (judicial) nature. Qualified as an “authorization of management” by the ordinance n° 2016-1823, from the 22th December 2016, and as a “company contribution” by the articles of these companies, it allows organizing the collective exercise of copyright which is usually individual. The assessment of the object, of the use, as well as the effects on contracting parties and on transferred rights was necessary to discover its legal framework and its own dynamism. The purpose of this thesis is to underline its originality of this contract, which brings to light the fact of new ways of the exercise of property, and singularly of the intellectual property.

Le « topsoil » comme outil de restauration écologique des terrains miniers dégradés, consiste à récupérer la couche de sol naturellement riche en matières organiques, semences et micro-organismes (qui définissent le potentiel biologique de restauration), lors d'une opération qui précède l'exploitation minière, puis à l'épandre sur les sites à restaurer. Au coeur desproblématiques de restauration écologique, les topsoils apparaissent à travers la littérature comme une technique efficiente et leur utilisation est abondamment préconisée. Toutefois celle-ci ne date, en Nouvelle-Calédonie, que des années 2000. Les connaissances actuelles locales liées à cet outil sont encore fragmentaires, et les caractéristiques des topsoils, tout comme les résultats obtenus sont hétérogènes. Ce travail de recherche a permis d'améliorer notre compréhension des interactions entre les composantes biologiques des topsoils et les phénomènes intervenant dansleur évolution (banque de graines, micro-organismes, et caractéristiques physico-chimiques). Les résultats obtenus ont montré que l'utilisation des topsoils en restauration écologique peut favoriser la restauration des écosystèmes ultramafiques néo-calédoniens, et pourraient trouver une application dans la conception de nouvelles stratégies de restauration écologiques des terrains miniers dégradés du territoire. Néanmoins, il est également apparu que les topsoils ne peuvent à eux seuls restaurer la totalité de la diversité végétale qui caractérise les substrats ultramafiques du territoire, et doivent donc être associés à d'autres techniques de restauration. / "Topsoil", as an ecological tool of restoration of the mines made in terraces, consist of getting back the layers full of organic matter, seeds and micro-organisms (which define the biological potential of restoration), during a procedure made following the exploitation of the mines, then could be extend to the sites which require some restoration.While the problem of ecological restoration is at the center of the debate, topsoil appears, according to the literature, as an efficient technique and their uses are well recommended. However, they only have been used in New Caledonia since the beginning of the XXI century. The actual knowledge of this specific tool is still incomplete, and the characteristics of topsoil, same as the results, remain inconsistent. The research made around this topic gave us a better understanding of the interaction between the biological components of topsoil and their way of evolving (seeds’ bank, micro-organisms and the physic and chemical characteristics). The results obtained demonstrate that the use of topsoil as an ecological restoration could be beneficial for the restoration of the ultramafic ecosystem of New Caledonia. It could, as well, find a place in the development of new strategies of ecological restoration of mines in terrace of the country. However, it has been shown in another hand that topsoil would not be sufficient to restore the entire vegetal diversity of the ultramafic bedrock of the country. For this reason, it has to be associated with different techniques of restoration.

La production de carburants est possible à partir d’eau, d’énergie solaire et de CO2 par la voie de la photosynthèse artificielle. L’optimisation de ce processus est un thème de recherche de l’Institut Pascal. À la petite échelle contrôlant ce procédé, il est indispensable de déterminer les propriétés radiatives des microalgues photosynthétiques pour résoudre l’équation de transfert radiatif au sein des photobioréacteurs. La grande variété des micro-organismes liée à la forme, à l’élongation et aux paramètres de taille fait que la mise en œuvre des méthodes numériques existantes échoue pour des raisons de précision ou de capacité mémoire. De nombreuses communautés scientifiques se heurtent à ce problème d’électromagnétisme non encore résolu surtout pour les particules de grands paramètres de taille. Les travaux réalisés dans le cadre de cette thèse ont consisté à résoudre ce problème par la méthode modale de Fourier, une méthode numérique a priori développée et optimisée pour modéliser les problèmes de l’optique électromagnétique. Dans cette méthode, chaque micro-organisme est approché par un empilement de couches ce qui revient à approcher son profil par des marches d’escalier. L’approche proposée a été validée par comparaison avec les résultats disponibles dans la littérature. Une validation expérimentale des calculs théoriques a également été faite dans le domaine des micro-ondes grâce à une collaboration avec l’équipe HIPE de l’Institut Fresnel (Marseille, UMR 7249). Les résultats obtenus montrent la pertinence de la méthode développée. / The production of fuels is possible from water, solar energy and CO2 through artificial photosynthesis. The optimization of this process is a research topic of Pascal Institute. At a small scale controlling this process, it is essential to determine the radiative properties of photosynthetic microalgae to solve the radiative transfer equation in photobioreactors. The wide variety of microorganisms related to the form, the elongation and size parameters make that the implementation of existing numerical methods fails because of lack of accuracy or memory. Many scientific communities face this problem of electromagnetism unresolved especially for particles of large size settings. The work achieved in this research is aimed at solving this problem by the Fourier modal method which is a numerical method first developed and optimized for modelling the electromagnetic optics problems. In this method, each microorganism is approached by a stack of layers which leads to replace the profile by the staircase approximation. The proposed approach was validated by comparison with results available in the literature. An experimental validation of theoretical calculations was also made in the microwave spectrum thanks to a collaboration with the HIPE team from Fresnel Institute (Marseille, UMR 7249). The results show the accomodation of the developed method.

Septoria musiva (téléomorphe Mycosphaerella populorum) est un Ascomycète responsable de chancres sur tronc et jeunes branches en peupleraies et de taches foliaires en peupleraies et forêts. S. populicola (M. populicola) est responsable de taches foliaires sur peupliers. L’objectif de mon projet consiste à mettre en place un système de transformation à l’aide d’Agrobacterium tumefaciens pour ces deux champignons. A. tumefaciens est la bactérie causant la galle du collet, mais qui est utilisée couramment lors de transformation de végétaux et de champignons. Une première expérience a permis d’obtenir des transformants pour S. musiva avec le plasmide pPT1, mais aucun transformant n’a été obtenu pour S. populicola. Par la suite, un autre plasmide a été utilisé : pPL1. Cependant aucune souche transformée n’a pu être obtenue pour S. musiva, et S. populicola, malgré la vérification de différents paramètres. L’absence de transformant chez S. populicola peut être attribuée à un nombre insuffisant de conidies, tandis que pour S. musiva, un nombre insuffisant de bactéries ou un protocole de transformation non optimal pourrait expliquer les échecs successifs. / Seporia musiva (Mycosphaerella populorum) is an Ascomycota which causes canker and leafspot on hybrid poplar. S. populicola (M. populicola) only causes leafspot. The aim of my project was to transform these two fungi with Agrobacterium tumefaciens, a bacterium which causes Crown gall, and is commonly used to transform plant and fungi in laboratory. In a first experiment, transformation using plasmid pPT1 were successful for S. musiva, but not for S. populicola. However, no transformants were obtained from either S. musiva and S. populicola in subsequent experiments in which plasmid pPL1 was used and different parameters were tested. A possible explanation for the inhability to obtain transformants from S. populicola is the low number of conidia available for transformation experiments. In the case of S. musiva, low number of bacterial cells and non optimal protocols might explain negative results observed.

L’industrie des fromages de spécialité occupe une place très importante au Québec. Sa production annuelle représente plus de 60 000 tonnes de fromages. Bien que les produits québécois se démarquent par leur haute qualité, ils manquent parfois de constances au niveau de leurs propriétés sensorielles (goût, odeur, texture, couleur). Ces variations peuvent être expliquées en partie par un déséquilibre de la microflore fromagère (bactéries et mycètes). Bien que la microflore joue un rôle majeur dans le développement des fromages, très peu d’information est disponible sur sa composition (présence et abondance relative des espèces) pour les fromages du terroir québécois. Le but de ce projet de recherche est de développer une méthode de métagénomique ciblée par séquençage massif d’amplicons (metabarcoding) pour faire la caractérisation complète de la microflore de la surface (croûte) et du coeur (pâte) de ces fromages. Le métabarcoding est une méthode d’identification qui utilise une courte séquence d’ADN représentative du génome entier. Les résultats obtenus lors de ce projet montrent que la région V3-V4 de l’ADNr 16S, pour les bactéries, et la région ITS2 de l’espaceur de transcription interne, pour les mycètes, sont les régions qui permettent de dépeindre le portrait le plus fidèle des écosystèmes fromagers. La microflore de 32 fromages du terroir québécois a été caractérisée. Les régions cibles utilisées recensent les genres dominants associés aux écosystèmes fromagers et permettent aussi la détection spécifique de certains genres moins fréquents. Le nombre de genres dominants identifiés est de 20 pour la région V3-V4, de 22 pour la région V6-V8, de 12 pour la région ITS1 et de 13 pour la région ITS2. Il a également été possible de comparer la communauté microbienne de 15 fromages pour deux années de production (2015 et 2018, 30 fromages au total) afin d’observer la variation de la microflore en fonction du temps. Cette étude a permis d’observer que plus de la moitié des écosystèmes étudiés se révèle être constante. Ces nouvelles connaissances permettent de mieux décrire la typicité des fromages québécois et de proposer des leviers technologiques aux artisans pour produire des fromages de haute qualité de façon plus constante. / The speciality cheese industry plays an important role in the province of Quebec, with a production of over 60 000 tonnes of cheeses. Although these products distinguish themselves with their high quality, a lack of constancy is sometime experienced regarding their sensory properties (taste, smell, texture, color). These variations can be explained, partly, by a microflora disequilibrium (bacteria and fungi). Even though microflora plays an important role in cheese ripening, very little information is available about his composition (presence and relative abundance of different species) for Quebec’s terroir cheeses. This research project aims to develop a targeted metagenomic by massive amplicon sequencing (metabarcoding) to characterize the microflora of cheese rind and cheese core. Metabarcoding is a profiling method using short sequences representative of the entire genome. In this project, the V3-V4 region of the 16S rDNA and the ITS2 region of the rDNA ITS region were identified as the most precise molecular markers for the profiling of respectively bacterial and fungal cheese ecosystems. The microflora of 32 cheeses of the Quebec terroir has been characterized. The target regions used identified the dominant genera associated with cheese ecosystems and also allow the specific detection of some less frequent genera. The number of dominant genus assigned is 20 for the V3-V4 region, 22 for the V6-V8 region, 12 for the ITS1 region and 13 for the ITS2 region. It was also possible to compare the microbial community of fifteen cheeses for two different years of production (2015 and 2018) in order to observe the variation of the microflora over time. This study shows that over half of the ecosystems analyzed are stable. This new knowledge allows a better understanding of Quebec’s terroir cheese typicity and offers new information to cheesemakers on the way to produce high quality cheeses more consistently.

La résistance du virus de l’herpès simplex (VHS) aux antiviraux est un problème courant chez les individus immunosupprimés. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase (TK) virale sont principalement à l’origine de la résistance au traitement de première ligne, i.e. les analogues des nucléosides. La cible ultime de tous les antiviraux anti-herpétique demeure cependant l’ADN polymérase (pol) virale. Ces deux gènes viraux (TK et ADN pol) démontrent un certain degré de polymorphisme génétique et il peut devenir difficile d’identifier avec certitude les mutations responsables de la résistance aux antiviraux. Les travaux présentés dans cette thèse de Doctorat démontrent le développement de nouvelles méthodes afin d’établir un lien entre l’apparition de mutations au niveau de gênes viraux et un phénotype de résistance particulier. Un système d’expression du gène de la TK virale chez le parasite Leishmania et un ensemble de cosmides et de plasmides recombinants permettant de générer des virus ADN pol mutants ont été mis au point. Ces nouvelles stratégies nous ont permis de caractériser les mutations virales impliquées dans la résistance aux antiviraux. / Drug resistant HSV isolates are responsible form substantial morbidity among immunocompromised subjects. The genetic basis for resistance to nucleoside analogs such as acyclovir (ACV) have been mapped to point mutations in the viral thymidine kinase (TK) gene while mutations within the viral DNA pol gene, the main target for all anti-herpetic drug actually available, could lead to a multidrug resistance phenotype. However, the distinction between viral mutations (TK and DNA pol) involved in antiviral resistance or part of viral polymorphism can be difficult to evaluate with current methodologies. OBJECTIVE: The aim of this research project is thus to evaluate the role of particular mutations within the HSV TK and DNA pol gene with regard to drug-resistance patterns and viral fitness, by designing new gene expression systems. METHODS: The protozoan parasite Leishmania stably transfected with a TK expression vector (pSP72αNEOα) was used as an heterologous system to evaluate the role of several different point mutations within the coding region of the TK gene in conferring resistance to nucleoside analogs. Susceptibility of TK-expressing parasites to nucleoside analogs can thus be tested very easily by a simple measurement of the optic density of cultures grown in the presence or in the absence of the drug. Finally, a set of overlapping viral cosmids and plasmids for the rapid generation of recombinant HSV-1 DNA pol mutants have been developed. RESULTS: Expression of the TK gene from ACV-susceptible clinical isolates resulted in Leishmania susceptibility to the antiviral, whereas expression of a TK gene with frameshift mutations or nucleotide substitutions from ACV-resistant isolates gave rise to parasites with high levels of antiviral resistance. Twenty HSV-1 recombinants with single or dual mutations within the DNA pol gene were successfully generated with the cosmid/plasmid based approach. Mutations within the central part of the enzyme’s catalytic domain (regions II and VI) were associated with resistance to ACV, FOS, and ADV, whereas mutations inserted within extremities (δ-region C, I, V, and VII) were mostly related to the replicative activity of the enzyme. CONCLUSION: Such new strategies provide an easy, reliable, and sensitive means of evaluating the functional role of viral mutations which should translate in improved management of drug-resistant HSV infections.

Titre de l'écran-titre (visionné le 28 février 2024) / Cette thèse de doctorat traite de la gouvernance entrepreneuriale en contexte de très petites entreprises agricoles en phase de démarrage ou de reprise : la gouvernance entrepreneuriale d'accompagnement. Les entrepreneurs qui souhaitent reprendre ou démarrer une entreprise agricole sont confrontés à des défis de plus en plus complexes. Au Canada, environ la moitié des nouvelles entreprises agricoles cesse leurs activités dans les dix ans suivant le démarrage. Une augmentation globale des connaissances et des compétences d'un entrepreneur au cours des premières années de vie d'une entreprise est un facteur déterminant pour son éventuelle survie, sa croissance et sa pérennité. Pourtant, l'offre de services-conseil aux agriculteurs est traditionnellement dominée par les conseils techniques et agronomiques, et les agriculteurs ont peu accès à des formes d'accompagnement leur permettant de développer leurs compétences entrepreneuriales ou leur vision stratégique. Dans le courant cognitif, les mécanismes de gouvernance d'entreprise sont considérés comme un apport de ressources et de compétences, permettant de soutenir la croissance de l'entreprise. La gouvernance entrepreneuriale d'accompagnement est une avenue intéressante mais peu explorée pour appuyer les entrepreneurs novices de la relève agricole. Bien que rarement mis en place en phase de démarrage, le comité consultatif (CC) est souvent le premier mécanisme de gouvernance formel mis en place par les entreprises. Le CC est un groupe de personnes externes à l'entreprise qui se rencontrent à intervalles réguliers ou de manière occasionnelle pour conseiller les dirigeants. Cette thèse cherche à comprendre comment la mise en place d'un CC, à titre de mécanisme de gouvernance entrepreneuriale, peut bénéficier aux entrepreneurs de la relève agricole. À l'aide d'une recherche collaborative avec étude de cas, cinq entreprises de la relève agricole ont été recrutées. Pour chacune de ces entreprises, un CC a été mis en place et accompagné pendant un an. L'analyse des données a permis d'identifier les thèmes discutés dans les comités, ainsi que les rôles et retombées des CC. En phase de démarrage, un mécanisme de gouvernance comme le CC peut supporter le développement des compétences entrepreneuriales, améliorer les connaissances et la prise de décision, et créer de la valeur. Les aspects coercitifs de la gouvernance sont très peu observés, bien qu'ils soient présents par moments. L'étude a également permis d'identifier des facteurs contribuant au succès d'un CC, comme sa composition, la fréquence et la durée des rencontres, et l'encadrement. / This doctoral thesis focuses on entrepreneurial governance in the context of small agricultural businesses in the start-up or transfer phase. Novice entrepreneurs wishing to launch or take over a farm face increasingly complex challenges. In Canada, approximately half of new farms cease operations within ten years. An increase in an entrepreneur's knowledge and skills in the early years of the business is a determining factor in its eventual survival, growth and longevity. In agriculture however, advisory services traditionally focus on technical and agronomic advice, and farmers have limited access to support to develop their entrepreneurial skills and strategic vision. The cognitive current of corporate governance views governance mechanisms as a source of resources and skills, supporting the entrepreneur to grow the business. Early-stage entrepreneurial governance is a promising but under-explored form of support for novice entrepreneurs launching or taking over a farm business. Though rare in the context of startups, the advisory board (AB) is often the first formal governance mechanism to be put in place. An AB is a group of people external to the business who meet regularly or occasionally to advise management. This thesis seeks to understand how an AB, as an entrepreneurial governance mechanism, can benefit novice entrepreneurs in the agricultural sector. Using a collaborative research design with multiple case studies, five early-stage farm businesses were recruited, and for each, an AB was established and accompanied for one year. The thesis identifies the themes discussed in the committees, as well as the roles and impact of the ABs. In the start-up or transfer phase, a governance mechanism such as an AB can support the development of entrepreneurial skills, improve knowledge levels and decision-making, and create value. The disciplinary aspects of governance related to agency theory are observed in limited measure. The thesis also identifies factors contributing to the success of an AB, such as composition, the frequency and duration of meetings, and guidance.

Les personnes touchées par le cancer (PTC) présentent des besoins de nature diverse. Les résultats de plusieurs études démontrent que la réponse à ces besoins n’est pas optimale et que des actions coordonnées et concertées entre les équipes spécialisées en cancérologie et les organismes du tiers secteur favoriseraient une complémentarité des soins et services offerts aux PTC et, ainsi, une meilleure réponse à leurs besoins. Dans ce contexte, cette étude s’intéresse au point de vue des PTC quant aux interactions entre les équipes spécialisées en cancérologie et les organismes du tiers secteur. Cette étude qualitative descriptive et interprétative a été réalisée auprès de dix femmes et un homme, touchés par le cancer. Les données ont été recueillies à l’aide d’entretiens individuels semi-dirigés. Les résultats obtenus à la suite de l’analyse thématique des données démontrent que les PTC perçoivent peu ou pas d’interactions entre les équipes spécialisées en cancérologie et les organismes du tiers secteur. L’insuffisance d’actions coordonnées, les informations offertes de manière passive ou informelle par les équipes spécialisées en cancérologie ainsi que les contraintes liées à l’accessibilité des services du tiers secteur expliquent l’invisibilité des interactions entre les secteurs, aux yeux des PTC. Des actions coordonnées entre les équipes spécialisées en cancérologie et les organismes du tiers secteur, des références personnalisées réalisées en fonction des besoins singuliers des PTC et un accompagnement personnalisé par un professionnel ou une autre PTC, sont souhaitées par les PTC. / People affected by cancer (PAC) have a variety of needs. The results of several studies show that the response to these needs is not optimal and that coordinated and concerted actions between specialized cancer teams and third-sector organizations would promote complementary care and services for PAC and thus better meet their needs. This study looks at the perspective of people affected by cancer regarding interactions between cancer teams and third sector organizations. This qualitative descriptive and interpretive study was conducted among ten women and one man affected by cancer. Data were collected using semi-structured individual interviews. The results obtained from the thematic analysis of data collected in individual interviews show that PAC perceive little or no interaction between cancer teams and organizations in the third sector. Insufficiency of coordinated action, information offered passively or informally by specialized cancer teams and constraints related to the accessibility of third sector services explain invisibleness of interactions between sectors in the eyes of PAC. Coordinated actions between specialized cancer teams and organizations in the third sector, personalized references made according to the unique needs of PAC, materialized by the presence of a "central" person or a pivotal nurse as well as support for professional navigation or another PAC, are desired by the PAC.

Depuis leur commercialisation en 1996, les surfaces de cultures de plantes transgéniques Bt ont considérablement augmentées, représentant en 2007 près de 42 millions d'hectares. Ces plantes produisent en continu une protéine insecticide (issue de Bacillus thuringiensis) leur permettant de lutter contre les insectes ravageurs tels que la pyrale du maïs. La toxine est introduite dans les sols par exsudation racinaire et dégradation des tissus végétaux. Les interactions de la toxine avec les particules de sol peuvent modifier sa mobilité, sa biodisponibilité, sa persistance et sa toxicité. Il est donc important d'étudier le rôle du sol dans le devenir de cette toxine. Ce travail de thèse a permis de mieux comprendre les interactions physicochimiques entre la toxine et les composantes du sol et en particulier avec les argiles, surfaces très réactives. L'adsorption de la toxine sur les argiles est une interaction de faible affinité, fortement dépendante du pH et difficilement réversible. La différence de quantité maximale de toxine adsorbée sur la montmorillonite et sur la kaolinite était fortement liée à leurs surfaces spécifiques respectives, plutôt qu'à leur charge de surface spécifique. Une analyse de la mobilité de la toxine à l'état adsorbé sur la montmorillonite par Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) a montré que cette protéine est immobilisée par son adsorption sur l'argile. Ces résultats suggèrent que le risque de transfert de la toxine dans le sol se limite aux transports facilités par les colloïdes et aux processus de bioturbation. Par ailleurs, des études de persistance de la toxine dans le sol ont montré que plus de 50 % de l'immuno-réactivité de la toxine est perdue en moins d'une semaine. Les processus biotiques (dégradations microbiennes) semblent peu impliqués dans ce phénomène. Il semblerait que la toxine ne soit pas dégradée mais plutôt inactivée par des changements de conformations suite à son interaction avec les composants du sol. Les processus abiotiques (interactions physicochimiques) sont donc fortement impliqués dans la persistance de la toxine dans le sol, avec une contribution significative des interactions hydrophobes. Dans ce travail de thèse, un effort important a été consacré à l'élaboration d'une méthode de détection in situ de la toxine dans le sol. Deux stratégies ont été envisagées, basées à la fois sur la spectroscopie de fluorescence et l'immunologie, mettant en jeu la reconnaissance soit de deux épitopes de la toxine par deux anticorps marqués (Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET), soit la reconnaissance d'un épitope par un anticorps marqué après présaturation des surfaces (sites protéiques). Les résultats, encore préliminaires, sont encourageants et nécessitent d'être poursuivis.