Avec le développement récent des variétés végétales transgéniques, la mise au point et l'application d'approches adaptées à l'étude de leur innocuité apparaît importante. L'intégration de nouveaux caractères montrant un impact réel ou possible sur les caractéristiques de la plante modifiée, en particulier, rendent impératif la mise au point de stratégies à la fois exhaustives et efficaces pour une prise en compte correcte de leurs impacts éventuels sur la santé humaine. À titre d'exemple, des lignées de pomme de terre transgéniques exprimant un inhibiteur de protéases de type aspartate, l'inhibiteur CDI (pour Cathepsin D lnhibitor) de tomate, ont été développées dans notre laboratoire dans le double but de protéger la plante contre les insectes et de stabiliser les protéines recombinantes éventuellement exprimées dans ses tissus. Suite à des démonstrations diverses quant à leur efficacité (Brunelle et al., 2004, Rivard et al., 2006), il est apparu clair rapidement que l'expression du transgène cdi avait un impact marqué sur le métabolisme de la plante, avec des effets éventuels possibles sur les caractéristiques de ses tissus comestibles. Afin d'évaluer l'innocuité de ces lignées pour la santé humaine, une étude en plusieurs volets a été réalisée ici, basée sur les normes définies par les agences internationales de sécurité alimentaire. L'évaluation sanitaire des OGM repose en général sur un principe de base appelé équivalence en substance, qui consiste à comparer les teneurs en macronutriments, en micronutriments et en composés anti-nutritionnels et toxiques dans les lignées transgéniques à l'étude et dans leur contrepartie conventionelle. Dans le cadre du présent projet, une analyse compositionnelle de base a été faite pour les composantes majeures, mineures et toxiques de tubercules produits à partir de lignées de pomme de terre CDI et de lignées témoins transgéniques et conventionnels. Toutes les composantes analysées n'ont montré aucune variation significative quant à leur teneur dans les lignées analysées (ANOVA; P < 0.05), à l'exception de variations mineures pour le magnésium. Afin d'obtenir une image plus générale (ou "holistique") et pour augmenter les chances de détecter d'éventuels effets pléiotropiques suite à l'insertion du transgene cdi dans le génome de plante, une analyse protéomique basée sur l'électrophorèse bidimensionnelle (2-DE) a été réalisée pour le suivi comparatif de nombreuses protéines en simultané. Les données obtenues indiquent que les pommes de terre CDI étaient équivalentes aux pommes de terre conventionnelles obtenues de la lignée-mère, exception faite de la protéine recombinante CDI. Etant donné les liens de parenté entre l'inhibiteur CDI et un ensemble de protéines potentiellement allergènes retrouvés naturellement dans les tubercules, il convenait ensuite d'effectuer une évaluation spécifique des risques d'allergénicité associés aux tubercules modifiés. L'évaluation du potentiel allergène des OGM, effectuée généralement selon des normes établies par l'OMS et la FAO, tient compte de l'origine du transgène inséré, de l'homologie de séquence entre la protéine recombinante et les protéines connues comme étant allergènes, des phénomènes de réactivité croisée avec des allergènes connus, des propriétés physico-chimiques de la même protéine et de son immunogénicité potentielle évaluée in vivo dans des modèles animaux. In silico, l'inbiteur CDI de tomate s'est avéré partager un haut degré de similarité avec son équivalent structural de la pomme de terre, et avec d'autres protéines de type Kunitz de la pomme de terre reconnues comme étant allergènes. Ces données nous suggéraient alors d'évaluer plus à fond le comportement de ces différentes protéines dans les différentes lignées testées. Des tests de digestibilité in vitro ont d'abord été réalisés pour étudier la stabilité relative de ces différentes protéines en conditions de pH extrêmes et en présence de protéases de type pepsique et pancréatique. En bref, nous avons observé que les protéines de type Kunitz dans le tubercule cru étaient résistantes à l'hydrolyse pepsique et pancréatique sur une période d'au moins 60 min. Tenant compte des procédés de transformation auxquels la pomme de terre est généralement soumise, des pommes de terre cuites dans l'eau, des pommes de terre cuites au four à micro-ondes et des frites ont été préparées pour estimer la stabilité des protéines endogènes à la chaleur. Toutes les protéines de type Kunitz se sont avérées relativement stables mais néanmoins digérées complètement et en quelques minutes (par les protéases) après un traitement à 100 °C pendant 5 min, ce qui suggère que la protéine CDI et ses homologues de type Kunitz pourraient montrer un potentiel allergène à l'état cru, mais pas après cuisson. Afin de compléter cette évaluation des lignées CDI, des splénocytes isolés de la rate de souris BALB/c naïves ont été mis en culture pour déterminer leur taux de prolifération in vitro et leur profil en cytokines en réponse aux protéines de pomme de terre. Les résultats ont montré une prolifération élevée pour les protéines natives (non dénaturées), en comparaison à celles traitées à la pepsine ou à la chaleur. Une induction plus élevée de l'interféron gamma (IFN-y), au détriment de l'interleukine-4 (IL-4), a aussi été notée. Un autre groupe de souris BALB/c a été administrée oralement des protéines solubles de la plante afin de distinguer 1' immunogénicité des protéines de leurs effets allergènes. Il a été démontré, en bref, que les protéines de pomme de terre sont immunogènes plutôt qu'allergènes chez les souris. Étant donné que la protéine CDI montre une homologie de 30% avec l'inihibeur de trypsine de soya SBTI et que les deux protéines appartiennent à la même famille, la famille Kunitz, un test complémentaire avec le sérum de patients humains allergiques au soya a finalement été réalisé in vitro. En résumé, aucune activité croisée n'a été démontrée, nous suggérant à nouveau que les pommes de terre CDI étudiées dans cette étude n'étaient pas plus (ou moins) allergènes que leur équivalents conventionnels analysés en parallèle. L'ensemble de données obtenues dans le cadre de ce projet suggèrent, en somme, que les tubercules issus de lignées CDI sont équivalents aux tubercules conventionels correspondants, et que le transgène cdi exprimé dans les lignées modifiées n'est à l'origine d'aucun effet immunogène ou allergène particulier à l'inverse des effets parfois observables pour les protéines endogènes de même famille retrouvées dans le tubercule.

Depuis la découverte de la pénicilline par Sir Alexander Fleming, les antibiotiques ont joué un rôle primordial et incontestable en médecine moderne en aidant à combattre les infections bactériennes. Cependant, les bactéries ont la capacité de se protéger par différents moyens des molécules antibiotiques. La surutilisation de ces molécules a accéléré le phénomène de résistance aux antibiotiques, rendant difficile, voire impossible, le traitement de certaines maladies infectieuses par cette approche. La résistance aux antibiotiques est une problématique d’envergure mondiale qui touche aussi négativement l’aquaculture, où les infections bactériennes peuvent causer d’importantes pertes économiques. L’une de ces bactéries est Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, l’agent étiologique de la furonculose. Bien qu’il fût déjà connu que plusieurs souches de cette bactérie étaient porteuses de plasmides conférant des résistances aux antibiotiques, l’ampleur de la problématique était encore inconnue. Les bactériophages (phages) sont des virus infectant spécifiquement les bactéries. Cette capacité à lyser les bactéries leur a valu d’être utilisés dans un contexte thérapeutique presque dès leur découverte au début du 20e siècle. Cependant, l’avènement des antibiotiques a fait en sorte que la thérapie par les phages a été oubliée dans plusieurs pays occidentaux. Maintenant que la résistance aux antibiotiques est devenue une inquiétude pour la pérennité de notre société, plusieurs études suggèrent que la thérapie par les phages pourrait être une alternative ou un complément aux traitements par antibiotiques. La présente thèse avait comme objectifs : (1) d’explorer la diversité génomique causant une résistance aux antibiotiques chez A. salmonicida subsp. salmonicida et (2) d’investiguer le potentiel d’un traitement par les phages pour contrer les infections causées par cette bactérie. Il a été possible de mettre à jour et de caractériser cinq nouveaux plasmides avec des gènes de résistance aux antibiotiques chez A. salmonicida subsp. salmonicida. De plus, la présence de deux de ces plasmides (pAB5S9b et pSN254b) causent une résistance à tous les antibiotiques approuvés par le gouvernement canadien pour une utilisation par l’industrie piscicole. Avant d’investiguer la diversité des phages infectant A. salmonicida subsp. salmonicida, il était crucial de mieux connaître la bactérie d’intérêt. Plusieurs phages sont connus pour avoir un spectre lytique étroit, n’infectant ainsi que certaines souches ou certaines sousespèces d’une bactérie. Or, la structure intra-espèce d’A. salmonicida était encore mal définie. De plus, l’une des sous-espèces d’A. salmonicida, pectinolytica, est considérée comme mésophile avec la capacité de croître à 37°C, alors que les autres sous-espèces, comme salmonicida, sont limitées à des températures d’environ 20°C et sont par conséquent qualifiées de psychrophiles. En caractérisant de nouvelles souches mésophiles, mes travaux ont mis en lumière que les séquences d’insertion peuvent être une raison pour expliquer cette dichotomie. De plus, il a été possible de démontrer une grande diversité génétique chez les souches mésophiles, comparativement à celles psychrophiles. Afin de vérifier le potentiel d’un traitement par les phages contre la furonculose, trois phages spécifiques à A. salmonicida subsp. salmonicida ont été isolés de l’environnement. L'ADN de ces phages, en plus de celui de neuf autres disponibles à la collection Félix d’Hérelle, a été séquencé à haut-débit sur un appareil MiSeq d’Illumina. En comparant ces séquences génomiques à celles déjà disponibles publiquement, il a été possible de déterminer six groupes génomiques de phages contre A. salmonicida subsp. salmonicida. Les 12 phages disponibles pour la présente étude ont été testés sur 65 souches d’A. salmonicida (incluant des sous-espèces autres que salmonicida), permettant de dresser un portrait de la capacité lytique de chacun de ces virus. Cette analyse a mis en lumière trois groupes de phages ayant des capacités lytiques variables. De plus, il a été possible de montrer que d’autres sous-espèces d’A. salmonicida psychrophiles peuvent être infectées par les phages isolés à partir de la sous-espèce salmonicida. Cependant, les souches mésophiles d’A. salmonicida sont insensibles à ces phages. Cette étude doctorale a montré que la résistance aux antibiotiques est un problème d’envergure dont l’ampleur était insoupçonnée chez A. salmonicida subsp. salmonicida. Elle a aussi permis d’investiguer le potentiel de la thérapie par les phages. / Since the discovery of penicillin by Sir Alexander Fleming, antibiotics have played a paramount and indisputable role in modern medicine in helping to treat bacterial infections. However, bacteria have the ability to protect themselves against antibiotics by various mechanisms. The overuse of these molecules has accelerated the phenomenon of antibiotic resistance, making it difficult, if not impossible, to treat certain bacterial infections. Antibiotic resistance is a global problem that also negatively affects aquaculture, where bacterial infections can cause significant economic losses. One of these bacteria is Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida, the etiologic agent of furunculosis. Although it was already known that several strains of this bacterium were carriers of plasmids conferring resistance to antibiotics, the extent of the problem was still unknown before this study. Bacteriophages (phages) are viruses specifically infecting bacteria. Their ability to lyse bacteria has been used in a therapeutic context almost as soon as they were discovered at the beginning of the 20th century. However, the advent of antibiotics has meant that phage therapy was forgotten in several Western countries. Now that antibiotic resistance has become a significant concern for the sustainability of our society, several studies suggest that phage therapy could be an alternative or supplement to antibiotic treatments. The objectives of this thesis were: (1) to explore the genomic diversity causing resistance to antibiotics in A. salmonicida subsp. salmonicida and (2) to investigate the potential of phage therapy to treat infections caused by this bacterium. Five new plasmids conferring antibiotic resistance to A. salmonicida subsp. salmonicida were discovered and characterized. Two of these plasmids, pAB5S9b and pSN254b, cause resistance to all antibiotics approved by the Canadian government for use in the fish industry. Before investigating the diversity of phages infecting A. salmonicida subsp. salmonicida, it was crucial to better know the bacterium of interest. Several phages are known to have a narrow host spectrum, infecting certain strains or subspecies. Until the present doctoral study, the intra-species structure of A. salmonicida was poorly defined. In addition, one of the subspecies of A. salmonicida, pectinolytica, is considered mesophilic with the ability to grow at 37°C, while other subspecies, such as salmonicida, are limited to growth temperatures around 20°C and are therefore considered psychrophilic. By characterizing new mesophilic strains, we found that insertion sequences may be a reason for this dichotomy. In addition, it was possible to demonstrate a high genetic diversity in mesophilic strains compared to psychrophilic strains. In order to verify the potential of phage treatment against furunculosis, three phages specific to A. salmonicida subsp. salmonicida were isolated from the environment. The genomic DNA of these phages, in addition to that of nine other phages available at the Felix d'Hérelle collection, was sequenced on an Illumina MiSeq device. By comparing these genomic sequences to those already available publicly, it was possible to determine six genomic groups of phages infecting A. salmonicida subsp. salmonicida. The 12 phages available were tested on 65 strains of A. salmonicida (including subspecies other than salmonicida), providing the host range of each virus. This analysis revealed three groups of phages with variable lytic capacities. In addition, it was possible to show that other psychrophilic subspecies of A. salmonicida can be infected by phages isolated from the subspecies salmonicida. However, the mesophilic strains of A. salmonicida are insensitive to these phages. This doctoral study showed that resistance to antibiotics is a large-scale problem in A. salmonicida subsp. salmonicida, and that phage therapy may represent one of the solutions to the growing concern

Plusieurs travaux sur la relation d'aide affirment l'importance de la relation avec la personne aidante dans l'atteinte de résultats pour la personne aidée. Toutefois, peu s'intéressent à l'écrit dans la relation entre ces personnes. Par ailleurs, plusieurs activités d'orientation professionnelle font appel à l'écrit sans que les acteurs portent particulièrement attention à son usage dans la relation. De plus, dans les organismes d'insertion sociale et professionnelle, personnels de l'orientation et adultes sans diplôme sont susceptibles d'aborder l'écrit de manières contrastées. Ainsi, cette thèse vise à comprendre comment l'écrit est mobilisé dans la relation d'orientation. Au plan conceptuel, cette recherche propose un construit original, la relation d'orientation, à l'aide des concepts d'interaction sociale, de relation thérapeutique et de médiation sociale. Elle utilise aussi les concepts de pratiques de l'écrit et de rapport à l'écrit pour étudier la façon de mobiliser l'écrit. Au plan méthodologique, il s'agit d'une étude de cas multiples auprès de six conseillers et conseillères d'orientation s'inscrivant dans une recherche plus globale intitulée Pratiques de l'écrit de conseillères et conseillers d'orientation oeuvrant auprès d'adultes sans diplôme (Bélisle, 2005-2008). L'analyse transversale des cas vise ultimement à dégager des liens entre relation d'orientation, pratiques de l'écrit et rapport à l'écrit de conseillères et conseillers d'orientation. Les pratiques de l'écrit des conseillères et conseillers d'orientation se révèlent un analyseur riche de la relation d'orientation. L'analyse dégage des pratiques de l'écrit éducatives et centrées sur le lien. De plus, il ressort que les conseillères et conseillers présentent notamment un investissement de l'écrit souvent positif et parfois ambivalent. Ces éléments permettent de soutenir la thèse que le rapport à l'écrit contribue à l'ancrage de la relation d'orientation dans les pratiques de l'écrit. De plus, une définition originale de la relation d'orientation pouvant enrichir la recherche, la formation et la pratique en orientation est présentée.

La maîtrise de l'hygiène des surfaces demeure une préoccupation constante dans de nombreux secteurs d'activité. En effet, la contamination microbiologique des surfaces peut être à l'origine de problèmes de santé publique plus ou moins sévères dans les industries agro-alimentaires (toxi-infections alimentaires) ou le milieu médical (infections nosocomiales). L'efficacité des agents désinfectants restant variable d'une application à l'autre (notamment sur des micro-organismes adhérant), il s'avère nécessaire d'améliorer les formulations désinfectantes et/ou les procédures de désinfection qui y sont associées. Cette amiélioration passe par la mise en place de méthodes tests permettant d'évaluer rapidement l'activité antimicrobienne de produits commercialisés ou non, dans des conditions proches de la réalité. Ainsi, au cours de ce travail, nous avons défini un protocole pour déterminer l'activité létale des produits désinfectants sur cellules adhérentes, protocole composé de quatre étapes principales : i) choix des micro-organismes et standardisation de leurs conditions de conservation et de croissance, ii) mise en place d'un protocole d'adhésion reproductible sur supports conditionnés ou non, iii) test de désinfection sur cellules adhérentes et iv) optimisation de ce protocole dans le caractère in situ et le délai d'obtention des résultats par l'utilisation de marqueurs fluorescents, indicateurs de la viabilité cellulaire.

Le présent travail de recherche porte sur l’asymétrie des échanges interculturels dans les relations partenariales entre des organismes du Nord et du Sud. D’un tâtonnement exploratoire à la constitution d’un cadre d’analyse combinant plusieurs approches, cette recherche s’intéresse particulièrement aux partenariats entre des organisations non gouvernementales, des associations et des entreprises à but socioéconomique françaises et sénégalaises. L’analyse de ces relations partenariales se fait à trois niveaux : autour de l’acteur, ses logiques et les situations de coopération. Elle s’appuie sur des modèles théoriques et conceptuels notamment sur la problématique des rationalités, de la créativité des acteurs et des logiques de partenariat. Les relations partenariales s’inscrivent de ce fait dans ce qu’on pourrait appréhender comme un double mouvement de transaction socio-historique à la fois structurelle et structurale.En effet, le partenariat actuel entre organismes participe d’une métamorphose bien plus globale qui prend en compte les évolutions d’un monde en mutation permanente. Il résulte également d’un processus d’évolution des relations franco-sénégalaises.L’analyse des relations nouvelles et des alternatives de partenariat propose une sociologie des relations partenariales qui questionnent les discours et les pratiques de coopération dans le cadre d’échanges interculturels structurés et semi-structurés.L’analyse proposée permet ainsi de répondre à l’interrogation suivante : ces relations obéissent-elles à des logiques de domination, de réciprocité, de fraternalisme ou d’asymétrie ? / This research work focuses on the asymmetry of the intercultural exchanges within the partner relationships between the North and the South organizations. We particularly put emphasis on partner relationships between nongovernmental organizations and companies with a socio-economic vocation in France and in Senegal.The analysis of these partner relationships is done at three levels: on the partner, his logic and the cooperation situations. This relies on theoretical and conceptual models such as Weber’s (Weber M., 1964) comprehensive approach that emphasizes on rational actions, Boltanski’s, (Boltanski, 1990) normative action analysis model, Mauss’ (Mauss, 2007) reciprocal donation model, Joas’s (Joas H. , 1999) critical theory that highlights the creative nature that human actions have and Remy’s (Remy, 2005/1) social transaction theory. Partner relationships are then part of what could be tackled as a double issue of socio-historical transaction both structural and organisational. In fact, today’s partnerships between organizations are part of a much more global change taking into account the evolution of a permanently changing world. It thus arises on an evolution process of France-Senegal relationships. The analysis of new relationships and other partnership alternatives suggests a sociology of partner relationships that questions the today’s cooperation discourses and practices concerning structured and semi-structured intercultural exchanges. The analysis that we propose makes it possible to answer the following question: Do these relations follow a common sense of domination, reciprocity, fraternalism (Césaire, 1956) or asymmetry ?

Orientador: Maria Sylvia Simões Bueno / Banca: Magda Madalena Tuma / Banca: Giovanni Alves / Resumo: Objetiva-se, com este estudo, entender a proposta curricular referente ao trabalho voltada para o Ensino Médio. O discurso que prega as novas diretrizes para esse ensino ganhou, na atualidade, espaço nas políticas voltadas à educação, concretizando-se na legislação educacional do sistema público. Faz-se necessário entender as políticas educacionais, mais precisamente as alterações na esfera do trabalho e educação, que foram propostas a partir das reformas educacionais dos anos 1990. Tais reformas trouxeram, na sua concepção estrutural, uma série de medidas, que se traduziram em inovações e mudanças, recomendadas por organismos internacionais, dentre os quais destacam-se: Banco Mundial (BM), Banco Interamericano de Reconstrução e Desenvolvimento (BIRD), Organização Internacional do Trabalho (OIT), Comissão Econômica da América Latina e Caribe (CEPAL) e Organização das Nações Unidas para a Educação, Ciência e Cultura (UNESCONesse sentido, assume papel importante para o estudo aqui empreendido a análise dos documentos propostos pelas agências acima citadas, mais precisamente os documentos apresentados pela OIT e pelo BIRD. Estes têm reflexos nos documentos oficiais pertinentes à legislação nacional, dentre os quais destaca-se o Parecer CNE/CEB nº 15/98, de onde emergem as Diretrizes Curriculares Nacionais para o Ensino Médio (DCNEMs), que constituiu o núcleo desta pesquisa.. Observa-se, no discurso oficial, a redescoberta da escola no que tange ao papel da educação secundária na solução de problemas ligados à empregabilidade e à melhoria das condições de vida. O uso das novas tecnologias na Educação Básica é relacionado à garantia de futuro para as massas trabalhadoras. Na atualidade, o Ensino Médio passa a ter responsabilidades ampliadas: ele deve ser interpretado e concebido como aquele capaz de desenvolver competências e socializar... Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: L'objectif de cette étude est de comprendre la proposition curriculaire référente au travail en relation à l'Enseignement Moyen. Le discours qui traite des nouvelles directives pour cet enseignement a gagné, dans l'actualité, un espace dans les politiques en relation avec l'éducation, se concrétisant dans la législation éducationnelle du système public. Dans ce sens, il est nécessaire de comprendre les politiques éducationnelles, et plus précisément les altérations dans le monde du travail et de l'éducation, qui ont été proposées à partir des reformes éducationnelles des années 1990. De telles reformes ont apporté, dans la conception structurelle, une série de mesures, qui se sont traduites en innovations et changements, recommandées par des organismes internationaux, comme : La Banque Mondiale (BM), La Banque Interaméricaine de Reconstruction et Développement (BIRD), L'Organisation Internationale du Travail (OIT), La Commission Économique de l'Amérique Latine et des Caraïbes (CEPAL) et l'Organisation des Nations Unies pour l'Éducation, la Science et la Culture (UNESCO. Ainsi, il assume un rôle important pour l'étude ici entreprise de l'analyse des documents proposés par les agences citées ci-dessus, mais plus précisément des documents présentés par l'OIT et le BIRD. Ces derniers, se reflètent dans les documents officiels appartenant à la législation nationale, parmi lesquels est cité la loi nº 15/98, d'où émergent les directives Curriculaires Nationales pour l'Enseignement Moyen (DCNEMs), qui a orienté en grande partie cette recherche. On observe, dans le discours officiel, la redécouverte de l'école en ce qui concerne le rôle de l'éducation secondaire dans la solution des problèmes liés à la compétence et à l'amélioration des conditions de vie. L'utilité des nouvelles technologies dans l'Éducation de base... (Résumé complet accès électronique ci- dessous) / Mestre

Les recherches sur la génétique des populations et l'évolution des organismes marins relèvent d'une thématique au sens propre, du fait qu'elles sont envisagées essentiellement à travers les conséquences d'une phase larvaire planctonique, trait original et quasi-général chez ces organismes, dans un environnement océanique qui est à la fois dense, dispersif, homogène horizontalement et stratifié verticalement. La phase larvaire est synonyme de fécondité et de potentiel de dispersion sans équivalents en milieu terrestre. Ces caractéristiques autorisent à leur tour des dynamiques de reproduction extrêmes, ainsi qu'une gamme étendue de combinaisons génétiques à chaque génération. Mes recherches sont présentées selon trois axes principaux. Axe 1 : structure géographique des espèces marines en relation avec leur phase de dispersion ; axe 2 : identification des barrières au flux génique en milieu dispersif ; axe 3 : systématique moléculaire. Les objectifs en sont à la fois fondamentaux et appliqués. Les résultats acquis sur la structure géographique et la phylogéographie des espèces économiquement importantes ont des implications en matière de gestion des " stocks ", mais aussi vis-à-vis de la conservation des espèces et des écosystèmes.

La concentration microbienne des nuages collectés depuis le sommet du puy de Dôme se situe, en bruit de fond, autour de 5x10puissance 4 cell.mL-1 pour les bactéries, et 5x10puissance3 cell.mL-1 pour les champignons. La plus grande partie d'entres elles est viable, comme le montrent les mesures de concentration en ATP. Les souches isolées présentent des propriétés physiologiques d'intérêt pour la survie dans le nuage (pigments, capacité de se développer à basse température). Ils sont capables de dégrader, même à basse température, des composés organiques présents en quantité importante dans l'eau des nuages , comme le formiate, l'acétate, le lactate, le succinate, le méthanol et le formaldéhyde. Enfin, plusieurs souches ont une capacité élevée à agir comme noyau glaçogène. Cette étude suggère que les microorganismes pourraient être impliqués dans les processus chimiques et physiques qui se déroulent dans les nuages, et leur importance est à ce titre, à reconsidérer de façon globale.

Parmi les milliers d'espèces de phytoplancton connues on retrouve le genre Pseudo-nitzschia. Sur les 37 espèces actuellement décrites (et seulement 28 testées), 14 sont capables de produire une toxine amnésiante, l'acide domoïque, mortelle pour l'être humain mais aussi pour les oiseaux et mammifères marins. La production d'acide domoïque dépend non seulement des espèces, mais aussi des souches et de leur environnement. Pour mieux comprendre quand et pourquoi cette toxine est produite, il apparait donc important de s'intéresser à la physiologie de la cellule. Le but de cette thèse était de tester l'effet de différents facteurs biotiques et abiotiques non seulement sur la production d'acide domoïque mais aussi sur la physiologie des cellules. L'effet de la compétition avec les bactéries et une autre diatomée a été testé sur Pseudo-nitzschia sp., ainsi que la limitation en fer et/ou cuivre ou l'ajout de doses toxiques de cuivre.

Suite à des usages intensifs d’origines industrielles, des surfaces considérables de sols dégradés, peu fertiles, voire contaminés sont délaissées. Dans un contexte de raréfaction des sols et de pressions foncières et économiques grandissantes, la réhabilitation de ces sols fortement anthropisés et délaissés peut-être un enjeu. Toutefois, pour envisager une réutilisation de ces sols, il est nécessaire de mieux les caractériser. L’étude de la qualité des sols prend rarement en compte la biodiversité et le fonctionnement biologique. Ainsi, l’objectif de ce travail de thèse était de caractériser des sols délaissés, en prenant en compte leurs paramètres abiotiques, biotiques et fonctionnels. Pour cela, six sols fortement anthropisés délaissés du nord-est de la France, correspondant à différentes activités industrielles, ont été étudiés in situ et en laboratoire. Plusieurs groupes biotiques (bactéries, champignons, mésofaune, macrofaune et flore) ont été étudiés afin d’avoir une approche quasi-exhaustive de la biodiversité des sols. Une approche taxonomique et fonctionnelle (basée sur les traits) de la biodiversité a été réalisée pour les champignons, la méso- et la macrofaune. De plus, l’évolution in situ au cours du temps des paramètres abiotiques et biotiques a été prise en compte sur un des six sols délaissés étudiés. Enfin, les interactions biotiques entre une espèce de collembole, de champignon mycorhizien à arbuscules et de plante herbacée ont été étudiées dans deux sols délaissés, en laboratoire. Nous avons montré que les sols délaissés étaient caractérisés par une biodiversité significative, comparable selon les cas, à celles d’autres types de sols, comme les sols forestiers, de prairies ou agricoles. Toutefois, des différences de densité, de richesse et de structures taxonomiques et fonctionnelles entre les sols délaissés existent et dépendent du groupe biotique étudié. Ces différences sont notamment liées aux propriétés physico-chimiques contrastées de ces sols. Ainsi, un sol construit, amendé en compost, était l’écosystème le moins perturbé des sols étudiés, contrairement à un autre sol construit et contaminé en métaux lourds. Nous avons montré que les paramètres physico-chimiques, et surtout biologiques, évoluaient rapidement au cours du temps (environ un an) dans le sol construit contaminé en métaux lourds. Enfin, nous avons mis en évidence, dans les deux sols étudiés en laboratoire, des modifications des interactions biotiques sous l’influence de nombreux paramètres comme le volume de sol, la durée de l’interaction, la présence d’une microflore indigène etc. Finalement, nous avons montré que ces sols pouvaient être le support de services écosystémiques tels que l’habitat pour la biodiversité et qu’ils pouvaient être fonctionnels, permettant ainsi de considérer leur potentielle valorisation / Due to industrial activities intensification, large surfaces of degraded soils, with low fertility and sometimes contamination, are derelict. In the context of land depletion and economic pressure, the rehabilitation of these derelict anthropogenic soils could be a key issue. However, these derelict soils needs to be better characterized before to consider their potential use. Soil quality studies rarely take into account the biodiversity and the biological functioning. Thus, the aim of this PhD work was to characterize derelict soils by considering their abiotic, biotic and functional parameters. To this end, six derelict strongly anthropogenic soils from north-eastern France, resulting from different industrial activities, were studied in situ and in laboratory. Several biotic components (bacteria, fungi, mesofauna, macrofauna and flora) were studied to have an almost complete approach of the soil biodiversity. Taxonomical and functional (trait-based approach) study of biodiversity was performed for fungi, meso- and macrofauna. Moreover, the in situ evolution over time of abiotic and biotic parameters was taken into account in one of the six studied derelict soils. Lastly, biotic interactions between a species of Collembola, of arbuscular mycorrhizal fungi and of herbaceous plant were studied in two derelict soils, in a growth chamber. We showed that derelict soils were characterized by a significant biodiversity, comparable case to case with other kinds of soils like forest, grassland or crop. Nevertheless, differences in terms of density, richness and taxonomical and functional structure community were observed between soils and depend on considered biotic group. These differences were notably linked with contrasting physico-chemical parameters between soils. Thus, a compost-amended constructed soil was the less disturbed among the six studied soils, in contrast with a heavy metal-contaminated constructed soil. We showed that abiotic parameters, notably biotic parameters, evolved quickly (within one year) in the metal-contaminated constructed soil. In the two derelict soils where interactions between Collembola and mycorrhizal fungi were studied, biotic interactions were affected by several parameters like soil volume, time of interaction, indigenous microflora presence etc. Finally, we have shown that these derelict soils support ecosystems services such as biodiversity reserve and could be functional, allowing potential re-use