La recherche en génie logiciel a depuis longtemps tenté de mieux comprendre le processus de développement logiciel, minimalement, pour en reproduire les bonnes pratiques, et idéalement, pour pouvoir le mécaniser. On peut identifier deux approches majeures pour caractériser le processus. La première approche, dite transformationnelle, perçoit le processus comme une séquence de transformations préservant certaines propriétés des données à l’entrée. Cette idée a été récemment reprise par l’architecture dirigée par les modèles de l’OMG. La deuxième approche consiste à répertorier et à codifier des solutions éprouvées à des problèmes récurrents. Les recherches sur les styles architecturaux, les patrons de conception, ou les cadres d’applications s’inscrivent dans cette approche. Notre travail de recherche reconnaît la complémentarité des deux approches, notamment pour l’étape de conception: dans le cadre du développement dirigé par les modèles, nous percevons l’étape de conception comme l’application de patrons de solutions aux modèles reçus en entrée. Il est coutume de définir l’étape de conception en termes de conception architecturale, et conception détaillée. La conception architecturale se préoccupe d’organiser un logiciel en composants répondant à un ensemble d’exigences non-fonctionnelles, alors que la conception détaillée se préoccupe, en quelque sorte, du contenu de ces composants. La conception architecturale s’appuie sur des styles architecturaux qui sont des principes d’organisation permettant d’optimiser certaines qualités, alors que la conception détaillée s’appuie sur des patrons de conception pour attribuer les responsabilités aux classes. Les styles architecturaux et les patrons de conception sont des artefacts qui codifient des solutions éprouvées à des problèmes récurrents de conception. Alors que ces artefacts sont bien documentés, la décision de les appliquer reste essentiellement manuelle. De plus, les outils proposés n’offrent pas un support adéquat pour les appliquer à des modèles existants. Dans cette thèse, nous nous attaquons à la conception détaillée, et plus particulièrement, à la transformation de modèles par application de patrons de conception, en partie parce que les patrons de conception sont moins complexes, et en partie parce que l’implémentation des styles architecturaux passe souvent par les patrons de conception. Ainsi, nous proposons une approche pour représenter et appliquer les patrons de conception. Notre approche se base sur la représentation explicite des problèmes résolus par ces patrons. En effet, la représentation explicite du problème résolu par un patron permet : (1) de mieux comprendre le patron, (2) de reconnaître l’opportunité d’appliquer le patron en détectant une instance de la représentation du problème dans les modèles du système considéré, et (3) d’automatiser l’application du patron en la représentant, de façon déclarative, par une transformation d’une instance du problème en une instance de la solution. Pour vérifier et valider notre approche, nous l’avons utilisée pour représenter et appliquer différents patrons de conception et nous avons effectué des tests pratiques sur des modèles générés à partir de logiciels libres. / Software engineering researchers have long tried to understand the software process development to mechanize it or at least to codify its good practices. We identify two major approaches to characterize the process. The first approach—known as transformational—sees the process as a sequence of property-preserving transformations. This idea was recently adopted by the OMG’s model-driven architecture (MDA). The second approach consists in identifying and codifying proven solutions to recurring problems. Research on architectural styles, frameworks and design patterns are part of this approach. Our research recognizes the complementarity of these two approaches, in particular in the design step. Indeed within the model-driven development context, we view software design as the process of applying codified solution patterns to input models. Software design is typically defined in terms of architectural design and detailed design. Architectural design aims at organizing the software in modules or components that meet a set of non-functional requirements while detailed design is—in some way—concerned by the contents of the identified components. Architectural design relies on architectural styles which are principles of organization to optimize certain quality requirements, whereas detailed design relies on design patterns to assign responsibilities to classes. Both architectural styles and design patterns are design artifacts that encode proven solutions to recurring design problems. While these design artifacts are documented, the decision to apply them remains essentially manual. Besides, once a decision has been made to use a design artifact, there is no adequate support to apply it to existing models. As design patterns present an ‘‘easier’’ problem to solve, and because architectural styles implementation relies on design patterns, our strategy for addressing these issues was to try to solve the problem for design patterns first, and then tackle architectural styles. Hence, in this thesis, we propose an approach for representing and applying design patterns. Our approach is based on an explicit representation of the problems solved by design patterns. Indeed, and explicit representation of the problem solved by a pattern enables to: 1) better understand the pattern, 2) recognize the opportunity of applying the pattern by matching the representation of the problem against the models of the considered system, and 3) specify declaratively the application of the pattern as a transformation of an instance of the problem into an instance of the solution. To verify and validate the proposed approach, we used it to represent and apply several design patterns. We also conducted practical tests on models generated from open source systems.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La recherche de réponses précises à des questions formulées en langue naturelle renouvelle le champ de la recherche d’information. De nombreux travaux ont eu lieu sur la recherche de réponses à des questions factuelles en domaine ouvert. Moins de travaux ont porté sur la recherche de réponses en domaine de spécialité, en particulier dans le domaine médical ou biomédical. Plusieurs conditions différentes sont rencontrées en domaine de spécialité comme les lexiques et terminologies spécialisés, les types particuliers de questions, entités et relations du domaine ou les caractéristiques des documents ciblés. Dans une première partie, nous étudions les méthodes permettant d’analyser sémantiquement les questions posées par l’utilisateur ainsi que les textes utilisés pour trouver les réponses. Pour ce faire nous utilisons des méthodes hybrides pour deux tâches principales : (i) la reconnaissance des entités médicales et (ii) l’extraction de relations sémantiques. Ces méthodes combinent des règles et patrons construits manuellement, des connaissances du domaine et des techniques d’apprentissage statistique utilisant différents classifieurs. Ces méthodes hybrides, expérimentées sur différents corpus, permettent de pallier les inconvénients des deux types de méthodes d’extraction d’information, à savoir le manque de couverture potentiel des méthodes à base de règles et la dépendance aux données annotées des méthodes statistiques. Dans une seconde partie, nous étudions l’apport des technologies du web sémantique pour la portabilité et l’expressivité des systèmes de questions-réponses. Dans le cadre de notre approche, nous exploitons les technologies du web sémantique pour annoter les informations extraites en premier lieu et pour interroger sémantiquement ces annotations en second lieu. Enfin, nous présentons notre système de questions-réponses, appelé MEANS, qui utilise à la fois des techniques de TAL, des connaissances du domaine et les technologies du web sémantique pour répondre automatiquement aux questions médicales. / With the dramatic growth of digital information, finding precise answers to natural language questions is more and more essential for retrieving domain knowledge in real time. Many research works tackled answer retrieval for factual questions in open domain. Less works were performed for domain-specific question answering such as the medical domain. Compared to the open domain, several different conditions are met in the medical domain such as specialized vocabularies, specific types of questions, different kinds of domain entities and relations. Document characteristics are also a matter of importance, as, for example, clinical texts may tend to use a lot of technical abbreviations while forum pages may use long “approximate” terms. We focus on finding precise answers to natural language questions in the medical field. A key process for this task is to analyze the questions and the source documents semantically and to use standard formalisms to represent the obtained annotations. We propose a medical question-answering approach based on: (i) NLP methods combing domain knowledge, rule-based methods and statistical ones to extract relevant information from questions and documents and (ii) Semantic Web technologies to represent and interrogate the extracted information.

Le travail de thèse présente une méthode de développement de systèmes automatisés basée sur les méthodes formelles B et TLA+. Le développement par raffinement est au cœur de la méthode proposée. Un système automatisé est modélisé par deux composants, un contrôlé formé par le dispositif physique et son environnement et un contrôleur pilotant ce dernier. Il est exprimé par un produit synchronisé sur les actions de ces deux composants. La première contribution de la thèse concerne la proposition d'une approche qui combine le B événementiel et le langage de modélisation TLA+ pour la vérification des propriétés de vivacité. Nous définissons une extension syntaxique et sémantique du B événementiel permettant d'exprimer des propriétés de vivacité. Nous développons un prototype pour la transformation d'un modèle B en un module TLA+ sur lequel nous effectuons la preuve des propriétés de vivacité avec le model checker TLC. Pour la vérification de ce type de propriétés sur des systèmes infinis, nous proposons l'utilisation des diagrammes de prédicats qui sont des abstractions des systèmes modélisés en TLA+. La deuxième contribution est la proposition d'une technique pour représenter explicitement le temps en B événementiel. Cette technique s'appuie sur la réalisation d'un entrelacement entre un processus qui gère le temps avec les autres processus du système. Le temps modélisé est discret et son écoulement est modélisé par des événements. Cette approche est assez différente des systèmes temporisés où l'on considère que le temps s'écoule indépendamment du système. Dans la troisième contribution, nous proposons une approche de développement des systèmes automatisés en utilisant la technique de composition où il s'agit de développer conjointement le contrôleur et le composant physique qu'il contrôle et appliquer le raffinement aussi bien sur le contrôleur que le contrôlé. Le raffinement est une technique de base des méthodes que nous proposons et si notre objectif est de construire des contrôleurs corrects, le critère de correction porte sur le comportement du système automatisé qui résulte de la composition du contrôleur et du contrôlé. Nous présentons également un théorème de compositionnalité qui indique sous quelles conditions il est possible de déduire que le composé des raffinements des contrôleur et contrôlé est un raffinement du composé des contrôleur et contrôlé abstraits. La dernière contribution porte sur la définition, la preuve et l'utilisation d'un patron de raffinement pour les processus continus dans des systèmes de production manufacturière. Ce type de patron prouvé permet d'utiliser l'abstraction discrète de l'effet d'un processus continu agissant pendant un certain temps / This thesis deals with the development of automated systems while following the formal methods B and TLA+. We propose a formal methodology based on the refinement paradigm to specify and verify the system that we model by two components: the controlled system representing the physical device and its environment, and the controller that controls the system. A synchronised product on the actions of these two components is applied to specify the automated system. As a first contribution, we propose an approach combining the event B method and the language TLA+ in order to verify liveness properties defined in user requirements. Inspired by the temporal logic of actions TLA, we first extend the event B notation to specify liveness properties and we give semantics of this extended syntax over traces. Second, we give transformation rules from a temporal B model into a TLA+ module. We present, in particular, our prototype system called B2TLA+, that we have developed to support this transformation. To consider infinite systems, we use predicate diagrams as abstractions of systems modelled with TLA+. To consider the real-time concept in automated systems, we propose as a second contribution a technique explicitly representing time in B event systems. This technique is based on an interleaving between any event handling time and the other system events. By considering the well known co-design technique, we propose as a third contribution a refinement-based composition technique keeping a separation between controller and controlled systems in order to build correct automated systems satisfying user requirements. We prove a compositionality theorem with respect to refinement to get an efficient approach to verify the refinement of a synchronized composition between components. We verify the refinement of a synchronized composition by verifying separately the refinement of each component. Finally, we define, prove and use in a case study as a fourth contribution the concept of a refinement pattern for continuous processes in manufacturing systems. Such proven pattern allows us to use the discrete abstraction of the effect of continuous processes operating for a while

Le Web sémantique propose un ensemble de standards et d'outils pour la formalisation et l'interopérabilité de connaissances partagées sur le Web, sous la forme d'ontologies. Les ontologies biomédicales et les données associées constituent de nos jours un ensemble de connaissances complexes, hétérogènes et interconnectées, dont l'analyse est porteuse de grands enjeux en santé, par exemple dans le cadre de la pharmacovigilance. On proposera dans cette thèse des méthodes permettant d'utiliser ces ontologies biomédicales pour étendre les possibilités d'un processus de fouille de données, en particulier, permettant de faire cohabiter et d'exploiter les connaissances de plusieurs ontologies biomédicales. Les travaux de cette thèse concernent dans un premier temps une méthode fondée sur les structures de patrons, une extension de l'analyse formelle de concepts pour la découverte de co-occurences de événements indésirables médicamenteux dans des données patients. Cette méthode utilise une ontologie de phénotypes et une ontologie de médicaments pour permettre la comparaison de ces événements complexes, et la découverte d'associations à différents niveaux de généralisation, par exemple, au niveau de médicaments ou de classes de médicaments. Dans un second temps, on utilisera une méthode numérique fondée sur des mesures de similarité sémantique pour la classification de déficiences intellectuelles génétiques. On étudiera deux mesures de similarité utilisant des méthodes de calcul différentes, que l'on utilisera avec différentes combinaisons d'ontologies phénotypiques et géniques. En particulier, on quantifiera l'influence que les différentes connaissances de domaine ont sur la capacité de classification de ces mesures, et comment ces connaissances peuvent coopérer au sein de telles méthodes numériques. Une troisième étude utilise les données ouvertes liées ou LOD du Web sémantique et les ontologies associées dans le but de caractériser des gènes responsables de déficiences intellectuelles. On utilise ici la programmation logique inductive, qui s'avère adaptée pour fouiller des données relationnelles comme les LOD, en prenant en compte leurs relations avec les ontologies, et en extraire un modèle prédictif et descriptif des gènes responsables de déficiences intellectuelles. L'ensemble des contributions de cette thèse montre qu'il est possible de faire coopérer avantageusement une ou plusieurs ontologies dans divers processus de fouille de données / The semantic Web proposes standards and tools to formalize and share knowledge on the Web, in the form of ontologies. Biomedical ontologies and associated data represents a vast collection of complex, heterogeneous and linked knowledge. The analysis of such knowledge presents great opportunities in healthcare, for instance in pharmacovigilance. This thesis explores several ways to make use of this biomedical knowledge in the data mining step of a knowledge discovery process. In particular, we propose three methods in which several ontologies cooperate to improve data mining results. A first contribution of this thesis describes a method based on pattern structures, an extension of formal concept analysis, to extract associations between adverse drug events from patient data. In this context, a phenotype ontology and a drug ontology cooperate to allow a semantic comparison of these complex adverse events, and leading to the discovery of associations between such events at varying degrees of generalization, for instance, at the drug or drug class level. A second contribution uses a numeric method based on semantic similarity measures to classify different types of genetic intellectual disabilities, characterized by both their phenotypes and the functions of their linked genes. We study two different similarity measures, applied with different combinations of phenotypic and gene function ontologies. In particular, we investigate the influence of each domain of knowledge represented in each ontology on the classification process, and how they can cooperate to improve that process. Finally, a third contribution uses the data component of the semantic Web, the Linked Open Data (LOD), together with linked ontologies, to characterize genes responsible for intellectual deficiencies. We use Inductive Logic Programming, a suitable method to mine relational data such as LOD while exploiting domain knowledge from ontologies by using reasoning mechanisms. Here, ILP allows to extract from LOD and ontologies a descriptive and predictive model of genes responsible for intellectual disabilities. These contributions illustrates the possibility of having several ontologies cooperate to improve various data mining processes

L'objectif de cette thèse a été de caractériser les patrons spatiaux de diversité inter- et intraspécifique au sein des réseaux dendritiques, d'expliciter les processus évolutifs et écologiques qui les sous-tendent, et d'isoler les possibles covariations spatiales et interactions existant entre ces différentes facettes de biodiversité. Pour cela, j'ai tout d'abord développé de nouvelles méthodes statistiques permettant l'analyse, par des modèles causaux, de données sous la forme de matrices de distances, afin de pouvoir analyser plusieurs facettes de biodiversité dans un unique cadre statistique au niveau alpha et bêta. J'ai par la suite étudié de manière intégrative les patrons de diversité interspécifique et intraspécifique génétique d'une part, et intraspécifique génétique et intraspécifique phénotypique d'autre part, au sein du bassin versant Garonne- Dordogne. Enfin, j'ai utilisé un modèle de dynamique éco-évolutive afin d'étudier l'impact de la structure et des gradients environnementaux caractérisant les réseaux dendritiques sur l'adaptation locale au sein de ces réseaux. / The aim of this thesis was to characterized the spatial patterns of inter- and intraspecific diversity within riverine networks, to better understand the ecological and evolutionary processes underlying them and to explore how the different facets of biodiversity interact with one another. First, I developed novel statistical approaches allowing the application of causal modeling to data in the form of pairwise matrices, thus allowing the study within integrative frameworks of several biodiversity facets at the alpha and beta levels. I then studied integratively the patterns of interspecific and intraspecific genetic diversity and of intraspecific genetic and intraspecific phenotypic diversity within the Garonne-Dordogne river basin. Finally, I used an eco-evolutionary metapopulation dynamics model to assess the impacts of the structure and environmental gradients that characterize riverine networks on local adaptation.

A l’image du Rhône au sud-est de la France, les fleuves font l’objet de multiples usages, entrainant des modifications profondes de leurs dynamiques fluviales. Par conséquent, les fonctionnements hydro-sédimentaire et écologique de leurs chenaux ainsi que de leurs plaines alluviales sont altérés. Des programmes intégrés de restauration s’attellent à définir les potentiels et les risques liés à de tels ‘écosystèmes anthropo-construits’ et de comprendre les interactions entre divers facteurs de contrôle ayant influencé leur formation. La présente étude s’est focalisée sur 293 casiers Girardon – des unités rectangulaires délimitées par des digues submersibles longitudinales et latérales construites dans le lit mineur au 19ème siècle afin d’améliorer la navigabilité du Rhône. Ceux-ci sont distribués sur quatre secteurs court-circuités au 20ième siècle pour la production hydro-électrique. Nous avons analysé les patrons spatio-temporels de la sédimentation, ainsi que la structure et la composition des boisements grâce à des données issues de la télédétection et de terrain. Nous proposons également un modèle conceptuel des facteurs de contrôle et des processus potentiels en lien avec les patrons observés. Quatre-vingts pourcents des casiers ont évolué du stade aquatique à un stade terrestre et boisé, suivant des trajectoires historiques variées à la fois inter- et intra-secteurs. Les boisements diffèrent en caractéristiques structurelles de boisements de référence plus naturels. Leur composition est plus proche de celle des systèmes matures que pionniers. Nous observons également une forte présence d’espèces allochtones, comme par exemple l’Érable negundo (Acer negundo), invasive, en particulier dans les stades de régénération. Notre approche comparative constitue une première étape pour démêler les effets cumulatifs des facteurs de contrôle et hiérarchiser leurs rôles individuels. Nous avons constaté que des facteurs locaux jouent un rôle majeur, en particulier la connectivité au chenal principal court-circuité. L’évolution des facteurs environnementaux eux-mêmes a contribué à la complexité des patrons. Ce travail ouvre la voie à des futures études sur des écosystèmes anthropo-construits sur cours d’eau, et donne une nouvelle perspective aux gestionnaires du Rhône relativement à son échelle spatiale innovante. / The multiple uses made of large rivers, such as the Rhône in south-eastern France, have provoked profound modifications of their fluvial dynamics. As a consequence, the hydro-sedimentary and ecological functioning of their channels and floodplains are highly altered. Integrated restoration programmes struggle in defining potentials and risks related to such ‘novel ecosystems’ and to understand the various interacting drivers which influence their formation. This study comparatively focused on 293 dike fields—rectangular units delimited by longitudinal and lateral submersible dikes constructed in the channel in the late 19th century to promote the navigability of the Rhône. They are distributed over four reaches by-passed in the 20th century for hydro-electric energy production. We investigated the spatio-temporal patterns of sediment deposition and the structure and composition of the forest stands using remote sensing and field data. We also propose a conceptual model of potential drivers and processes behind the observed patterns. Eighty percent of the dike fields have evolved from the aquatic to a terrestrial and forested stage, following variable historical trajectories both between and within reaches. The forest stands presented structural characteristics which differed from more natural reference stands and compositional characteristics closer to mature than to pioneer systems. They featured a high presence of non-native species, such as the invasive Box elder (Acer negundo). Our comparative approach constituted a first step to disentangle the cumulative effects of the drivers and define their individual roles: we discovered a prominent role of local factors, especially the connectivity to the main by-passed channel. The evolution of the environmental factors themselves added to the complexity of the patterns. This work provides a basis for future studies of novel ecosystems on rivers, and a new perspective to river managers on the Rhône due to its innovative spatial-scale.

Esquisser le portrait de la commaunauté des peintres lyonnais, entre le début du règne de Louis XI (1461) et la crise de la fin des années 1520, a constitué le présupposé de cette recherche. Le recours aux sources (comptables, fiscales et ecclésiastiques) s’est révélé indispensable à l’étude prosopographique et à une démarche d’histoire sociale de l’art, permettant la localisation des peintres, de leurs ateliers, les quelques filiations, leur place enfin (fortune et position sociale) dans la cité. Mais au-delà de cette première approche, l’étude des commanditaires, personnages capitals de la production artistique, a permis de définir plus finement le visage de la pratique picturale lyonnaise. Entre notables, Consulat, ecclésiastiques et rois, les activités de commande dans la ville ont souligné l’absence de grands chantiers et de grandes commandes dans ces décennies de prospérité croissante. Ce sont donc les fêtes, au premier rang desquelles les entrées royales et solennelles, qui mobilisent les forces économiques, littéraires et évidemment artistiques. L’étude des protagonistes de ces cérémonies royales et urbaines comme des thèmes déployés permet de caractériser de façon plus précise l’articulation entre artistes, commanditaires et cité comme d’approfondir la connaissance sur la pratique des peintres, en effet mieux détaillée dans ce cadre. / To sketch the portrait of the painters’ community of Lyon, between the beginning of the reign of Louis XI (1461) and the crisis of the end of 1520s, was the presupposition of this research. The appeal to sources (accounts, taxes and from ecclesiastic origin) showed itself essential to the study of painters and to the approach of social history of the art, allowing the location of them, their workshops, the some filiations, their place finally (fortune and social position) in the city. But beyond this first approach, the study of the patrons, major characters of the artistic production, allowed to define more finely the face of the pictorial practice of Lyon. Between notables, consuls, Consulate, clerics and kings, the activities of command in the city underlined the absence of big construction sites and big orders in these decades of increasing prosperity. They are thus the festivals, in the front row of which the royal and solemn entries, which mobilize the economic, literary and obviously artistic strengths. The study of the protagonists of these royal and urban ceremonies as spread themes allows to characterize in a more precise way the articulation between artists, patrons and city as to deepen the knowledge on the practice of the painters, indeed better known by this way.

This thesis examines how the fortunes of poets and the status of poetry were changing at the end of the sixteenth century in Portugal. Centring on the long-neglected verse epistles in Diogo Bernardes's 'O Lima' (1596), I re-evaluate our sense of what it meant to be a poet when writing verse was not a sure-fire way to earn a living and when lyric poetry was regularly lampooned as trifling and immoral. Bernardes's surprisingly forthright cartas, I argue, offer new insights into the protagonists and procedures of literary patronage in Portugal. I use a combination of close readings and sociological methods to illuminate the practical strategies and rhetorical brinkmanship that Bernardes deployed in his quest for favour and highlight the frustrations and moral dilemmas of seeking the support of powerful, but fickle, patrons. Bernardes was a particularly remarkable writer for having printed his verse during his lifetime, and so I also trace how lyric verse was slowly legitimated as a cultural product during the sixteenth century and offer a case study of how an author's reputation was forged in the collaborative enterprise of print, then re-formed by the work of readers, thereby shedding light on the complex mechanisms of early modern canon formation. Paradoxically, I demonstrate that unequivocal praise of a writer's work can harm, rather than help, their chances of remaining in the canon. Although Bernardes's work is an echo chamber for these deep reverberations from the broader history of literature, this thesis also listens closely to Bernardes's distinctive poetic voice and allows it to speak out. Playful, candid, mercurial, it is a poetic voice that here seeks a wider audience.