Global ETD Search

11	Recombinant spider silk with antimicrobial properties Nilebäck, Linnea January 2013 (has links) Immobilizing antimicrobial substances onto biocompatible materials is an important approach for the design of novel, functionalized medical devices. By choosing antimicrobial substances from innate immune systems, the risk for development of resistance in pathogenic microbes is lower than if conventional antibiotics are used. Combining natural antimicrobial peptides and bactericidal enzymes with strong and elastic spider silk through recombinant protein technology would enable large-scale production of materials that could serve as functionalized wound dressings. Herein, fusion proteins with the engineered spider silk sequence 4RepCT and five different antimicrobial substances were constructed using two different strategies. In the first, the fusion proteins had a His-tag as well as a solubility-enhancing domain N-terminally to the antimicrobial agent during expression. The tags were cleaved and separated from the target protein during the purification process. The other approach provided a His-tag but no additional solubility domain. The antimicrobial agents included in the work were a charge engineered enzyme and four antimicrobial peptides herein called Peptide A, Peptide B, Peptide C and Peptide D. Four out of five fusion proteins could be expressed in Escherichia coli without exhibiting noticeable toxicity to the host. However, most target proteins were found in the non-soluble fraction. For D-4RepCT, neither soluble nor non-soluble proteins were identified. An operating strategy for expression and purification of antimicrobial spider silk proteins was developed, where the construct system providing the solubility-enhancing domain N-terminally to the antimicrobial sequence, and long time expression at low temperatures is a promising approach. The fusion proteins A-4RepCT and C-4RepCT could be produced in adequate amounts, and they proved to possess the ability to assemble into stable fibers. When incubating solutions of Escherichia coli on the functionalized silk material A-4RepCT, it showed to decrease the number of living bacteria in solution, in contrary to wild-type 4RepCT on which bacteria continued to proliferate. Initial studies of the viability of bacteria adhered to the surface of the functionalized spider silk are so far inconclusive. A larger sample size, complementary experiments and methodology optimization is needed for a proper assessment of antibacterial properties. However, preliminary results for the development of antimicrobial spider silk are positive, and the approach elaborated in this work is believed to be applicable for the construction of functional spider silk with a wide range of natural antimicrobial agents for future wound healing applications. Spider silk antimicrobial peptides bactericidal enzymes recombinant production antibacterial assays Spindeltråd antimikrobiella peptider antibakteriella enzymer rekombinant produktion antibakteriella analyser
12	Separation and identification of IgG glycopeptides using Capillary Electrophoresis and Ultra High-Performance Liquid Chromatography-Mass Spectrometry / Separation och identifiering av IgG glykopeptider med kapillärelektrofores och ultra-högupplösande vätskekromatografi- masspektrometri Lövås, Madeleine January 2022 (has links) I den här studien har metoder för att separera immunoglobulin (IgG) utvecklats med hjälp av kapillärelektrofores (CE) och Ultra högupplösande vätskekromatografi-Mass spektrometri (UHPLC-MS). Vid analysen av peptider från IgG spjälkat av trypsin (IgG TD) detekterades 26 glykopepeptider med UHPLC-MS genom att använda olika gradienter och mobilfaser. Dessutom analyserades fyra olika koncentrations av IgG TD för att testa detektionsgränsen. Resultatet visade att glykopeptider kunde detekteras i alla fyra koncentrationer men antalet detekterade glykopeptider minskade med minskande koncentration. Den sista delen av UHPLC-MS analysen var en selektivitetsanalys där en blandning av bovint serumalbumin spjälkat av trypsin (BSA TD) och IgG TD analyserades i olika koncentrationer. Selektivitetsanalysen visade att ungefär samma antal IgG glykopeptider detekterades som vid analys av IgG TD. Vid CE-analysen användes tre olika kapillärer, varav två av dem var polyvinylalkohol-coated och olika buffertlösningar (BGE) användes. De slutgiltiga resultaten visade 5 toppar som skulle kunna representera IgG gykopeptider men eftersom ingen MS utfördes kunde inga slutsatser dras. Slutligen, användes Matrix-Assisted Laser desorption/ionisation-time-of-flight (MALDI-TOF) för att analysera proverna innan analys och för att jämföra resultaten med UHPLC-MS. / In this study, methods to separate immunoglobulin G (IgG) glycopeptides were developed using capillary electrophoresis (CE) and ultra-high-performance liquid chromatography-Mass spectrometry (UHPLC-MS). In the UHPLC-MS- analysis, 26 glycopeptides were detected during the analysis of trypsin digested IgG (IgG TD) using different gradients and mobile phases. Moreover, a limit of detection study with four different concentrations (0.01, 0.1, 0.5 and 2mg/mL) was performed. Although the number of detected glycopeptides decreased with decreasing concentration, glycopeptides were detected in the 0.01 mg/mL IgG TD sample. Lastly, a selectivity study was performed, in which two trypsin digested Bovine serum albumin (BSA TD) and IgG TD mixtures with different concentrations were analysed. The results showed that approximately the same number glycopeptides were detected as in the IgG sample suggesting that the BSA sample did not interfere with the detection of glycopeptides. Moreover, the CE-analysis included three different capillaries and several background electrolytes (BGEs). Two of the capillaries were polyvinyl alcohol (PVA) coated. The final electropherogram showed five peaks possibly representing IgG glycopeptides but no MS were performed on the CE part leading to no conclusions for the CE-part. Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation- time-of flight (MALDI-TOF) was performed throughout the project to control the samples and for comparison to the UHPLC-MS analysis. Immunoglobulin G peptides CE UHPLC-MS MALDI-TOF Immunglobulin G peptider CE UHPLC-MS MALDI-TOF Analytical Chemistry Analytisk kemi
13	Peptider som läkemedel - en marknads- och trendanalys Annala, Elina, Brink, Matilda, Ekdahl, Simon, Iggström, Sofia, Mejáre, Felicia, Spetsare, Ebba January 2017 (has links) Rapporten syftar till att ge en overskådlig bild av den aktuella peptidbaseradelläkemedelsmarknaden. Från en i rapporten definierad marknad har primärdata kring etablerade företag på marknaden, samt peptidbaserade läkemedel till försäjning på marknaden, sammanställts. Rapporten finner att onkologiska- och metaboliska sjukdomar är överrepresenterade i statistiken, vilket även stöds av rapporter från tredje part. Utforskandet av samarbeten mellan företag och akademi, företag och företag, och andra samarbetsformer presenteras också. En tydlig trend i dessa undersökningar tyder på att kontraktsbaserade samarbeten mellan organisationer, där forskning och produktion görs av ett externt företag som ett annat företag använder sig av, är på uppgång. Detta sänker kostnader för framställningen av nya läkemedel, och effektiviserar denna process. Trender inom forskningen talar också för att folkhälsosjukdomar i västvärlden ar trendsättande för läkemedelsföretagens inriktningar. Rapporten baseras på primärt insamlad statistik som verifieras genom rapporter från tredje part, fallstudier för att exemplifiera generaliseringar gjorda av andra källor, samt reflektioner kring vad denna information utrönar i för slutsats. Läkemedel peptider peptid peptidbaserat läkemedelsmarknaden läkemedelsbranschen marknadsanalys marknad trender trendanalys CRO CMO CDMO Sverige USA Nederländerna Schweiz Storbritannien Frankrike Kina Indien Nya Zeeland Australien Engineering and Technology Teknik och teknologier
14	Improved techniques for CE-MALDI-MS off-line coupling and MALDI-MS analysis of primarily hydrophobic proteins and peptides Jacksén, Johan January 2007 (has links) <p>Due to the hydrophobic nature of integral membrane proteins (IMP) they give rise to several difficulties concerning handling and analysis, which is not the case for the most water soluble proteins. New analysis methods are needed, where the insolubility problems of the hydrophobic proteins due to aggregation and adhesion are tackled. Those problems also affect digestion performance and equipment compatibility for the analysis.</p><p>Protocols for analysis and separation specified for IMP are presented in <b>Paper I</b> and<b> III</b>.</p><p>The instrumentation used in this work was capillary electrophoresis (CE) and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). Both instruments are suitable for peptide/proteins analysis.</p><p>In <b>Paper I</b>, protocols for a CE separation of bacteriorhodopsin (BR) peptides as model IMP peptides are established. Also, a partially automated manufacturing procedure of a concentration MALDI-target is presented, suitable for fractions from CE. The MS analysis detected 9 out of 10 cyanogen bromide (CNBr) digested BR peptides. A novel technique for the off-line integration of CE to MALDI-MS using a closed-open-closed system is presented in <b>Paper II</b>, where the open part is a microcanal functioning as a MALDI target window. Investigation of the microcanal electro-osmotic flow (EOF) properties and band broadening characteristics was performed. A protein separation was obtained and detected with MALDI-MS analysis in the microcanal. Different protein digestion methods were evaluated using BR in <b>Paper III</b> through MALDI-MS. Several digestion methods as well as MS media were investigated alongside different MALDI matrices. For example, matrices as the hydrophobic 2,6-dihydroxyacetophenone (DHAP) and 2-Hydroxy-3-methoxybenzoic acid (2H3MBA) or 2-Hydroxy-5-methoxybenzoic acid (2H5MBA) mixed with DHB, appeared to be promising matrices for analysis of BR.</p> / <p>Med anledning av integrala membranproteiners (IMP) hydrofoba egenskaper uppstår flera svårigheter vid hantering och analys av IMP, vilket inte är fallet för vattenlösliga proteiner. Nya analysmetoder krävs, som löser löslighetsproblemen för de hydrofoba proteinerna som tex flockning och adsorbtion. Dessa problem påverkar även klyvningsgrad och kompatibilitet med analysutrustningen.</p><p>I <b>Artikel I</b> och <b>Artikel III</b> presenteras protokoll för analys och separation specifikt för IMP. Instrumenteringen som har använts i detta arbete är kapillärelektrofores (CE) och matris-assisterad laserdesorptions-joniserings-masspektrometri (MALDI-MS). Båda instrumenten är lämpade för peptid/protein analyser.</p><p>I <b>Artikel I</b>, presenteras protokoll för en CE separation av peptider från bacteriorhodopsin (BR), som användes som modellpeptider för IMP. En delvis automatiserat tillverkningsprocedur för en koncentrerande MALDI-platta, som är anpassad för CE fraktionerna beskrivs också. MS-analysen detekterade 9 av 10 BR-peptider från cyanobromid-klyvning (CNBr). En ny teknik för off line-integrering av CE till MALDI-MS genom ett slutet-öppet-slutet system presenteras i <b>Artikel II</b>, där den öppna delen är en mikrokanal som fungerar som detektionsfönster i MALDI. Undersökning av mikrokanalens egenskaper som tex det elektroosmotiska flödet (EOF) och bandbreddningen utvärderades. En proteinseparation genomfördes och detekterades med MALDI–MS i mikrokanalen. Olika proteinklyvningsmetoder för BR undersöktes i <b>Artikel</b> <b>III</b> med MALDI-MS. Flera proteinklyvningsmetoder samt MS-medier utvärderades tillsammans med olika MALDI-matriser. Den hydrofoba matrisen 2,6-dihydroxyacetophenone (DHAP) och 2-Hydroxy-3-methoxybenzoic acid (2H3MBA) eller 2-Hydroxy-5-methoxybenzoic acid (2H5MBA) blandade med DHB, visade sig exempelvis vara lovande matriser för BR-analyser.</p> Capillary electrophoresis Hydrophobic peptides Prestructured target Off-line interface Silicon microcanal Matrix Protein cleavage/digestion. Kapillärelektrofores Hydrofoba peptider Strukturbelagd provplatta Off-line interface Mikrokanal i kisel Matris Proteinklyvning/-spjälkning. Analytical chemistry Analytisk kemi
15	Improved techniques for CE-MALDI-MS off-line coupling and MALDI-MS analysis of primarily hydrophobic proteins and peptides Jacksén, Johan January 2007 (has links) Due to the hydrophobic nature of integral membrane proteins (IMP) they give rise to several difficulties concerning handling and analysis, which is not the case for the most water soluble proteins. New analysis methods are needed, where the insolubility problems of the hydrophobic proteins due to aggregation and adhesion are tackled. Those problems also affect digestion performance and equipment compatibility for the analysis. Protocols for analysis and separation specified for IMP are presented in Paper I and III. The instrumentation used in this work was capillary electrophoresis (CE) and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). Both instruments are suitable for peptide/proteins analysis. In Paper I, protocols for a CE separation of bacteriorhodopsin (BR) peptides as model IMP peptides are established. Also, a partially automated manufacturing procedure of a concentration MALDI-target is presented, suitable for fractions from CE. The MS analysis detected 9 out of 10 cyanogen bromide (CNBr) digested BR peptides. A novel technique for the off-line integration of CE to MALDI-MS using a closed-open-closed system is presented in Paper II, where the open part is a microcanal functioning as a MALDI target window. Investigation of the microcanal electro-osmotic flow (EOF) properties and band broadening characteristics was performed. A protein separation was obtained and detected with MALDI-MS analysis in the microcanal. Different protein digestion methods were evaluated using BR in Paper III through MALDI-MS. Several digestion methods as well as MS media were investigated alongside different MALDI matrices. For example, matrices as the hydrophobic 2,6-dihydroxyacetophenone (DHAP) and 2-Hydroxy-3-methoxybenzoic acid (2H3MBA) or 2-Hydroxy-5-methoxybenzoic acid (2H5MBA) mixed with DHB, appeared to be promising matrices for analysis of BR. / Med anledning av integrala membranproteiners (IMP) hydrofoba egenskaper uppstår flera svårigheter vid hantering och analys av IMP, vilket inte är fallet för vattenlösliga proteiner. Nya analysmetoder krävs, som löser löslighetsproblemen för de hydrofoba proteinerna som tex flockning och adsorbtion. Dessa problem påverkar även klyvningsgrad och kompatibilitet med analysutrustningen. I Artikel I och Artikel III presenteras protokoll för analys och separation specifikt för IMP. Instrumenteringen som har använts i detta arbete är kapillärelektrofores (CE) och matris-assisterad laserdesorptions-joniserings-masspektrometri (MALDI-MS). Båda instrumenten är lämpade för peptid/protein analyser. I Artikel I, presenteras protokoll för en CE separation av peptider från bacteriorhodopsin (BR), som användes som modellpeptider för IMP. En delvis automatiserat tillverkningsprocedur för en koncentrerande MALDI-platta, som är anpassad för CE fraktionerna beskrivs också. MS-analysen detekterade 9 av 10 BR-peptider från cyanobromid-klyvning (CNBr). En ny teknik för off line-integrering av CE till MALDI-MS genom ett slutet-öppet-slutet system presenteras i Artikel II, där den öppna delen är en mikrokanal som fungerar som detektionsfönster i MALDI. Undersökning av mikrokanalens egenskaper som tex det elektroosmotiska flödet (EOF) och bandbreddningen utvärderades. En proteinseparation genomfördes och detekterades med MALDI–MS i mikrokanalen. Olika proteinklyvningsmetoder för BR undersöktes i Artikel III med MALDI-MS. Flera proteinklyvningsmetoder samt MS-medier utvärderades tillsammans med olika MALDI-matriser. Den hydrofoba matrisen 2,6-dihydroxyacetophenone (DHAP) och 2-Hydroxy-3-methoxybenzoic acid (2H3MBA) eller 2-Hydroxy-5-methoxybenzoic acid (2H5MBA) blandade med DHB, visade sig exempelvis vara lovande matriser för BR-analyser. / QC 20101109 Capillary electrophoresis Hydrophobic peptides Prestructured target Off-line interface Silicon microcanal Matrix Protein cleavage/digestion. Kapillärelektrofores Hydrofoba peptider Strukturbelagd provplatta Off-line interface Mikrokanal i kisel Matris Proteinklyvning/-spjälkning. Analytical Chemistry Analytisk kemi
16	Stabil och antibiotikafri läkemedelsproduktion i rekombinant Escherichia coli Benevides, Kristina, Broström, Oscar, Elison Kalman, Grim, Swenson, Hugo, Vlassov, Andrei, Ågren, Josefin January 2017 (has links) Den här rapporten presenterar ett antibiotikafritt, stabilt och kromosombaserat expressionssystem för läkemedelsproduktion i Escherichia coli på beställning av företaget Affibody AB. E. coli-stammen BL21(DE3) valdes som värdorganism för expressionssystemet. Systemet består av en genkassett som innehåller en T7-promotor, en 5′-UTR från genen ompA och en terminatorsekvens från RNA-operonet rrnB. Fyra kopior av genkassetten ska integreras i pseudogenerna caiB, yjjM, hsdS och yjiV. En datormodell som modellerar det egentliga kopietalet i cellerna har skapats i mjukvaran MATLAB, vilket visar att det uppskattas vara maximalt 32 kopior av genkassetten per cell på grund av replikation av kromosomen. Ett högt pH i fermentorn; att använda fed-batch och blandade kolhydratkällor; och att använda stammen BL21(DE3) minskar acetatproduktionen i cellen. En lägre acetatproduktion kan leda till en högre produkthalt. En proteinutbytesmodell för mjukvaran MATLAB har konstruerats för att uppskatta koncentrationen av Affibody®-molekylen i en E. coli cell. copynumber copy-number copy number origin of replication rekombinant proteinexpression läkemedel E. coli antibiotikafri antibiotika expressionssystem expression system escherichia coli kromosom kromosombaserad kromosomal plasmidfri plasmid T7-promotor T7 promotor ompA rrnB autoinduktion auto induktion matlab kopietalmodell utbytemodell stabil pH pseudogen pseudo gen caiB yjjM hsdS yjiV fermentor batch fed-batch kontinuerlig fed batch fermentation Affibody affibody-molekyl affibody-molekyler affibodymolekyl affibodymolekyler bioreaktor acetat acetatbildning acetatproduktion acetatreduktion acetatreducering peptidläkemedel peptider peptid T7-system operator lac-operator operon 5'-UTR 3'-UTR sekundärstruktur mRNA T1 T2 terminator termineringssekvens optimering lac-operon repressor inducering BL21(DE3) BL21 B-stam B stam modell kopietal kopie tal OriC Pharmaceutical Biotechnology Läkemedelsbioteknik

Page generated in 0.0785 seconds