Made available in DSpace on 2015-12-06T23:04:48Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2003 / Objetivo: Avaliar, por meio de estudo epidemiologico, a frequencia e a distribuicao corporea dos nevos melanociticos adquiridos (NMA) e observar a influencia das variaveis ambientais e constitucionais nos fenotipos heterogeneos, em uma regiao geografica de intensa exposicao solar. Metodos: Foi realizado estudo transversal das frequencias absoluta e relativa dos NMA de todos os tamanhos, com a inclusao de todas as regioes anatomicas padronizadas pelo protocolo internacional (IARCI OMS, 1990), em 1.279 criancas e adolescentes, com idades de 2 a 18 anos, de creches e escolas publicas na cidade de Votuporanga (20°S), São Paulo, Brasil. Resultados: Setenta e cinco por cento dos individuos apresentaram ate 13 nevos, 50 por cento ate seis nevos e 5 por cento mais de 30 nevos. A contagem de NMA de todos os tamanhos foi mais alta nas regioes toracica e abdominal superior, ombros, face e dorso. Os membros superiores apresentaram mais NMA do que os membros inferiores e houve baixa contagem de NMA nas maos e nos pes. O sexo feminino apresentou quantidade de NMA estatisticamente semelhante ao sexo masculino. As mulheres apresentaram maior contagem de NMA nas faces externas dos membros superiores, face interna do membro superior direito, faces anteriores e posteriores dos membros inferiores, e gluteos. Os homens apresentaram maior contagem de NMA na regiao posterior do pescoco. Observou-se aumento progressivo da contagem de NMA com a idade, com picos aos 13 e aos 16 anos. As regioes de exposicao solar apresentaram maior numero de NMA de maiores diametros (ombros, torax, abdome superior, face e dorso). Os tamanhos dos NMA apresentaram correlacao com a idade, exceto para os gluteos, faces internas dos membros superiores e face posterior da perna direita. Houve forte correlacao entre o numero de NMA e o complexo de pele tipo 3. Exposicao solar, cor dos cabelos e dos olhos, efelides e queimadura solar, tambem apresentaram associacao com alta contagem dos NMA. Conclusoes: Os NMA estao distribuidos por toda a superficie corporal, e em maior numero e tamanho nas regioes de exposicao solar. O aparecimento precoce dos NMA, a distribuicao corporea e a contagem baixa de NMA na populacao heterogenea sustentam a hipotese de que a miscigenacao racial e as regioes anatomicas especificas apresentam diferencas no potencial de proliferacao dos nevos / BV UNIFESP: Teses e dissertações

This work deals with statistical tests of association between genetic markers and disease phenotypes. The main criterion used for comparing the tests is statistical power. First we consider animal models and then data from association studies of humans. For the animal section, we analyse a dataset from a prominent mouse experiment which developed a heterogeneous stock of mice via multiple crosses. This stock is characterised by small distances between recombinants which allows fine mapping of genetic loci, but also by uncertainty in haplotypes. We start by highlighting the disadvantages of the currently used approach to deal with this uncertainty and suggest a method that has greater statistical power and is computationally efficient. The method applies the EM algorithm to the broad class of exponential family distributions of phenotypes. We also develop a Bayesian version of the method, for which we extend the widely used IRLS algorithm to maximisation of the weighted posterior. Then we move on to genome-wide association studies (GWAS), where two situations are considered: known and unknown minor allele frequency. First we develop an innovative Bayesian model with the optimal prior for the known population MAF. We demonstrate that not only it is more powerful than any frequentist test considered (the size of the advantage depends on prevalence of the disease and MAF), but also that the frequentist tests change ranking in terms of power. A remarkable property of the frequentist tests, the advantage of discarding part of the data to gain power, is highlighted. The second chapter on GWAS considers the currently more common situation of the unknown MAF, when the Armitage test is known to be the most powerful frequentist method. We show that the suggested model is more powerful in the broad selection of settings considered, including the three different allele effect models: additive, dominant and recessive. For both known and unknown MAF cases we point out that the parameters are constrained and demonstrate how to gain power by taking this constraint into account.

Orientador: Danilo Moretti-Ferreira / Banca: Rodrigo Affonseca Bressan / Banca: Antonia Paula Marques de Faria / Resumo: A síndrome de Smith-Magenis (SMS) é uma complexa anomalia caracterizada por atraso no desenvolvimento neuro-psico-motor (ADNPM), anomalias craniofaciais, esqueléticas e comportamentais. Dentre as anomalias destacamos braquicefalia, baixa estatura, distúrbio do sono, comportamentos de auto-injúria e movimentos estereotipados. SMS é causada por uma deleção intersticial do cromossomo 17(p11.2) ou mutação no gene RAI1, presente nesta região cromossômica. Sua prevalência é estimada em 1:25.000 nascidos vivos podendo chegar até 1:15.000. O diagnóstico clínico para SMS é confirmado pela técnica de citogenética molecular FISH. Neste trabalho realizamos estudo citogenético por bandamento GTG, GTG em alta resolução e FISH no total de 17 casos com suspeita clínica para SMS. Para realização de FISH foram utilizadas duas sondas comerciais da CYTOCELL ®, uma contendo o gene FU1 e outra o gene RAI1. Os resultados clínicos desta casuística comparados com a literatura internacional mostrou que embora fizemos algumas considerações, demonstramos a similaridade do diagnóstico clínico de SMS nos subgrupos SMS-del e SMS-like tanto brasileiros quanto da literatura. Os resultados citogenéticos do bandamento GTG revelaram que sete casos (7/17) apresentam deleção 17(p11.2) e o FISH confirmou a deleção tanto do gene FU1 como do gene RAI1 nos sete casos identificados. Este trabalho é de grande importância por tratar de uma afecção rara, pouco conhecida, e subdiagnosticada no Brasil. Assim destacamos que o uso de ficha clínica específica para SMS é importante para a definição da hipótese diagnóstica, 7/17 casos avaliados apresentaram deleção 17p11.2, e deleção dos genes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Smith-Magenis syndrome (SMS) is a complex anomaly characterized by developmental delay (ADNPM), craniofacial anomalies, and behavioral disorders. Among the anomalies highlight brachycephaly, short stature, sleep disturbance, behavior of self-injury and stereotyped movements. SMS is caused by an interstitial deletion of chromosome 17 (p11.2) or mutation in the retinoic acid-induced 1 (RAI1) gene, present in this chromosomal region. Its prevalence is estimated at 1:25.000 live births and may reach up to 1:15.000. The c1inical diagnosis for SMS is confirmed by molecular cytogenetic technique of FISH. In this work we performed a cytogenetic study by GTG, GTG high resolution and FISH total of 17 cases with c1inical suspicion for SMS.To perform FISH probes were used two commercial CYTOCELL ®, one containing the FLl1 gene and another gene RAI1. The c1inical results in this series compared to the literature showed that although we made some considerations, we demonstrate the similarity of the clinical diagnosis of SMS in both sub-del SMS and SMS-like Brazilians and literature. The cytogenetic results of GTG banding revealed that seven cases (7 1 17) have deletion 17(p11.2) and FISH confirmed the deletion of both the FLl1 gene and the gene RAI1 the seven cases identified. This work is of great importance for treating arare, little known and under-diagnosed in Brazil. Thus we emphasize that the use of medical records specific to SMS is important to define the diagnosis, 7 117 cases showed stable 17p11.2 deletion, and deletion of genes FUI and RAI, no significant differences between the c1inicalfeatures of this sample group comparing it with the literature and this is about the largest sample of Brazilian SMS already described / Mestre

Dans les cellules somatiques, la recombinaison des chromosomes homologues, suivie d'une ségrégation équationnelle, mène à des évènements de perte d'hétérozygotie qui permettent l'expression d'allèles récessifs et la production de nouvelles combinaisons d'allèle qui sont potentiellement bénéfiques lors de la sélection Darwinienne. Cependant, les recombinaisons inter-homologues sont rares dans les cellules somatiques, réduisant ainsi la possibilité de générer des recombinants. Ici, nous avons exploré une propriété de S. cerevisiae à entrer le programme de développement méiotique, induire au travers du génome des cassures double-brins dépendantes de Spo11, et retourner dans un cycle de division mitotique, un processus appelé retour en croissance végétative (" return to growth " ou RTG). Le séquençage du génome de 36 souches RTG dérivées de la souche diploïde S288c/SK1 démontre que ces souches RTG sont bien diploïdes, avec des génomes recombinés mosaïques. Les génotypes des souches RTG portent de 5 à 87 régions homozygotes, dues à des évènements de perte d'hétérozygotie (" loss of heterozygosity " ou LOH) de longueur variées, allant de quelques nucléotides à plusieurs centaines de kilobases. En outre, nous montrons que l'itération du processus de RTG augmente de manière séquentielle le pourcentage d'homozygotie du génome. Des analyses phénotype/génotype des souches RTG pour les caractères d'auxotrophies ou de résistance à l'arsénite valident le potentiel de cette procédure de diversification du génome pour cartographier des caractères complexes (" quantitative trait loci " ou QTL) dans des souches diploïdes, sans passer par le cycle complet de reproduction sexuée. / In somatic cells, recombination between the homologous chromosomes, followed by equational segregation, leads to loss of heterozygosity events (LOH), allowing the expression of recessive alleles and the production of novel allele combinations that are potentially beneficial upon Darwinian selection. However, inter-homolog recombination in somatic cells is rare, thus reducing the potential to generate recombinants. Here, we explored the property of S. cerevisiae to enter the meiotic developmental program, induce meiotic Spo11-dependent double-strand breaks genome-wide and return to mitotic growth, a process known as Return To Growth (RTG). Whole genome sequencing of 36 RTG strains derived from the hybrid S288c/SK1 diploid strain demonstrates that the RTGs are bona fide diploids with mosaic recombined genome. Individual RTG genotypes comprised 5 to 87 homozygous regions due to loss of heterozygous (LOH) events of various lengths, varying between a few nucleotides up to several hundred kilobases. Furthermore, we show that the iteration of the RTG process orderly increments the percentage of homozygosity. Phenotype/genotype analysis of the RTG strains for the auxotrophic and arsenate resistance traits validates the potential of this procedure of genome diversification to rapidly map complex traits loci (QTLs) in diploid strains, without going through sexual reproduction.

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Diversos sÃo os relatos de resistÃncia in vitro de cepas de Candida spp. a fÃrmacos antifÃngicos, em especial a derivados azÃlicos. Deste modo, a prospecÃÃo de novos compostos com propriedade antifÃngica se faz necessÃria. Assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a atividade antifÃngica do sesquiterpeno farnesol, sua aÃÃo sinÃrgica com antifÃngicos fluconazol (FLC), itraconazol (ITC), voriconazol (VRZ), anfotericina B (AMB) e caspofungina (CASP), bem como avaliar sua aÃÃo sob a atividade enzimÃtica de fosfolipases e proteases, consideradas importantes fatores de virulÃncia em Candida spp. Para tanto, foram avaliadas cepas de C. albicans (n=23), C. parapsilosis (n=16) e C. tropicalis (n=6). A concentraÃÃo inibitÃria mÃnima (CIM) foi determinada por meio da tÃcnica de microdiluiÃÃo, preconizada pelo Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). Em adiÃÃo, foi investigado o efeito do farnesol sobre a atividade de fosfolipase utilizando Ãgar Sabouraud suplementado com gema de ovo e a atividade de protease por tÃcnica espetrofotomÃtica. Paralelamente 14 cepas escolhidas aleatoriamente, foram prÃ-incubadas em trÃs concentraÃÃes sub-CIM de farnesol, afim de avaliar se o farnesol era capaz de causar algum dano na sensibilidade da cepa. Para as 45 cepas avaliadas, os valores de CIM para farnesol variaram de 9,37 a 150 ÂM para Candida spp. Para os derivados azÃlicos, o intervalo dos valores de CIM para fluconazol foi de 0,03125 a > 64 Âg/ml, observando-se a presenÃa de 18 cepas resistentes (CIM > 64 Âg/mL). Em relaÃÃo ao itraconazol, os valores de CIM variaram de 0,03125 a >16 Âg/mL e 35 cepas apresentaram resistÃncia a esse antifÃngico (CIM ≥1 Âg/mL). Constatou-se que das 45 cepas em estudo, 19 apresentaram resistÃncia a anfotericina B, com CIM > 1 Âg/mL. Quanto a caspofungina, os valores de CIM variaram de 0,0625 a 2 Âg/mL, com apenas seis cepas exibido resistÃncia, com CIM de 2 Âg/mL. A combinaÃÃo anfotericina B e farnesol apresentou sinergismo em 94,7% (18/19) das cepas de Candida spp. resistentes, evidenciado pelos valores de FICI ≤ 0,5. Na associaÃÃo fluconazol e farnesol, observou-se uma interaÃÃo sinÃrgica frente a todas as cepas de Candida spp. avaliadas, apresentando FICI ≤ 0,5. Trinta e seis cepas (18 C. albicans, 12 C. parapsilosis e 6 C. tropicalis) foram testadas frente à associaÃÃo de itraconazol e farnesol, observando a ocorrÃncia de sinergismo (FICI ≤ 0,5) em 94,4% dos isolados. Quanto à caspofungina todas as cepas testadas (C. parapsilosis, n=4; C. albicans, n=2) tiveram FICI ≤ 0,5, caracterizando associaÃÃo sinÃrgica com o farnesol. ApÃs constataÃÃo de que 17 das 45 cepas expressavam a enzima fosfolipase, as mesmas foram incubadas em concentraÃÃes sub-CIM de farnesol, por 24 horas, quando observouâse uma medida de Pz mÃdia de 0,73 para as cepas testadas sem contato com farnesol e valores de 0,71, 0,61, e 0,54 para aquelas incubadas em doses sub-inibitÃria de farnesol. Em relaÃÃo à produÃÃo de protease, observou-se que todas as 14 cepas produziam a enzima, em baixas concentraÃÃes, variando de 0,002 a 0,02 U/mL, e que a prÃ-incubaÃÃo com farnesol nÃo interferiu na produÃÃo enzimÃtica. No tocante a prÃ-incubaÃÃo das cepas com farnesol constatou-se que o mesmo interferi direta e indiretamente no fenÃmeno de resistÃncia das cepas. Estes resultados demonstram, em especial, o efeito do composto farnesol sobre a sensibilidade antifÃngica de Candida spp., abrindo a perspectiva de novos estudos com o intuito de determinar os mecanismos de aÃÃo desses compostos no metabolismo celular dos fungos. / There are several reports of in vitro resistance to antifungal drugs, especially azole derivatives, in strains of Candida spp. For this reason, the pursuit for new compounds that present antifungal properties is necessary. Thus, this study aimed at evaluating the antifungal activity of farnesol and its interaction with classical antifungal drugs against Candida spp., as well as evaluating its effect on the production of phospholipase and protease, which are important virulence factors for Candida species. Fourty-five strains of Candida spp. (23 C. albicans, 16 C. parapsilosis and 6 C. tropicalis) were tested through broth microdilution as described by the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI), document M27A2, and the minimum inhibitory concentrations (MICs) for amphotericin B (AMB), fluconazole (FLC), itraconazole (ITC), caspofungin (CAS) and farnesol (FAR) were individually determined. In addition, the effect of FAR on phospholipase activity was assessed by growing the strains on 2% Sabouraud agar, supplemented with egg yolk, and protease activity was determined through spectrophotometry. Then, 13 strains were randomly chosen, pre-incubated at three sub-inhibitory concentrations of FAR for 24 hours and re-submitted to microdilution assay. For the 45 evaluated Candida spp. strains the MIC values for FAR varied from 9.37 to 150 ÂM. For the classical antifungal drugs, MICs ranged from 0.0625 to 4 Âg/mL for AMB, with 19 resistant strains (MIC>1 Âg/mL); from 0.0125 to >64 for FLC, with 18 resistant strains (MIC> 64 Âg/mL); from 0.03125 to >16 Âg/mL for ITC, with 35 resistant strains (MIC ≥1 Âg/mL), and from 0.0625 to 2 Âg/mL for CAS, with six resistant strains (MIC≥2 Âg/mL). All resistant strains were tested against the combination of FAR with the drug to which they presented resistance. The combination of AMB and FAR was synergistic against 94.7% (18/19) of the Candida spp. isolates, as shown through the obtention of FICI≤0.5. FAR and FLC interacted synergistically against all tested strains (n=18), exhibiting FICI values of ≤0.5. The combination of FAR and ITC presented synergistic interactions (FICI≤0.5) against 94.4% of the tested isolates (33/35). Finally, FAR and CAS showed to interact synergistically (FICI≤0.5) against all tested strains. Concerning virulence factors, it was observed that 17/45 isolates produced phospholipase, with a mean Pz of 0.71. After incubating these strains at three different concentrations of FAR the mean Pz values of 0.71, 0.61 and 0.54 were obtained, after incubation at the lowest, the intermediate and the highest concentrations of FAR, respectively. In addition, it was observed that the 14 randomly chosen strains that were screened for protease activity produced low concentrations of these enzymes, varying from 0.002 to 0.02 U/mL and that FAR presented no effect on enzymatic production. Finally, it was observed that pre-incubating strains at the highest sub-inhibitory concentration of FAR reduced the MIC range of the tested antifungal drugs. These results especially show the effects of FAR on the susceptibility of Candida species to classical antifungal drugs, providing perspectives for the development of researches on the mechanisms of this compound on fungal cell metabolism

Os processos ecológicos e biogeográficos podem influenciar a composição de espécies em comunidades. A ecologia diz respeito às interações entre espécies e o ambiente enquanto que a biogeografia está relacionada à ocupação dos ambientes pelas espécies pertencentes ao pool regional. A dispersão fornece oportunidade para que as espécies ocupem diferentes ambientes, mas o modo como as espécies interagem entre si e com o ambiente é crucial para a permanência da espécie em uma taxocenose. Dentro desse contexto, este estudo busca entender qual processo, ecológico, histórico ou ambos tem influenciado na estrutura de comunidades de serpentes neotropicais com diferentes tipos de vegetação (áreas florestadas e abertas) usando métodos filogenéticos e fenotípicos. Nós detectamos diferentes padrões de estrutura filogenética nas comunidades da Amazônia (disperso) e dos Campos Sulinos (agregado). No entanto, é possível perceber que comunidades de baixas latitudes tendem a ter estrutura dispersa e comunidades de altas latitudes tendem a ter estrutura agregada. O mesmo padrão foi observado através da análise fenotípica. Além disso, dentre os atributos mensurados o tamanho do corpo é o único que está associado com o tipo de vegetação. Este resultado pode ser uma consequência da maior proporção de espécies arborícolas em taxocenoses florestadas. Essas espécies geralmente são maiores que as terrícolas e as fossoriais. Espécies que utilizam o mesmo habitat são morfologicamente similares. A influência da biogeografia nas comunidades de serpentes é um resultado da distribuição de espécies das três principais linhagens de serpentes da região Neotropical. As espécies de Colubridae e Dipsadinae contribuem mais para a riqueza de espécies em latitudes mais baixas enquanto que Xenodontinae contribui mais nas taxocenoses de altas latitudes. Isto pode explicar o padrão filogenético disperso encontrado nas comunidades de baixa latitude porque estas comunidades são compostas principalmente por espécies de duas linhagens diferentes enquanto que as comunidades de altas latitudes são basicamente compostas por uma única linhagem (o que resultaria em um padrão filogenético agregado). Isso pode explicar também a pequena diferença morfológica entre as comunidades de latitude maior devido à inércia filogenética. Nossos resultados destacam a importância da biogeografia na estruturação de comunidades, corroborando a atual hipótese de que a biogeografia é mais importante para moldar a estrutura de comunidades do que os fatores ecológicos / Both ecological and biogeographical process can influence assemblages\' composition. Ecology may affect interactions among species and their environment while biogeography affects species\' immigration from regional species\' pool. Immigration provides an opportunity to arrive in different localities but the way in which species interact with their environment is a crucial factor in order for a species to thrive. This study aims to understand which processes, ecological, historical or both, have influenced the structure of Neotropical snakes\' assemblages in different vegetation types (forested and open areas), using a phylogenetic and phenotypic approach. We detected different patterns of phylogenetic structure in assemblages from Amazonian rainforest (evenness) and Brazilian Campos Grasslands (clustered) but it is also possible to perceive that assemblages from lower latitudes are evenly structured and assemblages from higher latitudes are clustered, the same being true when we consider their phenotypic structure. Moreover, considering all measured traits body size is the only feature related to vegetation type (open and forested areas). This result may be a consequence of the microhabitat used by a high proportion of species - since arboreal and semi-arboreal species are primarily encountered in forested areas (when compared to open areas), and these species are normally larger than terrestrial and/or fossorial species. Furthermore, species within use the same habitat have similar morphologies. The influence of biogeography in snakes\' assemblages is a result of the species\' distribution from major snakes\' lineages in Neotropics. The lineages Colubridae and Dipsadinae contribute more to assemblages\' richness at lower latitude whereas Xenodontinae contributes more at higher latitudes. This may explain the phylogenetic evenness pattern encountered in assemblages from lower latitudes, since these assemblages are composed mainly by species from two different lineages, while assemblages from higher latitudes are basically composed by one lineage. Although the difference among species\' morphology is smaller in assemblages from higher latitudes due probably to evolutionary constraints. Our results highlight the importance of biogeography in shaping assemblage structure, corroborating the current hypothesis that biogeography is more important in shaping assemblages than ecology

Orientador: Fernando Ferreira Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-10T05:00:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bezerra_MarcosAndreCavalcanti_M.pdf: 1651250 bytes, checksum: efe8b98a0acb6f960292cb82199b3ee2 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A talassemia ß é uma doença hereditária freqüente da Hb e tem sido encontrada em praticamente todas as populações estudadas. A ocorrência dessas síndromes no Brasil tem sido estudada ao longo do tempo, entretanto, por causa das limitações nas metodologias utilizadas em muitas pesquisas, os dados de prevalência e diversidade são incompletos. Além disso, como conseqüência da composição étnica do nosso país, miscigenada por elementos de origens européia, africana, asiática e indígena, e desigualmente distribuída, a incidência da talassemia pode variar de região para região. Este estudo tem como objetivo mostrar caracteríticas clínicas, bioquímicas e moleculares das síndromes talassêmicas em população do estado de Pernambuco. Foram estudados 117 pacientes não relacionados, sendo 11 diagnosticados com talassemia ß maior, 36 talassemia ß intermediária e 70 com a interação S/ß talassemia, acompanhados na Fundação HEMOPE. A caracterização molecular foi feita por técnicas de PCR e seqüenciamento. A caracterização dos alelos ß talassêmicos revelou 15 diferentes mutações, sendo que 4 delas correspondem a 84,3% dos alelos ß talassêmicos, nas seguintes proporções: 54,9% IVS-I-6 (T-»C), 15,2% IVS-I-5 (G-»C), 7,9% códon 39 (C-»T) e 6,1% IVS-I-1 (G-»A). Foram encontradas outras mutações raras, pela primeira vez descritas no Brasil: IVS-II-849 (A-»G), poli-A (T-»C), - 29 (A-»G), Códon 30 (A-»C), IVS-I-2 (T-»C), IVS-II-837 (T-»G), Códons 106/107 (+G), além das mutações IVS-I-5 (G-»A) e -88 (C-»T). Uma nova mutação foi descrita: códon 12 (-C). Foram encontrados 30 pacientes homozigotos IVS-I-6 (T-»C) e tal mutação mostrou uma forte associação com o haplótipo VI. A mutação IVS-I-5 (G-»C) esteve relacionada ao haplótipo I, diferentemente do encontrado em outras populações (haplótipo VII) em que esta mutação é prevalente, podendo sugerir uma origem diferente para esta mutação no Brasil. A deleção -a3.7 kb esteve presente em 4,2% dos pacientes homozigotos para talassemia ß e em 15,7% dos S/ß tal, enquanto a aaaanti 3.7kb foi encontrada em 5,7% dos S/ß tal. O polimorfismo XmnI esteve presente em 6,1% dos pacientes com ß tal homozigota e em apenas 1,4% dos S/ß tal. Com relação ao alelo UGT1A1, foi visto que pacientes com genótipos (TA)7 / (TA)7 e (TA)7 / (TA)8 apresentaram maiores níveis de bilirrubina não conjugada e parecem ter maior probabilidade de desenvolver colelitíase. No Brasil, embora a composição étnica da população seja heterogênea, as mutações mais comuns são de origem Mediterrânea; Pernambuco pode ser considerado uma exceção já que cerca de 16,0% da população talassêmica possui mutações de origem Asiática e 10,8% são de origem africana. A diversidade de mutações e suas respectivas freqüências diferem do encontrado em outras populações brasileiras já estudadas, como a do Sudeste, onde 4 mutações também respondem pela maioria (97%) dos casos, porém a mutação predominante é a ß039 (C-»T) / Abstract: ß Thalassemia is a frequent inherited disease of the Hb molecule found in the majority of populations and distributed worldwide. The prevalence of this syndrome in Brazil has been studied for a long time, but due to limitations in the methodology of some research, data on prevalence and clinical diversity are not fully complete. Furthermore, as a consequence of our ethnic composition, mixed with an uneven distribuition of European, African, Asian and Indian native populations, the incidence of thalassemia may vary greatly from one region to another. This study aims to show clinical features, and also biochemical and molecular data of our thalassemia syndromes in a population setting of thalassemia patients in the State of Pernambuco. We studied 117 non-related patients, 11 of them with ß thalassemia major, 36 ß with thalassemia intermedia and 70 with the S/ß thalassemia interaction, followed regularly at the Fundação HEMOPE ¿ Recife - Brazil. Molecular characterization was performed by PCR techniques and DNA sequencing. Characterization of ß thalassemia alleles showed 15 different mutations, 4 of which corresponded to 84.3% of the ß thalassemia alleles, in the following proportions: 54.9% IVS-I-6 (T-»C), 15.2% IVS-I-5 (G-»C), 7.9% codon 39 (C-»T) and 6.1% IVS-I-1 (G»A). Other rare mutations were found and for the first time in Brazil, such as: IVS-II-849 (A-»G), poly-A (T?C), -29 (A?G), codon 30 (A-»C), IVS-I-2 (T-»C), IVS-II-837 (T-»G), codons 106/107 (+G), as well as IVS-I-5 (G-»A) and -88 (C-»T) mutations. A new mutation is also described: codon 12 (-C). We found 30 homozygous patients for the IVS-I-6 (T-»C) mutation, which showed a strong association with the ß gene haplotype VI. The IVS-I-5 (G-»C) mutation was related to the ß gene haplotype I, differently from that found in other populations studied (ß haplotype VII) where it is more prevalent, suggesting a different origin for this mutation in Brazil. The -a3.7 kb deletion was present in 4.2% of ß thalassemia homozygous patients and in 15.7% of the S/ß thalassemia patients, whereas the aaaanti3.7kb was found in 5.7% of them. The XmnI polymorphism was present in 6.1% of the homozygous ß thalassemia patients and in only 1.4% of the S/ß thalassemia individuals. In relation to the UGT1A1 allele, we found that patients with genotypes (TA) 7 / (TA) 7 and (TA) 7 / (TA) 8 showed higher levels of non-conjugated bilirrubin and seem to be more prone to developing gall stones. In Brazil, although the ethnic composition is markedly heterogeneous, the most common mutations are of Mediterranean origin; Pernambuco may be a curious exception to this, since around 16.0% of the thalassemia population have mutations of Asian origin and 10.8% of African origin. In conclusion, the diversity of the mutations found and their frequencies greatly differ from those found in other Brazilian populations studied previously, for example in the Southeast where only four thalassemia mutations are responsible for the majority (97%) of the thalassemia cases, although the commonest mutation is the ß039 (C-»T) / Mestrado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T22:41:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrade_SoniaCristinadaSilva_D.pdf: 14587285 bytes, checksum: 2a4ec18a37aa5d1a25489912a65439ec (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Uma das questões particularmente interessantes em Biologia é compreender o vínculo entre a ecologia e evolução das espécies. Avaliar a relação entre a capacidade de dispersão e a escala espacial na qual as populações diferem geneticamente é uma das formas de entender como esse vínculo é estabelecido. A variação espacial das freqüências alélicas em populações naturais pode ser resultado de isolamento por distância, história populacional ou seleção diversificadora. Análises populacionais em grande e pequena escala são relevantes para avaliar como essas freqüências podem variar espacial e temporalmente. O objetivo desse estudo foi investigar a distribuição da variabilidade em litorinídeos utilizando isozimas como marcador molecular. No primeiro capítulo, o padrão de desvio das proporções de Hardy- Weinberg foi analisado em três espécies de litorinídeos (Echinolittorina lineolata, Littoraria fiava e L. angulifera) em uma escala macrogeográfica ao longo da costa Brasileira (cerca de 4.000 km). Um teste de homogeneidade dentro das amostras mostrou que os valores dos FIS são, em sua maioria, heterogêneos. Este resultado exclui endogamia e efeito Wahlund como principais causas do excesso de homozigotos. Em todas as espécies, pelo menos um loco do sistema PGM apresentou valores homogêneos de desvio de Hardy- Weinberg em todas as amostras, sugerindo que essa enzima pode estar sob efeito de seleção natural ou em desequilíbrio de ligação com um loco sob seleção. No segundo capítulo, avaliamos a subdivisão em escala local em Littoraria flava a fim de testar se os desvios de Hardy-Weinberg podem ser explicados por estruturação genética em pequena escala, apesar de essa espécie possuir fase larval planctotrófica. As amostras foram coletadas em transectos horizontais no costão rochoso em três praias, três vezes em um período de cerca de um ano. Foi realizada uma análise hierárquica de 15 locos polimórficos comparando a estruturação de uma escala de 200 km em relação a uma escala de dezenas a poucas centenas de metros. Littoraria fiava apresentou maior estruturação dentro dos transectos e entre as diferentes coletas temporais do que entre as praias. Cerca de 18% dos testes de neutralidade de Ewens-Watterson apresentaram desvio significativo de neutralidade. Esses resultados sugerem um equilíbrio entre colonizações recorrentes e coeficientes seletivos variando no tempo e espaço sobre diferentes locos. No terceiro capítulo estão apresentados os resultados de uma avaliação do efeito do ambiente sobre a forma da rádula de L. fiava e L. angulifera. Além da caracterização da variação morfológica da rádula, foi realizado um experimento de transferência recíproca dos indivíduos entre o mangue e o costão. Nas duas espécies, foi observada menor variação na forma da rádula nos indivíduos coletados no mangue, indicando que cada ambiente tem um efeito diferente sobre esse caráter. No experimento de transferência, as rádulas de L. fiava apresentaram mudança de forma 40 dias após o início do experimento, apesar do tamanho da fita radular ser fortemente influenciado pelo substrato original (F6.22=17,13, p<0,001). Foram observadas mudanças na forma em diferentes intensidades, sugerindo plasticidade fenotípica da forma da rádula / Abstract: One of the main questions in biology is the link between a species ecology and its evolution. Evaluating the relationship between the geographical scale over which populations differ genetically and the species dispersal ability is a way to understand how this link is established. Spatial variation in allellic frequencies of natural populations may be explained by isolation by distance, population history or diversifying selection. Populational analyses at different scales are appropriate to evaluate how gene frequencies vary in time and space. The main goal of this study was to analyse the distribution of the genetic variability in littorinids using allozymes as molecular marker. In the first chapter, the pattern of heterozygote deficiency was evaluated in three littorinid species (Echinolittorina lineolata, Littoraria flava and L. angulifera) at a macrogeographic scale along the Brazilian coast (4,000 Km). A homogeneity test among loci showed heterogeneous FIS values in most populations. This result ruled out inbreeding and Wahlund effect as the main causes of departure of Hardy- Weinberg expectations. In the three littorinid species, at least one Pgm locus had homogeneous FIS values along all sampled populations, which suggests that this enzyme may have an important role in the fitness or may be linked to a locus under selection. In the second chapter, local-scale subdivision in Littoraria flava was investigated in order to test if Hardy- Weinberg deviations could be explained by micro-structuring, despite the planktotrophic larval phase. Samples were collected along horizontal transects in rocky shores of three different beaches, three times over a year. With this sampling design, and using 15 polymorphic allozymic loci, we searched for indications of any micro-scale or short-temporal subdivision in contrast with macrogeographic (200 Km) structuring. Littoraria flava samples presented significantly more structure within transects and along the temporal scale than at large-scale. Eighteen percent of the Ewens- Watterson neutrality test showed significant deviation of neutrality expectation. This suggested that there could be a balance among several recurrent colonizations by cohorts with different allelic frequencies, followed by a directional selection on different loci at different times and localities. In the last chapter, we assessed if environmental heterogeneity could affect radular form in L. flava and L. angulifera. We also made a reciprocal transfer experiment in natural conditions between mangrove and rocky shore locations, apart nearby 100 m. Individuals of both species from mangrove showed less variation in the shape of radula than those from rocky shores, implying in a different environmental effect in each species. In the natural transfer experiment, radulae morphology of L. flava individuals changed within 40 days, but the length of the radulae were strongly infIuenced by the original substrate (F6,22= 17 .13, p<0.00l). Changes in the shape had different intensities, suggesting that this trait could be subject to phenotypic plasticity / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Jose Francisco Hofling / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-05T23:53:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mariano_PriscilladeLaetSan'Ana_D.pdf: 1702939 bytes, checksum: 0dccafa4ba01badcfb8fc5a7d8d8592a (MD5) Previous issue date: 2006 / Resumo: A preservação de microrganismos é um importante recurso para a manutenção e conservação de espécies microbianas em laboratórios clínicos, técnicos e de pesquisa. Diferentes métodos de armazenamento de espécies de leveduras em laboratório foram descritos, objetivando principalmente, melhores resultados quanto à manutenção da viabilidade e das propriedades celulares por tempos prolongados. Métodos ideais de armazenamento de leveduras e outros microrganismos necessitam promover a sobrevida das células, bem como a pureza da cultura e a estabilidade de suas características. Alguns pesquisadores, no entanto, têm mencionado a ocorrência de alterações fenotípicas e/ou genotípicas em amostras mantidas em laboratório, as quais podem influenciar estudos, tipagem e a aplicabilidade destes organismos nos diversos setores. Há, portanto, uma necessidade de estudos adicionais que avaliem a estabilidade das propriedades das amostras de leveduras após serem mantidas em laboratório por diferentes métodos. Assim, o objetivo desta pesquisa foi avaliar a influência de métodos de manutenção laboratorial de leveduras sobre as suas características morfológicas e bioquímicas. Para isso, foram testadas seis cepas padrão de leveduras do gênero Candida, sendo quatro espécies de interesse médico e duas de interesse industrial, submetidas a cinco diferentes métodos de armazenamento, a saber: transferências seriadas em meio sólido, óleo mineral, água destilada, congelamento em glicerol a -70ºC e liofilização. As amostras foram caracterizadas fenotipicamente antes de serem armazenadas, e após o armazenamento em diferentes intervalos de tempos por um período de 18 meses. Foram avaliadas as características das colônias em meio CHROMagar Candida®, micromorfologia em ágar fubá, assimilação e fermentação de carboidratos, produção de proteinases e fosfolipases, teste de crescimento a 45°C e crescimento em meio hipertônico. O DNA das amostras foi extraído nos tempos zero, 06, 12 e 18 meses, para análise genotípica por Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD), utilizando-se dois diferentes primers para cada cepa. Os resultados obtidos mostraram que todos os métodos de conservação avaliados permitiram a manutenção da viabilidade das amostras durante todo o período analisado (18 meses). A exceção ocorreu com a amostra de Candida dubliniensis que perdeu sua viabilidade em óleo mineral após 12 meses de conservação. Não foram observadas alterações fenotípicas nos resultados dos testes morfológicos e bioquímicos, após a preservação laboratorial através de todos os métodos utilizados no estudo. Entretanto, variações não estáveis foram observadas para algumas amostras nos testes de produção de fosfolipases e proteinases, e para o crescimento em meio hipertônico. Tais variações não estavam relacionadas com uma condição específica de manutenção da cepa e o resultado alterado foi reversível em testes subseqüentes. Alterações no padrão de RAPD não foram detectadas em pelo menos duas reações independentes para cada um dos primers testados. Os resultados obtidos demonstram que os métodos de conservação aplicados neste estudo permitem a manutenção da estabilidade das características fenotípicas e genotípicas relacionadas aos testes aplicados, em amostras de leveduras preservadas durante o período avaliado. Desta forma, a aplicabilidade do ponto de vista técnico ou de pesquisa não é inviabilizada para amostras preservadas por estes métodos. Cepas destinadas ao uso em finalidades específicas devem ser testadas individualmente quanto ao método de conservação mais indicado / Abstract: The maintenance of microorganisms is useful to preserve microbial species in clinical, technical and research laboratories. Different methods to yeast stocking are available in order to obtain long time viability and stability of cell properties. The best methods to store microorganisms need to provide the cell survival as well as purity and stability of their properties. Some researches, however, have mentioned phenotypic and/or genotytpic changes in laboratorial samples, which may influence yeast typing, studies and the applications of those organisms in different areas. Therefore, additional studies are needed to evaluate the yeast samples properties stability after stocking through different methods. The aim of this study was to evaluate the influence of the yeast storage methods in terms of their morphological and biochemistry characteristics. Candida spp. standard strains, four of medical importance and two industrial species were evaluated. Those strains were submitted to five storage methods: serial transferences in agar medium, mineral oil, distilled water, freeze with glycerol at -70ºC and freeze-drying. The samples were characterized with phenotypic techniques before being stocked, and after that in different periods of time up to 18 months. It was tested the characteristics of the colonies in CHROMagar Candida® medium, micromorphology in corn meal agar, carbohydrates assimilation and fermentation, phospholipases and proteinases production in solid medium, growth test in 45ºC and growth test in hypertonic medium. In addition, the DNA extraction of all samples was carried out in time zero, 6, 12 and 18 months, in order to posterior genotypic analyses by Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) using two different primers for each strain. The results showed that all yeast preservation methods tested were able to maintain the viability of the samples during the period of the study, except the strain Candida dubliniensis stocked in mineral oil, which not survived after 12 months in these conditions. It was not observed phenotypic alterations in the results of morphological and biochemistry tests after laboratorial preservation with all used methods. However, some non stable variations were observed in phospholipase and proteinase production and in the hypertonic growth for some samples. Such variations were not related to one specific maintenance method and the altered result could be reversible in subsequent tests. Changes in the RAPD pattern were not detected in, at least, two independent reactions for both tested primers. The results showed that the maintenance methods applied in this study were able to preserve the stability of the phenotypic and genotypic characteristics, in all yeast samples stocked during the analyzed period of time. Therefore, the technical and research applicability of the samples are not unfeasible when they are preserved with those methods. Strains designated to use for specific purposes must be tested individually, in order to select the best preservation method / Doutorado / Microbiologia e Imunologia / Doutor em Biologia Buco-Dental

Orientador: Jose Dirceu Ribeiro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-13T16:38:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinto_LeonardoAraujo_D.pdf: 2429827 bytes, checksum: a59296dab0f3be65bd94ed9ca116b99a (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Introdução: O desenvolvimento da asma pode ser influenciado pela predisposição genética para respostas imunes específicas. A produção de citocinas com predomínio de resposta Th1 ou Th2 é controlada por diferentes fatores de transcrição, dos quais o Fator de Regulação do Interferon 1 (FRI-1) e o Transdutor de Sinal e Ativador da Transcrição 1 (TSAT-1) são de fundamental importância. A metaloproteinase 9 (MP-9) é uma outra proteína envolvida na degradação do colágeno da matriz extracelular e que pode influenciar o desenvolvimento de doenças pulmonares. O objetivo deste estudo incluiu a pesquisa de variações genéticas nestes genes e o estudo da associação entre polimorfismos e fenótipos relacionados a asma. Métodos: Entre 1995-96, foi realizado um estudo transversal na Alemanha, como parte do protocolo ISAAC para determinar a prevalência de asma e atopia. A genotipagem de polimorfismos nos genes FRI-1, TSAT-1 e MP-9 foi realizada com o método MALDI-TOF. Foram realizadas revisões sistemáticas utilizando a base de dados Genetic Association Database. Resultados: Além de genes indutores de resposta Th2 como interleucina (IL)-13, IL4 e CD14, os fatores de transcrição FRI-1, TSAT-1 foram associados a fenótipos de atopia como IgE elevada e sensibilização a testes cutâneos. Por outro lado, os genes MP-9 e IL-8 estão fortemente associados à sibilância não atópica, e podem ser determinantes para o desenvolvimento de doenças respiratórias na infância. Conclusão: Estes resultados sugerem que os diferentes fenótipos de asma na infância podem ser determinados por polimorfismos genéticos diversos. Pode-se chamar atenção para a necessidade de que os estudos de associação genética levem em consideração os diferentes desfechos e fenótipos em estudo. Além disso, uma análise estratificada para atopia deve ser realizada sempre que este dado estiver disponível. / Abstract: Introduction: It has been speculated that the development of asthma may be influenced by genetic predisposition for specific immune responses. Th1/Th2 balance is influenced by several transcription factors, of which Interferon Regulatory Factor 1 (IRF-1) and Signal Transducer Activator of Transcription 1 (STAT-1) are of special importance. As matrix metalloproteinase 9 (MMP-9) plays an important role in airway wall thickening and airway remodelling, it may also influence the development of obstructive airway disease in children. To investigate the presence and role of genetic variations in these genes, we performed association studies with asthma-related phenotypes. Methods: Genotyping of tagging SNPs in the IRF-1, STAT-1 and MMP-9 gene was performed using MALDI-TOF in independent cross-sectional study populations of German children phenotyped for asthma and atopic phenotypes according to ISAAC standard procedures in 1995-96. Additionally we performed systematic reviews using Genetic Association Database. Results: Functional polymorphisms in Th2 genes as interleukin (IL)-13, I-L4, CD14, IRF-1 and STAT- 1 were significantly associated with atopy, total or specific IgE levels. On the other hand, SNPs in MMP-9 and IL-8 genes significantly increased the risk for non-atopic wheezing and non-atopic asthma. Conclusion: We have shown evidences that different wheezing disorders in childhood may be affected differently by genetic variations, considering their role on airway inflammation and atopy. Future genetic association studies should consider the different wheezing phenotypes in infancy. Moreover, the analyses stratified for atopy may be useful to clarify the mechanisms of the disease. / Doutorado / Doutor em Saude da Criança e do Adolescente