Submitted by William Justo Figueiro (williamjf) on 2015-07-02T22:29:44Z No. of bitstreams: 1 15.pdf: 39663757 bytes, checksum: 35a8b1465596e46a11f9214e5848bf7c (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-02T22:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 15.pdf: 39663757 bytes, checksum: 35a8b1465596e46a11f9214e5848bf7c (MD5) Previous issue date: 2011 / UNISINOS - Universidade do Vale do Rio dos Sinos / O zoneamento climático estabelecido a partir de foraminíferos planctônicos para dois testemunhos coletados no talude da bacia de Santos demonstrou o registro das oscilações climáticas dos últimos ~620 ka. Foram reconhecidas sete zonas e 14 subzonas, representadas por intervalos glaciais (zonas U, W e Y; subzonas U2, U1, W2, W1, Y2, Y1B e Y1A) e interglaciais (zonas T, V e X; subzonas V3, V2B, V2A, V1, X3 a X1) do Pleistoceno e o Holoceno (Zona Z). O plexo Pulleniatina permitiu a divisão da subzona V2 em duas (V2B e V2A) e forneceu ao longo das subzonas V3 e V2 oito horizontes para a correlação regional. O controle do sentido de enrolamento de Globorotalia truncatulinoides auxiliou o reconhecimento dos limites entre as subzonas U2/U1, V2B/V2A, X3/X2 e X2/X1, demonstrando ser uma ferramenta útil para o refinamento das zona/subzonas do Quaternário. A permanente presença de Globorotalia inflata sugere uma constante influência de águas frias e produtivas ao longo dos últimos ~620 ka, em especial na região sul da área de estudo. / QUATERNARY PALEOCLIMATIC ZONATION OF SANTOS BASIN BASED ON PLANKTONIC FORAMINIFERA. The climatic zones based on planktonic foraminifera, from two piston cores collected on the slope of the Santos Basin, has shown the record of climate oscillations over the last ~ 620 ka. Were recognized seven zones and 14 subzones, represented by glacial (zones U, W and Y; subzones U2, U1, W2, W1, Y2, Y1B, Y1A) and interglacial interval (zones T, V and X; subzones V3, V2B, V2A, V1, X1 to X3) of Pleistocene and the Holocene (zone Z). The Pulleniatina plexus permitted the division of subzone V2 into two (V2B and V2A) and provides eight regional correlation horizon along the subzones V3 and V2. The coiling direction of Globorotalia truncatulinoides helped the recognition of boundaries between subzones U2/U1, V2B/V2A, X3/X2 and X2/X1, showing as useful tool for the refinement of the zones and subzones of the Quaternary. The permanent presence of Globorotalia inflata suggests a constant influence of cold and productive waters over the past ~ 620 ka, especially in the southern of the study area.

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2017-09-13T15:30:02Z No. of bitstreams: 1 disserta__o_de_Mestrado_de_Rodrigo_Portilho_Ramos2006.pdf: 839579 bytes, checksum: d63e3eae7dc3dd0de942d14085db1dbc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-13T15:30:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 disserta__o_de_Mestrado_de_Rodrigo_Portilho_Ramos2006.pdf: 839579 bytes, checksum: d63e3eae7dc3dd0de942d14085db1dbc (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geoquímica, Niterói, RJ / As freqüentes oscilações climáticas ocorridas nos últimos dois milhões de anos geraram grandes transformações na biodiversidade, na dinâmica de circulação oceânica e nas propriedades físico-químicas dos oceanos. Em estudos com abordagens paleoceanográficas e paleoclimáticas a partir de sedimentos oceânicos, é reconhecida a alta sensibilidade dos foraminíferos planctônicos às variações na temperatura da água do mar, com decorrente flutuação na diversidade e abundância relativa dos vários táxons. Por outro lado, a precipitação do CaCO3 ocorre em equilíbrio com o ambiente, possibilitando identificar variações paleoceanográficas e paleoclimáticas através da composição isotópica das carapaças de foraminíferos. Desse modo, é possível correlacionar as variações isotópicas com a freqüência dos táxons de foraminíferos planctônicos ao longo de um testemunho, permitindo inferências sobre a paleoceanografia e o paleoclima de uma região. O trabalho identificou as variações paleoceanográficas no talude da margem continental Sul brasileira através da análise da freqüência de táxons de foraminíferos planctônicos correlacionando-os com isótopos estáveis de oxigênio extraídos das carapaças de foraminíferos bentônicos, através do estudo do testemunho JPC 95, coletado em 1998, durante o cruzeiro KNORR 159-5, do Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI – EUA), no talude da Bacia de Santos (270 52,73’ S e 460 55,25’ W). Foram identificados três grandes intervalos paleoclimáticos: o último intervalo interglacial (1641cm – 920 cm) e o último glacial (911 – 20 cm) ocorridos durante o Pleistoceno, além do intervalo pós-glacial (11cm – topo), correspondente ao Holoceno; esse intervalos são também correlacionáveis, respectivamente, às Biozonas X , Y e Z, e aos Estágios Isotópicos Marinhos 5, 4/3/2 e 1. Também foram reconhecidas flutuações paleoclimáticas ao longo dos intervalos interglaciais e glaciais do Pleistoceno, as quais correspondem às subzonas X1 a X6 e Y1 a Y5. A associação microfossilifera encontrada nesses intervalos sugere influência das águas quentes da Corrente do Brasil durante o intervalo de tempo representado pelas Biozonas X e Z; e influência da Zona de Convergência Subtropical/Subantártica e/ou das águas frias da Corrente das Malvinas durante o tempo correlacionável à Biozona Y. A comparação dos resultados das associações de foraminíferos planctônicos com análises isotópicas de d18O em carapaças de foraminíferos bentônicos para os cinco metros superiores do testemunho sugerem que os ambientes bentônico e pelágico responderam diferentemente às pequenas flutuações paleoceanográficas durante a porção final do último intervalo glacial (subzonas Y3 superior, Y2 e Y1), na região estudada. O posicionamento do limite Pleistoceno / Holoceno foi confirmado por uma datação de 14C, obtida pra a amostra 16,5 cm. Taxas de sedimentação foram estimadas para os diversos intervalos reconhecidos no testemunho JPC95 / The frequent climatic oscillations during the past two million years has caused great changes in biodiversity, on ocean circulation patterns and in the physicochemical properties of seawater. Since the precipitation of CaCO3 occurs in equilibrium with the water environment, it is possible to evaluate the paleoceanography and paleoclimatic variations through the biogenic calcareous isotopic composition of marine sediment. Among others, planktic foraminifera are important paleoceanographic proxies in the ocean due to their high sensitivity to temperature variations of sea water masses. These changes are evident on diversity and relative abundance of the species, and therefore it’s possible to correlate the stable isotopic records with the changes on planktonic foraminiferal populations. The work identified the paleoceanographic variations on the south Brazilian continental margin slope using planktonic foraminifera frequency of species and stable oxygen isotopes extracted from benthic foraminifera on the core JPC-95, collected in 1998 during cruise on the R/V KNORR 159-5 from Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI,EUA), which was retrieved from the slope of Santos Basin at coordinates 270 52,73’ S and 460 55,25’ W. In this study three major paleoclimatic intervals were recognized, the last interglacial interval (base at 1641cm – 920 cm) and the last glacial interval (911cm – 20 cm), which occurred during the Pleistocene, besides the Post-glacial interval ( 11cm – 3 cm) that corresponds to the Holocene. These are similar to Biozones X, Y and Z and it was possible to further subdivide the core data into paleoclimatic fluctuations during the last interglacial and glacial intervals from the Pleistocene, which correspond to X1 to X6 and Y1 to Y5 . Further, through the use of stable oxygen isotopes it was possible to recognize the Marine Isotopic Stages 1 and 2 (MIS 1 and 2), that corresponds to post- glacial and glacial intervals. The planktonic foraminifera association suggests to the intervals represented by biozones X and Z the influence of warm water masses of Brazil current; and the influence of the subtropical/subantarctic convergence zone and/or cold water of Malvinas current during the time interval related to biozone Y. The correlation of planktonic foraminifera with d18O isotopic data from benthic foraminifera to the top 5m of the core suggest that benthic and pelagic environments responded differently to the short term paleoceanographic changes during the final portion of the last glacial at this region (upper subzone Y3, Y2 and Y1). The Pleistocene/Holocene limit was confirmed through a radiocarbon dating at sample 16,5cm. Sedimentation rates were estimated to several intervals within JPC95 core.

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2017-09-26T16:37:19Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Aline Roberti da Silva.pdf: 3265958 bytes, checksum: 1613e551abbb25858a5f297c7609135f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-26T16:37:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Aline Roberti da Silva.pdf: 3265958 bytes, checksum: 1613e551abbb25858a5f297c7609135f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geoquímica, Niterói, RJ / Para a realização deste trabalho foram analisadas amostras sedimentares superficiais coletadas por box core e van Veen e distribuídas na área adjacente entre as bacias de Campos e de Santos, em especial próximo à região de Cabo Frio. O objetivo do trabalho foi caracterizar a distribuição das espécies de foraminíferos planctônicos recentes, relacionando-a às condições oceanográficas locais, o que pode favorecer trabalhos de reconstruções paleoceanográficas. As condições oceanográficas consideradas foram profundidade da coluna de água, temperatura da superfície do mar (TSM) e salinidade. A região estudada é influenciada por duas massas de água que constituem a Corrente do Brasil, sendo a Água Tropical (AT) superficial, quente, salina e oligotrófica e a Água Central do Atlântico Sul (ACAS) profunda, fria, com menor salinidade e alta produtividade. A predominância destas diferentes massas de água influencia a distribuição de determinadas espécies de foraminíferos planctônicos. Próximo a Cabo Frio ocorre o fenômeno de ressurgência costeira que favorece a subida da ACAS devido ao deslocamento da AT da região. Foram identificadas 31 espécies de foraminíferos planctônicos, mas apenas 14 delas apresentaram abundâncias relativas que contribuíram para o entendimento da influência das diferentes massas de água. Houve dominância da espécie Globigerinoides ruber, seguida de Globigerinita glutinata, Globoturborotalia rubescens e Globigerina bulloides. G. ruber e G. rubescens são características de águas quentes e oligotróficas o que as tornariam representantes da AT na região e G. glutinata e G. bulloides, de águas frias e ricas em nutrientes, sendo representantes da ACAS. Destas, apenas G. ruber foi encontrada mais abundantemente longe da costa e da região de ressurgência. A profundidade e a TSM se correlacionaram com o aumento da densidade de indivíduos e da riqueza de espécies e foram os fatores que mais influenciaram a distribuição de foraminíferos planctônicos. A análise de agrupamento separou as amostras em dois grupos, um próximo à costa e, consequentemente, à região de ressurgência, que apresentou maior contribuição de espécies correlacionadas à ACAS e menor contribuição de espécies de águas quentes, e o outro, em maiores profundidades e mais afastado da região de influência da ressurgência, que apresentou maior contribuição de espécies características da AT e menor contribuição de espécies de águas frias. Assim, a distribuição espacial de foraminíferos planctônicos identificada neste trabalho se apresentou significativamente relacionada às condições oceanográficas determinadas pela influência das massas de água. / In this work, we analyzed superficial sedimentary samples collected by box core and van Veen and distributed in the adjacent area between Campos and Santos basins, especially near Cabo Frio region. The objective was to characterize the distribution of recent planktonic foraminifera species, relating them to local oceanographic conditions, which can help paleoceanographic reconstructions works. The oceanographic conditions considered were water depth, sea surface temperature (SST) and salinity. The study area is influenced by two water masses forming the Brazil Current, which are the Tropical Water (TW), superficial, warm, saline and oligotrophic water, and the South Atlantic Central Water (SACW), which is deep, cold, with low salinity and high productivity. The predominance of these different water masses influences the distribution of certain planktonic foraminifera species. Near Cabo Frio region occurs a coastal upwelling phenomenon that favors the rise of SACW with the TW displacement. We identified 31 planktonic foraminifera species, but only 14 of them had a relative abundance that contributed to understand the influence of the different water masses. There was dominance of Globigerinoides ruber species, followed by Globigerinita glutinata, Globoturborotalia rubescens and Globigerina bulloides. G. ruber and G. rubescens are oligotrophic warm waters characteristic species that make them representatives of TW in the region and G. glutinata and G. bulloides, that are cold and rich in nutrients waters characteristic species, being representatives of SACW. Between these species, only G. ruber was found more abundantly distant from the coast and the upwelling region. Water depth and SST were correlated with planktonic foraminifera density and species richness and were the principal factors affecting the species distribution. Cluster analysis separated the samples into two groups, one of them near the coast and, consequently, the upwelling region, with higher contribution of species correlated with SACW and lower contribution of warm water species, and the other one occurring in deeper waters and further of the upwelling influence region that had higher contribution of TW characteristic species and lower contribution from cold water species. Therefore, the spatial distribution of planktonic foraminifera identified in this work was significantly related to oceanographic conditions determined by the influence of water masses.

Made available in DSpace on 2015-04-01T12:09:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1738258 bytes, checksum: 9ea7722b27270b8d6f33deb6238bb982 (MD5) Previous issue date: 2010-12-21 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Streptococcus mutans is the main etiologic agent of dental caries, especially due to its ability to adhesion to the tooth surface. This bacterium produces glycosyltransferases that synthesize polymers of soluble and insoluble glucan from sucrose, which increases the colonization of cariogenic bacteria and promote the formation of biofilm on the surface of the teeth. Chlorhexidine is the most frequent topical antibiotic used in dentistry and is considered standard in the various dental specialties, but there are few studies on this drug at the molecular level. The aim of the present study was to investigate the antibacterial activity of chlorhexidine gluconate against in vitro planktonic and biofilm Streptococcus mutans cells in a dose- and timedependent manner. The minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) of chlorhexidine in planktonic cells and MBC in biofilms were determined by microdilution method. Total S. mutans RNA from either planktonic cells or biofilms exposed or non-exposed (controls) to chlorhexidine were extracted, purified and reversely transcribed to cDNA. Real-time reverse transcription- PCR was used to quantify the relative levels of 16S rRNA, gtfB, gtfC and gtfD transcription of S. mutans in the presence of CHX. The activity of CHX in the initial biofilm structure for 2 and 4 h and morphological alterations in planktonic cells, under a range of CHX concentrations, was examined by Scanning Electron Microscopy (SEM). CLX MIC and MBC for planktonic cells were 2.2 mg/L and 18 mg/L, respectively, while MBC for biofilm was 800 mg/L. Planktonic cells exposed to CLX 4.5 mg/L and 9 mg/L were reduced almost by 6- and 20-fold, whereas biofilm counts were reduced (2.5-fold or more) in concentrations above 500 mg/L. In planktonic cells, exposition to CHX 4.5 mg/L increased gtfC and gtfD expression by 11-fold and 4-fold (p<0.01), respectively. In biofilm, expression of gtfB, gtfC and gtfD were reduced (<1.6-fold p<0.01) at concentrations above 500mg/L. Cell surfaces did not show any change when planktonic cells were exposed to CHX at 4.5 mg/L for 2 or 4h, but after 6 h, several wilted S. mutans cells with lost intracellular material could be observed. A decrease in the cells chain length and matrix was found when the initial biofilm was exposed from 1.1 mg/L to 4.5 mg/L of CHX, while 1200 mg/L and 2000 mg/L caused extensive precipitation of unknown material on the slide. Thus, we conclude that the CHX effects against bacteria depend on the kind of growth organization and the concentration/time of exposure to the drug. CHX may affect cell walls and intervene with mechanisms of the biofilm formation, and at sub-lethal concentrations, affect the expression of gtfs, which may exert an anticariogenic effect. / Streptococcus mutans é o principal agente etiológico da cárie dentária, especialmente devido à sua habilidade de adesão à superfície dentária. Esta bactéria produz glicosiltransferases, que sintetizam polímeros de glicano solúveis e insolúveis a partir da sacarose, que aumentam a colonização de bactérias cariogênicas e promovem a formação de biofilme dental na superfície dos dentes. A clorexidina é o antimicrobiano tópico mais utilizado na Odontologia, sendo considerado padrão nas diversas especialidades odontológicas, porém existem poucos estudos com esta droga em nível molecular. O objetivo do presente estudo foi investigar a atividade do gluconato de clorexidina em Streptococcus mutans UA159, plantônicos e organizados em biofilme, em diferentes concentrações e períodos de crescimento. A Concentração Inibitória Mínima (MIC) e a Concentração Bactericida Mínima (MBC) da clorexidina nas células plantônicas e MBC em biofilmes, foram determinadas pelo método da microdiluição. O RNA total das S. mutans plantônicos e organizados em biofilme, expostos ou não (controles) à clorexidina foram extraídos, purificados e reversamente transcritos a Cdna. O PCR quantitativo em tempo real foi utilizado para quantificar os níveis relativos de transcrição dos genes 16S rRNA, gtfB, gtfC e gtfD de S. mutans na presença ou ausência de clorexidina. A atividade da clorexidina na estrutura do biofilme inicial de 2 e 4h, e as alterações morfológicas nas células plantônicas, sobre concentrações variadas, foi examinada por Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV). A MIC e a MBC para células plantônicas foram 2,2 mg/L e 18 mg/L, respectivamente, e a MBC para os biofilmes foi de 800 mg/. A exposição à clorexidina, nas concentrações de 4,5 mg/L e 9 mg/L, reduziu a contagem das células plantônicas por 6 e 20 vezes, respectivamente, enquanto a contagem das células do biofilme foram reduzidas (2,5 vezes ou mais) em concentrações acima de 500 mg/L. Nas células plantônicas, a exposição a 4.5 mg/L de CHX, aumentou a expressão das gtfC e gtfD por 11 e 4 vezes (p<0.01), respectivamente. Em biofilme, a expressão das gtfB, gtfC e gtfD foram reduzidas (<1,6 x, p<0.01) em concentrações acima de 500 mg/L. As superficies celulares aparentemente não mostraram modificação quando as células plantônicas foram expostas às concentrações de 4,5 mg/L por 2 ou 4h, mas depois de 6h, várias células murchas de S. mutans com material intracelular extravasado, foram observadas. Um decréscimo no comprimento das cadeias das células e também da matriz foram encontradas quando os biofilmes iniciais foram expostos a 1,1 mg/L e 4,5 mg/L de clorexidina, enquanto as concentrações de 1200 mg/L e 2000 mg/L causaram extensa precipitação de material desconhecido nas lamínulas. Assim, concluiu-se que os efeitos da clorexidina contra S. mutans dependem do tipo de organização celular, período de crescimento e concentração utilizada da droga. A clorexidina pode afetar a parece celular e interferir com mecanismos de formação do biofilme e, em concentrações subletais, reduz a expressão de algumas gtfs, o que pode exercer um efeito anticariogênico.

Biodiversity of planktonic crustaceans, cladocerans and copepodans in southbohemian Naděje fishponds system were studied. Both fishpond and non-fishpond (pools, canals, sand-pits, river) localities were observed. Samples were taken from pelagic and littoral zones. Total of 21 species of copepodans and 44 species of cladocerans were recorded over whole area. Hypothesis {\clq}qA higher fish management intensity and higher fish stock cause a lower diversity of zooplankton in a pelagic zone`` was proven. Suppressed species are able to survive in a smaller space (littoral zones, pools, canals, fishponds with a lower fish stock and other non-fishpond localities), where predation pressure is not so strong. None or mild decline of a species diversity can be observed in large areas rich in different water ecosystems, with a reasonable management and production intensity. Different methods of sampling were also compared, those of {\clq}qprolovení litorálních partií`` proved good with the view of effectiveness.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_marcia_magalhaes_mata.pdf: 1998479 bytes, checksum: c18127c54931180d99c33eb9ceb106cd (MD5) Previous issue date: 2013-06-24 / L. monocytogenes is the etiologic agent of listeriosis, a severe food-borne disease. This pathogen has also variable ability to adhere to food-processing surfaces. Thus, the aims of this study was at first to evaluate the influence of the temperature (04-10-25-37°C) and time of incubation (24-48-168h) on the formation of attached cells by L. monocytogenes strains of diverse origins, serotypes and lineages using a colorimetric microtitre plate method. After this, comprehensive proteomics experiments using label-free 1D- liquid chromatography/tandem mass spectrometry (1D-LC/tandem MS) were performed to determine if the global proteomic responses of L. monocytogenes strains (Siliken and F2365) is altered markedly as attached cells compared to its planktonic state when growth media and temperature are the same. Our results showed that attached cells produced by different origins of L. monocytogenes did not change significantly when subjected to experimental conditions, unlike what was observed with attached cells produced by different serotypes and lineages of L. monocytogenes, which were clearly affected by environmental conditions.such as temperature and time of incubation. The ability of lineage II and serotype 1/2a and 1/2b to form large amount of attached cells when compared with the others in specific conditions indicates that risks from Listeria adherence must be taken seriously in sensitive food environments in order to find safer alternatives to prevent contamination and further dissemination of listeriosis. Only 8 proteins demonstrated substantial changes in common between both strains and temperatures in attached cells compared to their planktonic counterparts. They are: GroEL, DnaK, PtsH, PdxS, Pgi, RpsB, RpsD, and RpsP. Moreover, it was observed that the cell surface protein BapL abundance, though low, was not enhanced in attached cells suggesting its role in adherence could be a generalized contribution to the cell wall hydrophobicity. Interestingly, our experiment suggest that at 25°C the attached cells in both strains undergo flagella synthesis repression. Also, Sig B Regulon can be associate with an enhanced general stress response occurs in lineage II Strain (Siliken) but not in lineage I Strain (F2365) and could relate to the consequences of attachment. The temporal survey-based approach demonstrates clearly that high coverage represents a powerful means to investigate dynamic responses in L. monocytogenes from a functional genomics perspective / L. monocytogenes é o agente etiológico da listeriose, uma doença severa de origem alimentar. Esse patógeno também é capaz de se aderir a uma grande variedade de superfícies do processamento de alimentos. Sendo assim, os objetivos deste estudo foram primeiramente, avaliar a influência da temperatura (04-10-25 e 37°C) e tempo de incubação (24-48-168h) na formação de células aderidas de cepas de L. monocytogenes de diferentes origens, sorotipos e linhagens utilizando o método colorimétrico em placas de microtitulação. Após, experimentos de proteômica abrangentes que não utilizam marcadores, como a Cromatografia líquida de 1D/ espectrometria de massa em tandem (1D-LC/tandem MS) foram realizadas para determinar se o perfil proteico global de células planctônicas e de células aderidas de cepas de L. monocytogenes (Siliken e F2365) foi alterado significativamente quando os meios de crescimento e de temperatura de incubação foram os mesmos. A partir dos resultados obtidos verificou-se que as células aderidas formadas por L. monocytogenes de diferentes origens não sofreram alterações significativas quando submetidas às condições experimentais, diferentemente do que foi observado com as células aderidas formadas por L. monocytogenes de diferentes sorotipos e linhagens, as quais foram claramente afetadas pelas condições do ambiente. A habilidade da linhagem II e dos sorotipos 1/2a e 1/2b de formar grande quantidade de células aderidas quando comparadas com as demais, em condições específicas, indica alto risco de contaminação e disseminação da listeriose, bem como a sobrevivência e persistência deste micro-organismo no ambiente. Com base na análise proteômica, apenas oito proteínas demonstraram alterações substanciais em comum entre ambas as cepas e temperaturas em células aderidas comparadas com suas respectivas células planctônicas. São elas: GroEL, DnaK, PtsH, PdxS, Pgi, RpsB, RpsD, and RpsP. Verificou-se também que a abundância da proteína de superfície celular BapL, embora baixa, não foi aumentada em células aderidas sugerindo que o seu papel na adesão pode ser uma contribuição generalizada para a hidrofobicidade da parede celular. De forma muito interessante, nosso experimento sugere que células aderidas a 25°C por ambas as cepas levam a uma síntese de repressão flagelar. E ainda, Sig B Regulon pode estar associado com o aumento em geral da resposta ao estresse ocorrido na cepa de linhagem II (Siliken) mas não na cepa de linhagem I (F2365) o que pode estar relacionado com as consequências da adesão. A técnica utilizada no experimento demonstrou claramente que com alta abrangência é possível estudar proteomas bacterianos representando assim uma ferramenta poderosa para investigar respostas dinâmicas em L. monocytogenes através de uma perspectiva de genômica funcional.

Submitted by Edineia Teixeira (edineia.teixeira@unioeste.br) on 2018-03-06T12:10:56Z No. of bitstreams: 2 Camila _Aquino2017.pdf: 3777643 bytes, checksum: c7cf1724a4f7a895dcb0917cee32f78a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-06T12:10:56Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Camila _Aquino2017.pdf: 3777643 bytes, checksum: c7cf1724a4f7a895dcb0917cee32f78a (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do Estado do Paraná (FA) / Phytoplankton traits diversity provides a powerful means to addressing ecology’s questions, and can be 43 adopted to simplify and predict the community structure, in function of the multiples environmental filters 44 that operate in the different ecosystems. Thus, we evaluated the response of phytoplankton functional 45 groups of two subtropical rivers in a temporal scale, identifying the main environmental filters associated 46 with the presence of the different groups and their functional traits during a seasonal cycle. Using 47 multivariate analysis, we found an environmental dissimilarity predicted by the presence of different 48 functional groups in the rivers. Six GFs were recorded: J (chlorophyceans chlorococcales), M (colonial 49 cyanobacteria), N (desmids), W1 (euglenophyceans), X2 (flagellated unicellular chlorophyceans) and F 50 (flagellated colonial chlorophyceans). The GFs J, M and N were exclusive to the first river, while X2 and 51 F were exclusive to the second river. GF W1 was recorded in both rivers, however, its greatest 52 contribution occurred to the second river. Thus, the GFs reflected the environmental dissimilarity, mainly 53 related to the conditions of water flux, conductivity, light availability and depth of the environments. In 54 view of the obtained results, the functional grouping considered a relevant tool in phytoplankton ecology, 55 offers a practical means to investigating the relation between phytoplankton and ecosystem functioning, 56 and consequently can assist in decision-making for the management and conservation of the biodiversity 57 in lotic environments / A diversidade dos traços fitoplanctônicos fornece um poderoso recurso para abordar as questões da 13 ecologia e pode ser adotada para simplificar e prever a estrutura da comunidade, em função dos múltiplos 14 filtros ambientais que operam nos diferentes ecossistemas. Assim, avaliamos a resposta dos grupos 15 funcionais fitoplanctônicos de dois rios subtropicais em escala temporal, identificando os principais filtros 16 ambientais associados à presença dos diferentes grupos e seus traços funcionais durante um ciclo sazonal. 17 Com a análise multivariada, encontramos uma dissimilaridade ambiental prevista pela presença de 18 diferentes grupos funcionais nos rios. Foram registrados seis GFs: J (clorofíceas clorococcales), M 19 (cianobactérias coloniais), N (desmídias), W1 (euglenofíceas), X2 (clorofíceas unicelulares flageladas) e 20 F (clorofíceas coloniais flageladas). Os GFs J, M e N eram exclusivos do primeiro rio, enquanto X2 e F 21 eram exclusivos do segundo rio. GF W1 foi registrado em ambos os rios, no entanto, a maior contribuição 22 ocorreu no segundo rio. Assim, os GFs refletiram a dissimilaridade ambiental, principalmente relacionada 23 às condições de fluxo de água, condutividade, disponibilidade de luz e profundidade dos ambientes. Em 24 vista dos resultados obtidos, o agrupamento funcional considerado uma ferramenta relevante na ecologia 25 do fitoplâncton, oferece um meio prático para investigar a relação entre o fitoplâncton e o funcionamento 26 do ecossistema e consequentemente pode auxiliar na tomada de decisões para a gestão e conservação da 27 biodiversidade em ambientes lótico

Submitted by Biblioteca de Pós-Graduação em Geoquímica BGQ (bgq@ndc.uff.br) on 2016-09-19T17:07:03Z No. of bitstreams: 1 Tese UFF-UPMC Douglas Lessa.pdf: 6010651 bytes, checksum: 86b3d1d49b00abc23751b8883b42dfe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T17:07:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese UFF-UPMC Douglas Lessa.pdf: 6010651 bytes, checksum: 86b3d1d49b00abc23751b8883b42dfe0 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Universidade Federal Fluminense. Instituto de Química. Programa de Pós-Graduação em Geociências - Geoquímica. Niterói, RJ / A presente tese teve o objetivo de reconstruir a paleoceanografia do Sistema de Ressurgência de Cabo Frio (SRCF) nos últimos 12.000 anos através da utilização de proxies ecológicos (comparação entre as assembleias do SRCF com as assembleias das áreas adjacentes com diferentes feições oceanográficas) e geoquímicos de foraminíferos planctônicos, além de obter maior conhecimento sobre a distribuição das espécies sob diferentes configurações oceanográficas, e avaliar e aplicar a recente metodologia de ablação a laser + ICP-MS para análises elementares em carbonatos de foraminíferos. Para isso, 34 topos de box-cores englobando o SRCF e as áreas adjacentes nas bacias de Santos e Campos e dois testemunhos a gravidade foram usados. O agrupamento das assembleias na Margem Continental do Rio de Janeiro (MCRJ) indicou a ocorrência de quatro principais biofáciess espacialmente bem-separadas: biofácies A - talude da bacia de Campos (contribuição de espécies tropicais e subtropicais caracterizando a frente da Corrente do Brasil, CB), biofácies B - bacia de Santos (maiores contribuições de espécies relacionadas à produtividade, caracterizando sinal de mistura de massas de água costeiras produtivas e oceânicas oligotróficas), biofácies C – setor norte do SRCF (contribuições de G. ruber e Globigerina bulloides, caracterizando ambiente de ressurgência com frequentes atenuações por águas quentes) e a biofácies D – setor sul do SRCF (contribuição de espécies indicadoras de águas frias e produtivas, caracterizando uma configuração influenciada pela ressurgência Ekman). Além disso, a distribuição espacial de Globoturborotalita rubescens revelou preferencia desta espécie por águas de plataforma continental e Globigerinella calida sendo associada a pós-ressurgência. Os testemunhos CF10-01B (mais distante da costa) e CF10-09A (mais próximo da costa) cobrem os últimos 11,5 e 7,1 ka cal, respectivamente sendo o primeiro mais influenciado pela Corrente do Brasil, expressando um sinal mais fraco da ressurgência que o segundo. No testemunho CF10-01B, o 18O de G. ruber foi mais variável que o 18O de G. bulloides apresentando dois períodos de diminuição após 9,0 ka cal AP e após 4,0 ka cal AP, enquanto o 18O de G. bulloides diminui após 9,0 ka cal AP e permanece constante até o topo. No testemunho CF10-09A, o 18O das duas espécies variaram de forma antagônica com uma mudança entre 5,0 e 4,5 ka cal AP onde o 18O de G. ruber diminui de -0,4 para -1,0 ‰ e o 18O de G. bulloides aumenta de -0,8 para 0,0 ‰. Os resultados da razão Mg/Ca obtidos pelo método de ablação a laser indicaram uma heterogeneidade intra-câmara que resultou em uma incerteza de 1,49°C para reconstruções com G. ruber e 0,6°C para G. bulloides, assim como amplitudes individuais de 3,0 a 4,0 mmol/mol para G. ruber e de 3,0 a 5,0 mmol/mol para G. bulloides e diferenças significativas entre a última câmara (f) e as anteriores (f-1 e f-2) para as duas espécies. Tais efeitos foram associados ao efeito vital de simbiontes, a grande amplitude de temperatura existente sazonalmente no SRCF e a migração das espécies para águas mais profundas durante a reprodução. As razões Mg/Ca obtidas pelo método clássico foram geralmente mais altas que as razões obtidas pelo método de ablação a laser (LA-ICP-MS) mas se aproximaram e apresentaram variação temporal semelhante aos valores médios obtidos nas câmaras f-1 e f-2. Dessa forma podemos usar a razão Mg/Ca média das câmaras f-1 e f-2 para reconstruções de paleotemperatura de superfície, habilitando também a utilização da diferença entre as razões Mg/Ca das câmaras anteriores e final de G. ruber para reconstruir a estratificação da água. Entretanto, a diferente variabilidade entre a razão Mg/Ca da câmara f de G. ruber e a razão média de G. bulloides indicou possíveis sucessões sazonais, o que nos fez associar as temperaturas reconstruída por G. bulloides como temperaturas da camada de máximo de clorofila, podendo ser associada a intensidade da ressurgência. O período de variação do nível do mar (11,5 – 6,0 ka cal AP) foi marcado pela presença de águas frias, produtivas e homogêneas associadas possivelmente à ressurgência costeira cuja contribuição diminuiu à medida que a transgressão seguia e a frente da CB se aproximava, alcançando um primeiro máximo entre 7,0 e 6,0 ka cal AP no ponto 1 e entre 6,0 e 5,5 ka cal AP no ponto 9, marcado por águas quentes na superfície e frias na subsuperfície. Entre 5,5 e 3,5 ka cal AP, a ressurgência gradualmente se intensifica com maiores efeitos próximo a costa e mais restrita a subsuperfície na porção distal. A influência costeira apresenta um aumento em 5,0 ka cal AP na porção proximal e 4,0 ka cal AP na região distal. Entre 3,5 e 2,5 ka cal AP um forte sinal de águas quentes pouco estratificadas foi observado com maior influência de águas oligotróficas no ponto 9 e mistura de águas costeiras e oceânicas no ponto 1. Após 2,5 ka cal AP, o SRCF adquire suas configurações atuais marcadas por eventos intensos de ressurgência na porção proximal da plataforma e mais restritos a subsuperfície na porção distal. Isso pode ser associado ao fortalecimento da ZCAS ligado a intensificação da monsão Sulamericana no Holoceno Superior devido ao aumento da insolação de verão. / This thesis aimed to rebuild the palaeoceanography of Cabo Frio Upwelling System (CFUS) in the last 12,000 years through the use of ecological (comparison between the CFUS assemblages and adjacent areas assemblages with different oceanographic features) and geochemical proxies of planktonic foraminifera, and obtain more knowledge about the distribution of species under different oceanographic settings, and evaluating and implementing the recent LA-ICP-MS methodology for elemental analysis in foraminifera carbonates. For this, 34 box-cores tops encompassing the CFUS and adjacent areas in the Santos and Campos basins and two gravity cores were used. The group analysis of the assemblages in the Rio de Janeiro Continental Margin (RJCM) indicated the presence of four major biofacies spatially well separated: biofacies A - Campos Basin continental slope (contribution of tropical and subtropical species characterizing the Brazil Current front, BC), biofacies B - Santos basin (largest contributions of productivity related species, characterizing a signal of mixing of coastal productive and oceanic oligotrophic waters), biofacies C - northern sector of CFUS (G. ruber and contributions of Globigerina bulloides, featuring environment with frequent attenuated upwelling by warm water intrusions) and biofacies D - southern sector of CFUS (contribution of cold and productive waters species, featuring the Ekman upwelling setting). In addition, the spatial distribution of Globoturborotalita rubescens revealed preference of this species for continental shelf waters and Globigerinella calida being associated with post-upwelling conditions. The cores CF10-01B (offshore) and CF10-09A (inshore) covered the last 11.5 and 7.1 ka cal, respectively being the first most influenced by the Brazil Current and expressing a weaker upwelling signal than the second. In the core CF10-01B, the G. ruber 18O was more variable than the G. bulloides 18O with two decreases after 9.0 ka cal AP and after 4.0 ka cal BP, while the 18O of G. bulloides decreased only after 9.0 ka cal AP and remains constant up to the top. In the core CF10-09A, the 18O of the two species varied opposite with a change between 5.0 and 4.5 cal ka AP where the 18O G. ruber decreases from -0.4 to -1.0 ‰ and 18O of G. bulloides increases from -0.8 to 0.0 ‰. Mg/Ca ratio results by laser ablation method indicated heterogeneity intra-chamber which resulted in uncertainties for reconstructions up to 1.49°C for G. ruber and up to 0.6°C for G. bulloides as well as individual amplitudes from 3.0 to 4.0 mmol/mol to G. ruber and 3.0 to 5.0 mmol/mol to G. bulloides and significant differences between the last chamber (f) and previous (f-1 and f-2) for both species. These effects were associated with the symbiont vital effect, the wide seasonal temperature range in the SRCF and species migration to deeper waters during reproduction. The Mg/Ca ratio generated by the traditional method were generally higher than the ratios Mg/Ca reconstructed through LA-ICP-MS, although, when compared to the average of f-1 and f-2 chambers only, the values show similar mean and variability indicating both methods agree in reconstruction for surface paleotemperatures. It also allows the use of difference between the ratios of final and previous chamber of G. ruber for paleostratification reconstructions. However, the distinct variability between G. ruber f chamber Mg/Ca ratios and average G. bulloides Mg/Ca ratio indicated possible seasonal succession, which made us associate the temperatures reconstructed by G. bulloides to chlorophyll layer temperatures which may be associated with upwelling intensity. The sea level rise (from 11.5 to 6.0 ka cal BP) was marked by the presence of cold productive and homogeneous waters, possibly associated with coastal upwelling whose contribution gradually decreased during the course of the transgression, followed by the penetration of BC front on the shelf, reaching a first maximum between 7.0 and 6.0 ka cal BP offshore and between 6.0 and 5.5 ka cal BP inshore, marked by warm surface waters and cold subsurface waters. Between 5.5 and 3.5 ka cal BP, the upwelling gradually intensifies mainly inshore and restricted to subsurface offshore. An increased coastal influence is also detected with peaks at 5.0 ka cal BP inshore and 4.0 cal ka BP offshore. Between 3.5 and 2.5 ka cal BP a strong signal of warm water was observed with greater influence of oligotrophic waters inshore and mixture of coastal and oceanic waters offshore. After 2.5 ka cal BP, the SRCF acquires its current settings marked by intense upwelling events, better expressed inshore and restricted to subsurface offshore. This change may correspond to an intensification of the SACZ linked to the strengthening of the South American Monsoon during the late Holocene due to the increase in summer insolation.

L’utilisation des coquilles carbonatées de foraminifères planctoniques comme marqueurs paléocéanographiques repose sur l’hypothèse fondamentale que chaque espèce morphologique correspond à une espèce biologique caractéristique d’un habitat spécifique. Cette relation empirique a été récemment remise en cause par des analyses moléculaires qui ont révélé la présence systématique de plusieurs espèces génétiques (espèces cryptiques) au sein des morpho-espèces actuelles. Il a été suggéré que ces espèces cryptiques ou génotypes, présentaient (1) des préférences biogéographiques et écologiques restreintes par rapport à leur morpho-espèce respective et (2) des différences morphologiques. Dans ce travail, nous avons caractérisé la diversité génétique, morphologique et écologique de 4 morpho-espèces clefs de la paléocéanographie, i.e. Orbulina universa, Truncorotalia truncatulinoides, Globoconella inflata et Globigerina bulloides. Cette étude repose sur le développement d’un protocole d’extraction ADN non destructif pour la coquille calcaire, permettant l’analyse conjointe de la variabilité génétique et morphologique d’un même individu. Les variations de forme ou de porosité de chacun des génotypes des morphoespèces ont été quantifiées. Il apparaît que le fort degré de plasticité morphologique largement documenté chez les foraminifères planctonique et jusqu’alors interprété comme écophénotypique, est au moins en partie la conséquence du regroupement de plusieurs génotypes présentant des morphologies et préférences écologique particulières. Sur la base de ces observations, des modèles de reconnaissance morphologique permettant d’identifier les génotypes à partir de la morphologie de la coquille, utilisables à l’échelle populationnelle, ont été développés. Afin de quantifier l’impact de l’intégration de la diversité cryptique dans les reconstitutions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques, les fonctions de transfert couramment utilisées ont été re-calibrées en intégrant les distributions restreintes des génotypes d’O. universa, T. truncatulinoides, G. inflata et G. bulloides. Ces re-calibrations conduisent à un degré de précision jusqu’alors jamais atteint dans les reconstructions paléocéanographiques basées sur les assemblages de foraminifères planctoniques. / The usefulness of calcareous shells of planktonic foraminifera as a paleoceanographic proxy relies on the key hypothesis that each morphospecies corresponds to a biological species with a specific habitat. This empirical relationship has been challenged since molecular analyses have revealed a significant level of cryptic genetic diversity among modern morphospecies of planktonic foraminifera. Previous workers have suggested that the cryptic species or genotypes (1) display narrower biogeographic and ecological ranges than their related morphospecies, and (2) exhibit shell morphological differences. In this work, we have characterized the genetic, morphological and ecological diversity among four planktonic foraminiferal morphospecies of significance in paleoceanography, i.e. Orbulina universa, Truncorotalia truncatulinoides, Globoconella inflata and Globigerina bulloides. Our study relies on the development of a new single-cell DNA extraction protocol that retains the shell, allowing direct morpho-genetic comparisons. Shape or porosity variations within each genotype have been quantified. It appears that the high degree of morphological plasticity widely documented in planktonic foraminifera and classically seen as ecophenotypy, is at least partly the spurious consequence of lumping several genotypes that display morphological and environmental preferences. Based on these observations, we developed several population-scale models, which allow recognition of the cryptic species based on their shell morphology. Finally, in order to quantify the impact of integrating cryptic diversity in assemblage-based aleoceanographic reconstructions, we have re-calibrated transfer functions based on the ecological ranges of the genotypes of O. universa, T. truncatulinoides, G. inflata and G. bulloides in the southern oceans. Such recalibrations led to a great, previously never reached improvement in the accuracy of the assemblage-based paleoceanographic reconstructions.

The biostratigraphy and isotope stratigraphy of the upper Aptian to lower Cenomanian interval including oceanic anoxic events OAE1b, 1c and 1d are investigated in ODP Site 763, drilled on the Exmouth Plateau offshore northwest Australia. Benthic foraminifera suggest that Site 763 was situated in outer neritic to upper bathyal water depths (~150-600 m). OAEs of the Atlantic basin and Tethys are typically associated with organic carbon-rich black shales and δ13C excursions. However, OAEs at this high latitude site correlate with ocean acidification and/or pyrite formation under anoxic conditions rather than black shales. Ocean acidification maybe responsible for sporadic low abundances of planktic foraminifera compared to radiolarians and benthic foraminifera associated with increased volcanogenic CO2 production during the formation of the Southern and Central Kerguelen Plateaus. Sea surface temperature may have cooled to 11°C in the late Aptian but increased gradually during the Albian. The Aptian/Albian boundary is placed at a negative carbon isotope excursion associated with the lowest occurrence of Microhedbergella renilaevis, typically found within the Niveau Kilian black shale of OAE1b. Third-order sea level cycles, particularly in the middle Albian, produced cyclic changes in the abundance of inoceramid prisms that increased during inferred times of falling sea level. The late Albian OAE1c and OAE1d coincide with horizons of intense pyritization and the absence of all biocomponents suggesting the development of euxinia. Warm Tethyan waters reached the Exmouth Plateau during the latest Albian based on the presence of thermocline dwelling keeled planktic foraminifera including Planomalina buxtorfi.