Orientador: Henrique de Oliveira / Coorientador: Rogério Abdallah Curi / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Banca: Simone Cristina Méo Niciura / Banca: Cláudia Cristina Paro de Paz / Resumo: Características reprodutivas, como a ocorrência de prenhez precoce, são mais importantes economicamente ao comparar-se com as características de crescimento. Desta forma, o aumento da taxa de fertilidade e emprego de animais geneticamente superiores é determinante no progresso da produtividade nas fazendas comerciais de produção de carne bovina. A seleção modifica as frequências alélicas de uma população ao transmitir as variantes gênicas mais interessantes. Considerando o desequilíbrio de ligação, alguns locos adjacentes às mutações favoráveis são transmitidos ao longo das gerações. Estes são conhecidos como assinaturas de seleção e podem ser identificados com o uso de "chips" de SNP e metodologias estatísticas adequadas. Com o objetivo de identificar assinaturas de seleção recentes em QTL previamente mapeados para características reprodutivas de fêmeas bovinas ligadas à precocidade sexual, foram genotipadas 2.035 fêmeas da raça Nelore (Bos taurus indicus) com o chip "Illumina BovineHD BeadChip". Posteriormente foi inferida a fase de ligação dos SNPs e a reconstrução dos haplótipos. A detecção de assinaturas de seleção foi realizada por meio da aplicação da metodologia "Relative Extended Haplotype Homozygosity" (REHH). A identificação de genes que contribuem para a importância da característica nestas regiões foi feita com a ferramenta Map Viewer do "National Center for Biotechnology Information"- NCBI e GBrowse carregada com o genoma bovino versão UMD 3.1. Foram detectadas ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Some reproductive traits such as early pregnancy are more profitable than those related to growth. Increasing fertility rate and using genetically superior animals are crucial in productivity of meat commercial farms. Artificial selection modifies allele frequencies of a cattle population by transmitting the most significant gene variants. Considering linkage disequilibrium, some loci adjacent to favorable mutations are transmitted across generations. Known as signatures of selection, such locations can be identified by the SNP chips, and appropriate statistical methods. To determine recent selection signature in quantitative trait loci (QTL) previously mapped for reproductive cow features linked to sexual precocity, 2,035 Nelore (Bos taurus indicus) females were genotyped by Illumina Bovine chip. After, inferring the connection phase of SNPs allowed haplotype reconstruction. Selection signatures were detected by Relative Extended Haplotype Homozygosity (REHH) method. Genes supposedly important were recognized by Map Viewer from the National Center for Biotechnology Information (NCBI), and also through a loaded GBrowse with bovine genome UMD, version 3.1. A total of 2,756 core regions were detected, with an average size of 27.6 ± 29.1 Kb, covering 70.1 Mb of 25 chromosomes. 17,312 SNPs are involved in the formation of core regions with at least 10 on BTA27, and a maximum of 20 SNPs on 1, 3-7, 9-15, 18-21, and 23-24 chromosomes. We identify 40 possible recent selection signatu... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Angélica Simone Cravo Pereira / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Banca: Ana Fabrícia Braga Magahães / Banca: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Banca: Raysildo Barbosa Lobo / Banca: Aline Silva Mello Cesar / Resumo: Objetivou-se identificar regiões no genôma de bovinos da raça Nelore que apresentam variações no número de cópias (CNV) e, associar estes CNV com o perfil de ácidos graxos da carne. Além disso, objetivou-se realizar associação genica ampla utilizando os método de single step (GWASss) a fim de detectar regiões genômicas associadas aos ácidos graxos dos grupos saturados, mono e poliinsaturados, assim como os omegas 3, 6 e sua relação. O estudo de caracterização e distribuição dos CNVs ao longo do genoma de bovinos Nelore, foi realizado através do software PennCNV utizando dados genotípicos de 3.794 aniamais, resultando em 399.361 CNVs identificados. Após controle de qualidade, 2.902 foram mantidos nas analises, resultando em 195.873 CNVs, com tamanho medio de 54,744 pb, maximo de 8.7 Mb e minimo 3 kb. As regiões de CNV foram geradas pela sobreposição dos CNVs através do software CNVRuler. Os cromossomos que mostraram maior incidencia de CNVR foram BTA19 (24,26%), BTA23 (18,68%) e BTA25 (18,05%). Ja os que mostraram menor incidencia foram BTA29 (1,63%), BTA13 (9,72%) and BTA8 (9,72%). As 9.805 regiões da CNV estimadas no presente estudo cobrem aproximadamente 13.05% do genoma bovino e sobrepõem-se a 5.495 genes conhecidos que envolvem processos biológicos que poderiam estar envolvidos na adaptação ambiental da subespécie a áreas tropicais. O estudo de GWASss identificou 115 janelas que explicaram mais de 1% da variação genética aditiva para os 22 ácidos graxos estudados. A ident... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective of this study was to identify genomic regions of Nellore cattle that present variations in the number of copies (CNV) and to associate these CNV with the fatty acid profile of the meat. In addition, the objective of this study was to carry out a genome-wid association using the single step method (GWASss) to detect genomic regions associated with saturated, mono and polyunsaturated fatty acids, as well as omega 3, 6 and their relationship. The study of the characterization and distribution of CNVs along the Nellore genome was performed by PennCNV software using genotypic data of 3,794 animals, resulting in 399,361 CNVs identified. After quality control, 2,902 were maintained in the analyzes, resulting in 195,873 CNVs, with an average size of 54,744 pb, maximum of 8.7 Mb and minimum 3 kb. The CNV regions were generated by the overlap of the CNVs by CNVRuler software. The chromosomes that showed the highest incidence of CNVR were BTA19 (24.26%), BTA23 (18.68%) and BTA25 (18.05%). Those with the lowest incidence were BTA29 (1.63%), BTA13 (9.72%) and BTA8 (9.72%). The 9,805 CNV regions estimated in the present study covered approximately 13.05% of the bovine genome and overlaped 5,495 genes known to envolve in biological processes that could be involved in the environmental adaptation of the subspecies to tropical areas. The GWASss study showed 115 windows that explained more than 1% of the additive genetic variation for the 22 fatty acids studied. The identification of these regions and their genes, such as ELOVL5, ESRRG, PCYT1A and the ABC group genes (ABCA5, ABCA6 and ABCA10) are genes directly and indirectly related to lipid metabolism. The GWAS between AG phenotypes and CNVs resulted in a total of 186 CNVRs that were significant for the saturated (43), monosaturated (42), poly... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Marina Rufino Salinas Fortes / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Ricardo Vieira Ventura / Banca: Yuri Tani Utsunomiya / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Banca: Gerardo Alves Fernandes Júnior / Resumo: O poder estatístico de um único estudo de associação genômica ampla (GWAS) para detectar loci de características quantitativas (QTL) é esperado ser menor do que combinando resultados de GWAS independentes de múltiplas raças, isto é, de diferentes raças, especialmente para características complexas, como as de puberdade. Utilizar populações independentes e métodos para detectar novas regiões genômicas e validar regiões previamente conhecidas como associadas com a característica de interesse em populações independentes é uma estratégia viável para identificar QTLs mais acuradamente. O objetivo deste estudo foi detectar regiões genômicas controlando características de precocidade sexual em três raças de gado de corte tropical (Nelore, Brahman e Composto Tropical - CT), utilizando duas estratégias, meta-analise utilizando diferentes raças e validação cruzada de QTL entre raças. No estudo de meta-análise as características incluídas foram idade ao primeiro parto (IPP), prenhez precoce (PP), e circunferência escrotal (CEN) medida aos 18 meses de idade no Nelore, e a idade ao surgimento do primeiro corpo lúteo (IPCL), intervalo do primeiro anestro pós-parto (IPAPP) e circunferência escrotal medida aos 18 meses de idade (CE18B) para o Brahman. A meta-análise foi realizada utilizando um método multi-característica. Um total de 108 polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) significativos a um P-valor empírico de 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), foram encontrados neste estudo. Tais SNP signific... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The statistical power of an individual genome-wide association study (GWAS) to detect quantitative trait loci (QTL) is expected to be lower than combining independent GWAS results from multi-breed, i.e., from different breeds, especially for complex traits, as puberty traits. Using independent populations and methods to detect new genomic regions and validate in independent populations known regions associated with the trait of interest is a feasible strategy to identify QTLs more accurately. The aim with this study was to detect genomic regions controlling sexual precocity traits across three tropical beef cattle breeds (Nellore, Brahman and Tropical Composite - TC) by using two approaches, meta-analysis using different breeds and QTL validation across different breeds. In the meta-analysis study the traits included were age at first calving (AFC), early pregnancy (EP), and scrotal circumference (SCN) measured at 18 months of age for Nellore, and age at first corpus luteum (AGECL), first postpartum anoestrus interval (PPAI), and scrotal circumference measured at 18 months of age (SC18B) for Brahman cattle. The meta-analysis was performed using a multi-trait method. A total of 108 significant single-nucleotide polymorphisms (SNPs), at an empirical threshold P-value of 1.39 × 10−5 (FDR < 0.05), were found in this study. Those significant SNP were distributed over 19 out of 29 autosomes, and the major of them were located on BTA14. In the meta-analysis study we identified five association regions harbouring the majority of the significant SNP (76%), namely: BTA2 (5.55%) from 95 to 96 Mb, BTA4 (5.55%) from 94.1 to 94.8 Mb, BTA14 (59.26%) from 24 to 25 Mb and 29 to 30 Mb, and BTA21 (5.55%) from 6.7 Mb to 11.4 Mb. In the acr... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Roberto Carvalheiro / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Haroldo Henrique de Rezende Neves / Resumo: A análise de componentes principais (ACP) é uma técnica da estatística multivariada usada para avaliar as relações entre diferentes características a fim de eliminar a redundância resultante de suas correlações. No melhoramento genético animal, a ACP tem sido usada para explorar possíveis interpretações biológicas associadas aos componentes principais (CPs) que podem levar a caracterização de diferentes biotipos de animais. Os objetivos do presente estudo foram: i) avaliar as relações entre características de crescimento, escore visual e reprodutiva, por meio de ACP; ii) identificar, por meio de estudo de associação genômica ampla (GWAS), regiões genômicas que diferenciam os animais quanto aos diferentes componentes; e iii) avaliar a habilidade de predição de valores genéticos genômicos (GEBVs) obtidos para os CPs. Foram utilizados dados fenotípicos de 355.524 animais da raça Nelore provenientes da base de dados Aliança Nelore. Destes, foram genotipados 3.382 animais em painel lllumina® BovineHD (HD, ~777.000 SNPs) e 137 animais em painel GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD (~76.000 SNPs). Os animais genotipados com o painel GGP-HD tiveram seus genótipos imputados para o painel mais denso (HD). Após o controle de qualidade, 3.519 animais com informações genotípicas de 471.880 SNPs permaneceram nas análises. A ACP foi realizada utilizando-se a matriz de (co)variância genética aditiva (AT) obtida a partir de análise multi-característica. As estimativas dos efeitos dos SNPs fora... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Principal component analysis (PCA) is a multivariate statistical technique that allows evaluating relationships among different traits in order to eliminate the redundancy resulting from their correlations. In animal breeding, PCA has been used to explore possible biological interpretations associated with the principal components (PCs) that can lead to the characterization of distinguished animal's biotype. The objectives of the present study were: i) to evaluate relationships among growth, visual scores, and reproductive traits by performing a PCA; ii) to identify genomic regions associated with PCs by performing a genome-wide association study (GWAS) on the main PCs; and iii) to evaluate the prediction ability of genomic breeding values (GEBVs) obtained for the PCs. Phenotypic data from 355,524 Nellore animals provided by the Alliance Nellore database, were used in this investigation. A total of 3,382 Nellore animals were genotyped using the lllumina® BovineHD chip (HD, ~777,000 SNPs) and 137 animals were genotyped using the GeneSeek Genomic Profiler Bovine HD chip (~76,000 SNPs). The GGP-HD genotypes were imputed to the HD genotypes. After genomic data quality control, 471,880 SNPs from 3,519 animals were available. The PCA was applied on the additive genetic (co)variance matrix (AT) obtained using multi-trait analysis. For GWAS, SNP effects were estimated using the weighted single-step GBLUP and the BayesC methods. The genes identified within the top-10 ranking windows that explained the highest proportion of variance were used for further functional analyses. For the genomic prediction study, the GEBVs were predicted using three distinguish response variables: EBV of the original traits, EBV of the PCs, and EBV of a selection index used by some Nellore cattle commercial breeding programs. The geno... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Danísio Prado Munari / Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago / Coorientador: Marcos vinícius Barbosa da Silva / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Joslane Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: João Ademir de Oliveira / Resumo: Considerando painéis de SNP (do inglês Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo de nucleotídeo único) objetivou-se descrever o perfil genômico populacional de bovinos leiteiros da raça Gir por meio da caracterização de linhagens desta população e inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de animais provenientes de diversas fazendas do Brasil. Após o controle de qualidade de genótipos e amostras, foram obtidos 1987 SNP bialélicos em cromossomos autossomos presentes nos painéis HD e 50K SNP, em um painel resultante de SNP em comum dos dois painéis, 21K SNP. Distâncias genéticas entre os marcadores foram obtidas e, por meio da decomposição espectral, foram gerados os componentes principais. A análise multivariada de componentes principais, em um contexto de estrutura populacional, permite inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de parentesco entre os animais. A determinação do número de agrupamentos foi realizada com o procedimento k-means, utilizando a distância genética entre os animais, que permite identificar subgrupos genéticos na população, com moderada-alta qualidade de agrupamento, com coeficiente correlação cofenética equivalente a 0,66. O parentesco, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), coeficientes de endogamia, desequilíbrio de ligação (LD) e tamanho efetivo populacional, baseados exclusivamente em informações genômicas também foram obtidos. Os resultados evidenciaram quatro diferentes agrupamentos genéticos, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The objective was to describe the genomic structure of Gir dairy cattle population through the characterization of lineages of this population and infer about the genetic variability considering information from animals from several farms in Brazil using panels of SNP (Single Nucleotide Polymorphism). After quality control of genotypes and samples, we obtained 1987 biallelic SNPs on autosomal chromosomes present in the HD panels and 50K SNP, in a resultant panel of SNPs in common from to two panels, 21K SNP. Genetic distances between the markers were obtained and, through spectral decomposition, the principal components were generated. Multivariate analysis of principal components, in a context of population structure, allows inferring about genetic variability using relatedness information between animals. The determination of the number of clusters was performed using the k-means procedure, using the genetic distance between the animals, which allows the identification of genetic subgroups in the population, with moderate-high quality of grouping, with a coefficient correlation coefficient equivalent to 0.66. Expected heterozygosity (He) and observed (Ho), coefficients of inbreeding, linkage disequilibrium (LD) and effective population size (Ne) based exclusively on genomic information were also obtained. The results evidenced four different genetic groups, defined as breeding lineages of the Gir dairy breed of Brazil, indicating that the use of a few breeders or their descendants with greater intensity and also due to the different origins of the ancestors, formed the different genetic groups, which are composed of animals from various farms. There was little relationship between the animals and this was reflected in the average inbreeding coefficient, and the average inbreeding obtained for all the individuals was 0.017, evi... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Humberto Tonhati / Coorientador: Gregório Miguel Ferreira de Camargo / Coorientador: Naudin Alejandro Hurtado Lugo / Banca: Lenira El Faro Zadra / Banca: Henrique Nunes de Oliveira / Resumo: Considerando a importância das doenças que afetam o desempenho produtivo dos animais na indústria leiteira em todo o mundo é necessário implementar ferramentas moleculares que auxiliem na identificação e controle destas doenças. Quando ocorre alguma infecção em um organismo superior, existe aumento do número de células de defesa e o sistema imune inato proporciona uma linha de defesa contra os patógenos. Os "Toll Like Receptors" (TLR) são proteínas da membrana que desempenham um papel chave na imunidade, reconhecendo patógenos e, posteriormente, ativando as respostas. O presente estudo foi realizado para identificar SNPs no gene TLR4 bubalino e analisar suas associações com características de importância produtiva, incluindo a contagem de células somáticas (CCS). Foram utilizadas amostras de DNA de 130 búfalas da raça Murrah. A região codificante do gene TLR4 foi amplificada através de reações de PCR e posteriormente sequenciada. Os polimorfismos encontrados tiveram suas frequências alélicas e genotípicas calculadas e verificadas quanto ao equilíbrio de Hardy-Weinberg, além de serem utilizados para os estudos de associação. Foram identificados 13 polimorfismos do tipo SNP para as regiões sequenciadas do gene TLR4, sendo que a maioria encontra-se em região codificante. Encontrou-se associação significativa, com porcentagem de gordura dos Snps g514>C/T (P=0,0040) e g536>A/T (P=0,0035). As associações para CCS demostrou-se altamente significantes (p=<0,001) para todos os Snps (g... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Molecular markers might be developed to investigate genetic variants associated to the disease and assist selection process in order to identify resistant animals. When the mammary gland is infected, there is an increase in the defense cells, also called somatic cells. It is a defense line of the immune system against pathogens. The "tool like receptors" TLR are membrane proteins that have an important role in the immunity, recognizing pathogens and activating adequate responses. The present study aimed to investigate the association of TLR4 gene SNPs with productive characteristics and SCC in buffaloes. The DNA was extracted from hair follicules of 130 Murrah buffaloes. The fragments were amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) and sequenced. Thirteen SNPs were found. Allelic and genotypic frequencies were calculated as well as the adhesion to Hardy-Weinberg equilibrium and the linkage disequilibrium (r2) and the association to the characteristic. For SCC was tested methodology linear generalized mixed model, assuming Poisson distribution. Bonferroni correction was applied for the number of SNPs. Thirteen SNP polymorphisms were identified in coding region of the TLR4 (g322>G/A, g514>C/T, g536>A/T, g8338>A/C, g8341>A/G, g8342>T/G, g8343>G/A, g8345>A/G, g8413>A/G, g8428>G/A, g8438>A/C, g8578>G/T, g8582>A/C). The SNPs g514>C/T and g536>A/T had significant association whit %G. All the SNPs were associated (p=0.001) whit the CCS. Other authors also reported the association of TRL4 SNPs to the trait. The results show that the SNPs of TLR4 gene can be used as molecular markers in buffaloes / Mestre

Orientador: José Fernando Garcia / Banca: Flávia Lombardi Lopes / Banca: Maricy Apparício Ferreira / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Silvana de Cássia Paulan / Resumo: Variante funcional (functional variant - FV) é um polimorfismo da sequência de DNA que possui efeitos sobre a função ou mesmo sobre o nível de expressão de um ou mais genes. Por apresentarem alta probabilidade de interferência em fenótipos celulares, teciduais ou mesmo sistêmicos, as FVs são alvos frequentes de pressão de seleção negativa ou positiva em uma população. Algumas FVs podem, inclusive, causar perda parcial ou total da função gênica, caso no qual estas recebem a denominação de loss-of-function variant (LoFV). Os cães domésticos (Canis lupus familiaris) possuem baixa variabilidade genética decorrente da intensa seleção artificial feita pelo homem para fenótipos extremos de características morfológicas e comportamentais. Os altos níveis de endogamia nas populações caninas favorecem a intensificação da ação da deriva genética e, por consequência, o aumento da prevalência de FVs e LoFVs que seriam mantidas em baixa frequência se estas populações apresentassem maior variabilidade genética. Assim, o cão doméstico é um modelo valioso para estudos de processos fisiológicos e de doenças genéticas humanas. O recente surgimento de ferramentas para análise genômica têm auxiliado na identificação de FVs e LoFVs de interesse zootécnico e biomédico em cães. Estas variantes podem ser mapeadas através de duas estratégias distintas, porém complementares, de varredura genômica. A primeira, denominada de estudo de associação genômica ampla (Genome-Wide Association Study - GWAS), consi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Functional variant (FV) is a DNA sequence polymorphism that has effects on the function or even the level of expression of one or more genes. FVs are frequent targets of negative or positive selection in a population due to its high probability of interfering in cell, tissue or system phenotypes. Some FVs may even cause partial or total loss of gene function, in which case they are called loss-of-function variants (LoFVs). Domestic dogs (Canis lupus familiaris) have low genetic variability resulting from intense human-driven artificial selection for extreme phenotypes of morphological and behavioral traits. High levels of inbreeding in canine populations favor the intensification of genetic drift and, consequently, an increase in the prevalence of FVs and LoFVs that would be maintained at low frequencies if these populations presented higher genetic variability. Thus, the domestic dog is a valuable model for studying physiological processes and human genetic diseases. The recent emergence of tools for genomic analysis has assisted in the identification of FVs and LoFVs of zootechnical and biomedical interest in dogs. These variants can be mapped through two distinct but complementary genomic scanning strategies. The first, known as Genome-Wide Association Study (GWAS), involves testing of phenotype-genotype associations. The second consists in the search for allelic combinations, called haplotypes, that occur in high frequency, but that present deficiency of homozygosity. In ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Em um cenário em que a qualidade da informação é essencial para a sustentação do processo de gestão do sistema ou do processo de seleção animal, corretas atribuições de paternidade se tornam importante para a manutenção das informações de pedigree e, consequentemente, para a estimativa dos valores genéticos dos animais em programas de seleção. Com o advento do uso de marcadores moleculares do tipo SNP na seleção genômica e em diferentes painéis de teste de parentesco, maiores estudos se fazem cada vez mais necessários. Dessa maneira esse estudo buscou analisar os ganhos em acurácia dos valores genéticos para características produtivas em um cenário de seleção real entre avaliações genéticas que continham ou não animais com atribuições de paternidade por teste de DNA e além disso, verificar os possíveis conflitos de seleção entre elas. Como resultados foram encontrados ganhos em acurácia principalmente em animais mais jovens, mas de maneira geral todos os animais foram beneficiados e apresentaram ganhos acima de 8% os animais diretamente submetidos ao teste. Conflitos de seleção variaram entre 14 a 52% quando considerada somatória das diferenças de seleção nas duas avaliações genéticas, mostrando também, que existiu uma alteração na ordem de classificação dos animais nas características analisadas. Como o fator custo é um ponto importante quando se fala em avaliação genética e tudo que envolve a nova fase dos marcadores moleculares, um painel de paternidade eficiente é aquele que apresenta o melhor desempenho na determinação da paternidade sob um menor custo. Dessa forma, foram comparados alguns grupos de marcadores e o painel de 195 SNP proposto pelo grupo ISAG se mostrou eficiente, assim como outros, na determinação de paternidade em um grupo especifico de animais. Os resultados deste trabalho indicam também que o teste de parentesco por DNA é uma ferramenta que pode aumentar a precisão do arquivo pedigree por aumentar a conexão dos animais, ou seja, por criar maiores ou mais laços genéticos entre os indivíduos. Assim, poder-se-ia melhorar o desempenho da avaliação genética em um programa de melhoramento genético bovino através de pequenos grupos de marcadores moleculares com um custo-benefício atrativo. / In a scenario where information quality is essential to support a process management system or an animal selection process, correct paternity assignments become important for maintaining pedigree information and hence to estimate animals genetic values in breeding programs. With the advent of the use of SNP molecular markers in genomic selection and different kinship test panels, larger studies are increasingly necessary. Thus, this study investigated the gains in accuracy of breeding values for production traits (in a real selection scenario) between the genetic evaluations of animals with or without parenting assignment by DNA testing. It also verified possible selection conflicts between them. The following results showed gains in accuracy, especially in younger animals. However, in general, all animals benefited having gains greater than 8% where animals were directly impacted. Checking conflicts ranged from 14-52% when the sum of the differences of selection in both genetic evaluations was considered. This also showed that there was a change in the ranking of animals in the analyzed characteristics. As cost is also an important factor in genetic evaluations using new molecular markers, an effective parenting panel would be one that had the best performance in the paternity determination under a lower cost. Therefore, we compared some small marker groups and the 195 SNP panel proposed by ISAG group and determined this was efficient in estimating paternity on a specific group of animals. These results also suggest that kinship testing by DNA is a tool that can increase the accuracy of the pedigree file to increase the animals\' connection, or to create larger or more genetic links between individuals. This study shows that testing with small groups of molecular markers improves the performance of genetic evaluation in a bovine genetic selection program with an attractive cost-benefit.

Os sais de lítio são utilizados no tratamento dos transtornos do humor há mais de 50 anos. É a principal medicação prescrita para pacientes com diagnóstico de transtorno bipolar (TB), No entanto, aproximadamente 70% dos pacientes não respondem satisfatoriamente, ou seja, são refratários ao tratamento com lítio. Tendo em vista a importância do uso do lítio no tratamento de TB e a influência de fatores genéticos na variabilidade da biodisponibilidade do medicamento e em seus efeitos (95%), é de extrema importância esclarecer o papel da farmacogenética envolvida na resposta ao lítio. O objetivo deste trabalho foi detectar possíveis marcadores genéticos em pacientes com TB para melhor predição da resposta à terapia medicamentosa Para tanto, estudamos os polimorfismos dos genes relacionados ao mecanismo de ação do lítio: glicogênio- sintase quinase 3 - beta (GSK3-Beta), fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), Receptor neurotrófico de tirosina quinase tipo 2 (NTRK2) e proteína ligada ao elemento de resposta cAMP (CREB) em pacientes bipolares respondedores e refratários ao tratamento com lítio com fenótipo determinado por escalas HDRS e YMRS, e análise dos prontuários, e escala ALDA. Na nossa amostra, os polimorfismos CREB1-1H (G > A), CREB1-7H (C > T), BDNF (rs6265 - G > A) e NTRK2 (rs1387923 - T > C) não apresentaram associação significativa dos genótipos com a resposta à terapia com lítio. Para os resultados obtidos na análise genotípica correspondente ao polimorfismo rs334558 (C > T) do gene GSK3-Beta, verificamos maior incidência do genótipo heterozigoto CT em pacientes respondedores e maior incidência do genótipo polimórfico homozigoto TT em pacientes refratários. Para a metodologia ALDA, não obtivemos diferenças que relacionassem os polimorfismos selecionados a refratariedade ao lítio. Acreditamos que o pequeno número amostral incluídos em nosso estudo pode ter prejudicado a determinação desses polimorfismos na resposta ao lítio / Lithium salts have been used in the treatment of mood disorders for more than 50 years. It is the main medication prescribed for patients diagnosed with bipolar disorder (BD). However, approximately 70% of the patients do not respond satisfactorily, that is, they are refractory to treatment with lithium. Given the importance of using lithium in the treatment of BD and the influence of genetic factors on the variability of the bioavailability of the drug and its effects (95%), it is extremely important to clarify the role of pharmacogenetics involved in the lithium response. The goal of this study was to detect possible genetic markers in BD patients to better predict the response to drug therapy. In order to do so, we studied the polymorphisms of genes related to the mechanism of action of lithium: glycogen synthase kinase 3 - beta (GSK3-Beta), brain-derived neutrophic factor (BDNF) tyrosine kinase type 2 neurotrophic receptor (NTRK2) and cAMP response element-binding protein (CREB) in responders and refractory bipolar patients that used lithium in the treatment. The phenotype was determined by HDRS and YMRS scales, and analysis of charts, and ALDA scale. In our sample, the polymorphisms CREB1-1H (G > A), CREB1-7H (C > T), BDNF (rs6265 - G > A) and NTRK2 (rs1387923 - T > C) had no significant association of genotypes with the response to lithium therapy. For the results obtained in the genotype analysis corresponding to the polymorphism rs334558 (C > T) of the GSK3-Beta gene, we verified a higher incidence of the heterozygous CT genotype in responding patients and a higher incidence of the polymorphic homozygous TT genotype in refractory patients. For the ALDA methodology, we did not obtain differences that related the selected polymorphisms to refractoriness to lithium. We believe that the small sample size included in our study may have impaired the determination of these polymorphisms in lithium response

Orientador: Rogério Abdallah Curi / Coorientador: Guilherme Luis Pereira / Coorientador: Julio Cesar de Carvalho Balieiro / Banca: Laura Leandro da Rocha / Banca: Luis Artur Loyola Chardulo / Resumo: O Mangalarga Marchador é o cavalo de sela brasileiro, possui dois tipos de andamentos característicos, a marcha batida e a marcha picada, que proporcionam maior comodidade ao cavaleiro durante a cavalgada e o trabalho. É principalmente utilizado para trabalho em fazendas de gado de corte e vem se destacando em diferentes modalidades de esportes hípicos. Este estudo teve como objetivo caracterizar, por meio da genotipagem de SNP em larga escala, o desequilíbrio de ligação (LD), calculado por r², de equinos da raça brasileira Mangalarga Marchador criados no Brasil. Também foi investigado o tamanho efetivo (Ne) da população, bem como as suas estruturas e relações. Foram utilizados 240 equinos Mangalarga Marchador, de ambos os sexos, e registrados na associação brasileira de criadores da raça (ABCCMM). O número de SNP informativos foi de 377.308. Análises de componentes principais mostraram que cavalos Mangalarga Marchador de marcha batida e de marcha picada pertencem a uma mesma população, ou seja, estes grupos não segregaram de forma significativa dentro da raça, o que deve ser levado em consideração nos estudos genético-populacionais. O r² genômico calculado foi de 0,096±0,166. O LD decaiu consideravelmente a partir de distâncias superiores a 15 e 20 Kb, apresentando valores inferiores a 0,3 e 0,2, respectivamente. O Ne atual foi de 99 animais. Houve acentuada redução neste parâmetro ao se tomar as estimativas de 16 gerações passadas, em que o Ne estimado foi de 650 animais. E... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Mangalarga Marchador is the Brazilian saddle horse, has two types of characteristic movements, the batida and the picada gait, that provide greater comfort to the rider during the cavalcade and the work. It is mainly used for work on beef cattle farms and has been emphasizing different modalities of equestrian sports. The objective of this study was to characterize, by means of large scale SNP genotyping, the linkage disequilibrium (LD), calculated by r², of Brazilian Mangalarga Marchador breed horses raised in Brazil. We also investigated the effective size (Ne) of the population, as well as their structures and relationships. A total of 240 Mangalarga Marchador horses, of both sexes, and registered in the Brazilian association of breeders (ABCCMM) were used. The number of informative SNPs was 377,308. Principal component analyzes showed that Mangalarga marchador of the two diferente gaits belong to the same population, that is, these groups did not segregate significantly within the breed, which should be taken into account in the genetic-population studies. The calculated r² genomic was 0.096 ± 0.166. The LD declined considerably from distances greater than 15 and 20 Kb, presenting values lower than 0.3 and 0.2, respectively. The current Ne was 99 animals. There was a marked reduction in this parameter when taking the estimates of 16 generations passed, in which the estimated Ne was 650 animals. These results may be linked to a broad and partially open genetic basis an... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre