Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the ZnT8 gene in pancreatic β-cells can affect zinc homeostasis, increasing the risk of developing type 2 diabetes mellitus (T2DM). Combined with zinc, the minerals calcium, potassium and magnesium play an important role in insulin metabolism and glycemic control. The objective of this study was to evaluate the relationship of SNP rs11558471 (A/G) in the ZnT8 gene in the nutritional status of zinc and glycemic control, as well as to associate the concomitant mineral intake with glycemic markers in individuals with T2DM. For this, 110 adult subjects with T2DM were evaluated for the presence of the studied SNP, food intake and zinc status, glycemic and lipid markers. The ANOVA or Kruskal-Wallis tests were applied to evaluate the variables according to the genotype (AA, AG and GG). The usual intake was estimated by the Multiple Source Method and adjusted by the residual method. The individuals were grouped into two groups (clusters) based on the similarities of zinc, potassium, calcium and magnesium intake by the hierarchical grouping analysis, the difference being evaluated by Student's t-test for independent samples or Mann-Whitney. The Pearson correlation test was applied and multiple linear regression and logistic regression models were constructed. P-values <0.05 and between 0.05 and 0.10 were considered significant and marginally significant, respectively. Individuals with AA genotype had better pancreatic β-cell function when compared to those with G allele, and this difference was marginally significant. No differences were observed among the genotypes and the other variables. HOMA2-%B was associated with variations of SNP rs11558471 in the ZnT8 gene (β = -0.185, p = 0.048) and C-peptide (β = 0.243, p = 0.012), being sex dependent. The risk of altering %HbA1c (> 7%) was associated with the presence of the AA risk genotype (OR = 3.263, 95% CI = 1.154, 9.229, p = 0.026), depending on the diagnosis time. Regarding zinc nutritional status, it was observed that 68.3% and 72.4% of the individuals evaluated showed deficiency of zinc in plasma and erythrocytes, respectively, in addition to a high prevalence of zinc intake. The intake of the other minerals also showed a high probability of inadequacy. The group with the lowest concomitant intake of the four minerals (cluster 1) had higher %HbA1c (p = 0.006) and serum triglyceride concentration (p = 0.010). In addition, the risk of altering %HbA1c was associated with lower intake of these minerals (Cluster 1) (OR = 3.041, 95% CI = 1.131, 8.175, p = 0.028). Potassium (β = -0.001, p = 0.017) and magnesium intake (β = -0.007, p = 0.015) were inversely associated with %HbA1c, being sex and diagnostic time dependent. Thus, the SNP rs11558471 was not related to the nutritional status relative to zinc and to the glycemic control variables in subjects with T2DM. However, variations in the genotype of this SNP were associated with reduced pancreatic β-cell function, and the AA genotype was a predictor of changes in %HbA1c. In addition, the reduced concomitant intake of zinc, potassium, calcium and magnesium was associated with the risk of glycemic control deficient, with the magnesium and potassium minerals predicting the increase in %HbA1c. / A presença de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) no gene do ZnT8 nas células β pancreáticas pode afetar a homeostase de zinco, aumentando o risco de desenvolvimento de diabetes mellitus tipo 2 (DM2). Em conjunto com o zinco, os minerais cálcio, potássio e magnésio possuem papel importante no metabolismo da insulina e no controle glicêmico. Diante disso, o estudo teve como objetivo avaliar a relação do SNP rs11558471 (A/G) no gene do ZnT8 no estado nutricional relativo ao zinco e no controle glicêmico, bem como associar a ingestão concomitante de minerais com os marcadores glicêmicos em indivíduos com DM2. Para isso, 110 indivíduos adultos com DM2 foram avaliados quanto à presença do SNP estudado, ingestão alimentar e marcadores do status de zinco, glicêmicos e lipídicos. Aplicaram-se os testes de ANOVA ou de Kruskal-Wallis para avaliar as variáveis de acordo com o genótipo (AA, AG e GG). A ingestão habitual foi estimada pelo Multiple Source Method e ajustada pelo método dos resíduos. Os indivíduos foram agrupados em dois grupos (clusters) com base nas semelhanças da ingestão alimentar de zinco, potássio, cálcio e magnésio pela análise hierárquica de agrupamento, sendo a diferença avaliada pelo teste t de Student para amostras independentes ou Mann-Whitney. O teste de correlação de Pearson foi aplicado e modelos de regressão linear múltipla e regressão logística binária foram construídos. P-valores < 0,05 e entre 0,05 e 0,10 foram considerados significativos e marginalmente significativos, respectivamente. Os indivíduos com genótipo AA apresentaram melhor função das células β pancreáticas quando comparados àqueles com alelo G, sendo essa diferença marginalmente significativa. Não foram observadas diferenças entre os genótipos quanto as demais variáveis. O HOMA2-%B foi associado às variações do SNP rs11558471 no gene do ZnT8 (β = -0,185, p = 0,048) e ao peptídeo C (β = 0,243, p = 0,012), sendo dependente do sexo. O risco de alterar o %HbA1c (>7%) foi associado à presença do genótipo de risco AA (OR = 3,263; IC 95% = 1,154; 9,229; p = 0,026), dependente do tempo de diagnóstico. Quanto ao estado nutricional relativo ao zinco, observou-se que 68,3% e 72,4% dos indivíduos avaliados apresentaram deficiência desse mineral no plasma e eritrócitos, respectivamente, além de elevada prevalência de inadequação na ingestão de zinco. A ingestão dos demais minerais também se mostrou com elevada probabilidade de inadequação. O grupo com menor ingestão concomitante dos quatro minerais (cluster 1) apresentou maiores %HbA1c (p = 0,006) e concentração sérica de triglicerídeos (p = 0,010). Além disso, o risco de alterar o %HbA1c foi associado a menor ingestão desses minerais (Cluster 1) (OR = 3,041, IC 95% = 1,131;8,175, p = 0,028). A ingestão de potássio (β = -0,001, p = 0,017) e magnésio (β = -0,007, p = 0,015) foi inversamente associada ao %HbA1c, sendo dependente do sexo e tempo de diagnóstico. Assim, o SNP rs11558471 não se relacionou com o estado nutricional relativo ao zinco e com as variáveis de controle glicêmico em indivíduos com DM2. No entanto, as variações no genótipo desse SNP foram associadas à redução da função das células β pancreáticas, e o genótipo AA mostrou-se preditor de alterações no %HbA1c. Além disso, a reduzida ingestão concomitante de zinco, potássio, cálcio e magnésio foi associada ao risco de controle glicêmico deficiente, sendo os minerais magnésio e potássio preditores do aumento no %HbA1c. / Aracaju

No Brasil, a perspectiva de aumento do volume de exportações e a exigência dos diferentes mercados faz com que a adaptação da cadeia produtiva da carne seja necessária, assim como a mudança de conceitos e critérios de seleção dos animais, de forma a melhorar as características consideradas pelo consumidor como de primeira importância: aparência e a palatabilidade. Porém existem diversos fatores que podem influenciar na qualidade da carne: sexo, raça (genética), idade, nutrição e estresse durante a vida do animal. Esses fatores influenciam diretamente no produto final, pois têm relação com as mudanças que ocorrem durante o post mortem. Desta forma, este trabalho teve como objetivo geral avaliar a influencia do pH, da condição sexual e de polimorfismos genéticos em genes relacionados à qualidade da carne e a resposta ao estresse sobre a variação das características da carne em rebanho bovino comercial Simental Sul Africano x Nelore. Para isso o trabalho foi dividido em duas partes: (a) avaliar os parâmetros de qualidade da carne em dois diferentes tempos de maturação (48 horas e 15 dias), sendo estudadas as variações entre os sexos (fêmeas e machos castrados), e nos diferentes valores de pH (classe 1=pH &le; 5,79 e classe 2=pH &ge; 5,8). (b) Associar SNPs de diferentes genes ou marcadores (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) ligados a características de qualidade da carne, visando compreender melhor os efeitos genéticos desses marcadores sobre as características da carne. Para esta pesquisa foram avaliados 485 bovinos (182 fêmeas e 303 machos) recriados e terminados em confinamento. Os resultados mostraram haver relação do sexo como parâmetros de cor e maciez. As classes de pH mostraram relação significativa com a cor da carne. Verificou-se incidência de carnes DFD (pH&ge;5,8) da ordem de 5,3%. Dos polimorfismos estudados foram encontradas associações significativas apenas para CAPN, NR3C1_1 e TG. O CAPN relacionado à cor e, NR3C1_1 e TG com as perdas de água por cocção (PAC). Portanto, é possível inferir que tanto o sexo quanto as classes de pH tem influencia direta com os parâmetros de qualidade da carne. Os polimorfismos dos genes CAPN, NR3C1_1 e TG propiciaram mudanças nas características físico-químicas da carne. / In Brazil, the prospect of increased exports and the requirement of different markets makes necessary adaptation of the meat production chain, as the change of concepts and criteria in animal selection to improve the characteristics that the consumer consider as most important: appearance and palatability. However, there are some factors that could influence meat quality: sex, breed (genetics), age, nutrition and stress during the life of the animal. These factors directly influence the final product, since they are related to changes that occur during post mortem period. The aim was to evaluate the pH influence, sexual condition and genetic polymorphisms on genes related to meat quality and stress response on meat quality variation of South African Simmental x Nellore beef cattle. Therefore, this research were divided into two parts: (a) to evaluate the meat quality characteristics in two different aging times (2 and 15 days), being studied variations within the sexual condition (females and castrated males), as well as within the pH range (pH &le; 5.79 Class 1 and Class 2 &ge; pH 5.8). (b) Associate SNPs of different genes (CAPN, UOGCAST, NR3C1_1, NR3C2_1, TG5) with meat quality characteristics. For this research were evaluated 485 animals (182 heifers and 303 steers) recreated and finished in feedlot. The results shows relation of sex with color and tenderness and, from pH range with color. There was an incidence of DFD meat (pH&ge;5,8) of 5,3%. The CAPN polymorphism was associated with color meat and NR3C1_1 and TG with cooking loss. Therefore, it is possible to infer that both sex and pH value influence in the meat quality. The polymorphisms CAPN, NR3C1_1 and TG led to changes in the physicochemical characteristics of the meat.

INTRODUÇÃO: O Câncer de Próstata (CaP) é a sexta neoplasia mais comum no mundo correspondendo a aproximadamente 10% do total de cânceres. No Brasil, o CaP é a neoplasia maligna não cutânea mais comum entre os homens. A hereditariedade é um dos principais fatores de risco do CaP, que se caracteriza pela herança de mutações em genes de susceptibilidade de alta penetrância que quando transmitidos aos descendentes aumentam o risco de desenvolvimento de tumores. Os andrógenos e estrógenos influenciam o desenvolvimento, maturação e manutenção da próstata, afetando a proliferação e a diferenciação. Isso tem despertado grande interesse no papel desses hormônios esteroides no desenvolvimento e manutenção tanto da próstata normal quanto maligna. Os Polimorfismos de Nucleotídeo Único (SNPs) são variantes de risco genéticos associados com uma série de doenças, incluindo o câncer. Considerando que a história familiar e que os componentes hormonais constituem fatores de risco para o desenvolvimento do CaP, acredita-se que a identificação de polimorfismos envolvidos nesses processos possa ter um papel relevante para auxiliar no desenvolvimento de ferramentas alternativas para a detecção precoce e para a definição do prognóstico desta neoplasia. OBJETIVOS: Analisar polimorfismos (SNPs) relacionados com histórico familiar e com fatores hormonais em amostras de sangue de pacientes com CaP e em homens saudáveis. Além disso, correlacionar os resultados da genotipagem com parâmetros clínico-patológicos. MÉTODOS: O estudo foi composto por 185 pacientes diagnosticados com CaP, sendo 97 casos esporádicos e 72 com histórico familiar (dois parentes de primeiro grau). O grupo controle foi composto por 70 amostras de sangue de indivíduos saudáveis, que comprovadamente não possuíam CaP e fazem acompanhamento com intuito preventivo. Foram selecionados 13 polimorfismos para análise: rs10486567, rs10993994, rs9364554, rs5945572, rs2735839, rs4430796, rs7501939, rs138213197, rs1271572, rs2987983, rs8072254, rs4919743 e rs3808330. A genotipagem foi realizada através da técnica de PCR em tempo real (qPCR) e correlacionada com o histórico familiar de CaP, PSA pré-operatório, graduação histológica de Gleason e estadiamento patológico. RESULTADOS: Analisamos a frequência dos polimorfismos selecionados e encontramos as seguintes correlações em nossos casos: os SNPs rs10486567 e rs9364554 aumentam a chance de desenvolvimento do CaP enquanto que o SNP rs8072254 diminui o risco. Com relação à hereditariedade, o SNP rs1271571 apresentou associação com o CaP esporádico. Na comparação com os fatores prognósticos encontramos que o SNP rs3808330 foi mais frequente em indivíduos que possuíam PSA < 10; o SNP rs7501939 foi mais frequente em indivíduos com menor escore de Gleason e ausência de recidiva e o SNP rs5945572 foi mais frequente em indivíduos com menor escore de Gleason na peça. CONCLUSÕES: De uma forma geral encontramos polimorfismos que parecem ter um papel relevante no desenvolvimento do CaP, na transmissão familiar e a fatores prognósticos. Estes importantes polimorfismos, ainda não haviam sido estudados na população brasileira e nosso trabalho identificou correlações ainda não demonstradas na literatura / BACKGROUND: Prostate Cancer (PCa) is the sixth most common cancer worldwide accounting for around 10% of all cancers. In Brazil, the PCa is the most common non-skin malignancy among men. Heredity is one of the main risk factors for PCa, which is characterized by mutations of heritage in highpenetrance susceptibility genes that when transmitted to offspring increase the risk of tumor development. Androgens and estrogens influence the development, maturation and maintenance of the prostate, affect proliferation and differentiation. This has aroused great interest in the role of these steroid hormones in the development and maintenance of both normal and malignant prostate. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) are variants of genetic risk associated with a number of diseases including cancer. Considering that the family history and hormonal components are risk factors for the development of PCa, we believe that the identification of polymorphisms involved in these processes may have an important role to assist in the development of alternative tools for early detection and to define the prognosis of this cancer. OBJECTIVES: To analyze polymorphisms (SNPs) associated with family history and hormonal factors in patient blood samples with PCa and in healthy men. In addition, to correlate the results of genotyping with clinical-pathological parameters. METHODS: The study consisted of 185 patients diagnosed with PCa, divided into 97 sporadic cases and 72 with a family history. The control group consisted of 70 blood samples from healthy individuals who had no proven PCa and do it for preventive purposes. We selected 13 polymorphisms for analysis: rs10486567, rs10993994, rs9364554, rs5945572, rs2735839, rs4430796, rs7501939, rs138213197, rs1271572, rs2987983, rs8072254, rs4919743 and rs3808330. Genotyping was performed by PCR in real time (qRT -PCR) and correlated with family history of PCa, preoperative PSA, Gleason histologic grading and pathological staging. RESULTS: We analyzed the frequency of the selected polymorphisms and found the following correlations in our cases: SNPs rs10486567 and rs9364554 increase the chance of developing PCa while the SNP rs8072254 decreases the risk. Regarding heredity, the SNP rs1271571 presented association with sporadic PCa. In comparison with the prognostic factors we found that the SNP rs3808330 was more frequent in patients who had PSA < 10; SNP rs7501939 was more frequent in patients with lower Gleason score and no recurrence and the SNP rs5945572 was more frequent in subjects with lower Gleason score on the surgical specimen. CONCLUSIONS: In general we found that polymorphisms that appear to have a relevant role in the development of PCa in family transmission and in prognostic factors. These important polymorphisms had not yet been studied in the Brazilian population and our work has identified correlations yet not demonstrated in the literature

A fissura labiopalatina é a anomalia craniofacial mais comum nos seres humanos e em relação à cavidade bucal a agenesia dentária se apresenta mais prevalente em indivíduos com fissuras labiopalatinas do que na população em geral. Esses fenótipos têm sido considerados decorrentes de alterações do desenvolvimento embrionário e ocorrem como resultado da interação de fatores genéticos e ambientais, caracterizando uma etiologia multifatorial. Tem sido apontado que a função anormal de alguns genes que possuem papel na formação craniofacial e dentária poderia estar relacionada à etiologia desses fenótipos. Dentre os genes candidatos para esses fenótipos têm se destacado o MSX1 entre outros. Dessa forma, o objetivo do trabalho foi avaliar a associação entre o polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) com os fenótipos fissura labiopalatina e agenesia dentária não sindrômicos isolados ou em associação. A amostra foi composta por 222 indivíduos divididos em 4 grupos: grupo 1, indivíduos com fissura e agenesia dentária; grupo 2, indivíduos com fissura sem agenesia dentária; grupo 3, indivíduos com agenesia dentária sem fissura e grupo 4, controle (sem agenesia e sem fissura). Foi realizada a extração do DNA genômico a partir da saliva coletada dos indivíduos. O polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) foi estudado por meio de Reação em cadeia da Polimerase em tempo real (PCR Real Time) utilizando o ensaio Taqman (Applied Biosystems). O teste do qui-quadrado (p<0,05) e o cálculo da razão de chances (IC=95%) foram utilizados na análise estatística. O polimorfismo no gene MSX1 esteve associado aos indivíduos dos grupos com agenesia associada à fissura e agenesias isoladas, porém não houve associação para os indivíduos do grupo com fissuras isoladas. Os resultados sugerem que o polimorfismo no gene MSX1 (rs12532) exerce um papel na suscetibilidade das agenesias dentárias na população brasileira em indivíduos com e sem fissura. / Cleft lip and palate is the most common craniofacial anomaly in humans and, in relation to oral cavity, tooth agenesis is significantly more prevalent in individuals with cleft lip and palate than in the general population. Cleft lip and palate and tooth agenesis phenotypes are considered changes in embryonic development and occur as a result of interaction between environmental and genetic factors, featuring a multifactorial etiology. It has been suggested that abnormal function of some genes that have role in craniofacial and tooth formation, could be related in the etiology of these phenotypes. Among the candidate genes for these phenotypes, MSX1 has been highlighted. The aim of this study was to investigate the association between the MSX1 gene polymorphism (rs12532) with nonsyndromic cleft lip and palate and tooth agenesis phenotypes isolated or in association. The sample was comprised of 222 individuals divided into 4 groups: group 1, cleft lip and palate with tooth agenesis; group 2, cleft lip and palate without tooth agenesis; group 3, tooth agenesis without cleft and group 4, a control group without tooth agenesis or cleft. Genomic DNA extraction was performed from the saliva collected from the individuals. The MSX1 gene polymorphism (rs 12532) was studied using real time PCR, Taqman method. The chi-square (p< 0.05) and odds ratio tests (CI= 95%) were performed for statistical analyses. The MSX1 polymorphism was associated with cleft lip and palate with tooth agenesis and isolated tooth agenesis groups, but no association was found between the polymorphism and isolated cleft lip and palate group. This suggests that MSX1 gene polymorphism (rs12532) plays a role in the susceptibility for tooth agenesis in the Brazilian population with and without cleft lip and palate.

Orientadores: Stanley Robson de Medeiros Oliveira, Samuel Rezende Paiva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agrícola / Made available in DSpace on 2018-08-26T01:06:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_FabioDanilo_M.pdf: 3608471 bytes, checksum: 4705c25d2fbd6794b8aa85559e3620a0 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: As raças de ovinos localmente adaptadas descendem de animais trazidos durante o período colonial, e durante anos foram submetidas a cruzamentos indiscriminados com raças exóticas. Estas raças de ovinos são consideradas importantes por possuírem características adaptativas às diversas condições ambientais brasileiras. Para evitar a perda deste importante material genético, a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) decidiu incluí-las no seu Programa de Pesquisa em Recursos Genéticos, armazenando-as em seus bancos de germoplasma, sendo que as que possuem maior destaque nacional são as raças Crioula, Morada Nova e Santa Inês. A seleção dos ovinos para compor estes bancos é realizada por meio da avaliação de características morfológicas e produtivas. Entretanto, essa avaliação está sujeita a falhas, pois alguns animais cruzados mantêm características semelhantes àquelas dos animais locais. Desta forma, identificar se os animais depositados nos bancos são ou não pertencentes a uma raça é uma tarefa que exige muita cautela. Em busca de soluções, nos últimos anos houve um aumento significativo no uso de tecnologias que utilizam marcadores moleculares SNP (do inglês Single Nucleotide Polimorphism). No entanto, o grande número de marcadores gerados, que pode chegar a centenas de milhares por animal, torna-se um problema crucial. Para abordar esse problema, o objetivo deste trabalho é desenvolver modelos baseados em técnicas de mineração de dados para selecionar os principais marcadores SNP para as raças Crioula, Morada Nova e Santa Inês. Os dados utilizados neste estudo foram obtidos do Consórcio Internacional de Ovinos e são compostos por 72 animais destas três raças e 49.034 marcadores SNP para cada ovino. O resultado obtido com a conclusão deste trabalho foi um conjunto de modelos preditivos baseados em técnicas de mineração de dados que selecionaram os principais marcadores SNP para identificação das raças estudadas. A partir da intersecção desses modelos identificou-se um subconjunto de 15 marcadores com maior potencial de identificação das raças. Os modelos poderão ser utilizados para certificação das raças de ovinos já depositados nos bancos de germoplasma e de novos animais a serem inclusos, além de subsidiar associações de criadores interessadas em certificar seus animais, bem como o MAPA (Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento) no controle de animais registrados. Os modelos gerados poderão ser estendidos para outras espécies animais de produção / Abstract: The locally adapted breeds of sheep are descended from animals brought in during the colonial period, and for years were subjected to indiscriminate crossbreeding with exotic breeds. These breeds of sheep are considered important by having adaptive characteristics to several Brazilian environmental conditions. To avoid the loss of this important genetic material, the Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa) decided to include them in its Programme of Research in Genetic Resources, storing them in their genebanks, while those with greater national prominence are Creole breeds, Morada Nova and Santa Ines. The selection of sheep to compose these banks is performed through the evaluation of morphological and productive characteristics. However, this assessment is subject to failures, because some crossbred maintains similar characteristics to those of the local animals. Thus, identifying if the animals deposited in banks belong or not to a breed is a challenging task. In search for solutions in recent years there has been a significant increase in the use of technologies that use molecular markers SNP (Single Nucleotide Polimorphism). However, the large number of markers generated, which can reach hundreds of thousands per animal, becomes a crucial issue. To address this problem, the aim of this study is to develop models based on data mining techniques to select the main SNP markers for Creole, Morada Nova and Santa Ines breeds. The data used in this study were obtained from the International Consortium of Sheep and consist of 72 animals e of these three breeds and 49,034 SNP markers for each sheep. The result obtained with this study was a set of predictive models based on data mining techniques to selected major SNP markers to identify the breeds studied. The intersection of the generated models identified a subset of 15 markers, with greater potential for identification of sheep breeds. The models may be used for certification of sheep breeds already deposited in genebanks and new animals to be included, apart from subsidizing breeders associations interested in certifying their animals, as well as MAPA (Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply) in control registered animals. The proposed models can be extended to other species of production animals / Mestrado / Planejamento e Desenvolvimento Rural Sustentável / Mestre em Engenharia Agrícola

Orientadores: José Paulo Cabral de Vasconcellos, Mônica Barbosa de Melo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T22:51:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_BibianaAmeliaCosimdos_M.pdf: 2658658 bytes, checksum: ff5d14370ccba56de1fdd33e8d363ac9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O glaucoma primário de ângulo aberto (GPAA) é uma doença neurodegenerativa. Suas características clínicas incluem lesão progressiva do disco óptico com perda de campo visual correspondente. Vários fatores de risco estão associados para sua instalação e desenvolvimento¸ o principal é o aumento da pressão intra-ocular (PIO). Apesar de ser uma doença de herança complexa, foi possível, através da biologia molecular, identificar quatro genes associados a esta forma de glaucoma por meio de estudos de ligação em famílias com esta afecção. O primeiro foi o gene MYOC, descrito em 1997, seguido pelos genes OPTN, WDR36 e NTF4, identificados em 2002, 2005 e 2009, respectivamente. Existem outros 14 loci já descritos em famílias com GPAA com padrão de herança autossômico dominante, cujos genes associados ao glaucoma não foram ainda identificados. Desta forma, através de marcadores do tipo microssatélites - escolhidos a partir do mapa genético humano Généthon serão avaliados os loci candidatos (GLC1A e GLC1J - GLC1N) associados ao glaucoma primário de ângulo aberto em duas famílias informativas portadoras de GPAA. Simultaneamente, será realizada a análise de ligação nestas mesmas famílias por meio de lâminas ou microarrrays de single nucleotide polymorphisms (SNPs) utilizando-se o GeneChip® Mapping 10K 2.0. Na primeira abordagem por meio de microssatélites foram avaliados 33 indivíduos da família 1 e 18 indivíduos da família 2 enquanto que na análise por meio das lâminas de SNPs foram investigados 19 membros da família 1 e 11 membros da família 2. Não houve ligação dos loci investigados: GLC1A, GLC1J - GLC1N em ambas as famílias com o GPAA. Entretanto, na análise de ligação por meio de lâminas de SNPs sugeriu possíveis regiões candidatas associadas ao GPAA (lod score maior do que 2) nos cromossomos 5q31.2 - 31.3 e 2p22.3 - 23.1 / Abstract: Primary open-angle glaucoma is a neurodegenerative disease. Clinical features include progressive damage of the optic disc with corresponding visual field loss. Several risk factors are associated with installation and development, the main is a increased of intraocular pressure (IOP). Although a disease of complex inheritance, it was possible, through molecular biology, identify four genes associated with this form of glaucoma through linkage studies in families with this disease. The first was the MYOC gene, described in 1997, followed by the OPTN genes, WDR36 and NTF4, identified in 2002, 2005 and 2009, respectively. There are 14 other loci already described in POAG families with autosomal dominant, whose genes associated with glaucoma have not yet been identified. Thus, through microsatellite markers - chosen from the human genetic map Généthon will evaluate candidate loci (GLC1A and GLC1J - GLC1N) associated with primary open-angle glaucoma in two informative families carriers from POAG. Simultaneously, will be performed a linkage analysis in these same families through "microarrrays" of "single nucleotide polymorphisms" (SNPs) using the GeneChip Mapping 10K 2.0 ®. In the first approach through microsatellites were evaluated 33 individuals of Family 1 and 18 individuals of Family 2 while the analysis through SNPs were investigated in 19 member of family 1 and 11 members of family 2. There was no linkage of investigated loci: GLC1A, GLC1J - GLC1N in both families with POAG. However, in linkage analysis through SNPs suggested possible candidate regions associated with POAG (lod score greater than two) in the chromosome 5q31.2 - 2p22.3 and 31.3 - 23.1 / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestra em Clínica Médica

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T06:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marconi_ThiagoGibbin_D.pdf: 16468359 bytes, checksum: 01e191ac164eff1d269733328f5be31e (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A utilização dos marcadores moleculares em estudos de mapeamento genético e de QTLs (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da genética e da estrutura genômica da cana-de-açúcar. O projeto de sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tags) do programa Genoma da FAPESP (SUCEST) identificou aproximadamente 43 mil clusters que representam os genes de cana-de-açúcar. Sabe-se que os ESTs apresentam grande potencial para serem utilizados no desenvolvimento de marcadores genético-moleculares. Tendo em vista os avanços possíveis no melhoramento genético da cana-de-açúcar com a construção de um mapa genético funcional a partir de ESTs de interesse, este trabalho teve como objetivos o mapeamento genético em uma população F1 de cana-de-açúcar utilizando marcadores moleculares do tipo EST-SSRs (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) e SNP (Single Nucleotide Polymorphism), desenvolvidos a partir de seqüências ESTs homólogas a genes de interesse. Os SNPs desenvolvidos e mapeados demonstraram novos tipos de segregações possíveis de serem incorporadas ao mapeamento genético em cana-de-açúcar, representando avanços para a análise genética de poliplóides e possibilitando a saturação do mapa genético com marcadores completamente informativos. Os marcadores moleculares EST-SSRs e SNPs desenvolvidos e integrados ao mapa genético da cana-de-açúcar aumentaram sua resolução e também as possibilidades de mapeamento dos QTLs com maior precisão / Abstract: The use of molecular markers in genetic mapping studies and QTL (Quantitative Trait Loci) has provided an important advance in knowledge of genetics and genomic structure of sugarcane. The sequencing project of ESTs (Expressed Sequence Tags) form FAPESP's Genome Program (SUCEST) identified approximately 43 000 clusters representing the sugarcane genes. It is known that the ESTs have great potential for use in the development of genetic molecular markers. Given the possible advances in genetic breeding of sugarcane with the construction of a functional genetic map from ESTs of interest, the aim of this study was the construction of a genetic map in a F1 population of sugarcane using molecular markers EST-SSR (Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats) and SNP (Single Nucleotide Polymorphism) derived from ESTs sequences homologous to genes of interest. The developed and mapped SNPs demonstrated new types of segregation ratio that could be incorporated in the genetic mapping of sugarcane, representing advances for the genetic analysis of polyploid and allowing the saturation of the genetic map with fully informative markers. The EST-SSR markers and SNPs developed and integrated into the genetic map of sugarcane increased the resolution, coverage of the genome and also the possibilities of mapping QTLs with greater precision / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Marcelo Mollinari / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-27T05:08:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_EstelaAraujo_D.pdf: 11739408 bytes, checksum: 278f864d2e779d0170b184a660242954 (MD5) Previous issue date: 2015 / Resumo: A grande importância da cana-de-açúcar e seus derivados tem resultado em grande investimento financeiro e científico. Esse fato se deve, principalmente, à complexidade do genoma da cana e às dificuldades encontradas na obtenção de novas cultivares mais produtivas, através dos métodos tradicionais de seleção. A construção de mapas genéticos de ligação permite associar locos mapeados com características de interesse econômico, podendo acelerar o processo de melhoramento da espécie. Logo, a utilização dos marcadores em estudos de mapeamento genético e de QTL¿s (Quantitative Trait Loci) tem proporcionado um importante progresso no conhecimento da estrutura genética e genômica da cana-de-açúcar. Utilizando uma população segregante derivada do cruzamento entre as variedades comerciais IACSP95-3018 e IACSP93-3046, contendo 187 indivíduos F1, esta tese teve como objetivo realizar o mapeamento genético funcional e o mapeamento de QTLs de características de importância econômica. Para tanto, as características avaliadas foram diâmetro, peso, altura, porcentagem de fibra, conteúdo de sacarose (Pol) e conteúdo de sólido solúvel (Brix), em dois locais, por três anos (2012, 2013 e 2014) que se juntaram a dois outros anos, previamente coletados. O mapa se originou de 421 marcas (SSRs, AFLP e SNPs em dose única) ligadas, e resultou em 118 grupos de ligação e 16 grupos de homologia, com cobertura de 4512,6 cM. Utilizando mapeamento por intervalo composto (CIM), os QTLs foram mapeados, gerando um total de 25 QTLs, sendo seis QTLs para diâmetro, cinco para peso, quatro para altura, cinco para fibra, dois para Pol e três para Brix. A proporção da variação fenotípica explicada por QTL variou de 0,069% a 3,87%. Em paralelo, realizou-se o desenvolvimento de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) em genes envolvidos em duas vias metabólicas de extrema importância para a cana-de-açúcar, a via de Fotossintética C4 e a via de Metabolismo de Sacarose. No total, 130 locos SNPs foram desenvolvidos, analisados e caracterizados pelo programa SuperMASSA. Estimando a ploidia e a dosagem alélica de cada loco SNP, um alto número de locos SNPs com ploidias elevadas foi detectada, resultando na identificação de aproximadamente 80% dos locos estudados com evidências de, ao menos, duplicação no genoma de parentes próximos a cana-de-açúcar (sorgo, milho ou arroz). Os resultados desta tese podem auxiliar programas de melhoramento da espécie pela identificação de marcadores SNPs em genes relacionados a características de interesse econômico e o mapeamento de QTLs para também características de mesmo interesse / Abstract: The importance of sugarcane crop has resulting in a high financial and cientific support. Because, mainly, the genetic complexity of sugarcane genome and the difficult to create new varieties, using traditional breeding methods.The genetic linkage map allow find molecular markers associated with important economic traits, helping to accelerate the breeding process. In this way, molecular markers associated with genetic mapping and QTLs (Quantitative Trait Loci) mapping are important tools to improve the knowledge about the genetic and genomic organization of sugarcane genome. The segregating population of sugarcane consisted of 187 F1 individuals derived from a cross between IACSP95-3018 and IACSP93-3046, this thesis aimed perform a functional genetic mapping and QTLs mapping of economic importance. Thus, yield components evaluated were stalk diameter (SD), stalk weight (SW), stalk height (SH), stalk number (SN), fiber percentage (Fiber), sucrose content (Pol), and soluble solid content (Brix) in two places for three harvest years (2012, 2013 and 2014), adding with two previously collected. The genetic linkage map had a total of 421 markers (SSRs, AFLP and SNPs in single dose) linked, resulting in 118 linkage groups and 16 putative homology groups, with a total length of 4512,6 cM. Using Composite Interval Mapping (CIM), a total of 25 QTL were detected for SD (six QTLs), SW (five QTLs), SH (four QTLs), Fiber (five QTLs), Pol (two QTLs) and Brix (three QTLs). The proportion of phenotypic variation explained by each QTL ranged from 0.069% to 3.87%. Adding this thesis, the development of SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) markers was performed, using genes involved in two important metabolic pathways for sugarcane, the C4 Photosynthesis and the Sucrose Metabolism, in total 130 locus SNPs were developed, analyzed and characterized using SuperMASSA software. Ploidy level and allelic dosage were estimated in each SNP loco and a high number of high ploidy level was detected, this result induced to search for evidence for gene duplication on the sugarcane genome, resulting in 80% of studied loci showing duplication regions in at least one relative genome from sugarcane (sorghum, maize or rice). Our results can help sugarcane breeding programs, by SNPs markers identification in genes of economic interesting traits and the QTL mapping for also interesting economic traits / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutora em Genética e Biologia Molecular

O Líquen Plano Oral (LPO) é uma doença inflamatória crônica que pode apresentar quadros sintomáticos por longos períodos, afetando a qualidade de vida dos portadores desta doença. Sua etiologia ainda é desconhecida, desse modo os tratamentos disponíveis atualmente se restringem ao controle dos períodos sintomáticos. Acredita-se que a patogênese do LPO possa estar relacionada com alterações imunológicas e genéticas que levam a uma aberrante ativação das vias de sinalização dos receptores Toll-like (TLR). O objetivo deste estudo foi verificar a expressão do TLR2 e duas variantes genéticas deste receptor (rs1898830 e rs4696480) em estudo caso-controle envolvendo 91 amostras de pacientes com LPO e 83 amostras de indivíduos controles, pareados por sexo e idade. Não foram observadas diferenças na expressão do TLR2 entre grupo caso e controle, e nenhuma das variantes avaliadas foi relacionada com relação de risco para o desenvolvimento de LPO. Poucos estudos avaliaram os TLR no LPO, e os dados da literatura sugerem que a cronicidade da lesão e alterações na tolerância oral poderiam estar associadas a resposta imunológica via TLR2, que apresenta sua expressão inalterada no LPO, de forma que estudos mais aprofundados são necessários para se confirmar a real participação deste grupo de receptores no LPO. / Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disease, which can be symptomatic for long periods, affecting the patient quality of life. LPO etiology still unknown, thus the treatments currently available are limited to symptomatic period. Probably the pathogenesis of OLP is related to immunological and genetic changes that provide aberrant Toll-like receptors (TLR) signaling. The aim of this study was to investigate the expression of TLR2 and two genetic variants of this receptor (rs1898830 and rs4696480) in a case-control study involving 91 samples from OLP patients and 83 samples from control subjects, matched for age and sex. No differenc es were observed in TLR2 expression between case and control groups, and neither of the variants was associated with an increased risk ratio for LPO development. Few studies have been conducted on TLR and OLP, and the literature suggests that the chronicity of the lesion in addition to the changes in oral tolerance may be associated with immune response through TLR2 stimulation, which shows unchanged expression in LPO. Further studies are required to confirm the actual participation of this group of receptors in OLP.

A População brasileira apresenta elevada diversidade genética devido à multietnicidade, que têm implicações clínicas/genéticas importantes. O estudo de genes polimórficos pode auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada, resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico e prognóstico. A ciclooxigenase-2 (COX-2) é induzida em resposta ao fator de crescimento e citocinas, sendo expressa nas doenças inflamatórias, lesões pré-malignas e tumores colorretais. Este trabalho teve como objetivos avaliar a influência dos polimorfismos 1195A > G e 8473T > C do gene COX-2 como fatores de risco para o desenvolvimento de câncer colorretal e investigar o impacto dos polimorfismos na progressão e sobrevida de pacientes submetidos ao tratamento cirúrgico por câncer colorretal. Avaliaram-se SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) em 230 pacientes submetidos à ressecção cirúrgica no Hospital das Clínicas (SP), seguidos por 5 anos e 196 controles, operados por doença benigna na mesma instituição, pareados quanto ao sexo e idade, sem histórico individual ou familial de câncer. Isolou-se o DNA dos leucócitos utilizando-se do kit de extração e purificação PureLink DNA Minikit, seguido de amplificação pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genoótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP Genotyping Assay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. Determinaram-se as frequências genotípicas, alélicas e estimaram-se as frequências de haplótipos dos polimorfismos do COX-2 -1195A > G e 8473T > C. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg, a exceção do grupo controle para o polimorfismo 8473T > C (p=0,02). As frequências foram similares nos grupos caso e controle para genótipos e haplótipos, portanto, não há associação entre esses polimorfismos e risco de CCR. Em relação às variáveis epidemiológicas e anatomopatológicas do grupo caso, demonstraram-se associação das mesmas com alguns perfis genotípicos. Encontrou-se frequência elevada do genótipo polimórfico -1195GG na população oriental, grupo constituído em sua maioria por japoneses, e dos genótipos 8473TC e CC em afrodescendentes (p < 0,05). Neste grupo, o genótipo -1195GG é ausente. Foi encontrada. Encontrou-se associação entre invasão angiolinfática e genótipo polimórfico 8473 CC (p < 0,05). Na análise de sobrevida, houve associação, no modelo codominante e dominante, do genótipo COX-2 -1195GG com menor sobrevida global (AAxGG: RR = 2,78; IC95% = 1,13-6,84; p < 0,020 e AA/AG x GG: RR = 2,59; IC95% = 1,07-6,27; p < 0,04), utilizando o modelo de regressão múltipla, ajustado para as variáveis de confusão. Assim, pode-se concluir que as variantes -1195A > G e 8473T > C não participam da suscetibilidade genética ao CCR na população brasileira. O polimorfismo -1195A > G, associado à menor sobrevida, pode atuar como marcador prognóstico nestes pacientes / Brazilian population displays very high levels of genomic diversity due to the multi-ethnicity, which have important clinical/genomic implications. Polymorphic genes\' study may aid in the detection of people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated outcome, distinctive response to chemotherapy or radiotherapy and prognosis. Cyclooxygenase-2 (COX-2) is induced in response to growth factor and cytokines, and it is expressed in inflammatory diseases, precancerous lesions and colorectal tumors. This study aimed to evaluate the influence of COX-2 -1195A> G and 8473T> C gene polymorphisms as a risk factor for developing colorectal cancer and to investigate the impact of polymorphisms on progression and survival in patients who have undergone surgical treatment for colorectal cancer. We evaluated SNPs (Single nucleotide Polymorphism) of 230 colorectal cancer resected patients admitted at the Hospital das Clinicas (SP), followed by 5 years, and 196 controls, operated for benign disease at the same institution, matched for age and sex, and no individual or familial history of cancer. DNA was isolated from leukocyte using PureLink (TM) Genomic DNA Mini Kit, followed by amplification by polymerase chain reaction (PCR). Real-time analysis was used for genotyping of polymorphisms, through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay. The results of the polymorphisms were associated to epidemiological, clinicopathological and immunohistochemical features of the patients. Were determined genotype and allelic frequencies, and were estimated the haplotype frequencies of COX-2 -1195A > G and 8473T > C polymorphisms. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium, except for the control group to the 8473T > C polymorphism (p = 0,02). The frequencies were similar in case and control groups for genotypes and haplotypes, therefore, there is no association between these polymorphisms and risk of CCR. Regarding the epidemiological and pathological variables in the case group, we demonstrate their association with some genotypic profiles. A high frequency of the polymorphic genotype -1195GG was found in an Asiatic population, group composed in its majority by Japaneses, and 8473TC and CC genotypes in African descent (p < 0,05). In this group, the 1195GG genotype is absent. Association was found between angiolymphatic invasion and polymorphic genotype 8473 CC (p < 0,05). In survival analysis, there was an association, in co-dominant and dominant model, of the COX-2 genotype -1195GG with decreased overall survival (AAxGG: RR = 2,78, 95% CI 1,13-6,84; p < 0,020 and AA / AG x GG: RR = 2,59, 95% CI 1,07-6,27; p < 0,04), using the multiple regression model, adjusted for confounding variables. Therefore, -1195A variants > G and 8473T > C does not appear participate in genetic susceptibility to CCR in the Brazilian population, but the polymorphism -1195A > G, associated with decreased survival, may act as a prognostic marker in these patients