A incompetência istmo cervical é uma importante causa de prematuridade. Atualmente, o componente genético está relacionado ao parto prematuro, dentre os quais os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) de alguns genes candidatos estão associados. Os SNPs nos genes do colágeno, da matrix extracelular e das de interleucinas têm relação direta com o comprimento do colo uterino podendo relacionar-se com o encurtamento do colo uterino, como também ocorre na incompetência cervical. Este estudo tem o objetivo de associar a frequência dos SNPs dos genes do COL1 A1, COL 4A3, TGF-B e TIMP2 à história de incompetência cervical. Foi realizado estudo de caso controle com grupo de pacientes, que realizaram cerclagem do colo uterino na última gestação e o grupo de pacientes com antecedente de gestação a termo (controle). Em sangue periférico, foi extraído DNA, realizadas reações de PCR com primers específicos para os SNPs de interesse em 62 amostras preparadas para sequenciamento de última geração pelo Ion Torrent. Houve leitura satisfatória em 57 amostras, sendo 28 casos e 29 controles. A frequência do SNPS do COL1A1 no grupo caso foi de 70,4% versus 33,3% no grupo controle (p=0,03). Os SNPs do COL4A3 e do TIMP2 apresentaram associação com o antecedente de abortos totais (p=0,02 e p=0,023) e abortos tardios (p=0,001 e p=0,034); para os demais SNPs não houve diferença em frequência entre os grupos caso e controle. Foram identificados SNPs exônicos ainda não descritos na literatura. O presente estudo observou uma maior taxa de homozigoze T/T para o SNP COL1A1 no grupo caso, que é um gene associado ao metabolismo do colágeno, além de identificar SNPs ainda não descritos na literatura, que poderão ser objeto de estudo no futuro para conhecimento da sua repercussão na composição do colágeno / Cervical incompetence is one of the most important causes of prematurity. It has already been suggested that genetic factors plays a significant hole in determining the risk of preterm birth and the single nucleotide polimofisms (SNPS) from candidate genes are associated. Polymorfisms in several genes such as the collagen, the extracelular matrix and the interleucins, are related to abnormal cervical length, as it occurs in cervical incompetence. The aim of this study, was to associate the frequency of the SNPs in the COL1A1, COL4A3, TGF-B and TIMP2 genes to the cervical incompetence. We conduced a case control study with patients submitted to cervical cerclage and a control group with women who delivery at term. DNA was isolated from blood samples and amplifications of the genomic DNA were performed by PCR protocol with specific primers for the SNPs. DNA sequencing of 62 samples, was obtained from next generation sequencing on the Ion Torrent. A total of 57 samples, including 28 cases and 29 controls had results available. The frequency of the SNP in COL1A1 in the case group was 70,4% versus 33% in the control group (p=0,03). The SNPS in COL4A3 and TIMP2 were significant related to the history of miscarriages (p=0,2 and p=0,023) and fetal losses (p=0,001 and p=0,034) No significant differences were observed in the frequencies for the others SNPs in the two groups. In the present study, non described exonic SNPs were discovered. Higher frequencies of the homozygous T/T genotype in COL1A1 were observed in the case group involving the collagen metabolism and the non described exonic SNPs might be associated to collagen abnormalities in future studies

A síndrome dos ovários policísticos (SOP) é um distúrbio endócrino complexo e heterogêneo, caracterizado por hiperandrogenismo e anovulação crônica. Dentre as manifestações clínicas do hiperandrogenismo, o hirsutismo é o mais frequente e pode estar presente em cerca de 70% das pacientes com SOP. Sabe-se que o crescimento e diferenciação do pelo são regulados por fatores locais, endócrinos, parácrinos e genéticos. No entanto, a fisiopatologia do hirsutismo ainda é pouco conhecida. O gene BMP4 (que codifica a Proteína Morfogenética Óssea-4) relaciona-se ao controle do crescimento e diferenciação do pelo, porém não há estudos sobre seu papel no hirsutismo em mulheres com síndrome dos ovários policísticos. Foram estudadas 245 mulheres, 142 SOP e 103 controles em que analisaram-se os polimorfismos rs4898820 e 538 T/C, para verificar frequências genotípicas e alélicas. Nas pacientes com SOP foi investigada a existência de associação entre esses polimorfismos e hirsutismo e parâmetros laboratoriais e clínicos. Não houve diferença significante na frequência dos polimorfismos entre os grupos. Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo. Quando analisados os exames laboratoriais das mulheres com SOP, houve associação do genótipo mutado do polimorfismo 538 T/C (CC) com níveis mais altos de SHBG, menores de glicemia e maior sensibilidade à insulina. Houve também associação entre os alelos mutados (CC ou TC), com menores níveis de testosterona livre. Encontrou-se diferença significante para o FSH nas portadoras do genótipo mutado para o polimorfismo rs4898820 (TT). Não houve associação dos polimorfismos com hirsutismo / Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a complex and heterogeneous endocrine disorder characterized by chronic anovulation and hiperandrogesnism. Among the clinical manifestations of hyperandrogenism, hirsutism is the most frequent and may be present in approximately 70% of patients with PCOS. It is known that the hair growth and differentiation are coordinated by local, endocrine, paracrine and genetic factors. However, the pathophysiology of hirsutism is poorly understood. BMP-4 (Bone Morphogenetic Protein-4) is a gene involved in the hair growth and differentiation, but there are no studies about its action in hirsutism in women with polycystic ovary syndrome. A total of 245 women, 142 with PCOS diagnostic and 103 control women were studied to investigate the the allelic frequency of the single nucleotide polymorfisms rs4898820 and 538 T/C in PCOS in comparison with the control group. In PCOS group, we sought to investigate a possible association between the genetic variations and the hirsutism. There were no differences for the polymorphisms between groups. There was no association between the genotypes and the presence of hirsutism in PCOS women. When the polymorphisms were analyzed in the PCOS group, those who had homozygous genotype for 538 T/C (CC) had lower levels of SHBG, lower levels of glucose and better insulin sensitivity. Mutated allele (CC or TC), were associated with lower levels of free testosterone. Those who had the mutated genotype for the polymorphism rs4898820 (TT) had higher levels of FSH

Introdução: A progressão da hepatite C crônica para fibrose hepática envolve diversos fatores, entre os fatores metabólicos destaca-se a esteatose hepática. A esteatose hepática na infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é complexa e envolve fatores virais e do hospedeiro. Alguns polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) parecem influenciar as concentrações dos lipídeos plasmáticos e o desenvolvimento da esteatose hepática em pacientes com HCV. Objetivo: Detectar e avaliar a influência dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene da proteína de transferência de triglicerídeo microssomal (MTTP) na esteatose hepática e nos níveis de lipídeos plasmáticos em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Os SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram genotipados em 236 pacientes com hepatite C crônica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. A genotipagem foi realizada pela técnica de reação em cadeia da polimerase seguida de análise de polimorfismo de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP), na qual após a amplificação de um fragmento específico do DNA foi realizada a digestão por enzimas de restrição e as bandas referentes a cada genótipo foram visualizadas em gel de agarose. Foi avaliada a associação de características com os genótipos de cada SNP em diferentes modelos genéticos (codominante, dominante e recessivo). Foram realizadas análises estatísticas bivariadas e multivariadas com o auxílio do programa IBM-SPSS. Resultados: No presente estudo, 56,4% dos participantes eram mulheres e a média de idade foi 55,5 anos (29-83 anos). O genótipo mais prevalente do SNP -164T/C foi o homozigoto selvagem (TT) e dos SNPs -400A/T e H297Q foram os heterozigotos (AT e HQ, respectivamente). As frequências dos alelos mutados dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q foram de 0,30, 0,41 e 0,50, respectivamente. As distribuições genotípicas dos três SNPs no gene MTTP estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. O alelo mutado do SNP -164T/C foi associado com idade avançada, presença de hipertensão arterial, níveis elevados de ferro, ferritina e insulina (p < 0,05). Sendo que o nível elevado de insulina foi associado com o SNP -164T/C nos três modelos genéticos estudados. O alelo mutado do SNP -400A/T foi associado com diabetes (p=0,005) e o alelo selvagem com siderose (p=0,030) nos modelos genéticos co-dominante e dominante. O alelo mutado do SNP H297Q foi associado com o genótipo 3 do HCV (modelo co-dominante), presença de hipertensão arterial (modelos co-dominante e dominante) e nível elevado de insulina (modelo dominante) (p < 0,05). Nenhum dos SNPs foi associado com alterações nos níveis de lipídeos e com os diferentes graus de esteatose hepática. A presença do alelo mutado do SNP -164T/C em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, foi associada na análise multivariada com a esteatose (p=0,004). Ainda em relação ao SNP-164T/C, o nível elevado de GGT em conjunto com a presença do alelo mutado foi associado com a esteatose (p=0,006). A presença do alelo mutado do SNP -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, também foi associada com a esteatose (p=0,032). A análise do SNP H297Q em conjunto com as características avaliadas não apresentou associação com a esteatose (p > 0,05). Conclusões: Foi detectada a presença de todos os genótipos dos SNPs -164T/C, -400A/T e H297Q no gene MTTP e não foram associados com alterações nos níveis de lipídeos. A esteatose hepática em pacientes com hepatite C crônica foi associada com os SNPs -164T/C e -400A/T em conjunto com a infecção pelo genótipo 3 do HCV, e com o SNP -164T/C em conjunto com elevação no nível de GGT. Portanto, em pacientes com hepatite C crônica, as características do hospedeiro e do vírus podem ser investigadas em conjunto / Introduction: The chronic hepatitis C progression to liver fibrosis involves several factors; among the metabolic factors, hepatic steatosis is observed. Hepatic steatosis in hepatitis C virus (HCV) infection is complex, involves both viral and host factors. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) seem to influence the plasma lipid concentrations and the development of hepatic steatosis in HCV patients. Objective: Detect and evaluate the influence of the -164T/C, -400A/T, and H297Q SNPs in the microsomal triglyceride transfer protein (MTTP) gene on hepatic steatosis and plasma lipid levels in patients with chronic hepatitis C. Methods: The -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were genotyped in 236 patients with chronic hepatitis C of the Clinical Hospital of the School of Medicine, University of Sao Paulo. Genotyping was performed by the polymerase chain reaction assay followed by restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis, in which after the amplification of a specific DNA fragment, digestion was performed by restriction enzymes and each genotype bands were visualized on agarose gel. Several characteristics were evaluated with the genotypes of each SNP in different genetic models (codominant, dominant and recessive). Bivariate and multivariate statistical analyzes were performed using the software IBM-SPSS. Results: In the present study, 56.4% of the participants were women and the mean age was 55.5 years (29-83 years). The most prevalent genotype of the -164T/C SNP was the wild-type homozygous (TT) and the -400A/T and H297Q SNPs were the heterozygous (AT and HQ, respectively). The frequencies of mutated alleles in the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs were 0.30, 0.41 and 0.50, respectively. The genotype distributions of three SNPs in the MTTP gene were in Hardy-Weinberg equilibrium. The mutated allele of the -164T/C SNP was associated with advanced age, presence of arterial hypertension, elevated levels of iron, ferritin and insulin (p < 0.05). The elevated insulin level was associated with the SNP -164T/C in the three genetic models studied. The mutated allele of the -400A/T SNP was associated with diabetes (p=0.005) and the wild-type allele with siderosis (p=0.030) in co-dominant and dominant genetic models. The mutated allele of H297Q SNP was associated with HCV genotype 3 (co-dominant model), presence of arterial hypertension (codominant and dominant models) and elevated insulin level (dominant model) (p < 0.05). None of the SNPs were associated with alterations in lipid levels and with hepatic steatosis distinct degrees. The presence of mutated allele of the -164T/C SNP combined with HCV genotype 3 infection was associated in the multivariate analysis with steatosis (p=0.004). Also with regard to -164T/C SNP, elevated levels of GGT combined with the presence of the mutated allele were associated with steatosis (p=0.006). The presence of the mutated allele of the -400A/T SNP combined with HCV genotype 3 infection was also associated with steatosis (p=0.032). The analysis of the H297Q SNP combined with the characteristics evaluated was not associated with steatosis (p > 0.05). Conclusions: The presence of all genotypes of the -164T/C, -400A/T and H297Q SNPs in the MTTP gene was detected and was not associated with alterations in lipid levels. Hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C was associated with the -164T/C and -400A/T SNPs combined with HCV genotype 3 infection, and with the -164T/C SNP combined with elevated GGT level. Therefore, in patients with chronic hepatitis C, host and virus characteristics can be investigated in combination

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:55:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JODIE DO AMARAL SODARIO.pdf: 8284737 bytes, checksum: 0998005f311495779270bf94c7d0d236 (MD5) Previous issue date: 2016-03-15 / Oral cavity cancers are considered a public health problem throughout the world and represent the sixth most common cancer. The main risk factors include tobacco, alcohol, micronutrient deficiency and the human papillomavirus (HPV). The metabolism of alcohol depends on the alcohol dehydrogenase (ADH), a family of enzymes with high frequency of genetic polymorphisms that give different individuals a wide range of susceptibility to metabolites. Thus, different genetic polymorphisms in ADH can interfere with the individual risk of cancer associated with alcohol consumption. The aim of this case-control study was to evaluate the frequency of SNP (SNP: single nucleotide polymorphism) in ADH1B gene in 61 patients with cancer of the oral cavity and in 66 healthy controls. The molecular study employed methods including polymerase chain reaction (PCR) associated to restriction fragment analysis (RFLP). The frequencies obtained for the genetic polymorphisms were calculated and compared in both groups, as well as the possible association between these polymorphisms and the characteristics of tumors. The results showed a higher prevalence of these tumors in the male population (74.3%), at ages above 45 years (88.5%), smokers (85.2%) and alcoholic (82.0%). Among the prognostic factors evaluated, the advanced stage (III and IV) was observed in 73.8% of cases and the involvement of regional lymph nodes in 39.3% of cases. Allele frequencies for ADH polymorphism R48H on group of cases were L = 82.8 and A = 17.2%, while in the control group were 79.4% and G = A = 20.6%. The genotypic frequencies obtained for the case group were AA = 16.0%; GA = 2.0% and GG = 81.0%, while for the control group, genotype frequencies were AA = 15.0%; GA = 12.0% and GG = 74.0%. The overall survival evaluated for the group was 49.9%. Significant differences in allele and genotype frequencies were observed between the groups or between the prognostic aspects evaluated. Epidemiological data from the oral cavity cancer have shown worrying trends, stressing the importance of promoting more studies related to this particular type of cancer. / Os cânceres de cavidade oral são considerados um problema de saúde pública em todo o mundo e representam a sexta neoplasia mais comum. Os principais fatores de risco incluem o tabaco, álcool, deficiência de micronutrientes e o Papilomavírus humano (HPV). O metabolismo do álcool depende da álcooldesidrogenase (ADH), uma família de enzimas com alta frequência de polimorfismos genéticos, que conferem aos diferentes indivíduos uma grande variação de suscetibilidade aos seus metabólitos. Assim, diferentes polimorfismos genéticos na ADH podem interferir no risco individual ao câncer associado ao etilismo. O objetivo deste estudo caso-controle foi avaliar a frequência de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP: single nucleotide polymorphism) no gene ADH1B em 61 pacientes com câncer de cavidade oral e em 66 controles saudáveis. O estudo empregou métodos moleculares incluindo a reação em cadeia da polimerase (PCR) associada à análise de fragmentos de restrição (RFLP). As frequências obtidas para os polimorfismos genéticos foram calculadas e comparadas nos dois grupos, bem como as possíveis associações entre esses polimorfismos e as características dos tumores. Os resultados mostraram uma maior prevalência desses tumores na população masculina (85,2%), em idades acima de 45 anos (88,5%), tabagistas (85,2%) e etilistas (82,0%). Dentre os fatores prognósticos avaliados, o estádio avançado (III e IV) foi observado em 73,8% dos casos e o comprometimento de linfonodos regionais em 39,3% dos casos. As frequências alélicas para o polimorfismo ADH R48Hno grupo de casos foram G=82,8 e A=17,2%, enquanto no grupo controle foram G=79,4% e A=20,6%. As frequências genotípicas obtidas para o grupo de casos foram AA=16,0%; GA=2,0% e GG=81,0%, enquanto que para o grupo controle, as frequências genotípicas foram AA=15,0%; GA=12,0% e GG=74,0%. A sobrevida global avaliada para o grupo foi de 49,9%. Diferenças significativas nas frequências alélicas e genotípicas não foram observadas entre os grupos e nem entre os aspectos prognósticos avaliados. Dados epidemiológicos do câncer de cavidade oral têm mostrado tendências preocupantes, alertando para a importância de se promover maiores estudos relacionados a este tipo particular de câncer.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-10-07T13:26:52Z No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-07T13:26:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 SIMONE SOUZA FAGUNDES.pdf: 1864838 bytes, checksum: 28db816101558781ede4b2fb42be7695 (MD5) Previous issue date: 2016-06-27 / Breast cancer is the most frequent in the world and Brazilian women, except for cases of skin cancer nonmelanoma. It is a complex disease that has no single cause, results from the interaction of multiple risk factors (environmental, hormonal, lifestyle) with an individual genome (Pruthi et al., 2007). Polymorphism of codon 72 of TP53 gene is well studied because of the impact on the coding sequence of the gene is also associated with increased risk for the development of some cancers. The TP53 polymorphism in exon 4 of the 72 codon results in the substitution of arginine (Arg) or proline (Pro), which may encode an arginine (p53Arg) or a proline (p53Pro). This is a job that made the update meta-analysis on the association between the R72P polymorphism of the TP53 gene in patients with breast cancer considering a broad sample obtained from studies with conflicting data, making a statistical method that combines results of relevant studies to answer a question, search available evidence and points out the areas where there is need for more research. After search of the articles surveyed in multiple databases were selected for performing the metaanalysis a total of 47 articles totaling 27,068 cases and 28,065 controls. The organization of the articles was according to the year of publication, covering studies from 2002 to 2015. The results found worldwide about codon 72 polymorphism in p53 are quite conflicting, suggesting that it is due to ethnic and geographic factors that impact each continent evident. Although several studies show the wide variety can occur between genotypes and codon 72 alleles, identifying significant results for Arg / Arg genotype and allele arginine suggesting that this meta-analysis corroborates for therapies, diagnostics and more studies in this area. / O câncer de mama é o mais incidente na população feminina mundial e brasileira, excetuando-se os casos de câncer de pele não melanoma. É uma doença complexa que não tem causa única, resulta da interação de múltiplos fatores de risco (ambientais, hormonais, estilo de vida) com um genoma individual (Pruthi et al., 2007). O polimorfismo do códon 72 do gene TP53 é bastante estudado devido ao impacto na sequência codificadora do gene, além de estar associado ao maior risco para o desenvolvimento de alguns tipos de câncer. O polimorfismo do gene TP53 no éxon 4 do códon 72, resulta na substituição de Arginina (Arg) ou Prolina (Pro), que pode codificar um aminoácido arginina (p53Arg) ou uma prolina (p53Pro). Este é um trabalho que fez a atualização de metanálise sobre associação entre o polimorfismo R72P do gene TP53 em pacientes com câncer de mama considerando uma ampla amostragem obtidos de estudos com dados conflitantes, fazendo uma abordagem estatística que combina resultados de estudos relevantes para responder a uma questão, busca evidências disponíveis e aponta as áreas onde há necessidade de mais pesquisas. Após busca dos artigos pesquisados em várias bases de dados foram selecionados para a realização da metanálise um total de 47 artigos somando 27.068 casos e 28.065 controles. A organização dos artigos foi de acordo com o ano de publicação, contemplando estudos de 2002 a 2015. Os resultados encontrados mundialmente a respeito do polimorfismo do códon 72 na p53 são bastantes conflitantes, sugerindo que seja devido a fatores étnicos e geográficos que impactam em cada continente de forma evidente. Apesar de vários estudos mostrarem a grande variedade pode ocorrer entre os genótipos e alelos do códon 72, identificando resultados significativos para o genótipo Arg/Arg e o alelo arginina sugerindo que esta metanálise corrobora para terapias, diagnósticos e mais estudos nesta área.

Testes de paternidade geralmente são feitos analisando amostras de DNA do suposto pai, mãe e criança. Para realizar esse exame antes de a criança nascer era preciso recorrer à métodos invasivos, tais como amniocentese e biópsia de vilo corial. Com a descoberta de DNA fetal livre (fcfDNA) no soro e plasma materno, hoje é possível utilizar técnicas que usem esse fcfDNA diminuindo assim os riscos à saúde do feto e da mãe. Testes de pa- ternidade que analisam Short Tandem Repeats (STRs) do fcfDNA, embora possíveis, não são confiáveis, pois muitas vezes há degradação do DNA. Por sua vez, Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) têm sido demonstrados como bons candidatos para identificação humana e podem ser obtidos de fragmentos pequenos de DNA (ou seja, mesmo com o DNA degradado). No entanto, SNPs possuem um número limitado de alelos diferentes (entre dois e quatro). Micro-haplótipos são segmentos cromossomais menores do que 200 pb (pares de bases), contendo dois ou mais SNPs que formam pelo menos três haplótipos distintos. Ao utilizá-los como marcadores genéticos, aumentamos o número de possíveis alelos formados a partir dos SNPs. Como o fcfDNA possui um tamanho de aproximada- mente 145 pb, isso é suficiente para conter micro-haplótipos que podem ser sequenciados usando tecnologia de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). O objetivo desse projeto é determinar a probabilidade de paternidade usando SNPs dentro de micro-haplótipos. Os micro-haplótipos foram escolhidos com base em literatura prévia e as frequências relativas destes foram calculadas com base nos grupos étnicos dos dados do 1000 Genomes. Dados brutos de sequenciamento de três amostras de DNA são analisados: o suposto pai, a mãe e o plasma materno (mistura de DNA livre da mãe e do feto). Em seguida, desenvolvemos scripts para obter e analisar os genótipos do suposto pai e da mãe, para cada um dos micro-haplótipos escolhidos. Combinando informação genotípica, frequências populacio- nais e frações fetais (plasma), desenvolvemos um método para calcular a probabilidade de paternidade em casos de não exclusão da mesma. / Paternity tests are usually done by analyzing DNA samples from the alleged father, the mother, and the child. To perform this exam before the birth, invasive methods such as am- niocentesis and chorionic villus sampling are usually necessary. Fortunately, the discovery of fetal cell-free DNA (fcfDNA) in maternal plasma and serum, and the development of te- chniques to analyze this fcfDNA have allowed researchers to reduce the health risk for both fetus and mother. Although paternity tests that analyze Short Tandem Repeats (STRs) from fcfDNA are possible, they are not reliable because DNA degradation often occurs. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) have been demonstrated as good candidates for human identification and they can be obtained from small DNA fragments (even from de- graded DNA). However, SNPs have a limited number of different alleles (between two and four). Microhaplotypes are chromosomal segments smaller than 200 bp (base pairs) con- taining two or more SNPs that form at least three distinct haplotypes. By using them as genetic markers, we increased the number of possible alleles formed from the SNPs. Since fcfDNA has approximately 145 bp, this is sufficient to contain microhaplotypes that can be sequenced using Next Generation Sequencing (NGS) technology. The aim of this project is to determine the probability of paternity using SNPs within microhaplotypes. Microha- plotypes were chosen based on previous literature review. The haplotype frequencies were calculated based on the ethnic groups from 1000 Genomes database. Raw DNA sequence data from three DNA samples were analyzed: the alleged father, the mother, and the maternal plasma (mixture of mother and fcfDNA). Then, we developed scripts to analyse and obtain the genotypes of the alleged father and mother, for each microhaplotype. By combining genotypic information, population frequencies, and fetal fractions (plasma), we developed a method to calculate the probability of paternity in cases of non-exclusion.

Estudos de polimorfismos podem auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada e resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico. O conhecimento de como estão distribuídas as frequências genotípicas é relevante quando se estuda uma população específica. Neste trabalho foi analisado os polimorfismos da enzima metilenotetrahidrofolatoredutase (MTHFR) em pacientes com Câncer Colorretal (CCR). A MTHFR tem papel importante no metabolismo do folato, metilação e síntese do DNA. A metilação do DNA desempenha um papel crítico no controle da atividade gênica. As vias de metilação e variações do gene MTHFR podem afetar o desenvolvimento do câncer e prognósticos de doenças, com isso seus efeitos precisam ser monitorados de perto no tratamento do câncer. Os genótipos variantes dos polimorfismos MTHFR677 C >T e MTHFR1298 A>C do gene da MTHFR estão associados à diminuição importante da atividade desta enzima. Este trabalho teve como objetivo verificar a frequência dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal e analisar estas frequências com os dados clinicopatológicos, incluindo-se: sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida dos pacientes. Duzentos e vinte cinco pacientes com o diagnóstico de adenocarcinomacolorretal, histologicamente confirmado, admitidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo formam o grupo caso. Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP GenotypingAssay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Determinaram-se as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal onde foram levantadas e agrupadas por genótipos assim como a significância. Na análise das razões de risco de óbito por CCR na presença dos genótipos estudados não foram encontrada associações estatisticamente significativas. A curva de sobrevida comparando os genótipos no teste de Long Rank para os SNPs MTHFR 677C > T e 1298A > C não mostraram diferenças significativas na sobrevida global para pacientes com CCR. Conclui-se que as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinoma colorretal foram levantadas e metade dos indivíduos apresentaram frequências genotípicas de homozigotos selvagens nos dois polimorfismos estudados (CC e AA), após as associações dos polimorfismos mencionados com os dados clinicopatológicos, sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida não houve associações estatisticamente significativas / Polymorphism studies may help to detect people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated evolution, distinct response to chemotherapeutic or radiotherapeutic treatment, knowledge of how genotype frequencies are distributed becomes necessary for any work with a specific population. In this work, the polymorphisms of the enzyme methylenetetrahydrofolatoreductase (MTHFR) were analyzed in patients with Colorectal Cancer (CRC). MTHFR plays an important role in folate metabolism, methylation and DNA synthesis. DNA methylation plays a critical role in the control of gene activity. Methylation pathways and variations of the MTHFR gene may affect the development of cancer and prognosis of diseases, so their effects need to be closely monitored in the treatment of cancer. The variant genotypes of the MTHFR677 C > T and MTHFR1298 A > C polymorphisms of the MTHFR gene are associated with a significant decrease in the activity of this enzyme. The aim of this study was to verify the frequency of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with adenocarcinomes and to analyze these frequencies with clinicopathological data, including: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and patient survival. Two hundred and twenty five patients with the diagnosis of histologically confirmed adenocarcinomes were admitted to the Hospital das Clínicas of the Faculty of Medicine of the University of São Paulo, forming the case group. Real-time PCR analysis was used to determine the genotype polymorphisms through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay assays. The results were associated with the epidemiological and clinicopathological data of the patients. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium. The frequencies of the MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) were determined in patients with adenocarcinoma-choroid where they were raised and grouped by genotypes as well as significance. The analysis of death risk ratios by RCC in the presence of the studied genotypes, there was no statistically significant associations were found. The survival curve comparing the genotypes in the Long Rank test for MTHFR 677C > T and 1298A > C SNPs did not show significant differences in overall survival for CRC patients. It was concluded that the frequencies of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with colorectal adenocarcinoma were raised and half of the individuals presented genotype frequencies of wild homozygotes in the two polymorphisms studied (CC and AA), after associations of polymorphisms mentioned, there was no statistically significant association between these polymorphisms and the variables studied: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and survival

Introdução: O vírus da hepatite C (HCV) possui distribuição mundial, ocorrendo em indivíduos de todas as idades e etnias. Cerca de 80% dos casos de hepatite C aguda progridem para infecção crônica e 10-20% desses casos desenvolverão complicações de doença hepática crônica, como cirrose hepática, dentro de duas a três décadas e 1-5% vão desenvolver câncer de fígado. Estudos indicam que o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 pode estar relacionado ao desenvolvimento da esteatose hepática e à progressão da fibrose. O presente estudo avaliou a associação entre o polimorfismo rs738409 presente no gene da PNPLA3 e presença de esteatose e o grau de fibrose em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Foram selecionados 314 pacientes com hepatite C crônica atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Foi realizada a genotipagem do polimorfismo rs738409 (I149M) do gene PNPLA3, utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase - análise de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Resultados: Dos pacientes incluídos no estudo, 133 (45,9%) apresentaram o genótipo CC, 63 (21,7%) o genótipo CG e 94 (32,4%) o genótipo GG. Idade, infecção pelo vírus da hepatite C genótipo 3, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3), IMC elevado, nível elevado de GGT e presença do alelo G (GG ou GC) mantiveram-se associados à esteatose hepática na análise multivariada. Permaneceram associados à fibrose avançada: idade, sexo masculino, níveis elevados de AST e GGT, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3) e presença de esteatose hepática ( > 5%) na análise multivariada. Conclusões: Observou-se associação entre o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 e esteatose hepática nos pacientes com hepatite C crônica, mas essa associação não foi encontrada com fibrose avançada / Introduction: The hepatitis C virus (HCV) has a worldwide distribution, occurring in individuals of all ages and ethnicities. About 80% of acute hepatitis C cases progress to chronic infection and 10-20% of these cases will develop the complications of chronic liver disease such as liver cirrhosis, within 2 to 3 decades, and 1-5% will develop liver cancer. Studies indicate that the rs738409 polymorphism of the PNPLA3 gene may be related to the development of hepatic steatosis and fibrosis progression. The present study evaluated the association between the rs738409 polymorphism present in the PNPLA3 gene and the presence of steatosis and the degree of fibrosis in patients with chronic hepatitis C. Methods: Three hundred and fourteen patients with chronic hepatitis C assisted at the Clinical Hospital of the Medical School of the University of São Paulo were selected. Genotyping for the PNPLA3 rs738409 (I149M) polymorphism was performed by a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism assay (PCR-RFLP). Results: Of the patients included in the study, 133 (45.9%) had the CC genotype, 63 (21.7%) the CG genotype and 94 (32.4%) the GG genotype. The multivariate analysis showed an association between hepatic steatosis and age, infection with hepatitis C genotype 3, moderate or high inflammatory activity (A2-A3), high BMI, high level of GGT and presence of the G allele (GG or GC). Furthermore, multivariate analysis also showed an association between advanced fibrosis and male gender, high levels of AST and GGT, moderate or high inflammatory activity (A2-A3) and the presence of hepatic steatosis ( > 5%). Conclusions: It was observed an association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C but this association was not found with advanced fibrosis

O Transtorno Bipolar (TB) tipo I é uma doença caracterizada por episódios de mania e depressão recorrentes com importante prejuízo do funcionamento global e comprometimento das funções cognitivas. Além disso, sabe-se que o número de episódios de humor patológico ao longo da vida pode também influenciar o funcionamento cognitivo destes sujeitos. Neste cenário, ocorreu a necessidade de se investigar marcadores genéticos para disfunção cognitiva no TB com o objetivo de estudar este fenômeno. Dentre os potenciais genes responsáveis por influenciar a cognição destacam-se os polimorfismos funcionais do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), da catecol-O-metiltransferase (COMT), da apolipoproteína-E (APOE) e do canal de cálcio de baixa voltagem subunidade 1-C (CACNA1C). Sabe-se, também, que no TB os marcadores de estresse oxidativo estão aumentados durante todas as fases da doença, entretanto, não é claro qual impacto destes na disfunção cognitiva de indivíduos com TB. O objetivo dessa tese foi avaliar o desempenho cognitivo de pacientes jovens com bipolaridade tipo I e sua associação com o genótipo de BDNF, COMT, APOE e CACNA1C e também com os níveis plasmáticos de oxidação da guanosina (8-OHdG) e citosina (5-Mec) durante os episódios de humor, eutimia e em controles. Para investigar essa associação foram incluídos 116 pacientes (79 em episódio de humor patológico e 37 eutímicos) com diagnóstico de TB tipo I (DSMIV-TR); 97 controles saudáveis foram submetidos à avaliação neuropsicológica e coleta de sangue para extração de DNA visando genotipagem para BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 e rs7412), CACNA1C (rs1006737), 8-OhdG e 5-Mec. A análise dos dados obtidos revelou que pacientes portadores do genótipo Met/Met rs4680/rs165599 do COMT apresentam comprometimento cognitivo mais grave (função executiva, fluência verbal, memória e inteligência) comparado ao genótipo Val/Met ou Val/Val durante episódios maníacos ou mistos. Na mesma direção destes resultados, verificou-se que pacientes portadores do alelo Met rs4680 do COMT apresentam comprometimento do reconhecimento de emoções faciais em episódios de mania e depressão. Nenhum efeito do COMT foi observado em controles. O alelo de risco Met do CACNA1C se associou a um pior comprometimento executivo independente dos sintomas maníacos ou depressivos no TB, porém nenhum efeito se observou nos controles. O alelo Met do BDNF rs6265 ou a presença do alelo 4 da APOE não representa um fator que identifique um grupo com desempenho cognitivo diferenciado durante as fases do TB ou em controles. Sujeitos com TB apresentaram níveis mais elevados de 8-OHdG e tais níveis eram diretamente proporcionais ao número de episódios maníacos ao longo da vida, sugerindo um papel dos episódios hiperdopaminérgicos na oxidação das bases de DNA. Concluiu-se que a genotipagem para COMT e CACNA1C em pacientes com TB pode identificar um grupo de pacientes associados a pior disfunção cognitiva durante as fases maníacas e mistas do TB. Tal dado pode ser um indicador do envolvimento do sistema dopaminérgico e dos canais de cálcio de baixa voltagem na fisiopatologia da disfunção cognitiva no TB e deve ser explorado em outros estudos / Bipolar I disorder (BD) is a disease whose main features include severe mood swings that cause severe impairment in global functioning and cognitive domains. Moreover, the number of mood episodes throughout patients life is also associated with deterioration in cognitive functions. In this context, it is important to study genetic markers for the cognitive dysfunction observed in BD to elucidate the physiopathology of this phenomenon. The main candidates for genetic modulation of cognition are the genes brain derived neurotrophic factor (BDNF), catechol-o-methyltransferase (COMT), apolipoprotein E (APOE) and 1-C subunit of the L-type voltage-gated calcium channel (CACNA1C). Furthermore, elevated levels of oxidative stress have been reported in BD for all types of mood episodes but no data is available on their impact on cognitive functioning of BD patients. The aim of this thesis was to investigate whether cognitive functioning of BD patients is influenced by BDNF, COMT, APOE, CACNA1C genotypes or by levels of oxidative damage to the DNA base guanosine (8-OHdG) and cytosine (5-Mec). One hundred sixteen patients (79 during mood episode and 37 euthymic) with BD type I (mania, depression or euthymia) and 97 healthy controls were submitted to neuropsychological evaluation and blood collection for DNA analysis. All subjects were genotyped for BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 and rs7412), CACNA1C (rs1006737), DNA levels of 8-OHdG and 5-Mec were also measured. Our results revealed that BD subjects that carried the rs4680/rs165599 Met/Met genotype had more severe cognitive dysfunction (executive function, verbal fluency, memory and intelligence) than carriers of other genotypes during manic or mixed episodes. Moreover, patients carrying the COMT rs4680 Met allele had worse performance on facial emotion recognition tests during manic and depressive episodes. BD carriers of the Met allele of CACNA1C had more severe executive dysfunction than non-carriers, regardless of manic or depressive symptoms. No effect of CACNA1C or COMT genotypes was observed in controls. The genotypes of BDNF or APOE were not associated with cognitive dysfunction in BD patients or controls. The BD group exhibited higher levels of 8-OHdG than the control group and these levels were influenced by the lifetime number of manic episodes, suggesting that hyperdopaminergic episodes may influence the oxidation of DNA bases. In summary, the genotype of COMT and CACNA1C may represent a useful tool for identifying BD subjects at risk of developing more severe cognitive dysfunction in all mood states of the disease. This evidence associating dopamine catabolism and calcium channels to degree of cognitive dysfunction in BD should be further explored by future research

Introdução e Objetivos: A Doença hepática gordurosa não alcóolica (DHGNA) é claramente marcada por influência ambiental, no entanto, fatores genéticos têm sido associados a progressão para formas mais graves de DHGNA. O estresse oxidativo tem sido cada vez mais enfatizado nesta evolução e o sistema NADPH parece ser uma importante fonte de produção de espécies reativas de oxigênio. O papel dos polimorfismos do sistema NADPH nessa população e sua possível relação com progressão de doença e síndrome metabólica são desconhecidos. Desta maneira, investigamos dois polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na região reguladora dos genes que codificam a NADPH oxidase 4 subunidade catalítica (NOX4) e sua subunidade regulatória p22phox (CYBA) e sua relação com variáveis histológicas e bioquímicas em pacientes com DHGNA. Métodos: 207 pacientes com DHGNA com biópsia hepática (esteatose=27; esteato-hepatite=180), sendo (70% do sexo feminino), foram genotipados para SNPs da Nox4 (rs3017887) e CYBA -675 T/A. O DNA genômico foi extraído a partir de células do sangue periférico e a genotipagem foi realizada utilizando primers específicos e sondas fluorescentes marcadas por sequenciamento. A análise histológica foi baseada na classificação de Kleiner et al (2005). Todos os pacientes eram negativos para os marcadores de hepatites virais, doença de Wilson, hemocromatose, doenças auto-imunes e tinham ingestão diária de álcool < 100 g/semana. Resultados:Associação do CYBA -675 T/A com triglicerídeos foi observada: 176,87 ± 12,93 (TT) versus 228,70 ± 21,66 (XA), p = 0,007 . Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem esteatohepatite não alcoólica (EHNA). Foi observada uma associação do CYBA-675 T / A com HDL: 48,05 ± 1,71 (TT) vs 41,70 ± 2,91 (TA) vs 28,03 ± 9,47 mg / dL (AA), p = 0,001. Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem EHNA. Quando se estudou o SNP no gene da NOX4, observou-se associação com ALT (CA + AA: 60,10 ± 6,01 U/L vs CC: 44,23 ± 4,36 U/L; P = 0,02). Porém, quando a população foi estratificada em esteatose e EHNA não se verificou diferença estatisticamente significante na frequência dos genótipos. Não houve associação de SNPs de genes que codificam proteínas do sistema NADPH oxidase nos genes CYBA (não registrado) e Nox4 (rs 3017887) e a presença de EHNA, nos portadores de DHGNA. Quanto aos resultados clínicos, observou-se que os graus de fibrose mais avançados ocorreram em pacientes com diagnóstico de Diabetes Mellitus tipo 2 (66,9% vs 37,5%; p= 0,007), além de serem mais obesos (32,2% vs 29%; p=0,003). Além disso, os níveis séricos de glicose e insulina aumentaram significantemente, de acordo com a presença de EHNA. A frequência da SM foi significativamente maior em pacientes com EHNA. Conclusões: 1) Houve associação entre a presença do genótipo CC na Nox4 SNP com uma maior concentração de ALT na população em geral 2) Houve associação entre a presença do genótipo AA no polimorfismo do gene -675 T/A CYBA com uma maior concentração de TGL e menor de HDL, nos pacientes com EHNA 3) Houve associação entre a presença de síndrome metabólica e graus avançados de fibrose hepática em portadores de DHGNA. No entanto, a amostra deve ser ampliada para confirmar estas associações, bem como, para melhor explorar possíveis relações com escores de fibrose e inflamação / Background/Aims: Oxidative stress has been implicated in progression to severe forms of non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). NADPH oxidase appears to be an important source of production of reactive oxygen species. We investigated by the first time two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the regulatory region of genes encoding the NADPH oxidase 4 (NOX4) and p22phox (CYBA) in NAFLD. Methods: 207 biopsy-proven NAFLD patients (27 = steatosis; 180= NASH) were evaluated. Genomic DNA was extracted from peripheral blood cells and on Nox4 and CYBA polymorphisms were determined by direct sequencing of PCR. All the patients were negative for markers of viral hepatitis, Metabolic diseases, autoimmune diseases and had daily intake of alcohol < 100 g/week. Results: An association of CYBA -675 T / A with triglycerides was observed: 176.87 ± 12.93 (TT) versus 228.70 ± 21.66 (XA), mean ± SEM, p = 0.007. When the population is stratified, the association appears only among patients who have non-alcoholic steatohepatitis (NASH). An association of CYBA-675 T/A with HDL was observed: 48.05 ± 1.71 (TT) vs 41.70 ± 2.91 (TA) vs 28.03 ± 9.47 mg/dL (AA), mean ± SEM, p = 0.001. When the population is stratified, the association appears only among patients who have NASH. When the NOX4 (rs 3017887) gene was studied, there was association with ALT (CA + AA: 60.10 ± 6.01 U / L vs CC: 44.23 ± 4.36 U/L; P = 0, 02). However, when the population was stratified in steatosis and NASH, there was no statistically significant difference in the frequency of genotypes. There was no association of SNPs from genes encoding NADPH oxidase system proteins in the CYBA (unregistered) and Nox4 (rs 3017887) genes and the presence of NASH in the DHGNA carriers. Regarding the clinical results, it was observed that the most advanced degrees of fibrosis occurred in patients diagnosed with Type 2 Diabetes Mellitus (66.9% vs 37.5%, p = 0.007), in addition to being more obese (32.2% % vs 29%, p = 0.003). In addition, serum glucose and insulin levels increased significantly, according to the presence of NASH. The frequency of MS was significantly higher in patients with NASH. Conclusions: 1) There was an association between the presence of the CC genotype in the Nox4 SNP with a higher concentration of ALT in the general population. 2) There was an association between the presence of the AA genotype in the CYBA gene -675 T / A polymorphism with a higher concentration of TGL and lower HDL in patients with NASH. 3) There was an association between the presence of metabolic syndrome and advanced degrees of hepatic fibrosis in patients with NAFLD. However, the sample should be expanded to confirm these associations, as well as to better explore possible relationships with fibrosis and inflammation scores