Orientador: Alexandre Magno Sebbenn / Resumo: A presente dissertação de mestrado é composta por uma seção introdutória, seguida de uma revisão da literatura a qual antecede os três capítulos subsequentes. O primeiro capítulo aborda um conjunto de revisões de conhecimentos científicos contemporâneos sobre os efeitos da exploração madeireira em florestas tropicais e as práticas madeireiras utilizadas no Brasil, quais têm se demonstrado insuficientes para garantir a sustentabilidade tanto na produção genética quanto na produção madeireira. O segundo capítulo é um “primer note” descrevendo a identificação de 402 loci putativos (polimorfismos de nucleotídeo único – SNPs, inserções / deleções - INDELs) para Ipe (Handroanthus sp.), destinado à estudos de genética de populações, filogeografia e DNA fingerprinting. O último capítulo discute a viabilidade de DNA fingerprinting para espécies do gênero Handroanthus. Esse traz a análise da diversidade genética, diferenciação genética de populações de Handroanthus sp., bem como entre os países de origem das amostras, análises de auto atribuição de genótipos e testes de atribuição de madeira ao local de origem. / Mestre

Orientador: Flavia Lombardi Lopes / Banca: Silvia Helena Venturoli Perri / Banca: José Fernando Garcia / Banca: Ricardo da Fonseca / Banca: José bento Sterman Ferraz / Resumo: O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) potencialmente sujeitos a controle epigenético exercido por metilação do DNA via seus envolvimentos na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs) e a partir de tal identificação criar um banco de dados para meSNPs, bem como determinar a possível associação desses marcadores com ilhas CpG (CGIs) e com o perfil metilacional de tecidos submetidos ao ensaio de recuperação de ilhas CpG metiladas combinado com plataformas de sequenciamento de nova geração (MIRA-seq) em bovinos. Usando as variantes anotadas para os SNPs identificados no Run5 do projeto 1000 Bull Genomes e a sequência genômica bovina de referência UMD3.1.1, identificamos e anotamos 12.836.763 meSNPs de acordo com o padrão de variação criado por cada SNP em um sítio CpG. Também analisamos a distribuição genômica desses meSNPs, sendo a maioria deles localizados em regiões intergênicas (68,00%) e intrônicas (26,32%). Globalmente, os meSNPs representam 22,53% dos 56.969.697 SNPs descritos na base de dados e 12,35% deles estão localizados em CGIs. Comparando o número observado com o número esperado de meSNPs nas CGIs e nos tecidos submetidos ao MIRA-seq, verificamos um enriquecimento médio (P<0,01) para meSNPs de 2,47 vezes em CGIs relaxadas e 1,90 vezes em CGIs rigorosas. Nos tecidos, o enriquecimento foi de 1,52 vezes em longissimus dorsi e 2,09 vezes em intestino delgado. Dez meSNPs com metilação diferencial, sendo 1 em longi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to identify single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially subject to epigenetic control exerted by DNA methylation via their involvement in creating, removing or displacement CpG sites (meSNPs) and from this identification create a database for meSNPs, as well as to determine its possible association with CpG islands (CGIs) and the methylation profile of tissues submitted to the methylated-CpG island recovery assay combined with next generation sequencing platforms (MIRA-seq) in cattle. Using the variant annotations for SNPs identified in Run5 of the 1000 bull genomes project and the UMD3.1.1 bovine reference genome sequence assembly, we identified and classified 12,836,763 meSNPs according to the pattern of variation caused at the CpG site. We have also analyzed the genomic distribution of the meSNPs, with the majority being located in intergenic regions (68.00%) and then in introns (26.32%) and the remainder distributed among proximal promoters (3.93%), coding regions (1.27%), untranslated regions (UTRs) (0.29%), non-coding RNAs (0.11%) and splice regions (0.08%). Overall, meSNPs represent 22.53% of 56,969,697 SNPs described in the database of which 12.35% are located in CGIs. Comparing the observed number with the expected number of meSNPs in the CGIs and tissues submitted to the MIRAseq we found a mean enrichment (P<0.01) for meSNPs of 2.47 times in the relaxed CGIs and 1.90 times in the strict CGIs. In the tissues the enrichment was of 1.52... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:15Z : No. of bitstreams: 1 Publico-12959.pdf: 1645113 bytes, checksum: 2836abcccc356e427c13763a5a6f708c (MD5) / Objetivo: Analise do fator de crescimento vasculo-endotelial (VEGF) como marcador sorologico no diagnostico da gravidez ectopica. Outrossim, e desiderato deste projeto avaliar se as variantes polimorficas -460 T/C (rs833061), -634 C/G (rs2010963) e +936 C/T (rs3025039) do gene do VEGF podem estar associadas a ocorrencia da gravidez ectopica (GE). Alem disso, procuramos avaliar se os niveis sericos de VEGF estavam correlacionados com o genotipo. Metodo: estudo caso-controle, onde foram selecionadas 35 pacientes com diagnostico de gravidez ectopica, 15 abortamentos e 22 gestacoes intra-uterinas normais. Foram coletados 10 mL de sangue em tubo seco, centrifugados a 2000 rpm e o sobrenadante foi separado em cinco aliquotas de 200 £gL e armazenados a -80 o C, para posterior avaliacao. A dosagem serica do VEGF foi realizada por metodo de ELISA - (human VEGF; R&D systems, Minneapolis). Para a avaliacao dos polimorfismos do gene do VEGF foram incluidas 74 pacientes com historia previa ou em vigencia de GE, em acompanhamento no Ambulatorio de GE da UNIFESP. O grupo controle foi constituido de 134 mulheres na menopausa, com pelo menos duas gestacoes normais, sem abortos ou GE durante a menacme, em seguimento no Ambulatorio de Climaterio da UNIFESP. Foram coletados 10 mL de sangue periferico, retirado buffy-coat, do qual e extraido DNA genomico pela tecnica de DTAB / CTAB. A genotipagem foi realizada digerindo os produtos de PCR com as enzimas de restricao especificas para os polimorfismos do gene de VEGF +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T. Os dados foram analisados pelo teste ƒÓ2 ou teste exato de Fisher, sendo considerado significante p<0,05. Resultados: Nos casos estudados a media dos valores sericos do VEGF foi de 297,5 pg/mL na gravidez ectopica, 299,6 pg/mL no abortamento e de 39,9 pg/mL nas gestacoes intra-uterinas normais (p<0,0001). Nao foram identificadas diferencas significantes quanto as frequencias genotipicas e alelicas para os polimorfismos do gene do VEGF +936 C/T (p=0,28), -460 C/T (p=0,70) e -634 G/C (p=0,17). Nao foi identificada relacao entre os valores sericos de VEGF e os genotipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. Conclusao: Nossos resultados sugerem que na gravidez ectopica sejam detectados valores sericos mais elevados de VEGF do que na gravidez intra-uterina viável. Por outro lado, quando comparamos os valores de VEGF na gravidez ectópica com os casos de abortamento, não encontramos diferença estatisticamente significante. Não foi identificada associação entre a expressão de polimorfismo +936 C/T, -634 C/G e -460 C/T do gene do VEGF e nem de seus alelos com a ocorrência de gravidez ectópica. Não foi identificada relação entre os níveis séricos de VEGF e os genótipos para nenhum dos polimorfismos de VEGF testados. A produção de VEGF sérico parece não ter correlação com o genótipo. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-10T14:22:59Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-07-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-10T14:29:14Z : No. of bitstreams: 1 000855292.pdf: 996418 bytes, checksum: 78d12243dc2c5e995020a335683235aa (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Com a necessidade de tornar a bovinocultura de corte mais rentável e ao mesmo tempo sustentável, as características associadas à eficiência alimentar ganham importância. O consumo alimentar residual (CAR), sugerido como parâmetro de eficiência tornou-se uma ferramenta para a seleção de animais mais eficientes. Atualmente ferramentas genômicas tornaram-se disponíveis devido ao avanço da tecnologia no uso de marcadores moleculares, como os SNPs. Diante disso, associar regiões genômicas com o CAR, ganho de peso e demais características relacionadas eficiência alimentar pode ter um futuro promissor. O objetivo do estudo foi associar dados genômicos a partir do uso de chips de alta densidade de SNPs para identificação de regiões QTL ligadas à características como eficiência alimentar, ganho de peso, consumo alimentar e CAR de 896 animais da raça Nelore. O modelo utilizado na predição dos valores genéticos para as características em estudo foi o ssGBLUP. Os efeitos e variâncias dos marcadores SNPs foram estimados pela metodologia ssGWAS, onde os efeitos dos SNPs são obtidos a partir dos valores genômicos estimados pelo modelo ssGBLUP. Os componentes variâncias e parâmetros genéticos foram estimados utilizando a inferência Bayesiana. Com os resultados obtidos dos estudos de associação genômica foi realizada a prospecção de genes para identificar os SNPs que apresentaram associação com os indicadores de eficiência alimentar e buscar genes que possam influenciar a expressão das características. Para determinar as possíveis regiões de QTL, foram selecionados os segmentos que explicassem valores iguais ou superiores a 1% da variância genética aditiva. No total foram encontradas 51 regiões genômicas distribuídas pelas características em análise. Para identificação e posicionamento dos SNPs no genoma bovino foi realizado um levantamento no banco de dados disponíveis no NCBI e Ensembl. A classificação... / The need to turn the beef production more profitable and at the same time sustainable, the traits associated with feed efficiency are gaining importance. The residual feed intake (RFI), suggested as a parameter for feed efficiency and it has become a tool for the selection of more efficient animals. In recent years, a large number of genomic tools become available due to advancement of the technology of molecular markers, such as SNPs. Therefore, genomic regions associated with the SNP markers for residual feed intake (RFI), weight gain and other traits related to feed efficiency have a promising future, with selection of more efficient animals. This study aimed to associate genomic data from the use of highdensity chips to identify QTL regions linked to traits such as feed efficiency, weight gain, feed intake and CAR 896 Nelore cattle, from the Animal Science Institute, located in Sertãozinho. The model used for the prediction of breeding values of the traits was the ssGBLUP. This ssGBLUP model, besides using phenotypic and genotypic data, also use pedigree information. With the results of genomic association studies, it was performed the search for genes to identify SNPs that were associated with the feed efficiency indicators and seek genetic regions and genes that may, in fact, influence the expression of the traits. To determine the possible QTL regions, the segments that explain values greater than or equal to 1% of the additive genetic variance were selected. A total of 51 genomic regions for the studied traits were found. For identification and positioning of the SNPs in the bovine genome was conducted a survey on the database available in the NCBI and Ensembl. The classification of genes as biological function was performed by the website DAVID. The heritability estimate for feed efficiency was low (0.13), moderate for residual feed intake (0.18), and moderate to high magnitude for weight gain (0.43) and feed intake (0.47). A ...

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Iara Del Pilar Solar Diaz / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Wilson Malago Junior / Resumo: Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Fernando Sebastian Baldi Rey / Coorientador: Fernando Sebastián Baldi Rey / Coorientador: Lucia Galvão de Albuquerque / Banca: Marcos Vinícius Gualberto Barbosa da Silva / Banca: Joslaine Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo / Banca: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva / Banca: Nedenia Bonvino Stafuzza / Resumo: A variabilidade individual no temperamento dos bovinos é um importante fator que afeta a rentabilidade das empresas pecuárias, em função dos efeitos negativos na produção, no bem-estar animal e na segurança do trabalhador. Assim, esta característica vem despertando interesse crescente de produtores e pesquisadores, com o objetivo de entender quais os fatores genéticos e ambientais que influenciam a expressão do temperamento e os efeitos sobre o desempenho dos bovinos. Desta forma, esta tese foi desenvolvida com o objetivo de estudar a associação genômica entre polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com diferentes indicadores do temperamento de bovinos da raça Nelore. Os objetivos específicos foram: 1) Estudar a associação genômica entre SNP e diferentes indicadores de temperamento; 2) Avaliar a existência de regiões do genoma associadas, simultaneamente, com distintos indicadores de temperamento; 3) Identificar genes e as respectivas funções biológicas que influenciam o temperamento e; 4) Estimar parâmetros genéticos para os diferentes testes de temperamento incluindo a informação genômica. O temperamento dos bovinos foi avaliado entre 2010 e 2015, durante o manejo de pesagem aos 18 meses de idade, utilizando os seguintes indicadores: 1) escore de movimentação (MOV); 2) escore de tensão (TENS); 3) escore de agitação no tronco de contenção (CS); 4) velocidade de fuga (VF) e; 5) escore de temperamento (ET). Os animais foram genotipados utilizando painel de alta densidade com ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The individual variability on cattle temperament is an important factor affecting the profitability of beef cattle enterprises, due to its adverse effects in production, animal welfare and labor safety. Thus, this characteristic has increasing interest of producers and researchers, who aim to understand the genetic and environmental factors affecting the expression of temperament and its effect on cattle performance. Thus, the objective of this thesis was to study the genomic association between single nucleotide polymorphisms (SNP) and temperament indicators of Nellore cattle. The specific objectives were: 1) Study the genomic association between SNP and different indicators of temperament; 2) Assess the existence of genomic regions associated, simultaneously, with distinct temperament indicators; 3) Identify genes and their biological functions that influences temperament and; 4) Estimate genetic parameters for different temperament indicators using genomic information. The temperament was evaluated between 2010 and 2015, during the weighing handling at 18 months of age, using the following indicators: 1) movement score (MOV); 2) tension score (TENS); 3) crush score (CS); 4) flight speed (FS) and; 5) temperament score (TS). The animals were genotyped using a panel with 777,962 SNP (Illumina BovineHD Beadchip). All analyses to estimate variance components and genetic parameters, as well as the genome-wide association study (GWAS), were performed using a single-step procedure... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Submitted by Marcelo Andrade Silva (marcelo.andradesilva@ufpe.br) on 2015-03-09T14:28:37Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T14:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Joelma Carvalho Santos.pdf: 2064030 bytes, checksum: 9d9c233bec668a94294f6d19471cb844 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014 / A presença de polimorfismos de único nucleotídeo (SNPs) e a expressão variante dos genes das citocinas IFN-α1, IFN-γ e do receptor IFN-α r1 em pacientes com infecção crônica pelo vírus da hepatite B (HBV), podem ser considerados fatores etiopatogênicos relacionados aos níveis séricos do HBV, resultando em complicações da doença. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo verificar a associação entre as frequências genotípicas e proporções alélicas dos genes IFNG, IFNA1, IFNAR1 em relação aos níveis de expressão desses genes e à carga viral do HBV, em pacientes com infecção crônica pelo HBV sem tratamento antiviral. Foi realizado um estudo de caso-controle com amostras de sangue total de 208 indivíduos (94 pacientes com infecção crônica e 114 indivíduos imunes ao HBV) no período de outubro de 2012 a agosto de 2013, no ambulatório de hepatologia do Hospital das Clínicas da Universidade Federal de Pernambuco (HC/UFPE) e no Hospital Escola Dr. Helvio Auto da Universidade Estadual de Ciências da Saúde de Alagoas (HEHA/UNCISAL). Para a identificação dos polimorfismos foi utilizada a PCR em tempo real (qPCR) de acordo com técnica de alta resolução de melting (HRM). A quantificação da carga viral e a expressão absoluta dos genes IFNG (-5 A>G), IFNA1 (-2 C>T), IFNAR1 (-97 T>C) foram realizadas por qPCR. Em todos os pacientes com infecção crônica pelo HBV os níveis de expressão foram menores para o gene IFNA1 (mediana=2,56x10-1ηg/μL), em relação aos genes IFNG (mediana=4,54x105ηg/μL) e IFNAR1 (mediana=6,92x109ηg/μL), e a média de carga viral foi de 3,2 log10. Pacientes com genótipo heterozigoto IFNA1(-2) CT e alelo polimórfico IFNA1 (-2) T apresentaram maiores chances de desenvolver proteção pelo HBV quando comparados a indivíduos imunes com genótipo IFNA1(-2) CC e alelo tipo selvagem C, respectivamente (IFNA1 CT/CC: OR=0,45; p=0,01 e IFNA T/C: OR=0,54; p<0,01). Em pacientes com infecção crônica e genótipo tipo selvagem TT do IFNAR1, os baixos níveis de expressão do gene desse receptor, quando comparado aos outros genótipos, explicam em 40% os altos níveis de carga viral desses pacientes (r2=0,40 | p=0,04) conferindo um risco para o desenvolvimento da cronicidade. Para o genes IFNG(-5) não foi observada diferença estatisticamente significante entre os níveis de expressão e os genótipos. Assim, a presença da variante polimórfica do gene IFNA1 (-2) em pacientes com infecção crônica, pode estar associada à proteção da cronicidade quando comparada ao grupo controle. Os altos níveis de expressão do gene IFNAR1 e baixos níveis de IFNA1 podem contribuir para a cronicidade nestes indivíduos. Os pacientes que com genótipo polimórfico IFNA1 (-2) CT e alelo T apresentaram maior proteção para a cronicidade pelo HBV.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-31T11:39:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-31T11:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 845120 bytes, checksum: cda774f351f72a77d5d0898c2b153f7d (MD5) Previous issue date: 2018-06-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A disponibilidade de uso de informações genômicas trouxe grandes oportunidades de aumento do ganho genético em sistemas produtivos de gado de corte. Apesar dos benefícios já conhecidos, implementação em larga escala nas condições nacionais ainda é um grande desafio principalmente pelo relativo alto custo de genotipagem. Uma alternativa economicamente viável é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP customizados para objetivos de melhoramento estrategicamente estabelecidos para características de interesse. A implementação dessa proposta tem maior impacto para os animais jovens. O objetivo desse estudo foi identificar o menor número necessário de marcadores do tipo SNP para diferenciar animais das raças Hereford, Nelore, Brahman e Braford genotipados com o painel 777K chip HD para bovinos. Adicionalmente, comparou-se o impacto na predição da proporção racial utilizando-se diferentes painéis reduzidos de marcadores do tipo SNP. Para isso, foram utilizados quatro diferentes métodos para a seleção de marcadores altamente informativos para a diferenciação racial. O software Admixture foi utilizado para os cálculos de proporção racial utilizando os painéis customizados. Os resultados observados nesse estudo sugerem a possibilidade de definir indivíduos às respectivas raças utilizando um painel de 24 marcadores do tipo SNP (isto é, 8 marcadores por raça pura). Informações de pedigree são por natureza incompletas e comumente não são bem definidas porque varias das ligações genéticas existentes não são conhecidas. A genômica trouxe grandes oportunidades para o cálculo do parentesco entre os indivíduos de uma população. Um dos principais desafios em implementações genômicas é a correta definição da população referência para o uso simultâneo das informações de pedigree e genômica. O conceito de metafundadores é baseado na definição de pseudo-indivíduos que descrevem os relacionamentos entre e dentre os indivíduos da população base. O objetivo desse estudo foi avaliar os impactos do uso de metafundadores ao estimar valores genéticos e sua habilidade preditiva utilizando a metodologia single- step GBLUP (ssGBLUP) em uma população multirracial. Três diferentes cenários foram adotados nesse estudo para a estimação de componentes de variância e predição dos valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP e ssGBLUP com inclusão de metafundadores. Um total de 28 metafundadroes foram definidos no modelo ssGBLUP+metafundadores. De forma geral, os modelos genômicos apresentaram maior habilidade preditiva. Sendo o modelo com inclusão de metafundadores o que apresentou maior habilidade preditiva. O método da máxima verossimilhança restrita (REML) é um método comumente utilizado para a estimação de componentes de variância. Por ser implementado em modelos mistos, apresenta estimativas corrigidas para efeitos de seleção. De forma geral, todos os animais genotipados são utilizados nos cálculos para a predição dos valores genéticos. O objetivo desse estudo foi avaliar quantas gerações são necessárias para acurada estimação de componentes de variância com o algoritmo para animais provados e jovens (APY) em uma população simulada com restrições de seleção. O uso de menor número de gerações reduziu a habilidade do modelo BLUP em estimar a herdabilidade simulada (0.30). A redução na estimação da herdabilidade pelos modelos genomicos são menores do que os modelos baseados em informações de pedigree. Os modelos genômicos apresentaram em média maior correlação que os modelo BLUP. Os resultados desse estudo sugerem que não é necessário grande número de gerações para acurada estimação dos componentes de variância e dos valores genéticos. O algoritmo APY não afeta a estimação dos componentes de variância. Duas gerações extras de animais não genotipados são suficientes para acurado cálculo dos componentes de variância, valores genéticos e também acurácia de predição dos valores genéticos. / The knowledge on breed composition is of major importance under design of breeding schemes. With this respect, the estimation of such parameters must be as accurately as possible. Currently, most of genetic evaluation programs has been predicting breed composition based on pedigree datasets; but, such estimations only accounts for the expected (allele frequency) contributions across ancestors After the development and establishment of single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms on the last decade, an interest in genetic diversity studies has arisen and especially the study of individuals’ origin. The objective of the present study was to evaluate the minimum required number of ancestry informative markers necessary to differentiate Hereford, Nelore, Brahman and Braford breeds genotyped with 777 K Illumina Bovine HD Bead Chip. In addition, we also compared the effects of different panels size on breed composition inference under different AIMs methods. To that, it was used the high-density Illumina Bovine HD BeadChip with more than 777 K SNPs to elucidate the structure of Hereford, Nelore, Brahman and Braford populations. Three different ancestry informative marker methods were used to distinguish such populations. Additionally, random marker selection was considered. Admixture software was used to infer breed composition using very low-density SNP panels assembled with AIMs. Our results suggest that is possible to assign individuals to populations with high confidence using less than 8 SNP markers selected per breed. Although millions of SNP markers have been identified, only few of them are needed to accurately infer ancestry in a cost-effective manner. Pedigree information is by nature incomplete and commonly not well established simply because many of the true genetic ties existent between individuals are not a priori known or they can be even wrong. Genomic era brought new opportunities when calculating relationships between individuals. The challenge under genomic approaches is the correct definition of genetic base by the use of pedigree and genomic data. Genetic base may change as more individuals are included and are inadequately defined if populations are genetically structured. Metafounder concept relies on the definition of pseudo-individuals that describes some level of within and/or across genetic relationship between base population. The purpose of this study was to evaluate metafounder theory to estimate breeding values and the predictive ability under a single-step approach for a multibreed population. Three different scenarios were adopted to estimate variance components and to compute breeding values: pedigree-based model, single- step GBLUP and single-step GBLUP with addition of metafounders. A total of 28 different metafounders were included in the ssGBLUP+metafounder model. In general, it was possible to note that genomic models were able to greater ability to predict the future performance. Among genomic models, the inclusion of metafounder information could increment even more the predictive ability under cross-validation approach. Restricted maximum likelihood (REML) is a popular method for parameter estimation. Because it uses the mixed model equations, it is resistant to selection bias and efficient implementations are currently available. When genomic information is available, two versions of REML may be applicable. When only genotyped animals have phenotypes, genomic REML can be applied with a genomic relationship matrix. When only a fraction of animals is genotyped, a single-step REML is applicable. In general, it is of interest to include many genotyped animals in parameter estimation and into evaluations, to account for genomic selection or pre- selection. The aim of this study was to investigate to what extent generations truncation affects estimates for a simulated population under selection.The use of less generations reduced the ability of pedigree-based model in estimating the benchmark heritability (0.30). The decrease in heritabilities based on genomic information was less than using only pedigree relationships. Genomic models provided greater correlations than pedigree-based model; on average 25 points. Single-step genomic models do not require a deeper pedigree relationship to estimate reliable variance components and breeding values. The use of APY algorithm does not affect the estimation of variance components. An extra of 2 ungenotyped generations are sufficient to compute reliable variance components; as well as breeding values and accuracies.

Orientador: Lilian Maria de Castilho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T17:52:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Credidio_DeboraCastilho_M.pdf: 2805791 bytes, checksum: d7fa60ce846ffb7baee62f0493fdd327 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Discrepâncias na tipagem Rh ocorrem devido à presença de variantes do antígeno RhD, em especial D fraco e D parcial. Diferentes reagentes anti-D monoclonais tem sido desenvolvidos para identificar estas variantes, mas a caracterização molecular pode garantir um resultado mais específico com melhor definição do tipo de variante presente. O fenótipo D fraco ocorre por alterações de nucleotídeos que levam a substituição de aminoácidos na região transmembranar e intracelular da proteína Rh enquanto que o fenótipo D parcial ocorre por alterações de nucleotídeos ou rearranjos gênicos que levam a substituição de aminoácidos na região extracelular da proteína Rh, resultando em fenótipos sorológicos distintos e aloimunização anti-D. Nossos objetivos foram avaliar reagentes anti-D e métodos sorológicos e moleculares na detecção e identificação destas variantes. Foram estudadas 335 amostras de sangue e DNA de doadores e pacientes fenotipados previamente como RhD fraco, ou que apresentaram resultados discrepantes na tipagem RhD. Das 335 amostras estudadas, 215 (64,1%) foram identificadas como D fraco, 89 (26,5%) como D parcial, 3 (1%) como DEL, 11 como RhD-positivo e 17 como RhD-negativo. Entre as amostras D fraco, 76 eram DF1 (35,3%); 75 DF2 (34,9%); 13 DF3 (6,1%); 49 DF4 (22,8%) e 2 DF5 (0,9%). Entre as amostras D parcial, 9 (10,1%) eram DAR, 25 (28,1%) DFR, 6 (6,7%) DBT, 1 (1,1%) DHMi, 1(1,1%) RoHAR, 26 (29,2%) DVI, 14 (15,8%) DVa, 5 DIVb (6,6%) e 2 (2,3%) DVII . Nas amostras DEL, duas foram identificadas molecularmente como RHD(IVS5-38DEL4) e uma como RHD(K409K). Nossos resultados demonstram que a utilização de diferentes reagentes anti-D e métodos na rotina sorológica pode indicar a presença de uma variante do antígeno RhD que deve ser investigada por análise molecular. Esta estratégia pode auxiliar na diferenciação entre D fraco e D parcial e caracterizar as variantes que levam a aloimunização anti-D. Esta distinção é importante na seleção de sangue para pacientes e na prevenção da doença hemolítica do feto e recém-nascido / Abstract: Rh discrepancies are becoming a problem during routine testing due to partial D or weak D phenotypes. Panels of monoclonal antibodies (MoAb) are being developed in order to identify D variants such as partial D and weak D when there are anomalous RhD typing results but molecular characterization offers a more specific grouping of weak and partial D. The weak D phenotype is caused by many different RHD alleles encoding aberrant RhD proteins, resulting in distinct serologic phenotypes and anti-D immunizations. We evaluated currently used serologic methods and reagents to detect and identify D variants and correlated the results with molecular analyses. A total of 335 blood samples from Brazilian blood donors and patients with discrepant results of D typing in routine were analyzed. In total, 215 (64.1%) weak D, 89 (26.5%) partial D, 3 (1%) DEL, 11 RhD-positive and 17 RhD-negative were identified. Among weak D samples, 76 weak D Type 1 (35.3%); 75 weak D Type 2 (34.9%); 13 weak D Type 3 (6.1%); 49 weak D Type 4 (22.8%) and 2 weak D Type 5 (0.9%) alleles were found. Among the partial D samples, 9 (10.1%) DAR, 25 (28.1%) DFR, 6 (6.7%) DBT, 1 (1.1%) DHMi, 1(1.1%) RoHAR, 26 (29.2%) DVI, 14 (15.8%) DVa, 5 DIVb (6.6%) and 2 (2.3%) DVII were observed. Two samples identified as DEL by adsorption/elution were characterized by molecular analyses as RHD(IVS5-38DEL4) and one sample as RHD(K409K). Our results showed that the use of different methods and anti-D reagents in the serologic routine reveal some D variants that can be further investigated. Molecular methods can help to differentiate between partial D and weak D and characterize the weak D types providing additional information of value in the RhD typing. This distinction is important for selection of blood products and to prevent anti-D hemolytic disease of the fetus and newborn / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

Orientador: Jose Luiz Donato / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-09T11:59:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Roversi_FernandaMarconi_M.pdf: 7284789 bytes, checksum: 9104ecb7671bb8b4b2288503432576a0 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A farmacogenômica utiliza informações genéticas para orientar a escolha da terapia farmacológica em uma base individual, pressupondo que se podem prever diferenças na resposta a agentes terapêuticos entre indivíduos, a partir de sua constituição genética. Os estudos atuais de farmacogenômica objetivam otimizar a eficácia de uma droga e diminuir os efeitos colaterais e a toxicidade. Os estudos de polimorfismos genéticos podem ter um impacto nos ajustes individuais da dose de um determinado fármaco. Os polimorfismos de genes que codificam transportadores de drogas, como o gene MDR1; das enzimas metabolizadoras de fármacos, como a isoforma 2D6 do citocromo P450 (CYP2D6), e de receptores para drogas, relacionam-se às alterações funcionais no fenótipo, contribuindo na resposta a uma droga. O dextromethorphan é um agente antitússico que atua no centro da tosse. Este fármaco é metabolizado, principalmente pela CYP2D6, no metabólito ativo Dextrorphan e sua absorção sofre interferência da proteína codificada pelo gene MDR1. O presente trabalho teve como objetivo a avaliação do genótipo de uma população de voluntários sadios através da análise dos polimorfismos dos exons mais freqüentes (12, 21, e 26) do gene MDR1, correlacionando-se esses polimorfismos com a farmacocinética do fármaco dextromethorphan e do seu principal metabólito dextrorphan. Após uma seleção dos participantes do estudo, feita através de anamnese, exames físico, neurológico, psiquiátrico e laboratorial, e histórico médico, foram realizados experimentos de fenotipagem através da análise quantitativa da droga dextromethorphan e do seu metabólito dextrorphan na urina, em dois períodos distintos (imediatamente após e 12 horas após a administração da droga), por meio de cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) acoplada à espectrometria de massa (LC-MS-MS) e de genotipagem CYP2D6, classificando os voluntários em metabolizadores rápidos ou lentos. Os 27 indivíduos, identificados como metabolizadores rápidos, foram incluídos num protocolo de avaliação farmacocinética dos compostos, ao longo de um período de 48 horas após a administração do xarope dextromethorphan, por meio do método HPLC / LC-MS-MS. A análise da genotipagem MDR1 foi realizada em três etapas sucessivas: extração de DNA, amplificação do gene MDR1 e seqüenciamento automático. Uma vez determinado o genótipo de cada voluntário, uma correlação entre esses dados genotípicos, a farmacocinética do dextromethorphan e algumas características (idade, altura, peso e índice de massa corpórea) foi estabelecida por meio de análise estatística, usando-se o teste Wilcoxon Rank Sum. Os valores obtidos para as Áreas Sob a Curva (AUCs) 0-4 h, 0-24 h, 0-48 h (± DP) foram significativamente mais baixos para os indivíduos 3435TT (1,18 ± 0,05, 2,11 ± 0,83, 2,12 ± 0,83 ngh/ml) em relação aos indivíduos 3435CC (4,49 ± 3,91, 11,07 ± 9,98, 11,33 ± 10,53 ngh/ml) e 3435CT (3,91 ± 3,22, 8,07 ± 7,41, 8,20 ± 7,57 ngh/ml). Os valores referentes a Concentração Máxima (Cmáx) (± DP) também foram significativamente mais baixos nos indivíduos 3435TT (0,45 ± 0,05 ng/ml) em relação aos indivíduos 3435CC (1,74 ± 1,52 ng/ml) e 3435CT (1,52 ± 1,22 ng/ml). Nenhuma diferença significativa foi observada entre os grupos analisados e os fatores idade, peso, altura e IMC. A distribuição genotípica para o exon 26 do gene MDR1 foi 41 % CC, 44 % CT e 15 % TT. Para os exons 21 e 12 desse mesmo gene, essas distribuições genotípicas foram, respectivamente, 56 % GG, 40 % GT, e 4 % TT e 12 % CC, 38 % CT, e 50 % TT. Desse modo, observou-se uma correlação entre o polimorfismo C3435T ¿ exon 26 do gene MDR1 ¿ e alguns parâmetros farmacocinéticos: a Cmáx e as AUCs do fármaco dextromethorphan, após uma única administração oral, apresentaram valores mais baixos nos indivíduos 3435TT. A existência de uma correlação entre a genotipagem e a farmacocinética demonstra que a implementação de técnicas de biologia molecular pode auxiliar alguns testes clínicos, cujo alvo de interesse é a investigação da absorção e da metabolização de drogas / Abstract: Pharmacogenomics is used to study the effects of genetic basis for interindividual differences in drug response. This genetic information can predict and optimize the drug efficacy and/or safety and can minimize the adverse drug reactions and toxicity. Dextromethorphan shares part of the adverse event profile of opioids and is widely used as a probe drug for CYP2D6 phenotyping and for the assessment of its activity. Dextromethorphan is an antitussigen agent that acts in the center of the cough. This drug is mainly metabolized by the CYP2D6 in the active metabolite dextrorphan and its absorption suffers interference from the protein codified for MDR1 gene. In this present study, we investigated the relationship between the MDR1 genotype and the dextromethorphan (DM) pharmacokinetics in 27 healthy Brazilian subjects and determinated the MDR1 genotype frequency in this population. The MDR1 genotype was determined by PCR-DNA sequencing. After single oral administration of 30 mg DM, plasma concentrations of DM and DX were measured and its pharmacokinetic characteristics were compared according to MDR1 genotype. The area under the plasma concentration-time curve 0-4h, 0-24h and 0-48h was significantly lower in subjects with 3435TT (1.18 ± 0.05, 2.11 ± 0.83, 2.12 ± 0.83 ngh/ml) than in those with 3435CC (4.49 ± 3.91, 11.07 ± 9.98, 11.33 ± 10.53 ngh/ml) and 3435CT (3.91 ± 3.22, 8.07 ± 7.41, 8.20 ± 7.57 ngh/ml). The maximum plasma concentrations were lower in subjects with 3435TT (0.45 ± 0.05 ng/ml) than in those with 3435CC (1.74 ± 1.52 ng/ml) and 3435CT (1.52 ± 1.22 ng/ml). There wasn¿t effect of gender or age on the distribution. The distribution of the MDR1 genotype at exon 26, 21 and 12 was, respectively, 41 % CC, 44 % CT, and 15 % TT, 56 % GG, 40 % GT, and 4 % TT and 12 % CC, 38 % CT, and 50 % TT. In conclusion, DM pharmacokinetics was affected by the genetic polymorphisms of the MDR1 gene in healthy Brazilian subjects. These findings may provide a plausible explanation for interindividual variation in the disposition of DM, although our data couldn¿t explain the exact mechanisms by which the polymorphic MDR1 gene paradoxically reduces the plasma levels of DM. Further evaluation is thus warranted. / Mestrado / Mestre em Farmacologia