Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-15T19:20:49Z No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-15T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) Previous issue date: 2011-05-26 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. After sequencing the genome of this pathogen, numerous efforts have been made to identify repetitive sequences with potential to differentiate isolates of M. leprae. Currently, VNTRs have been used in order to understand the genetic diversity of this pathogen in areas with high prevalence of leprosy. Another form of genetic polymorphism, namely single nucleotide polymorphisms (SNPs), elucidated aspects related to the spread of leprosy in the world. In this study, the genetic variability of 292 M. leprae isolates from clinical leprosy patients from the north, northeast and southeast of the country, were analyzed for composition of 16 VNTRs and three SNPs. The genetic variability of different VNTRs was evaluated by MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) using FLA (Fragment length analysis) while the SNPs were analyzed by RFLP-PCR and/or sequencing. The discriminatory power of 16 VNTRs was 0.999 and the AT dinucleotides and the GAA21 trinucleotide demonstrated the higher rates of allelic discrimination. In addition to the genotyping of isolates of M. leprae derived from skin biopsy samples, lymph fixed in ZN slides was also used as an alternative source to obtain DNA. By SNP typing, we observed the high prevalence of genotype 3, previously associated with Europeans, in the states of Rondônia, Rio de Janeiro and São Paulo. On the other hand, genotype 4, originating from Western Africa, was predominant in Pernambuco and Fortaleza. The presence of different genotypes and their prevalence in certain areas of Brazil is in accordance to the country’s history of colonization which reflects in the current ethnic composition of the population. Based on the VNTR and SNP profiles, six identical groups of two isolates each were identified: four from Ceará, one from Rondônia and another composed of samples from Minas Gerais and São Paulo. No association between patients from north and southeast of the country was established, however, most groups were composed by patients from the same state or geographic region. When performing an analysis of genotype similarity with patient data in groups from Ceará, we observed association of male gender and place of origin with M. leprae genotype grouping, suggesting these could be risk factors for transmission of leprosy. In this analysis, patients with leprosy relapse were also analyzed for four VNTRs and the results suggest the occurrence of re-infection or of bacterial population shift during disease relapse. The results of this study demonstrate that genotyping of M. leprae is an important tool to elucidate aspects of transmission and spread of disease in the world.

Introdução: O vírus da hepatite C (HCV) possui distribuição mundial, ocorrendo em indivíduos de todas as idades e etnias. Cerca de 80% dos casos de hepatite C aguda progridem para infecção crônica e 10-20% desses casos desenvolverão complicações de doença hepática crônica, como cirrose hepática, dentro de duas a três décadas e 1-5% vão desenvolver câncer de fígado. Estudos indicam que o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 pode estar relacionado ao desenvolvimento da esteatose hepática e à progressão da fibrose. O presente estudo avaliou a associação entre o polimorfismo rs738409 presente no gene da PNPLA3 e presença de esteatose e o grau de fibrose em pacientes com hepatite C crônica. Métodos: Foram selecionados 314 pacientes com hepatite C crônica atendidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Foi realizada a genotipagem do polimorfismo rs738409 (I149M) do gene PNPLA3, utilizando a técnica de reação em cadeia da polimerase - análise de tamanho de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Resultados: Dos pacientes incluídos no estudo, 133 (45,9%) apresentaram o genótipo CC, 63 (21,7%) o genótipo CG e 94 (32,4%) o genótipo GG. Idade, infecção pelo vírus da hepatite C genótipo 3, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3), IMC elevado, nível elevado de GGT e presença do alelo G (GG ou GC) mantiveram-se associados à esteatose hepática na análise multivariada. Permaneceram associados à fibrose avançada: idade, sexo masculino, níveis elevados de AST e GGT, moderada ou alta atividade inflamatória (A2-A3) e presença de esteatose hepática ( > 5%) na análise multivariada. Conclusões: Observou-se associação entre o polimorfismo rs738409 do gene PNPLA3 e esteatose hepática nos pacientes com hepatite C crônica, mas essa associação não foi encontrada com fibrose avançada / Introduction: The hepatitis C virus (HCV) has a worldwide distribution, occurring in individuals of all ages and ethnicities. About 80% of acute hepatitis C cases progress to chronic infection and 10-20% of these cases will develop the complications of chronic liver disease such as liver cirrhosis, within 2 to 3 decades, and 1-5% will develop liver cancer. Studies indicate that the rs738409 polymorphism of the PNPLA3 gene may be related to the development of hepatic steatosis and fibrosis progression. The present study evaluated the association between the rs738409 polymorphism present in the PNPLA3 gene and the presence of steatosis and the degree of fibrosis in patients with chronic hepatitis C. Methods: Three hundred and fourteen patients with chronic hepatitis C assisted at the Clinical Hospital of the Medical School of the University of São Paulo were selected. Genotyping for the PNPLA3 rs738409 (I149M) polymorphism was performed by a polymerase chain reactionrestriction fragment length polymorphism assay (PCR-RFLP). Results: Of the patients included in the study, 133 (45.9%) had the CC genotype, 63 (21.7%) the CG genotype and 94 (32.4%) the GG genotype. The multivariate analysis showed an association between hepatic steatosis and age, infection with hepatitis C genotype 3, moderate or high inflammatory activity (A2-A3), high BMI, high level of GGT and presence of the G allele (GG or GC). Furthermore, multivariate analysis also showed an association between advanced fibrosis and male gender, high levels of AST and GGT, moderate or high inflammatory activity (A2-A3) and the presence of hepatic steatosis ( > 5%). Conclusions: It was observed an association between PNPLA3 rs738409 polymorphism and hepatic steatosis in patients with chronic hepatitis C but this association was not found with advanced fibrosis

A pigmentação humana é uma característica variável e complexa determinada por fatores genéticos e hormonais, exposição à radiação ultravioleta, idade, doenças, entre outros. Alguns polimorfismos em genes de pigmentação têm sido associados com a diversidade fenotípica de cor da pele, cabelo e olhos e em populações homogêneas. A técnica denominada Fenotipagem Forense pelo DNA (FDP) vem beneficiando a ciência forense em vários países e auxiliando investigações criminais por ser capaz de sugerir, com boa precisão, os possíveis fenótipos para as características externamente visíveis (EVCs) em amostras de origem desconhecida. No presente trabalho foram avaliadas as associações entre os SNPs presentes nos genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) e ASIP (rs6058017) com cor de pele, cabelo e olhos em indivíduos da população brasileira para apontar o possível uso desses marcadores na prática forense em populações miscigenadas. Os voluntários responderam um questionário no qual fizeram a autodeclaração dessas características e estes dados foram usados para as comparações entre genótipos e fenótipos. Os resultados mostraram que para os SNPs rs2555364 e rs1426654 o alelo ancestral esteve associado com as características cor de pele negra, cabelos castanhos ou pretos e olhos castanhos. Além disso, o alelo ancestral do SNP rs6058017 foi significativamente associado com cor de pele negra e olhos castanhos. Inversamente, os alelos variantes destes SNPs são correlacionados com características de pigmentação clara para as EVCs avaliadas, corroborando os estudos prévios realizados em diferentes populações. Esses resultados mostram que a informação molecular pode ser útil para a inferência de EVCs, e a técnica de FDP é uma importante ferramenta para estudos forenses em amostra brasileira / Human pigmentation is a variable and complex trait determined by genetic and hormonal factors, exposure to ultraviolet radiation, age, diseases, among others. Some polymorphisms in pigmentation genes have been associated with the phenotypic diversity of skin, hair and eyes color in homogeneous populations. Forensic DNA Phenotyping (FDP) is benefiting forensic science in several countries, helping in criminal investigations due to its ability to suggest, with good accuracy, the possible phenotypes for externally visible characteristics (EVCs) in samples of unknown origin. Herein, we evaluated the associations between the SNPs present in the genes SLC24A5 (rs1426654; rs16960620; rs2555364), TYR (rs1126809) and ASIP (rs6058017) with skin, hair and eyes color in individuals of the Brazilian population in order to point out the possible use of these markers in forensic practice in admixed populations. The volunteers answered a questionnaire in which they self reported these characteristics for comparison between genotypes and phenotypes. The results showed that for the SNPs rs2555364 and rs1426654 the ancestral allele was associated with characteristics of black skin color, brown or black hair and brown eyes. In addition, the ancestral allele of the SNP rs6058017 was significantly associated with black skin color and brown eyes. Inversely, the variant alleles of these SNPs are correlated with fair pigmentation characteristics for the evaluated EVCs, corroborating the previous studies performed in different populations. These results show that molecular information may be useful for the inference of EVCs, and the FDP technique is an important tool for forensic studies in a Brazilian sample

Introdução. A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica crônica, endêmica na América Latina, principalmente Brasil, sendo a oitava causa de morte entre as doenças infecciosas crônicas recorrentes. A PCM infecção é caracterizada por uma resposta Th1, a forma aguda por um perfil misto da resposta Th2/Th9, enquanto na forma crônica caracteriza-se pelo perfil Th17/Th22. A ocorrência e gravidade da PCM humana podem também estar associadas a fatores genéticos como os polimorfismos dos genes de citocinas. Objetivos. 1. Descrever a frequência dos polimorfismos de (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\' UTR +1188 A/C e IL12RB1 11014 A/G no éxon 7 em pacientes e controles; 2. Investigar a associação entre esses polimorfismos e as diferentes formas clínicas da micose; 3. Verificar se há associação entre esses polimorfismos e a secreção das citocinas IFN-y, IL-12p40 e IL-12p70. Materiais e Métodos. 143 pacientes com PCM foram incluídos (40 com a forma aguda, 100 com a forma crônica multifocal e 17 unifocal). Critérios de inclusão: ter doença ativa (DA) comprovada por exame micológico ou histopatológico positivo ou presença de anticorpos anti-Paracoccidioides brasiliensis (>= 1/32 por contraimunoeletroforese) ou ter doença curada/tratada (CT) quando comprovada anteriormente pelos critérios de DA e atualmente com títulos de anticorpos estáveis e <= 4 em dois períodos com intervalo >= 6 meses. Analisaram-se os SNPs IFNG pela técnica de PCR-ARMS (\"Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System\"), IL12B e IL12RB1 por RFLP (\"PCR-Restriction Fragment Lenght Polymorphism\"). Para a dosagem de citocinas foram utilizadas as técnicas de ELISA (n=29) e CBA (\"Cytometric Bead Array\"; n= 18), sendo considerados estatisticamente significantes, os valores de p < 0,05 para os testes de x2 e o teste de Kruskal-Wallis, com pós-teste de Dunn. Resultados. O genótipo AA do SNP IL12RB1 foi mais frequente na forma crônica multifocal e o genótipo AG, na forma unifocal masculina (p= 0,048). À análise desta forma clínica entre ambos os sexos, o genótipo AG foi também mais frequente no sexo masculino (p= 0,009). Segundo a etnia, foi demonstrada diferença estatisticamente significante nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs IFNG e IL12RB1 (p < 0,05). Em relação às formas clínicas da PCM, houve similaridade nas frequências dos genótipos e alelos dos SNPs estudados. Quanto aos níveis das citocinas, para os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1, maiores níveis de secreção de citocinas, frente a PHA, foram registrados nos grupos CT e CO em relação ao DA, sugerindo relação com a evolução da doença e com a imunossupressão já descrita na doença ativa. Conclusão. Não houve associação entre os SNPs IFNG, IL12B e IL12RB1 e as diferentes formas da doença quando todos os pacientes foram analisados; no sexo masculino, sugere-se que o genótipo AA esteja associado à doença crônica mais disseminada (IL12RB1). Houve diferença significante entre as etnias nos SNPs IFNG e IL12RB1, sugerindo-se a ampliação do número de pacientes em determinadas etnias e na forma clínica unifocal para melhor compreensão dessas associações / Introduction. Paracoccidioidomycosis (PCM) is a systemic chronic mycosis, endemic in Latin America, mainly in Brazil where it is the eighth cause of death among chronic recurrent infectious diseases. PCM infection is characterized by the Th1 immune response, the acute form, by a mixed Th2/Th9 profile, while the chronic form is characterized by Th17/Th22 profile. The occurrence and severity of human PCM can also be associated with genetic factors such as polymorphisms on genes of cytokines. Objectives. 1. To describe the frequencies of the single nucleotide polymorphisms (SNPs) IFNG +874 T/A, IL12B 3\'UTR +1188 A/C and IL12RB1 11014 A/G on exon 7, on patients with PCM and non-PCM controls; 2. To investigate the association between those SNPs and the different clinical forms of PCM. 3. To verify the possible association between those SNPs and the secretion of the cytokines IFN-?, IL-12p40 and IL12p70. Materials and Methods. 143 patients with PCM were included (40 with acute form, 100 with multifocal chronic form and 17 unifocal). Inclusion criteria: active disease (DA) proved by fungal identification on direct microscopy/histopathology or culture, or presence of antibodies antiParacoccidioides brasiliensis ( >= 1/32 by counterimmunoelectrophoresis) or cured/treated disease (CT) when previously proved by criteria of DA and present stable antibodies titles =6 months in between. The SNP IFNG was analyzed by PCR-ARMS (Polymerase Chain Reaction - Amplification Refractory Mutational System) and the SNPs IL12B and IL12RB1 by PCR-RFLP (PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism). The levels of cytokines were detected by ELISA (n= 29) and CBA (Cytometric Bead Array; n= 18) and values of p < 0.05 for ?2 test and Kruskal-Wallis\' test, with Dunn\'s post-test were considered statistically significant. Results. The AA genotype of SNP IL12RB1 was the most frequent in the multifocal chronic form while the AG was more frequent in men with the unifocal chronic form of PCM (p = 0.048). On this clinical form in the comparison between genres, the AG genotype was also more frequent in men (p= 0.009). On ethnicity, it was demonstrated statistical difference between the frequencies of genotypes and alleles of SNPs IFNG and IL12RB1 (p < 0.05). In the comparison between the clinical forms of PCM, the frequencies of genotypes and alleles of the evaluated SNPs were similar. On the levels of cytokines, for SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1, increased levels of cytokines were observed with PHA on the CT and CO groups compared with DA, suggesting a connection with the evolution of the disease and the previously described immunosuppression during active disease. Conclusion. There was no association between the SNPs IFNG, IL12B and IL12RB1 and the different forms of PCM when all patients were analyzed; among men, it is suggested that the AA genotype of IL12RB1 is associated with a more disseminated chronic disease. There was a significant difference between the ethnicities on SNPs IFNG and IL12RB1, being the latter also associated with the chronic form in men. The increase in the number of patients in certain ethnic groups and in the unifocal clinical form of PCM might help the better understanding of these associations

Submitted by Vasti Diniz (vastijpa@hotmail.com) on 2017-09-06T12:44:39Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1491913 bytes, checksum: 48f18b769a4ddee1245aef6c202388b1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T12:44:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1491913 bytes, checksum: 48f18b769a4ddee1245aef6c202388b1 (MD5) Previous issue date: 2017-02-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Basal Cell Carcinoma (BCC) is a frequent neoplasm in humans and its main etiological factor is exposure to solar radiation. Although genetic and epigenetic changes can activate proto-oncogenes, inactivate tumor suppressor genes and repair mechanism genes, the cell has several mechanisms that contribute to the maintenance of genomic stability. Mutations in repair genes can lead to tumor progression and loss of genome integrity leading to the onset of cancer. Nucleotide excision repair (NER) is an important mechanism primarily used to repair injuries caused by UV. The objective of this study was to evaluate single nucleotide polymorphisms (SNP) of XPA and XPC genes and the risk of developing BCC. One hundred samples of paraffined tissue from patients from the State of Paraíba with histopathological diagnosis of BCC were analyzed for each polymorphism. The results were obtained by a newly developed genotyping method, the Dideoxy Unique Allele Specific - PCR, a method that presents high sensitivity and low cost. Graphpad Prism 6.01 software was used for the statistical analysis and application of Chi-square and Fisher's exact test. The SNP rs535425175 of the XPC gene showed a significant association with the BCC in the analyzed samples (X2 = 14.51 and P <0.005). Whereas the SNPs rs745769173 of the XPA gene and rs761106780 of the XPC gene are in the Hardy-Weinberg equilibrium, not showing any association with the neoplasia. The results suggest that the SNP rs535425175 of the XPC gene may be considered a risk factor associated with the development of BCC. / O Carcinoma Basocelular (CBC) é uma neoplasia frequente em seres humanos e seu principal fator etiológico é a exposição à radiação solar. Embora alterações genéticas e epigenéticas possam ativar proto-oncogenes, inativar genes supressores de tumor e genes do mecanismo de reparo, a célula apresenta vários mecanismos que contribuem para a manutenção da estabilidade genômica. Mutações em genes de reparo podem levar a progressão tumoral e à perda da integridade do genoma levando ao surgimento do câncer. O reparo por excisão de nucleotídeo (NER) é um importante mecanismo utilizado principalmente para reparar lesões causadas por UV. O objetivo deste trabalho foi avaliar polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) dos genes XPA e XPC e o risco de desenvolver CBC. Foram analisadas 100 amostras de tecido parafinado de pacientes do Estado da Paraíba com diagnóstico histopatológico de CBC para cada polimorfismo. Os resultados foram obtidos por um método de genotipagem recentemente desenvolvido, o Didesoxi Único Alelo Específico – PCR, método que apresenta alta sensibilidade e de baixo custo. O software Graphpad Prism 6.01 foi utilizado para as análises estatísticas e aplicação de teste Qui-quadrado e Exato de Fisher. O SNP rs535425175 do gene XPC apresentou associação significativa com o CBC nas amostras analisadas (X2=14,51 e P<0,005). Enquanto que os SNP rs745769173 do gene XPA e rs761106780 do gene XPC estão no equilíbrio de Hardy-Weinberg, não apresentando associação com a neoplasia. Os resultados sugerem que o SNP rs535425175 do gene XPC pode ser considerado um fator de risco associado ao desenvolvimento de CBC. Palavras-chaves: Carcinoma Basocelular, Família XP, Reparo por excisão de nucleotídeo, Polimorfismo de nucleotídeo único, Genotipagem. VII

Estudos de polimorfismos podem auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada e resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico. O conhecimento de como estão distribuídas as frequências genotípicas é relevante quando se estuda uma população específica. Neste trabalho foi analisado os polimorfismos da enzima metilenotetrahidrofolatoredutase (MTHFR) em pacientes com Câncer Colorretal (CCR). A MTHFR tem papel importante no metabolismo do folato, metilação e síntese do DNA. A metilação do DNA desempenha um papel crítico no controle da atividade gênica. As vias de metilação e variações do gene MTHFR podem afetar o desenvolvimento do câncer e prognósticos de doenças, com isso seus efeitos precisam ser monitorados de perto no tratamento do câncer. Os genótipos variantes dos polimorfismos MTHFR677 C >T e MTHFR1298 A>C do gene da MTHFR estão associados à diminuição importante da atividade desta enzima. Este trabalho teve como objetivo verificar a frequência dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal e analisar estas frequências com os dados clinicopatológicos, incluindo-se: sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida dos pacientes. Duzentos e vinte cinco pacientes com o diagnóstico de adenocarcinomacolorretal, histologicamente confirmado, admitidos no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo formam o grupo caso. Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP GenotypingAssay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Determinaram-se as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinomacolorretal onde foram levantadas e agrupadas por genótipos assim como a significância. Na análise das razões de risco de óbito por CCR na presença dos genótipos estudados não foram encontrada associações estatisticamente significativas. A curva de sobrevida comparando os genótipos no teste de Long Rank para os SNPs MTHFR 677C > T e 1298A > C não mostraram diferenças significativas na sobrevida global para pacientes com CCR. Conclui-se que as frequências dos polimorfismos MTFR (677C > T e 1298A > C) em pacientes com adenocarcinoma colorretal foram levantadas e metade dos indivíduos apresentaram frequências genotípicas de homozigotos selvagens nos dois polimorfismos estudados (CC e AA), após as associações dos polimorfismos mencionados com os dados clinicopatológicos, sexo, idade, localização tumoral, tipo histológico, antecedentes de tabagismo e alcoolismo e sobrevida não houve associações estatisticamente significativas / Polymorphism studies may help to detect people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated evolution, distinct response to chemotherapeutic or radiotherapeutic treatment, knowledge of how genotype frequencies are distributed becomes necessary for any work with a specific population. In this work, the polymorphisms of the enzyme methylenetetrahydrofolatoreductase (MTHFR) were analyzed in patients with Colorectal Cancer (CRC). MTHFR plays an important role in folate metabolism, methylation and DNA synthesis. DNA methylation plays a critical role in the control of gene activity. Methylation pathways and variations of the MTHFR gene may affect the development of cancer and prognosis of diseases, so their effects need to be closely monitored in the treatment of cancer. The variant genotypes of the MTHFR677 C > T and MTHFR1298 A > C polymorphisms of the MTHFR gene are associated with a significant decrease in the activity of this enzyme. The aim of this study was to verify the frequency of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with adenocarcinomes and to analyze these frequencies with clinicopathological data, including: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and patient survival. Two hundred and twenty five patients with the diagnosis of histologically confirmed adenocarcinomes were admitted to the Hospital das Clínicas of the Faculty of Medicine of the University of São Paulo, forming the case group. Real-time PCR analysis was used to determine the genotype polymorphisms through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay assays. The results were associated with the epidemiological and clinicopathological data of the patients. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium. The frequencies of the MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) were determined in patients with adenocarcinoma-choroid where they were raised and grouped by genotypes as well as significance. The analysis of death risk ratios by RCC in the presence of the studied genotypes, there was no statistically significant associations were found. The survival curve comparing the genotypes in the Long Rank test for MTHFR 677C > T and 1298A > C SNPs did not show significant differences in overall survival for CRC patients. It was concluded that the frequencies of MTFR polymorphisms (677C > T and 1298A > C) in patients with colorectal adenocarcinoma were raised and half of the individuals presented genotype frequencies of wild homozygotes in the two polymorphisms studied (CC and AA), after associations of polymorphisms mentioned, there was no statistically significant association between these polymorphisms and the variables studied: sex, age, tumor location, histological type, history of smoking and alcoholism and survival

Introdução e Objetivos: A Doença hepática gordurosa não alcóolica (DHGNA) é claramente marcada por influência ambiental, no entanto, fatores genéticos têm sido associados a progressão para formas mais graves de DHGNA. O estresse oxidativo tem sido cada vez mais enfatizado nesta evolução e o sistema NADPH parece ser uma importante fonte de produção de espécies reativas de oxigênio. O papel dos polimorfismos do sistema NADPH nessa população e sua possível relação com progressão de doença e síndrome metabólica são desconhecidos. Desta maneira, investigamos dois polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) na região reguladora dos genes que codificam a NADPH oxidase 4 subunidade catalítica (NOX4) e sua subunidade regulatória p22phox (CYBA) e sua relação com variáveis histológicas e bioquímicas em pacientes com DHGNA. Métodos: 207 pacientes com DHGNA com biópsia hepática (esteatose=27; esteato-hepatite=180), sendo (70% do sexo feminino), foram genotipados para SNPs da Nox4 (rs3017887) e CYBA -675 T/A. O DNA genômico foi extraído a partir de células do sangue periférico e a genotipagem foi realizada utilizando primers específicos e sondas fluorescentes marcadas por sequenciamento. A análise histológica foi baseada na classificação de Kleiner et al (2005). Todos os pacientes eram negativos para os marcadores de hepatites virais, doença de Wilson, hemocromatose, doenças auto-imunes e tinham ingestão diária de álcool < 100 g/semana. Resultados:Associação do CYBA -675 T/A com triglicerídeos foi observada: 176,87 ± 12,93 (TT) versus 228,70 ± 21,66 (XA), p = 0,007 . Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem esteatohepatite não alcoólica (EHNA). Foi observada uma associação do CYBA-675 T / A com HDL: 48,05 ± 1,71 (TT) vs 41,70 ± 2,91 (TA) vs 28,03 ± 9,47 mg / dL (AA), p = 0,001. Quando a população é estratificada, a associação aparece apenas entre os pacientes que possuem EHNA. Quando se estudou o SNP no gene da NOX4, observou-se associação com ALT (CA + AA: 60,10 ± 6,01 U/L vs CC: 44,23 ± 4,36 U/L; P = 0,02). Porém, quando a população foi estratificada em esteatose e EHNA não se verificou diferença estatisticamente significante na frequência dos genótipos. Não houve associação de SNPs de genes que codificam proteínas do sistema NADPH oxidase nos genes CYBA (não registrado) e Nox4 (rs 3017887) e a presença de EHNA, nos portadores de DHGNA. Quanto aos resultados clínicos, observou-se que os graus de fibrose mais avançados ocorreram em pacientes com diagnóstico de Diabetes Mellitus tipo 2 (66,9% vs 37,5%; p= 0,007), além de serem mais obesos (32,2% vs 29%; p=0,003). Além disso, os níveis séricos de glicose e insulina aumentaram significantemente, de acordo com a presença de EHNA. A frequência da SM foi significativamente maior em pacientes com EHNA. Conclusões: 1) Houve associação entre a presença do genótipo CC na Nox4 SNP com uma maior concentração de ALT na população em geral 2) Houve associação entre a presença do genótipo AA no polimorfismo do gene -675 T/A CYBA com uma maior concentração de TGL e menor de HDL, nos pacientes com EHNA 3) Houve associação entre a presença de síndrome metabólica e graus avançados de fibrose hepática em portadores de DHGNA. No entanto, a amostra deve ser ampliada para confirmar estas associações, bem como, para melhor explorar possíveis relações com escores de fibrose e inflamação / Background/Aims: Oxidative stress has been implicated in progression to severe forms of non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD). NADPH oxidase appears to be an important source of production of reactive oxygen species. We investigated by the first time two single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the regulatory region of genes encoding the NADPH oxidase 4 (NOX4) and p22phox (CYBA) in NAFLD. Methods: 207 biopsy-proven NAFLD patients (27 = steatosis; 180= NASH) were evaluated. Genomic DNA was extracted from peripheral blood cells and on Nox4 and CYBA polymorphisms were determined by direct sequencing of PCR. All the patients were negative for markers of viral hepatitis, Metabolic diseases, autoimmune diseases and had daily intake of alcohol < 100 g/week. Results: An association of CYBA -675 T / A with triglycerides was observed: 176.87 ± 12.93 (TT) versus 228.70 ± 21.66 (XA), mean ± SEM, p = 0.007. When the population is stratified, the association appears only among patients who have non-alcoholic steatohepatitis (NASH). An association of CYBA-675 T/A with HDL was observed: 48.05 ± 1.71 (TT) vs 41.70 ± 2.91 (TA) vs 28.03 ± 9.47 mg/dL (AA), mean ± SEM, p = 0.001. When the population is stratified, the association appears only among patients who have NASH. When the NOX4 (rs 3017887) gene was studied, there was association with ALT (CA + AA: 60.10 ± 6.01 U / L vs CC: 44.23 ± 4.36 U/L; P = 0, 02). However, when the population was stratified in steatosis and NASH, there was no statistically significant difference in the frequency of genotypes. There was no association of SNPs from genes encoding NADPH oxidase system proteins in the CYBA (unregistered) and Nox4 (rs 3017887) genes and the presence of NASH in the DHGNA carriers. Regarding the clinical results, it was observed that the most advanced degrees of fibrosis occurred in patients diagnosed with Type 2 Diabetes Mellitus (66.9% vs 37.5%, p = 0.007), in addition to being more obese (32.2% % vs 29%, p = 0.003). In addition, serum glucose and insulin levels increased significantly, according to the presence of NASH. The frequency of MS was significantly higher in patients with NASH. Conclusions: 1) There was an association between the presence of the CC genotype in the Nox4 SNP with a higher concentration of ALT in the general population. 2) There was an association between the presence of the AA genotype in the CYBA gene -675 T / A polymorphism with a higher concentration of TGL and lower HDL in patients with NASH. 3) There was an association between the presence of metabolic syndrome and advanced degrees of hepatic fibrosis in patients with NAFLD. However, the sample should be expanded to confirm these associations, as well as to better explore possible relationships with fibrosis and inflammation scores

A População brasileira apresenta elevada diversidade genética devido à multietnicidade, que têm implicações clínicas/genéticas importantes. O estudo de genes polimórficos pode auxiliar na detecção de pessoas com maior risco de desenvolver câncer, caracterização de evolução diferenciada, resposta distinta ao tratamento quimioterápico ou radioterápico e prognóstico. A ciclooxigenase-2 (COX-2) é induzida em resposta ao fator de crescimento e citocinas, sendo expressa nas doenças inflamatórias, lesões pré-malignas e tumores colorretais. Este trabalho teve como objetivos avaliar a influência dos polimorfismos 1195A > G e 8473T > C do gene COX-2 como fatores de risco para o desenvolvimento de câncer colorretal e investigar o impacto dos polimorfismos na progressão e sobrevida de pacientes submetidos ao tratamento cirúrgico por câncer colorretal. Avaliaram-se SNPs (polimorfismos de nucleotídeo único) em 230 pacientes submetidos à ressecção cirúrgica no Hospital das Clínicas (SP), seguidos por 5 anos e 196 controles, operados por doença benigna na mesma instituição, pareados quanto ao sexo e idade, sem histórico individual ou familial de câncer. Isolou-se o DNA dos leucócitos utilizando-se do kit de extração e purificação PureLink DNA Minikit, seguido de amplificação pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Utilizou-se a análise do PCR em Tempo Real para determinar os genoótipos os polimorfismos através dos ensaios TaqMan ® SNP Genotyping Assay. Os resultados encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos dos pacientes. Determinaram-se as frequências genotípicas, alélicas e estimaram-se as frequências de haplótipos dos polimorfismos do COX-2 -1195A > G e 8473T > C. As populações estão em equilíbrio de Hardy-Weinberg, a exceção do grupo controle para o polimorfismo 8473T > C (p=0,02). As frequências foram similares nos grupos caso e controle para genótipos e haplótipos, portanto, não há associação entre esses polimorfismos e risco de CCR. Em relação às variáveis epidemiológicas e anatomopatológicas do grupo caso, demonstraram-se associação das mesmas com alguns perfis genotípicos. Encontrou-se frequência elevada do genótipo polimórfico -1195GG na população oriental, grupo constituído em sua maioria por japoneses, e dos genótipos 8473TC e CC em afrodescendentes (p < 0,05). Neste grupo, o genótipo -1195GG é ausente. Foi encontrada. Encontrou-se associação entre invasão angiolinfática e genótipo polimórfico 8473 CC (p < 0,05). Na análise de sobrevida, houve associação, no modelo codominante e dominante, do genótipo COX-2 -1195GG com menor sobrevida global (AAxGG: RR = 2,78; IC95% = 1,13-6,84; p < 0,020 e AA/AG x GG: RR = 2,59; IC95% = 1,07-6,27; p < 0,04), utilizando o modelo de regressão múltipla, ajustado para as variáveis de confusão. Assim, pode-se concluir que as variantes -1195A > G e 8473T > C não participam da suscetibilidade genética ao CCR na população brasileira. O polimorfismo -1195A > G, associado à menor sobrevida, pode atuar como marcador prognóstico nestes pacientes / Brazilian population displays very high levels of genomic diversity due to the multi-ethnicity, which have important clinical/genomic implications. Polymorphic genes\' study may aid in the detection of people at higher risk of developing cancer, characterization of differentiated outcome, distinctive response to chemotherapy or radiotherapy and prognosis. Cyclooxygenase-2 (COX-2) is induced in response to growth factor and cytokines, and it is expressed in inflammatory diseases, precancerous lesions and colorectal tumors. This study aimed to evaluate the influence of COX-2 -1195A> G and 8473T> C gene polymorphisms as a risk factor for developing colorectal cancer and to investigate the impact of polymorphisms on progression and survival in patients who have undergone surgical treatment for colorectal cancer. We evaluated SNPs (Single nucleotide Polymorphism) of 230 colorectal cancer resected patients admitted at the Hospital das Clinicas (SP), followed by 5 years, and 196 controls, operated for benign disease at the same institution, matched for age and sex, and no individual or familial history of cancer. DNA was isolated from leukocyte using PureLink (TM) Genomic DNA Mini Kit, followed by amplification by polymerase chain reaction (PCR). Real-time analysis was used for genotyping of polymorphisms, through the TaqMan ® SNP Genotyping Assay. The results of the polymorphisms were associated to epidemiological, clinicopathological and immunohistochemical features of the patients. Were determined genotype and allelic frequencies, and were estimated the haplotype frequencies of COX-2 -1195A > G and 8473T > C polymorphisms. The populations are in Hardy-Weinberg equilibrium, except for the control group to the 8473T > C polymorphism (p = 0,02). The frequencies were similar in case and control groups for genotypes and haplotypes, therefore, there is no association between these polymorphisms and risk of CCR. Regarding the epidemiological and pathological variables in the case group, we demonstrate their association with some genotypic profiles. A high frequency of the polymorphic genotype -1195GG was found in an Asiatic population, group composed in its majority by Japaneses, and 8473TC and CC genotypes in African descent (p < 0,05). In this group, the 1195GG genotype is absent. Association was found between angiolymphatic invasion and polymorphic genotype 8473 CC (p < 0,05). In survival analysis, there was an association, in co-dominant and dominant model, of the COX-2 genotype -1195GG with decreased overall survival (AAxGG: RR = 2,78, 95% CI 1,13-6,84; p < 0,020 and AA / AG x GG: RR = 2,59, 95% CI 1,07-6,27; p < 0,04), using the multiple regression model, adjusted for confounding variables. Therefore, -1195A variants > G and 8473T > C does not appear participate in genetic susceptibility to CCR in the Brazilian population, but the polymorphism -1195A > G, associated with decreased survival, may act as a prognostic marker in these patients

O Transtorno Bipolar (TB) tipo I é uma doença caracterizada por episódios de mania e depressão recorrentes com importante prejuízo do funcionamento global e comprometimento das funções cognitivas. Além disso, sabe-se que o número de episódios de humor patológico ao longo da vida pode também influenciar o funcionamento cognitivo destes sujeitos. Neste cenário, ocorreu a necessidade de se investigar marcadores genéticos para disfunção cognitiva no TB com o objetivo de estudar este fenômeno. Dentre os potenciais genes responsáveis por influenciar a cognição destacam-se os polimorfismos funcionais do fator neurotrófico derivado do cérebro (BDNF), da catecol-O-metiltransferase (COMT), da apolipoproteína-E (APOE) e do canal de cálcio de baixa voltagem subunidade 1-C (CACNA1C). Sabe-se, também, que no TB os marcadores de estresse oxidativo estão aumentados durante todas as fases da doença, entretanto, não é claro qual impacto destes na disfunção cognitiva de indivíduos com TB. O objetivo dessa tese foi avaliar o desempenho cognitivo de pacientes jovens com bipolaridade tipo I e sua associação com o genótipo de BDNF, COMT, APOE e CACNA1C e também com os níveis plasmáticos de oxidação da guanosina (8-OHdG) e citosina (5-Mec) durante os episódios de humor, eutimia e em controles. Para investigar essa associação foram incluídos 116 pacientes (79 em episódio de humor patológico e 37 eutímicos) com diagnóstico de TB tipo I (DSMIV-TR); 97 controles saudáveis foram submetidos à avaliação neuropsicológica e coleta de sangue para extração de DNA visando genotipagem para BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 e rs7412), CACNA1C (rs1006737), 8-OhdG e 5-Mec. A análise dos dados obtidos revelou que pacientes portadores do genótipo Met/Met rs4680/rs165599 do COMT apresentam comprometimento cognitivo mais grave (função executiva, fluência verbal, memória e inteligência) comparado ao genótipo Val/Met ou Val/Val durante episódios maníacos ou mistos. Na mesma direção destes resultados, verificou-se que pacientes portadores do alelo Met rs4680 do COMT apresentam comprometimento do reconhecimento de emoções faciais em episódios de mania e depressão. Nenhum efeito do COMT foi observado em controles. O alelo de risco Met do CACNA1C se associou a um pior comprometimento executivo independente dos sintomas maníacos ou depressivos no TB, porém nenhum efeito se observou nos controles. O alelo Met do BDNF rs6265 ou a presença do alelo 4 da APOE não representa um fator que identifique um grupo com desempenho cognitivo diferenciado durante as fases do TB ou em controles. Sujeitos com TB apresentaram níveis mais elevados de 8-OHdG e tais níveis eram diretamente proporcionais ao número de episódios maníacos ao longo da vida, sugerindo um papel dos episódios hiperdopaminérgicos na oxidação das bases de DNA. Concluiu-se que a genotipagem para COMT e CACNA1C em pacientes com TB pode identificar um grupo de pacientes associados a pior disfunção cognitiva durante as fases maníacas e mistas do TB. Tal dado pode ser um indicador do envolvimento do sistema dopaminérgico e dos canais de cálcio de baixa voltagem na fisiopatologia da disfunção cognitiva no TB e deve ser explorado em outros estudos / Bipolar I disorder (BD) is a disease whose main features include severe mood swings that cause severe impairment in global functioning and cognitive domains. Moreover, the number of mood episodes throughout patients life is also associated with deterioration in cognitive functions. In this context, it is important to study genetic markers for the cognitive dysfunction observed in BD to elucidate the physiopathology of this phenomenon. The main candidates for genetic modulation of cognition are the genes brain derived neurotrophic factor (BDNF), catechol-o-methyltransferase (COMT), apolipoprotein E (APOE) and 1-C subunit of the L-type voltage-gated calcium channel (CACNA1C). Furthermore, elevated levels of oxidative stress have been reported in BD for all types of mood episodes but no data is available on their impact on cognitive functioning of BD patients. The aim of this thesis was to investigate whether cognitive functioning of BD patients is influenced by BDNF, COMT, APOE, CACNA1C genotypes or by levels of oxidative damage to the DNA base guanosine (8-OHdG) and cytosine (5-Mec). One hundred sixteen patients (79 during mood episode and 37 euthymic) with BD type I (mania, depression or euthymia) and 97 healthy controls were submitted to neuropsychological evaluation and blood collection for DNA analysis. All subjects were genotyped for BDNF (rs6265), COMT (rs4680; rs165599), APOE (rs429358 and rs7412), CACNA1C (rs1006737), DNA levels of 8-OHdG and 5-Mec were also measured. Our results revealed that BD subjects that carried the rs4680/rs165599 Met/Met genotype had more severe cognitive dysfunction (executive function, verbal fluency, memory and intelligence) than carriers of other genotypes during manic or mixed episodes. Moreover, patients carrying the COMT rs4680 Met allele had worse performance on facial emotion recognition tests during manic and depressive episodes. BD carriers of the Met allele of CACNA1C had more severe executive dysfunction than non-carriers, regardless of manic or depressive symptoms. No effect of CACNA1C or COMT genotypes was observed in controls. The genotypes of BDNF or APOE were not associated with cognitive dysfunction in BD patients or controls. The BD group exhibited higher levels of 8-OHdG than the control group and these levels were influenced by the lifetime number of manic episodes, suggesting that hyperdopaminergic episodes may influence the oxidation of DNA bases. In summary, the genotype of COMT and CACNA1C may represent a useful tool for identifying BD subjects at risk of developing more severe cognitive dysfunction in all mood states of the disease. This evidence associating dopamine catabolism and calcium channels to degree of cognitive dysfunction in BD should be further explored by future research

O Líquen Plano Oral (LPO) é uma doença inflamatória crônica que pode apresentar quadros sintomáticos por longos períodos, afetando a qualidade de vida dos portadores desta doença. Sua etiologia ainda é desconhecida, desse modo os tratamentos disponíveis atualmente se restringem ao controle dos períodos sintomáticos. Acredita-se que a patogênese do LPO possa estar relacionada com alterações imunológicas e genéticas que levam a uma aberrante ativação das vias de sinalização dos receptores Toll-like (TLR). O objetivo deste estudo foi verificar a expressão do TLR2 e duas variantes genéticas deste receptor (rs1898830 e rs4696480) em estudo caso-controle envolvendo 91 amostras de pacientes com LPO e 83 amostras de indivíduos controles, pareados por sexo e idade. Não foram observadas diferenças na expressão do TLR2 entre grupo caso e controle, e nenhuma das variantes avaliadas foi relacionada com relação de risco para o desenvolvimento de LPO. Poucos estudos avaliaram os TLR no LPO, e os dados da literatura sugerem que a cronicidade da lesão e alterações na tolerância oral poderiam estar associadas a resposta imunológica via TLR2, que apresenta sua expressão inalterada no LPO, de forma que estudos mais aprofundados são necessários para se confirmar a real participação deste grupo de receptores no LPO. / Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disease, which can be symptomatic for long periods, affecting the patient quality of life. LPO etiology still unknown, thus the treatments currently available are limited to symptomatic period. Probably the pathogenesis of OLP is related to immunological and genetic changes that provide aberrant Toll-like receptors (TLR) signaling. The aim of this study was to investigate the expression of TLR2 and two genetic variants of this receptor (rs1898830 and rs4696480) in a case-control study involving 91 samples from OLP patients and 83 samples from control subjects, matched for age and sex. No differenc es were observed in TLR2 expression between case and control groups, and neither of the variants was associated with an increased risk ratio for LPO development. Few studies have been conducted on TLR and OLP, and the literature suggests that the chronicity of the lesion in addition to the changes in oral tolerance may be associated with immune response through TLR2 stimulation, which shows unchanged expression in LPO. Further studies are required to confirm the actual participation of this group of receptors in OLP.