Orientador: João Pessoa de Araújo Junior / Coorientador: Alexander Welker Biondo / Banca: Maria Inês de Moura Campopos Pardini / Banca: Deilson Elgui de Oliveira / Banca: Jean Carlos Ramos da Silva / Banca: Walfrido Kuhl Svoboda / Resumo: Zoonoses emergentes com origem em animais selvagens representam a mais significante e crescente ameaça à saúde global. Os primatas não humanos contribuem com 20% das principais doenças humanas, são considerados o principal modelo experimental e também servem como sentinelas para diferentes doenças que acometem o homem. Os objetivos da presente tese foram desenvolver protocolos de metagenômica viral para detectar sequências de vírus a partir de plasma de primatas não humanos do Novo Mundo (Saimiri sciuratus, Aotus ainfulatus, Alouatta guariba e Sapajus apella) mantidos em cativeiro no Centro Nacional de Primatas (Belém, PA), no Refúgio Biológico Bela Vista (Foz do Iguaçu, PR) e no Parque Ecológico do Tietê (São Paulo, SP). A tecnologia Illumina (MiSeq) foi usada para o sequenciamento massivo e um fluxograma bioinformático foi desenvolvido para analisar as sequências obtidas. De forma geral, genomas correspondentes a diferentes famílias virais foram identificadas e ênfase foi dada ao torque teno vírus, ao vírus da hepatite G (tipos A e B), parvovírus e papilomavírus. Uma nova sequência de genoma completo do gênero Hepacivirus, família Flaviviridae, foi identificado em primatas do sul do Brasil. Os resultados demonstram a possibilidade de variedade de genomas virais presentes em primatas do Novo Mundo, considerados clinicamente saudáveis e destaca a importância de estudos que objetivam identificar possíveis vírus emergentes. Palavras-chave: doenças infecciosas emergentes, primatas não humanos do Novo Mundo, metagenômica viral, sequenciamento massivo e um fluxograma bioinformático foi desenvolvido para analisar as sequências obtidas. De forma geral,genomas correspondentes a diferentes famílias virais foram identificadas e ênfase foi dada ao torque teno vírus, ao vírus da hepatite G (tipos A e B), parvovírus e papilomavírus. Uma nova sequência de genoma completo do gênero Hepacivirus, família ... / Abstract: Wild animals-borne emerging zoonoses represent the most significant and growing threat to global health. Non-human primates contribute with 20% of major human diseases, as they are considered the main experimental model and also can be considered sentinels for different diseases that affect humans. The aims of the present thesis were to develop a viral metagenomics protocol to detect sequences from viruses in plasma from captive New World non-human primate species (Saimiri sciuratus, Aotus ainfulatus, Alouatta guariba e Sapajus apella) from National Primate Center (Belém, PA), Bela Vista Biological Sanctuary (BVBS, Foz do Iguaçu, PR), and Tietê Ecological Park (São Paulo, SP). The Illumina technology (MiSeq) was used for deep sequencing, and a bioinformatics pipeline was developed in order to analyze the sequences obtained. Overall, genomes corresponding to different viral families were identified from plasma, and emphasis was given to torque tenus virus, hepatitis G virus types A and B, parvovirus, and pappilomavirus. A new whole-genome sequence from Hepacivirus genus, Flaviviridae family, was identified in monkeys from Southern Brazil. The results demonstrate the wide variety of viral genomes present on clinically healthy New World monkeys and highlight the importance of studies that aim to identify possible emerging viruses / Doutor

Orientador: Wilter Ricardo Russiano Vicente / Coorientador: Frederico Ozanan Barros Monteiro / Coorientador: Marcus Antonio Rossi Feliciano / Banca: Priscila Viau Furtado / Banca: Rodrigo del Rio do Valle / Banca: Maria Emília Franco Oliveira / Banca: Lindsay Unno Gimenes / Resumo: Macacos-da-noite são tidos como excelentes modelos experimentais, que podem contribuir com o desenvolvimento de biotécnicas da reprodução em primatas. O monitoramento do ciclo é um procedimento básico, porém complexo em animais selvagens. Tem-se desenvolvido métodos não invasivos para avaliar o perfil hormonal reprodutivo desses animais expandindo o conhecimento sobre a fisiologia reprodutiva de primatas em cativeiro e vida livre. O presente estudo visa monitorar a atividade folicular e as concentrações fecais de metabólitos de progesterona para ampliar os conhecimentos sobre a fisiologia reprodutiva dessa espécie. Foram utilizadas 12 fêmeas adultas, pertencentes à colônia de reprodução de macacos-da-noite do CENP. O estudo foi realizado a partir do exame ultrassonográfico do ovário e colheita de fezes para monitoramento dos níveis de metabólitos de progesterona dos animais por enzimaimunoensaio. Por meio da dosagem de metabólitos de progesterona foi possível apenas sgerir o ciclo da espécie para o período estudado. Porém, os níveis basais (2,1 ± 0,8 ng/g de fezes secas), a médio do pico (36,6 ± 8,6 ng/g fezes secas), os níveis médios (4,7 ± 1,8 ng/g de fezes secas) e os valores mínimo (0,4 ng/g de fezes secas) e máximo (49,9 ng/g de fezes secas) de metabólitos de progesterona foram determinados para espécie em cativeiro sob estas condições. A determinação do pico e concentrações basais de metabólitos de progesterona, conjuntamente a avaliação ultrassonográfica são ferramentas não invasivas e factíveis na avaliação do ciclo estral de macacos-da-noite / Abstract: Owl Monkeys are considered excellent experimental models and can contribute to the development of biotechnologies of reproduction in primates. Monitoring the reproductive cycle is a basic procedure, however complex in wild animals. Noninvasive methods has been developed to assess the reproductive hormonal profile of these animals expanding knowledge on reproductive physiology of primates in captivity and the wild. This study aims to monitor follicular activity and fecal progesterone levels to increase knowledge about reproductive physiology of this species. 12 adult females belonging to the breeding colony of owl monkeys of CENP were used. The study was performed using the ultrasound examination of the ovaries and feces collection for monitoring the levels of metabolites of progesterone by enzymeimuneassay. By progesterone assay we may suggest the cycle of the species for the period studied. However, the baseline levels (2.1 ± 0.8 ng/g), mean peak (36.6 ± 8.6 ng/g), mean levels (4.7 ± 1.8 ng/g) and the minimum (0.4 ng/g) and maximum (49.9 ng/g) metabolites of progesterone were determined for the specie in captivity. The determination of the peak and basal levels of progesterone together to the sonographic evaluation are noninvasive and feasible in the evaluation of the estrous cycle in owl monkeys / Doutor

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000426433-Texto+Completo-0.pdf: 8008637 bytes, checksum: 3bef41f6527942b391494e5d3fa788a6 (MD5) Previous issue date: 2010 / The occurrence of contact zones of the distribution of Alouatta species and their likely hybridization were recently described for A. palliata and A. pigra in Mexico and A. caraya and A. guariba clamitans in south Brazil and northeast Argentina. The present study focused on determining the extension of one of these contact zones and potential hybridization (Cerro dos Negros) in São Francisco de Assis region, state of Rio Grande do Sul, Brazil. Population surveys were conducted in five sites in the neighborhood of Cerro dos Negros. A total of 108 howler monkey group sightings were obtained during 80 days of field research and 387 km of trails walked. Twelve groups of A. caraya, one containing individuals identified as hybrids on the basis of their mosaic pelage coloration, and 17 groups of A. guariba clamitans, seven containing putatively hybrid individuals, were identified. Five mixed-species groups containing hybrids and four groups composed exclusively by putative hybrids were also seen. The mosaic pelage coloration was seen in adult males, adult females and immature individuals. In sum, 44. 6% of all individuals were identified as pure A. guariba clamitans, 30. 8% as pure A. caraya and 24. 5% as putative hybrids. Despite the fact that allopatric A. caraya forms larger groups than alloptaric A. guariba clamitans, the sighted groups were similar in size, regardless of study site and group membership. The infant to adult female ratio also was similar among all types of groups, allowing to suggest that hybridization is not compromising the reproductive process. Although genetic analyses are required to confirm the hybrid or pure status, as well as the fertility, of the howlers from the surveyed populations, this study showed that the contact zone is wider and that hybridization between sympatric A. caraya and A. guariba clamitans is probably common. / A ocorrência de zonas de contato da distribuição de espécies de Alouatta e sua provável hibridação foram recentemente descritos para A. palliata e A. pigra no México e A. caraya e A. guariba clamitans no sul do Brasil e nordeste da Argentina. O presente estudo avaliou a extensão de uma dessas zonas de contato e potencial hibridação (Cerro dos Negros) na região de São Francisco de Assis, Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Foram realizados levantamentos populacionais em cinco áreas localizadas no entorno do Cerro dos Negros, onde foram obtidos 108 avistamentos durante 80 dias de campo e 387 km percorridos. Foram identificados 12 grupos de A. caraya, dos quais um continha indivíduos classificados como híbridos com base na coloração em mosaico de sua pelagem, e 17 grupos de A. guariba clamitans, dos quais sete continham indivíduos potencialmente híbridos. Também foram avistados cinco grupos mistos com híbridos e quatro grupos formados exclusivamente por indivíduos híbridos. Os indivíduos com pelagem em mosaico eram machos adultos, fêmeas adultas ou imaturos. Ao todo, 44,6% dos indivíduos avistados foram classificados como A. guariba clamitans puros, 30,8% como A. caraya puros e 24,5% como provavelmente híbridos. Apesar de A. caraya formar grupos maiores que A. guariba clamitans em alopatria, o tamanho dos grupos avistados nesse estudo foi semelhante, independente da área de estudo e de sua composição ser monoespecífica ou conter híbridos. A razão entre infantes e fêmeas adultas também foi semelhante entre esses tipos de grupos, o que permite sugerir que a hibridação não está comprometendo o processo reprodutivo. Embora análises genéticas sejam necessárias para confirmar o status de híbrido ou puro dos bugios dos grupos avistados, bem como sua fertilidade, o presente trabalho mostrou que a zona de contato é mais extensa e que a hibridação entre esses táxons parece ser comum nessas áreas de simpatria.

Made available in DSpace on 2013-08-07T19:12:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 000379488-Texto+Completo-0.pdf: 2371298 bytes, checksum: 9ff032d8ba6379f6ad87ca5851a4043a (MD5) Previous issue date: 2006 / Individual foraging decision-making in primate social groups is influenced by an evaluation of the social rank of potential competitors and by the way ecological cues are used. This study evaluates whether and how the availability of visual (differences between real and fake bananas), olfactory (food smell), spatial (predictable location of food rewards), and quantitative (amount of available food rewards) cues affect the foraging behavior of a wild group of marmosets (introduced hybrids of Callithrix jacchus and Callithrix penicillata) composed of 4-5 individuals. Individual foraging strategies were also identified. Data were collected during an experimental field study conducted from April to August 2005 in Florianópolis, State of Santa Catarina, Brazil. The experimental design involved the establishment of a Feeding Station composed of eight feeding platforms distributed in a circular arrangement. Two platforms in each experiment contained a food reward (banana), whereas the remaining platforms contained either a fake or an inaccessible banana. The study group showed evidence of using spatial and visual cues in its foraging decisionmaking. The marmosets, however, did not perform significantly above chance when the foraging task involved the use of quantitative or olfactory cues. The foraging strategy applied varied across individuals. Two group members behaved as searchers and consistently arrived ahead of others at feeding platforms, whereas two others acted as joiners and monitored group mates’ behavior to expropriate part of the food they found. Another individual behaved as opportunist by looking for food at a frequency similar to that expected based on group size. In sum, both the ecological and the social environment affected individual foraging decision-making. / As decisões individuais de forrageio nos grupos sociais de primatas podem depender de como os animais avaliam a posição hierárquica de seus potenciais competidores, além do modo como utilizam as informações ecológicas disponíveis. Este trabalho teve como objetivo avaliar de que forma a disponibilidade de informações visuais (diferenças entre bananas falsas e verdadeiras), olfativas (cheiro do alimento), espaciais (localização do alimento) e de quantidade de alimento (número de bananas disponíveis) influenciam o comportamento de forrageio de sagüis (híbridos introduzidos de Callithrix jacchus e Callithrix penicillata) na natureza. Foram identificadas, também, as estratégias utilizadas por cada indivíduo do grupo durante o forrageio. Os dados foram coletados durante um estudo experimental de campo realizado em Florianópolis, Santa Catarina, Brasil, entre abril e agosto de 2005, com um grupo social composto por 4-5 indivíduos. O desenho experimental envolveu a construção de uma Estação de Alimentação contendo oito plataformas de alimentação localizadas em um arranjo circular. Em cada experimento, duas plataformas continham uma recompensa alimentar (banana), enquanto as demais continham bananas falsas ou bananas inacessíveis. O grupo mostrou evidências da utilização de informações espaciais e visuais nas decisões de forrageio. Os animais, no entanto, não apresentaram um desempenho significativo quando o experimento requeria o uso de informações de quantidade de alimento ou informações olfativas. A estratégia de forrageio adotada variou entre os indivíduos. Dois indivíduos do grupo agiram como batedores, chegando primeiro às plataformas de alimentação, enquanto outros dois agiram como usurpadores e monitoravam o seu comportamento para se apropriar de parte do alimento encontrado. Um indivíduo agiu como oportunista, apresentando uma freqüência de procura bastante próxima ao esperado pelo tamanho do grupo. Em suma, tanto os aspectos ecológicos quanto os aspectos sociais mostraram-se indispensáveis para a tomada de decisão de forrageio pelos membros do grupo.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:37:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AnaKML_DISSERT.pdf: 1298335 bytes, checksum: bc9f128ee5227ddc8396096c88563b9d (MD5) Previous issue date: 2010-09-30 / In most primates, the mother is primarily responsible for care in early life of the infants, since, as in other mammals, infants depend on their mother to nutritional conditions. However, unlike most of them, in some species, infants are also dependent on other individuals with respect to transportation, supervision, and food sharing. To understand the distribution of care to offspring is essential to understand the social dynamics of the group. Several studies conducted in the natural environment, during the infant have been studied mainly through the careful transport of the infants. Our study approached the different forms of care to infants (transport, supervision and food sharing) and the development of behavioral repertoire throughout all phases of infant and juvenile seeking to better understand how to establish the development and survival of offspring of Callithrix jacchus, in natural environment. The seasonality in the caatinga was striking in this study and the collection had two distinct seasons for each of the sets observed, one dry and one rainy. These environmental changes seem to have influenced the distribution of activities in animal development. Yet the greater availability of resources in the rainy season seems to have been the main factor influencing the pattern of activities. Results will be presented in two manuscripts / Na maioria dos primatas, a m?e ? o principal respons?vel pelo cuidado no princ?pio de vida dos filhotes, uma vez que, como nos demais mam?feros, os infantes dependem da sua m?e para o provimento nutricional. Por?m, ao contr?rio de grande parte deles, em algumas esp?cies, os infantes tamb?m s?o dependentes de outros indiv?duos com rela??o ao transporte, supervis?o e partilha de alimento. Para se compreender a distribui??o do cuidado ? prole ? fundamental conhecer a din?mica social do grupo. V?rios trabalhos realizados no ambiente natural, na fase de infante t?m estudado, principalmente, o cuidado atrav?s do transporte dos filhotes. No nosso estudo foram abordadas as diferentes formas de cuidado aos infantes (transporte, supervis?o e partilha de alimento) e o desenvolvimento do repert?rio comportamental ao longo das fases infantil e juvenil buscando compreender melhor como se estabelece o desenvolvimento e a sobreviv?ncia dos filhotes de Callithrix jacchus, em ambiente natural. A sazonalidade na caatinga foi marcante nesse estudo e as coletas tiveram duas esta??es distintas para cada uma das proles observadas, uma seca e outra chuvosa. Essas varia??es ambientais parecem ter influenciado a distribui??o de atividades dos animais em desenvolvimento. Mesmo assim a maior disponibilidade de recursos na esta??o chuvosa n?o parece ter sido o fator de maior influencia no padr?o de atividades. Os Resultados s?o apresentados em 2 manuscritos

Reservas Indígenas têm tido um papel imprescindível na manutenção de áreas florestais na região neotropical. Existe na Amazônia uma clara associação entre estas reservas e a presença de cobertura florestal. Por outro lado, a simples presença de uma vegetação contínua não é garantia de conservação da biodiversidade, sobretudo em contextos onde a caça é presente. Este estudo analisou a pressão de caça sobre Macacoprego (Cebus apella) e Bugio (Alouatta belzebul), realizada pelos índios Guajá, da comunidade Awá (Maranhão, Brasil). A análise se baseou no conjunto de crânios e mandíbulas de indivíduos consumidos no local no final dos anos 1980. A análise de sustentabilidade se baseou em dois métodos principais, no Modelo de Produção e na análise do padrão intra-específico de abate. A aplicação do modelo de produção indicou uma caça acima dos níveis sustentáveis para as duas espécies, numa área efetiva de caça de 78,5 km2. Mesmo com a incorporação de uma área fonte, que resultou numa área total de 314 km2, o modelo continuou indicando uma caça não sustentável de Bugio. A análise do padrão intra-específico de abate, realizada somente para Bugio, indicou uma proporção de machos e adultos na amostra de Bugios abatidos significativamente maior do que aquela esperada para o gênero Alouatta, o que indica um padrão de caça não aleatório. Conjugando a análise quantitativa com os fatores locais de ordem demográfica e sóciocultural foi possível verificar a presença de fatores positivos e negativos à sustentabilidade no local. A ausência de caça comercial, o fato das duas espécies não serem naturalmente raras, a prática de expedições de caça de longa duração, e evidências de baixa proporção de fêmeas entre os Bugios abatidos se configuram como fatores positivos à sustentabilidade. Já os fatores que comprometem a manutenção das duas espécies na área são: a proximidade com centros urbanos e acesso a armas de fogo, o crescimento da população indígena, a baixa taxa intrínseca de crescimento natural dos primatas e a alta susceptibilidade de Bugio à caça. As previsões geradas neste estudo parecem estar corretas uma vez que é consenso entre os Guajá da comunidade Awá que há um processo de diminuição na disponibilidade de primatas, entre outras espécies de mamíferos de médio e grande porte, nos arredores do assentamento. O declínio de presas nas proximidades do assentamento tem aumentado a freqüência de retiros de caça de longa duração. Atualmente na comunidade Awá, estes retiros parecem reproduzir uma maior mobilidade existente antes do contato e conseqüente fixação. Essa dinâmica demonstra a importância do estabelecimento de Reservas Indígenas de tamanho adequado, oferecendo condições para que as comunidades assentadas possam se ajustar às flutuações locais de presas antes que o impacto local na fauna seja irreversível. / Indigenous lands have a crucial role in the preservation of Neotropical forests. In the Amazon there is clear association between indigenous land and forest cover. However, the simple presence of continuous vegetation doesn\'t guarantee the conservation of biodiversity, especially in the context where hunting is practiced. The present study analyzed hunting pressure on capuchin (Cebus apella) and howler monkeys (Alouatta belzebul) caused by Guajá indigenous people from Awá community (Maranhão sate, Brazil). The analysis was based on a set of skulls and mandibles from individual monkeys consumed at the Guajá settlement in the late 80\'s. Sustainability analyses were based on two models, the Production Model, and the Intraspecific Prey Choice. The development of the production model predicted hunting above sustainable levels for the two species, within an effective hunting area of 78,5 km2. Even with the incorporation of a source-area, which resulted in a total area of 314 km2, the model predicted unsustainable hunting for howler monkey. The Intraspecific Prey Choice analysis, done only for howler monkey, resulted in statistically significant higher proportion of males and adults in the sample than the one expected for the genus Alouatta if howler monkeys were hunted randomly. When quantitative analysis and local demographic and social-cultural factors were taken into consideration, it was possible to observe positive and negative aspects to local sustainability. The lack of marketable hunting, the fact that both species are not naturally rare, the practice of long-distance hunting, and the evidence of low proportion of howler monkey females killed, are all positive factors for sustainability. On the other hand, the proximity to urban centers, easy access to shot-guns, demographic growth of indigenous population, the low intrinsic reproductive level of howler monkeys, the high susceptibility of howler monkey to hunting, and the high proportion of adults killed, are all negative factors for sustainability. The predictions the present study generated seem to be corrected, for it is a consensus among the Guajá from Awá community that there is a current process of decreasing primate availability, among other large- and medium-sized mammals within the surrounding areas. One of the consequences of game-decrease in the proximity of the Awá settlement has been the increase in the frequency of long-distance hunting. Presently, this mobility pattern among Awá community seems to mimic pre-contact high mobility pattern. This dynamic demonstrates the importance of creating indigenous lands of adequate size that offers conditions for sustainable traditional subsistence patterns.

O Brasil tem cerca de 133 espécie s e subespécie de primatas, das quais cerca de 35% são endêmicas. A ocupação e destruição cada vez maior dos ambientes naturais somadas a caça e o comércio ilegal de animais silvestres deixou algumas espécies de primatas seriamente ameaçadas de extinção. O presente estudo trata da morfologia do aparelho reprodutor de fêmeas de bugio (Alouatta caraya e Alouatta guariba clamitans), cujos resultados podem subsidiar pesquisas de reprodução visando sua conservação. Dez aparelhos reprodutores foram estudados macro e microscopicamente pelas técnicas de microscopia de luz e microscopia eletrônica de varredura. As idades das fêmeas foram estimadas utilizando-se uma chave dental. Os resultados mostraram que a vulva em Alouatta assemelha-se a genitália externa dos machos. O útero é simples e piriforme, caracterizado por uma cérvix longa. A musculatura cervical mostra-se bem desenvolvida e a musculatura uterina está organizada de uma maneira peculiar. O epitélio vaginal não mostrou sofrer alterações cíclicas. A característica mais significativa foi a presença de grandes quantidades de tecido intersticial glandular nos compactos ovários. De uma maneira geral a morfologia do aparelho reprodutor das fêmeas de bugio mostram similaridades com outras espécies de Platyrrhinii e poucas diferenças interespecíficas (Alouatta caraya-Alouatta gurariba clamitans). / Brazil has about 133 primate?s species and subespecies among which 35% are endemic. The land occupation, the natural environments destruction, hunting and the illegal commerce of wild animals left some species seriously threatened of extinction. The present study deals with the morphology of the reproductive tract of howler monkeys (Alouatta guariba clamitans and Alouatta caraya), wich data can subdize further reproduction researches, aiming its conservation. Ten female reproductive tract were studied microscopically and macroscopically. The age of the animals was estimated using a dental-age key, most of them were sexually mature. Representative fragments of the uterus, ovary, uterine tube and vagina were cut and prepared for histology and scanning electron microscopy. Our data showed that the Alouatta female vulva resembles the external genitalia of the male. The uterus are pyriform and caracterized by a long cervix. The muscular layer of the cervix was well developed and the musculature of the body of the uterus showed a particular organization. The vaginal epitheliium showd no ciclic alterations. The most significant feature found seems to be the presence of abundant glandular interstitial tissue in the compact ovaries. The female reproductive tract morphology of the howler monkey showed similarities with other Platyrrhini and few interespecific (Alouatta guariba clamitans ?Alouatta caraya) differences.

Submitted by Romulus Lima (romulus.lima@ufpe.br) on 2015-03-10T18:54:55Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Cassia Rodrigues.pdf: 2462661 bytes, checksum: 255e3c468943cb2d57f582e228fc6614 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-10T18:54:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Cassia Rodrigues.pdf: 2462661 bytes, checksum: 255e3c468943cb2d57f582e228fc6614 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-02-24 / CNPq / O impacto antrópico sobre áreas florestadas vem gerando alterações na estrutura da comunidade de primatas em diversas regiões do país. Mesmo em áreas preservadas, competição e distribuição dos recursos podem se tornar importantes determinantes da distribuição desses animais. Com o objetivo de avaliar a influência da ação antrópica e fitofisionomia local sobre a comunidade de primatas e avaliar a dinâmica das populações ao longo do tempo em uma área preservada foram conduzidos inventários e coletas de dados ambientais em uma área impactada, o Assentamento Bom Jesus em 2013, e de uma área preservada, a ESEC Maracá nos anos de 2012, 1997/1998 e 1992, em Roraima. A ESEC Maracá apresentou maior diversidade, abundância e biomassa relativa total de primatas por 10 km andados e percentual de floresta de terra firme, porém menor equitabilidade e percentual de floresta mista em relação à área impactada, apesar disso, as diferenças de parâmetros ambientais e abundância de primatas entre as duas áreas não foram significativas. As variáveis dominância e densidade de árvores com DAP≥10, número de clareiras e corpos d‟água melhor explicaram a variação nas abundâncias dos primatas nas áreas. Na ESEC Maracá, ao longo de três anos, foi evidenciado mudanças no tamanho médio de grupos de primatas, e nas abundância e biomassa relativas de algumas espécies, ainda assim, apesar das tendências observadas, as diferenças encontradas não foram significativas.

Orientadores: Marlene Tiduko Ueta, Eleonore Zulnara Freire Setz / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-05T12:53:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rondon_MichelleVivianeSadosSantos_M.pdf: 2874588 bytes, checksum: 28e75d1c2516ff11dfb2158b272c510f (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Durante o período de agosto de 2003 a julho de 2004 foram realizadas coletas mensais de fezes de bugios-ruivos, Alouatta guariba (Primates, Atelidae), em um fragmento de Floresta Atlântica Semidecídua, a Mata Ribeirão Cachoeira, situada no Distrito de Souzas ¿ Campinas/SP, com 234 hectares. As fezes foram coletadas ao longo de duas trilhas longitudinais dentro do fragmento florestal, um pela calha do riacho e outro por uma trilha paralela com 4.000m de comprimento, com o objetivo de realizar um estudo de helmintos intestinais nestes animais. Foram realizadas 13 coletas com um total de 112 amostras, entre fezes frescas (N=102) e secas (N=10), que foram processadas qualitativamente pelos métodos de sedimentação Hoffman e Rugai e pelos métodos de flutuação Faust e Willis. Das 112 amostras, 61 foram positivas para ovos, larvas ou adultos de nematódeos, representando 54,5%. Os tipos morfológicos de nematódeos encontrados, foram identificados neste trabalho, pela numeração seqüencial, conforme foram sendo observados. Foram encontrados sete tipos morfológicos de ovos, nove tipos morfológicos de larvas e sete de nematódeos adultos. Os ovos tipo 2 de Trypanoxyuris (Trypanoxyuris) minutus (Oxyuridae), foram encontrados em fezes nos dois percursos em nove coletas. Ovos tipo 1 foram pouco freqüentes (N=5) e observados somente em um dos meses de coleta (agosto/2003); são ovos com características morfológicas compatíveis a Strongyloides sp., já relatado para primatas do gênero Alouatta mas, devido ao pequeno número, não houve confirmação. O nematódeo adulto tipo 1 (Oxyuridae, Cosmocercinae) foi o mais comum, ocorrendo em sete coletas no riacho e duas coletas na trilha, tanto em fezes frescas, como secas. O adulto tipo 7, de Trypanoxyuris (Trypanoxyuris) minutus foi observado somente em uma coleta (junho/2004), na trilha paralela. Os outros cinco tipos morfológicos de nematódeos adultos, foram encontrados entre os meses de abril e junho/2004 na trilha, exceto o adulto tipo 6 que foi encontrado no riacho. As amostras fecais mostraram-se positivas para alguma forma de nematódeo em dez coletas do período de estudo / Abstract: From August 2003 to July 2004 I collected fecal samples from the Brown-howler-monkey Alouatta guariba (Primates, Atelidae) monthly in a 234 ha Semideciduous Atlantic Forest fragment (Mata Ribeirao Cachoeira - Campinas/SP) in order to identify intestinal helminths. Feces were collected along two transects inside the forest fragment, one following the stream and the other on a parallel trail, each 4 km long, with the purpose of examining howlers intestinal helminths. On 13 sampling trips 112 samples (102 fresh and 10 dry scats) were collected. All the scats were processed qualitatively by sedimentation (methods of Hoffman and Rugai), and by flotation (Faust and Willis). Of the 112 samples, 61 (54.5%) were positive for eggs, larvae or adults from Nematoda. Morphotypes were enumerated chronologically as they appeared in the samples. There were seven egg morphotypes, nine larvae morphotypes and seven for adults, all Nematoda. Eggs of Trypanoxyuris (Trypanoxyuris) minutus (Oxyuridae) were found in feces along both transects on nine dates. Egg type 1 was uncommon (N=5) and only observed in August 2003. They shared morphological characteristics with Strongyloides sp., already reported for the genus Alouatta. Due to the small sample, confirmation was not possible. A species of Oxyuridae (Cosmocercinae) was the most common adult nematode, occurring on seven dates in the stream transect and twice on the trail. It was found both in fresh and dry scats. Adult Trypanoxyuris (Trypanoxyuris) minutus were observed once (June 2004), on the trail. The additional five adult nematoda morphotypes were found mostly along the trail between April and June 2004, except for the adult type 6 that was found along the stream. The fecal samples were positive for one or more Nematoda on ten sample dates year around / Mestrado / Doutor em Parasitologia

Retrovírus endógenos (ERVs) são vírus que infectaram células germinativas e proliferaram no genoma do hospedeiro. A família K está integrada apenas no genoma de primatas do Velho Mundo. Os ERVs promovem alterações estruturais nos genomas hospedeiros, sendo fundamentais para a sua evolução. Esse trabalho teve como objetivo realizar uma investigação da distribuição e dinâmica evolutiva de ERV-K nos diferentes hospedeiros. Foram identificados 58 ERV-K em humanos, 38 em chimpanzés, 35 em orangotangos e 19 em macaco rhesus. Análises filogenéticas evidenciaram dois grupos principais, Grupo O/N, que compreende os provirus mais antigos e os mais recentes, e Grupo I, com provirus com tempo de integração intermediário. A dinâmica de espalhamento de ERV-K diferiu entre os hospedeiros. A fixação e eliminação dos ERV-K é resultado de fatores demográficos e populacionais, como gargalos de garrafa e expansões sofridas ao longo da evolução. Análises de quais provírus são ativos em pacientes com HIV e com cancer demonstrou que distintos ERVs são transativados, sugerindo alguma consequencia biológica para o hospedeiro. Além disso, a atividade dos ERVs não depende exclusivamente do tempo de integração, mas sim da integridade de regiões específicas contidas na LTR. / Endogenous retroviruses (ERVs) are remains of ancient viral infection in the germ line cells and subsequent vertical transmission. The K family are integrated only in humans and the Old World monkeys. ERVs play a fundamental role on genome evolution and foster variability. The aim of this work was to investigate their distribution and evolutionary dynamics in primate hosts. We found 55 ERV-K genomes in the human genome, 38 in chimpanzee, 35 in orangutan and 19 in Rhesus monkey. Two main groups were recovered by phylogenetic inference, Group O/N, comprising the newest and the oldest proviruses and, Group I, enclosing those with intermediate integration time. Although the primary integration took place in the ancestral lineage of all primates investigated, their evolutionary dynamic was different among them. I propose that ERV-K dynamics depends on the host demography experienced throughout their evolution. This work also investigated the putative source of proviral transcripts detected in HIV carries and cancer patients. The differential expression found under these conditions suggested a biological role of the ERV-K overexpression. Finally, the results showed that the ERV-K overexpression depends on the integrity of specific promoters in their LTR.