De flesta klorater som finns i naturen kommer från utsläpp av människan i flera storaindustrier. Kloraterna påverkar flera olika levande organismer och det är därför viktigt att tahand om dem efter utsläppen. Flera olika bakterier kan bryta ned klorat till klorid och syre, enav dessa är Ideonella dechloratans. Nedbrytningen sker med de alkaliska enzymernakloratreduktas och kloritdismutas under anaeroba förhållanden. I detta arbete har 2Dgelelektrofores utvecklats för alkaliska proteiner i Ideonella dechloratans i syfte att kunnajämföra proteinuttryck under olika odlingsförhållanden. Därefter har en jämförelse mellanaeroba och anaeroba odlingsförhållanden gjorts samt försök att detektera kloritdismutas.Resultatet har blivit att en metod har tagits fram som ger en hög grad av upplösning pågelerna från 2D-gelelektroforesen. Jämförelserna mellan aeroba och anaerobaodlingsförhållanden har visat att det finns stora skillnader i proteinuttryck mellan de bådaodlingsförhållandena. Fler proteiner syns i området pH 8-10 under anaerobaodlingsförhållanden jämfört med aeroba förhållanden. Försök till identifiering avkloritdismutas har gjorts för de anaeroba odlingsförhållandena, dock krävs det ytterligarearbete innan en säker identifiering kan göras.

Disputats. Rheinische Friedrick-Wilhelms-Universität, 2001. / Haves kun i elektronisk udg.

Vi påverkas av allt runt omkring oss vilket direkt eller indirekt styr våra beslut av matval. Tidigare studier indikerar vikten av en balanserad kosthållning med ett likvärdigt intag av animalisk och växtbaserad protein för en hälsofrämjande livshållning. Studiens syfte var att ta del av allmänhetens kunskap och val kring proteiner. En webbaserad enkätundersökning delades ut via sociala medier för ett bredare urval. Bland de 105 respondenterna fanns en överrepresentation inom åldrarna 18-32 år och majoriteten var högutbildade. De främsta skälen till deras val av proteiner var pris, smak och djurhållning. Trots hög andel med universitetsutbildning var kunskapsnivån bristande kring proteiner och dess ändamål. Slutsatsen av studien pekar på vikten av kontinuerlig och uppdaterad information för att rätt kunskap ska erhållas av individerna. Detta är något som hälsovägledare kan bidra med. / Humans are affected from their surrounding which may control our choices when it comes to food intake. Previous studies highlights the importance of a balanced nutrition which contains equal intake of animal and plant-based protein for the health outcome. The aim of this study is to find out people's knowledge and options of proteins. A web-based survey was sent out via social media in order to gain a wide ranging variety in participants. Amongst the participants, there was a preponderance amongst persons between the ages of 18-32 and people with higher education. The foremost reasons the respondents gave about their choices were costs (price), taste and animal agriculture. Although mainly were highly educated, the results of the study showed lack of knowledge about protein and its purpose. This leaves us to the conclusion that the profession as health promoters is needed to provide continuously and updated information to the public in order to maintain a state of good health.

Diss. (sammanfattning) Stockholm : Karol. inst., 2003. / Härtill 11 uppsatser.

Diss. (sammanfattning) Linköping : Univ., 2004. / Härtill 4 uppsatser.

Bakgrund: Endoplasmatiskt retikulum upprätthåller proteinhomeostasen genom syntes och degradering av proteiner. Tre signalvägar reglerar processen via ”unfolded protein response” på olika sätt. Inositol-requiring enzyme 1 alpha är en signalväg aktiverad av en störd proteinhomeostas. Stressen uppstår om cellen utsätts för kemiska substanser t.ex. i samband med djurförsök vid framtagning av läkemedel. Den aktiverade signalvägens respons leder bl.a. till splicing av X-box-binding Protein 1 mRNA. Syfte: Projektets syfte är att minska behovet av djurförsök genom att möjliggöra ökad implementering av 3R-principen. Frågeställningen är om den fluorescerande plasmiden pEGFP-XBP1∆dDBD-STOP-tagRFPt som binder till X-box binding protein 1 mRNA kan användas för detektion av celler vars endoplasmatiska retikulum är stressat. Metod: Plasmid pEGFP-XBP1∆dDBD-STOP-tagRFPt renades ur DH5-Alpha Escherichia coli med JETstar 2.0 Plasmid Purification Midiprep Kit. Humana epiteliala njurceller 293 transfekterades med plasmiden varpå de doserades med tunicamycin. Kontrollen utgjordes av dimetylsulfoxid. Mikroskopering skedde i fluorescensmikroskopet Zeiss Axiovert 200. Mjukvaran AxioVision Ver. 4.8.1.0. Carl Zeiss Imaging Solutions framställde cellerna på dataskärm. Resultat: Hypotestestets signifians bestämdes till p < 0,05. Resultatet antyder att antalet ER- stressade celler ökar med ökande inkubationstid (p = 0,001 – 0,966). En mindre antydan finns också mot en ökande koncentration av tunicamycin (p = 0,096 – 0,690). Slutsats: En rimlig slutsats kan inte dras då antalet utförda analyser är för få. / Background: Endoplasmic reticulum maintains protein homeostasis by protein synthesis and degradation. Three signal paths regulates the process by ”unfolded protein response” in different ways. Inositol-requiring enzyme 1 alpha is one path activated by a disturbed protein homeostasis. Stress starts if the cell is exposed to chemical substances as in connection with scientific animal experiments when pharmaceuticals are developed. The response of the activated signal path leads e.g. to splicing of X-box-binding protein 1 mRNA. Object: The object of the project is to reduce the need of scientific animal experiments by enabling increased implementation of the 3R principle. The question is if the fluorescent plasmid pEGFP-XBP1∆dDBD-STOP-tagRFPt binding to X-box binding protein 1 mRNA can be used for detection of cells whose endoplasmatic reticulum is stressed. Method: Plasmid pEGFP-XBP1 ∆ dDBD-STOP-tagRFPt was purified from DH5-Alpha Escherichia coli with JETstar 2.0 Plasmid Purification Midiprep Kit. Human epithelial kidney cells 293 were transfected with the plasmid whereupon they were dosed with tunicamycin. The control was made off dimethylsulfoxide. Microscopy was done in the fluorescence microscope Zeiss Axiovert 200. The software AxioVision Ver. 4.8.1.0. Carl Zeiss Imaging Solutions imaged cells on the computer screen. Result: The significans of the hypothesis test was set to p < 0,05. The result suggests that the number of ER-stressed cells increase with increasing incubation time (p = 0,001 – 0,966). A smaller hint is also pointing toward increasing concentrations of tunicamycin (p = 0,096 – 0,690). Conclusion: A reasonable conclusion cannot be made because of too few tests.

Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Mass Spectrometry (MALDI-MS) är en effektiv metod för att analysera biomolekyler såsom proteiner. Metoden är utmärkt för kvalitativ analys, medan kvantitativ analys har utrymme för förbättringar. Detta projekt syftade till att undersöka inkorporering av Cu2O-partiklar (Cu2O PS) i en DHB-matris som ett sätt att förbättra kvantitativ analys av äggproteiner och peptider. För att göra detta syntetiserades Cu2O PS och olika utspädningar av partiklarna blandades i matrisen, och en hybridmatris (Cu2O PS@DHB) skapades. Syntesen utfördes tre gånger och resulterade i tre olika uppsättningar av partiklar som undersöktes med hjälp av UV/Vis och DLS. Prover med både DHB och Cu2O PS@DHB analyserades senare med MALDI-MS och resultaten visade att de syntetiserade Cu2O PS inte förbättrade den kvantitativa analysen, även om de mindre, gula partiklarna hade en bättre effekt än de större, orangea partiklarna. En intressant upptäckt gjordes under projektet beträffande Cu2O PS@DHB-matrisen. Vid förberedelse av Cu2O PS@DHB bör blandningen användas omedelbart efter förberedelsen, annars minskar kvalitén på MALDI-MS-spektrumen dramatiskt.

RNA-bindande proteiner (RBP:er) har framträtt som kritiska regulatorer i post-transkriptionell genreglering, och deras dysreglering bidrar till cancerpatogenes. CAPRIN1, ett cytoplasmiskt protein, har identifierats som ett onkofetalt RBP med potentiell betydelse i hepatocellulärt karcinom (HCC), en mycket malign form av levercancer med dålig prognos. Detta examensarbete syftade till att använda gensredigeringsteknologier som CRISPR-interferens (CRISPRi) och RNA-interferens (RNAi) för att störa CAPRIN1-uttryck i HCC-cellinjer och analysera dess effekter på cellproliferation och mängden av CAPRIN1:s främsta RNA-mål. CRISPRi-konstruktioner som riktade sig mot transkriptionsstartstället (TSS) av CAPRIN1 designades och validerades, men trots lyckad kloning och uttryck av guideRNA:er (gRNA:er) resulterade CRISPRi-medierad gensläckning (KD) inte i någon signifikant minskning av CAPRIN1-uttryck. Ineffektiviteten hos CRISPRi tillskrevs låg transfektionseffektivitet, vilket bekräftades av fluorescensmikroskopi med EGFP-expressande plasmider i HepG2- och Huh7-celler. Detta kräver ytterligare optimering av elektroporationsparametrar eller utforskning av alternativa leveransmetoder. I kontrast uppnådde RNAi-medierad KD en betydande minskning av CAPRIN1-uttryck, vilket visade hög KD-effektivitet (90%) enligt RT-qPCR. Denna nivå av gensläckning gav en robust modell för vidare analyser. Efterföljande RT-qPCR av sex topp-RNA-mål identifierade av RAPseq visade varierande svar, med oväntad uppreglering av MYC och Cyclin D2, vilket går emot litteratur som antyder att deras stabilitet beror på CAPRIN1. Denna diskrepans kan förklaras av betydande standardavvikelse i uttrycksnivåerna, vilket understryker behovet av att upprepa experimenten samt genomföra en transkriptomanalys med RNA-seq för att identifiera meningsfulla mål såsom långa icke-kodande RNA (lncRNA:er). Ytterligare, MTT-proliferationstester, visade ökad cellproliferation efter CAPRIN1-KD, även om experimentella inkonsekvenser såsom ojämna cellantal begränsade slutsatsernas pålitlighet. För att erhålla tillförlitliga resultat behöver dock MTT-testet upprepas för att säkerställa konsistens med den positiva kontrollen och samla in statistiskt signifikanta data.Sammanfattningsvis, trots att CRISPRi-försöket stötte på betydande utmaningar, kan gRNA-designen och klonade plasmider användas i framtida studier när elektroporationsprotokollet har optimerats. Dessutom visade den framgångsrika RNAi-medierade KD av CAPRIN1 en alternativ metod som kan antas för vidare studier med andra RBP-kandidater. Framtida studier bör syfta till att optimera elektroporationssystemet, validera KD på proteinnivå och använda RNA-seq för en omfattande analys av CAPRIN1:s inverkan på transkriptomet i HCC-cellinjer. Dessa ansträngningar kommer att förbättra förståelsen av CAPRIN1:s regulatoriska mekanismer och dess potential som terapeutiskt mål vid HCC. / RNA-binding proteins (RBPs) play a crucial role in post-transcriptional gene regulation, and their dysregulation is implicated in cancer pathogenesis. CAPRIN1, a cytoplasmic activation/proliferation-associated protein, identified as an oncofetal RBP with potential significance in hepatocellular carcinoma (HCC), is a worthy candidate to be studied. Objective: This project aimed to establish a protocol for silencing RBPs gene expression via CRISPR interference (CRISPRi) technology using CAPRIN1 as a case study, as the roles of CAPRIN1 in tumorigenesis remains unknown. Results: Despite successful cloning of the designed gRNAs, CRISPRi-mediated knockdown did not reduce CAPRIN1 expression, attributed to low transfection efficiency as indicated by fluorescence microscopy. RNAi-mediated knockdown, however, achieved substantial reduction in CAPRIN1 expression (90%). Subsequent analysis of CAPRIN1 top RNA interactors showed substantial standard deviations, highlighting the need for repeating the experiments. The MTT assay showed uneven initial seeding densities, necessitating further repetitions of the assay. Conclusions: The study highlights the challenges associated with CRISPi-mediated knockdown, especially in transfecting HepG2 cells with large plasmids using electroporation. However, the designed gRNAs and cloned plasmids have the potential to be used in future studies, provided that the transfection process is further optimized. RNAi proved to be an effective alternative for gene silencing, achieving high knockdown efficiency and enabling subsequent analysis of CAPRIN1 target RNAs. Prioritizing further optimization of CRISPRi transfection protocols in upcoming projects will facilitate the adoption of this workflow for investigating other RBP candidates. Additionally, performing a comprehensive RNA-seq analysis could provide a deeper understanding of CAPRIN1’s role in HCC.

The main purpose of the project was to investigate existing markets within the food- and cosmetic industry in order to determine a strategy for market entrance with the bonus product of Fresenius Kabi. The original bonus product, P080, is a rest product from the process where phospholipids are extracted from egg yolk powder. P80 is a refine version of the P080 where egg yolk oil has been extracted, hence the protein content in P80 is higher. The extracted egg yolk oil is the final portion of the bonus product. Thereby, the original bonus product can be divided into two refined fractions. This project investigates the potential for each of these three substances to be a part of a fictive product.  By scanning the global protein market as well as the egg yolk protein and egg oil market, seven potential product segments were discovered. These segments were further evaluated in order to bring out specific products that were potential candidates as products based on the bonus product.  The analysis resulted in two fictive products based on P080; high value nutrition bars and snacks for seniors, one based on P80; protein powder, and one based on egg yolk oil; dietary supplement. All presented in three business cases.

<p>QC 20110615</p>