Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-08-31T16:16:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1406443 bytes, checksum: a010ae0497ca5c1152907bf7a36e2663 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-31T16:16:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1406443 bytes, checksum: a010ae0497ca5c1152907bf7a36e2663 (MD5) Previous issue date: 2017-03-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção de clones de cana-de-açúcar, baseada apenas no fenótipo, é uma tarefa complexa para o melhorista. Os clones selecionados devem apresentar comportamento satisfatório para diferentes caracteres de produção e de qualidade da matéria prima. Para buscar solucionar esse problema, existem diferentes metodologias para auxiliar a seleção para multicaracterísticas. Os métodos fornecem informações de quais clones conseguem combinar, da melhor maneira, os caracteres de interesse agronômico. Como exemplo, tem-se os diferentes índices de seleção, amplamente utilizados no melhoramento animal e vegetal. Contudo não há informações na literatura referentes à utilização de um controlador fuzzy como índice de seleção. A introdução geral dessa tese foi elaborada de maneira a apresentar ao leitor uma breve introdução a respeito do melhoramento genético da cana-de-açúcar, dos diferentes índices de seleção utilizados na área, assim como, fornecer ao leitor informações sobre a lógica fuzzy e o seu potencial para auxiliar nas atividades de seleção genética. Os dois capítulos avaliaram uma população constituída por 220 clones, oriundos de cruzamentos entre diferentes espécies do Genêro Saccharum. No primeiro capítulo foram testados diferentes índices de seleção já consolidados na literatura e amplamente utilizados por diferentes programas de melhoramento genético. Posteriormente, a população foi submetida a uma nova metodologia de seleção clonal, através de um controlador fuzzy, programado para classificar os clones em três ideótipos: os convencionais, com elevado teor de açúcar e biomassa; os de cogeração de energia elétrica, com maior teor de fibra e biomassa; e os multipropósito, com desempenho satisfatório para teores de fibra, sacarose e biomassa. Com base nos resultados obtidos na primeira metodologia de avaliação, foi possível observar que o índice de seleção de Mulamba e Mock, sem pesos econômicos estimados, Mulamba e Mock com pesos econômicos baseados nas herdabilidades e o índice de Pesek e Baker com os ganhos desejados baseados nos desvios padrão genético mostraram-se eficientes na seleção de clones de cana-de-açúcar com rendimento de fibra, conteúdo de sacarose e toneladas de colmos por hectare satisfatório. O desempenho do controlador fuzzy mostrou-se eficiente na seleção de clones para as diferentes finalidades ou ideótipos: cultivo convencional, cogeração de energia e multipropósito. / The selection of sugarcane clones, based only on the phenotype, is a complex task for the breeder. The selected clones must show good behavior for different production characteristics and raw material quality. In order to solve this problem, there are different methodologies to assist the selection for multi-characteristics, the methods provide information on which the clones can combine, the best way, the characters of agronomic interest, for example, the different selection indices, widely used In animal and vegetable breeding, however, there is no information about the literature regarding the use of a fuzzy controller as a selection index. The general introduction of this thesis was elaborated in such a way as to present to the reader a brief introduction on the genetic improvement of sugarcane, the different selection indexes used in the area, as well as to provide the reader with information about fuzzy logic and Its potential to assist in genetic selection activities. The two chapters evaluated a population consisting of 220 clones, generate from crosses between different species of the Saccharum complex. In the first chapter we tested different selection indexes already consolidated in the literature and widely used by different breeding programs. electricity. Based on the results obtained in the first evaluation methodology, it was possible to observe that the selection index of Mulamba and Mock, without estimated economic weights, Mulamba and Mock with economic weights based on heritabilities and the Pesek and Baker index with the desired earnings based In the genetic standard deviations were efficient in the selection of sugarcane clones with good fiber yield, sucrose content and tons of high per hectare. The performance of the fuzzy controller proved to be efficient in the selection of clones for different purposes or ideotypes: conventional cultivation, energy cogeneration and multipurpose.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-09-01T17:30:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3347372 bytes, checksum: 29b1c4c45aac9b219efa13738df0ccd4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-01T17:30:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3347372 bytes, checksum: 29b1c4c45aac9b219efa13738df0ccd4 (MD5) Previous issue date: 2017-02-20 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Embora os estudos de associação genômica (GWAS) forneçam informações valiosas na descodificação das relações entre a variação gênica e os fenótipos complexos, esta técnica explica uma pequena fração da herdabilidade. O mapeamento de herdabilidades regionais (RHM) fornece estimativas de herdabilidade para segmentos genômicos que contêm efeitos alélicos raros e que contribuem individualmente com baixa variação ao ponto de serem detectados pela GWAS. Neste estudo foi realizado a GWAS e o RHM para sete características de crescimento, madeira e resistência à doenças em uma população 768 árvores híbridas de Eucalyptus usando o moderno Chip Illumina EuCHIP60K. As herdabilidades genômicas totais representaram grandes proporções (64-89%) de herdabilidades baseadas em pedigree, fornecendo evidências adicionais de que características complexas em eucaliptos são controlados por muitas variantes ao longo do genoma, cada uma com pequenas contribuições para a variância fenotípica. O RHM detectou 26 QTLs (Quantitative Trait Loci) abrangendo 2.191 SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), enquanto que a GWAS detectou 13 associações. Os QTLs detectados via RHM e GWAS explicaram individualmente 5 a 15% e 4 a 6% da herdabilidade genômica, respectivamente. O RHM foi superior à GWAS na captura de maiores proporções de herdabilidade genômica. Semelhantemente a QTLs previamente mapeados, os resultados destacaram as regiões genômicas que podem ser utilizadas em estudos mais aprofundados para descoberta de genes. Os RHM-QTLs contendo uma combinação de variantes comuns e raras representam um avanço para incorporar conhecimento prévio da arquitetura genética subjacente em modelos de predição genômica. / Although genome-wide association studies (GWAS) have provided valuable insights into the decoding of the relationships between sequence variation and complex phenotypes, they have explained little heritability. Regional heritability mapping (RHM) provides heritability estimates for genomic segments containing both common and rare allelic effects that individually contribute too little variance to be detected by GWAS. We carried out GWAS and RHM for seven growths, wood and disease resistance traits in a breeding population of 768 Eucalyptus hybrid trees using EuCHIP60K. Total genomic heritabilities accounted for large proportions (64 89%) of pedigree-based trait heritabilities, providing additional evidence that complex traits in eucalypts are controlled by many sequence variants across the frequency spectrum, each with small contributions to the phenotypic variance. RHM detected 26 quantitative trait loci (QTLs) encompassing 2,191 single nucleotide polymorphisms (SNPs), whereas GWAS detected 13 single SNP trait associations. RHM and GWAS QTLs individually explained 5 15% and 4 6% of the genomic heritability, respectively. RHM was superior to GWAS in capturing larger proportions of genomic heritability. Equated to previously mapped QTLs, our results highlighted genomic regions for further examination towards gene discovery. RHM-QTLs bearing a combination of common and rare variants could be useful enhancements to incorporate prior knowledge of the underlying genetic architecture in genomic prediction models.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2018-01-15T11:20:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 887380 bytes, checksum: a251d2c41bef4579b1bd658d0f876b0d (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-15T11:20:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 887380 bytes, checksum: a251d2c41bef4579b1bd658d0f876b0d (MD5) Previous issue date: 2017-10-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O algodoeiro herbáceo (Gossypium hirsutum L.) fornece cerca de 90% da fibra têxtil mundial e é uma das culturas de maior relevância industrial. A cotonicultura brasileira se concentra no Cerrado, sobretudo nas regiões Centro-Oeste e Nordeste. Devido as características edafoclimáticas distintas destes locais, um importante fator deve ser considerado nas fases finais dos programas de melhoramento: interação genótipos x ambientes (GxE). Desse modo, esta tese teve como objetivo investigar as implicações da interação entre genótipos e ambientes no melhoramento do algodoeiro cultivado no Cerrado brasileiro. Seus objetivos específicos foram: (1) dividir os locais do Cerrado brasileiro em Mega-ambientes quanto a produtividade de fibras de genótipos de algodoeiro; (2) identificar locais essenciais para a condução de ensaios em cada Mega-ambiente; (3) recomendar genótipos de algodão para o Cerrado brasileiro com base na adaptabilidade e estabilidade produtiva; (4) identificar genótipos de algodão que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para qualidade da fibra; (5) realizar uma recomendação de genótipos que reúnam alta adaptabilidade e estabilidade para produtividade e qualidade de fibras. A produtividade de fibras foi avaliada em 19 ensaios de competição de cultivares de algodoeiro nas safras 2013/2014 e 2014/2015. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos casualizados com 12 tratamentos e quatro repetições. Os caracteres avaliados foram: produtividade de fibras (PRODF), comprimento de fibras (CF), resistência de fibras (RF) e micronaire (MIC). A interação genótipos x ambientes foi significativa para todos os caracteres avaliados. A identificação dos Mega-ambientes e dos locais essenciais foi realizada pelo método GGE biplot com base na PRODF. Foram identificados dois Mega- ambientes, onde os locais de Primavera do Leste e São Desidério possuem maior capacidade de discriminação dos genótipos no Mega-ambiente 1; no Mega-ambiente 2, os locais que reúnem maior poder de discriminação e representatividade são Chapadão do Sul, Pedra Preta e Trindade. Posteriormente, para cada caráter, o método de Lin e Binns modificado foi utilizado para recomendação dos melhores genótipos para todos ambientes, ambientes favoráveis e desfavoráveis. Esse método também foi utilizado de forma multivariada, visando uma recomendação dos genótipos com base nos múltiplos caracteres avaliados. Foram identificados genótipos com alta adaptabilidade e estabilidade para cada caráter. O índice utilizado identificou que os genótipos IMA 08 WS e BRS 335 são aqueles que reúnem as principais características desejáveis. / The herbaceous cotton (Gossypium hirsutum L.) supplies about 90% of the world's textile fiber and is one of the most important industrial crops. The Brazilian cotton cultivation is concentrated in the Cerrado, especially in the Midwest and Northeast regions. Due to the distinct edaphoclimatic characteristics of these environments, an important factor should be considered in the final stages of breeding programs: genotypes x environments (GxE) interaction. Thus, this thesis aimed to investigate the implications of interaction between genotypes and environments on the breeding of cotton cultivated in the Brazilian Cerrado. Its specific objectives were: (1) to divide the Brazilian Cerrado in Mega-environments in terms of fiber yield of cotton genotypes; (2) identify sites essential to conducting trials in each Mega- environment; (3) recommend genotypes of cotton for the Brazilian Cerrado based on adaptability and stability for fiber yield; (4) identify cotton genotypes that meet high adaptability and stability for fiber quality; (5) make a recommendation of genotypes that meet high adaptability and stability for fiber yield and quality. The fiber yield was evaluated in 19 competition trials of cotton cultivars in the 2013/2014 and 2014/2015 seasons. The experimental design was a randomized block with 12 treatments and four replicates. The evaluated traits were: fiber yield (PRODF), fiber length (CF), fiber resistance (RF) and micronaire (MIC). The interaction genotypes x environments was significant for all evaluated traits. The identification of Mega-environments and essential environments was performed by the GGE biplot method based on PRODF. Two Mega-environments were identified, where the Primavera do Leste and São Desidério have a greater discrimination capacity of the genotypes in Mega-environment 1; in Mega-environment 2, the sites that have the greatest power of discrimination and representativeness are Chapadão do Sul, Pedra Preta and Trindade. Thereafter, for each trait, the method of Lins and Binns modified was used for recommendation of the best genotypes for all environments, favorable and unfavorable environments. This method was also used in a multivariate context, aiming at a recommendation of the genotypes based on the multiple traits evaluated. Genotypes with high adaptability and stability were identified for each traitr. The multivariate index used identified that the genotypes IMA 08 WS and BRS 335 are those that meet the main desirable traits.

Submitted by Amauri Alves (amauri.alves@ufv.br) on 2015-12-07T14:40:21Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-07T14:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623147 bytes, checksum: ba5e9bf81cd0f06442c1754ed6b435ed (MD5) Previous issue date: 2015-07-13 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho foi realizado com os objetivos de quantificar a diversidade genética entre acessos de Capim-elefante do Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa (BAGCE), por meio de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, e avaliar a aptidão dos grupos Cameroon e Napier, visando pré-melhoramento genético do capim- elefante para a produção de bioenergia via combustão direta da biomassa. Utilizou-se da metodologia de modelos mistos para estimar os valores genotípicos de 100 acessos do BAGCE com base em caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa, bem como avaliar a aptidão dos grupos Napier e Cameroon. Os grupos de dissimilaridade genética foram obtidos pelo método de Tocher a partir da matriz de dissimilaridade genética, obtida pela distância euclidiana média padronizada. Para quantificar a importância relativa dos caracteres para a diversidade genética, utilizou-se o método de Singh. Para a visualização da diversidade genética dentro dos grupos de dissimilaridade, utilizou-se o método hierárquico do vizinho mais próximo. Análises de correlações canônicas foram realizadas entre os grupos de caracteres morfo-agronômicos e de qualidade da biomassa para os grupos Napier e Cameroon. Complementarmente, utilizou-se a análise de trilha tendo-se como variável principal o poder calorífico (POC). Verificou-se que os acessos do BAGCE apresentaram maior variabilidade genética quanto aos caracteres de qualidade da biomassa em relação aos morfo-agronômicos. Os 100 acessos do BAGCE foram divididos em seis grupos de dissimilaridade genética, com potencial de uso na produção de etanol de segunda geração e combustão direta da biomassa. O grupo Cameroon apresenta em média aproveitamento térmico pela combustão da biomassa superior ao grupo Napier e, portanto, possui maior aptidão para a cogeração de energia. Para o grupo Napier o primeiro par canônico indicou que acréscimo no diâmetro do colmo (DC) resulta em redução da porcentagem de biomassa seca (%BS) e do teor de cinzas (CZ) e proporcionam incrementos no caractere POC. O segundo par canônico indica que os acessos do grupo Napier com florescimento (FLOR) mais tardio e com maior altura de plantas (ALT) são os que apresentam vimenores teores de lignina (LIG) e nitrogênio (NIT). Enquanto o terceiro par canônico sugere que plantas com o FLOR mais tardio são as que proporcionam maiores teores de CZ e menores POC. Quanto à interpretação do primeiro par canônico para os acessos do grupo Cameroon pode-se afirmar que plantas com maior ALT e maior DC apresentam menores teores de CZ e maiores valores de POC, assim como menores conteúdos de celulose/lignina (C/L). No grupo Napier, destacaram-se os caracteres DC, LIG e CZ, enquanto, no grupo Cameroon, as características ALT, DC, C/L LIG, fibra em detergente neutro (FDN) e CZ foram as principais determinantes do POC. Este trabalho é pioneiro na quantificação da diversidade genética, visando utilização do capim- elefante como insumo bioenergético e reforça a importância de ações de pré- melhoramento para elevar a cultura do capim-elefante a um patamar de destaque na diversificação sustentável da matriz energética brasileira. / This work was carried out to quantify the genetic diversity of Embrapa’s Active Germplasm Bank of Elephant grass (BAGCE), through morphoagronomic and biomass quality traits and assess the suitability of Cameroon and Napier groups, aiming pre- breeding of elephant grass for bioenergy production. For this, 100 BAGCE accessions were evaluated by morphoagronomic and biomass quality traits, in two cuts. We used the mixed model methodology to estimate the genotypic values of 100 BAGCE accessions, using morphoagronomic and biomass quality traits, and to evaluate the suitability of Napier and Cameroon groups. The genetic dissimilarity groups were obtained from Tocher method using dissimilarity matrix, obtained by standardized average Euclidean distance. To quantify the relative importance of traits to genetic diversity it was used the method proposed by Singh. To display the genetic diversity within the dissimilarity groups, we used hierarchical neighbor joining method. Canonical correlations analyses were carried out between groups of morphoagronomic and biomass quality traits, for elephant grass groups, Napier and Cameroon. In addition, we used the path analysis using as the main variable calorific value (POC). We found that the BAGCE accessions showed genetic variability superior to quality biomass than morphoagronomic traits. The 100 BAGCE accessions were distributed into six groups of genetic dissimilarity, with potential for second generation ethanol production and direct combustion of biomass. The Cameroon group has an average thermal recovery from combustion of the biomass superior than Napier group, and therefore, exhibit greater suitability to energy cogeneration. In Napier group, the first canonical pair indicates that the increase in average stalk diameter (DC) results in reduction of the percentage of dry biomass (% BS) and ash content (CZ) and increase calorific value (POC). The second canonical pair, reports that plants with late flowering (FLOR) and greater height average (ALT) are those with lower lignin content (LIG) and nitrogen (NIT). The third one, indicate that latter flowering accessions present higher values for CZ, lower POC and higher in vitro digestibility of dry biomass (DIBS). For Cameroon viiigroup, plants with higher ALT and DC have lower CZ and cellulose/lignin reason (C/L) and higher POC. Based on path analysis, we observed as main determinants of POC, in Napier group, the traits DC, LIG and CZ and ALT, DC, C/L LIG, FDN e CZ for Cameroon group. This work is pioneer in genetic diversity quantification, aimed the use of elephant grass as a bioenergy feedstock and reinforces the importance of pre- breeding to raise the elephant grass culture to a prominent level in the sustainable diversification of the Brazilian energy matrix.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-02T12:57:37Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2201123 bytes, checksum: 743a7c3f7ac02c7be145088d97a8bf5b (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-02T12:57:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 2201123 bytes, checksum: 743a7c3f7ac02c7be145088d97a8bf5b (MD5) Previous issue date: 2015-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficácia da seleção recorrente fenotípica, pelo diâmetro do hipocótilo, no melhoramento da arquitetura de plantas do feijoeiro. A população base (ciclo zero – C 0 ) foi constituída por 20 populações selecionadas a partir de 48 híbridos F 1 ’s, com base em cruzamentos em esquema de dialelo parcial (6 x 8) entre 14 linhagens de feijoeiro. A população do primeiro ciclo de seleção recorrente (ciclo um – C 1 ) foi formada a partir da recombinação das plantas F 2 do ciclo C 0 que apresentaram os maiores diâmetro de hipocótilo. As 20 populações do ciclo C 0 foram recombinadas em esquema de dialelo circulante, utilizando como unidade de recombinação quatro plantas oriundas de sementes F 3 das quatro plantas que apresentaram os maiores diâmetros de hipocótilo de cada população do ciclo C 0 . Assim, foram obtidas 20 populações do ciclo C 1 . As 20 populações do ciclo C 0 e as 20 populações do ciclo C 1 foram avançadas até a geração F 4 , quando foram avaliadas em um mesmo experimento, juntamente com nove testemunhas na safra da seca de 2013. As populações foram avaliadas, em nível de plantas individuais, quanto ao diâmetro do hipocótilo e a produção de grãos; e em nível de parcela, quanto à nota de arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Na geração F 2 de cada uma das populações dos ciclos C 0 e C 1 foram selecionadas as 19 plantas de maior diâmetro do hipocótilo para avaliação de suas progênies, totalizando em 380 progênies do ciclo C 0 e 380 progênies do ciclo C 1 . As gerações F 2:3 e F 2:4 das 380 progênies do ciclo C 0 foram avaliadas, respectivamente, nas safras do inverno de 2011 e da seca de 2012. Já as avaliações das gerações F 2:3 e F 2:4 das 380 progênies do ciclo C 1 foram realizadas, respectivamente, nas safras do inverno de 2012 e da seca de 2014. As 380 progênies dos ciclos C 0 e C 1 foram avaliadas juntamente com 13 testemunhas. As características avaliadas foram nota de arquitetura de plantas, produtividade de grãos e aspecto comercial de grãos tipo carioca. Os dados obtidos a partir das populações e das progênies foram utilizados na estimação do progresso genético do programa de seleção recorrente fenotípico baseado no diâmetro do hipocótilo. Observou-se estimativas de progresso genético para notas de arquitetura de plantas de 4,93%, com base na avaliação das populações, e de 1,79%, com base na avaliação das progênies. Também houve ganho para diâmetro do hipocótilo na avaliação das populações (4,95%), indicando associação desta característica com arquitetura mais ereta de plantas. Observou-se que entre as dez populações que apresentaram maiores probabilidades de extração de linhagens superiores quanto à arquitetura, oito foram do ciclo C 1 e apenas duas do ciclo C 0 . Assim, conclui-se que a seleção fenotípica por meio do diâmetro do hipocótilo é eficaz no melhoramento da arquitetura do feijoeiro. / The objective of this study was to evaluate the efficacy of phenotypic recurrent selection, by hipocotyl diameter in the improvement of bean plant architecture. The base population (cycle zero - C 0 ) was composed of 20 populations selected from 48 F 1 ’s hybrids, based on partially cross dialel design (6 x 8) between 14 beans lines. The population of the first recurrent selection cycle (cycle one - C 1 ) was formed from recombination of the C 0 cycle F 2 plants that showed the highest hipocotyl diameter. The 20 populations of C 0 cycle were crossed in diallel circulating design, using as recombination unit four plants from F 3 seeds of the four plants that had the highest hypocotyl diameters of each population of C 0 cycle. Thus, it was obtained 20 populations of the C 1 cycle. The 20 populations of the C 0 cycle and C 1 cycle of 20 populations were advanced until F 4 generation, when they were evaluated in the same experiment together with nine checks in the drought season of 2013. The populations were evaluated at the level of individual plants, about the hypocotyl diameter and grain yield ; and plot level, about the architecture note of plants and grain yield. In the F 2 generation of each population of cycles C 0 and C 1 were selected the 19 plants of larger hypocotyl diameter to evaluate their progeny, totaling 380 progenies of C 0 cycle and 380 progenies of C 1 cycle. The generations F 2:3 and F 2:4 of 380 progenies of C 0 cycle were evaluated, respectively, in the winter seasons 2011 and in the drought season 2012. Already evaluations of generations F 2:3 and F 2:4 of 380 progenies C 1 cycle were, respectively, in the winter season 2012 and the drought season 2014. The 380 progenies of C 0 and C 1 cycles were evaluated together with 13 witnesses. The characteristics evaluated were note of plant architecture, grain yield and commercial aspect of carioca grain beans. The data obtained from the populations and progenies were used to estimate the genetic progress of phenotypic recurrent selection program by hypocotyl diameter. It was observed genetic progress for notes of architecture plants of 4.93%, based on the evaluation of populations, and 1.79%, based on the evaluation of the progenies. There were also gains for hypocotyl diameter in evaluation of the populations (4.95%), indicating association of this feature with architecture more erect of plants. We observed that between ten populations that have higher probabilities of extraction higher lines about the architecture, eight were in the C 1 cycle and only two of the C 0 cycle. Thus, we concluded that the phenotypic selection by hypocotyl diameter is effective in improving bean architecture.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-14T09:46:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 930284 bytes, checksum: c53f457fa4116be5bc4e687ad459a112 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T09:46:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 930284 bytes, checksum: c53f457fa4116be5bc4e687ad459a112 (MD5) Previous issue date: 2002-04-16 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O vírus do endurecimento dos frutos do maracujazeiro (PWV) é membro da família Potyviridae, gênero Potyvirus. No Brasil a doença está presente relatada nos principais Estados produtores. Plantas de maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa Degener) transformadas com uma construção não traduzível correspondente a 2/3 da região 3 do gene nib e 1/3 da região 5 do gene cp de PWV-isolado Minas Gerais (PWV-MG) foram propagadas por estaquia e desafiadas por inoculação mecânica via extrato foliar tamponado com os isolados PWV-MG e PWV-isolado Pernambuco (PWV-PE). O transformante (T10) foi resistente ao PWV-MG, mas suscetível ao PWV-PE. A ausência de vírus nestes transformantes foi confirmada por ELISA indireta. As demais plantas transgênicas desenvolveram sintomas evidentes quando inoculadas com ambos os isolados. Análises de expressão gênica por hibridização demonstraram que na linhagem T10 não ocorreu acúmulo de mRNA transgênico antes da inoculação. Após a inoculação, apenas em plantas inoculadas com o isolado PWV-PE foi detectado RNA viral. Estes resultados comprovam que o transformante T10 é resistente ao isolado PWV-MG, que o mecanismo de resistência envolvido é o silenciamento gênico pós- transcricional e que este mecanismo já está ativado nas plantas transgênicas antes da inoculação com o vírus. A linhagem T10 será propagada vegetativamente a testada para resistência ao PWV em condições naturais. / The passionfruit woodiness virus (PWV) is a member of the family Potyviridae, gender Potyvirus. In Brazil the disease is present in the principal States producers. Passionfruit yellow plants (Passiflora edulis f. flavicarpa Degener) were transformed with a non translatable construction corresponding to 2/3 of the area 3 ' of the gene nib and 1/3 of the 5 ' of the gene PWV-isolated cp Minas Gerais (PWV-MG). Trangenic plants were cloned by stem cuttings and challenged by sap inoculation with isolated PWV-MG and PWV-isolated Pernambuco (PWV-PE). The transgenic plant (T10) was resistant to PWV-MG, but susceptible to the PWV-PE. The virus absence in these plant was confirmed by ELISA indirect. The other transgenic plants developed evident symptoms when inoculated with both isolated ones. Northern blot analyses demonstrated that in the transgenic plant T10 did not accumulate transgenic mRNA before the inoculation. After the inoculation, viral RNA was detected just in plants inoculated with the isolated PWV-PE. These results proved that the transgenic plant T10 was resistant to isolated PWV-MG, that the resistance mechanism involved it was post-transcriptionaly gene silencing and that this mechanism was already activated in the transgenic plants before virus inoculation. The transgenic plant T10 will be vegetatively propagated and tested for resistance to PWV under natural conditions. / Não foi encontrado o currículo lattes do autor.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Objetivo: avaliar comparativamente a concentração de ácido hialurônico na cobertura, ligamento e músculo de prega vocal normal de homens e mulheres, jovens e idosos. Método: Utilizou-se uma proteína de ligação ao ácido hialurônico (AH) obtida de cartilagem nasal bovina em um ensaio fluorimétrico. Placas de ELISA contendo a proteína de ligação adsorvida em sua superfície foram sequencialmente incubadas com: amostras de material da porção medial da cobertura, ligamento e músculo da prega vocal de 19 indivíduos jovens e 20 idosos, de ambos os sexos, proteína de ligação conjugada com biotina e estreptavidina ligada a európio. Após a liberação de európio em solução de enhancement, a fluorescência final foi mensurada com auxílio de um fluorímetro. Resultado: Comparação estatisticamente significante: (1) Maior concentração de AH na cobertura e no ligamento em relação ao músculo em toda a amostra; (2) Maior concentração de AH no ligamento em relação ao músculo nos jovens dos sexos masculino e feminino, considerando-se separadamente cada grupo. Dados sem significância estatística: (3) Maior concentração de AH no ligamento em relação às demais porções; (4) Maior quantidade de AH nas mulheres jovens na cobertura e menor no ligamento em comparação com homens jovens; (5) Queda nos valores de AH com o envelhecimento sendo mais pronunciada na cobertura no sexo feminino e em todas as porções no sexo masculino; (6) Diminuição dos valores de AH foi observada nos indivíduos idosos do sexo masculino, em todas as porções, mantendo a diferença entre os sexos na cobertura. Conclusão: Do estudo de concentração de ácido hialurônico em pregas vocais de jovens e idosos, podemos concluir que: há maior concentração de AH na cobertura e no ligamento em relação ao músculo em toda a amostra; é encontrada maior concentração de AH no ligamento em relação ao músculo nos jovens de ambos os sexos, considerando-se separadamente cada grupo. / Objective: to compare and evaluate hyaluronic acid (HA) concentration in the cover, vocal ligament, and vocal muscle of normal vocal folds, in young and elderly men and women. Method: A hyaluronic acid binding protein obtained from bovine nasal cartilage and determined by fluorometric assay was employed. ELISA plates coated with adsorbed binding protein were sequentially incubated with material samples from the middle portion of the cover, vocal ligament, and vocal muscle of 19 young subjects and 20 elderly ones, of both genders; biotin-conjugated binding protein; and streptavidin-europium conjugate. After europium release in an enhancement solution, final fluorescence was measured in a fluorometer. Results: Statistically significant comparisons: (1) Higher HA concentration in the cover and vocal ligament when compared to vocal muscle, in the whole sample; (2) Higher HA concentration in vocal ligament when compared to vocal muscle in young subjects of both genders, considering each group separately. Statistically non-significant data: (3) Higher HA concentration in vocal ligament when compared to the remaining portions; (4) Higher HA concentration in the cover of young women and lower concentration in vocal ligament when compared to young men; (5) HA value fall with aging, more prominent in the cover of women and in all portions of male subjects; (6) Lower HA concentration in elderly men, in all portions, keeping the difference between genders in the cover. Conclusion: From the hyaluronic acid concentration study in young and elderly subjects’ vocal fold we can conclude that there is a higher HA concentration in the cover and vocal ligament when compared to vocal muscle, in the whole sample; a higher HA concentration in vocal ligament when compared to vocal muscle in young subjects of both genders, considering each group separately. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Maykon Nascimento (maykon.albani@hotmail.com) on 2014-09-23T18:50:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao.Washington.texto.pdf: 3382347 bytes, checksum: 2543d2c90cc76b3c408a2116dc342003 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2014-11-21T15:37:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao.Washington.texto.pdf: 3382347 bytes, checksum: 2543d2c90cc76b3c408a2116dc342003 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-21T15:37:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertacao.Washington.texto.pdf: 3382347 bytes, checksum: 2543d2c90cc76b3c408a2116dc342003 (MD5) Previous issue date: 2014 / O presente estudo tem por objetivo avaliar se o perfil do adotante de inovações altera a relação entre o Valor Percebido e a Intenção de Compra de mídias móveis (smartphones, tablets, ultrabooks e leitores de e-books). Trata-se de uma pesquisa quantitativa que busca explorar a relação estrutural entre as variáveis por meio de Modelagem de Equações Estruturais (SEM – Strutural Equation Modeling). O modelo de pesquisa proposto foi desenvolvido tendo como base a Teoria da Difusão da Inovação (TDI), a Teoria Unificada de Aceitação e Uso de Tecnologia (UTAUT), o Modelo de Aceitação de Tecnologia (TAM), o Modelo Baseado em Valor (VAM), o Modelo de Aceitação de Tecnologia pelo Consumidor (CAT) e o Modelo de Influência Social (IS). Para coletar os dados foi utilizada a técnica snowball sampling ou amostragem em bola de neve, forma de amostragem não probabilística utilizada em pesquisas sociais. Foi feito um levantamento (survey), distribuindo-se questionário disponibilizado pela rede social Facebook, a partir dos contatos do autorsolicitando-se que os respondentes replicassem em suas páginas pessoais o link da pesquisa, ampliando a amostra. A coleta dos dados foi realizada nos meses de setembro e outubro de 2013, obtendo-se um total de 362 questionários respondidos. O estudo apresentou um efeito significativo da variável Valor Percebido na Intenção de Compra (estatística t = 4,506; nível de significância de 1%), além de sustentar a influência moderadora do Perfil do Adotante sobre essa relação (estatística t = 4,066; nível de significância de 1%), apresentando alto impacto sobre a Intenção de Compra (f 2 = 0,582) e relevância preditiva moderada (q2 = 0,290). Entre as variáveis antecedentes relacionadas à adoção de tecnologia, não apresentaram efeito significativo sobre o Valor Percebido: a Facilidade de Uso Percebida, a Complexidade Percebida e o Risco Percebido. O modelo contribuiu significativamente para explicar a influência dos fatores que impactam o Valor Percebido (R2 = 51,7%) o efeito do Valor Percebido na Intenção de Compra (R2 = 49,1%) de equipamentos eletrônicos portáteis. O suporte da presumidade influência moderadora do Perfil do Adotante sobre a relação Valor Percebido e Intenção de Compra indica que as organizações devem conhecer melhor os consumidores desse tipo de equipamento móveis, segmentando e desenvolvendo ações alinhadas com cada perfil de adotante. / The present study aims to evaluate if the profile of the adopter of innovations affects the relationship between Perceived Value and Intention to Buy mobile media (smartphones, tablets, ultrabooks and e-readers). This is a quantitative study that seeks to explore the structural relationship between variables by means of Structural Equation Modeling (SEM). The proposed research model was developed based on the Innovation Diffusion Theory (IDT), the Technology Acceptance Model (TAM), the Value-based Adoption Model (VAM), Consumer Acceptance of Technology Model (CAT), the Unified Theory of Acceptance and Use of Technology (UTAUT) and Model of Social Influence (SI). To collect data the snowball sampling technique, a non-probability sampling method used in social research was used. A survey was done by distributing a questionnaire provided by the social network Facebook, from contacts if autorsolicitando that respondents replicassem on their personal pages link research, expanding the sample. Data collection was conducted during September and October of 2013, yielding a total of 362 responses. The study showed a significant effect between the variables Perceived Value and Purchase Intention (t-value = 4, 506; significance level of 1 %), and supported the moderating influence of the Adopter Profile of this relationship (t-value = 4.066; significance level of 1%), with a high impact on the purchase intention (f2 = 0.582) and moderate predictive relevance (q2 = 0.290). Between the antecedents variables related to technology adoption, had no significant effect on Perceived Value: the Perceived Ease of Use, Perceived Complexity and Perceived Risk. The model contributed significantly to explain the influence of the factors that impact on Perceived Value (R2 = 51.7 %) and the influence of this on Purchase Intention (R2 = 49.1 %) of mobile media. The support presumidade moderators influence the adopter profile on Perceived Value and Purchase Intention ratio indicates that organizations should know better consumers of this type of furniture equipemnto, targeting and developing actions aligned with each Adopter Profile.

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-20Bitstream added on 2015-05-14T16:59:22Z : No. of bitstreams: 1 000821544.pdf: 1058654 bytes, checksum: 3c5b3272b062e9f435343490ca99ea7e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Dentre as diferentes tecnologias utilizadas para avaliação instrumental da deglutição orofaríngea, tendo como critério a relação custo/benefício, a ultrassonografia do movimento de língua se destaca como um instrumento viável para a investigação das funções orofaciais. O objetivo desse estudo é descrever e caracterizar qualitativamente e quantitativamente os parâmetros ultrassonográficos da deglutição orofaríngea em adultos saudáveis e verificar de que forma as variáveis faixa etária e consistência de alimento, bem como suas respectivas interações, interferem nos parâmetros ultrassonográficos. Foram realizadas avaliações ultrassonográficas da deglutição (com ultrassom portátil modelo DP 6600, transdutor micro-convexo acoplado a um computador, além do estabilizador de cabeça) de 100 indivíduos (divididos em 4 grupos: GI - 20 à 30 anos, GII - 31 à 40 anos, GIII - 41 à 50 anos e GIV - 51 à 60 anos) com a consistência líquida (volume livre e controlado de 5ml) e consistência pudim (volume controlado de 5ml). Os parâmetros para a análise qualitativa do movimento de língua e do osso hióide foram adaptados de um estudo prévio. Considerou-se a presença de cinco marcadores durante a deglutição orofaríngea. Para a análise quantitativa, foram observados os parâmetros: duração da propulsão do movimento de língua durante a deglutição e a distância do deslocamento máximo do osso hióide durante o pico da deglutição. Os resultados indicaram que, em relação à descrição ultrassonográfica qualitativa, todos os indivíduos, independente da consistência e volume do alimento apresentaram o mesmo padrão de postura de língua para a recepção do alimento (fase1) e apreensão do alimento (fase 2). Em relação à propulsão do bolo alimentar (fase 3), verificou-se uma grande variabilidade inter-sujeitos do movimento ondulatório da língua. Já para o pico máximo do deslocamento... / Among different technology used in oropharyngeal swallowing instrumental evaluation, considering cost-benefit ratio, tongue movement ultrasound stand out as a viable instrument to investigate orofacial functions. This study aims to describe and to define - both qualitatively and quantitatively - ultrasonographic parameters of oropharyngeal swallowing among healthy adults and to verify in what way the variables age group and consistency of food swallowed, as well as respective interactions, might interfere with ultrasonographic parameters. Ultrasonographic evaluations of swallowing were performed (using the DP 6600 portable ultrasound machine, a micro-convex probe connected to a PC, and a Stabilization Headset) in 100 people (divided into four groups: GI - 20 à 30 age, GII - 31 à 40 age, GIII - 41 à 50 age e GIV - 51 à 60 age), using liquids (both free volume and controlled swallow of 5 ml) and pudding-consistent food (controlled swallow of 5 ml). Tongue and hyoid bone movement, used as parameters to qualitative analysis, were adapted from a previous study. During the oropharyngeal swallowing, the presence of five markers was considered. The following parameters were regarded in the quantitative analysis: tongue movement propulsion duration during swallowing, and maximum displacement of the hyoid bone during swallowing peak. Considering qualitative ultrasonographic description, the results pointed that all volunteers presented the same standard tongue posture previous to food reception (phase 1) and containment (phase 2), regardless of food consistency and volume. During the bolus propulsion (phase 3), a wide intersubjective variety of wavelike movements was observed. Concerning maximum displacement of the hyoid bone (phase 4), the ultrasonographic image was analyzed having as reference a 45º angle, that is, for each kind of bolus, we considered displacements equal or under 45º, or above this. Generally, the angle ...

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:24:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-05-19. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:47:53Z : No. of bitstreams: 1 000846322_20151201.pdf: 248574 bytes, checksum: 6755b57b4d6797c9a4f5d72763bc6e05 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-12-01T09:08:34Z: 000846322_20151201.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-12-01T09:09:26Z : No. of bitstreams: 1 000846322.pdf: 1137761 bytes, checksum: bbe9bfb094663aef56d7a432ede431ba (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Estamos vivendo uma época onde os avanços das áreas ligadas a biologia são rotineiros, nos levando cada vez mais a nos habituar a experimentos com um grande número de variáveis. A tecnologia de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) e parte deste quadro e as abordagens computacionais aplicadas neste âmbito não estão totalmente estabelecidas e necessitam de análises mais detalhadas. A partir da tabela de contagens, que sumariza cada biblioteca em uma condição experimental, propõe-se a utilização de um método variacional chamado de Suvrel, baseado na minimização de uma função custo que penaliza grandes distâncias entre elementos de mesma classe e favorece pequenas distâncias entre elementos de classes diferentes, para inferência de expressão diferencial. A aplicação do método foi realizada em uma tabela de contagens produzida após o sequenciamento, alinhamento e sumarização de 5 replicatas técnicas de RNA de referência humano juntamente com a mistura ERCC 1 e 5 replicatas técnicas de RNA de referência do cérebro humano juntamente com a mistura ERCC 2. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do projeto do MAQC-II, de nindo os transcritos analisados pelo projeto com log2 do fold-change maior que um limiar que varia de 0,5 a 2,0 como os verdadeiros positivos e os restantes como verdadeiros negativos, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem maiores valores abaixo das curvas ROC na maior parte dos limiares. Utilizando curvas ROC produzidas com os dados do ERCC, geradas utilizando o logs das mudan cas das propor c~oes prede nidas das misturas ERCC 1 e 2 de 92 oligonucleot dios, e poss vel concluir que o m etodo Suvrel tem a maior area abaixo da curva ROC. Embora as a reas abaixo das curvas ROC sejam compar aveis as de outros pacotes (como por exemplo o edgeR), e importante ressaltar que elas foram produzidas usando um m etodo que não faz nenhum tipo de suposição quanto a distribuição associada aos reads... / We are living in a time where advances in areas related to biology are routine, taking us to accustom to experiments with large number of variables. The RNA sequencing technology (RNA-Seq) is part of this framework and computational approaches applied in this context are not fully established and require more detailed analysis. Generally, in a experiment of analysis of di erential expression, total RNA samples or messengers (mRNA) is extracted, puri ed, fragmented, sequenced, mapped, and nally counted, generating an count table that relates how many reads was aligned to a given gene in a experimental condition. From this stage, it is proposed to use a variational method, called Suvrel (Supervised Variational Relevance), based on the minimization of a cost function that penalizes large distances between the same class of elements and favors small distances between di erent classes of elements to make the inference of relevance of each gene. The application of the method was performed on count table produced after of sequencing, alignment and summarization of 5 technical replicates containing Strategene Universal Human Reference RNA (UHRR) (part of Sequencing Quality Control Consortium, SEQC) together with ERCC 1 mix, and 5 technical replicates containing Ambion's Human Brain Reference RNA (HBRR) (part of SEQC also) together with the ERCC 2 mix. Using the ROC (Receiver Operating characteristic) curves generating from data of MAC-II project, setting the transcripts with log of fold-change greater than a cuto (from 0.5 to 2.0) as true positive and the others as true negative, the curves 6.2 and 6.4 were generated. From these graphs it is possible to conclude that the Suvrel method has higher AUCs in most of cuto s. It is appropriate to note that conclusions were obtained using a method that does not make any assumption about the distribution associated with the reads, using a simple normalization (divide the counts of a gene by its standard ...