Fusobacterium necrophorum är en gramnegativ anaerob bakterie som grupperas i ss. necrophorum och ss. funduliforme. Fusobacterium necrophorum ss. funduliforme har på senare tid misstänkts kunna spela en roll vid vanligare svalginfektioner såsom halsfluss. Syftet med detta arbete var att sätta upp och bepröva en metod för realtids-PCR (Polymerase Chain Reaction) enligt Taqman för att detektera ss funduliforme. Vi undersökte även hur förvaringstiden i transportmedium (Amies kol, Copan) och odlingsmedium (Fastidious Agar Broth) påverkar överlevnaden för F. necrophorum ss. funduliforme och resultatet från realtids-PCR. Bakteriesuspension av varierande koncentration applicerades på provtagningspinnar som direkt inkuberades i medium, varefter en pinne av vardera koncentration utodlades och DNA extraherades för varje dag försöket pågick. En serie 10-spädningar av extraherat DNA från ss funduliforme ,med en lägsta koncentration av 10 DNA-molekyler per µL, användes som standard och positiv kontroll för PCR. Fusobacterium necrophorum ss funduliforme kunde detekteras med realtids-PCR från alla prov under alla dagar försöket pågick, medan odlingarna visade bäst resultat om provet såddes ut inom ett dygn från provtagningen. Realtids-PCR kan därför detektera förekomsten av ss funduliforme efter längre förvaring och bör användas för exempelvis transporterade prover, medan traditionell utodling med fördel kan användas för diagnostering av ss fundulforme då PCR inte ger information om antibiotikaresistens hos isolatet. / Fusobacterium necrophorum are Gram-stain negative, anaerobic, bacteria that are grouped into subspecies necrophorum and funduliforme. Fusobacterium necrophorum ss. funduliforme has recently been suspected to play a role in common throat infections such as tonsillitis. The purpose of this work was to set up and test a method for real-time PCR (Polymerase Chain Reaction) according to Taqman with the purpose of detecting ss. funduliforme. We also examined how the storage time within transport medium (Amies charcoal, Copan) and culture medium (FAB-broth) affects the survival of the bacterium and the sensitivity of the culture and PCR methods. Bacterial suspensions of different concentrations were applied to pharyngeal sampling swabs and then directly incubated in transport medium. For each day the experiment lasted, a set of swabs of each concentration were cultured, DNA extracted, and real-time PCR performed. DNA extracted from ss. funduliforme was used as standards for the real-time PCR, with a minimum concentration of 10 DNA molecules per μL. Subspecies funduliforme could be detected from all days with real-time PCR while the cultures showed the best results if the sample was cultured within one day of collection. Real-time PCR can detect the presence of ss. funduliforme after prolonged storage and can therefore show accurate results for transported samples. Traditional culturing on growth medium is still a valuable and reliable method, provided that the samples are cultured within 24 hours. Culture may also be needed i.e. since PCR gives no information of the antibiotic resistance of the isolate.

Human T-lymfotropt virus (HTLV) är ett C-typ onkovirus som tillhör familjen Retroviridae som huvudsakligen angriper T-lymfocyter och orsakar leukemi och andra autoimmuna sjukdomar. I den nuvarande kliniska diagnostiken används Enzyme-linked immunosorbent assay och ibland vid screeningsmetoden uppträder ospecifika reaktioner. På senare tid har flera metoder baserade på real-tids PCR utvecklats för att bestämma halten av virala genom i patienter. Syftet med denna studie var att sätta upp och optimera en realtids-PCR för detektion av humant T-lymfotropt virus typ-1 och 2. Inför optimering av realtids-PCR extraherades DNA från MT-4 och MO-T cellinjer.  Under optimering av realtids-PCR användes SYBR Green och smältpunktsanalys där flera komponenter bl.a. templat-, primer-, magnesium- koncentrationer samt annealing/elongeringstemperaturen modifierades. Efter avslutad optimering utfördes probetitrering för att specifikt skilja ut HTLV-1 och HTLV-2. Amplifieringsprodukten verifierades med Sangersekvensering. För att hitta den lämpligaste metoden för extrahering av DNA från helblod testades olika extraheringsmetoder för DNA-preparering. Efter färdig optimering såg PCR-programmet ut enligt följande: 95ºC i 3 min följt av 45 cykler med 95ºC i 3s och 60ºC i 10s. De optimala koncentrationerna av de olika reagenserna var 0,5µM HTV-F5, 0,7µM HTV-R4, 0,2µM HTLV-P1 och 0,1µM HTLV-P2.  Den optimala extraktionsmetoden från helblod visades vara med MagNA Pure Compact med 500µL helblod. Den färdig optimerade PCR-metoden är en semi-kvanitativ metod som fungerar väl för detektion av HTLV 1 och 2, men vidareutveckling av metoden krävs innan den kan tas i bruk för klinisk diagnostik.

No description available.

No description available.

Business Intelligence och realtids Business Intelligence har blivit ett område som allt fler företag intresseras av. Forskningen idag involverar en rad företag som koncentrerar sig på stora kund-, produkt- och tjänstevolymer. Ett av dessa företag är flygbolaget Continental Airlines. Detta bolag har funnit sju faktorer som bör beaktas då en realtids BI-lösning ska anammas.  Detta arbete kommer att lägga fokus på en av dessa faktorer. Denna faktor säger att realtids BI endast levererar något värde om besluts- och affärsprocessen ändras i enlighet med den IT-lösning som införs i företaget. Under denna studie kommer det att undersökas hur denna faktor fungerar i mindre organisationer. Behöver mindre organisationer ändra sina processer vid införandet av en realtids BI-lösning och i så fall i vilken utsträckning ska dessa ändras. Det här projektet innebär ett samarbete med Svenska Kyrkan i Lidköping som utgör den mikromiljö som den ovan nämnda faktorn kommer att testas på, samt iP1 Networks AB som har utvecklat realtids BI-lösningen Svenska Kyrkan i Lidköping är intresserade av.

No description available.

The antibiotic class β-lactams include drugs such as penicillins, cephalosporines, carbapenems and monobactams which mechanism of action is to inhibit cell-wall synthesis. Bacteria have developed several mechanisms to counter β-lactams. Bacteria can defend themselves from antibiotics by releasing enzymes that attack the antibiotic compound itself by hydrolysis, target alteration or redox reactions. Presence of antibiotics can also trigger a downregulation of genes coding for antibiotic binding proteins, as well as upregulation of proteins that serves as channel and pump proteins that ensure no accumulation of antibiotics occurs in the cytosol. The aim with the study was to investigate the presence of three plasmid-mediated genes (blaFOX, blaCIT(CMY-2) and blaMOX) coding for ampicillin resistance (pAmpC) in water isolates sampled from Helge River, Kristianstad. The detection of genes was done according to a previous optimized protocol for Real-Time PCR with SYBR™Green chemistry (duplex blaCIT(CMY-2)/blaMOX and singleplex blaFOX). The method proved not to be robust for multiplex PCR, only the singelplex for the gene blaFOX could produce valid results. 30 of 96 isolates were deemed as positive for the gene, whereas 27 of 79 were considered clinical relevant. Among the 27 isolates, 16 also harbored other genes for resistance (13 blaCTX-M, 2 blaOXA, 1 blaTEM and 1 blaSHV). One isolate carried on three resistancegenes (blaFOX, blaCTX-M och blaTEM). A majority of the positive isolates, 20 out of 27, were sampled near the pumpstation. The findings indicate that Helge river might be a reservoir for dissemination of antibiotic resistance genes.

Artificiella ekosystem är en tillämpning av artificiell intelligens som har funnits länge. Användningsområden för artificiella ekosystem innefattar främst biologiska simulationer men även andra typer av simulationer förekommer. Genom att simulera individuella djur blir den artificiella intelligensens uppgift att styra djurens beslut utifrån dess individuella förutsättningar och kamp för överlevnad. Detta arbete behandlar frågeställningen vilken beslutsalgoritm som är bäst lämpad att för att använda till ett artificiellt ekosystem i ett spel. Två beslutsalgoritmer jämförs, en dynamisk som bygger på maskin inlärning och en statisk som inte är kapabel att lära eller minnas. Den dynamiska heter Behavior Network och den statiska heter Decision Tree. En applikation byggs för att jämföra hur väl de bägge algoritmerna löser problemet att styra ett artificiellt ekosystem i ett spel. Algoritmerna jämförs efter tre kriterier, svårighet att anpassa till uppgiften, hur mycket beräkningskraft som krävs från datorn att driva algoritmen och hur väl individerna överlever när de styrs av algoritmen. Detta verk visar att Decision Tree är den mer lämpade algoritmen enligt samtliga tre kriterier. Behavior Network visar lovande kvalitéer men inga av resultaten inom ramarna för detta arbete stödjer att använda algoritmen till detta tillämpningsområde.

Detta arbete undersöker möjligheterna med att simulera mikrovågor i ett slutet system. Systemet implementeras med en redan befintlig teknik kallad ray tracing. Ray tracing är en ljussättningsteknik som går ut på att simulera fotoners rörelse mellan ljuskälla och betraktare i en miljö man önskar ljussätta, och sedan belysa de områden som blir träffade för att på detta vis rendera en bild. Fotoner och mikrovågor har egenskaper som liknar varandra då de båda är elektromagnetism med olika våglängder. Ray tracing är en krävande algoritm då många uträkningar för varje foton måste utföras varje uppdatering. Därför har algoritmen implementerats med CUDA, ett bibliotek från Nvidia som gör det möjligt att använda GPU:n som ett generellt beräkningssystem. Detta är lämpligt för just den här typen av problem då GPU:ns arkitektur är ämnad för multipla, parallella uträkningar.

Tuberkulos orsakad av Mycobacterium tuberculosis, är en av de ledande dödsorsakerna globalt sett enligt världshälsoorganisationen (WHO). M. tuberculosis ingår i Mycobacterium tuberculosis komplex (MTBC) där bland annat Mycobacterium bovis, M. bovis BCG (Bacillus Calmette-Guérin) och Mycobacterium africanum också ingår. Förutom MTBC ingår även icke-tuberkulösa mykobakterier (NTM) i genuset Mycobacterium. Fall av M. tuberculosis-infektioner rapporteras vanligtvis i utvecklingsländer medan NTM-infektioner är vanligare i västvärlden. Idag använder man sig av sputumprover för att diagnostisera vid misstanke om tuberkulos men bakterierna detekteras också från vätskor, sekret, exkret och vävnader. Odling är den vanligaste diagnostikmetoden men även mikroskopi används och molekylärbiologiska tekniker som realtids-PCR (polymerase chain reaction) vilken kan amplifiera och detektera M. tuberculosis för en snabb och säker analys. Syftet med denna studie var att utveckla en realtids-PCR-metod för att detektera NTM och särskilja dem från MTBC i formalin-fixerade paraffininbäddade vävnadsprover (FFPE). Fyra tidigare publicerade primerpar, senX3, MTC, IS6110 och IS1081, specifika för MTBC utvärderades med realtids-PCR parallellt med det kommersiella kittet AnyplexTM MTB/NTMe real-time detection med dual priming oligonukleotider (DPO). Resultaten visade att de fyra primerparen inte var specifika nog för att kunna särskilja MTBC- och NTM-stammar utan PCR-produkter av olika storlek erhölls även från NTM-stammar. Anyplex-kittet visade däremot hög specificitet och kunde gruppera samtliga testade stammar korrekt som MTBC eller NTM. Samma goda resultat erhölls vid analys av DNA-extrakt från 21 FFPE-prover. Sammanfattningsvis visar denna studie att AnyplexTM MTB/NTMe-kittet uppfyller kraven för att särskilja MTBC från NTM från FFPE-material vilket inte realtids-PCR med primers senX3, MTC, IS6110 och IS1081 gör. / Tuberculosis mainly caused by Mycobacterium tuberculosis, is one of the leading causes of death globally according to the World Health Organization (WHO). M. tuberculosis is included in the Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) which contains also Mycobacterium bovis, M. bovis BCG (Bacillus Calmette-Guérin) and Mycobacterium africanum. In addition to MTBC, non-tuberculous mycobacteria (NTM) are also included in the genus Mycobacterium. Cases of M. tuberculosis infections are usually reported in developing countries while NTM infections are more common in the western world. Today, sputum samples are used to diagnose tuberculosis but the bacteria can also be detected from analysis of fluids, secretions, excreta and tissues. Cultivation is a common diagnostic method but also use of microscopy and molecular biology techniques such as real-time PCR (polymerase chain reaction) which can amplify and detect M. tuberculosis for a rapid and specific analysis. The purpose of this study was to develop a real-time PCR method for detecting MTBC and distinguishing them from NTM in formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples (FFPE). AnyplexTM MTB/NTMe real-time detection kit was compared with previously published primers senX3, MTC, IS6110 and IS1081. 21 FFPE samples were processed by DNA extraction for further analysis with real-time PCR for amplification and detection and fragment analysis for size determination. The results show that the kit meets the requirements for distinguishing MTBC from NTM both with purified strains and samples from FFPE material while the different primer combinations senX3, MTC, IS6110 and IS1081 don't. To conclude, the AnyplexTM MTB/NTMe kit can be used for diagnostics of MTBC and NTM from FFPE samples.