O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Made available in DSpace on 2015-03-05T13:57:00Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 28 / Nenhuma / Microarranjos têm sido fortemente usados para monitorar, somultaneamente, o padrão de expressão de milhares de genes. Assim, uma grande quantidade de dados tem sido gerada e o desafio atual é descobrir como extrair informações úteis destes conjuntos de dados. Dados de Microarranjos são fortemente especializados, envolvendo diversas variáveis de forma não linear e temporal, necessitando de modelos recorrentes não lineares, os quais são complexos para formular e analisar. Este trabalho propõe a utilização de Redes Nunes Recorrentes (RNR) como modelo para os dados devido às suas habilidades de aprendizado de sistemas nâo-lineares e complexos. Uma vez obtido um modelo para os dados utilizando uma RNR, é possível extrair regras que representam as características aprendidas. Analisando as regras em conjunto com a base de dados, propõe-se a representação do conhecimento utilizando Cadeias de Markov. Tais Cadeias são facilmente visualizadas, na forma de grafos de estados, apresentando as interações entre os níveis de / Array technologies have made it strainghtforward to simultaneously monitor the expression pattern of thousands of genes. Thus, a lot fot data is being generated and the challenge now is to discover how to extract useful information from these data sets. Microarray data is highly specialized. It involves several variables in a nonlinear and temporal way, demanding nonlinear recurrent free models, which are complex to formulate and to analyse. So, this work proposes the use of Rucurrent Neural Networks(RNN) for data modeling, due to their learning hability of nonlinear and complex systems. Once a model is obtained with a RNN for the data, it is possible to extract rules to represent the knowledge acquired by them. From rule analisys, this work proposes the representation of the knowledge by Markov Chains model, which is easily visualized in the form of a graph of states, which show the interactions among the gene expression levels and their changes in time. In this work, we propose a new approach to microarra

Orientador: Luiz Fernando Rolim de Almeida / Resumo: Plantas que presenciam a seca podem armazenar informações sobre esta experiência, tal como uma memória ao estresse. As informações adquiridas com a memória do estresse podem ser utilizadas para aumentar a tolerância a futuros eventos de défice hídrico, porém, o crescimento das plantas pode ser limitado. O objetivo deste estudo foi investigar as respostas fisiológicas, bioquímicas e epigenéticas de Sorghum bicolor (L.) Moench durante e após o primeiro e segundo evento de défice hídrico, bem como as vantagens e desvantagens de eventos recorrentes de seca para a tolerância e crescimento. Neste estudo foram utilizados quatro tratamentos que foram: Controle, onde a irrigação foi mantida, Défice Hídrico na Fase Juvenil, onde as plantas foram submetidas a desidratação na fase juvenil seguido de reidratação, Défice Hídrico na Fase Adulta, onde a irrigação foi suspensa na fase adulta seguido de reidratação e Défice Hídrico Recorrente, onde a irrigação foi suspensa na fase juvenil e adulta seguido de reidratação. Foram avaliadas as trocas gasosas, fluorescência da clorofila a, conteúdo relativo de água na folha, densidade estomática, crescimento, enzimas atioxidativas, conteúdo de açucares totais e sacarose e ocorrência da H3K4me3 no gene Sb04g038610. Mesmo com o intervalo entre o primeiro e o segundo evento de seca, o que poderia resultar na remoção da memória do estresse formada no primeiro evento, as respostas fotossintéticas, antioxidativas, morfo-anatomicas e de estado hídrico dem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Plants that experience drought can store information about this experience, such as a memory of stress. Information acquired with stress memory can be used to increase tolerance to future water deficit events, however, plant growth may be limited. The objective of this study was to investigate the physiological, biochemical and epigenetic responses of Sorghum bicolor (L.) Moench during and after the first and second water deficit event, as well as the advantages and disadvantages of recurrent drought events for tolerance and growth. Four treatments were used: Control, where irrigation was maintained, Water Deficit in the Juvenile Phase, where the plants were submitted to dehydration in the juvenile phase followed by rehydration, Water Deficit in the Adult Phase, where irrigation was suspended in the adult phase followed by rehydration and Recurrent Water Deficit, where irrigation was suspended in the juvenile and adult phases followed by rehydration. Gas exchanges, chlorophyll a fluorescence, relative leaf water content, stomatal density, plant growth, atioxidative enzymes, total sugar and sucrose content and the occurrence of H3K4me3 in the Sb04g038610 gene were evaluated. Even with the interval between the first and second drought events, which could result in the removal of the stress memory, the photosynthetic, antioxidative, morpho-anatomical and water status responses demonstrated that S. bicolor plants showed increased tolerance to drought during recurrent water defici... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2017-07-25T19:30:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Danilo Fernando Silva.pdf: 2153350 bytes, checksum: 98ff37c94e2ac6b2c024e233ffbea127 (MD5) Previous issue date: 2014-05-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The objectives were to evaluate the potential of half sib progenies of maize for the ability to produce green maize, estimate through statistical multivariate procedures the genetic divergence and select maize progenies with the highest number of characteristics of interest. The 96 progenies were evaluated in two experiments in a randomized block design with three replications, using the variety Cativerde 02 (CATI - SP) and the hybrid AG 1051 (AGROCERES) as commercial control. 18 phenotypic characteristics were measured associated with agronomic adaptation, the potential yield and the commercial aspect of the ears of maize. The data were submitted the individual and joint analyses of variance of the experiments. The means of phenotypic variables were grouped according to Scott and Knott test. The genetic parameters were estimated using the mathematical expectation of the mean squares of the sources of variation, were considered random the effects of treatments (progenies) and experiments. The genetic divergence between treatments was obtained from the Generalized Mahalanobis Square Distance. The genotypes were grouped by genetic dissimilarity through UPGMA and Tocher Optimization methods. To check the consistency of groups Fisher discriminant analysis (1936) was applied. The phenotypic variables were submitted to principal component analysis aiming to reduce the data dimension and selection high progenies for ability to produce green maize. The results of the 18 characteristics confirmed the genetic potential of the majority half sib progenies as function the productive precocity, high yield and commercial quality of the ears of green maize when compared to commercial control. The genetic parameters estimates showed high variability among the progenies, indicating the possibility of genetic gains with artificial selection. The UPGMA cluster analysis and Tocher were effective in identifying dissimilarity genotypes groups. The UPGMA method was more sensitive than the Tocher optimization, because it enabled the formation of 11 genetically dissimilar groups. The principal component analysis (PC) reduced set of 18 variables on three principal components explaining 70 % of the total phenotypic variance. The coefficients of the eigenvectors indicated that PC1 was more related to the productive potential of green maize ears. The PC2 was more influenced by the characteristics associated with the ears commercial aspect and PC3 for adaptive characteristics of maize genotypes. The eigenvectors of the PC1 showed the characteristics RENDC, NEC, %EC, REND, PE, % EE and PEC were the most important in defining the productive potential and as well as to attend the demands of the consumer market, allowing through the scores of this the selection of 30 half sib progenies highly favorable to this ability. / Os objetivos do trabalho foram avaliar o potencial de progênies de meios irmãos de milho quanto à aptidão para produção de milho verde, estimar através de procedimentos estatísticos multivariados a divergência genética e selecionar progênies de milho com o maior número de características de interesse. As 96 progênies foram avaliadas em dois experimentos no delineamento aleatorizado em blocos com três repetições, utilizando a variedade Cativerde 02 (CATI-SP) e o híbrido AG 1051 (AGROCERES) como testemunhas comerciais. Foram mensuradas 18 características fenotípicas associadas à adaptação agronômica, ao potencial de rendimento e ao aspecto comercial das espigas de milho verde. Os dados foram submetidos às análises de variância individuais e conjunta dos experimentos. As médias das variáveis fenotípicas foram agrupadas pelo teste de Scott e Knott. Os parâmetros genéticos foram estimados através da esperança matemática dos quadrados médios das fontes de variação, sendo considerados aleatórios os efeitos de tratamentos (progênies) e de experimentos. A divergência genética entre os tratamentos foi obtida a partir da Distância Quadrada Generalizada de Mahalanobis. Os genótipos de milho foram agrupados pela dissimilaridade genética através dos métodos UPGMA e de Otimização de Tocher. Para verificar a consistência dos grupos foi aplicada a análise discriminante de Fisher (1936). As variáveis fenotípicas foram submetidas a análise de componentes principais visando a redução da dimensão dos dados e a seleção de progênies superiores para a aptidão de milho verde. Os resultados das 18 características confirmaram o potencial genético da maioria das progênies de meios irmãos em função da precocidade produtiva, elevado rendimento e qualidade comercial das espigas de milho verde quando comparadas as testemunhas comerciais. As estimativas dos parâmetros genéticos evidenciaram elevada variabilidade entre as progênies, indicando a possibilidade de ganho genético com a seleção artificial. Os métodos de agrupamento UPGMA e Tocher foram eficazes na identificação de grupos de genótipos dissimilares. O método UPGMA foi mais sensível que o de Otimização de Tocher, pois possibilitou a formação de 11 grupos geneticamente dissimilares. A análise de componentes principais (CP) reduziu o conjunto de 18 variáveis em três componentes principais explicando 70% da variância fenotípica total. Os coeficientes dos autovetores indicaram que o CP1 foi mais relacionado ao potencial produtivo de espigas de milho verde. O CP2 mais influenciado pelas características associadas ao aspecto comercial das espigas e o CP3 pelas características adaptativas dos genótipos de milho. Os autovetores do CP1 evidenciaram que as características RENDC, NEC, %EC, REND, PE, %EE e PEC foram as mais importantes para a definição do potencial produtivo bem como para atender as exigências do mercado consumidor, possibilitando através dos escores deste a seleção de 30 progênies de meios irmãos com características altamente favoráveis a esta aptidão.

Introdução: A papilomatose recorrente respiratória (PRR) é uma doença benigna de enorme morbidade, com manifestações clínicas muito distintas, causada pelo papiloma vírus humano (HPV) dos tipos 6 e 11. Objetivo: Identificar os diferentes tipos de HPV e suas variantes relacionados com a PRR e estabelecer possível correlação clínica entre o tipo / variante viral e a agressividade da doença. Casuística e Métodos: Estudo prospectivo, realizado com 41 pacientes atendidos no Ambulatório de Laringologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, entre os anos de 2008 e 2015, que apresentaram quadro de PRR. Foi realizada genotipagem viral das biopsias laríngeas e os vírus presentes foram relacionados com a evolução clínica de cada paciente e a agressividade da doença, pelo escore de Derkay, número de cirurgias e traqueostomia. Resultados: Dos 41 pacientes avaliados, a maioria era do sexo masculino (68,29%), e maiores de 12 anos (63,41%). Os menores de 12 anos apresentaram número de cirurgias e escore de Derkay significativamente maiores do que os pacientes mais velhos. Foram identificados somente os HPV dos tipos 6 e 11, na frequência de 73,17% e 26,83%, respectivamente. A agressividade da doença não mostrou relação com o tipo ou a variante do vírus, mas sim com a idade de apresentação clínica da doença. Conclusão: Os tipos de HPV e as suas variantes não apresentaram comportamento clínico mais agressivo na PRR no grupo estudado. Em contrapartida, a idade foi determinante para a agressividade da doença. / Introduction: Recurrent respiratory papillomatosis (RRP) is a benign disease of enormous morbidity that presents very distincts clinical manifestations. It is usually caused by the human papillomavirus (HPV), mostly types 6 and 11. Purpose: To identify the different HPV types and variants related to RRP and to establish a possible correlation between HPV type/variant and viral disease aggressiveness. Casuistic and Methods: This prospective study included 41 patients followed at the Outpatient Clinic of Laryngology of the Medical School of Ribeirão Preto, University of São Paulo, between 2008 to 2015, due to RRP. Virus genotyping was performed on laryngeal biopsies by PCR, and this information was associated to each patient\'s data regarding aggressiveness of the disease and clinical evolution, by Derkay\'s score, number of surgeries and tracheostomy. Results: Most patients were male (68.29%) and older than 12 years-old (63.41%). Patients younger than 12 years had a significantly higher number of surgeries and Derkay score than older patients. In all samples, only HPV 6 and HPV 11 were detected, in a prevalence of 73.17% and 26.83%, respectively. The aggressiveness of the disease was not related to the type or variant of the virus, but to the age of patient when the clinical presentation of the disease occurred. Conclusions: HPV types and variant of HPV showed no more aggressive clinical behavior in recurrent respiratory papillomatosis in the studied group. In contrast, age was crucial to the aggressiveness of the disease.

Submitted by Maria Aparecida (cidazen@gmail.com) on 2017-12-04T13:59:30Z No. of bitstreams: 1 Elisângela Veruska.pdf: 9962603 bytes, checksum: d714b3ef5ef96281322806f3185e4720 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-04T13:59:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Elisângela Veruska.pdf: 9962603 bytes, checksum: d714b3ef5ef96281322806f3185e4720 (MD5) Previous issue date: 2017-09-29 / Wheezing is considered the most common respiratory symptom in childhood, causing an important role in infant morbimortality and being responsible for the great demand of outpatient medical appointments, in emergency services and presenting high rates of hospitalization. In this thesis, two studies were carried out. The first study aimed to determine the prevalence and associated factors for recurrent wheezing in children aged 13 to 35 months. The second study aimed to verify the prevalence of anemia in pregnancy and its association with respiratory problems. For the first cross-sectional study, a sample of 2,780 children with 13 to 35 months of age, living in the city of São Luís-MA participating in the BRISA cohort, was considered. In the second study, a cross-sectional study was conducted involving a sample of 3,279 children who participated in the BRISA cohort and the follow-up of this cohort, aged 13 to 35 months. To evaluate the factors associated with recurrent wheezing, a multivariate logistic regression model was adjusted, with the inclusion of variables in a hierarchical fashion using the theoretical model. The outcome of interest was the presence of recurrent wheezing. The independent variables evaluated were maternal age and her education, smoking, anemia in pregnancy, type of delivery, gender, birth weight, family history of asthma, rhinitis and dermatitis, exclusive breastfeeding, presence of mold, domestic animal and carpet at home, a history of respiratory problems and hospitalization. To verify the relation of presence of anemia in pregnancy and respiratory problems, the chi-square test was performed. In the first study, the prevalence of recurrent wheezing was 9%, with associated factors: age of the mother equal to or greater than 35 years (PR = 0.49, CI = 0.24 - 0.99, p = 0.049), male (PR = 1.62, CI = 1.23 - 2.14, p = 0.001), family history of asthma (PR = 1.55, CI = 1.09 - 2.19, p = 0.013), family history of rhinitis (PR = 1.71 CI = 1.26 - 2.30, p = 0.000), anemia during pregnancy (PR = 1.33, CI = 1.02 - 1.75, p = 0.034), exclusive breastfeeding (PR = 0.75, CI = 0.56 - 0.99, p = 0.044), presence of mold in the home (PR = 1.56, CI = 1.11 - 2.18, p = 0.009 ) and respiratory problems (PR = 3.90, CI = 2.53 - 0.99, p <0.001) .In the second study, the prevalence of anemic pregnant women was 47% and the problems related to anemia were maternal age lower than 20 years (p <0.001), inadequate maternal schooling (P <0.001), smoking in pregnancy (p=0.014), alcohol in pregnancy (p <0.001), normal labor (p <0.001), and in children, recurrent wheezing (p = 0.013), pneumonia (p = 0.040), and cough (p <0.001). The results obtained in this study have great relevance, as evidenced the prevalence of recurrent wheezing among children in São Luís and the associated factors, as well as, anemia prevalence and its relationship with respiratory problems in the child. / A sibilância é considerado o sintoma respiratório mais comum na infância, causando importante papel na morbimortalidade infantil e sendo responsável por grande demanda de consultas médicas ambulatoriais, em serviços de prontoatendimento e apresentando altas taxas de hospitalização. Nesta tese, foram realizados dois estudos. O primeiro estudo teve como objetivo determinar a prevalência e fatores associados para sibilância recorrente em crianças com 13 até 35 meses de idade. O segundo estudo teve como objetivo verificar a prevalência de anemia na gestação e sua associação com problemas respiratórios. Para o primeiro estudo, tipo transversal, foi considerado uma amostra de 2.780 crianças com 13 até 35 meses de idade, residentes no município de São Luís-MA participantes da coorte BRISA. No segundo estudo, foi realizado um estudo transversal, envolvendo amostra de 3.279 crianças que participaram da coorte BRISA e do seguimento dessa coorte, com idade de 13 a 35 meses. Para avaliação dos fatores associados à sibilância recorrente foi ajustado modelo de regressão logística multivariado, com inclusão das variáveis de modo hierarquizado a partir do modelo teórico. O desfecho de interesse foi a presença de sibilância recorrente. As variáveis independentes avaliadas foram: idade e escolaridade da mãe, fumo, anemia na gestação, tipo de parto, sexo da criança, peso ao nascer, história familiar de asma, rinite e dermatite, aleitamento exclusivo, presença de mofo, animal doméstico e carpete no domicílio, antecedentes de problema respiratório e internação. Para verificar a relação de presença de anemia na gestação e problemas respiratórios foi realizado o teste qui-quadrado. No primeiro estudo, a prevalência de sibilância recorrente foi de 9%, tendo como fatores associados: idade da mãe igual ou superior a 35 anos (RP=0,49; IC = 0,24 – 0,99; p=0,049), sexo masculino (RP=1,62; IC = 1,23 – 2,14; p=0,001), história familiar de asma (RP=1,55; IC = 1,09 – 2,19; p=0,013), história familiar de rinite (RP=1,71 IC = 1,26 – 2,30; p=0,000), anemia na gestação (RP=1,33; IC = 1,02 – 1,75; p=0,034), aleitamento materno exclusivo (RP=0,75; IC = 0,56 – 0,99; p=0,044), presença de mofo na residência (RP=1,56; IC = 1,11 – 2,18; p=0,009) e problemas respiratórios (RP=3,90; IC = 2,53 – 0,99; p<0,001). No segundo estudo, a prevalência de gestantes anêmicas foi de 47 % e os problemas relacionados a anemia foram idade materna menor que 20 anos (p<0,001), escolaridade materna inadequada (p<0,001), fumo na gestação (p=0,014), álcool na gestação (p<0,001), parto normal (p<0,001) e nas crianças, sibilância recorrente (p=0,013), pneumonia (p=0,040) e tosse (p<0,001). Os resultados obtidos neste estudo possuem grande relevância, pois evidenciou a prevalência de sibilância recorrente entre crianças em São Luís e os fatores associados, assim como, a prevalência de anemia e sua relação com problemas respiratórios na criança.

Introdução: A papilomatose recorrente respiratória (PRR) é uma doença benigna de enorme morbidade, com manifestações clínicas muito distintas, causada pelo papiloma vírus humano (HPV) dos tipos 6 e 11. Objetivo: Identificar os diferentes tipos de HPV e suas variantes relacionados com a PRR e estabelecer possível correlação clínica entre o tipo / variante viral e a agressividade da doença. Casuística e Métodos: Estudo prospectivo, realizado com 41 pacientes atendidos no Ambulatório de Laringologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, entre os anos de 2008 e 2015, que apresentaram quadro de PRR. Foi realizada genotipagem viral das biopsias laríngeas e os vírus presentes foram relacionados com a evolução clínica de cada paciente e a agressividade da doença, pelo escore de Derkay, número de cirurgias e traqueostomia. Resultados: Dos 41 pacientes avaliados, a maioria era do sexo masculino (68,29%), e maiores de 12 anos (63,41%). Os menores de 12 anos apresentaram número de cirurgias e escore de Derkay significativamente maiores do que os pacientes mais velhos. Foram identificados somente os HPV dos tipos 6 e 11, na frequência de 73,17% e 26,83%, respectivamente. A agressividade da doença não mostrou relação com o tipo ou a variante do vírus, mas sim com a idade de apresentação clínica da doença. Conclusão: Os tipos de HPV e as suas variantes não apresentaram comportamento clínico mais agressivo na PRR no grupo estudado. Em contrapartida, a idade foi determinante para a agressividade da doença. / Introduction: Recurrent respiratory papillomatosis (RRP) is a benign disease of enormous morbidity that presents very distincts clinical manifestations. It is usually caused by the human papillomavirus (HPV), mostly types 6 and 11. Purpose: To identify the different HPV types and variants related to RRP and to establish a possible correlation between HPV type/variant and viral disease aggressiveness. Casuistic and Methods: This prospective study included 41 patients followed at the Outpatient Clinic of Laryngology of the Medical School of Ribeirão Preto, University of São Paulo, between 2008 to 2015, due to RRP. Virus genotyping was performed on laryngeal biopsies by PCR, and this information was associated to each patient\'s data regarding aggressiveness of the disease and clinical evolution, by Derkay\'s score, number of surgeries and tracheostomy. Results: Most patients were male (68.29%) and older than 12 years-old (63.41%). Patients younger than 12 years had a significantly higher number of surgeries and Derkay score than older patients. In all samples, only HPV 6 and HPV 11 were detected, in a prevalence of 73.17% and 26.83%, respectively. The aggressiveness of the disease was not related to the type or variant of the virus, but to the age of patient when the clinical presentation of the disease occurred. Conclusions: HPV types and variant of HPV showed no more aggressive clinical behavior in recurrent respiratory papillomatosis in the studied group. In contrast, age was crucial to the aggressiveness of the disease.

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Aborto espontâneo recorrente (AER) é definido pela presença de três ou mais abortos espontâneos e consecutivos que ocorreram até a 20ª semana de gestação. O AER possui origem multifatorial. Dentre os diversos fatores associados ao AER, alterações na hemostasia podem comprometer o fluxo sanguíneo na placenta e com isso pode aumentar o risco de complicações obstétricas, como o aborto. O objetivo geral deste estudo foi investigar se existe associação entre polimorfismos genéticos (no gene do fibrinogênio (FGB -455G>A e -148C>T), da trombomodulina (THBD 1418C>T), do fator V (F5 1691G>A), da protrombina (F2 20210 G>A), do PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) e do TAFI (CPB2<i/> c.505G>A)) e os abortos espontâneos recorrentes (primários e secundários). Os objetivos específicos desse estudo foram: 1- avaliar se existe associação entre os sete polimorfismos e o período em que ocorreram as perdas fetais (precoce ou tardia) e o número de abortos recorrentes; 2- determinar se os haplótipos dos polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T estão ou não associados aos abortos primários e secundários. Foram incluídas 256 mulheres com história de abortos espontâneos recorrentes, provenientes do Ambulatório de Obstetrícia da Clínica Obstétrica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP e 264 mulheres saudáveis, sem história de aborto espontâneo e que tiveram pelo menos duas gestações normais (grupo controle), pareadas segundo as idades. Amostras de sangue foram obtidas para realização das genotipagens dos polimorfismos por meio de PCR em tempo real (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T e CBP2 c.505G>A), e PCR-RFLP (SERPINE14G/5G, F5 1691G>A e F2 20210 G>A). As frequências dos genótipos e de alelos para os sete polimorfismos foram semelhantes entre os grupos aborto primário, aborto secundário e grupo controle. Entretanto, quando foi realizada um modelo de regressão logística multivariada saturada, que incluiu as variáveis independentes: F5 1691G>A (referência GG vs GA), F2 20210G>A (referência GG vs GA), CBP2 c.505G>A (referência GG + GA vs AA), THBD 1418C>T (referência CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (referência 5G/5G vs 4G/4G + 4G/5G) FGB -455G>A (referência GG vs GA vs AA) e FGB -148C>T (referência CC vs CT vs TT), apenas o polimorfismo FGB -148C>T foi associado ao maior risco de ter aborto primário (OR: 2,91, IC 95% 1,02 - 8,29, p=0,045). Quando os haplótipos para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB 148C>T foram considerados, foi observada maior frequência de haplótipo 455G/148T em mulheres com AER primário (3,4%) do que no grupo controle (1,1%), (p=0,030); porém esse efeito não foi observado no AER secundário. Em relação ao número de abortos consecutivos, houve uma tendência (p=0,060) a maior frequência de genótipo TT para o polimorfismo FGB -148C>T no grupo de aborto primário com até três perdas quando comparado com as mulheres do mesmo grupo, porém com número maior de perdas (>3). Em conclusão, os sete polimorfismos quando analisados separadamente, não foram associados ao AER; no entanto, em modelo multivariado de regressão logística, o genótipo TT do polimorfismo FGB 148C>T foi associado com o aumento do risco de ter AER primário. Além disso, foi encontrado maior frequência do haplótipo 455G/148T para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T em mulheres com aborto primário. / Recurrent pregnancy loss (RPL) is defined by the presence of three or more consecutive losses prior to 20 weeks of gestation. The RPL has multifactorial origin. Among several factors associated with RPL, changes in hemostasis may impair the blood flow in the placenta and thus may increase the risk of obstetric complications, such as pregnancy loss. The general aim of this study was to investigate the association between genetic polymorphisms (in the genes of fibrinogen (FGB -455G>A and -148C>T), thrombomodulin (THBD 1418C>T), factor V (F5 1691G>A), prothrombin (F2 20210 G>A), PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) and TAFI (CPB2 c.505G>A)) and recurrent pregnant losses (primary and secondary). The specific aims of this study were: 1 - to evaluate the association between the seven polymorphisms and the period in which the fetal losses occurred (early or late) and the number of recurrent losses; 2 - to determine if the haplotypes of polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T present association with primary and secondary pregnant losses. We included 256 women with a RPL history, from the Ambulatory of Obstetrics from Clinical Hospital of the Medical School of USP and 264 healthy women without losses history that have had at least two normal pregnancies (control group), matched according to age. Blood samples were obtained to perform the genotyping of polymorphisms by real-time PCR (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T and CBP2 c.505G>A), and PCR-RFLP (SERPINE1 4G/5G, F5 1691G>A and F2 20210G>A). The frequencies of genotypes and alleles for the seven genetic polymorphisms were similar in 3 groups. However, when it was performed a model of multivariate logistic regression, which included the independent variables: F5 1691G>A (GG vs GA reference), F2 20210G>A (GG vs GA reference), CBP2 c.505G>A (GG + GA reference vs AA), THBD 1418C>T (reference CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (reference 5G/5G + 4G/5G vs 4G/4G), FGB -455G>A (GG reference vs GA vs AA) and FGB - 148C>T (reference CC vs CT vs TT), only the polymorphism FGB 148C>T polymorphism was associated with a higher risk of having primary losses (OR: 2.91, 95% CI 1.02 to 8.29, p = 0.045). When the haplotypes for the polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T were considered, had a higher frequency of the haplotype 455G/148T in women with primary RPL (3.4%) than in the control group (1.1%) (p = 0.030); but this effect was not observed in secondary RPL. Regarding the number of successive pregnant losses, there was a trend (p = 0.060) to higher frequency of the TT genotype for FGB -148C>T polymorphism in the group with primary RPL up to three losses when compared with women of the same group, but with loss number higher than three. In conclusion, when the seven genetic polymorphisms were evaluated separately, they do not show association with RPL, however, in multivariate logistic regression analysis, the TT genotype of the FGB -148C>T polymorphism was associated with increased risk for primary RPL. Furthermore, it was found higher frequency of the haplotype 455G/148T for the FGB -455G>A and FGB -148 C>T polymorphisms in women with primary RPL.

Unmanned aerial vehicles (UAV) have become increasingly popular and their ability to analyze images collected in real time has drawn the attention of researchers regarding their use in several tasks, as surveillance of environments, persecution, collection of images, among others. This dissertation proposes a vehicle tracking system through which UAVs can recognize a vehicle and monitor it in highways. The system is based on a combination of bio-inspired machine learning algorithms VOCUS2, CNN and LSTM and was tested with real images collected by an aerial robot. The results show it is simpler and outperformed other complex algorithms, in terms of precision. / Veículos aéreos não tripulados têm se tornado cada vez mais populares e sua capacidade de analisar imagens coletadas em tempo real tem chamado a atenção de pesquisadores quanto ao seu uso em diversas tarefas, como vigilância de ambientes, perseguição, coleta de imagens, entre outros. Esta dissertação propõe um sistema de rastreamento de veículos através do qual os UAV podem reconhecer um veículo e monitorá-lo em rodovias. O sistema é baseado em uma combinação de algoritmos de aprendizado de máquina bio-inspirados VOCUS2, CNN e LSTM e foi testado com imagens reais coletadas por um robô aéreo. Os resultados mostram que é mais simples e superou outros algoritmos complexos, em termos de precisão.