Os sistemas de transporte público por ônibus têm sido cada vez mais relevantes para o desenvolvimento das cidades. Técnicas para melhorar o planejamento e o controle da operação diária dos serviços de ônibus apresentaram melhorias significativas ao longo dos anos, e a previsão do tempo de viagem desempenha um importante papel no planejamento e nas estratégias da operação diária. A antecipação dos tempos de viagem ajuda os planejadores e controladores a evitar os vários problemas que surgem durante a operação diária da linha de ônibus. Ela também permite manter os usuários informados para que eles possam planejar com antecedência a sua viagem. Vários estudos relacionados à previsão do tempo de viagem podem ser encontrados na literatura. Devido a sua dificuldade intrínseca, o problema foi abordado por diferentes técnicas. Resultados numéricos de estudos demonstram o potencial uso de redes neurais em relação a outras técnicas. No entanto, a literatura não apresenta aplicações que incorporem uma retroalimentação das informações contidas em séries temporais, como é feito por redes neuronais recorrentes. A maioria dos estudos na literatura tem sido realizada com dados de cidades específicas e com linhas de ônibus com paradas fixas. A situação que surge em linhas de ônibus sem paradas fixas operadas com micro-ônibus apresenta uma dinâmica diferente dos estudos de caso da literatura Além disso, os estudos existentes não usam o gráfico de marcha como um instrumento de apoio para a previsão do tempo de viagem em ônibus. Nesta tese, estuda-se o problema da previsão do tempo de viagem para linhas de micro-ônibus sem paradas fixas, utilizando as informações básicas do gráfico de marcha. O modelo proposto é baseado em redes neurais recorrentes. Os dados de entrada incluem: (i) a hora de início da viagem do ônibus, (ii) sua posição atual em coordenadas GPS, (iii) o tempo atual e (iv) a distância percorrida após um minuto. As redes são treinadas com dados de uma linha de micro-ônibus da cidade de Porto Alegre, Brasil. Os dados correspondem ao ano de 2015. Os modelos fornecem previsões para a distância percorrida minuto a minuto e para uma janela de tempo de 30 minutos. O modelo desenvolvido foi treinado com um conjunto abrangente de dados de dias úteis, incluindo períodos de pico e fora de pico. Os dados de treinamento não desconsideraram informações de qualquer dia devido à ocorrência de eventos especiais. Concluiu-se que os modelos de redes neurais recorrentes desenvolvidos são capazes de absorver a dinâmica do movimento dos micro-ônibus. A informação produzida apresenta um nível adequado de precisão a ser utilizado para informar os usuários. Também é adequada para planejadores e controladores da operação, pois pode ajudar a identificar situações problemáticas em janelas de tempo futuras. / Public transport systems by bus have been increasingly relevant for the development of cities. Techniques to improve planning and control of daily operation of bus services presented significant improvements along the years, and travel time forecast plays an important hole in both planning and daily operation strategies. Travel times anticipation helps planners and controllers to anticipate the various issues that arise during the daily bus line operation. It also allows keeping users informed, so they can plan in advance for their trip. Several studies related to travel time prediction can be found in the literature. Due to its intrinsic difficulty, the problem has been addressed by different techniques. Numerical results from studies demonstrate the potential use of neural networks in relation to other techniques. However, the literature does not present applications that incorporate a feedback of the information contained in time series as it is done by recurrent neural networks. Most of the studies in the literature have been conducted with data from specific cities and buses lines with fixed stops. The situation that arises in bus lines without fixed stops operated with microbuses present a different dynamics from the literature case studies. In addition, existing studies do not use time-space trajectories as a supporting instrument for bus travel time prediction. In this thesis we study the problem of travel time prediction for microbus lines without fixed stops using the basic information of the time-space trajectories The proposed model is based on recurrent neural networks. The input data includes: (i) the start time of the bus trip, (ii) its current position in GPS coordinates, (iii) the current time and (iv) distance travelled after one minute. The networks are trained with data from a microbus line from the city of Porto Alegre, Brazil. Data corresponds to the year 2015. The model provide forecasts for distance travelled minute by minute, and for a time window of 30 minutes. The developed models were trained with a comprehensive set of data from working days including peak and off-peak periods. The training data did not disregard information from any day due to occurrence of special events. It was concluded that the recurrent neural network model developed is capable of absorbing the dynamics of the microbuses movement. The information produced present an adequate level of precision to be used for users information. It is also adequate for planners and operation controllers as it can help to identify problematic situations in future time windows.

V této práci se zabýváme metodami pro regresní analýzu výskytu opako- vaných událostí, při které je třeba se vypořádat se závislostí čas· do události v rámci jednoho subjektu. V první části práce se zabýváme možným rozšířením Coxova modelu proporcionálního rizika, který se využívá při analýze cenzoro- vaných dat, pro analýzu výskytu opakovaných událostí. Hlavní část práce je věnována odhadu parametr· v marginálních modelech a jejich asymptotickým vlastnostem. Následně se zabýváme i odhadem parametr· v marginálních mo- delech pro mnohorozměrná cenzorovaná data. Vhodnost použití marginálních model· je zkoumána pomocí simulací. 1

Neste trabalho o transporte de nêutrons é simulado em materiais presentes no núcleo de reatores. O espectro de nêutrons é decomposto como uma soma de três distribuições de probabilidade. Duas das distribuições preservam sua forma com o tempo, mas não necessariamente sua integral. Uma das duas distribuições é devido ao espectro de fissão, isto é, altas energias de nêutrons, a outra é uma distribuição de Maxwell-Boltzmann para nêutrons de baixas energias (térmicos). A terceira distribuição tem uma forma a priori desconhecida e que pode variar com o tempo, sendo determinada a partir de uma simulação Monte Carlo com acompanhamento dos nêutrons e suas interações com dependência contínua de energia. Isto é obtido pela parametrização das seções de choque dos materiais do reator com funções contínuas, incluindo as regiões de ressonâncias resolvidas e não resolvidas. O objetivo deste trabalho é implementar efeitos de up-scattering através do tratamento estat ístico da população de nêutrons na distribuição térmica. O programa de simulação calcula apenas down-scattering, pois o cálculo do up-scattering microscópico aumenta signi_cativamente tempo de processamento computacional. Além de contornar esse problema, pode-se reconhecer que up-scattering é dominante na região de energia mais baixa do espectro, onde assume-se que as condições de equilíbrio térmico para nêutrons imersos em seu ambiente são válidas. A otimização pode, assim, ser atingida pela manutenção do espectro de Maxwell- Boltzmann, isto é, up-scattering é simulado por um tratamento estatístico da população de nêutrons. Esta simulação é realizada utilizando-se dependência energética contínua, e, como um primeiro caso a ser estudado assume-se um regime recorrente. As três distribuições calculadas são então utilizadas no código Monte Carlo para calcular os passos Monte Carlo subsequentes. / In this work the neutron transport is simulated in reactor core materials. The neutron spectrum is decomposed as a sum of three probability distributions. Two of the distributions preserve shape with time but not necessarily the integral. One of the two distributions is due to prompt ssion, i.e. high neutron energies and the second a Maxwell-Boltzmann distribution for low (thermal) neutron energies. The third distribution has an a priori unknown and possibly variable shape with time and is determined from a Monte Carlo simulation with tracking and interaction with continuous energy dependence. This is done by the parametrization of the material cross sections with continuous functions, including the resolved and unresolved resonances region. The objective of this work is to implement up-scattering e ects through the treatment of the neutron population in the thermal distribution. The simulation program only computes down-scattering, for the calculation of microscopic upscattering increases signi cantly computational processing time. In order to circumvent this problem, one may recognize that up-scattering is dominant towards the lower energy end of the spectrum, where we assume that thermal equilibrium conditions for neutrons immersed in their environment holds. The optimization may thus be achieved by the maintenance of the Maxwell-Boltzmann spectrum, i.e. up-scattering is simulated by a statistical treatment of the neutron population. This simulation is performed using continuous energy dependence, and as a rst case to be studied we assume a recurrent regime. The three calculated distributions are then used in the Monte Carlo code to compute the Monte Carlo steps with subsequent updates.

Este trabalho apresenta um sistema neural modular, que processa separadamente informações de contexto espacial e temporal, para a tarefa de reprodução de sequências temporais. Para o desenvolvimento do sistema neural foram considerados redes neurais recorrentes, modelos estocásticos, sistemas neurais modulares e processamento de informações de contexto. Em seguida, foram estudados três modelos com abordagens distintas para aprendizagem de seqüências temporais: uma rede neural parcialmente recorrente, um exemplo de sistema neural modular e um modelo estocástico utilizando a teoria de modelos markovianos escondidos. Com base nos estudos e modelos apresentados, esta pesquisa propõe um sistema formado por dois módulos sucessivos distintos. Uma rede de propagação direta (módulo estimador de contexto espacial) realiza o processamento de contexto espacial identificando a seqüência a ser reproduzida e fornecendo um protótipo do contexto para o segundo módulo. Este é formado por uma rede parcialmente recorrente (módulo de reprodução de sequências temporais) para aprender as informações de contexto temporal e reproduzir em suas saídas a seqüência identificada pelo módulo anterior. Para a finalidade mencionada, este mestrado utiliza a distribuição de Gibbs na saída do módulo para contexto espacial de forma que este forneça probabilidades de contexto espacial, indicando o grau de certeza do módulo e possibilitando a utilização de procedimentos especiais para os casos de dúvida. O sistema neural foi testado em conjuntos contendo trajetórias abertas, fechadas, e com diferentes situações de ambigüidade e complexidade. Duas situações distintas foram avaliadas: (a) capacidade do sistema em reproduzir trajetórias a partir de pontos iniciais treinados; e (b) capacidade de generalização do sistema reproduzindo trajetórias considerando pontos iniciais ou finais em situações não treinadas. A situação (b) é um problema de difícil ) solução em redes neurais devido à falta de contexto temporal, essencial na reprodução de seqüências. Foram realizados experimentos comparando o desempenho do sistema modular proposto com o de uma rede parcialmente recorrente operando sozinha e um sistema modular neural (TOTEM). Os resultados sugerem que o sistema proposto apresentou uma capacidade de generalização significamente melhor, sem que houvesse uma deterioração na capacidade de reproduzir seqüências treinadas. Esses resultados foram obtidos em sistema mais simples que o TOTEM. / This work presents a new modular neural system to deal separately with spatial and temporal context information, during temporal sequence processing. Given the initial and final states of the sequence, the neural system can reproduce the whole sequence linking these points. The proposed model involves concepts on recurrent neural networks, stochastic models, modular neural systems and context information processing. Three models based on distinct approaches to learn temporal sequences were particularly important in this work: a partially recurrent neural network, a modular neural system and a stochastic model based on the Hidden Markov Models theory. This master thesis presents a new modular neural system composed of two supervised neural networks. A feedforward neural network (spatial context estimator) to identify the desired sequence to be reproduced and to provide a spatial context prototype to the second module. This is a partially recurrent neural network to reproduce the sequence identified by the former module. Moreover, the first module employs the Gibbs distribution in the spatial context estimator outputs in such a way to obtain the uncertainty of the sequence identification task. Thus, with these probability values, special procedures may be used whenever a doubt occurs. The proposed system was evaluated in different domains containing open and closed sequences with different levels of complexity due to space dimension and level of ambiguity of the trained trajectories. The system was evaluated according to its ability to reproduce the sequence whenever versions of the initial and final points are provided. A version may be exactly the points seen during the training stage or points trained as intermediate states. The latter is considered a difficult task for recurrent neural networks due to the lack of temporal context information. Experiments were done comparing the performance of the proposed modular neural system with the performance of a recurrent neural network itself and a modular neural system (a model called TOTEM) for sequence reproduction. The results suggest that the proposed modular neural system presented ability to generalize significant1y better that of the recurrent neural network without deteriorating its ability to reproduce sequences starting from trained situations. The neural system may reproduce the results of the TOTEM with a simpler topology.

Introdução: O aumento do nível sérico de prolactina tem sido associado com desfechos ginecológicos e obstétricos desfavoráveis, entre eles a endometriose e aborto recorrente. Sabendo que o polimorfismo do receptor da dopamina D2 (DRD2) está associado com hiperprolactinemia, realizamos este estudo para verificar sua associação com endometriose e com abortamento de repetição. Objetivos: Verificar a prevalência dos polimorfismos de receptores de dopamina D2 em pacientes com endometriose peritoneal e em pacientes com abortamento de repetição comparando com mulheres saudáveis. Métodos: Dois estudos de caso-controle foram realizados: um estudo com 107 mulheres com idade entre 18 e 35 anos que foram atendidas no Hospital de Clínicas de Porto Alegre devido à infertilidade causada pela endometriose peritoneal comparada com mulheres saudáveis. O outro estudo foi realizado com um total de 54 mulheres com idade entre 18 e 35 anos que tinham história de aborto de repetição comparada a mulheres férteis sem história de aborto. Foi realizada a extração de DNA de sangue periférico, seguido de reação em cadeia da polimerase (PCR) e o sequenciamento dos dois polimorfismos no exon 7 do gene receptor de dopamina D2 (DRD2). O polimorfismo 1 ocorre no nucleotídeo 3420 (Citosina para Timina, 313 Histidina), e o polimorfismo 2 ocorre no nucleotídeo 3438 (Citosina para Timina, 319 Prolina). Resultados: A frequência do polimorfismo DRD2 está aumentada em pacientes com endometriose peritoneal moderada/grave. Análise dos genótipos DRD2 demonstra uma razão de chance de 2,98 (1,47 - 6,04; intervalo de confiança (IC) 95%) para o polimorfismo 2 na endometriose peritoneal moderada/grave. O mesmo polimorfismo DRD2 tem uma frequência alélica aumentada nas pacientes com abortamento de repetição com uma razão de chance de 2,37 (1,05 - 5,36; IC 95%). Conclusão: Nossos resultados revelam um excesso do polimorfismo DRD2 em mulheres com endometriose peritoneal moderada-grave e em pacientes com abortamento de repetição. Podemos especular que a presença de polimorfismo 2 pode causar um defeito no mecanismo de pós-sinalização, resultando num ligeiro aumento dos níveis de prolactina sérica. Assim, devido ao possível potencial angiogênico, a prolactina pode desempenhar um papel importante na implantação dos focos de endometriose bem como dificuldades na implantação embrionária com consequente aborto. / Introduction: The increase of serum prolactin levels has been associated with unfavourable gynaecological and obstetrical outcomes, including endometriosis and recurrent abortion. Knowing that the polymorphism of the dopamine D2 receptor is associated with hyperprolactinaemia, we conducted this study to verify its association with endometriosis and recurrent miscarriage. Objective: To verify the prevalence of the polymorphism of the D2 dopamine receptor in patients with peritoneal endometriosis and recurrent abortion compared to healthy women. Methods: Two case-control studies were conducted of women who were enrolled at the Hospital de Clinicas de Porto Alegre: 1) a study with 107 patients with infertility secondary to peritoneal endometriosis compared with healthy women and 2) a second study with 54 women with recurrent miscarriage compared with fertile women with no history of abortion. All of the women were aged between 18 and 35 years. We performed DNA extraction from peripheral blood followed by a polymerase chain reaction to confirm the single-strand polymorphisms and to sequence two polymorphisms in exon 7 of the dopamine receptor D2 (DRD2) gene. Polymorphism 1 occurred in nucleotide 3420 (cytosine to thymine, 313 histidine), and polymorphism 2 occurred in nucleotide 3438 (cytosine to thymine, 319 proline). Results: The frequency of the DRD2 polymorphism 2 was increased in the subjects with peritoneal moderate/severe endometriosis. An analysis of the DRD2 genotypes demonstrated an odds ratio of 2.98 (1.47 - 6.04, 95% confidence interval (CI)) for polymorphism 2 in peritoneal moderate/severe endometriosis. This same polymorphism was increased in the subjects with recurrent miscarriage with an odds ratio of 2.37 (1.05 – 5.36, 95% CI). Conclusions: Our results revealed an excess of the DRD2 polymorphism 2 in exon 7 in women with peritoneal moderate/severe endometriosis and women with recurrent miscarriage. We could speculate that the presence of the polymorphism 2 causes a defect in a post-receptor signalling mechanism, which results in a mild increase in the serum prolactin levels. Thus, the potential angiogenic action of prolactin may play a role in implanting ectopic endometriosis tissue as well as in embryo implantation difficulties with subsequent abortions.

Orientador: Roberto Usberti / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Agricola / Made available in DSpace on 2018-08-11T00:03:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pozitano_Marina_M.pdf: 496046 bytes, checksum: 6a3e550ffaca118448a75885d0a00c2d (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: O híbrido interespecífico Pennisetum purpureum (capim-elefante) x P. glaucum (milheto) foi desenvolvido com o intuito de aliar a rusticidade e a elevada produção de forragem do capim-elefante com o alto potencial de produção de sementes puras do milheto. Entretanto, revelou baixa uniformidade fenotípica (± 50,0%) e produção de sementes puras (5-10,0%). Através de seleção recorrente, obtiveram-se duas populações (Corte e Pastoreio) com elevada uniformidade fenotípica (= 80,0%) e boa produção de sementes puras (± 30,0%). Para facilitar o uso e o estabelecimento dessas sementes, tornou-se necessário pesquisar o seu comportamento em relação às condições de armazenamento e à deterioração controlada. Foram utilizados para cada híbrido, cinco graus de umidades e três temperaturas (40, 50 e 65°C). Para cada combinação de umidade e temperatura, as sementes foram embaladas em papel de alumínio multifoliado e semeadas periodicamente, permanecendo nas estufas até se obter curvas completas de deterioração. O teste de envelhecimento acelerado detectou diferenças de vigor entre os períodos de tempo para cada híbrido e, entre os híbridos, para 72 horas de envelhecimento. A seleção recorrente não alterou a armazenabilidade das sementes dos híbridos, mas alterou o tamanho das sementes. A seleção recorrente aumentou a qualidade inicial (Ki) e o tamanho das sementes na população de Pastoreio (plantas mais baixas e mais perfilhadas), sendo que o inverso ocorreu na população de Corte (plantas mais altas e menos perfilhadas). As constantes obtidas para os híbridos Corte, Paraíso e Pastoreio foram: Ke = 8,417; 7,735; 8,285; Cw = 5,037; 4,658; 4,522; Ch = 0,02309; 0,01969; 0,03655;Cq = 0,000436; 0,000403; 0,000300. Foi possível obter uma equação única de viabilidade para os híbridos, com constantes iguais a: Ke = 8,033; Cw = 4,662; Ch = 0,02544; = 0,000386 / Abstract: The interespecific hybrid Pennisetum purpureum (elephant grass) x P. glaucum (pearl millet) has been developed aiming to get the rusticity and high forage production of elephant grass and the high production of pure seeds of pearl millet. However, it revealed low phenotypic uniformity (around 50.0%) as well as low pure seed production (5 -10.0%). A recurrent selection scheme has been applied, resulting in two populations (Cutting- and Grazing-types), showing high phenotypic uniformity (around 80.0%) and a good pure seed production (around 30.0%). In order to allow the using and the establishment of those hybrid seeds, it has been necessary to analyze their performances in relation to storage conditions and controlled deterioration. Five moisture content levels and three storage temperature (40, 50 and 65°C) have been used for each hybrid. Seed sub samples for each moisture content and storage temperature combination were sealed in laminated aluminum foiled packets and stored at those temperatures until complete survival curves have been obtained. Accelerated aging test revealed vigour differences among storage periods for each hybrid as well as at 72-hour period among the hybrids. The recurrent selection has not changed seed storability of the hybrids however altered their seed sizes. The recurrent selection increased seed initial quality (Ki) and seed size for Grazing-type population (lower and high-tillered plants); however inverse results were observed at Cutting-type population (higher and low-tillered plants). Viability equation constants estimated for hybrids Cutting-type, Paraíso and Grazing-type were: e = 8,417; 7,735; 8,285; Cw = 5,037; 4,658; 4,522; Ch = 0,02309; 0,01969; 0,03655;Cq = 0,000436; 0,000403; 0,000300, respectively. It has been feasible estimating the viability equation for the hybrids, through the constants Ke = 8,033; Cw = 4,662; Ch = 0,02544; = 0,000386 / Mestrado / Tecnologia Pós-Colheita / Mestre em Engenharia Agrícola

Introdução: A papilomatose recorrente respiratória (PRR) é uma doença benigna de enorme morbidade, com manifestações clínicas muito distintas, causada pelo papiloma vírus humano (HPV) dos tipos 6 e 11. Objetivo: Identificar os diferentes tipos de HPV e suas variantes relacionados com a PRR e estabelecer possível correlação clínica entre o tipo / variante viral e a agressividade da doença. Casuística e Métodos: Estudo prospectivo, realizado com 41 pacientes atendidos no Ambulatório de Laringologia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo, entre os anos de 2008 e 2015, que apresentaram quadro de PRR. Foi realizada genotipagem viral das biopsias laríngeas e os vírus presentes foram relacionados com a evolução clínica de cada paciente e a agressividade da doença, pelo escore de Derkay, número de cirurgias e traqueostomia. Resultados: Dos 41 pacientes avaliados, a maioria era do sexo masculino (68,29%), e maiores de 12 anos (63,41%). Os menores de 12 anos apresentaram número de cirurgias e escore de Derkay significativamente maiores do que os pacientes mais velhos. Foram identificados somente os HPV dos tipos 6 e 11, na frequência de 73,17% e 26,83%, respectivamente. A agressividade da doença não mostrou relação com o tipo ou a variante do vírus, mas sim com a idade de apresentação clínica da doença. Conclusão: Os tipos de HPV e as suas variantes não apresentaram comportamento clínico mais agressivo na PRR no grupo estudado. Em contrapartida, a idade foi determinante para a agressividade da doença. / Introduction: Recurrent respiratory papillomatosis (RRP) is a benign disease of enormous morbidity that presents very distincts clinical manifestations. It is usually caused by the human papillomavirus (HPV), mostly types 6 and 11. Purpose: To identify the different HPV types and variants related to RRP and to establish a possible correlation between HPV type/variant and viral disease aggressiveness. Casuistic and Methods: This prospective study included 41 patients followed at the Outpatient Clinic of Laryngology of the Medical School of Ribeirão Preto, University of São Paulo, between 2008 to 2015, due to RRP. Virus genotyping was performed on laryngeal biopsies by PCR, and this information was associated to each patient\'s data regarding aggressiveness of the disease and clinical evolution, by Derkay\'s score, number of surgeries and tracheostomy. Results: Most patients were male (68.29%) and older than 12 years-old (63.41%). Patients younger than 12 years had a significantly higher number of surgeries and Derkay score than older patients. In all samples, only HPV 6 and HPV 11 were detected, in a prevalence of 73.17% and 26.83%, respectively. The aggressiveness of the disease was not related to the type or variant of the virus, but to the age of patient when the clinical presentation of the disease occurred. Conclusions: HPV types and variant of HPV showed no more aggressive clinical behavior in recurrent respiratory papillomatosis in the studied group. In contrast, age was crucial to the aggressiveness of the disease.

O presente estudo objetivou estimar parâmetros genéticos visando quantificar a variabilidade genética de uma população de café robusta (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduzida da Costa Rica e analisar o seu potencial genético para o desenvolvimento de futuras cultivares clonais para o estado de São Paulo. Outro intuito foi verificar a possibilidade de submeter essa população à seleção recorrente, tornando-a, assim, fonte de alimentação e sustentação de programas de melhoramento genético do café robusta. O experimento foi composto por 25 tratamentos, sendo 21 progênies de C. canephora e quatro cultivares de C. arabica, plantados em Mococa (SP). O delineamento experimental utilizado foi em látice balanceado 5x5 quadruplicado, com seis repetições e uma planta por parcela. Foram realizadas doze colheitas e após a sexta colheita as plantas foram podadas. Em 2004, foi realizada uma seleção fenotípica dessa população a fim de clonar os melhores indivíduos. Essa seleção resultou em novo experimento, instalado em Campinas, seguindo o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições, 28 clones e quatro plantas por parcela, sendo realizadas cinco colheitas consecutivas. As análises estatísticas e biométricas foram realizadas considerando os modelos lineares mistos (procedimento REML/BLUP), por meio do software Selegen, cujos componentes de variância são estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita (REML) e os valores genotípicos preditos pela melhor predição linear não viesado (BLUP). As análises mostraram que, na população em estudo, observou-se elevada variabilidade genética, passível de ser explorada tanto para a extração de clones quanto para a seleção recorrente. As adversidades climáticas severas fizeram com que a seleção fosse prejudicada. Nessa situação é preferível não considerar o período afetado e analisar os dados após a recuperação das plantas. A seleção baseada em seis colheitas forneceu estimativas de parâmetros e ganhos genéticos similares aos obtidos na seleção baseada em duas colheitas de alta produção. Os ganhos genéticos esperados nas duas formas de propagações foram elevados e a seleção clonal proporcionou maiores ganhos do que a sexual. No experimento clonal foi possível identificar materiais com potencial produtivo e que poderão vir a ser recomendados para o cultivo no estado de São Paulo. Apesar de a interação genótipos x colheitas ter sido do tipo complexa, devido ao veranico ocorrido, esta não afetou significativamente o ordenamento dos melhores clones e nem comprometeu as estimativas dos parâmetros genéticos. Os coeficientes de variação experimental e genético bem como seu valor relativo deverão ser analisados conjuntamente com o número de repetições e a acurácia seletiva. A seleção recorrente deverá ser conduzida concomitantemente com o programa de seleção clonal, a fim de evitar o esgotamento da variabilidade genética e o comprometimento do programa de melhoramento genético visando o desenvolvimento de cultivares clonais. Tendo em vista que a população inicial foi constituída por um pequeno número de progênies, é aconselhável o monitoramento do tamanho efetivo populacional e do grau de endogamia ao longo dos ciclos de seleção recorrente. / The objective of this research was to estimate genetic parameters to quantify the variability of a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre ex A. Froehner) introduced into Brazil from Costa Rica in 1974 aiming at determining its genetic potential for the development of clonal or seedling cultivars for the state of São Paulo, Brazil. The feasibility has also been studied to submit this population to recurrent selection, making it a continuous source of improved base material in support of varietal improvement of robusta. An experiment consisting of 21 open pollinated seedling progenies of robusta and four cultivars of arabica was established in Mococa (SP) in 1975. Yield was observed for twelve harvests and after the sixth harvest the plants were pruned. The experimental lay out was a balanced 5x5 quadruple lattice design, with six replicates and one plant per plot. In 2004 a phenotypic selection of this population for yield was carried out aiming at cloning the best individuals. These 28 clones were planted in an experiment in Campinas in 2005, following a completely randomized block design, with 28 treatments (clones), three replications and four plants per plot. In total, yields were collected over five harvests. Statistical and biometrical analyzes were performed considering the linear mixed models (REML/BLUP), through software Selegen, where the variance components are estimated by restricted maximum likelihood (REML) and genotypic values predicted by best linear unbiased prediction (BLUP). The analyzes showed that the population had high genetic variability, which can be exploited for the extraction of both clones and seedling progenies, used for recurrent selection. Selection was impaired by severe adverse weather conditions. In such situations it is preferable not to consider the affected period and analyze the data after recovery of the plants. Due to the moisture stress that occurred in the clonal trial, genotype x environment interaction was complex. However this did not affect the ranking of superior clones nor compromised the genetic parameter estimates. Selection for yield based on six yield resulted in genetic parameters and genetic gains similar to those obtained by selection based on two high yielding harvesting periods. The expected genetic gains both for clones as for open pollinated progenies were high. However, clonal selection resulted in higher genetic gains for yield than the seedling selection. In the clonal experiment it was possible to identify materials with high yield potential that may become to be recommended for cultivation in São Paulo State. The experimental, genetics and relative coefficients of variation, should be analyzed together with the number of replications and selective accuracy. Recurrent selection should be conducted concurrently with the clonal selection program in order to avoid depletion of genetic variability and to impairthe breeding program aiming at the development of clonal cultivars. Considering that the initial population was composed of a small number of progeny, it will be important monitoring adequately the effective size and the inbreeding coefficient during recurrent selection cycles.

Nesta tese é analisado situações onde eventos de interesse podem ocorrer mais que uma vez para o mesmo indivíduo. Embora os estudos nessa área tenham recebido considerável atenção nos últimos anos, as técnicas que podem ser aplicadas a esses casos especiais ainda são pouco exploradas. Além disso, em problemas desse tipo, é razoável supor que existe dependência entre as observações. Uma das formas de incorporá-la é introduzir um efeito aleatório na modelagem da função de risco, dando origem aos modelos de fragilidade. Esses modelos, em análise de sobrevivência, visam descrever a heterogeneidade não observada entre as unidades em estudo. Os modelos estatísticos apresentados neste texto são fundamentalmente modelos de sobrevivência baseados em processos de contagem, onde é representado o problema como um processo de Poisson homogêneo e não-homogêneo com um termo de fragilidade, para o qual um indivíduo com um dado vetor de covariável x é acometido pela ocorrência de eventos repetidos. Esses modelos estão divididos em duas classes: modelos de fragilidade multiplicativos e aditivos; ambos visam responder às diferentes formas de avaliar a influência da heterogeneidade entre as unidades na função de intensidade dos processos de contagem. Até agora, a maioria dos estudos tem usado a distribuição gama para o termo de fragilidade, a qual é matematicamente conveniente. Este trabalho mostra que a distribuição gaussiana inversa tem propriedade igualmente simples à distribuição gama. Consequências das diferentes distribuições são examinadas, visando mostrar que a escolha da distribuição de fragilidade é importante. O objetivo deste trabalho é propor alguns métodos estatísticos para a análise de eventos recorrentes e verificar o efeito da introdução do termo aleatório no modelo por meio do estudo do custo, da estimação dos outros parâmetros de interesse. Também um estudo de simulação bootstrap é apresentado para fazer inferências dos parâmetros de interesse. Além disso, uma abordagem Bayesiana é proposta para os modelos de fragilidade multiplicativos e aditivos. Métodos de simulações são utilizados para avaliar as quantidades de interesse a posteriori. Por fim para ilustrar a metodologia, considera-se um conjunto de dados reais sobre um estudo dos resultados experimentais de animais cancerígenos. / In this thesis we analyse situations where events of interest may occur more than once for the same individual and it is reasonable to assume that there is dependency among the observations. A way of incorporating this dependency is to introduce a random effect in the modelling include a frailty term in the intensity function. The statistical methods presented here are intensity models based, where we represent the problem as a homogeneous and nonhomogeneous Poisson process with a frailty term for which an individual with given fixed covariate vector x has reccurent events occuring. These models are divided into two classes: multiplicative and additive models, aiming to answer the different ways of assessing the influence of heterogeneity among individuals in the intensity function of the couting processes. Until now most of the studies have used a frailty gamma distribution, due to mathematical convenience. In this work however we show that a frailty gaussian inverse distribution has equally simple proprieties when compared to a frailty gamma distribution. Methods for regression analysis are presented where we verify the effect of the frailty term in the model through of the study of the cost of estimating the other parameters of interest. We also use the simulation bootstrap method to make inference on the parameters of interest. Besides we develop a Bayesian approach for the homogeneous and nonhomogeneous Poisson process with multiplicative and additive frailty. Simulation methods are used to assess the posterior quantities of interest. In order to ilustrate our methodology we considere a real data set on results of an experimental animal carcinogenesis study.

Aborto espontâneo recorrente (AER) é definido pela presença de três ou mais abortos espontâneos e consecutivos que ocorreram até a 20ª semana de gestação. O AER possui origem multifatorial. Dentre os diversos fatores associados ao AER, alterações na hemostasia podem comprometer o fluxo sanguíneo na placenta e com isso pode aumentar o risco de complicações obstétricas, como o aborto. O objetivo geral deste estudo foi investigar se existe associação entre polimorfismos genéticos (no gene do fibrinogênio (FGB -455G>A e -148C>T), da trombomodulina (THBD 1418C>T), do fator V (F5 1691G>A), da protrombina (F2 20210 G>A), do PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) e do TAFI (CPB2<i/> c.505G>A)) e os abortos espontâneos recorrentes (primários e secundários). Os objetivos específicos desse estudo foram: 1- avaliar se existe associação entre os sete polimorfismos e o período em que ocorreram as perdas fetais (precoce ou tardia) e o número de abortos recorrentes; 2- determinar se os haplótipos dos polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T estão ou não associados aos abortos primários e secundários. Foram incluídas 256 mulheres com história de abortos espontâneos recorrentes, provenientes do Ambulatório de Obstetrícia da Clínica Obstétrica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da USP e 264 mulheres saudáveis, sem história de aborto espontâneo e que tiveram pelo menos duas gestações normais (grupo controle), pareadas segundo as idades. Amostras de sangue foram obtidas para realização das genotipagens dos polimorfismos por meio de PCR em tempo real (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T e CBP2 c.505G>A), e PCR-RFLP (SERPINE14G/5G, F5 1691G>A e F2 20210 G>A). As frequências dos genótipos e de alelos para os sete polimorfismos foram semelhantes entre os grupos aborto primário, aborto secundário e grupo controle. Entretanto, quando foi realizada um modelo de regressão logística multivariada saturada, que incluiu as variáveis independentes: F5 1691G>A (referência GG vs GA), F2 20210G>A (referência GG vs GA), CBP2 c.505G>A (referência GG + GA vs AA), THBD 1418C>T (referência CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (referência 5G/5G vs 4G/4G + 4G/5G) FGB -455G>A (referência GG vs GA vs AA) e FGB -148C>T (referência CC vs CT vs TT), apenas o polimorfismo FGB -148C>T foi associado ao maior risco de ter aborto primário (OR: 2,91, IC 95% 1,02 - 8,29, p=0,045). Quando os haplótipos para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB 148C>T foram considerados, foi observada maior frequência de haplótipo 455G/148T em mulheres com AER primário (3,4%) do que no grupo controle (1,1%), (p=0,030); porém esse efeito não foi observado no AER secundário. Em relação ao número de abortos consecutivos, houve uma tendência (p=0,060) a maior frequência de genótipo TT para o polimorfismo FGB -148C>T no grupo de aborto primário com até três perdas quando comparado com as mulheres do mesmo grupo, porém com número maior de perdas (>3). Em conclusão, os sete polimorfismos quando analisados separadamente, não foram associados ao AER; no entanto, em modelo multivariado de regressão logística, o genótipo TT do polimorfismo FGB 148C>T foi associado com o aumento do risco de ter AER primário. Além disso, foi encontrado maior frequência do haplótipo 455G/148T para os polimorfismos FGB -455G>A e FGB -148C>T em mulheres com aborto primário. / Recurrent pregnancy loss (RPL) is defined by the presence of three or more consecutive losses prior to 20 weeks of gestation. The RPL has multifactorial origin. Among several factors associated with RPL, changes in hemostasis may impair the blood flow in the placenta and thus may increase the risk of obstetric complications, such as pregnancy loss. The general aim of this study was to investigate the association between genetic polymorphisms (in the genes of fibrinogen (FGB -455G>A and -148C>T), thrombomodulin (THBD 1418C>T), factor V (F5 1691G>A), prothrombin (F2 20210 G>A), PAI-1 (SERPINE1 4G/5G) and TAFI (CPB2 c.505G>A)) and recurrent pregnant losses (primary and secondary). The specific aims of this study were: 1 - to evaluate the association between the seven polymorphisms and the period in which the fetal losses occurred (early or late) and the number of recurrent losses; 2 - to determine if the haplotypes of polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T present association with primary and secondary pregnant losses. We included 256 women with a RPL history, from the Ambulatory of Obstetrics from Clinical Hospital of the Medical School of USP and 264 healthy women without losses history that have had at least two normal pregnancies (control group), matched according to age. Blood samples were obtained to perform the genotyping of polymorphisms by real-time PCR (FGB -148C>T, FGB -455G>A, THBD 1418C>T and CBP2 c.505G>A), and PCR-RFLP (SERPINE1 4G/5G, F5 1691G>A and F2 20210G>A). The frequencies of genotypes and alleles for the seven genetic polymorphisms were similar in 3 groups. However, when it was performed a model of multivariate logistic regression, which included the independent variables: F5 1691G>A (GG vs GA reference), F2 20210G>A (GG vs GA reference), CBP2 c.505G>A (GG + GA reference vs AA), THBD 1418C>T (reference CC + CT vs TT), SERPINE1 4G/5G (reference 5G/5G + 4G/5G vs 4G/4G), FGB -455G>A (GG reference vs GA vs AA) and FGB - 148C>T (reference CC vs CT vs TT), only the polymorphism FGB 148C>T polymorphism was associated with a higher risk of having primary losses (OR: 2.91, 95% CI 1.02 to 8.29, p = 0.045). When the haplotypes for the polymorphisms FGB -455G>A and FGB -148C>T were considered, had a higher frequency of the haplotype 455G/148T in women with primary RPL (3.4%) than in the control group (1.1%) (p = 0.030); but this effect was not observed in secondary RPL. Regarding the number of successive pregnant losses, there was a trend (p = 0.060) to higher frequency of the TT genotype for FGB -148C>T polymorphism in the group with primary RPL up to three losses when compared with women of the same group, but with loss number higher than three. In conclusion, when the seven genetic polymorphisms were evaluated separately, they do not show association with RPL, however, in multivariate logistic regression analysis, the TT genotype of the FGB -148C>T polymorphism was associated with increased risk for primary RPL. Furthermore, it was found higher frequency of the haplotype 455G/148T for the FGB -455G>A and FGB -148 C>T polymorphisms in women with primary RPL.