As proteínas que contem domínios ricos em leucina (LRR) mediam interações macromoleculares que estão envolvidas em muitos processos biológicos como infecção bacteriana em células hospedeiras e respostas imunológicas de plantas. Estudos anteriores em nosso laboratório identificaram um gene que codifica uma proteína contendo 6 LRRs (LaLRR17) em L. (L.) amazonensis. O LaLRR17 é um gene com expressão estágio regulada sendo abundantemente expresso na fase amastigota. Seqüências homólogas ao gene LaLRR17 foram encontradas em todas as espécies de Leishmania analisadas. Esse trabalho tem como objetivo a caracterização da proteína homóloga em L. (L.) major (LmLRR17). Anticorpos obtidos contra seqüências conservadas das proteínas LaLRR17 e LmLRR17 permitiram o estudo da abundância protéica em diferentes estágios do parasita. Curiosamente, a proteína LmLRR17 foi encontrada em maior abundância em promastigotas procíclicos em vez de amastigotas. Linhagens hiperexpressoras da proteína LmLRR17 ou expressoras da proteína LaLRR17 em fusão com o epitopo viral myc foram obtidas. As proteínas quiméricas foram expressas seguindo o mesmo padrão observado na cepa selvagem. O fenótipo desses mutantes foi avaliado mediante infecções de macrófagos in vitro. A hiperexpressão da proteína LmLRR17 em L. (L.) major não alterou o fenótipo da infecção in vitro. Por outro lado, a expressão da proteína heteróloga, LaLRR17, em promastigotas de L. (L.) major levou a incremento na virulência com maior número de células infectadas e de parasitas por célula. Esses resultados indicam que a expressão da proteína LmLRR17 em L. (L.) major é fortemente regulada. Esse trabalho também mostra que a expressão da proteína LaLRR17 em L. (L.) major leva a um aumento na infectividade. / Proteins containing leucine rich repeats (LRR) are known to be involved in macromolecular interactions in many processes such as signal transduction, cell-adhesion, RNA processing, apoptosis, disease resistance and immune response. A previous study in our laboratory identified a L. (L.) amazonensis gene encoding a protein containing 6 LRRs (LaLRR17). LaLRR17 is a stage-regulated gene expressed with increased abundance in the amastigote stage. Highly conserved homologues of LaLRR17 were found in all Leishmania species analyzed. Therefore, the aim of this study was to characterize the homologous protein of L. major (LmLRR17). Antibodies raised against peptide sequences common to LaLRR17 and LmLRR17 allowed the study of the steady-state protein abundance. Interestingly, LmLRR17 protein was found to be up-regulated in procyclic promastigotes, instead of amastigotes. Mutants of L. (L.) major overexpressing a myc-tagged version of LmLRR17 or of LaLRR17 protein were obtained. In these parasites, the chimeric proteins were expressed following the same pattern of expression observed in the wild type parasites. The phenotype of these mutants was assessed in vitro through macrophage infections. Overexpression of LmLRR17 protein in L. (L.) major resulted in an unaltered phenotype. On the other hand, overexpression of LaLRR17 in L. (L.) major induced an increase in virulence with a higher number of infected cells and intracellular parasites. These results indicate that the expression of LmLRR17 protein in L. major is tightly regulated and the expression of the heterologous LaLRR17 protein increased infectivity in vitro.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-15T19:20:49Z No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-15T19:20:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 amanda_n_b_fontes_ioc_bcm_0050_2011.pdf: 3773109 bytes, checksum: 8933f048c4d79d33efa1313c366344a8 (MD5) Previous issue date: 2011-05-26 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / A hanseníase é uma doença infecto-contagiosa crônica, causada pelo Mycobacterium leprae. Após o sequenciamento do genoma deste patógeno, inúmeros esforços têm sido feitos na busca por sequências repetitivas com potencial para diferenciar isolados de M. leprae. Atualmente, VNTRs têm sido utilizados com o objetivo de compreender a diversidade genética deste patógeno em áreas com alta prevalência da doença. Além disso, SNPs também têm contribuído para elucidar aspectos referentes à disseminação da hanseníase pelo mundo. Neste estudo, a variabilidade genética de 292 isolados de M. leprae oriundos de amostras clínicas de pacientes hansenianos das regiões norte, nordeste e sudeste do país foi avaliada utilizando 16 VNTRs e três SNPs. O polimorfismo dos diferentes VNTRs foi determinado através de MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) utilizando FLA (Fragment lenght analysis), enquanto que os SNPs foram analisados através de PCR-RFLP e/ou sequenciamento. O poder discriminatório dos 16 VNTRs foi de 0.999, sendo que as repetições de dinucleotídeos AT e o trinucleotídeo GAA21 apresentaram os maiores índices de discriminação alélica. Além da genotipagem de isolados de M. leprae de biópsias de pele, material de linfa fixado em lâmina de baciloscopia também foi utilizado como uma fonte alternativa para obtenção de DNA deste bacilo. Com relação à genotipagem por SNP, foi possível observar a predominância do genótipo 3, associado à população européia, em Rondônia, Rio de Janeiro e São Paulo. Já o genótipo 4, oriundo da África Ocidental, foi predominante em Pernambuco e Fortaleza. A presença dos diferentes genótipos e sua predominância em determinadas áreas corroboram com o processo de colonização do país que se reflete na atual composição étnica da população brasileira. Com base nos perfis obtidos através dos VNTRs e SNPs, foram identificados seis grupos geneticamente idênticos: quatro do Ceará, um de Rondônia e outro formado entre amostras de Minas Gerais e São Paulo. Nenhuma associação entre os pacientes enquadrados nos grupos da região norte e sudeste do país foi estabelecida. Todavia, foi possível observar que os grupos foram formados entre indivíduos oriundos de mesmo estado ou região geográfica. Com relação aos grupos formados entre as amostras do Ceará, associações entre o gênero masculino e o local de origem das amostras foram estabelecidas com base nos genótipos de M. leprae, sugerindo que estes seriam fatores de risco para a transmissão da hanseníase. Neste estudo, também foi possível avaliar amostras de pacientes com hanseníase recidiva para quatro VNTRs e os achados sugerem que estes pacientes foram re-infectados ou que houve mudança da população bacteriana durante a recidiva da doença. Os resultados comprovam que a genotipagem de M. leprae é uma ferramenta importante na elucidação de aspectos relativos à transmissão e disseminação da doença pelo mundo. / Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae. After sequencing the genome of this pathogen, numerous efforts have been made to identify repetitive sequences with potential to differentiate isolates of M. leprae. Currently, VNTRs have been used in order to understand the genetic diversity of this pathogen in areas with high prevalence of leprosy. Another form of genetic polymorphism, namely single nucleotide polymorphisms (SNPs), elucidated aspects related to the spread of leprosy in the world. In this study, the genetic variability of 292 M. leprae isolates from clinical leprosy patients from the north, northeast and southeast of the country, were analyzed for composition of 16 VNTRs and three SNPs. The genetic variability of different VNTRs was evaluated by MLVA (Multiple-locus VNTR analysis) using FLA (Fragment length analysis) while the SNPs were analyzed by RFLP-PCR and/or sequencing. The discriminatory power of 16 VNTRs was 0.999 and the AT dinucleotides and the GAA21 trinucleotide demonstrated the higher rates of allelic discrimination. In addition to the genotyping of isolates of M. leprae derived from skin biopsy samples, lymph fixed in ZN slides was also used as an alternative source to obtain DNA. By SNP typing, we observed the high prevalence of genotype 3, previously associated with Europeans, in the states of Rondônia, Rio de Janeiro and São Paulo. On the other hand, genotype 4, originating from Western Africa, was predominant in Pernambuco and Fortaleza. The presence of different genotypes and their prevalence in certain areas of Brazil is in accordance to the country’s history of colonization which reflects in the current ethnic composition of the population. Based on the VNTR and SNP profiles, six identical groups of two isolates each were identified: four from Ceará, one from Rondônia and another composed of samples from Minas Gerais and São Paulo. No association between patients from north and southeast of the country was established, however, most groups were composed by patients from the same state or geographic region. When performing an analysis of genotype similarity with patient data in groups from Ceará, we observed association of male gender and place of origin with M. leprae genotype grouping, suggesting these could be risk factors for transmission of leprosy. In this analysis, patients with leprosy relapse were also analyzed for four VNTRs and the results suggest the occurrence of re-infection or of bacterial population shift during disease relapse. The results of this study demonstrate that genotyping of M. leprae is an important tool to elucidate aspects of transmission and spread of disease in the world.

Made available in DSpace on 2016-06-23T12:13:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 811.pdf: 3335097 bytes, checksum: 1e0ff860185019e7337aefd1db19cb05 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2009 / Made available in DSpace on 2016-07-05T22:00:08Z (GMT). No. of bitstreams: 3 811.pdf.txt: 201518 bytes, checksum: 5c6a06ebfc70a1c9165e7d65ca4a2ac9 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 811.pdf: 3335097 bytes, checksum: 1e0ff860185019e7337aefd1db19cb05 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil / Devido a suas características epidemiológicas a filariose linfática é uma das doenças potencialmente erradicáveis. Por esse aspecto, a Organização Mundial de Saúde propôs em 1997 sua eliminação mundial prevista para 2020. O principal objetivo do Programa de eliminação da Filariose Linfática é reduzir o reservatório humano com microfilárias circulantes, para menos de 1 por cento, somado a redução para o índice 0.1 por cento nas crianças nascidas após o início do tratamento em massa, ambos diagnosticados pelas técnicas de gota espessa e pesquisa de antígeno circulante filarial (cartão ICT e Og4C3) resultando na interrupção da transmissão. Entre os objetivos do Plano de Controle e Eliminação da filariose linfática está à utilização da pesquisa de antígeno circulante como indicador da monitorização da eficácia do tratamento específico realizado nas comunidades endêmicas. Pesquisas demonstram resultados inconsistente nos padrões de clareamento da circulação sangüínea do antígeno da W.bancrofti após o tratamento, pois ainda não se pode assegurar a cura parasitológica e correlacionar esse fato concreto com a cronologia do desaparecimento do antígeno circulante filarial. O presente estudo comparou o efeito do tratamento seletivo com dietilcarbamazina (dose única e tradicional) e a intervenção cirúrgica sobre a microfilaremia e o marcador sorológico de infecção ativa (antigenemia), diagnosticados pelas técnicas parasitológicas da filtração (microfilaremia), utrason (vermes adultos filarias) e a pesquisa de antígeno circulante filarial (cartão ICT e Og4C3) frente aos 31 indivíduos de ambos os sexos, micro e amicrofilarêmicos, no período pré, 1, 6, 12, 96 e 120 meses. Observou-se uma correlação positiva (r=0,3118, P0,0001) crescente da densidade de MF/mL com o antígeno circulante filarial diagnosticado de forma quantitativa pela ferramenta diagnostica do Og4C3. O tratamento que observamos um menor número de indivíduos positivos foi através da medicação dietilcarbamazinna dose tradicional seguido de cirurgia e dose única. No presente estudo observamos que o tempo eleito pela OMS de 48 a 82 meses é insuficiente para assegurar a cura da infecção, visto quem em 96 meses ainda encontra-se vestígios de antígeno circulante. Sugere-se que exames paralelos sejam realizados para confirmar e assegurar a cura do indivíduo

Introdução. As Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPRs) são DNAs que consistem de repetições de nucleotídeos. Existem 3 tipos: CRISPR1-CAS, CRISPR3-CAS e CRISPR2. Os bacteriófagos são partículas virais que infectam bactérias. Os bacteriófagos SAP6, IME-EF1, BC-611, VD-13 e F4 são encontrados em E. faecalis assim como FL1ABC, FL2AB, FL3AB e FL4A. Objetivo. Identificar e caracterizar as classes de CRISPRs e bacteriófagos de E. faecalis e E. faecium isoaldos de amostras alimentares, clínicas e fezes de animais. Materiais e métodos. Foram usadas DNA de 153 isolados, sendo 98 de E. faecalis e 55 de E. faecium. A técnica de detecção foi a PCR utilizando iniciadores para os genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas e bacteriófagos, seguido por electroforese em gel de agarose. Resultados. Para E. faecalis foram detectadas 58 isolados que amplifacaram para o gene CRISPR1-Cas; 87 para CRISPR2 e 13 para CRISPR3-Cas. Para E. faecium foram detectadas 4 isolados positivos para o gene CRISPR1-Cas; 18 para CRISPR2 e 1 para CRISPR3-CAS. O bacteriófago FL2ABfoi detectado em 13 isolados de E. faecalis; o bacteriófago FL3AB em 13 isolados de E. faecalis e o FL4A em 28 isolados de E. faecalis. Conclusão. Neste estudo nos encontramos diferentes proporções e distribuições dos genes CRISPRs em E. faecalis e E. faecium. O bacteriófago FL4A apresentou-se como o mais frequente entre os bacteriófagos avalados. / Introduction. The CRISPR are small portions of DNA consisting of nucleotide repeats. There are three types of CRISPRs recognized: CRISPR-associated genes cas: CRISPR1-CAS and CRISPR3-CAS and a orphan locus lacking cas genes: CRISPR2. Bacteriophages are viral particles that infect bacterial. The bacteriophages SAP6, IME-EF1, BC-611 and F4 are found in E. faecalis as well as FL1ABC, FL2AB, FL3AB, FL4A. Objectivy: To Identify and to characterize CRISPRs genes and bacteriophage genes in E. faecalis and E. faecium isolated from food, clinical and animal fecal samples. Materials and methods. A total of 153 DNA samples were used, 98 from E. faecalis and 55 from E. faecium. The PCR technique using primers was used to detect the genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas and bacteriophages, followed the agarose gel electrophoresis. Results. To E. faecalis was detected 58 isolates that amplified the CRISPR1-Cas genes, 87 to CRISPR2 and 13 to CRISPR3-Cas. To E. faecium was detected 4 isolates positive to CRISPR1-Cas gene, 18 to CRISPR2 e 1 to CRISPR3-CAS. The FL2AB bacteriophage was detected in 13 isolates of E. faecalis; the FL3AB bacteriophage in 13 isolates of E. faecalis and the FL4A in 28 isolates of E. faecalis. Conclusion. In this work, we found out different proportions and distributions of CRISPRs genes in E. faecalis e E. faecium. The FL4A bacteriophage showed a high frequency among the bacteriophages tested.

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Lançando um olhar sociocognitivista sobre um fenômeno geralmente estudado sob outros pontos de vista (textual e interacional), este estudo descreve as funções sociocognitivas das repetições lexicais e sintáticas em um contexto socialmente situado: o discurso político de Fernando Collor datado das eleições de 1989. Tendo em vista os fatores de ordem pragmática que emergem desse contexto, principalmente o propósito comunicativo, combinamos bases teóricas em Processamento do Discurso e Semântica Cognitiva para construir hipóteses que explicassem a saliência das repetições no discurso político de Collor. A análise qualitativa dos dados aponta para o uso da repetição enquanto estratégia lingüístico-discursiva útil na construção argumentativa e na diminuição do custo de processamento do discurso, alinhando-se, portanto, aos propósitos de convencimento e alcance das massas. / Departing from traditional analyses of repetition (textual and interactional), this study analyzes it within the light of Cognitive Linguistics. Its objective is to describe the sociocognitive functions of lexical and syntactic repetitions in a situated context: The political discourse of Fernando Collor de Melo, during the 1989 election campaign in Brazil. Given the pragmatic factors that emerge in such a context, mainly its communicative purpose, the study combines literature in Discourse Processing and in Cognitive Semantics to construe probable hypotheses that can account for the salience of repetitions in the political discourse under examination. Qualitative analysis renders repetition a linguistic-discursive strategy useful for the construction of arguments and for decreasing the cost of discourse processing. Therefore, a very useful strategy to reach, persuade, and convince the masses.

Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / Lançando um olhar sociocognitivista sobre um fenômeno geralmente estudado sob outros pontos de vista (textual e interacional), este estudo descreve as funções sociocognitivas das repetições lexicais e sintáticas em um contexto socialmente situado: o discurso político de Fernando Collor datado das eleições de 1989. Tendo em vista os fatores de ordem pragmática que emergem desse contexto, principalmente o propósito comunicativo, combinamos bases teóricas em Processamento do Discurso e Semântica Cognitiva para construir hipóteses que explicassem a saliência das repetições no discurso político de Collor. A análise qualitativa dos dados aponta para o uso da repetição enquanto estratégia lingüístico-discursiva útil na construção argumentativa e na diminuição do custo de processamento do discurso, alinhando-se, portanto, aos propósitos de convencimento e alcance das massas. / Departing from traditional analyses of repetition (textual and interactional), this study analyzes it within the light of Cognitive Linguistics. Its objective is to describe the sociocognitive functions of lexical and syntactic repetitions in a situated context: The political discourse of Fernando Collor de Melo, during the 1989 election campaign in Brazil. Given the pragmatic factors that emerge in such a context, mainly its communicative purpose, the study combines literature in Discourse Processing and in Cognitive Semantics to construe probable hypotheses that can account for the salience of repetitions in the political discourse under examination. Qualitative analysis renders repetition a linguistic-discursive strategy useful for the construction of arguments and for decreasing the cost of discourse processing. Therefore, a very useful strategy to reach, persuade, and convince the masses.

Introdução. As Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas (CRISPRs) são DNAs que consistem de repetições de nucleotídeos. Existem 3 tipos: CRISPR1-CAS, CRISPR3-CAS e CRISPR2. Os bacteriófagos são partículas virais que infectam bactérias. Os bacteriófagos SAP6, IME-EF1, BC-611, VD-13 e F4 são encontrados em E. faecalis assim como FL1ABC, FL2AB, FL3AB e FL4A. Objetivo. Identificar e caracterizar as classes de CRISPRs e bacteriófagos de E. faecalis e E. faecium isoaldos de amostras alimentares, clínicas e fezes de animais. Materiais e métodos. Foram usadas DNA de 153 isolados, sendo 98 de E. faecalis e 55 de E. faecium. A técnica de detecção foi a PCR utilizando iniciadores para os genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas e bacteriófagos, seguido por electroforese em gel de agarose. Resultados. Para E. faecalis foram detectadas 58 isolados que amplifacaram para o gene CRISPR1-Cas; 87 para CRISPR2 e 13 para CRISPR3-Cas. Para E. faecium foram detectadas 4 isolados positivos para o gene CRISPR1-Cas; 18 para CRISPR2 e 1 para CRISPR3-CAS. O bacteriófago FL2ABfoi detectado em 13 isolados de E. faecalis; o bacteriófago FL3AB em 13 isolados de E. faecalis e o FL4A em 28 isolados de E. faecalis. Conclusão. Neste estudo nos encontramos diferentes proporções e distribuições dos genes CRISPRs em E. faecalis e E. faecium. O bacteriófago FL4A apresentou-se como o mais frequente entre os bacteriófagos avalados. / Introduction. The CRISPR are small portions of DNA consisting of nucleotide repeats. There are three types of CRISPRs recognized: CRISPR-associated genes cas: CRISPR1-CAS and CRISPR3-CAS and a orphan locus lacking cas genes: CRISPR2. Bacteriophages are viral particles that infect bacterial. The bacteriophages SAP6, IME-EF1, BC-611 and F4 are found in E. faecalis as well as FL1ABC, FL2AB, FL3AB, FL4A. Objectivy: To Identify and to characterize CRISPRs genes and bacteriophage genes in E. faecalis and E. faecium isolated from food, clinical and animal fecal samples. Materials and methods. A total of 153 DNA samples were used, 98 from E. faecalis and 55 from E. faecium. The PCR technique using primers was used to detect the genes CRISPR1-Cas, CRISPR2, CRISPR3-cas and bacteriophages, followed the agarose gel electrophoresis. Results. To E. faecalis was detected 58 isolates that amplified the CRISPR1-Cas genes, 87 to CRISPR2 and 13 to CRISPR3-Cas. To E. faecium was detected 4 isolates positive to CRISPR1-Cas gene, 18 to CRISPR2 e 1 to CRISPR3-CAS. The FL2AB bacteriophage was detected in 13 isolates of E. faecalis; the FL3AB bacteriophage in 13 isolates of E. faecalis and the FL4A in 28 isolates of E. faecalis. Conclusion. In this work, we found out different proportions and distributions of CRISPRs genes in E. faecalis e E. faecium. The FL4A bacteriophage showed a high frequency among the bacteriophages tested.

O gene SHOX (short stature homeobox containing gene), expresso em altos níveis nas células osteogênicas, é fundamental para o desenvolvimento ósseo e para a determinação da altura. Haploinsuficiência do SHOX é responsável por vários fenótipos que envolvem a baixa estatura, como a síndrome de Turner, a discondrosteose de Léri-Weill e a baixa estatura idiopática. Cerca de dois terços das haploinsuficiências são causados por deleções. Neste trabalho, foi realizada uma comparação entre três técnicas para detecção de deleções do SHOX: a hibridação in situ com fluorescência (FISH), o estudo de microssatélites e o multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA). Nos pacientes sem deleção do SHOX, foi realizado um rastreamento para identificação de mutações de ponto no gene que levassem à sua haploinsuficiência. Foram analisados seis pacientes com discondrosteose de Léri-Weill (DLW) e 20 com baixa estatura desproporcionada (BED). Na técnica de FISH, os cromossomos metafásicos obtidos a partir de cultura de linfócitos foram hibridados com o cosmídio LLNOYCO3M34F5. DNA genômico extraído a partir de leucócitos de sangue periférico foi submetido à análise de microssatélites e MLPA. Foram amplificados seis marcadores de microssatélites (repetições CA, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 e DXYS234) e o MLPA foi realizado de acordo com as instruções dos kits SALSA MLPA P018-C1 e P018-D1 SHOX. Estes kits contêm oito sondas específicas para o gene SHOX e 13 para a área do SHOX, localizada a jusante do gene. O seqüenciamento direto da região codificadora do gene foi realizado nos pacientes sem deleção. Todos os pacientes com DLW apresentaram deleções envolvendo todo o gene. Entre os pacientes com BED, apenas um (5,0%) apresentou uma deleção intragênica envolvendo os exons 4, 5 e 6a. Os resultados das três metodologias foram concordantes na maioria dos casos, exceto em dois casos. No primeiro caso, inicialmente o FISH não identificou uma deleção envolvendo todos os éxons em um paciente com DLW. No segundo, uma deleção envolvendo os exons 4, 5 e 6a, identificada em uma paciente com BED, foi detectada apenas pelo MLPA. Ainda entre os pacientes com BED, três (15%) apresentaram deleção da região do marcador DXYS10096, a 3 do gene. Outros três (15%) pacientes apresentaram mutações de ponto identificadas pelo seqüenciamento direto: a mutação p.Tyr35X, que resulta na substituição de uma tirosina por um códon de parada prematuro; a p.Arg147His localizada na região do homeodomínio e a NM_000451:c.1236 -10T>C que se encontra a 10 nucleotídeos antes do início do éxon 5. Em uma comparação das três metodologias, o FISH foi considerado a técnica mais trabalhosa e com menor sensibilidade, levando até oito dias para sua realização. A análise por microssatélites requer o estudo dos progenitores, além de um grande número de marcadores para a análise de regiões extensas. O MLPA detectou todas as deleções, sendo considerada a metodologia mais sensível. Ele apresentou também menor custo e tempo de execução, além de possibilitar a estimativa do tamanho da deleção. Desta forma, o MLPA foi considerado a melhor metodologia para investigação inicial dos pacientes com DLW e BED. / The SHOX gene (short stature homeobox containing gene), expressed at high levels in osteogenic cells, is essential for bone development and growth process. SHOX haploinsufficiency is responsible for several phenotypes involving short stature, such as Turner syndrome, Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and idiopathic short stature. Deletions are responsible for 2/3 of SHOX haploinsufficiency. In this study, a comparison among three techniques for detection of SHOX deletions: fluorescence in situ hybridization (FISH), microsatellites analysis and multiplex ligationdependent probe amplification (MLPA) was performed. A screening for point mutations that could lead to haploinsufficiency was performed in patients without SHOX deletion. Six patients with Léri-Weill dyschondrosteosis (LWD) and 20 with disproportionate short stature (DSS) were analyzed. FISH analysis was performed using the cosmid LLNOYCO3\"M\"34F5 and metaphase spreads obtained from lymphocytes culture. Genomic DNA extracted from peripheral blood leukocytes was used to microsatellite and MLPA analysis. Six microsatellite markers (CA repeats, DYS290, DXYS10093, DXYS10096, DXYS233 and DXYS234) were amplified by PCR and MLPA was performed according to the manufacturers instructions for SALSA MLPA P018 and P018-C1-D1 SHOX kits. These kits contain 8 specific probes for SHOX gene and 13 for \"SHOX area, which is located downstream of the gene. The direct sequencing of entire encoding region was performed in patients with no SHOX deletions. All patients with LWD presented deletions involving the entire gene. One (5.0%) patient with DSS, presented an intragenic deletion involving exons 4, 5 and 6a. The results of the three methods were concordant in most cases, except in two cases. In the first case, a patient with DLW, the FISH did not identify a deletion involving all SHOX exons. In the second case, a deletion of exons 4, 5 and 6a in a patient with BED was identified only by MLPA. Other 3 (15%) DSS patients had deletion in SHOX area, in the DXYS10096 marker. Other three (15%) patients presented a point mutation identified by direct sequencing: p.Tyr35X, which replaces a tyrosine for a premature stop codon, p.Arg147His located in the homeodomain region and NM_000451: c.1236-10T> C which is 10 nucleotides before the exon 5. In a comparison of three methods, the FISH technique was considered the more laborious and less sensitive, taking until eight days to obtain the results. The microsatellite analysis requires the parents DNA study. In addition, several markers are essential for the analysis of extensive regions. The MLPA was considered the most sensitive methodology since it detected all deletions. It also presented lower cost and execution time, and allowed the estimation of the size of the deletion. Thus, the MLPA was considered the best approach for initial investigation of LWD and DSS patients.

Existe grande interesse na determinação das bases genéticas do carcinoma basocelular (CBC) que expliquem seu fenótipo pouco agressivo e comportamento metastático infreqüente. Investigamos a instabilidade de microssatélites (MSI) e perda de heterozigosidade (LOH) nos microssatélites D6S251 (6q14) e D6S252 (6q16) de CBCs esporádicos de alto e baixo risco histológico através da análise de bandas obtidas pelo gel de poliacrilamida após PCR em comparação com o tecido normal. Não houve alteração do microssatélite D6S252 nas 15 amostras estudadas. Para o microssatélite D6S251, houve alterações em 6 das 26 amostras estudadas (23,07%). MSI e LOH ocorreram em 46,15% das amostras de alto risco (respectivamente 15,38% e 30,76), o que sugere o provável envolvimento da região 6q14 na diferenciação histológica do CBC / A lot of interest lies in determining the genetic basis of basal cell carcinoma (BCC) to explain the lack of aggressive phenotype and infrequent metastatic behavior. We have analyzed the microsatellite instability (MSI) and loss of instability (LOH) in the D6S251 (6q14) and D6S252 (6q16) microsatellites patterns of histological low- high-risk sporadic BCC tumor samples using PCR-based assay in comparison with normal tissue. We have not found any alteration in D6S252 microsatellite 15 samples studied. We have encountered D6S251 alterations in 6 of 26 BCC samples (23.07%).MSI and LOH occurred in 46.15% of high-risk samples (15.38% and 30.76%), These results probably suggests participation of 6q14 region in histological differentiation of BCC

Orientador: Vera Nisaka Solferini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-22T01:41:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ramos_RafaelFlora_M.pdf: 2299855 bytes, checksum: 943dfb31cd7db5f4dcc0508ca7f17c91 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Euterpe edulis é uma palmeira tropical ameaçada de extinção que no passado era abundante na Mata Atlântica, desde a planície costeira até 1.000 metros acima do nível do mar. O objetivo deste estudo foi avaliar a diversidade e a estrutura genética em populações naturais de E. edulis distribuídas em diferentes altitudes dentro de um contínuo florestal. O estudo foi conduzido em uma área de proteção ambiental da Serra do Mar, no litoral norte do estado de São Paulo, onde foram amostrados 300 adultos em seis localidades, denominadas subpopulações. Cada indivíduo foi genotipado com sete locos microssatélite. O número total de alelos foi alto (140) e o número médio de alelos não variou entre as subpopulações. A heterozigosidade total esperada foi de 0,867, variando entre 0,782 e 0,859 entre subpopulações. O índice de fixação foi baixo para todas as subpopulações, concordando com o sistema de reprodução cruzada da espécie. A estruturação espacial genética foi ausente ou muito baixa nas subpopulações analisadas separadamente ou agrupadas. A estrutura genética foi alta (?' = 0,26) considerando a distância máxima de 32 km entre as subpopulações amostradas. Foram definidos quatro grupos genéticos mais prováveis de acordo com o teste de atribuição dos indivíduos, e cinco grupos de acordo com a AMOVA (Análise de Variância Molecular). O teste de Mantel parcial correlacionou à estrutura genética entre pares de subpopulações com a distância geográfica (r = 0,8; p < 0,05) e ainda com a diferença altitudinal excluído o efeito da distância geográfica (r = 0,5; p < 0,05). Se estas diferenças são causadas pelo fluxo gênico reduzido ou por adaptações locais ainda precisa ser testado em estudos futuros. Este padrão de diferenciação genética em distâncias reduzidas é inesperado dentro de um contínuo florestal, destacando a importância de abordagens em pequena escala para a compreensão das dinâmicas complexas nos sistemas tropicais / Abstract: Euterpe edulis is an endangered tropical palm, once abundant throughout the Atlantic Forest from the coastal plain up to 1000 meters above sea level. The main purpose of this study was to evaluate the genetic diversity and structure in natural populations of E. edulis distributed in different altitudes within a continuous forest. The study was conducted in a protected area of Serra do Mar, at the north coast of São Paulo State, where we sampled 300 adults from six locations. Each individual was genotyped with seven microsatellite loci. The total allele number was high (140) and the mean allele number did not vary between samples. The total expected heterozygosity was 0.867, ranging from 0.782 to 0.859 among samples. The inbreeding coefficient was low in all samples, in accordance with the outcrossing breeding system. The spatial genetic structure was absent or weak at populations analyzed individually or grouped. The genetic structure was high (?' = 0.26) considering that the maximum distance of 32 km between samples. Four most likely genetic groups were defined according to the assignment test, and five groups according to AMOVA (Analysis of Molecular Variance). A partial Mantel test correlated the pairwise genetic structure with the geographical distance (r = 0.8; p < 0.05) and also with the pairwise altitudinal differences without the effect of the geographic distances (r = 0.5; p < 0.05). Whether those differences are mainly due to reduced gene flow or to local adaptation remains to be tested in future studies. This pattern of genetic differentiation at short distances is unexpected within a continuous rainforest, highlighting the importance of small scale approaches to understanding the complex dynamics of tropical systems / Mestrado / Ecologia / Mestre em Ecologia