Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Bipolaris sorokiniana é um fungo fitopatogênico de gramíneas, sendo mais importante nas culturas de trigo e de cevada, ocasionando moléstias como a podridão comum da raiz, carvão do nó, ponta preta dos grãos e mancha marrom. No Brasil esse fitopatógeno encontra-se disseminado em todas as regiões tritícolas. O uso de sementes sadias ou tratadas adequadamente com fungicidas é de grande importância para o controle do fungo. O diagnóstico é dificultado pela grande variabilidade fisiológica e morfológica que o patógeno apresenta. O presente estudo teve por objetivos examinar a presença de polimorfismos intra-específicos das regiões do espaço transcrito interno (Spacer Transcribed Internal-ITS) do DNA ribossomal de isolados de B. sorokiniana e relacionar os padrões de polimorfismos com a região geográfica de origem dos isolados e com os diferentes tipos de hospedeiros. As regiões ITS1 e ITS2 do rDNA de 50 isolados de B. sorokiniana do Brasil e de outros países, um isolado de B. oryzae e seis de Drechslera teres foram amplificadas com oligonucleotídeos iniciadores universais ITS5-ITS2 e ITS3-ITS4. Os produtos da amplificação foram clivados com 18 endonucleases de restrição selecionadas e os polimorfismos foram analisados em gel não desnaturante de poliacrilamida 8%. A análise dos produtos de amplificação revelou a presença de dois fragmentos para ambas as regiões ITS em todos os isolados. Dois isolados de B. sorokiniana apresentaram variabilidade intra-específica de ITS com um terceiro fragmento nesta região. A partir da análise dos dendrogramas da clivagem das regiões ITS, verificou-se que os isolados do Brasil e de outros países formaram grupos intra-específicos e grupos interespecíficos. B.oryzae agrupou-se com até 75% de similaridade na análise da região ITS1 e 72,7% na região ITS2 com isolados de B. sorokiniana. Um isolados de D. Teres apresentou índice de similaridade de ITS1 de 75% com amostras de B. sorokiniana isoladas de trigo. Em todos os dendrogramas analisados não foi possível agrupar os isolados por região geográfica ou por tipo de hospedeiro. / Bipolaris sorokiniana is a worldwide pathogen of many cereal grasses. It is the most important causal agent of common root rot, leaf spot disease, seedling blight and black point of wheat and barley. In Brazil this fungus is disseminated in all wheat producing regions. Since this fungus is a seed borne pathogen, it is a very important to use in plantation seeds free of the fungus or seeds properly treated with fungicide. Diagnose of the phytopathogen is a difficult task because its high morphological and physiological variability. The purpose of this study was to examine the intra-specific polymorphism of internally transcribed spacer (ITS) region in the ribosomal DNA (DNAr) of Bipolaris sorokiniana isolates and to determine if there is some relationship among the isolates and their geographic origin or host. DNAr from 50 B. sorokiniana isolates, from Brazil and other countries, one B. oryzae and six Drechslera teres were used for the amplification of the ITS region using the universal primers ITS5-ITS2 and ITS3-ITS4. The amplification products were digested with 18 selected restriction endonucleases and the polymorphism was analyzed in 8% no denaturing polyacrylamide gel. The results of the amplification products showed two fragments for each ITS regions in all isolates. Two B. sorokiniana isolates presented an intra-specific variability with a third fragment for the ITS1 region. The dendrogram analyses of the polymorphism's, generated with the digestions of ITS region, from isolates of Brazil and from the other countries showed an intra and inter-specific groups. B. oryzae showed 75% of similarity with some B. sorokiniana isolates in the polymorphism analysis of ITS1 region and 72, 7% of in the ITS2 region. In the same way in the ITS1 region, one D. teres isolate presented 75% of similarity for B. sorokiniana isolated from wheat. In all the dendrograms analysis there was not possibility to group the isolates accordingly to their geographic origin or host type.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2015. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2015-05-27T19:32:19Z No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2015-05-28T15:35:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-28T15:35:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_GeisiannyAugustaMonteiroMoreira.pdf: 3420686 bytes, checksum: b0c522f7ea3ef57e4083445f96eda7e2 (MD5) / O solo configura-se como um habitat peculiar, complexo e altamente dinâmico. Os micro-organismos fazem parte do solo de maneira indissociável e possuem importante papel ecológico. As leveduras são fungos unicelulares e participam ativamente de processos ecológicos que ocorrem no solo, porém boa parte do conhecimento sobre a diversidade de leveduras em solos permanece desconhecida, principalmente em solos impactados por processos de mineração. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a diversidade genética e funcional de leveduras associadas a solos de mineração, áreas do entorno e amostras de água. Foram coletadas 20 amostras de solo de 5 diferentes áreas (Mata, Eucalipto, Cerrado, Canga e Capim) e 4 amostras de água do Centro de Pesquisas e Conservação da Biodiversidade da VALE S.A (CeBio). O isolamento de leveduras foi feito em meio MYGP. Caracterização morfológica da colônia e da célula foram feitas. A caracterização genética utilizou MSP-PCR para agrupamento de perfis genéticos similares e o sequenciamento do gene 26S do RNA ribossomal. PCR-DGGE foi utilizada como ferramenta molecular para avaliar a diversidade de leveduras cultiváveis e não cultiváveis das amostras de solo. A caracterização funcional foi feita através de testes de tolerância aos metais Ferro e Cádmio e verificação da habilidade dos isolados como promotores do crescimento de plântulas de arroz. Foram recuperados 72 isolados das amostras de solos e água do CeBio, agrupados em 23 morfotipos de acordo com as características morfológicas. O sequenciamento do Domínio D1/D2 do gene 26S do RNA ribossomal revelou a presença de 6 gêneros: Cryptococcus, Pseudozyma, Meyerozyma, Debaryomyces, Lipomyces e Aureobasidium. O gênero Cryptococcus foi dominante com 57 isolados, aparecendo também na análise de PCR-DGGE. A composição das comunidades de leveduras associadas a solos de cinco diferentes áreas e a água de um localdo CeBio mostrou-se homogênea entre as áreas. Os testes de tolerância a metais mostraram que apenas dois isolados cresceram nos 2 metais nas concentrações máximas de 5mM para Cd e 20mM para Fe. Os isolados não apresentaram habilidade para aumentar o crescimento de sementes de arroz pré-germinadas in vitro. / The soil is a peculiar habitat with a complex and highly dynamic nature. The micro-organisms are an inseparable part of the soil. Yeasts are unicellular fungi and actively participate in ecological processes occurring in the soil, however most part of knowledge on the diversity of yeasts in soil remains unknown, mainly on soils compacted by mining process. The objective of this study was to characterize the genetic and functional diversity of yeasts associated with mining soils, surrounding areas and water samples. Were collected 20 samples were collected from 5 different places (Mata, Eucalipto, Cerrado, Canga and Capim) and 4 water samples from the Center of Research and biodiversity conservation of VALE S.A (CeBio). The isolation of the yeasts was made using MYGP medium. The isolates were characterized morphologically based on the appearance of the colony on petri plates and cell morphology. The genetic characterization was performed using MSP-PCR for grouping similar genetic profiles and sequencing of the D1/D2 domain of 26S of rDNA. PCR-DGGE was used as a molecular tool for evaluating the diversity of cultivable and non-cultivable yeasts. Functional characterization was done by tests of tolerance to the metals iron and cadmium and verification of the ability of the isolates as growth promoters of rice seedlings. 72 isolates were obtained from soil and water gathered from CeBio, grouped in 23 morphotypes according to its morphological features. The sequence of the domain D1/D2 from 26S rDNA revealed the presence of six genera: Cryptococcus, Pseudozyma, Meyerozyma, Debaryomyces, Lipomyces and Aureobasidium. Cryptococcus genus was dominant with 57 isolates, also appearing in the analysis of PCR-DDGE. The composition of yeast communities associated with soil and water from five different areas of CeBio was homogeneous among those areas. The tests of metal tolerance showed that only two isolates grew in the 2 metals in maximum concentrations of 5 mM for Cadmium and 20 mM for Iron. The isolates did not demonstrate the ability to increase the growth of rice seeds pre-germinated in vitro.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-15T13:40:09Z No. of bitstreams: 2 Tese Merilane Calixto.pdf: 3296398 bytes, checksum: 4ebdcc3320e5ae2af6c49364b68099bd (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-15T13:40:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese Merilane Calixto.pdf: 3296398 bytes, checksum: 4ebdcc3320e5ae2af6c49364b68099bd (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-08-16 / FACEPE / Para compreender a organização cromossômica de elementos repetitivos na família Phyllostomidae o mapeamento físico de genes ribossomais/sequências teloméricas e do retrotransposon MAZE/L1-like foi realizado em 12 e 13 espécies, respectivamente. O número de clusters para o gene 45S variou de um a três, com exclusiva localização autossômica exceto em Carollia perspicillata (cromossomo X). Para o gene 5S um único par de sítios autossômicos foi observado em todas as espécies. A FISH com sequência telomérica hibridizou os telômeros de todas as espécies, exceto em C. perspicillata e foram observados sítios teloméricos intersticiais (ITS) na região pericentromérica da maioria das espécies. Adicionalmente, o elemento MAZE/L1-like mostrou-se presente na região centromérica (regiões heterocromáticas) dos cromossomos de todas as espécies, exceto em Chrotopterus auritus, e algumas espécies apresentaram o enriquecimento desse elemento no braço longo do cromossomo X e outras apresentaram sinais de hibridização na região proximal dos braços cromossômicos do X. Esses resultados indicam que distintas forças evolutivas atuam no genoma de Phyllostomidae, bem como podemos especular que a presença do elemento MAZE/L1-like em regiões heterocromáticas centroméricas seja pela baixa pressão seletiva que atua nestas regiões genômicas e pelo seu envolvimento com funções centroméricas. Além disso, a localização de elementos repetitivos em regiões centroméricas fornece um bom marcador molecular com aplicações em estudos de evolução e rearranjos cromossômicos.

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:03:31Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo3708_1.pdf: 2384941 bytes, checksum: eb88b5415a7535a2dd1ff4be7f2c1781 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sistemas de expressão heteróloga em Saccharomyces cerevisiae têm sido descritos, porém apresentam algumas desvantagens quando utilizados em linhagens industriais: (1) a marca de seleção é baseada em supressão de auxotrofia ou resistência a compostos químicos; (2) a marca de seleção nem sempre é excisável; (3) o alvo de integração geralmente não é multicópia; (4) os vetores ainda possuem seqüência bacteriana. Neste trabalho, construímos um novo sistema para modificação de linhagens industriais de S. cerevisiae que obedecem aos requisitos para utilização de OGM s na indústria: linhagem modificada sem marca de resistência a antibióticos, não portadora de seqüências de origem bacteriana e seqüências integradas derivadas de organismos GRAS (Generally recognized as safe). Este sistema pFB, composto por dois vetores pFB-LAC4 e pFB-LAC12, combina o método de seleção por complementação metabólica para lactose com a utilização do DNA ribossomal como alvo de integração por recombinação homóloga resultando num sistema de modificação com seleção limpa (ecologicamente correta), de integrações estáveis e re-utilizável numa mesma linhagem. Este sistema permite a modificação genética de linhagens industriais de S. cerevisiae para expressão heteróloga e/ou modificações de vias metabólicas permitindo o melhoramento ou introdução de vias bioquímicas nestas linhagens.

A proteína ribossomal L10 (RP L10) é uma forte candidata a ser incluída na classe de proteínas supressoras de tumor. Também denominada QM, a proteína em questão é conhecida por participar da ligação das subunidades ribossomais 60S e 40S e da tradução de mRNAs. Possui massa molecular entre 24 a 26 kDa e ponto isoelétrico (pI) 10,5. A seqüência da proteína QM é bastante conservada em mamíferos, plantas, invertebrados, insetos e leveduras indicando que esta possui funções críticas na célula. Com função supressora de tumor, a proteína RP L10 foi estudada em linhagens de tumor de Wilm (WT-1) e em células tumorais de estômago, nas quais se observou uma diminuição na quantidade de seu mRNA. Mais recentemente a RP L10 foi encontrada em baixas quantidades nos estágios iniciais de adenoma de próstata e com uma mutação em câncer de ovário, indicando uma participação no desenvolvimento destas doenças. Como proteína, já foi descrito que esta interage com as proteínas c-Jun e c-Yes, inibindo a ação ativadora de fatores de crescimento e divisão celular. Este trabalho tem um papel importante no estabelecimento da expressão desta proteína solúvel, para estudos posteriores que tenham como objetivo avaliar a ação de regiões específicas que atuam na ligação das subunidades ribossomais 60S e 40S e tradução, bem como nas regiões que se ligam a proto-oncogenes. O cDNA para proteína QM foi amplificado por PCR e clonado no vetor de expressão periplásmica p3SN8. A proteína QM foi expressa em E.coli BL21 (DE3) no citoplasma e periplasma bacteriano e na melhor condição, a expressão de QM de bactérias transformadas pelo plasmídeo recombinante p1813_QM em 25°C ou 30°C, a proteína foi obtida solúvel e com quantidad es muito pequenas de contaminantes. Os ensaios de estrutura secundária demonstraram que a proteína QM tem predominância de a-hélice, mas quando do seu desenovelmento, essa condição muda e a proteína passa a ter característica de folhas β. / The ribosomal protein L10 (RP L10) is a strong candidate to be included in the class of tumor suppressor proteins. This protein, also denominated as QM, is known to participate in the binding of ribosomal subunits 60S and 40S and the translation of mRNAs. It has a molecular weight that varies between 24 and 26 kDa and an isoelectric point of (pI) 10.5. The sequence of the protein QM is highly conserved in mammals, plants, invertebrates, insects and yeast which indicates its critical functions in a cell. As a tumor suppressor, RP L10 has been studied in strains of Wilm\'s tumor (WT-1) and tumor cells in the stomach, where was observed a decrease in the amount of its mRNA. More recently, the RP L10 was found in low amounts in the early stages of prostate adenoma and showed some mutation in ovarian cancer, what indicates its role as a suppressor protein in the development of these diseases. It has also been described that this protein interacts with c-Jun and c-Yes inhibiting growth factors and consequently, cell division. This work has an important role on the establishment of soluble expression of QM to give base information for further studies on expression that aim to evaluate the specific regions where it acts binding the 60S and 40S ribossomal subunits and translation, as well as its binding to proto-oncogenes. The cDNA for QM protein was amplified by PCR and cloned into periplasmic expression vector p3SN8. The QM protein was expressed in E. coli BL21 (DE3) in the region of cytoplasm and periplasm, the best condition was obtained from the expression of the recombinant plasmid QM p1813_QM at 25°C or 30°C, the soluble protein was obtained with small amounts of contaminants. The assays of secondary structure showed that the QM protein is predominantly alpha-helix, but when it loses the folding, this condition changes and the protein is replaced by β- sheet feature.

Tripanossomas de répteis há muito são descritos em lagartos, tartarugas, crocodilos e cobras de todos os continentes. A classificação destes tripanossomas tem sido feita de acordo com a morfologia de formas sanguíneas e hospedeiro de origem. No entanto, estes critérios tradicionais não são suficientes para descrição de espécies, gerando varias sinonímias. Vinte e sete isolados foram mantidos em culturas contínuas. Estas são as primeiras culturas de tripanossomas de lagartos da América do Sul, e as unicas culturas de tripanossomas de jacarés e cobras disponíveis no mundo. As analises filogenéticas de tripanossomas de répteis realizadas usando seqüências dos genes SSUrRNA e gGAPDH corroboram a polifília de tripanossomas de répteis. O clado que inclui isolados provenientes de cobras e lagartos sugere uma associação com hospedeiros Squamata, sugerindo que flebotomíneos tenham um papel importante na transmissão destes tripanossomas. Os dados morfológicos e moleculares resultantes deste estudo permitiram a descrição de 7 novas espécies de tripanossomas. / Reptile trypanosomes have been described in lizards, tortoises, crocodiles and snakes of all continents. Reliable classification of reptile trypanosomes requires analysis based on traditional parameters and molecular phylogeny. However, these criteria are not enough for species description, generating synonymies Twenty-seven isolates were established in continuous cultures: 9 from lizards, 8 from snakes and 10 from caimans. Cultures of these isolates displayed distinct morphology and growth behavior, representing the first cultures of lizard trypanosomes from S. America and the only available cultures from caimans and snakes. The phylogenetic analysis of the reptile trypanosome using SSU rRNA and gGAPDH gene sequences corroborated the polyphyly of reptile trypanosomes. The clade harboring snake and lizard trypanosomes suggested an association with Squamata hosts, with evidence that sand flies play an important role in the transmission of these trypanosomes. Morphological and molecular data from this study permitted the description of 7 new trypanosome species.

A proteína ribossomal L10 (RP L10) é uma forte candidata a ser incluída na classe de proteínas supressoras de tumor. Também denominada QM, a proteína em questão é conhecida por participar da ligação das subunidades ribossomais 60S e 40S e da tradução de mRNAs. Possui massa molecular entre 24 a 26 kDa e ponto isoelétrico (pI) 10,5. A seqüência da proteína QM é bastante conservada em mamíferos, plantas, invertebrados, insetos e leveduras indicando que esta possui funções críticas na célula. Com função supressora de tumor, a proteína RP L10 foi estudada em linhagens de tumor de Wilm (WT-1) e em células tumorais de estômago, nas quais se observou uma diminuição na quantidade de seu mRNA. Mais recentemente a RP L10 foi encontrada em baixas quantidades nos estágios iniciais de adenoma de próstata e com uma mutação em câncer de ovário, indicando uma participação no desenvolvimento destas doenças. Como proteína, já foi descrito que esta interage com as proteínas c-Jun e c-Yes, inibindo a ação ativadora de fatores de crescimento e divisão celular. Este trabalho tem um papel importante no estabelecimento da expressão desta proteína solúvel, para estudos posteriores que tenham como objetivo avaliar a ação de regiões específicas que atuam na ligação das subunidades ribossomais 60S e 40S e tradução, bem como nas regiões que se ligam a proto-oncogenes. O cDNA para proteína QM foi amplificado por PCR e clonado no vetor de expressão periplásmica p3SN8. A proteína QM foi expressa em E.coli BL21 (DE3) no citoplasma e periplasma bacteriano e na melhor condição, a expressão de QM de bactérias transformadas pelo plasmídeo recombinante p1813_QM em 25°C ou 30°C, a proteína foi obtida solúvel e com quantidad es muito pequenas de contaminantes. Os ensaios de estrutura secundária demonstraram que a proteína QM tem predominância de a-hélice, mas quando do seu desenovelmento, essa condição muda e a proteína passa a ter característica de folhas β. / The ribosomal protein L10 (RP L10) is a strong candidate to be included in the class of tumor suppressor proteins. This protein, also denominated as QM, is known to participate in the binding of ribosomal subunits 60S and 40S and the translation of mRNAs. It has a molecular weight that varies between 24 and 26 kDa and an isoelectric point of (pI) 10.5. The sequence of the protein QM is highly conserved in mammals, plants, invertebrates, insects and yeast which indicates its critical functions in a cell. As a tumor suppressor, RP L10 has been studied in strains of Wilm\'s tumor (WT-1) and tumor cells in the stomach, where was observed a decrease in the amount of its mRNA. More recently, the RP L10 was found in low amounts in the early stages of prostate adenoma and showed some mutation in ovarian cancer, what indicates its role as a suppressor protein in the development of these diseases. It has also been described that this protein interacts with c-Jun and c-Yes inhibiting growth factors and consequently, cell division. This work has an important role on the establishment of soluble expression of QM to give base information for further studies on expression that aim to evaluate the specific regions where it acts binding the 60S and 40S ribossomal subunits and translation, as well as its binding to proto-oncogenes. The cDNA for QM protein was amplified by PCR and cloned into periplasmic expression vector p3SN8. The QM protein was expressed in E. coli BL21 (DE3) in the region of cytoplasm and periplasm, the best condition was obtained from the expression of the recombinant plasmid QM p1813_QM at 25°C or 30°C, the soluble protein was obtained with small amounts of contaminants. The assays of secondary structure showed that the QM protein is predominantly alpha-helix, but when it loses the folding, this condition changes and the protein is replaced by β- sheet feature.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-31Bitstream added on 2014-06-13T18:44:29Z : No. of bitstreams: 1 moraes_spv_dr_jabo.pdf: 948711 bytes, checksum: 46e44d8c0ba3f6d9eccf238a5207cfc2 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O lodo de esgoto tem sido utilizado como fertilizante orgânico em substituição ao fertilizante químico. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito de lodo de esgoto, oriundo da Estação de Tratamento de Barueri em São Paulo, sobre a população bacteriana do solo através da análise de microarranjo de DNA. Os tratamentos foram sem adição e com adição de lodo de esgoto, sendo este adicionado em quantidades equivalentes a uma e a oito vezes a dose de Nitrogênio mineral recomendada para o cultivo de milho. As amostras de solo foram coletadas no Campo Experimental da Embrapa Meio Ambiente, em Jaguariúna (SP), em áreas que já vem sofrendo aplicações de lodo similar por 5 anos. As coletas foram feitas seis dias antes da aplicação do lodo, época referente ao final da primavera; e 67 dias após a aplicação do lodo, época referente ao final do verão e antecedente ao plantio do milho. Para a análise da comunidade bacteriana foi construído um microarranjo ambiental em lâmina de vidro contendo 1560 seqüências parciais do gene 16S rRNA de procariotos. Avaliaram-se também os teores totais P, Cu, Fe, Mn, Zn e S acumulados nos solos após a aplicação do lodo. A técnica de microarranjo foi eficiente para avaliar as alterações na comunidade bacteriana. E pode ser observada uma grande variação na população de bactéria, principalmente nos solos tratados com altas doses de lodo. / Sewage sludge has been used as organic fertilizers to replace in substitution chemical fertilizer. The objective of this study was to evaluate the effect of sewage sludge from the Station of Treatment of Barueri São Paulo State on the structure of the bacterial communities through DNA microarray analysis. The treatments were without addition sewage sludge and an N supply to one and eight times the dose of N recommended for mineral fertilization in maize. Soil samples were collected on Experimental Area of the Embrapa Environment, in Jaguariúna, São Paulo State, at the end of the spring, six days before sewage sludge application and at the end of the summer, 67 days after the treatment applications), before the maize plantation. In order to analyze bacterial communities it was constructed a glass slide microarray environmental with 1.560 partial sequences of the gene 16S rRNA from prokaryotes that have been the majority different and from bacteria. The total contents of Cu, Mn, Ni, Pb and Zn accumulated in the soil after sewage sludge application was evaluated through out chemical analyses. Great variation in the bacterial population was found, mainly in the soil treated with the higher dose of sewage sludge. The DNA microarray technique was efficient to evaluate the alterations on the bacterial communities.