PANKOV, R. C. Caracterização molecular e análise filogenética de rotavírus a em população infantil com e sem diarreia no semiárido brasileiro. 2017. 92 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Carolinda Oliveira (ppgmm@ufc.br) on 2017-08-24T12:14:58Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes (erikaleitefernandes@gmail.com) on 2017-08-24T13:24:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-24T13:24:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_rcpankov.pdf: 2843113 bytes, checksum: 03c6ef7228c8dec520ff5ebcbd35d154 (MD5) Previous issue date: 2017-07-26 / Rotavirus A (RVA) is the major cause of infantile acute gastroenteritis, being responsible for approximately 40% of all diarrhea cases in children younger than 5 years of age worldwide. After the Rotarix vaccine (RV1) introduction in Brazil, the rates of childhood gastroenteritis-related deaths decreased, however, morbidity rates are still high. This study aimedto investigate the epidemiology, clinical features, vaccination impact and genetic diversity of circulating RVA strains associated with acute gastroenteritis, in children from Semiarid region in northeastern Brazil. As part of the Recodisaproject was included 1200 children in the age group 2-36 months, whereas cases were children with an episode of diarrhea in the last 14 days, and was recruited participants from the cities of Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeiras (PB), Souza (PB) and Patos (PB) during the years 2009 to 2011. The initial clinical diagnosis showed RVA prevalence of 7.1% (86/1200) using Luminex. Subsequently, 291 samples were selected for analysis by real-time PCR (qRT-PCR), to detection of the gene coding for VP6 and sequence analyses of the genes encoding VP4 and VP7. By using qRT-PCR, the detection rate of RVA was 10.65% positive, which was associated with infantile diarrhea (P = 0.0472). In addition,RVA infections was related to the male gender (P = 0.0216). The absence of RVA was associated with the first one (P = 0.0001) and the third year of life (P = 0.0190), corroborating with the vaccination rates, where 89,3% of the children in the study received the two doses of the vaccine. Exclusive breastfeeding was also associated with the absence of RVA (P = 0.0012). The majority of children with RVA were observed slightly reduced symptoms of acute gastroenteritis and 80.7% presented a good nutritional status. The genotypes G1, G2 and G3 and P[4], P[8] and P[9] were detected, and the most prevalent combination was G1P[8] (57%). Rare combinations were also detected, such as G1P[4], G2P[8] and G3P[9]. The phylogenetic analysis of the strains shows that the genotype samples as P[8] belong to the lineage P[8]-1, this is the same lineage of RV1 and have nucleotide similarity ranging from 98 to 100%. It is suggested that samples G1 and P[8] show evidence of vaccine shedding. Thus, the vaccine’s virus excreted into the environment, is linked to direct protection of unvaccinated children, consequently the effect of herd immunity provides a measure of protection for populations with low vaccine coverage. In conclusion, this study observed that after the introduction of RV1 and other preventive measures, there was a reduction in cases of RVA, besides the results contribute to the understanding of the genetic diversity of RVA in children from Semiarid region in northeastern Brazil. / O Rotavírus A (RVA) é um dos principais agentes etiológicos da gastroenterite aguda (GA) infantil e é responsável por aproximadamente 40% dos casos de diarreia em crianças com até 5 anos de idade em todo o mundo. Após a introdução da vacina Rotarix® (RV1) no Brasil houve uma redução da taxa de mortalidade infantil por GA, contudo ainda há altos índices de morbidade. Este estudo tem como objetivo a caracterização epidemiológica, molecular e análise filogenética das cepas de RVA circulantes na população infantil do Semiárido Brasileiro. Como parte do projeto Recodisa,foram incluídas 1200 crianças entre 2 e 36 meses de idade, sendo considerado casos as crianças que apresentaram pelo menos um episódio de diarreia nos 14 dias anteriores a coleta de fezes, e foram recrutados participantes das cidades de Crato (CE), Picos (PI), Ouricuri (PE), Cajazeira (PB), Souza (PB) e Patos (PB) durante os anos de 2009 a 2011. Após o diagnóstico por Luminex, foi verificada uma prevalência de 7,1% (86/1200) de positividade para RVA. A partir deste diagnóstico, 291 amostras, foram selecionadas para análise por PCR em tempo real (qRT-PCR), detecção do gene que codifica a VP6, além do sequenciamento dos genes que codificam para as proteínas VP4 e VP7. Através do qRT-PCR, foi demonstrado positividade de 10,65% para RVA associada a diarreia infantil (P= 0,0472). Ademais, a presença de RVA foi relacionada ao gênero masculino (P=0,0216). Já a ausência de RVA foi associada ao primeiro (P=0,0001) e ao terceiro ano de vida (P=0,0190), corroborando com as taxas de vacinação, onde 89,3% das crianças do estudo receberam as duas doses da vacina. O aleitamento materno exclusivo também foi associado com a ausência de RVA (P=0,0012). Grande parte das crianças com RVA apresentaram diminuição dos sintomas e 80,7% estado nutricional normal. Através da análise dos genes que codificam a VP7 e VP4, foram detectados os genótipos G1, G2 e G3 e P[4], P[8] e P[9], respectivamente, sendo G1P[8] a combinação mais prevalente (57%). Combinações menos comuns também foram detectadas, como G1P[4], G2P[8] e G3P[9]. A análise filogenética das cepas mostra que as amostras genotipadas como P[8] pertencem à linhagem P[8]-1, esta é a mesma linhagem da RV1 e possuem similaridade nucleotídica variando entre 98 e 100%. Sugere-se que as amostras G1 e P[8], evidenciam casos de “shedding” vacinal. Dessa forma, com o vírus da vacina excretado no meio ambiente, uma proteção direta é oferecida as crianças não vacinadas, consequentemente o efeito de vacinação por rebanho, pode ser benéfico para populações com baixa cobertura vacinal. Assim é possível concluir que após a introdução de RV1 e outras medidas preventivas, houve uma redução nos casos deRVA, além de os resultados contribuírem para o entendimento da diversidade genética de RVA em crianças carentes do Semiárido Brasileiro.

Orientador : Antonio F. Pestana de Castro / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T02:15:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Hara_NataliciaHifumi_M.pdf: 5403720 bytes, checksum: 5605a589f7927b4d0b07b2967e0fafd0 (MD5) Previous issue date: 1992 / Resumo: Os rotavírus são uma das principais causas de diarréia em crianças menores que 5 anos de idade, principalmente nos países em desenvolvimento, onde a taxa de mortalidade tem se mostrado bastante alta. A infecção por rotavírus é auto-limitada, leva à descamação rápida e intensa do epitélio colunar das vilosidades do intestino delgado e acarreta o encurtamento e atrofia das vilosidades intestinais a nível do intestino delgado, Consequentemente, há um prejuízo no processo de absorção-digestão advindo uma diarréia do tipo osmótica por má-absorção, que persiste até a reposição do epitélio colunar das vilosidades. Os rotavírus estão classificados como um gênero separado na família Reoviridae sendo compostos por 2 capsídeos (interno e externo) e 11 segmentos de RNA(ds). Os rotavirus são encontrados no homem e em várias espécies animais sendo morfologica, bioquímica e antigenicamente similares, por apresentarem antígenos de grupo comuns, associados ao capsídeo interno. Antígenos tipo-específicos estão ligados ao capsídeo externo. No nosso trabalho foram analisadas 1010 amostras de fezes de crianças, sob atendimento ambulatorial na cidade de São Paulo, sendo que 505 destas apresentavam diarréia no momento da coleta e 505 eram provenientes de crianc;::assem diarréia. Para cada amostra de fezes com diarréia foi coletada no mesmo dia uma outra amostra de criança sem diarréia para servir como controle. Todas as amostras foram analisadas em eletroforese em amostras positivas. Do total de 75 amostras positivas para rotavírus, 68 amostras (13,46%) foram identificadas em crianças com diarréia e 7 amostras (1,38%) em crianças sem diarréia e em 59 amostras foi possível classificar 17 perfis eletroforéticos diferentes. A maior frequência de rotavírus ocorreu em crianças na faixa etária de 13 a 24 meses de idade e foi durante os meses mais frios do ano (abril a julho de 1989) que houve uma maior incidência da doença Para melhor caracterização sorológica, as amostras foram testadas em um ensaio imunoenzimático (EIE) para a determinação do subgrupo a que pertenciam. Das 70 amostras analisadas, 3 amostras (4,28%) foram detectadas como pertencentes ao subgrupo I, sendo 2 delas com o padrão de migração longo de acordo com o EGPA, 39 amostras (55,17% ao subgrupo lI, 1 amostra (1,42% com especificidade aos subgrupos I e II. Esta em EGPA demonstrou a presença de 2 rotavírus diferentes. Em 13 amostras (18,57%.) não foi possível a classificação dentro dos subgrupos mas estas apresentaram resultado positivo para rotavírus do grupo A. As 14 amostras restantes não foram classificadas nem dentro dos subgrupos e nem mesmo quanto ao grupo A de rotavírus, apesar de terem sido positivas em EPGA e/ou EIERA, com exceção de 2 amostras, que de acordo com perfil eletroforetico, apresentaram um perfil sugestivo do grupo C de rotavirus / Mestrado / Imunologia / Mestre em Ciências Biológicas

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006. / Submitted by wesley oliveira leite (leite.wesley@yahoo.com.br) on 2009-11-10T22:30:34Z No. of bitstreams: 1 Karla Neves Laranjeira Braga dissertacao completa.pdf: 1993358 bytes, checksum: d98df231f48395264ee40a94b1bdcc0f (MD5) / Approved for entry into archive by Carolina Campos(carolinacamposmaia@gmail.com) on 2010-03-12T15:41:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Karla Neves Laranjeira Braga dissertacao completa.pdf: 1993358 bytes, checksum: d98df231f48395264ee40a94b1bdcc0f (MD5) / Made available in DSpace on 2010-03-12T15:41:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Karla Neves Laranjeira Braga dissertacao completa.pdf: 1993358 bytes, checksum: d98df231f48395264ee40a94b1bdcc0f (MD5) Previous issue date: 2006 / Os rotavírus são caracterizados por uma ampla diversidade genética, que possui implicações na epidemiologia das diarréias agudas infecciosas. O objetivo deste estudo foi descrever a variabilidade dos genótipos G dos rotavírus do grupo A circulantes no Distrito Federal, região Central do Brasil, nos períodos de 1986 a 1990; de 1994 a 1996 e de 2004 a 2005. Foram analisadas cento e três amostras fecais cedidas pelo Laboratório Central de Saúde Pública do Distrito Federal. Essas amostras foram coletadas em três períodos distintos: 1986 a 1990, 1994 a 1996, e de 2004 a 2005. A detecção dos rotavírus foi inicialmente realizada por meio das técnicas de EIARA (Ensaio Imunoenzimático para Rotavírus e Adenovírus) e PAGE (Eletroforese em Gel de Policriamida). Os resultados obtidos pelas duas técnicas apresentaram concordância de 98%. Apenas duas amostras foram positivas em PAGE e não reagentes no EIARA. Todas as amostras apresentaram perfil característico dos rotavírus do grupo A em PAGE. Das 103 amostras analisadas, 94 apresentaram perfil longo, oito perfil curto e um perfil curto atípico. Os RNAs foram transcritos reversamente e amplificados pela PCR, utilizando-se os primers 9con1 e 9con2, para a obtenção de um fragmento de 904 pb, correspondente ao gene que codifica a proteína VP7. Os produtos da PCR foram submetidos ao seqüenciamento automático a as seqüências obtidas analisadas pelos programas FASTA e BLAST. Quando os dados dos três períodos foram analisados conjuntamente, o genótipo predominante foi o G1 (50,48%), seguido pelos genótipos G9 (18,45%), G2 (10,68%), G5 (10,68%), G3 (5,83%) e G4 (3,88%). No primeiro período (1986-1990) 41% das amostras eram do genótipo G1; 24% do genótipo G5; 18% do genótipo G3 e 9% dos genótipos G2 e G4. No segundo período (1994-1996), 74,47% foram do genótipo G1; 17,02% G2; 6,38% G5 e 2,13% G4. No terceiro período (2004-2005) o genótipo mais prevalente foi o G9 (86,36%), seguido do G1 em 13,64% das amostras. A análise filogenética foi realizada pelo método de neighbor-joining e a separação dos ramos em genótipos apresentou valores de bootstrap elevados, confirmando os dados de homologia obtidos por meio dos programas FASTA e BLAST. As informações geradas por este trabalho estão de acordo com os dados da literatura e poderão subsidiar estudos futuros de eficácia da vacina que foi introduzida no Calendário Nacional de Imunização no Brasil, bem como o monitoramento dos genótipos de rotavírus circulantes no Distrito Federal e Entorno. _________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Rotaviruses are characterized by a high genetic diversity. Such diversity has potential implication on the epidemiology of acute infectious diarrhea. This work aimed to describe the variability of G genotypes from group A rotaviruses circulating in the Federal District, Central Brazil. One hundred and three fecal samples kindly provided by the Public Health Laboratory of the Federal District were analyzed. The samples were collected at three distinct timeframes: 1986 to 1990, 1994 to 1996 and 2004 to 3005. The rotavirus detection was initially performed by EIARA and PAGE. The results from these two procedures presented 98% of agreement. Only two samples were positive by PAGE and non reactive by EIARA. All samples showed electrophoretic profile compatible with group A rotaviruses. From the 103 samples analyzed, 94 showed long electropherotype, whereas eight showed short and one atypical electropherotype. The extracted RNAs were reversely transcribed and amplified by PCR, using 9con1 and 9con2 primers, generating DNA fragments with approximately 904 bp corresponding to part of the VP7 protein gene. The PCR products were submitted to automated sequencing and the generated sequences were analyzed by the FASTA and BLAST programs. When the three seasons were evaluated, the predominant genotype was G1 (50.48%), followed by G9 (18.45%), G2 (10.68%), G5 (10.68%), G3 (5.83%) and G4 (3.88%) genotypes. In the first season (1986-1990), 41.18% of the samples were described as genotype G1; 23.53% genotype G5; 17.65 G3 and 8.82% G2 and G4. During the second season (1994-1996), 74.47% of the samples were characterized as G1; 17.02% G2; 6.38% G5 and 2.13% G4. The most prevalent genotype of the third season (2004-2005) was G9 (86.36%) folowed by G1 (13.64%). Phylogenetic analysis was performed by the neighbor-joining method and the segregation of the genotypes confirmed the homology results obtained by FASTA and BLAST. The information generated by this study is in agreement with the literature and may subsidize future evaluation of vaccine efficacy as well as the monitoring of rotavirus genotypes in the Federal District and in Brazil.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2016-08-29T15:42:49Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Patrícia Araújo Beck.pdf: 1348736 bytes, checksum: 03083b9a0a7fe03e4a73a0ac919621b0 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-29T15:42:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Patrícia Araújo Beck.pdf: 1348736 bytes, checksum: 03083b9a0a7fe03e4a73a0ac919621b0 (MD5) / CNPQ;FIOCRUZ / O Rotavírus, pertencente à família Reoviridae, é o maior agente etiológico de diarréias agudas em bovinos. O vírus é não envelopado, de simetria icosaédrica e possui capsídeo duplo constituído pelas proteínas estruturais VP1, 2, 3, 4, 6 e 7. O objetivo deste trabalho foi a caracterização dos anticorpos monoclonais (AcM) produzidos contra Rotavírus bovino para sua aplicação como ferramenta de diagnóstico, utilizando as técnicas de Isotipificação, Dot-blot, Western-blot, Imunofluorescência indireta (IFI) e ensaio imunoenzimático (ELISA). A caracterização imunoquímica demonstrou que todos os AcM (1G5, 4F7, 1E12, 4F3 e 3C12) foram do isotipo IgG2a, com cadeia leve . Através da técnica de Dot-blot, os AcM 1G5, 4F7, 1E12, 4F3 detectaram antígenos do Rotavírus e apenas dois AcM (1E12 e 4F3) reconheceram proteínas virais pela técnica de Western-blot. Os cinco AcM reagiram positivamente na técnica de IFI e, também, foram capazes de detectar antígeno viral nas amostras fecais, pela técnica de ELISA de captura. Desta forma, foi possível identificar dois grupos de AcM: um formado pelo 4F7, 1E12 e 1G5 que tiveram resultados animadores para seu uso na detecção de antígeno viral em fezes, e outro pelos AcM 4F3 e 3C12, que podem ser usados para detectar antígeno viral em culturas de células através de IFI. Portanto, a caracterização imunoquímica dos AcM mostra o seu possível uso como ferramenta no diagnóstico das rotaviroses em bovinos.

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 mariela_gomez_ioc_mest_2009.pdf: 2281409 bytes, checksum: f9b9a1b11805beacdb9238a9bda6a0ef (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Segundo a OMS, as gastrenterites são, após as infecções respiratorias agudas, os mais importantes agravos à saúde em crianças ≤ anos. Devido à complexidade da epidemiologia dos rotativos do grupo A (RV-A), particularmente em países em desenvolvimento, torna-se fundamental o conhecimento dos genótipos das amostras circulantes, principalmente a partir da introdução da vacina monovalente Rotarix® (G1P[8] pela Programa Nacional de Imunizações no Brasil em março de 2006. Nos estudos de Fase III realizados com a Rotarix® a prevalência do RV-A genótipo G2P[4] foi extremamente baixa e a avaliação de imunização heterotípica contra este genótipo foi realizada através de estudos de metanálises estatísticas. Este genótipo, em geral, está associado às manifestações clínicas mais graves. Diferentes estudos evidenciaram a re-emergência do genótipo G2P[4] no Brasil a partir de 2005, e em outros países, sugerindo que seria um fenômeno continental relacionado à variabilidade temporal da distribuição de genótipos qu ocorre naturalmente. Porém, uma mudança na epidemiologia e distribuição deste genótipo relacionada à introdução da vacina Rotarix® no Brasil não pode ser descartada e necessita ser investigada. Deve-se considerar que o genótipo G2P[4] não compartilha antígenos VP4 ou VP7 com a amostra vacinal Rotarix®. Os dados obtidos neste estudo revelaram a circulação de diferentes variantes de RV-A genótipo G2P[4] no período de 1996 a 2009 no Brasil. Além das variantes genotípicas, também foi possível identificar variantes genéticas do genes VP7, VP4, VP6 e NSP4, mostrando a segregação independente dos mesmos. As análises filogenéticas baseadas nos genes que codificam para as proteínas VP7 e VP4, permitiram inferir a ocorrência de múltiplas introduções do genótipo G2P[4] no Brasil. Evidenciando o fluxo de variantes genéticas que ocorre em nível global para este genótipo. Também foi possível evidenciar a ocorrência de mutações pontuais e reassortment entre amostras humanas, para os quatro genes analisado; e entre amostras humanas e amostra bovinas para o gene que codifica para a proteína NSP4. Os resultados do presente estudo são fundamentais na tentativa de se ter uma melhor entendimento da epidemiologia e a evolução dos RV-A genótipo G2P[4] e demonstra a importância do monitoramento contínuo e a caracterização molecular das amostras de RV-A circulantes, tanto em humanos quanto em animais / According to the World Health Organization (WHO), a cute gastroenteritis are the major cause of gastroenteritis in children ≤ 5 years old, after acute respiratory infections. Due to the epidemiology complexity of rotavirus-A (RV-A), especially in developing countries, it is important to determinate which are the genotypes of the circulating strains, principally after the introduction of the monovalent vaccine Rotarix ® (G1P[8]) in Brazil by the National Immunization Program. In Phase III trials with Rotarix®, the prevalence of genotype G2P[4] was extremely low, and therefore, evaluation of heterotypic immunization against this genotype was performed by meta-analysis statistics tests. This genotype, in general, is associated with more severe clinical manifestations. Different studies have showed the re-emergence of genotype G2P[4] in Brazil, since 2005, and in other countries, suggesting that it would be a continental phenomenon related to the temporal variability in the genotypes distribution that occur naturally. However, changes in the epidemiology and distribution of this genotype related to the introduction of the vaccine Rotarix® in Brazil can not be excluded and needs to be investigated. Should be considered that genotype G2P[4] does not share VP4 or VP7 antigens with the Rotarix® vaccine strain. Data obtained in this study revealed the circulation of different variants of RV-A genotype G2P [4] in the period of 1996 to 2009 in Brazil. In addition to genotypic variants, was also possible to identify genetics variants of the genes: VP7, VP4, VP6 and NSP4, showing independent segregation. The phylogenetic analysis based on the genes that code proteins VP7 and VP4, allowed to infer the ccurrence of multiple introductions of genotype G2P[4] in Brazil. It was possible to identify the occurrence of point mutations and reassortment events between human strains for the four genes studied, and between human and bovine strains for NSP4 gen. The results obtained in this study are fundamental in our attempt to gain a better understanding of epidemiology and evolution of RV-A genotype G2P[4] and demonstrates the importance of continuous monitoring and molecular characterization of RV-A strains circulating in human and animal populations.

Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandarego@gmail.com) on 2014-10-20T19:39:13Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Isabela Brandão Peixoto.pdf: 1611631 bytes, checksum: 7f76cc45f2d901b5450c2679bc606829 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-20T19:39:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Isabela Brandão Peixoto.pdf: 1611631 bytes, checksum: 7f76cc45f2d901b5450c2679bc606829 (MD5) / FAPESB / Rotavírus é um dos principais responsáveis por quadros de gastroenterite em crianças. Neste estudo foi analisado o perfil molecular do Rotavírus identificado em quadros de gastrenterite em crianças, e o perfil de resposta imune contra esse vírus. 90 amostras de fezes foram coletadas de crianças hospitalizadas com sintomas de gastroenterite de abril a julho de 2010 no município de Salvador, e foram submetidas à detecção do Rotavírus através das técnicas ELISA. Do total de amostras analisadas, 89% (80/90) foram positivas e 11%(10/90) foram negativas no ELISA. Foi observado maior detecção de gastrenterite por Rotavírus em crianças menores de dois anos de idade, sendo encontrada no mês de junho maior frequência da infecção por esse vírus. Contudo, em 53 amostras positivas no ELISA foi realizada a extração do RNA viral diretamente das fezes, e posteriormente submetido à identificação do eletroferotipo por SDS-PAGE e genotipagem através RT-PCR. Foi observado o eletroferotipo correspondente ao Rotavírus do grupo A em todas as amostras analisadas por SDS-PAGE. Em relação à determinação dos genótipos de Rotavírus, foi possível a identificação de 4 genótipos G (G1,G2,G3 e G9) com predominância de G1 e G2, dois genótipos P (P4 e P6), e a combinação dos genótipos G e P identificaram cinco cepas circulantes (G1P[4],G1P[6],G2P[4],G2P[6] e G3[P4]). A detecção da resposte imune contra o Rotavírus foi realizada em 50 soros de crianças com 12 anos através da técnica de Western Blot, e 42% das amostras (21/50) identificaram bandas correspondente às proteínas imunogênicas virais. Concluindo, nesse trabalho observou-se a contínua circulação do RV do grupo A, com mudança do perfil de circulação dos genótipos RV para a atual predominância de G1, G2, P4 e P6, e uma população de crianças susceptível com capacidade de resposta imune para RV.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-27Bitstream added on 2014-06-13T19:55:40Z : No. of bitstreams: 1 silva_fdf_me_jabo.pdf: 517875 bytes, checksum: 226b17df1ff4c54a09c74d5d481c8d23 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Rotavírus é uma importante causa de diarreia neonatal em humanos e em várias espécies animais, incluindo bezerros. O presente estudo teve como objetivo verificar a ocorrência de rotavírus em bezerros de rebanhos leiteiros e de corte, durante o período de março de 2010 a agosto de 2011, em propriedades rurais situadas nos Estados de São Paulo, Minas Gerais, Goiás e Mato Grosso do Sul. Foram analisadas 765 amostras de fezes de bezerros, na faixa etária entre um e 60 dias, de 56 rebanhos bovinos, sendo 53 de exploração leiteira e três de gado de corte. Pela técnica da eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA), observou-se a ocorrência de rotavírus em 17,8% (10/56) dos rebanhos e em 3,0% (23/765) dos animais. A proporção de rebanhos leiteiros infectados foi de 16,9% (9/53), e no gado de corte o percentual de positividade foi de 33,3% (1/3). A maior ocorrência significativa de amostras positivas foi observada em animais na faixa etária de um a 15 dias, quando comparadas com as demais (p<0,01). Foram diagnosticados bezerros infectados por rotavírus tanto em animais com sinais clínicos de diarreia (9,3%: 16/171) quanto naqueles clinicamente normais (1,1%: 7/594), existindo porém uma correlação positiva entre a presença da infecção e a manifestação clínica da diarreia (p < 0,01). Ao analisar o perfil do RNA extraído das 23 amostras positivas pelo EGPA foi possível classificá-lo em 4 eletroferotipos distintos, indicando grande diversidade genômica na região estudada. Os resultados indicaram a participação do agente na etiologia da diarreia dos bezerros. A genotipagem G e P das amostras positivas foi realizada pela técnica de RT-PCR e demonstrou que separadamente as associações de genotipos circulantes... / Rotavirus is an important cause of neonatal diarrhea in humans and several animal species, including calves. The present study aimed at verifying rotavirus occurrence in calves belonging to dairy and beef cattle herds during the period from March 2010 and August 2011, in farms located in the states of São Paulo, Minas Gerais, Goiás and Mato Grosso do Sul. It was analyzed 765 fecal samples of calves, from 1 to 60 days of age, belonging to 56 cattle herds (from which 53 were dairy and 3 were beef cattle). By the technique of electrophoresis with polyacrylamide gel (PAGE), the occurrence of rotavirus was observed in 17.8% (10 / 56) of herds and 3.0% (23/765) of the animals. The proportion of infected dairy cattle was 16.9% (9/53), and the percentage of positivity in beef cattle was 33.3% (1 / 3). The highest incidence of positive samples was observed in animals aged 1-15 days, compared to the others (p <0.01). Calves infected by rotavirus were diagnosed not only in animals with clinical signals of diarrhea (9.3%: 16/171) but also in the clinically normal ones (1.1%: 7/594), although there is a correlation between the presence of infection and the clinical manifestation of diarrhea (p < 0. 01). By analyzing the profile of RNA extracted from 23 positive samples by EGPA it was possible classify it in four distinct electropherotypes, indicating a large genomic diversity in the analyzed region. The results indicate the agent’s participation in the etiology of diarrhea in calves. The polymerase chain reaction (PCR) preceded by reverse-transcription (RT) of viral RNA was employed to characterize the bovine rotavirus genotypes G and P, which indicated that the associations of genotypes circulating in herds in Brazil’s southeastern region were... (Complete abstract click electronic access below)

As diarréias, em animais neonatos, constituem numa enfermidade mórbida de distribuição mundial e os rotavirus têm sido apontados como uma das principias causas de gastroenterites de origem viral, especialmente nos países onde a suinocultura é explorada de forma intensiva. Este estudo teve por objetivo ampliar os conhecimentos da incidência e de rotavírus em suínos através das técnicas de aglutinação em látex (LATEX) e eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA). Foram anlisadas 329 amostras de fezes diarréicas de leitões entre os meses de março de 2007 a março de 2008, provenientes de uma granja localizada no município da serra gaúcha. O resultado da identificação de rotavírus por LATEX usando o kit Rotavírus Latex® , foi de 11.6% (38/329) e de 7.9% para EGPA (26/329). A metodologia para determinação de rotavírus por LATEX, mostrou ser mais eficiente que a de eletroforese em gel de poliacrilamida na detecção rotavirus, com uma sensibilidade de 88.4%, especificidade de 95%, valor preditivo positivo de 60.5% e um valor preditivo negativo de 99% e uma correlação de 94.5%. A caracterização molecular das amostras positivas identificou apenas o genótipo G5 e o padrão eletroforético longo em EGPA como vírus circulante no rebanho suíno. Não foram identificadas amostras com misturas de genótipos ou infecções múltiplas e a distribuição sazonal do rotavírus, nesta fazenda, teve picos de incidência entre os meses mais frios do ano. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-05-22T17:35:00Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao Caciano Elonir Rosa.pdf: 917757 bytes, checksum: 3d6c3e0c128584db735e113a4410032e (MD5) / Made available in DSpace on 2014-05-22T17:35:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Caciano Elonir Rosa.pdf: 917757 bytes, checksum: 3d6c3e0c128584db735e113a4410032e (MD5) / Diarrhea, in newborn animals, is a morbid disease that exists worldwide; rotaviruses have been considered one of the main causes of gastroenteritis of viral origin, especially in countries where pig farming is intensively explored. The objective of this study was to extend the knowledge about the incidence of rotavirus in pigs, using the latex agglutination test (LAT) and polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). This work analyzed 329 samples of diarrheic piglets between March 2007 and March 2008, from a farm in a municipality in Serra Gaúcha. Using LAT, for identification the Rotavirus Latex® kit, 11.6% (38/329) of the samples were considered positive, and, using PAGE, 7.9% (26/329) were positive. LAT was considered more sensitive than PAGE in the detection of rotaviruses, showing a sensitivity of 88.4% and a specificity of 95%, positive predictive value of 60.5%, negative predictive value of 99% and a correlation of 94.5%. The molecular characterization of the positive samples identified only the G5 genotype and a long electrophoretic profile in EGPA as the only type of rotavirus circulating in the pig herd. Neither samples with mixed genotype nor multiple infections were identified, and the seasonal distribution of the virus on this farm had higher incidence during the coldest month.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Medicina Tropical, 2012. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2013-01-03T14:06:09Z No. of bitstreams: 1 2012_ErnestoIsaacMontenegroRenoiner.pdf: 3336564 bytes, checksum: 400f21576a1df7d861b1fbc16d2be16b (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2013-01-22T13:34:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_ErnestoIsaacMontenegroRenoiner.pdf: 3336564 bytes, checksum: 400f21576a1df7d861b1fbc16d2be16b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-22T13:34:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_ErnestoIsaacMontenegroRenoiner.pdf: 3336564 bytes, checksum: 400f21576a1df7d861b1fbc16d2be16b (MD5) / Estudos relataram associação temporal de invaginação com a primeira dose da vacina Rotashield nos Estados Unidos e no México com a Rotateq; no Brasil esta associação ocorreu com a segunda dose da Rotarix. Para entender o comportamento da invaginação intestinal foi realizado estudo com o objetivo de descrever clínico-epidemiologicamente os casos de invaginação intestinal em menores de um ano, antes e após a introdução da vacina contra o rotavírus no Brasil. Realizado estudo epidemiológico com dois componentes: Estudo ecológico descritivo do comportamento dos coeficientes de incidência, mortalidade e letalidade da invaginação intestinal e da cobertura vacinal contra rotavírus; e descritivo de coorte clínica, para caracterizar o perfil clínico e epidemiológico da invaginação intestinal por tempo, lugar e pessoa e, descrever a evolução clínica. O estudo ecológico foi conduzido com dados notificados ao Sistema de internações Hospitalares e ao Sistema de Informações sobre Mortalidade nas 27 unidades federadas. A coorte clínica estudou casos internados em sete Unidades Federadas em 53 hospitais sentinelas para invaginação. Nestes, na etapa de análise antes da introdução da vacina foram utilizados registros dos centros cirúrgicos, Unidade de Terapia Intensiva e enfermarias de internação de cirurgia pediátrica. Para o período posterior à introdução da vacina, o estudo foi conduzido no período de 2007 a 2009 e os dados foram coletados por entrevistas com os responsáveis pelas crianças. Para comparar a incidência por doses aplicadas da vacina foram utilizados dados de Sistema de informações do Programa Nacional de Imunizações. A fonte populacional foi o Sistema de Informações Sobre Nascidos Vivos. De 2000 a 2010, no Brasil, os coeficientes médios de incidência, de mortalidade e de letalidade foram, respectivamente de 0,61/10.000NV, de 0,66/100.000NV e de 10,8%. Quanto ao perfil clinico-epidemiológico no período posterior à vacina, predominou o sexo masculino 228/401 (57%), a faixa etária mais acometida foi a de quatro a sete meses, com mediana de seis meses; quanto à instrução das mães, 45,9% tinham menos de oito anos de estudo e 79,6% ganhavam até R$ 588,00; 57,4% das crianças tiveram mais de dois atendimentos médicos e 37% delas foram tratadas após 48 horas do início dos sintomas. Quanto à apresentação clínica, mais de 50% das crianças tiveram vômitos biliosos, 81,3%, eliminação de fezes com sangue e 78,1%, dor abdominal. O tratamento cirúrgico foi realizado em 95% dos casos, sendo 46,4% com ressecção. A média, em dias, desde o inicio dos sintomas ate o tratamento foi de 2,4 dias; para tratamento por enema 1,7 dias; cirurgia sem ressecção foi de 2,1 dias e para cirurgia com ressecção foi de 3,3 dias. Identificados 18 óbitos, nos quais a média, em dias, entre o início dos sintomas e o tratamento foi de 4,4 dias com 100% de tratamento cirúrgico. No período anterior ao uso da vacina, o perfil dos casos foi similar. Em conclusão, este é o primeiro estudo brasileiro que descreve clínico-epidemiologicamente casos de invaginação intestinal com dados nacionais. Observam-se dificuldades para o diagnóstico e tratamento oportunos da invaginação, o que contribui para maior gravidade e risco de óbito. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Brazil introduced the rotavirus vaccine in 2006. Studies have demonstrated a temporal association between intussusception and receipt of the rotavirus vaccine (Rotashield® in the United States, Rotateq® in the Mexico; Rotarix® in Brazil). To better understand intestinal intussusception, a study was carried out with the objective of describing the clinical-epidemiologic characteristics of cases of intussusception in children less than one year of age, before and after introduction of the rotavirus vaccine in Brazil. The epidemiological study had two components: ecological descriptive study of rates of intestinal intussusception incidence, mortality and lethality, and rotavirus vaccine coverage; and descriptive study of a clinical cohort, to characterize the epidemiological and clinical profile of intestinal intussusception with regards to time, place and person and to describe the clinical progression. The ecological study was carried out with data reported to the System of Hospital admissions and to the System of Information about Mortality in the 27 federal units. The clinical cohort included cases hospitalized in seven federal units in 53 hospitals that are sentinel surveillance sites intussusception. From these, records of the surgical centers, intensive care units and pediatric surgery admission wards were used for the phase of analysis before of the introduction of the vaccine were utilized. For the period after the introduction of the vaccine, the study was carried out from 2007 to 2009 and the data were collected by interviews with the parents/guardians of the infants. To compare the incidence rates by number of vaccines doses, data from the Information System of the National Program of Immunizations were utilized. The source of population data was the System of Information about Live Births. From 2000 to 2010, in Brazil, the average rates for incidence, mortality and lethality were, respectively 0,61/10.000 live births, 0,66/100.000 live births and of 10,8%. Regarding in clinical-epidemiological profile following vaccine introduction, male sex predominated 228/401 (57%), the age group most affected was from four to seven months, with a median age of six months; regarding maternal education level, 45.9% had less than eight years of schooling and 79.6% earned R$ 588.00 or less; 57.4% of the infants had medical attention more than twice and 37% of them were treated more than 48 hours after symptom onset. Regarding the clinical presentation, over 50% of the infants had bilious vomiting, 81,3%, had blood in their stool and 78,1% had abdominal pain. Surgical management was carried out in 95% of the cases, with 46.4% having resection. On average, time from symptom onset to treatment was 2.4 days in days; for enema management it was 1.5 days; for surgery without resection it was 2.1 days and for surgery with resection it was 3.1 days. There were 18 deaths with an average time from symptom onset to treatment of 4.4 days and 100% were managed surgically. In pre-vaccine period, the characteristics of cases were similar. In conclusion, this is the first Brazilian study that describes clinical-epidemiologic characteristics of intestinal intussusception using national data. Difficulties with diagnosis and prompt management of intussusception were noted, which contribute to greater severity and great risk of death.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2006. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2010-05-04T12:48:44Z No. of bitstreams: 1 2006_Joana Ambrosina do Carmo.pdf: 673071 bytes, checksum: 5743de779e34320aaa8115719e8d8df4 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-18T00:51:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Joana Ambrosina do Carmo.pdf: 673071 bytes, checksum: 5743de779e34320aaa8115719e8d8df4 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-18T00:51:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Joana Ambrosina do Carmo.pdf: 673071 bytes, checksum: 5743de779e34320aaa8115719e8d8df4 (MD5) Previous issue date: 2006 / Rotavirus A é o principal agente da gastroenterite viral em todo o mundo com importante papel na mortalidade de crianças de até 5 anos de idade em países em xv desenvolvimento. Este estudo objetivou a detecção do agente dentro de um segmento de crianças desde o nascimento até um ano de idade. Objetivou ainda a correlação da positividade à faixa etária da infecção primária, à sazonalidade e a caracterização das amostras detectadas através do padrão eletroferotípico e genotipagem G e P. Foram envolvidas inicialmente no estudo 119 crianças, sendo que 34 delas participaram do estudo de seguimento. A detecção de Rotavirus A foi feita pelo EIERA e por EGPA e a genotipagem G e P foi feita por RT-nested-PCR. Foi observado que quatro crianças (0,6%) foram positivas para o Rotavirus A sendo três delas do estudo de seguimento, com a infecção se dando aos 5 e 6 meses de idade. A outra criança sofreu a infecção aos três meses de idade e não continuou no estudo. Das 119 crianças, 15 apresentaram gastroenterite durante o estudo e destas 12 pertenceram ao estudo de seguimento. Ademais, duas das crianças apresentaram mais de um episódio diarréico durante o estudo incluindo o da amostra positiva para o vírus. Uma criança não apresentou gastroenterite quando de sua amostra positiva. As quatro amostras positivas foram detectadas pelo EIERA e duas delas também pelo EGPA e esta metodologia caracterizou as amostras como sendo idênticas e padrão longo (bbea). Nenhuma das quatro amostras Rotavirus A pode ser genotipada para G ou P. As quatro amostras positivas foram detectadas em diferentes meses do ano (janeiro, março, agosto e setembro) não podendo assim caracterizar uma sazonalidade. O conhecimento obtido deste estudo soma-se a outros já existentes e devem servir de subsídios para a estratégia de prevenção do vírus em andamento em todo o mundo. _______________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Rotavirus A is the main agent of viral gastroenteritis worldwide and has an important role in morbity and mortality from children up to five years old, in developing countries. This study aimed to detect the agent in children from the birth to one year old. It also aimed to analyze the positivity correlation about the primary infection age group, seasonality, and characterization of the positive samples through of eletropherotyping profile and G and P genotyping. The study analyses samples from 119 children, but only 34 of them were enrolled in the prospective study. The Rotavirus A detection was performed by EIERA and PAGE that allowed the definition of the viral eletropherotypes. The genotyping G and P was performed by RT-nested-PCR. It was observed that four children were positive to Rotavirus A, and three of them were from the prospective study. The infection occurred when they were five and six months old. Another child was infected when it was three months old, but it did not continue in the research. Fifteen of the 119 children had gastroenteritis and 12 were part of the prospective study. Two children had more than one diarrheic episode during the study, including one of the children who was rotavirus positive. One child did not present gastroenteritis even though the sample was positive. The four positive samples were detected by EIERA and two of them were also detected by PAGE. This methodology also characterized these samples as identical with long pattern (bbea). None of the four Rotavirus A positive samples could be genotyped for G or P. The four positive samples were detected in different months of the year (January, March, August and September), therefore, it couldnt be characterized as seasonal. The knowledge acquired throughout this study added to the ones that already exist shall help the undergoing virus prevention strategies worldwide.