Os rotavírus, membros da família Reoviridae, são uma importante causa de diarreia em mamíferos e aves. São partículas icosaédricas não envelopadas e seu genoma é formado por 11 segmentos de RNA fita dupla que codificam seis proteínas estruturais e seis proteínas não estruturais. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genes codificadores das proteínas não estruturais (NSP1-5) e estruturais (VP1-4, VP6-7) dos rotavírus do grupo A em aves de criações comerciais (corte, postura, matrizeiros e avozeiros) localizadas em 12 estados brasileiros, seguido de análises de recombinação e pressão de seleção das amostras definidas. Um total de 226 amostras fecais foram triadas através de reações de RT-PCR tendo como alvo a amplificação da VP6 e NSP5. A frequência de ocorrência, baseada em cada uma destas provas, variou de 9,7% a 18,14%, respectivamente. Em seguida, 10 das amostras positivas foram processadas com primers específicos visando a amplificação dos demais genes, seguido do sequenciamento nucleotídico e filogenia baseada no método de maximum likelihood, tendo como modelos de substituição GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) e HKY (NSP4, NSP5) e 1.000 repetições de bootstrap. Foram definidas sequências parciais para os genes codificadores da VP1-4, VP6-7 e NSP1-4 e sequências completas para NSP5. As respectivas árvores demonstraram que as dez amostras definidas se agruparam em clados aviários previamente descritos. Duas constelações genotípicas foram caracterizadas: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8 e G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. Estes genotipos são tipicamente encontrados em aves, mas quando analisados em conjunto, esta é a primeira descrição destas constelações. Eventos de recombinação foram observados nos genes NSP2, VP1, VP3 e VP7. Pelo menos um códon com pressão de seleção positiva foi encontrado nos genes codificadores das proteínas NSP1, VP2 e VP3. Este estudo propicia um melhor entendimento acerca da epidemiologia e diversidade viral circulante nas criações aviárias brasileiras, servindo de base para o estabelecimento de medidas profiláticas mais eficazes. / Rotaviruses are members of the Reoviridae family and they are a common cause of acute diarrhea in several mammalian and avian species. They are non-enveloped icosahedral particles and its genome comprises 11 segments of double-stranded RNA, which encodes six structural proteins (VP1-4, VP6-7) and six nonstructural proteins (NSP1-6). The objective of this study was to characterize the RVA nonstructural and structural proteins coding genes (NSP1-NSP5, VP1-VP4, VP6 and VP7) from fecal samples from avian farms (broiler breeders, poultry, laying hens, and grandparents) raised in Brazilian commercial farms from 12 states, followed by recombination and selection pressure analysis from samples defined here. A total of 226 fecal samples were screened using a RT-PCR technique targeting the amplification of the VP6 and NSP5. The frequency of occurrence, using these techniques, ranging from 9.7% to 18,14%, respectively; and from these, ten samples were further processed with specific primers to amplify the remaining genes, followed by respective nucleotide sequencing of the amplicons and phylogeny based on method maximum likelihood, as substitutions models GTR (NSP1-3, VP1-3, VP4, VP6, VP7) and HKY (NSP4, NSP5) and 1.000 bootstrap repetitions. Partial nucleotide sequences of VP1-4, VP6-7, and NSP1-4, and complete from NSP5, were obtained in this study. The phylogenetic trees depicted that the ten Brazilian rotavirus strains segregated with previous avian RVA described elsewhere. Two avian genotype constellations have been characterized here: G19-P[31]-I11-R6-C6-M7-A16-N6-T8-E10-H8, and G19-P[31]-I4-R4-C4-M4-A16-N4-T4-E4-H4. These genotypes are typically found in avian species, although when analyzed together, this is the first report of such constellations. Recombination events were observed in NSP2, VP1, VP3, and VP7 coding genes. At least on positive selected site was observed in NSP1, VP2, and VP3 genes. This study provides a better understanding of rotavirus epidemiology, by the definition of genetic variability of circulating strains.

Made available in DSpace on 2015-04-22T22:14:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Final Giane Zupellari.pdf: 1538567 bytes, checksum: 99734d4093e76fed6d05c37113c7903d (MD5) Previous issue date: 2008-08-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Human rotavirus constitutes one of the most important causes of diarrheic disease in children less than five years in the whole world. With the objective of verifying the occurrence of genotypes of human rotavirus in children of 1 the 36 months residents in the city of Manaus in Amazon, had been analyzed during the years from 2004 to 2006, a total of 607 the feces diarrheic samples that had been collected of children attended hospital of children in the city of Manaus. This analyzes was carried through by the detention of the viral genome through the techniques of EGPA (electrophoresis in gel of polyacrylamide), and RT-PCR (reaction in chain of polymerases associated to the reaction of reversal transcriptase). Through the EGPA method can be observed a positivity of 25% of the human rotavirus samples. All of the positive samples for rotavirus had been genotyped by the method of RT-PCR with use of specific primers for genotypes G (G1, G2, G3, G4 and G9) and genotypes P (P[8], P[4], P[6], P[9] and P[10]). By the genotyping, it was detected genotype G in 30,7% of the positive samples for rotavirus, with predominance of the G2 genotypes (17%), followed of G1 (14.9%) and G9 (10.6%) and genotype P in 44,7% of the positive samples for rotavirus, with predominance of genotypes P[8] in 66,2% of samples and P[4] in 13,2% of the samples. The combinations of genotypes G and P had been responsible for 53,3% of the positive samples for rotavirus, being that P[8]G1 and P[4]G2 had been found with 12,5% and 10% consecutively, followed of P[8]G3 (5%). Other combinations as P[4]G1, P[8]G9 and P[10]G1 had been also found in less expressive numbers. It was observed that 38.3% of the positive samples for genotype G and 11.7% of the positive samples for genotype P had not presented characteristics for none of searched genotypes G and P. The number positive samples for human rotavirus, as well as for genotypes G and genotypes P had been similar in such a way in children of the masculine sex, how much in children of the feminine sex, being that these samples had predominated in children less than 18 months. The positive samples for human rotavirus, as well as for genotypes G and genotype P had been found in every month of the years of had lasted the study. The east zone of the city of Manaus was where they had been found the biggest number of positive samples for rotavirus, as well as for genotype G and genotype P. The children with positive samples for rotavirus had presented on average of 10 episodes of diarrhea for child per day with predominance for the feces of liquid aspect (86.2%), this profile also was observed in the children with positive samples for genotypes G and genotypes P. With exception of the hyperthermia, other signals and characteristic symptoms of the diarrheic disease for rotavirus as vomit, dehydration and abdominal pain, had been presents in the biggest parcel of the children with positive samples in such a way for human rotavirus as for genotype G, as for genotype P. The high number of samples that had not been tipadas with use of specific primers for genotypes G and P, suggest the circulation of uncommon genotypes in the region, however so that this situation is defined, new studies of the epidemiological molecular of rotavirus circulating in Manaus, Amazon, must be developed, enclosed specific primers also for detention of rotavirus of animal origin. / Os rotavírus humano constituem uma das mais importantes causas de doença diarréica em crianças menores de cinco anos em todo o mundo. Com o objetivo de verificar a ocorrência de genótipos de rotavírus humano em crianças de 1 a 36 meses residentes no município de Manaus no Amazonas, foram analisadas durante os anos de 2004 a 2006, um total de 607 amostras de fezes diarréica que foram coletadas de crianças atendidas em prontos socorros infantis do município de Manaus. Esta análise foi realizada pela detecção do genoma viral através das técnicas de EGPA (eletroforese em gel de poliacrilamida) e RT-PCR (reação de polimerase em cadeia com transcriptase reversa). Através do método de EGPA pode-se observar uma positividade de 25% das amostras para rotavírus humano. Todas as amostras positivas para rotavírus foram genotipadas pelo método de RT-PCR com utilização de primers específicos para os genótipos G (G1, G2, G3, G4 e G9) e genótipos P (P[8], P[4], P[6], P[9] e P[10]). Pela genotipagem foi detectado o genótipo G em 30,7% das amostras positivas para rotavírus, com predominância dos genótipos G2 (17%), seguidos de G1 (14,9%) e G9 (10,6%) e o genótipo P em 44,7% das amostras positivas para os rotavírus, com predominância dos genótipos P[8] em 66,2% das amostras e P[4] em 13,2% das amostras. As combinações dos genótipos G e P foram responsáveis por 53,3% das amostras positivas para rotavírus, sendo que P[8]G1 e P[4]G2 foram as mais encontradas com 12,5% e 10% consecutivamente, seguidas de P[8]G3 (5%). Outras combinações como P[4]G1, P[8]G9 e P[10]G1 também foram encontradas em números menos expressivos. Foi observado que 38,3% das amostras positivas para o genótipo G e 11,7% das amostras positivas para o genótipo P não apresentaram características para nenhum dos genótipos G e P pesquisados. O número amostras positivas para rotavírus humano, bem como para os genótipos G e para os genótipos P foram semelhantes tanto em crianças do sexo masculino, quanto em crianças do sexo feminino, sendo que estas amostras predominaram em crianças menores de 18 meses. As amostras positivas para rotavírus humano, assim como para os genótipos G e para o genótipo P foram encontradas em todos os meses do estudo. A zona leste da cidade de Manaus foi onde foram encontradas o maior número de amostras positivas para rotavírus, assim como para o genótipo G e para o genótipo P. As crianças com amostras positivas para rotavírus apresentaram em média de 10 episódios de diarréia por criança por dia com predominância para os fezes de aspecto líquido (86,2%). Este perfil também foi observado nas crianças com amostras positivas para os genótipos G e para os genótipos P. Com exceção da hipertermia, outros sinais e sintomas característicos da doença diarréica por rotavírus como vômito, desidratação e dor abdominal, estiveram presentes na maior parcela das crianças com amostras positivas para os rotavírus humano, para o genótipo G e para o genótipo P. O número elevado de amostras que não foram tipadas com utilização de primers específicos para os genótipos G e P sugerem a circulação de genótipos incomuns na região, porém para que esta situação seja definida, novos estudos da epidemiologia molecular dos rotavírus circulantes em Manaus, Amazonas, devem ser desenvolvidos, incluindo inclusive primers específicos para detecção de rotavírus de origem animal.

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. / A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Ciências da Saúde, 2008. / Submitted by Jaqueline Ferreira de Souza (jaquefs.braz@gmail.com) on 2009-09-22T16:29:12Z No. of bitstreams: 1 2008_MarciaSAAndreasi.pdf: 741748 bytes, checksum: e4f79a5ac97936b0473612f6dec5189d (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2009-10-05T14:41:23Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_MarciaSAAndreasi.pdf: 741748 bytes, checksum: e4f79a5ac97936b0473612f6dec5189d (MD5) / Made available in DSpace on 2009-10-05T14:41:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_MarciaSAAndreasi.pdf: 741748 bytes, checksum: e4f79a5ac97936b0473612f6dec5189d (MD5) Previous issue date: 2008 / Os vírus entéricos ocupam papel de destaque na etiologia das gastroenterites virais como importante causa das diarréias infantis no mundo. Uma ampla diversidade de agentes etiológicos virais tem implicações na epidemiologia das diarréias agudas. A detecção dos vírus entéricos em idosos tem sido valorizada em função da possibilidade de epidemias, bem como da preocupação da saúde pública com a qualidade de vida dessa população, uma vez que os avanços tecnológicos têm contribuído para elevar a expectativa de vida. O papel dos vírus entéricos nas gastroenterites infantis agudas no Brasil está bem estabelecido através de diferentes estudos, entretanto poucos dados estão disponíveis sobre a ocorrência desses vírus na população de adultos. Visando contribuir para essa questão, este estudo definiu a etiologia da gastroenterite viral em crianças hospitalizadas e idosos institucionalizados na cidade de Campo-Grande, MS. A detecção de astrovírus e calicivírus foi realizada pela metodologia da reação em cadeia pela polimerase (PCR) e a detecção de adenovírus e rotavírus pelo ensaio imunoenzimático combinado para rotavírus e adenovírus (EIERA). A amostra do estudo constitui-se de fezes de crianças com até 3 anos de idade internadas na Santa Casa e no Hospital Universitário de Campo-Grande/MS, bem como de fezes de idosos institucionalizados no asilo São João Bosco. Nas crianças estudadas, foi observada ocorrência de 3,1% para astrovírus, 7,6% para calicivírus e 3,6% para adenovírus. Das 115 amostras estudadas dos idosos institucionalizados, 13 (11,3%) foram positivas para os vírus pesquisados. Não ocorreu detecção de Rotavírus do grupo A, e o percentual observado para astrovírus, calicivírus, adenovírus foi de 0,8%, 8,7% e 1,7%, respectivamente. Os dados obtidos neste estudo reforçam a importância de constante monitoramento das infecções entéricas na população infantil, bem como também evidenciam a circulação desses agentes virais na população de idosos institucionalizados em Campo Grande, MS. Tais comprovações constituem importante instrumento para avaliação dos resultados obtidos com a vacina para Rotavírus A, presente desde 2006 no Calendário Nacional de Imunização. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Enteric viruses play a major role in the etiology of viral gastroenteritis as an important cause of infantile diarrhea in the world. A wide range of etiological agents has implications in the epidemiology of acute diarrheas. The detection of enteric viruses among the elderly has been enhanced due to the possibility of outbreaks, and also because of the Public Health concern about the quality of life of this population, as technological progress has contributed to an increase in life expectancy. The role of enteric viruses in acute infantile gastroenteritis in Brazil has been well defined through different studies. However, few data about the occurrence of these viruses in the adult population are available. In order to contribute to this issue, this study defined the etiology of viral gastroenteritis in hospitalized children and institutionalized elderly in Campo Grande/MS. Astrovirus and calicivirus have been detected by Polymerase Chain Reaction (PCR) and adenovirus and rotavirus by a combined enzyme immunoassay for rotavirus and adenovirus (EIARA). This study comprised the analyses of stool samples of children under 3 years of age admitted to Santa Casa and University Hospital in Campo Grande/MS, and elderly people institutionalized at Asilo São João Bosco. Among the children, astrovirus (3,1%), calicivirus (7,6%) and adenovirus (3,6%) have been observed. Among the 115 elderly people samples, 13 (11,3%) were positive for the viruses at issue. Group A rotavirus was undetected in the elderly population and astrovirus, calicivirus and adenovirus accounted for 0,8%, 1,7% and 8,7%, respectively. The results of this study reinforce the importance of a constant surveillance of enteric infections in child population and also show the circulation of these viral agents among the elderly population institutionalized in Campo Grande, MS. Such findings constitute an important tool to evaluate the results of the vaccine against Rotavirus A, used since 2006 in the National Immunization Program (Calendário Nacional de Imunização) in Brazil.

Submitted by Maria Creuza Silva (mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-10-07T17:43:34Z No. of bitstreams: 1 Diss MP Danielli Costa. 2013.pdf: 554573 bytes, checksum: 6d54b1635ac4d5582ab2c1802deaf621 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-10-07T17:44:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Diss MP Danielli Costa. 2013.pdf: 554573 bytes, checksum: 6d54b1635ac4d5582ab2c1802deaf621 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-07T17:44:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Diss MP Danielli Costa. 2013.pdf: 554573 bytes, checksum: 6d54b1635ac4d5582ab2c1802deaf621 (MD5) Previous issue date: 2013 / Dentre os causadores da Doença Diarreica Aguda (DDA), o rotavírus é o mais incidente em crianças menores de 1 ano de idade. Em razão disso, em março de 2006 o Ministério da Saúde do Brasil adotou a vacina oral monovalente contra rotavírus humano no seu calendário básico de imunizações. Assim, esse estudo de Avaliação de Tecnologias em Saúde (ATS) tem por intento demonstrar a relação de custo-efetividade da imunização de crianças com idade de 4 a 24 meses com a vacina oral monovalente contra rotavírus humano no Brasil. O método utilizado foi a avaliação econômica do tipo custo-efetividade. O trabalho conclui a partir das analises realizadas ser mais custo-efetivo para o sistema público de saúde prevenir por meio da vacina do que tratar a doença diarreica aguda. / Salvador

Um total de 144 amostras fecais colhidas de leitões com diarréia provenientes de diversas granjas distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, foram examinadas para a presença de rotavírus através de eletroforese em gel de poliacrilamida e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. Destas, 24 e 39 amostras foram, respectivamente, positivas por estes testes e a caracterização dos genotipos P e G foi realizada em 43 amostras por nested RT-PCR, usando diferentes conjuntos de primers. Utilizando-se primers animais, o genotipo P[6] foi o mais freqüente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,62%) e P[7] (9,3%). Infecção concomitante de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,32%) foi também observada. O genotipo G[5] foi o mais freqüente, detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%). Infecção concomitante de genotipos G[5]+G[10] (18,6%) foi também observada. Utilizando-se primers humanos, somente o genotipo P[6] (65,11%) foi encontrado. Foram detectados os genotipos G[4] (27,9%), G[3] (13,95%) nas amostras, e as infecções concomitantes G[3]+G[4] (9,3%), G[2]+G[3]+G[4] (4,65%) e G[2]+G[3] (2,32%). A combinação mais freqüente foi G[5]P[6] e G[4]P[6], porém foram encontradas também infecções mistas, genotipos atípicos e reassortants. O seqüenciamento do gene a partir dos produtos de nested PCR dos genotipos animais P e G mostrou diversidade de nucleotídeos e aminoácidos dentro de um mesmo genotipo. As árvores filogenéticas utilizando o critério de maxima parcimônia e o algoritmo branch-and-bound, tiveram topologias nas quais as seqüências de nucleotídeos geradas neste trabalho concordam com as outras descritas anteriormente e pertencentes a um mesmo genotipo, suportadas por índices aceitáveis de \"bootstrap\". Os resultados deste estudo, além de contribuir para um melhor entendimento da epidemiologia dos rotavírus suínos, é relevante ao mostrar que além de haver uma diversidade de genotipos circulantes no campo, há também dentro dos mesmos genotipos, e isto deve ser considerado ao se utilizar e desenvolver métodos de diagnóstico, bem como ao se adotarem medidas preventivas específicas contra esta doença. / A total of 144 fecal specimens collected from piglets with diarrhea from many swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, were examined for rotavirus by polyacrylamide gel electrophoresis and ELISA, in a parallel screening scheme. Twenty-four and thirty-nine samples, respectively, were positive by these tests and the characterization of the P and G genotypes was performed on 43 samples by a nested reverse transcription-PCR typing assay, using different sets of primers. Using the animal set of primers, the P[6] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.62%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.32%) genotypes was also observed. The G[5] genotype was the most frequent, accounting for viruses in 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%) and G[6] (4.65%). Concomitant infection of G[5]+G[10] (18.6%) genotypes was observed. Using human set of primers, only the P[6] (65.11%) genotype was found. It was detected the genotypes G[4] (27.9%), G[3] (13.95%) on the samples. Concomitant infection of the genotypes G[3]+G[4] (9.3%), G[2]+G[3]+G[4] (4.65%) and G[2]+G[3] (2.32%) was also observed. The more frequent combination were G[5]P[6] and G[4]P[6], but it was found mixed infections, atypical genotypes and reassortants. Gene sequencing of nested products of G and P animal genotypes showed a diversity of nucleotides and aminoacids under the same genotype. The phylogenetic trees for P and G genotypes under the maximum parsimony criterion, using the branch-and-bound algorithm, had topologies in which the nucleotide sequences generated by this work agree to others described elsewhere that have the same genotypes, supported by acceptable scores of bootstrapping. The results of the present study, while contributing to a better understanding of epidemiology of porcine rotaviruses, address the relevance that there is not only a diversity of genotypes circulating on the field, but inside the same genotypes, and this must be considered when using and developing diagnostic tests, as well when carrying out specific preventive measures against this disease.

Submitted by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-22T19:23:27Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2017-12-22T19:23:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-22T19:23:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertação - Karen Balieiro.pdf: 7097554 bytes, checksum: efee894b2d4465f240952a216125df8c (MD5) Previous issue date: 2013-09-30 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The human gastroenteritis are among the diseases of greatest public health impact worldwide. There are several etiologic agents of diarrhea, with emphasis rotavirus, viral pathogen prominently in the genesis of severe acute gastroenteritis in childhood, accounting for over 450,000 deaths in children worldwide. The rotavirus genome consists of a 11 segment of double stranded RNA encoding six structural proteins (VPs) and five nonstructural proteins (NSPs). Classification of rotavirus serotypes and genotypes is based on the epitopes of the glycoprotein VP7 neutralized, called G, and VP4 protease-sensitive protein called P, which generates a binary classification scheme G and P. Epidemiological studies of molecular characterization of genes encoding for proteins of rotavirus are essential for assessing the effectiveness of the vaccine Rotarix (GlaxoSmithKline), introduced in Brazil since 2006, in addition to assessing the possible emergence of new viral genotypes. The aim of this study was to identify and characterize genes of rotavirus in feces of children with diarrhea in Manaus between the years 2007 and 2008. 1337 samples were collected from diarrheal children under 10 years old in the city of Manaus, between the years 2007 and 2008. There was a percentage of 5.4% of positive samples for rotavirus. Viral genotypes were identified through polymerase chain reactions preceded by reverse transcription. The genotype G2P[4] was found in 93% of cases, followed by G [NT-untyped] P4 in 6% and G2P[9] 1% of the samples. Among the 73 samples detected in this study, 58 were eligible for the current vaccine. Phylogenetic analysis revealed a pattern of clustering of gene sequences into clusters that showed similarity with samples from Belém (Brazil) and China. / As gastrenterites humanas estão entre as doenças de maior impacto na saúde pública ao nível mundial. São diversos os agentes etiológicos causadores da diarreia, merecendo destaque o rotavírus, patógeno viral proeminente na gênese de gastrenterite aguda grave na infância, sendo responsável por mais de 200 mil mortes de crianças em todo o mundo. O rotavírus é constituído por um genoma de 11 segmentos de RNA dupla fita que codificam 6 proteínas estruturais (VPs) e 6 proteínas não-estruturais (NSPs). A atual classificação dos rotavírus tem base na caracterização gênica dos 11 segmentos virais para a identificação de seus respectivos genótipos, designados em conjunto como genótipos de constelação. A vigilância epidemiológica que inclui a caracterização molecular é uma importante ferramenta para o estudo da dinâmica de variações das cepas diante de fatores evolutivos como a implementação da vacina Rotarix (GlaxoSmithKline), introduzida no Brasil desde 2006. A finalidade deste estudo foi realizar análises epidemiológicas, detecção e caracterização de genes de rotavírus que infectaram crianças com até 10 anos de idade, atendidas em hospitais públicos de Manaus entre os anos de 2007 e 2008. Foram coletadas 1337 amostras diarreicas. Observou-se um percentual de 5,4 % de positividade para rotavírus. Foram identificados os genótipos virais através das reações em cadeia pela polimerase precedida da transcrição reversa. O genótipo G2P[4] foi encontrado em 93% dos casos, seguido do G[NT-não tipado]P4 em 6% e G2P[9] em 1% das amostras. Dentre as 73 amostras detectadas nesta pesquisa, 58 eram elegíveis à atual vacina. As análises filogenéticas revelaram um padrão de agrupamento das sequências gênicas em clusters que apresentaram similaridade com amostras provenientes de Belém (Brasil) e da China.

As diarréias neonatais constituem-se em um dos mais importantes fatores econômico e sanitário nas granjas suínas, quer pela mortalidade, quer pelas perdas agregadas ao atraso no desenvolvimento dos leitões, à profilaxia e ao manejo. Os rotavírus ocupam lugar de destaque pela rápida disseminação dentro do plantel, bem como pelo potencial zoonótico, dada a probabilidade de rearranjo ou recombinação genética entre amostras humanas e animais O objetivo deste trabalho foi detectar a presença de rotavírus a partir de 277 amostras fecais de leitões com quadro clínico de diarréia, provenientes dos Estados do Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS), Mato Grosso (MT), São Paulo (SP), Rio de Janeiro (RJ) e Minas Gerais (MG) entre os anos de 2009 e 2011 e analisar o perfil eletroforético de migração dos segmentos genômicos bem como diferenças de eletroferótipos nas amostras positivas, pela técnica de eletroforese em gel de poliacrilamida (PAGE). Das 277 amostras fecais diarréicas de leitões analisadas, 25 foram positivas (25/277= 9%). De conformidade com os Estados de origem, foram verificadas as frequências de 20% (1/5) no RS, 11,1% (1/9) em SC, 12,5% (1/8) no PR, 15,3% (6/39) em MS, 14,2% (3/21) em MT, 6,7% (5/74) em SP, 0% (0/7) no RJ e 7% (8/114) em MG. Pela análise da migração eletroforética dos segmentos genômicos, todas as 25 amostras positivas apresentaram perfil eletroforético compatível com o RV-A, tal como a amostra padrão NCDV com migração característica em quatro classes ou agregados [4-2-3- 2]. Foram observadas pequenas diferenças na velocidade de migração de um ou mais segmentos dentro da mesma classe. Estes resultados evidenciam a importância da PAGE como metodologia de diagnóstico e de investigações epidemiológicas nas rotaviroses suínas. / The neonatal diarrhea constitute one of the most important economic and health factors in pig farms either by death or by the aggregate losses to the delay in the development of piglets, prophylaxis and management. Rotaviruses have a prominent role by the rapid spread within the herd, as well as the zoonotic potential, given the likelihood of genetic reassortment or recombination between human and animal samples. The objective of this study was to detect the presence of rotavirus from fecal samples from 277 piglets with clinical cases of diarrhea, from the states of Rio Grande do Sul (RS), Santa Catarina (SC), Paraná (PR), Mato Grosso do Sul (MS), Mato Grosso (MT), São Paulo (SP), Rio de Janeiro (RJ) e Minas Gerais (MG) between the years 2009 and 2011 and to analyze the electrophoretic migration of genomic segments and electropherotype differences in positive samples, by polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) technique. From 277 piglets diarrheal stool samples analyzed, 25 were positive (25/277 = 9%). In accordance with the States of origin, were observed frequencies of 20% (1/5) in the RS, 11.1% (1/9) in SC, 12.5% (1/8) in PR, 15.3 % (6/39) in MS, 14.2% (3/21) in MT, 6.7% (5/74) in SP, 0% (0/7) in Rio de Janeiro and 7% (8/114) in MG. For the analysis of the electrophoretic migration of genome segments, all 25 positive samples showed electrophoretic profile compatible with the RV-A as a standard sample NCDV, showing characteristic fourth class or aggregates [4-2-3-2]. We observed small differences in the migration speed of one or more segments within the same class. These results highlight the importance of PAGE as a method of diagnosis and epidemiological investigations in the porcine rotavirus.

Orientador: Hyun Mo Yang / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Matematica, Estatistica e Computação Cientifica / Made available in DSpace on 2018-08-12T03:04:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pinheiro_Andressa_M.pdf: 1109369 bytes, checksum: 4cae928d860fd4d141699ffe961e8140 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Os rotavírus são considerados, atualmente, um dos mais importantes agentes causadores de gastroenterites e óbitos em crianças com menos de 5 anos no mundo. Ocorrem globalmente cerca de 125 milhões de episódios diarréicos por rotavírus a cada ano, causando entre 600.000 e 870.000 óbitos. Esses números alarmantes estimularam a busca por um controle desse vírus, mas para combatê -lo é necessário estudar seu comportamento, como ele penetra no organismo humano, como age dentro dele e como se espalha. Nesse trabalho apresenta-se um breve estudo sobre a biologia do rotavírus e os mecanismos de defesa apresentados pelo sistema imunológico. O principal objetivo é, utilizando métodos quantitativos, estudar a interação entre o rotavírus e o sistema imunológico e avaliar, comparativamente, o desempenho das respostas imunológicas humoral e celular. Seguindo esse intuito apresenta-se um modelo matemático, composto de equações diferenciais ordinárias não lineares de primeira ordem, que descreve a ação do sistema imunológico a fim de eliminar o rotavírus. A partir deste modelo nós encontramos os pontos de equilíbrio trivial e não-trivial e analisamos sua estabilidade. Também discutimos sobre a ação das respostas imunológicas humoral e celular. / Abstract: In infants and young children, rotavirus is the major cause of severe inflammation of the intestine (gastroenteritis). Rotavirus infection frequently results in fever, vomiting and diarrhea, wich symptoms are so intense that they can lead to death. This virus causes nearly a million deaths each year worldwide, mostly in developing countries. Rotavirus attacks the epithelial cells of the thin intestine and replicates in the cytoplasm and do not fully uncoat during the process of replication. The reason for their failure to fully uncoat is that the coat is resistant to protease digestion, which prevents them from being completely destroyed by the infected cell and of readily being seen by the immune system. This complex biology of rotavirus and its interaction with the immune system are the motivation of this work, that presents a model for this interaction, structured by non-linear ordinary differential equations of first-order that describes the action of the innate immune system to eliminate rotavirus. From this model, we find the trivial and non-trivial equilibrium points and analyze their stabilities, as well we analyze, comparatively, the humoral and cellular responses. / Mestrado / Biomatematica / Mestre em Matemática Aplicada

Os norovírus (NV) são uma importante causa de hospitalização infantil. Crianças internadas por gastroenterite por NV (GENV) são consideradas portadoras de diarreia grave. O objetivo desse estudo, realizado na cidade do Rio de Janeiro, Brasil, é descrever as características clínicas e a frequência da diarreia por NV em crianças hospitalizadas, comparando as taxas de detecção de NV em crianças vacinadas e não vacinadas contra rotavírus (Rotarix). Foram coletadas 659 amostras de fezes de igual número de crianças e encaminhadas para análise pela reação em cadeia pela polimerase, precedida de transcrição reversa no período de janeiro de 2004 a dezembro de 2009. O percentual de amostras positivas para os NV foi de 27,3% nesse período. Das 180 amostras positivas para NV, 55% tiveram origem na comunidade (aqCo) e 45% foram de aquisição nosocomial (aqNo). O percentual de GENV nos dois anos anteriores (2004 e 2005) à introdução da vacina Rotarix foi de 28,3%, sendo 11,3% o percentual de amostras aqCo. Nos dois anos posteriores (2008 e 2009), a GENV significou 24,4%, e as amostras aqCo foram 14,9% (p<0,05). Em 647 crianças, 494 não receberam a vacina Rotarix, enquanto 151 crianças receberam, pelo menos, uma dose. O percentual de GENV foi de 23,8% e 39,7%, respectivamente (p<0,05). Apesar do comportamento sazonal dos casos de GENV aqCo, esse fato não teve significância estatística. Das 180 crianças, 61,6% tinham peso &#8804; p10 do NCHS, 82,2% tinham idade &#8804; 5anos. As crianças com idade &#8804; 2 anos foram mais acometidas nos casos de aqCo do que àquelas de aqNo (p<0,05). Foram observados em 82 crianças: vômitos (73,2%), febre (54,9%), tosse (20,7%), coriza (2,2%), sangue nas fezes (8,5%), erupção cutânea (4,9%) e broncoespasmo (7,3%). Houve significância estatística com relação à frequência maior de febre, coriza, tosse e broncoespasmo nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). De 69 crianças, 73,9% apresentaram desidratação e, dessas, 76,5% necessitaram de hidratação venosa. Esses dados tiveram significância estatística, representada por maiores percentuais nas crianças com GENV de aqCo do que naquelas de aqNo (p<0,05). Esse estudo demonstra que os NV foram um importante agente etiológico nos casos de gastroenterites em crianças hospitalizadas e responsável por altas taxas de infecções nosocomiais. Estatisticamente, não foi comprovada uma tendência de aumento dos casos de GENV no período do estudo, como também do aumento da frequência de GENV nos anos posteriores em relação aos anos anteriores à introdução da vacina Rotarix no Brasil em 2006. No entanto, houve significância estatística quando foi avaliado o percentual de GENV em crianças hospitalizadas vacinadas e não vacinadas contra RV. Um aumento dos casos de GENV em crianças poderá vir a acontecer nos próximos anos, quando é esperado que um número maior de crianças será vacinado contra RV. Tosse, coriza e broncoespasmo são sintomas que devem ser mais detalhadamente investigados. Estratégias de prevenção contra a disseminação dos NV são condutas importantes em unidades de internação. Uma vacina eficaz contra norovírus pode ser um benefício significativo para reduzir o percentual de crianças hospitalizadas por diarreia. / Noroviruses (NV) are a major cause of infant hospitalization. Children hospitalized for gastroenteritis NV (NVGE) are considered to have severe diarrhea. The purpose of this study, conducted in the city of Rio de Janeiro, Brazil, is to describe the clinical characteristics and frequency of norovirus diarrhea in hospitalized children, comparing the rates of detection of NV in vaccinated and unvaccinated children against rotavirus (RV). We collected 659 fecal samples from equal numbers of children and sent for analysis by polymerase chain reaction, reverse transcription from January 2004 to December 2009. The percentage of samples positive for NV was 27.3% in this period. Of the 180 samples positive for NV, 55% meant source community (Coaq) and 45% of nosocomial acquisition (Noaq). The percentage of NVGE the previous two years (2004 and 2005) the introduction of the vaccine against RV was 28.3% and 11.3% represented the percentage of samples Coaq. In the two subsequent years (2008 and 2009), NVGE meant to 24.4%, and the samples were Coaq 14.9% (p <0.05). In 647 children, 494 received no vaccine against RV while 151 children received at least one dose. The percentage of NVGE was 23.8% and 39.7%, respectively (p <0.05). Despite the seasonal behavior of NVGE aqCo cases, this did not reach statistical significance. Of the 180 children, 61.6% had weight &#8804; p10 NCHS, 82.2% were aged &#8804; 5 years old. Children aged &#8804; 2 years were most affected in cases of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Were observed in 82 children: vomiting (73.2%), fever (54.9%), cough (20.7%), coryza (2.2%), blood in stools (8.5%), rash (4.9%) and bronchospasm (7.3%). There was statistical significance with respect to the higher frequency of fever, coryza, coughing and wheezing in children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). Of 69 children, 73.9% had dehydration and of these, 76.5% required intravenous hydration. These data were statistically significant, represented by the highest percentage of children with NVGE of Coaq than those of Noaq (p <0.05). This study demonstrates that the NV were an important etiologic agent in cases of gastroenteritis in hospitalized children and responsible for high rates of nosocomial infections. Statistically, , it was not shown a tendency to increase in cases of NVGE during the study period, as well as the increased frequency NVGE in later years relative to years prior to the introduction of RV vaccine in Brazil. However, statistical significance was assessed as the percentage of NVGE in hospitalized children vaccinated and unvaccinated against RV. An increase in cases of children in NVGE could happen in the next few years, when it is expected that a greater number of children will be vaccinated against RV. Cough, coryza and wheezing are symptoms that should be further investigated. Strategies for preventing the spread of NV are important conduits in inpatient units. An effective vaccine against norovirus can be a significant benefit to reduce the percentage of children hospitalized for diarrhea.