Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1357815 bytes, checksum: a8f6776ded44373a63e29cc1331535eb (MD5) Previous issue date: 2013-04-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Reproductive disorders in bovines can be caused by various pathogens, which might already be present in the reproductive tract. The microbial community of the reproductive apparatus, when known, can provide information about the health of the host. The metagenomics has been used to characterize and obtain genetics information about microbial communities in various environments and can relate certain diseases with changes in community composition. In this study, samples were collected from the secretion of mucosa of vaginal surface of 05 healthy cows and 05 cows that showed symptoms of reproductive disorders. Metagenomics DNA samples were extracted of secretion samples and amplified with primers for the V5-V6 regions of the 16S rRNA and sequenced on the platform "Ion Torrent Personal Genome Machine - PGM". The data were processed to remove low quality sequences and chimeras, with the Mothur program, then the data were released in the Ribosomal Database Project for classification of OTU's. Local blastn was performed and this results was loaded in MEGAN program, for viewing profiles and taxonomic microbial attributes. The control profile showed a total of 15 taxa, being the taxa Bacteroides, Enterobacteriaceae and Victivallis, with the highest representation of OTU's; the positive profile showed 68 taxa, and Bacteroides, Enterobacteriaceae, Histophilus, Victivallis, Alistipes and Coriobacteriaceae, the taxa with more OTU's representation. The genus Histophilus have pathogenics species in reproductive tract of cattle. There was a change in the community composition, well as in microbial attributes of profiles there may be a relationship between the pathogen and of other representatives taxa, in production of metabolites to disease progression. / Distúrbios reprodutivos em bovinos podem ser causados por diversos patógenos, que poderiam já estar presentes no trato reprodutivos. A comunidade microbiana dos aparelhos reprodutivos, quando conhecida, pode fornecer informações a respeito da saúde do hospedeiro. A metagenômica tem sido utilizada para caracterizar e obter informações genéticas a respeito de comunidades microbianas de diversos ambientes, podendo relacionar determinadas doenças com alterações na composição das comunidades. Nesse trabalho, foram coletadas amostras de secreção de mucosa da superfície vaginal de 05 vacas sadias e 05 vacas que apresentaram sintomas de distúrbios reprodutivos. Amostras de DNA metagenômico foram extraídas das amostras de secreção e amplificadas com primers para as regiões V5-V6 do gene 16S rRNA e sequenciadas na plataforma Ion Torrent Personal Genome Machine PGM . Os dados foram tratados para retirada de sequencias de baixa qualidade e quimeras, com o programa Mothur; em seguida, os dados foram lançados no Ribosomal Database Project para classificação das OTU´s. Blastn local foi efetuado e seus resultados foram carregados no programa MEGAN, para visualização de perfis taxonômicos e atributos microbianos. O perfil controle apresentou um total de 15 taxa, sendo os taxa Bacteroides, Enterobacteriaceae e Victivallis, os de maior representação de OTU´s; o perfil com distúrbios apresentou 68 taxa, sendo Bacteroides, Enterobacteriaceae, Histophilus, Victivallis, Alistipes, e Coriobacteriaceae, os taxa com maior representação de OTU´s. O gênero Histophilus possui espécies patogênicas em trato reprodutivo de bovinos. Observou-se uma alteração na composição das comunidades estudadas, bem como nos atributos microbianos dos perfis podendo haver uma relação entre patógenos e representantes de outros taxa, na produção de metabólitos para progressão da doença.

Micoplasmas e ureaplasmas têm sido isolados de pequenos ruminantes, mas existem poucos estudos. O Mycoplasma ovine/caprine sorotipo 11, conhecido como cepa 2D, ainda não classificado como espécie, vem sendo relacionado a casos de vulvovaginite e problemas reprodutivos em ovinos e caprinos. Os ureaplasmas apresentam a habilidade em induzirem doenças no trato genital, confirmada por inoculações experimentais de isolados obtidos de animais doentes em animais saudáveis, resultando em moderada granularidade e hiperemia na vulva. Estes ureaplasmas não receberam ainda a designação de espécie, sendo apenas conhecidas suas características sorológicas, nas quais é fundamentada a classificação em nove sorotipos, sendo o IX relacionado a infertilidade e aborto em ovelhas. Este trabalho teve como objetivo o isolamento de micoplasmas e ureaplasmas do trato reprodutivo de fêmeas e machos das espécies caprina e ovina e tipificação genotípica dos isolados por meio de PFGE e sequenciamento do gene 16S rRNA. Foram obtidos 20 isolamentos de ureaplasma no trato reprodutivo de fêmeas e machos da espécie ovina, um isolamento de micoplasma e sete com crescimento misto de micoplasma e ureaplasma. Nas fêmeas da espécie caprina foram obtidos cinco isolamentos, sendo quatro de ureaplasma e um de micoplasma. Dos isolados submetidos a PFGE , 11 de origem ovina resultaram em oito diferentes perfis confirmando a capacidade da técnica em tipificar ureaplasma de origem ovina. O sequenciamento do gene 16S rRNA, analisado pelo UPGMA, permitiu agrupar seis isolados ao Ureaplasma diversum ATCC 49782, e quatro não foram agrupados com nenhuma outra espécies de ureaplasma, quando utilizado o ponto de corte 97%. Em nosso estudo, os isolados de ovino e caprino agrupados às referências de U. diversum não permite concluir que sejam da mesma espécie. A utilização do gene 16S rRNA gera grande quantidade de informações úteis para inferências filogenéticas e pode ser a primeira escolha na investigação de novas espécies. Técnicas filogenéticas como sequenciamento do espaço intergênico 16S-23S rRNA, e gene da urease podem auxiliaram futuramente na classificação dos isolados obtidos de ovino e caprino. / Mycoplasmas and or ureaplasmas have been isolated from small ruminants but are few studied. Mycoplasma ovine/caprine serotype 11, known as 2D strain, has not been classified yet as specie. However, it has been associated to vulvovaginitis and reproductive disorder in caprine and ovine. Ureaplasmas may cause genital tract diseases. Experimental infections with isolates recovered from sick animals resulted in granularity and hyperemia of the vulva. These have not been designated as specie but are divide in nine serological characteristics types. The serotype IX is associated to infertility and abortion in sheep. The present study aims the isolation of mycoplasmas and ureaplasmas from reproductive tract of ovine and caprine, genotyping of isolates by PFGE, and sequencing of their 16S rRNA. Ureaplasma isolates were recovered from the reproductive tract of 20 ovine, being them, male and female. Mycoplasma was isolated alone in one sample. A mixture of mycoplasma and ureaplasma was obtained in seven samples. On the material obtained from female caprine, five isolations were performed. Four of them were ureaplasma and one was a mycoplasma. Eleven isolates from ovine showed eight distinct profiles at PFGE, confirm that the method can typify ovine origin ureaplasmas. Six isolates were grouped to the Ureaplasma diversum ATCC 49782, through the sequencing of their 16S rRNA using the UPGMA. However, when using a 97% cutoff, four isolates could not be grouped to none of the ureaplasma specie. The isolates from ovine and caprine grouped to U. diversum, do not allow conclude that they are all the same specie. The use of 16S rRNA sequencing showed many useful information to phylogenetic inference, and can be the first choice for when investigating new species. Phylogenetic techniques, as sequencing of the intergenic space 16S-23S rRNA and urease gene, can be used to help the classification of new ureaplasma isolates from ovine and caprine.

Dentre os vários microrganismos que fazem parte de microecossistemas de solos, as bactérias do gênero Burkholderia apresentam-se de interesse por possuírem amplo potencial agrícola e biotecnológico. São portadores de uma infinidade de características, como por exemplo: promotoras de crescimento em plantas com a fixação biológica do nitrogênio e produção de fitormônios, supressores de algumas doenças, biorremediadores, agentes de biocontrole e produtores de biopolímeros. Descrito por Yabuuchi et. al. (1992), o gênero ainda precisa ser melhor caracterizado, pois sua taxonomia vem sendo modificada de tal forma que novos componentes estão sendo frequentemente propostos, especialmente pela identificação de novos nichos ecológicos e sua ação no ambiente. No Parque Nacional de Caxiuanã - Pará, Amazônia Oriental, os solos de origem antropogênica denominados Terra Preta Arqueológica (TPA) são caracterizados pelos elevados materiais orgânicos, que se auto-sustentam. Neste estudo, a diversidade do gênero Burkholderia foi avaliada por meio de técnicas microbiológicas (cultivo) e moleculares, como a Eletroforese em Gel com Gradiente Desnaturante (DGGE) com sequências iniciadoras específicas para o gênero, usando o gene 16S rRNA. Os fragmentos amplificados foram analisados pelo sequenciador automático ABI 3100, com o intuito de gerar informações sobre as principais espécies de Burkholderia presentes em sítios de TPA e comparados com as espécies encontradas em solo de floresta nativa natural, adjacente à TPA. Apesar da maior estabilidade e presença de matéria orgânica em sítio TPA, os resultados revelam que as espécies do gênero Burkholderia são numericamente superiores em solo de floresta nativa natural, vindo a confirmar que aspectos físico-químicos (ex. pH) e a vegetação predominante nas áreas de estudo afetam diretamente na composição das comunidades microbianas. Algumas estirpes encontradas destacam-se pelo seu papel funcional no solo, muitas delas comumente associadas à fixação biológica de nitrogênio. Foram encontradas as espécies Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita / Amongst the various microorganisms from soil microecossystems, the genus Burkholderia has been studied since several properties have been discovered more recently, with high potential for agricultural and biotechnological exploitation. Species from this genus have infinite features, e.g. plant growth promoter with biological nitrogen fixation and production of phytohormones, capability for suppression of some diseases, bioremediation, biological control and production of biopolymers. Described by Yabuuchi et al. (1992), the genus still needs to be better characterized, since its taxonomy is frequently modified and several new species have been proposed, especially after recent identification of new ecological niches and their action in the environment. In the National Park of Caxiuanã at the Eastern Amazon region are found anthrosols with past anthropogenic activity, constructed by the pre-historic Amerindians. These anthrosols are known as Archaeological Dark Earth (ADE) which has high and stable concentration of organic matter, thus keep their self-sustainability due to this high soil fertility. In this study, the diversity of genus Burkholderia was evaluated by means of microbiological (bacterial cultivation) and the molecular technique Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) using short and specific sequences designed for this genus, using the gene 16S rRNA. The amplified fragments from TPA were automated sequenced (ABI 3100) and the ADE diversity was compared with a pristine forest soil, located adjacent to TPA. Although the high stability and organic matter content in the ADE, the results showed a greater number of species from the genus Burkholderia in the pristine forest soil, located at the surrounding of the TPA soil. These data indicate that physical-chemical parameters (e.g. pH) and the prevalent vegetation in the studied areas can affect directly the structure of the microbial communities. Some strains could be distinguished by their functional role in soil, such as those associated with the ability for biological nitrogen fixation. The main species were Burkholderia silvatlantica, Burkholderia vietnamiensis, Burkholderia nodosa, Burkholderia terrae, Burkholderia hospita

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-22T12:40:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-22T12:40:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertação - Nataliane Marques de Vasconcelos.pdf: 1186432 bytes, checksum: 7aaaefe15061c83ecc86656db0d731f1 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / CNPq / A resistência microbiológica aos antibióticos constitui uma série problemas de saúde pública por dificultar o tratamento das infecções. As actinobactérias são fontes importantes para a descobertas de novas moléculas com atividades biológicas. A este grupo, o gênero Streptomyces possuem dentre outros, dois grupos de enzimas multimoduladoras conhecidas como policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintase não ribossomal (NRPS), genes relacionados com a produção de metabólitos secundários. O presente trabalho teve como objetivo investigar o potencial in vitro de metabólitos bioativos produzidos por Actinobactérias isoladas do bioma Caatinga com atividade contra diferentes isolados clínicos de Candida spp. Após ensaio primário das 45 actinobactérias apenas a linhagem PR- 32 apresentou atividade contra Candida spp, com halos de até 20 mm no meio ISP2. Posteriormente, essa linhagem foi cultivada em seis diferentes meios de cultura sendo observada melhor produção do metabólito secundário no meio 400 em 48 horas (h) de fermentação. A determinação da concentração mínima inibitória (CMI) foi determinada a partir do extrato etanólico da biomassa de PR- 32 em pH 7.0 e foi evidenciada uma CMI entre 31,25 μg/mL a 3,9 μg/mL para as leveduras testadas. A cinética de morte reforçou o resultado da CMI e mostrou que no período de 4-8 h o extrato inibiu as cepas de Candida spp. A caracterização da actinobactéria foi identificada por metodologias clássicas e pela pesquisa do gene 16S rRNA como Streptomyces sp. PR- 32. Os resultados desta caracterização sugerem uma possível espécie nova, contudo outras análises ainda precisam ser realizadas. Foi evidenciada a presença do gene nrps com aproximadamente 750 kb. Diante destes resultados podemos concluir que Streptomyces sp. PR- 32 é um isolado promissor para produção de compostos antifúngicos, sendo possível sugerir que a atividade biológica deste metabólito secundário é regulado por peptídeo sintase não ribossomal (NRPS). / The microbial resistance to antibiotics is a series of public health problems for hindering the treatment of infections. The actinomycetes are important sources for new molecules with biological activities discovered. In this group, the genus Streptomyces have among others, multimoduladoras two groups of enzymes known as polyketide synthase (PKS) and non-ribosomal peptide synthase (NRPS), genes involved in production of secondary metabolites. This study aimed to investigate the potential in vitro bioactive metabolites produced by isolated Actinobacteria biome Caatinga with activity against different clinical isolates of Candida spp. After screening of actinomycetes in 45 primary test only the PR- 32 strain showed activity against Candida spp, with halos of up to 20 mm in the middle ISP2. Subsequently, this strain was grown in six different culture media is best seen in secondary metabolite production means 400 at 48 h of fermentation. The determination of the minimum inhibitory concentration (MIC) was determined from the ethanolic extract of the biomass of PR- 32 at pH 7.0 and one MIC was observed between 31.25 mg / mL 3.9 mg / mL for yeast tested. The kinetics of death reinforced the result of CMI and showed that in the 4-8 hour period the extract inhibited the strains of Candida spp. The characterization of actinobacteria was identified by classical methods and research 16S rRNA gene as Streptomyces sp. PR- 32. The results of this characterization suggests a possible new species, but other tests that must be performed. the presence of the NRPS gene of approximately 750 kb was observed. From these results we conclude that Streptomyces sp. PR- 32 is a promising isolated to produce antifungal compounds, it is possible to suggest that the biological activity of this secondary metabolite is regulated by peptide synthase not ribosomal (NRPS).

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Juliana Vianna Pereira.pdf: 4570056 bytes, checksum: c660fca0452deacfa10d23ee9bc79a2b (MD5) Previous issue date: 2009-08-26 / The complex microbiota of the oral cavity has been intensively studied and saliva is characterized by microorganisms which colonize different regions of mouth, such as tongue, supragengival and subgingival biofilm. Considering this, the purpose of this study was to evaluate the bacterial diversity of the saliva of patients with different levels of oral hygiene according to the Silness, Löe index. In this research, two genomic libraries of saliva source from 15 patients each were constructed. The pooled samples differ in the average index of Silness, Löe being considered as high or low index within the rate 1.0 to 3.0 and 0 to 0.5, respectively. The DNA saliva was extracted by phenol / chloroform method and 16S rRNA gene for the microorganisms of each sample were amplified and cloned. The sequences obtained were compared to those from sequences of the GenBank NCBI and RDP. The library resultant from saliva of patients with high level of dental biofilm showed 23 OTUs grouped as five known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Peptostreptococcus and Veillonella besides 33.3% of uncultured bacteria. The Library made from saliva of patients with low level of dental biofilm, was significantly different from its counterpart (p = 0.000) and was composed by 42 OTUs, distributed among 11 known genus: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, and 24.87% of uncultured bacteria. The genus Streptococcus was the more prevalent in the two libraries, constituting 79.08% of the first and 73.64% the second. In conclusion, patients with low dental biofilm index have saliva with higher bacterial diversity than patients with high dental biofilm index, and despite most uncultivated species aggregate with Steptococcus, they still are new and unknown microorganisms / A complexa microbiota da cavidade bucal tem sido intensivamente estudada e a saliva destaca-se por apresentar microrganismos de diferentes regiões, como a língua, biofilme subgengival e supragengival. Diante disto, o objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade bacteriana da saliva de pacientes com diferentes índices de higiene bucal e para isto, foram construídas duas bibliotecas genômicas da saliva, que foram constituídas por amostras de 15 pacientes cada uma, com a média de índice de biofilme de Silness; Löe diferenciado, sendo a primeira com índice de 1,0 a 3,0 (denominada alto índice) e a segunda, entre 0 a 0,5 (denominada baixo índice). O DNA da saliva foi extraído pelo método fenol/clorofórmio e o gene 16S rRNA para cada biblioteca foi amplificado e clonado. As sequências obtidas foram comparadas com aquelas armazenadas no GenBank do NCBI e RDP. A biblioteca composta pela saliva de pacientes com Alto índice de biofilme dental apresentou cinco Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella e Peptostreptococcus e 33,3% de bactérias não-cultivadas, agrupados em 23 OTUs. A Biblioteca, composta pela saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental, foi diferente siguinificativamente da primeira (p=0,000) e foi composta de 42 OTUs, distribuídas em 11 Gêneros conhecidos: Streptococcus, Granulicaella, Gemella, Veillonella, Oribacterium, Haemophilus, Escherichia, Neisseria, Prevotella, Capnocytophaga, Actinomyces, alem de 24,87% de bactérias não-cultivadas. O Gênero Streptococcus foi o mais prevalente nas duas bibliotecas, constituindo 79,08% da primeira e 73,63% da segunda. Conclui-se que existe maior diversidade bacteriana na saliva de pacientes com Baixo índice de biofilme dental em relação à pacientes com Alto índice de biofilme dental e que apesar da maioria das espécies não-cultivadas agruparem-se com os Streptococcus, ainda contituem-se de microrganismos novos e desconhecidos

Considerando a dieta como um fator modulador do microbioma ruminal, neste trabalho objetivou-se investigar o impacto do bagaço da cana-de-açúcar sobre a composição e funcionalidade das espécies microbianas residentes no rúmen de carneiros (Ovis aries). Foram utilizados seis animais machos fistulados de O. aries, dos quais três foram alimentados com uma dieta composta por 70% de volumoso e 30% de concentrado (tratamento controle) e outros três animais alimentados com uma dieta similar a anterior, mas com 14% do volumoso substituído por bagaço de cana-de-açúcar (tratamento bagaço). O conteúdo ruminal (líquido e fibra) foram amostrados quinzenalmente durante 60 dias. A partir dessas amostras foram acessadas a estrutura e a composição da comunidade microbiana pela extração de DNA total e amplificação das regiões V3 e V6-V7 do gene 16S rRNA bacteriano e a região intergênica fúngica (ITS2). Além disso, foram feitas análises metagenômicas e metatranscriptômicas de comunidade microbianas enriquecidas em fibra ruminal para identificar enzimas lignocelulolíticas expressas. As frações líquida e fibrosa do conteúdo ruminal de O. aries revelaram uma comunidade bacteriana dominada principalmente por Bacteroidetes e Firmicutes ao longo de todo período experimental. Dois gêneros, Prevotella e Ruminococcus representaram 20% e 4% da comunidade bacteriana ruminal, respectivamente. Para a comunidade fúngica o filo Neocallimastigomycota representou 91% das sequências e os principais gêneros deste filo foram Piromyces, Neocallimastix, Orpinomyces, Anaeromyces, Caecomyces e Cyllamyces aderidos a fibra ruminal. O gênero Caecomyces, foi significativamente mais abundante na fibra ruminal de animais que se alimentaram de bagaço de cana-de açúcar. Além disso, foi observado um aumento significativo na frequência de enzimas como, por exemplo, 1,4-α-glucano, α-galactosidase, endo 1,4-β-xilanase, β- xilosidase, xilose isomerase, celobiose fosforilase e α-N-arabinofuranosidase no tratamento com bagaço de cana-de-açúcar. Considerando que a recuperação de enzimas a partir de comunidades microbianas naturalmente selecionadas para a degradação de biomassa é uma estratégia promissora para superar a atual ineficiência da ação enzimática na produção industrial de biocombustíveis, os resultados deste trabalho representam a possibilidade de aumentar a capacidade de recuperação ou descoberta de enzimas a partir de ruminantes, ou ainda, a possibilidade de manipular a estrutura do microbioma do rúmen para usá-lo como fonte de inóculo enriquecido em processos industriais de degradação de biomassa. / Considering the diet as a modulator of ruminal microbiome, this work aimed to investigate the impact of sugarcane bagasse on the composition and function of microbial species residents in the sheep (Ovis aries) rumen. Six cannulated male animals were used in the experiment, where three individuals were fed on a diet consisting of 70% forage and 30% concentrate (control treatment), and three were fed on a similar diet, but with sugarcane bagasse replacing 14% of the forage portion (bagasse treatment). The ruminal content (i.e., liquid and fiber) were sampled every two weeks during 60 days. From these samples, the structure and composition of the microbial community were assessed by total DNA extraction and amplification of V3 and V6-V7 regions of 16S rRNA gene from bacteria and the fungal intergenic region (ITS2). Furthermore, metagenomics and metatranscriptomics approaches were used to evaluate the enrichment of specific members of the microbial community in the ruminal fiber and genes related to lignocellulolytic enzymes. The liquid and fiber fractions of the O. aries rumen revealed a microbial community dominated mainly by Firmicutes and Bacteroidetes throughout the experimental period. The genera Prevotella and Ruminococcus accounted for 20% and 4% of the bacterial community of rumen, respectively. In the fungal community, the phylum Neocallimastigomycota accounted for 91% of sequences and its main genera adhered on the ruminal fiber were Piromyces, Neocallimastix, Orpinomyces, Anaeromyces, Caecomyces and Cyllamyces. The genus Caecomyces was significantly more abundant in the ruminal fiber in animals fed on sugarcane bagasse. Furthermore, there was a significant increase in the frequency of enzymes, such as α-1,4-glucan, α-galactosidase, endo- 1,4-β-xylanase, β-xylosidase, xylose isomerase, cellobiose phosphorylase and α- Narabinofuranosidase in the bagasse treatment. Considering that the recovery of enzymes from ecosystems naturally evolved for degradation of biomass is a promising strategy to overcome the current inefficient enzymatic action in industrial production of biofuels, the results of this study bring great possibilities to increase the discovery and or recovery of enzymes from ruminants, as well as the possibility of the ruminal microbiome structure manipulation to be used as source of an enriched inoculum for biomass degradation in industrial processes.

Em eucariotos, o processamento de pré-rRNA depende de vários fatores como endonucleases, exonucleases, RNA helicases, enzimas modificadoras de rRNA e componentes de snoRNPs. Com o objetivo de caracterizar novas proteínas envolvidas no processamento de pré-rRNA, foi identificada a proteína Nop53p interagindo com a proteína nucleolar Nop17p a partir de uma varredura da biblioteca de cDNAs de Saccharomyces cerevisiae. A cepa condicional contendo a seqüência da ORF NOP53 sob controle do promotor de galactose não cresce em meio contendo glicose, indicando que Nop53p seja uma proteína essencial para a viabilidade celular. Os resultados deste trabalho demonstram que Nop53p está envolvida nas etapas iniciais de clivagem do pré-rRNA, assim como nas clivagens responsáveis pela formação dos rRNAs maduros 5.8S e 25S. Análise mais detalhada do processamento de pré-RNA por Northern blot e \"pulse-chase labeling\", revelou também que Nop53p afeta principalmente o processamento do rRNA intermediário 27S, que origina os rRNAs maduros 5.8S e 25S. Nop53p participa do processamento desses rRNAs afetando a poliadenilação dos precursores dos rRNAs 5.8S e 25S. Experimentos de co-imunoprecipitação de RNA com a proteína de fusão ProtA-Nop53p confirmaram o envolvimento de Nop53p no processamento do 27S rRNA, indicando que essa proteína possa ligar RNA diretamente. A capacidade de Nop53p de ligar RNA foi confirmada através de testes in vitro, enquanto que ensaios de co-imunoprecipitação de cromatina revelaram que Nop53p liga-se ao rRNA 5.8S durante a transcrição. Nop53p regula a função do exossomo através da sua interação direta com a subunidade exclusivamente nuclear deste complexo, Rrp6p. / In eukaryotes, the rRNA processing depends on several factors, such as, endonucleases, exonucleases, RNA helicases, rRNA modifying enzymes and components of the snoRNPs. With the purpose of characterizing new proteins involved in pre-rRNA processing, Nop53p was identified interacting with the nucleolar protein Nop17p in a two hybrid assay. The conditional yeast strain containing the sequence of the ORF NOP53 under the control of the galactose promoter cannot grow in medium containing glucose, indicating that the protein is essential for cell viability. The results of this work demonstrate that Nop53p is involved in the initial steps of pre-rRNA processing and in the cleavages responsible for the formation of the mature rRNAs 5.8S and 25S. A more detailed analysis of the pre-rRNA processing, by Northern blot and pulse-chase labeling, revealed that Nop53p affects the processing of the 27S precursor, that originates the rRNAs 5.8S and 25S. Nop53p participates in the processing of these RNAs by affecting the polyadenylation of the precursors of the rRNAs 5.8S and 25S. RNA co-imunoprecipitation assays with the fusion protein A-Nop53p confirmed the involvement of Nop53p in the processing of the 27S pre-rRNA, indicating that the protein may interact directly with the RNA. The capacity of Nop53p to bind RNA was confirmed by in vitro assays, while chromatin imunoprecipitation assays demonstrated that Nop53p binds the 5.8S rRNA co- transcriptionally. Nop53p regulates the function of the exosome by interacting directly with the exclusively nuclear subunit of the complex, Rrp6p.

The main goal of this thesis was to design and implement a tool that would be able to classify the sequences of the 16S rRNA gene into taxonomic categories using the properties of the 16S rRNA gene. The created tool analyzes all input sequences simultaneously, which differs from common classification approaches, which classify input sequences individually. This tool relies on the fact that bacteria contain several copies of the 16S rRNA gene, which may differ in sequence. The main contribution of this work is design, implementation and evaluation of the capabilities of this tool. Experiments have shown that the proposed tool is able to identify the corresponding bacteria for smaller datasets and determine the correct ratios of their abundances. However, with larger datasets, the state space becomes very large and fragmented, which requires further improvements in order for it to search the state space in an efficient way.

Lake Baikal, in Siberia, Russia, contains the highest biodiversity of any extant lake, including an impressive radiation of gammaroidean amphipods that are often cited as a classic case of adaptive radiation. However, relationships among Baikal's amphipods remain poorly understood. The phylogenetic history of 32 Lake Baikal amphipod species, representing most major lineages of the endemic fauna, was examined using three genes (COI, 16S rRNA, and 18S rRNA), and 152 morphological characters. Results support monophyly of the largest and most diverse of the Baikalian families, the Acanthogammaridae. Analyses suggest that a second Baikalian family, the fossorial Micruropodidae, is paraphyletic and composed of two divergent clades, one of which includes Macrohectopus branickii, a morphologically specialized pelagic planktivore traditionally assigned its own family. The extreme morphological and ecological divergence of Macrohectopus from its close genetic relatives, and conversely, the large genetic distances among other morphologically similar micruropodids, suggest that morphological and molecular evolution have often been uncoupled during the radiation of Baikal's amphipods. This study suggests that the amphipod fauna of Lake Baikal is polyphyletic; originating from two independent invasions of the lake.

Le ribosome est un macro complexe moléculaire en charge de la synthèse de toutes lesprotéines de la cellule. Depuis les premiers essais de reconstruction in vitro d’un ribosome procaryote,des générations de chercheurs se sont succédées durant plusieurs décennies pour tenter d’éluciderles voies par lesquelles les ribosomes sont assemblés par la cellule. Un regain d’intérêt pour l’étude dela biogenèse du ribosome est advenu récemment suite à la mise en évidence de maladies liées à desmutations dans des acteurs de la biogenèse du ribosome mais également, et surtout, suite à la miseen évidence du rôle fondamental du ribosome dans les processus de transformation oncogénique.Le ribosome est composé de deux sous-unités, une petite et une grande, formées, ellesmêmes,d’un assemblage intriqué d’ARN ribosomique et de protéines ribosomiques. La formation d’unribosome, appelée biogenèse du ribosome, est un processus complexe, intégré et extrêmementhiérarchisé impliquant, chez la levure, plus 200 facteurs accessoires. Bien que les principes sousjacentsà la biogenèse du ribosome eucaryote établis à partir d’études réalisées chez la levure semblentconservés chez l’Homme, de nombreux éléments suggèrent qu’elle y soit plus complexe. Ainsi, latransposition directe chez l’Homme des connaissances acquises chez la levure quant à la biogenèse duribosome serait, tout du moins partiellement, inexacte.Au cours de ma thèse, j’ai poursuivi différents objectifs s’intégrant tous dans le cadre de labiogenèse du ribosome eucaryote. D’une part, chez la levure, j’ai poursuivi la caractérisation du rôlede la protéine Las1 dans la biogenèse de la grande sous-unité ribosomique. D’autre part, chezl’Homme, mon objectif premier a été de participer à l’identification de nouveaux facteurs accessoiresimpliqués dans la biogenèse du ribosome et à la caractérisation fonctionnelle de certains d’entre eux.Dans un second temps, je me suis concentré sur l’implication de deux particules ribonucléoprotéiquesnucléolaires, appelées snoRNP, dans la biogenèse du ribosome mais également dans le développementtumoral. Finalement, le dernier objectif de ma thèse a été de participer, dans le cadre d’un projettransverse réalisé chez la levure et chez l’Homme, à l’étude d’une protéine en charge d’une desmodifications que portent les ARN ribosomiques.Pris ensemble, les différents objectifs que j’ai poursuivis au cours de ma thèse, permettent desavancées fondamentales dans la connaissance du processus de la biogenèse du ribosome chez leseucaryotes mais aussi dans la caractérisation de l’impact clinique de certains acteurs de cette voie. / Doctorat en Sciences / info:eu-repo/semantics/nonPublished