Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Cette thèse a pour objectif l'étude épidémiologique de zoonoses chez le sanglier en Corse afin d'éclairer l'analyse et la gestion du risque zoonotique. La première partie décrit la démarche d'analyse du risque et les données nécessaires à son estimation, met en évidence que le sanglier, porteur potentiel de nombreux agents pathogènes, est un modèle biologique intéressant pour le suivi de maladies transmissibles à l'Homme par ingestion ou manipulation de carcasses, et décrit le contexte d'étude, la Corse, notamment sur le plan cynégétique et de l'élevage. La seconde partie présente le dispositif mis en place pour la collecte des données, un réseau d'épidémiosurveillance active à l'échelle de la région insulaire, puis l'étude épidémiologique de trois agents zoonotiques (respectivement maladies) : Trichinella britovi (trichinellose), Toxoplasma gondii (toxoplasmose) et Mycobacterium bovis (tuberculose bovine). A l'issue de nos travaux, le risque de trichinellose, avéré en 2004, demeure difficile à évaluer mais plausible, nécessitant le maintien des consignes de prévention (cuisson de la viande, test des carcasses commercialisées). Le risque de toxoplasmose est fort sur l'ensemble de l'île et davantage encore dans les zones à forte densité d'exploitations agricoles. Le risque de tuberculose apparaît majeur à considérer, le bacille étant présent à la fois chez les sangliers et chez des porcs ou bovins de quatre régions corses. Nos travaux concluent en l'importance d'une meilleure gestion des carcasses et viscères d'animaux sanvages et domestiques, et la nécessité d'une coordination pérenne du dispositif mis en place pour le suivi des zoonoses en Corse.

Cette thèse évalue le risque d'émergence d'un pathogène via l'avifaune sauvage dans une région indemne en combinant deux approches : 1) L'étude de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes avec le pathogène émergeant. 2) L'utilisation de données écologiques disponibles dans la région indemne. Le Chapitre 1 montre que l'étude de la circulation de pathogènes partageant des caractéristiques éco-épidémiologiques communes (Influenza Aviaire Faiblement Pathogène et Maladie de Newcastle) avec un pathogène émergeant (H5N1 HP) permet d'apporter des éléments d'information sur la circulation potentielle de ce pathogène en cas d'émergence. Les principales conclusions de ce chapitre nous permettent de construire les trois hypothèses testées aux chapitres suivants portant respectivement sur les étapes d'une émergence : introduction (Chapitre 2), circulation (Chapitre 3), et transmission à la faune domestique (Chapitre 4). Ces trois chapitres permettent une meilleure évaluation du risque d'émergence d'un pathogène (le H5N1 HP) dans une zone indemne (le DIN) à partir de méthodes basées sur les données écologiques disponibles dans cette zone indemne et obtenues à partir de techniques telles que le comptage aérien, la télémétrie satellitaire, ou la télédétection. Ils permettent notamment d'estimer que le risque d'émergence du H5N1 HP dans le DIN via l'avifaune sauvage est le plus élevé lors des mois de janvier à mars des années de faible crue, et que la Sarcelle d'été et le canard Pilet sont les deux espèces à surveiller en priorité. Cette thèse montre donc comment l'utilisation de données éco-épidémiologiques disponibles dans une zone indemne permettent une évaluation et un meilleur contrôle du risque d'émergence d'un pathogène. L'utilisation d'outils satellitaires permet l'obtention de larges plages de données ayant des résolutions spatiale et temporelle suffisante pour évaluer des dynamiques éco-épidémiologiques évoluant rapidement. / This thesis aims to evaluate the risk of emergence of a pathogen from wildlife in an uninfected area by combining two approaches:1) The study of pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics with the emerging pathogen2) The use of eco-epidemiological data available in the uninfected area Chapter 1 shows that studying pathogens sharing similar eco-epidemiological characteristics (Low Pathogenic Avian Influenza and Newcastle Disease) with an emerging pathogen (HPAI H5N1) enables to provide information on the potential circulation of this pathogen if it would emerge. The main conclusions of this chapter allow us to formulate the three hypothesis tested in the following chapters, each related to a stage of an emergence: introduction (Chapter 2), circulation (Chapter 3), and transmission to domestic poultry (Chapter 4). These three chapters enable a better evaluation of the risk of emergence of a pathogen (HPAI H5N1) in an uninfected area (IND) by using methods based on eco-epidemiological data available in this uninfected area, obtained from techniques like aerial census, satellite telemetry, and remote sensing. The risk of emergence of HPAI H5N1 from wildlife in the IND is evaluated to be the highest between the months of January and March during years with a low flood level. Garganeys and Pintails are identified as the two main species to be surveyed in priority. This thesis shows how eco-epidemiological data available in an uninfected area enable an evaluation and a better control of the risk of emergence of a pathogen. Satellite tools allow acquiring large dataset with temporal and spatial resolution compatible with eco-epidemiological dynamics evolving rapidly.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

La pollinisation entomophile est essentielle pour la production de 70% des cultures à travers le monde. Cependant la contribution des pollinisateurs dans la production agricole reste peu renseignée ainsi que les insectes qui sont impliqués. De plus, lorsque la contribution des pollinisateurs est quantifiée, le bénéfice est calculé à des échelles biologiques ou dans des conditions simplifiées qui peuvent être non représentatifs des bénéfices à l’échelle de la parcelle. Par ailleurs, les possibles interactions entre les pollinisateurs et les pratiques agricoles ne sont généralement pas pris en compte. L’objectif général de cette thèse était donc de quantifier la contribution des pollinisateurs directement dans les parcelles agricoles dans deux cultures fréquemment retrouvées en Europe, le colza et le tournesol. Ces estimations sont réalisées à l’échelle de la parcelle ainsi qu’à l’échelle de la plante pour comprendre les mécanismes qui permettent l’augmentation de la production agricole. Ces études nous ont permis aussi d’identifier les principaux pollinisateurs de ces deux cultures.Dans un premier temps, nous avons quantifié le bénéfice des pollinisateurs dans les rendements de tournesol et de colza. Nous montrons que le colza et le tournesol partagent une même guilde de pollinisateurs, les abeilles domestiques. Les abeilles sauvages sont aussi d’importants pollinisateurs pour le colza. Les pollinisateurs augmentent les rendements de colza de plus de 35% et ceux du tournesol de 40%, à l’échelle de la parcelle. A l’échelle de la plante, que ce soit pour le colza et le tournesol, les pollinisateurs augmentent le succès de pollinisation et donc le nombre de graines par plante.Dans un deuxième temps, nous avons comparé le bénéfice des pollinisateurs par rapport à ceux des pratiques agricoles en termes de rendement et de gain monétaires dans les parcelles de colza, tout en regardant plus précisément leurs possibles interactions. Nous montrons que le bénéfice des pollinisateurs dans les rendements s’additionnent à ceux des pratiques agricoles excepté avec les insecticides qui réduisant la contribution des pollinisateurs. De plus, nous montrons que les pollinisateurs sont d’importants contributeurs du rendement et des revenus agricoles en augmentant le bénéfice des agriculteurs de 250 € par hectare alors qu’au contraire plusieurs pratiques peuvent être très couteuses pour ces mêmes agriculteurs. Finalement, nous étudions l’effet des pollinisateurs sur la qualité lipidique des graines de colza qui est une autre facette de la production agricole. Nous montrons que les abeilles domestiques améliorent la qualité des graines en augmentant le pourcentage d’acides gras insaturés tout en réduisant les acides gras trans- et saturés. Pour certaines années, les abeilles domestiques augmentent aussi le pourcentage de lipide par graine.En conclusion, nous montrons que les pollinisateurs sont essentiels à la production agricole à la fois sur le rendement, les revenus agricoles et sur la qualité. Plusieurs mesures doivent être mises en place pour promouvoir les pollinisateurs dans les milieux agricoles dans le but de les préserver et d’assurer une production agricole durable pour ces deux cultures. / Insect pollination is essential for over 70% of crops around the world. However, the contribution of pollinators to crop production and the insects involved in crop pollination have rarely been studied. Moreover, assessments of pollinator contributions have mostly been conducted on a small scale or under simplified conditions, which do not represent the real contributions at the field scale and do not take into account possible interactions between pollinators and farming practices. The aim of this study is to quantify directly under field conditions, the contribution of pollinators in two crops frequently cultivated in Europe: oilseed rape and sunflower. Estimations are realized both at the plant and at the field scale to understand mechanisms that increase crop production. Our studies identify also these crops’ pollinators.In a first step, we quantified the contributions of pollinators to oilseed rape and sunflower yield. Oilseed rape and sunflower share a pollinator guild - the honeybee. Wild bees also increase oilseed rape yield. Pollinators increase the yield of oilseed rape by up to 35% and of sunflower by up to 40%. At the plant scale, pollinators increase pollination success and consequently the number of seeds per plant.In a second step, we compared for oilseed rape the yield and the monetary contributions of pollinators and farming practices by taking their potential interactions more accurately into account. We show that the benefits of pollinators and farming practices on yield were additive except for insecticide use, which decreased the contribution of pollinators. In addition, we show that pollinators were important contributors to the farmers’ incomes by increasing gain by 250 € per hectare while some practices were very expensive for farmers.Finally, the effect of pollinators was studied on oilseed rape seed quality - another component of crop production. We show that honeybees improve seed quality by increasing the percentage of unsaturated fatty acids in seeds and decreasing trans-saturated and saturated fatty acids. In some years, honeybees increased also the percentage of lipids per seed.We conclude, pollinators are essential for crop production by increasing both yield, monetary gain and quality. Several measures must be taken to promote pollinators in agricultural land in order to conserve them and ensure sustainable crop production for these two crops.

Agaricus bisporus, le champignon de Paris, est un basidiomycète saprophytenaturellement présent dans la litière de cyprès (Cupressus macrocarpa). Il possède différentsmodes de reproduction. Pour étudier leur rôle dans la dynamique spatio-temporelle et l’évolutionde la diversité génétique au cours du temps, des dispositifs expérimentaux ont été mis en place.Dix souches sauvages d’Agaricus bisporus var. bisporus ont été sélectionnées, à partir de deuxpopulations françaises, sur leurs traits phénotypiques et génotypiques. L’étude de l’évolutionmoléculaire de leurs génomes a montré que, pour le génome mitochondrial, la mobilité desintrons de groupe I apparait comme la principale source de polymorphisme. Des taux desubstitution nucléotidique (nt) faibles ont été observés chez tous les types de séquencesmitochondriales (éléments mobiles, séquences géniques et inter géniques). Cette forteconservation, comparée avec les taux élevés de substitution nt des séquences nucléairessimilaires, contraste avec ce qui est généralement décrit dans l’évolution des séquencesfongiques. Des expériences de croisements entre sporocarpes et mycelia de souches sauvages ontété menées sur du compost, dans une chambre de culture, pour simuler l’implantation d’unepopulation naturelle. Pour les sporocarpes récoltés, les données montrent l’existence d’unphénomène parasexuel de Buller conduisant à des souches hybrides d’A. bisporus dans lachambre de culture et potentiellement dans la nature. Parallèlement, les mycelia de souchessauvages ont été introduits dans deux parcelles expérimentales de cyprès. L’analyse génotypiquedes sporocarpes récoltés la première année d’introduction n’a pas permis de mettre en évidencede souche hybride et les conditions climatiques de la seconde année n’ont pas permis d’obtenir defructification. Les dispositifs et outils mis au point doivent permettre un suivi génétique spatiotemporelde la population sur le long terme. / Agaricus bisporus, the button mushroom, is a saprophytic basidiomycete naturallyfound in cypress litter (Cupressus macrocarpa). It possesses different modes of reproduction. Tostudy their role in the spatio-temporal dynamics and in the evolution of the genetic diversity,experimental systems have been set up. Ten wild strains of Agaricus bisporus var. bisporus havebeen selected, from two french populations, on both phenotypic and genotypic traits. Themolecular evolution of their genomes has shown that, for the mitochondrial genome, group Iintron mobility was the main source of gene polymorphism. Low nucleotide (nt) substitutionrates were found in all types of mitochondrial sequences (mobile elements, genic and intergenicones). This stringent conservation of mitochondrial sequences, when compared with the high ntsubstitution rates of their nuclear counterparts, contrasts to what is widely accepted in fungalsequence evolution. Mating experiments between sporocarps and mycelia of wild strains wereconducted on compost in a room culture, to simulate the implantation of a natural population.Among the collected sporocarps, results indicate the occurrence of a parasexual Bullerphenomenon leading to hybrid strains of A. bisporus in room culture and putatively in the wild.In parallel, mycelia of the wild strains have been introduced in two experimental plots of cypress.Genotypic analysis of the sporocarps collected from these plots in the first year of introduction,failed to evidence a hybrid strain. The climatic conditions of the second year did not allowobtaining fruiting-bodies. The developed experimental systems and tools must allow a followingat the genetic level of the spatio-temporal evolution of the population.

L'objet de cette thèse est l'étude des champs algébriques de revêtements galoisiens de courbes algébriques, avec un intérêt spécial pour la caractéristique positive. On établit tout d'abord des résultats concernant les actions de schémas en groupes sur les champs: existence et algébricité des champs de points fixes et champs quotients; lien avec le champ classifiant du groupe. Dans toute la suite on considère des groupes finis~$G,G'$ d'ordres~$n,n'$. Utilisant la théorie de Hurwitz des revêtements modérés de courbes, on exhibe tout d'abord un champ qui est une compactification lisse du champ~${\cal M}_g(G')$ des courbes de genre~$g$ avec structure de niveau~$G'$. C'est aussi une désingularisation, modulaire qui plus est, du champ propre donné par Deligne et Mumford en normalisant le champ des courbes stables de genre~$g$ dans~${\cal M}_g(G')$. Ensuite, grâce à l'action de certains groupes sur le champ produit ci-dessus, on propose une compactification du champ des courbes de genre~$g$ avec action de~$G$, la base comprenant cette fois-ci les caractéristiques qui divisent~$n$. Cette compactification est lisse a priori seulement au-dessus des caractéristiques premières à~$n$. Puis, on se penche sur l'aspect local de la ramification sauvage. Supposons que~$G$ agit sur un schéma~$X$ au-dessus d'un anneau de valuation discrète d'inégales caractéristiques (la caractéristique résiduelle divisant~$n$) et que l'action est fidèle sur la fibre générique. On souhaite trouver un modèle pour~$G$ qui agisse fidèlement y compris sur la fibre spéciale, avec une propriété d'unicité. Si~$X$ est propre cela est assez facile. Lorsque~$X$ est affine nous donnons une méthode, utilisant les éclatements de Néron, qui mène conjecturalement à une construction effective de ce modèle. Dans le cas du groupe cyclique d'ordre~$p$, cette méthode fournit la structure précise des revêtements de courbes lisses. Enfin nous concluons par un exemple qui illustre les questions traitées dans la thèse.

Cette thèse transdisciplinaire analyse le rôle de la chasse sportive dans les programmes de gestion participative de la faune sauvage en Afrique Centrale, plus particulièrement sur deux sites pilotes (nord RCA et sud-est Cameroun). Au cours du XXe siècle, la chasse sportive a vu ses pratiques évoluer fortement au travers de processus conjoints de « démocratisation », de professionnalisation et d'internationalisation de ses acteurs. Aujourd'hui, les sociétés de chasse peuvent jouer un rôle majeur dans la conservation, notamment en raison d'une emprise spatiale des zones cynégétiques conséquente, de prélèvements globalement soutenables et d'une bonne capacité de mise en défens du milieu naturel. Ce constat ne prend cependant tout son sens que lorsque leur activité s'insère dans des programmes associant Etat, projets et populations locales. L'analyse des techniques, des idéologies et des discours des guides de chasse puis de leur clientèle révèle l'antinomie de leurs conceptions du safari en même temps que la prégnance d'une nostalgie des chasses coloniales. On note aussi le fait surprenant que les « grands chasseurs blancs » s'insèrent souvent mieux dans les contextes socioculturels ruraux que d'autres acteurs exogènes. Enfin, si l'argumentaire économique qui présente la chasse sportive comme un outil pertinent des programmes de gestion participative de la faune sauvage reste valide, il est néanmoins essentiel de ne pas occulter les limites conceptuelles et techniques des modèles proposés ainsi que les véritables enjeux d'appropriation de la ressource et de l'espace qu'ils sous-tendent.

The purpose of this work is to measure the influence of the Dialogues of Lahontan (1702--3) on contemporary thought relative to the myth of the Noble Savage. The text is divided into two parts: (1) Lahontan and the idea of the "noble savage" at the beginning of the 18th century in which we deal with the life of Lahontan, the historical and cultural background in New-France and in Europe at the turn of the 18th century, the Indian tribes of Northeastern America, and finally the Dialogues of Mr le Baron de Lahontan et d'un Sauvage, which consist in a comparison between two ways of life: the "civilized" i.e., European and the "savage" i.e., Amerindian. (2) The idea of the "noble savage" in the XXth century: a study of four representative authors. This part is divided in four chapters relative to the authors chosen. In chronological order: Charles Eastman who published his works at the beginning of the century, Sun Bear in the 70s, Georges Sioui and Jean Pictet after 1970. Each author's ideas are compared with those of Lahontan and, where it applies, with those of the other authors. / The conclusion underlines the fact that the ideas expressed in the four contemporary texts, having of course characteristics marking them as belonging to their specific historical milieu, borrow much from Lahontan and finally go back to a trend of thought that originated in Antiquity.