Les relations structure-activité (RSA) désignent la relation entre structure chimique et activité pharmacologique pour une série de composés (IUPAC, 1998). Elles ont été utilisées dans les industries pharmaceutique, chimique et cosmétique, tout particulièrement pour la conception de nouvelles entités chimiques et médicamenteuses. Après une revue de la littérature, nous avons étudié les RSA en allergie médicamenteuse immédiate pour 4 classes thérapeutiques (antibiotiques bêta-lactames, produits de contraste IRM, curares, insuline) ainsi qu'en allergie médicamenteuse retardée (iodixanol, produit de contraste iodé) en nous basant sur les résultats des tests cutanés et biologiques. Les résultats obtenus démontrent qu'il existe un lien entre structure chimique et potentiel allergénique des molécules. Les RSA permettent : (1) l'identification des déterminants allergéniques sur la base de l'étude des réactivités croisées, (2) la prédiction de la probabilité de réactions d'hypersensibilité aux molécules apparentées et la sélection d'alternatives thérapeutiques de manière non-empirique / Structure-Activity Relationships (SAR) refer to the relation between chemical structure and pharmacological activity for a series of compounds (IUPAC, 1998). They have been used in the pharmaceutical, chemical and cosmetic industries, especially for drug and chemical design purposes. After reviewing literature data, we describe SAR-based approaches based on skin and laboratory tests in immediate drug hypersensitivity (beta-lactam antibiotics, MRI contrast agents, neuromuscular blocking agents, insulin) as well as in delayed drug hypersensitivity (iodixanol, iodinated contrast media). Our findings demonstrate a link between chemical structure and allergenic potential of a molecule. Structure-activity relationships can prove useful to: (i) identify allergenic determinants on the basis of cross-reactivity studies, (ii) predict the likelihood of hypersensitivity reactions to related molecules and select safe alternatives on a non-empirical basis

Le but premier de ce travail est de préciser l’importance des productions végétales au sein des agglomérations secondaires gallo-romaines du centre bassin parisien. Le corpus est motivé par des choix chronologiques et géographiques : l’ensemble des sites est localisé au sein du bassin parisien et occupé entre le Ier et le Ve siècle ap. J.-C. Qu’entendons-nous par productions végétales ? Nous percevons trois cas différents : les productions végétales agricoles et donc alimentaires, que nous retrouvons par exemple dans les contextes urbains sous la forme des céréales produites, en l’état actuel de nos connaissances, dans les exploitations agricoles ; les productions vivrières, toujours alimentaires, produites directement dans les agglomérations (comme les potagers et les vergers) ; les productions végétales qui servent non pas à l’alimentation mais à l’artisanat. C'est le cas du bois du noisetier en vannerie. Le raisonnement autour des productions vivrières est une question centrale : que produisaient les urbains ? Où ? Quelle pouvait être l’importance de ces productions végétales alimentaires ? Afin d'y répondre, notre réflexion se porte sur les espaces non couverts des agglomérations secondaires. Il est certain en effet que la mise en culture des espèces végétales potagères et fruitières nécessite une source de lumière : elle n’est donc praticable que dans des espaces non couverts ou « non bâtis ». / The original intention of this work is to specify the importance of the vegetable productions within the Gallo-Roman small town of the center Paris region. The corpus is justified by chronological and geographical choices: the whole of the sites is localised within the Paris region and occupied between 1th and 5 th century. What we hear by vegetable productions ? We perceive three different cases : vegetable productions agricultural and thus food; productions food, directly produced in the small town (like the kitchen gardens and the orchards); the vegetable productions which are used not for the food but for the craft industry. The reasoning around the food productions is a key question : what produced the urban? Where? Which could be the importance of these vegetable food productions ? In order to answer it, our reflexion goes on not covers spaces of the small towns.

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Le recrutement est un processus clé du cycle de vie des invertébrés marins benthiques, dont les bivalves. Si la phase larvaire et l’étape de fixation/métamorphose sont largement étudiées, les processus post-fixation, dont font partie les migrations secondaires, restent relativement ignorés ou du moins sous-estimés.Ces migrations secondaires ou post-fixations résultent de processus hydrodynamiques modulés par des réponses éco-éthologiques.Le présent projet proposait d’étudier les mécanismes de migrations secondaires des recrues de bivalves en développant une approche éco-étho-physiologique afin de répondre à trois objectifs : i) Estimer le poids potentiel des migrations secondaires dans les habitats de sédiments grossiers ii) Identifier des facteurs environnementaux, et plus spécifiquement ceux de l’environnement trophique en relation avec l’hydrodynamisme, qui contrôlent ces processus iii) Évaluer les potentielles interactions entre migrations secondaires et physiologie des recrues. Dans un premier temps, nous avons développé une étude in-situ des migrations secondaires des recrues de bivalves dans un habitat de sédiments grossiers dans l’archipel de Chausey (Normandie, France) via l’utilisation de pièges à recrues. En parallèle, un suivi de nombreux paramètres environnementaux (conditions hydrologiques, hydrodynamiques et trophiques) a été mis en place. Puis, nous avons étudié en conditions expérimentales, le potentiel de dispersion post-fixation de différentes espèces de bivalves exploitées et l’influence de la physiologie (en termes de réserves énergétiques) sur les migrations secondaires. Pour ce faire, nous avons utilisé des outils innovants, tels un tube de vitesse de chute et un canal hydrodynamique tout en développant la zootechnie de l’élevage larvaire et poste-larvaire de la praire, Venus verrusosa. Nos résultats mettent en évidence l’importance des migrations secondaires des recrues de bivalves dans les habitats de sédiments grossiers avec près de 24 taxons différents de bivalves identifiés en migration. Certaines de ces migrations post-fixations correspondraient à des changements ontogéniques d’habitats, et les habitats de sédiments grossiers constitueraient une zone de nurserie pour plusieurs espèces. De plus, ce projet démontre, pour la première fois, le rôle de la physiologie et de l’environnement trophique dans le contrôle des migrations secondaires et cela à différents niveaux. Nous avons observé une synchronisation entre un événement massif de migrations secondaires actives et un changement de la composition de la communauté phytoplanctonique, plus particulièrement un bloom de nanoeucaryotes. Cette réponse des recrues de bivalves à un signal trophique pélagique («trophic migration trigger», TMT), pourrait être due au coût énergétique supplémentaire associé aux comportements actifs de migration. En effet, nous avons ensuite constaté en conditions expérimentales que la capacité des recrues à contrôler leur dispersion par leur comportement est directement corrélée avec leur profil physiologique. Les recrues avec le plus de réserves énergétiques ont une meilleure capacité d’accroître leur potentiel de dispersion par leur comportement. Aussi les recrues migreraient quand leur principale source de nourriture est disponible dans le milieu afin de mieux supporter le coût des comportements de migrations secondaires actives comme la dérive byssopélagique. De plus, le potentiel de migration post-fixation apparait comme fortement lié à la synchronicité entre la période d’arrivée de la larve sur le sédiment et le cycle de marée (morte-eau ou vive-eau), mais également aux taux de croissance post-larvaires qui dépendent eux-mêmes de l’environnement trophique. Les patrons de migrations secondaires des recrues bivalves résultent donc d'un étroit couplage physico-biologique impliquant l'hydrodynamique, mais aussi des réponses éco-éthologiques modulées par des processus physiologiques en lien avec l’environnement trophique. / Recruitment is a key process in the life-cycle of benthic marine invertebrates, and most of bivalve species. It includes the larval phase, the settlement and secondary dispersal mechanisms which lead to a gradual sedentary lifestyle until the recruits begin a strict benthic life. Although the larval phase and the settlement/metamorphosis stage are well studied, post-settlement migrations remain relatively unknown or at least underestimated. These migrations are the result of hydrodynamic processes modulated by eco-ethological responses in the benthic boundary layer that can radically change primary fixation patterns and have a major impact on the life cycle of a bivalve.This project proposed to study secondary migrations mechanisms of bivalve recruits by developing an eco-etho-physiological approach in order to answer three objectives: I) estimate the potential weight of the secondary migrations in coarse sediments habitats, ii) identify environmental factors, and more specifically those of the trophic environment in relation to hydrodynamics conditions, which control these processes, iii) evaluate the potential interactions between secondary migrations and recruits physiology.Firstly, we developed an in-situ study of secondary migrations of bivalve recruits in a coarse sediment habitat in the Chausey Archipelago (Normandy, France) by using recruit traps and monitoring environmental parameters (hydrological, hydrodynamic and trophic conditions). Then, we studied in experimental conditions post-settlement dispersal potential of different exploited bivalve species as well as the influence of physiology (in terms of energy reserves) on secondary migrations with a fall velocity tube, a benthic flume and by developing the larval and post-larval rearing of the warty venus, Venus verrucosa. Our results highlight the importance of secondary migrations of bivalve recruits in coarse sediment habitats with nearly 24 different taxa of bivalves identified in migration. Some of these post-settlement migrations would correspond to ontogenic change of habitat, and so coarse sediment habitats would constitute a nursery zone for several species. For the first time, this project demonstrates, at different levels, the role of physiology and trophic environment in the control of secondary migrations. We observed synchronization between a massive active secondary migration event with a change in the composition of the phytoplankton community and more particularly a bloom of nanoeukaryotes. This response of bivalve recruits to a ‘’trophic migration trigger’’ (TMT) could be due to the additional energy cost of active migration behaviors. Indeed, we highlighted, in experimental conditions, that the ability of recruits to control their dispersal by their behavior is directly correlated with their physiological profile. Recruits with the most energy reserves are the most able to increase their dispersal potential by their behavior. Also recruits would migrate when their main food source is available in the environment in order to support the cost of active secondary migration behaviors such as bysso-pelagic drift. In addition, post-fixation migration potential appears to be strongly related to the synchronicity between the settlement period and the tidal cycle (spring tide or neap tide), but also to post-settlement growth rates which depend on trophic conditions. Patterns of secondary migrations result from a close physico-biological coupling involving hydrodynamics factors but also eco-ethological responses modulated by physiological processes related to the trophic environment.

Les cyanobactéries des genres Microcystis et Planktothrix sont des micro-organismes capables de proliférer dans de nombreux plans d'eau douce. Ces proliférations sont associées à des risques pour la santé humaine et animale en raison de la production de produits naturels, parmi lesquels des toxines. Ces molécules présentent une diversité de structure chimique de d'activités biologiques d'intérêt pour l'industrie pharmaceutique et biotechnologique. Nous avons revisité le potentiel en produits naturels de Microcystis et Planktothrix. Par des approches complémentaires de biologie moléculaire, génomique et transcriptomique, nous avons caractérisé des gènes impliqués dans la synthèse de ces produits naturels ainsi qu'exploré leur évolution et la régulation de leur expression. Ces travaux ont permis de mettre à jour une distribution, des évènements évolutifs et des profils d'expression surprenants et permettent d'envisager de nouvelles applications pour les produits naturels. / Microcystis and Planktothrix are cyanobacterial genus commonly proliferating in freshwater ecosystems. These blooms are associated with human and animal health threat because of synthesis of natural products and cyanotoxins. These compounds are of great chemical diversity and of interest for biotechnological and pharmaceutical applications. We revisited the natural products potential of Microcystis and Planktothrix. Combining molecular biology, genomics and transcriptomics investigations, we characterized natural products gene clusters. We studied their distribution, evolution and transcription as well. This work uncovered new distribution pattern, evolutionary events and unexpected expression patterns. These insights will allow new investigations and applications for cyanobacterial natural products.

Dans le cadre de la promotion de systèmes de culture alternatifs à moindres intrants chimiques, des études sur l'introduction de plantes de service ayant vocation à réduire l'usage des pesticides et engrais azotés mobilisent un effort de recherche considérable. Dans le cadre de la production bananière pour laquelle la nuisibilité causée par les nématodes phytoparasites constitue l'une des principales contraintes, une des principales alternatives à l'utilisation de nématicides chimiques repose sur l'usage raisonné en rotation ou en association culturale de plantes de service à propriétés nématorégulatrices. Parmi les espèces candidates, celles du genre Crota/aria spp. ont largement été étudiées en raison de leur aptitude à contrôler les nématodes phytoparasites. Une méta-analyse révèle cependant que même si de nombreux auteurs s'accordent à reconnaître les propriétés allélopathiques des plantes de cette espèce, ils sont également enclins à reconnaître la forte variabilité d'expression de ces propriétés vis-à-vis du contrôle des nématodes selon les situations expérimentées. L'objectif de ce travail repose sur la compréhension du déterminisme biochimique des exsudats. La stratégie expérimentale mise en oeuvre a consisté à tester en conditions contrôlées le comportement biochimique des exsudats racinaires de deux espèces de crotalaires (C retusa, C spectabilis) et d'une espèce sensible, le bananier dessert (Musa spp.) en fonction i) de conditions biotiques variées -i.e. présence ou non de nématodes (Radopholus similis et Meloidogyne arenariaï, et présence ou non de mycorhizes-, ii) de conditions abiotiques contrastées -i.e. utilisation d'un sol naturel vs. substrat neutre, ajout ou non d'engrais chimique. La méthodologie innovante des «plantes à traire » (Brevet INRA) a été requise pour pouvoir travailler sur les exsudats racinaires des plantes conditionnées plutôt que sur des Iixiviats, comme réalisé dans des expérimentations antérieures.Les résultats obtenus en spectrophométrie visible montrent que la modification des conditions abiotiques affecte de manière importante les profils biochimiques des plantes étudiées. En présence du nématode 1..·1. arenaria les profils biochimiques des deux crotalaires sont également modifiés. Des biotests réalisés à l'aide des exsudats racinaires conditionnés au préalable par les modifications biotiques ont permis de démontrer l'effet nématostatique des crotalaires. Des analyses biochimiques en Ge-MS mettent en évidence de manière plus précise des molécules actives mises en jeu sous différentes modalités biotiques et abiotiques. Ces recherches, de portée générique, permettront de mieux comprendre les conditions de l'environnement qui régulent les profils biochimiques des exsudats racinaires des crotalaires et par extension, seront applicables aux recherches menées sur d'autres plantes de service candidates. Ceci aidera, à terme, à définir les conditions environnementales à réunir, pour orienter de manière optimale les effets allélopathiques dans une perspective de nématorégulation naturelle / As part of the promotion of alternative cropping systems at lower chemical inputs, studies on the introduction of cover crops designed to reduce the use of pesticides and nitrogen fertilizers mobilize a considerable research effort. Under banana production for which the hannfu1ness caused by plant-parasitic-nematodes is one ofthe main constraints, one of the main alternatives to the use ofchemical nematicides is based on the rational use in rotation or intercropping of cover rI crops to proteet crops from plant-parasitic-nematodes, Among the candidate species, the species from the genus of Crota/aria spp. have been widely studied because of their ability to control plant parasitic-nematodes. A meta-analysis reveals that although many authors agree allelopathic properties of these species, they are also likely to recognize the high variability of expression of these properties vis-àvis the control of nematodes according to the situations experieaced.. The objective of this woIk is focnsed on the onderstanding of the biochemical determinism of mot exudates onder environment biotic and abiotic variations. The experimental strategy was 10 test onder controlled conditions the biochemical behavior of mot exudates of two species of crotalarias (C retusa, C. spectabilis) and a susceptible species, the dessert banana crop (Musa spp.) with i) modification ofbiotic conditions -ie presence or absence of nematodes iMeloidogyne arenaria and Radopho/us similis), and presence or absence of mycorrhiza-ii) contrasting abiotic conditions -ie using a natural soil vs. neutral substrate, whether to add fertilizer. The innovative methodology of "milking plants" (patent INRA) was required in order to work on the root exudates of plants packed rather thanleachate, as done in previous experiments. The results obtained show that 'visible spectrophotometry changing abiotic conditions affect significantly the biochemical profiles of the studied plants. In the presence of nematode M. arenaria biochemical profiles of both crotalarias are also changed. Bioassays conducted using mot exudates conditioned in advance by biotic changes have demonstrated the effect of nématostatique crotalarias. Biochemical Ge-MS demonstrate more clearly active molecules that are involved in varions biotic and abiotic conditions. This research, generic scope, to better understand the environmental conditions that regulate biochemical profiles of mot exudates crotalarias and by extension, will apply to research on other plants service candidates. This will ultimately define the environmental conditions to meet, to guide optimal allelopathic effects from the perspective ofnatural nématorégulation

La Loire est un des principaux hydrosystèmes fluviaux français. Les îles font partie intégrante du paysage fluvial et tout particulièrement du corridor anastomosé de la Loire moyenne, d'où l'appellation de la Loire des îles. La thèse s'intéresse au fonctionnement méconnu de ce système fluvial. Les îles de la Loire sont à la fois des traceurs morphologiques du réajustement fluvial et des témoins des usages et pratiques par les sociétés du fleuve. L'approche morphologique se consacre ainsi à l'évolution du fleuve depuis le 19ème siècle à travers différentes échelles d'analyse spatiale et temporelle. Sous un Système d'Information Géographique (SIG), il a été possible de suivre l'évolution du lit fluvial depuis 1850 et d'analyser en détail les mécanismes et les rythmes de formation des îles. Les îles ne sont pas des formes entièrement stabilisées et peuvent être considérées comme des formes fluviales de réajustement aux perturbations environnementales (facteur déclenchant : arrêt de la navigation ; facteurs aggravants : absence de grande crue, incision du lit, déclin de l'agriculture, extractions de granulat). Le paysage de la Loire des îles est encore en transition et annonce la tendance à une chenalisation unique dominée par la forêt alluviale. Cette approche à échelle moyenne est complétée par une approche plus fine focalisée sur l'évolution saisonnière et inter-annuelle des îles et des bras secondaires. Des Modèles Numériques de Terrain (MNT) et des profils en travers comparatifs intégrés au SIG permettent alors de quantifier précisément les processus d'érosion et de sédimentation en fonction de l'année hydrologique. Les îles sont les sites privilégiés du piégeage sédimentaire et accentuent le déficit sédimentaire enregistré depuis le milieu du 20ème siècle. Les bras secondaires présentent de grands contrastes entre eux et permettent encore le transit sédimentaire. Cependant, la végétalisation de certains bras s'accélère et compromet leur pérennité. Les budgets sédimentaires des unités fluviales ont donc été établis à différents pas de temps. Cette thèse apporte au final des éléments indispensables à une gestion du fleuve.

Suivant des idées de B.Malgrange, on présente la construction d'un<br />nouvel invariant pour les faisceaux pervers : le déterminant microlocal. C'est une généralisation aux faisceaux pervers de la première classe caractéristique secondaire des fibrés plats.<br /><br /> Le déterminant microlocal est une classe de cohomologie sur le<br />fibré cotangent à support dans la variété caractéristique : il est<br />construit sur les déterminants des systèmes locaux obtenus par<br />microlocalisations le long des strates.<br /><br /> Pour montrer son existence, on ramène la variété<br />caractéristique en position générique par une transformation canonique en contrôlant le comportement des microlocalisés <br />par une telle transformation. On est alors ramené au cas de la dimension 2 où un calcul explicite est effectué en utilisant les descriptions combinatoires des faisceaux pervers de Ph. Maisonobe.

La protonthérapie est une technique avancée de radiothérapie qui permet de délivrer une dose élevée à la tumeur, tout en épargnant au mieux les tissus sains environnants, grâce aux propriétés balistiques des protons. Cependant, des particules secondaires, principalement des neutrons, sont créées par les interactions nucléaires que les protons initient dans les composantes de la ligne et de la salle de traitement, ainsi que dans le patient. Ces neutrons secondaires conduisent à des doses indésirables déposées aux tissus sains situés à distance du volume cible, dont la conséquence pourrait être une augmentation du risque de développement de seconds cancers chez les patients traités et en particulier chez les enfants. Cette thèse a pour objectif d'évaluer par calcul les doses dues aux neutrons secondaires reçues par des patients de différents âges traités à l'Institut Curie- centre de protonthérapie d'Orsay (ICPO) par des faisceaux de protons de 178 MeV pour des tumeurs intracrâniennes. Les traitements sont réalisés dans la nouvelle salle de l'ICPO équipée d'un bras isocentrique IBA. Les composants de la ligne et de la salle de traitement ainsi que la source de protons ont été modélisés à l'aide du code de calcul Monte Carlo MCNPX. Le modèle obtenu a été validé par une série de comparaisons de calculs à des mesures expérimentales. Ces comparaisons ont concerné : a) les distributions de doses latérales et en profondeur du faisceau de protons primaire dans un fantôme d'eau, b) la spectrométrie des neutrons en une point de la salle, c) les équivalents de doses ambiants en différents points de la salle et d) les doses à distance du volume cible au sein d'un fantôme physique anthropomorhe. Des accords satisfaisants ont été obtenus entre les calculs et les mesures, permettant ainsi de considérer le modèle comme validé.Les fantômes hybrides-voxels de différents âges, développés par l'Université de Floride ont été ensuite introduits dans le modèle et des calculs de doses dues aux neutrons secondaires aux différents organes de ces fantômes ont été réalisés. Les doses diminuent lorsque la distance de l'organe au champ de traitement augmente et lorsque l'âge du patient augmente. Un patient de 1 an peut recevoir des doses deux fois plus élevées qu'un adulte. La dose maximale, égale à 16,5 mGy pour un traitement délivrant 54 Gy à la tumeur, est reçue, pour le fantôme de 1 an, par les glandes salivaires. Une incidence latérale (gauche ou droite) du faisceau de protons peut délivrer des doses deux fois plus élevées qu'une incidence supérieure (gauche ou droite), et quatre fois plus élevées qu'une incidence antéro-supérieure pour certains organes. Des doses équivalentes aux organes dues aux neutrons ont été aussi calculées. Les facteurs de pondération wR des neutrons varient entre 4 et 10, et les doses équivalentes atteignent au maximum 155 mSv au cours d'un traitement complet.

Etude géologique et métallogénique des gisements de fer du Liban