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Identificação dos sintomas de ferrugem em áreas cultivadas com cana-de-açúcar / Identification of symptoms of rust in sugar cane plantations.

Desirée Nagliati Dias 16 February 2004 (has links)
Áreas cultivadas com cana-de-açúcar podem sofrer o ataque do fungo Puccinia melanocephala e variedades suscetíveis desenvolvem uma doença conhecida por ferrugem da cana-de-açúcar. Por afetar, geralmente, áreas imensas, os prejuízos são grandes. Atualmente, a avaliação da doença é feita por especialistas que percorrem as áreas plantadas analisando visualmente as folhas e atribuindo à região um determinado grau de infecção. Esse modelo pode ser considerado subjetivo pois, dependendo da experiência e acuidade visual do especialista, a avaliação de uma mesma área pode apresentar resultados divergentes. Diante desta situação, este trabalho apresenta uma abordagem para automatizar o processo de identificação e avaliação, criando alternativas para minimizar os prejuízos. Este trabalho apresenta um método para classificação dos níveis de infecção da ferrugem por meio da análise de imagens aéreas de canaviais, adquiridas por um aeromodelo. Dessas fotos são extraídas características baseadas nas cores, as quais são classificadas por meio de uma rede neural backpropagation. Além disso, foi implementado um método para segmentação de imagens digitais de folhas de cana-de-açúcar infectadas com o intuito de corroborar a avaliação manual feita por especialistas. Os resultados mostram que o método é eficaz na discriminação dos três níveis de infecção disponíveis, além disso, indicam que este pode ser igualmente eficiente na discriminação dos nove níveis de infecção da escala adotada. / Cultivated areas of sugar cane may be targeted by the fungus Puccinia melanocephala and susceptible varieties may develop a disease known as sugar cane rust. Because the disease affects, in general, very large areas, the losses are very considerable. Currently, the evaluation of the disease is carried out by experts who must walk through the plantations analysing the leaves visually and assigning a certain degree of infection to the area. This model is somehow subjective because, due to experts’ experience and visual acuity, the evaluation for a specific area may present divergent results. In face of this problem, this work presents an approach to automate the process of identification and evaluation of the disease, as a new means to minimise the losses. This work shows a method to classify the infection levels of sugar cane rust through the analysis of aerial images of sugar cane plantations, acquired by an aeromodel. From these pictures, some characteristics are based on colours are extracted and further classified by a Backpropagation Neural Network. Furthermore, it has been implemented a method for the segmentation of digital images of sugar cane leaves infected by rust. This is done to corroborate the manual evaluation done by experts. The results have shown that the method is capable of discriminating the three levels of infection available and they also indicate that it can also be equally efficient in the discrimination of the nine distinct infection levels of the adopted scale.
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Segmentação de vasos sangüíneos em imagens de retina usando wavelets e classificadores estatísticos / Retinal vessel segmentation using wavelets and statistical classifiers

João Vitor Baldini Soares 30 November 2006 (has links)
Esta dissertação apresenta o desenvolvimento e avaliação de um método para a segmentação de vasos sangüíneos em imagens de retina, em que se usa a transformada wavelet contínua bidimensional combinada com classificação supervisionada. A segmentação dos vasos é a etapa inicial para a análise automática das imagens, cujo objetivo é auxiliar a comunidade médica na detecção de doenças. Entre outras doenças, as imagens podem revelar sinais da retinopatia diabética, uma das principais causas de cegueira em adultos, que pode ser prevenida se detectada em um diagnóstico precoce. A abordagem apresentada consiste na geração de segmentações pela classificação supervisionada de pixels nas classes \"vaso\" e \"não vaso\". As características usadas para classificação são obtidas através da transformada wavelet contínua bidimensional usando a wavelet de Gabor. Resultados são avaliados nos bancos públicos DRIVE e STARE de imagens coloridas através da análise ROC (\"receiver operating characteristic\", ou característica de operação do receptor). O método atinge áreas sob curvas ROC de 0.9614 e 0.9671 nos bancos DRIVE e STARE, respectivamente, ligeiramente superiores àquelas apresentadas por outros métodos do estado da arte. Apesar de bons resultados ROC, a análise visual revela algumas dificuldades do método, como falsos positivos ao redor do disco óptico e de patologias. A wavelet de Gabor mostra-se eficiente na detecção dos vasos, superando outros filtros lineares. Bons resultados e uma classificação rápida são obtidos usando o classificador bayesiano em que as funções de densidade de probabilidade condicionais às classes são descritas por misturas de gaussianas. A implementação do método está disponível na forma de \"scripts\" código aberto em MATLAB para pesquisadores interessados em detalhes de implementação, avaliação ou desenvolvimento de métodos. / This dissertation presents the development and evaluation of a method for blood vessel segmentation in retinal images which combines the use of the two-dimensional continuous wavelet transform with supervised classification. Segmentation of the retinal vasculature is the first step towards automatic analysis of the images, aiming at helping the medical community in detecting diseases. Among other diseases, the images may reveal signs of diabetic retinopathy, a leading cause of adult blindness, which can be prevented if identified early enough. The presented approach produces segmentations by supervised classification of each image pixel as \"vessel\" or \"nonvessel\", with pixel features derived using the two-dimensional continuous Gabor wavelet transform. Results are evaluated on publicly available DRIVE and STARE color image databases using ROC (receiver operating characteristic) analysis. The method achieves areas under ROC curves of 0.9614 and 0.9671 on the DRIVE and STARE databases, respectively, being slightly superior than that presented by state-of-the-art approaches. Though good ROC results are presented, visual inspection shows some typical difficulties of the method, such as false positives on the borders of the optic disc and pathologies. The Gabor wavelet shows itself efficient for vessel enhancement, outperforming other linear filters. Good segmentation results and a fast classification phase are obtained using the Bayesian classifier with class-conditional probability density functions described as Gaussian mixtures. The method\'s implementation is available as open source MATLAB scripts for researchers interested in implementation details, evaluation, or development of methods.
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Métodos de segmentação musical baseados em descritores sonoros / Musical segmentation methods based on sound descriptors

Pires, André Salim 20 June 2011 (has links)
Esta dissertação apresenta um estudo comparativo de diferentes métodos computacionais de segmentação estrutural musical, onde o principal objetivo é delimitar fronteiras de seções musicais em um sinal de áudio, e rotulá-las, i.e. agrupar as seções encontradas que correspondem a uma mesma parte musical. São apresentadas novas propostas para segmentação estrutural nãosupervisionada, incluindo métodos para processamento em tempo real, alcançando resultados com taxas de erro inferiores a 12%. O método utilizado compreende um estudo dos descritores sonoros e meios de modelá-los temporalmente, uma exposição das técnicas computacionais de segmentação estrutural e novos métodos de avaliação dos resultados que penalizam tanto a incorreta detecção das fronteiras quanto o número incorreto de rótulos encontrados. O desempenho de cada técnica computacional é calculado utilizando diferentes conjuntos de descritores sonoros e os resultados são apresentados e analisados tanto quantitativa quanto qualitativamente. / A comparative study of different music structural segmentation methods is presented, where the goal is to delimit the borders of musical sections and label them, i.e. group the sections that correspond to the same musical part. Novel proposals for unsupervised segmentation are presented, including methods for real-time segmentation, achieving expressive results, with error ratio less then 12%. Our method consists of a study of sound descriptors, an exposition of the computational techniques for structural segmentation and the description of the evaluation methods utilized, which penalize both incorrect boundary detection and incorrect number of labels. The performance of each technique is calculated using different sound descriptor sets and the results are presented and analysed both from quantitative and qualitative points-of-view.
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Segmentação de placas de esclerose múltipla em imagens de ressonância magnética usando modelos de mistura de distribuições t-Student e detecção de outliers

Freire, Paulo Guilherme de Lima 15 February 2016 (has links)
Submitted by Livia Mello (liviacmello@yahoo.com.br) on 2016-09-22T11:50:45Z No. of bitstreams: 1 DissPGLF.pdf: 2510277 bytes, checksum: ac0bc495fe911118e100ddeeaea3b4d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:47:09Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPGLF.pdf: 2510277 bytes, checksum: ac0bc495fe911118e100ddeeaea3b4d9 (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-10T14:47:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissPGLF.pdf: 2510277 bytes, checksum: ac0bc495fe911118e100ddeeaea3b4d9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-10T14:47:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissPGLF.pdf: 2510277 bytes, checksum: ac0bc495fe911118e100ddeeaea3b4d9 (MD5) Previous issue date: 2016-02-15 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Multiple Sclerosis (MS) is an inflammatory demyelinating (that is, with myelin loss) disease of the Central Nervous System (CNS). It is considered an autoimmune disease in which the immune system wrongly recognizes the myelin sheath of the CNS as an external element and attacks it, resulting in inflammation and scarring (sclerosis) of multiple areas of CNS’s white matter. Multi-contrast magnetic resonance imaging (MRI) has been successfully used in diagnosing and monitoring MS due to its excellent properties such as high resolution and good differentiation between soft tissues. Nowadays, the preferred method to segment MS lesions is the manual segmentation, which is done by specialists with limited help of a computer. However, this approach is tiresome, expensive and prone to error due to inter- and intra-variability between observers caused by low contrast on lesion edges. The challenge in automatic detection and segmentation of MS lesions in MR images is related to the variability of size and location of lesions, low contrast due to partial volume effect and the high range of forms that lesions can take depending on the stage of the disease. Recently, many researchers have turned their efforts into developing techniques that aim to accurately measure volumes of brain tissues and MS lesions, and also to reduce the amount of time spent on image analysis. In this context, this project proposes the study and development of an automatic computational technique based on an outlier detection approach, Student’s t-distribution finite mixture models and probabilistic atlases to segment and measure MS lesions volumes in MR images. / Esclerose Múltipla (EM) é uma doença inflamatória e desmielinizante (isto é, com perda de mielina) do sistema nervoso central (SNC). É considerada uma doença autoimune a qual o sistema imunológico reconhece erroneamente a bainha de mielina do SNC como um elemento externo e então a ataca, resultando em inflamação e formação de cicatrizes gliais (escleroses) em múltiplas áreas da substância branca do SNC. O imageamento multi- contraste por ressonância magnética (RM) tem sido usado clinicamente com muito sucesso para o diagnóstico e monitoramento da EM devido às suas excelentes propriedades como alta resolução e boa diferenciação de tecidos moles. Atualmente, o método utilizado para a segmentação de lesões de EM é o delineamento manual em imagens 3D de RM, o qual é realizado por especialistas com ajuda limitada do computador. Entretanto, tal procedimento é custoso e propenso à variabilidade inter e intraobservadores devido ao baixo contraste das bordas das lesões. A grande dificuldade na detecção e segmentação automáticas das le- sões de EM em imagens de RM está associada às suas variações no tamanho e localização, baixo contraste decorrente do efeito de volume parcial e o amplo espectro de aparências (realçadas, não-realçadas, black-holes) que elas podem ter, dependendo do estado evolutivo da doença. Atualmente, vários pesquisadores têm voltado seus esforços para o desenvol- vimento de técnicas que visam diminuir o tempo gasto na análise das imagens e medir, de maneira mais precisa, o volume dos tecidos cerebrais e das lesões de EM. Nesse contexto, este projeto propõe o estudo e o desenvolvimento de uma técnica computacional automá- tica, baseada na abordagem de detecção de outliers e usando modelos de misturas finitas de distribuições t-Student e atlas probabilísticos para a segmentação e medição do volume de lesões de EM em imagens de RM. / FAPESP: 2014/00019-6
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Uma abordagem fonológica da segmentação na escrita de alunos do ensino fundamental II

Brandão, Maria Hellen 20 July 2015 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / In this work, we present a study about unconventional segmentations such as hyposegmentation, hypersegmentation and hybrid segmentation in texts written by 7th year students from the Elementary School II. Structures like \'denovo\', \'subi solo\' and \'derre pente\' replacing \"de novo\", \"subsolo\" and \"de repente\", respectively, characterize these phenomena. From data extrated of a corpus constituted by 640 texts, written in the classroom, we made a description and a general analysis of the structures segmented in a non conventional way, in order to understand why students of this level of education are still segmenting words unconventionally. We aim, with the understanding of these phenomena, to make available to teachers from elementary school information on the functioning of the language, specifically, about phonological processes which may promote non conventional segmentations, along with a didactic proposal that deals with these phenomena. Among the theoretical discussions that subsidized us, are the proposal made by Bisol (1999) for the syllable treatment in brazilian portuguese; the Hayes\' (1995) proposal on the stress use and the Bisol\'s approach (1999,2005), grounded on Nespor and Vogel (1986), on the prosodic hierarchy. We also used studies done by Cunha (2004), Tenani (2011) and Silva (2014) on non conventional segmentations. The results of this work revealed a significant number of hyposegmentation cases: 67.2 percent of total data, contrasting with 32.3 percent of hypersegmentation cases and 0.5 percent of hybrid segmentation, which represent only two cases. Based on the descriptions and analysis made, it was evident that most hyposegmented and hypersegmented structures involves a grammatical word a clitic. From this result, we infer that the difficulty of the investigated population on segmenting is related to the use of clitic elements. Because of this, we purposed the activities that compose the didactic proposal, seeking to emphasize the appropriate segmantation of this kind of word, through the use of blank space and hyphen. About the second graphic sign referred, we aimed to instruct its use only to separate sequences formed by verb + pronoun in enclitic position / Neste trabalho, apresentamos um estudo sobre segmentações não-convencionais do tipo hipossegmentação, hipersegmentação e segmentação híbrida na escrita de alunos de 7o ano do Ensino Fundamental II. Estruturas como denovo, grafada para \"de novo\"; subi solo, grafada para \"subsolo\"; e derre pente, grafada para \"de repente\" caracterizam, respectivamente, esses fenômenos. A partir de dados retirados de um corpus constituído por 640 textos, escritos em contexto de sala de aula, fizemos uma descrição e análise geral das estruturas segmentadas de forma não-convencional, buscando entender o porquê de alunos desse nível de escolarização ainda segmentarem palavras de forma não convencional. Objetivamos, com o entendimento desses fenômenos, disponibilizar a professores (as), de Ensino Fundamental, informações sobre o funcionamento da língua, especificamente, acerca de processos fonológicos dos quais podem decorrer as segmentações não-convencionais, juntamente com uma proposta didática que lide com esses fenômenos. Dentre as discussões teóricas que nos subsidiaram, encontram-se a proposta feita por Bisol (1999) para tratar a sílaba no português brasileiro; a de Hayes (1995) sobre o acento e a abordagem de Bisol (1999,2005), fundamentada em Nespor e Vogel (1986), sobre a hierarquia prosódica. Valemonos ainda de estudos feitos por Cunha (2004), Tenani (2011) e Silva (2014) sobre segmentações não-convencionais. Os resultados obtidos, neste estudo, revelaram um número significativo de estruturas hipossegmentadas, 67,2% do total dos dados, contra 32,3% de casos de hipersegmentação e 0,5% apenas duas estruturas de segmentação híbrida. Com base nas descrições e análises feitas, ficou evidenciado que a maior parte das estruturas tanto hipossegmentadas quanto hipersegmentadas envolve uma palavra gramatical um clítico. Desse resultado, inferimos que a dificuldade de segmentação, na população investigada, diz respeito ao uso dos elementos clíticos. Em virtude disso, propusemos as atividades que compõem a proposta didática, buscando destacar a segmentação adequada desse tipo de palavra, por meio do uso do espaço em branco e do hífen. Em relação ao segundo recurso gráfico referido, objetivou-se trabalhá-lo somente na separação de sequências constituídas de verbo + pronome em posição enclítica. / Mestre em Letras
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Análise de segmentação aplicada à aquisição de clientes no setor de crédito pessoal

Guidi, Carlos Eduardo Guglielme 06 1900 (has links)
Submitted by Carlos Eduardo Guidi (caduguidi@gmail.com) on 2018-06-11T20:21:42Z No. of bitstreams: 1 TA_CarlosEGGuidi_Junho18_vFinal.pdf: 1059734 bytes, checksum: 469d5ecca9b8556a88fcad98d932cc72 (MD5) / Approved for entry into archive by Simone de Andrade Lopes Pires (simone.lopes@fgv.br) on 2018-06-11T23:14:47Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TA_CarlosEGGuidi_Junho18_vFinal.pdf: 1059734 bytes, checksum: 469d5ecca9b8556a88fcad98d932cc72 (MD5) / Approved for entry into archive by Isabele Garcia (isabele.garcia@fgv.br) on 2018-06-12T19:27:54Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TA_CarlosEGGuidi_Junho18_vFinal.pdf: 1059734 bytes, checksum: 469d5ecca9b8556a88fcad98d932cc72 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-12T19:27:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TA_CarlosEGGuidi_Junho18_vFinal.pdf: 1059734 bytes, checksum: 469d5ecca9b8556a88fcad98d932cc72 (MD5) Previous issue date: 2018-06 / O mercado de crédito brasileiro vem atraindo, nos últimos anos, diversos novos entrantes, amplificando a concorrência e impulsionando a busca por fatores que proporcionem mais competitividade. A empresa que almeja ter sucesso nesse mercado deve possuir as competências necessárias para identificar tendências, superar os concorrentes e aproveitar as oportunidades decorrentes das transformações do setor. Dentro da área de marketing, a fragmentação da mídia e as possibilidades de micro segmentação, representam ao mesmo tempo uma ameaça e uma oportunidade para ganho de competitividade por parte das empresas. Neste estudo, focamos especificamente no processo de segmentação de clientes, como forma de aumentar a eficiência da empresa na aquisição e conversão de clientes de crédito pessoal. No desenrolar deste estudo, um ciclo completo de clusterização foi aplicado a partir de uma base de proponentes a crédito pessoal, classificando os grupos obtidos de acordo com as taxas de aprovação e conversão em contrato. Os segmentos resultantes foram analisados em relação às taxas de aprovação e conversão efetiva em contratos; esta análise irá para indicar quais deverão ser os segmentos alvo da empresa para expandir e melhorar a qualidade de sua base de clientes. A partir destes resultados, a empresa pode direcionar seus esforços de marketing e aperfeiçoar as campanhas e promoções de forma a obter melhor desempenho em seu processo de identificar, encontrar e adquirir clientes – além de priorizar o atendimento e suporte aos clientes classificados como bons. / In the last years, the credit market in Brazil received several new players, becoming an increasingly competitive sector. The company that aims to reach success in this market, should have the capabilities to overpass competitions and take advantage of the opportunities in the sector. Inside the marketing area, the media fragmentation and micro segmentations possibilities are, at the same time, a threat and an opportunity to gain market. In this research, we focused specifically in the client segmentation capability, as a way to gain efficiency in acquiring and converting personal loan clients. In the purposed model, we did a cluster analysis of a personal loans applicants data base, classifying clients according to their approval and conversions rates. The selected segments, which will have above the average conversions rates, will be the target for the company expand clients and gain quality for the data base. Focusing in these segments, the company will be able to find and acquire new clients – using media segmentation - and use for client prioritization in the sales funnel and customer care.
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Métodos de segmentação musical baseados em descritores sonoros / Musical segmentation methods based on sound descriptors

André Salim Pires 20 June 2011 (has links)
Esta dissertação apresenta um estudo comparativo de diferentes métodos computacionais de segmentação estrutural musical, onde o principal objetivo é delimitar fronteiras de seções musicais em um sinal de áudio, e rotulá-las, i.e. agrupar as seções encontradas que correspondem a uma mesma parte musical. São apresentadas novas propostas para segmentação estrutural nãosupervisionada, incluindo métodos para processamento em tempo real, alcançando resultados com taxas de erro inferiores a 12%. O método utilizado compreende um estudo dos descritores sonoros e meios de modelá-los temporalmente, uma exposição das técnicas computacionais de segmentação estrutural e novos métodos de avaliação dos resultados que penalizam tanto a incorreta detecção das fronteiras quanto o número incorreto de rótulos encontrados. O desempenho de cada técnica computacional é calculado utilizando diferentes conjuntos de descritores sonoros e os resultados são apresentados e analisados tanto quantitativa quanto qualitativamente. / A comparative study of different music structural segmentation methods is presented, where the goal is to delimit the borders of musical sections and label them, i.e. group the sections that correspond to the same musical part. Novel proposals for unsupervised segmentation are presented, including methods for real-time segmentation, achieving expressive results, with error ratio less then 12%. Our method consists of a study of sound descriptors, an exposition of the computational techniques for structural segmentation and the description of the evaluation methods utilized, which penalize both incorrect boundary detection and incorrect number of labels. The performance of each technique is calculated using different sound descriptor sets and the results are presented and analysed both from quantitative and qualitative points-of-view.
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Interação entre o fator de transcrição CG9571 e módulos reguladores do gene pair-rule even-skipped da cascata de segmentação de Drosophila / Interaction between the transcription factor CG9571 and cis-regulatory modules of the pair-rule gene even-skipped of Drosophila segmentation cascade

Gueller, Geison Castro da Silveira 22 May 2019 (has links)
O desenvolvimento do padrão de segmentação de Drosophila é estabelecido por uma cascata de genes de segmentação zigóticos. Estes genes são divididos em três classes (gap, pair-rule e segment-polarity) e codificam para fatores de transcrição (FT) que se ligam a módulos cis-reguladores (CRMs), reprimindo ou ativando genes alvo. A faixa 2 do gene pair-rule even-skipped (eve 2) é ativada pelos fatores maternos Bicoid e Hunchback e reprimida pelas proteínas gap Giant (Gt) e Krüppel. Estudos posteriores mostraram que o FT Sloppy-paired 1 (Slp 1) e provavelmente um outro FT forkhead também atuam na repressão de eve 2. O gene anotado CG9571 foi isolado em uma varredura como proteína forkhead candidata a repressão de eve 2. Estudos genéticos confirmaram essa possibilidade e revelaram que eve 1 também pode ser alvo deste FT. Este trabalho teve como objetivo verificar a interação de CG9571 com os CRMs eve 1 e eve 2. Para tanto, planejamos obter o domínio de ligação da proteína (CG9571 BD) e da proteína completa (CG9571 FL) e testar suas interações in vitro com fragmentos dos CRMs por meio da técnica de retardo da mobilidade eletroforética (EMSA). Obtivemos a quantidade necessária de DNA para os experimentos através de PCR e preparações plasmidiais de versões clonadas destes CRMs que já dispúnhamos em laboratório. Realizamos tentativas de obtenção de CG9571 BD por transcrição e tradução in vitro, mas esta estratégia não foi bem-sucedida e adotamos a estratégia de clonagem em vetor para expressão em células competentes bacterianas. O fragmento de CG9571 BD foi clonado com sucesso, mas não conseguimos verificar a expressão do polipeptídeo em duas linhagens de E. coli. Alteramos novamente nossa estratégia e clonamos o fragmento correspondente a CG9571 FL em vetor de expressão e conseguimos induzir sua expressão em bactéria, embora não tenha sido obter a proteína recombinante em forma solúvel. Prosseguimos para tentativas de recuperação da proteína a partir de corpos de inclusão. Foram empregados diferentes métodos para solubilização, renovelamento e purificação da proteína. Extratos da fração insolúvel solubilizada em diferentes concentrações de ureia foram submetidos a tentativas de purificação e renaturação por cromatografia de afinidade, mas não houve adsorção significativa de CG9571 FL em colunas com Ni2+ imobilizado. Preparações não puras contendo CG9571 FL foram obtidas através de procedimentos de renaturação destes extratos e foram utilizadas em ensaios de interação com os CRMs. Não houve detecção de retardo da mobilidade eletroforética dos fragmentos em gel. Foram observados efeitos de redução da quantidade de DNA detectado com brometo de etídio nas interações, mas este efeito foi considerado produto da ação de possíveis nucleases contaminantes nas preparações após investigação. Preparações de CG9571 FL puras foram obtidas por purificações a partir de SDS-PAGE, mas a maioria das interações da proteína solúvel com eve 1 e eve 2 não indicou formação de complexo. Obtivemos um único resultado positivo para a interação entre CG9571 FL e eve 2. Por não ter sido reproduzido, consideramos o resultado inconclusivo e novos experimentos serão conduzidos para dar continuidade à investigação da hipótese do trabalho / The development of Drosophila segmentation pattern is established by a cascade of zygotic segmentation genes. The zygotic genes are grouped in three classes (gap, pair-rule and segment-polarity) and code for transcription factors (TF) that bind to cis-regulatory modules (CRMs) with activation or repression roles. The stripe 2 of the pair-rule gene even-skipped (eve 2) is activated by the maternal factors Bicoid and Hunchback and repressed by the gap proteins Giant and Krüppel. Later studies showed that Sloppy-paired 1 (Slp 1) and probably another forkhead transcription factor also act for eve 2 repression. The annotated gene CG9571 was isolated in a search for putative forkhead protein repressors of eve 2. Genetic studies confirmed this possibility and reveled that eve 1 could also be a target for this TF. The aim of this work was to verify the interaction of CG9571 with the CRMs eve 1 and eve 2. To reach this aim, we planned to obtain the binding domain of the protein (CG9571 BD) or of the full-length protein (CG9571 FL) and to test their in vitro interactions with the eve 1 and eve 2 fragments by the electrophoretic mobility shift assay (EMSA). We obtained the necessary amount of DNA for the tests by PCR and plasmidial preparations of cloned versions of these CRMs that we already had in our laboratory. We made attempts to obtain CG9571 BD by in vitro transcription and translation system, but this strategy did not work and we adopted the cloning strategy to obtain the protein expressed by bacterial competent cells. CG9571 BD was cloned successfully, but we were not able to detect the polypeptide expression in two E. coli strains. We then turned to the CG9571 FL protein that we cloned and succeed to express it in bacteria, although we were not able to obtain the soluble recombinant form. We proceed for attempts of protein recovering from inclusion bodies. Different methods for solubilization, refolding and purification of the proteins were used. Extracts of the insoluble fraction solubilized in solutions with different urea concentrations were used in attempts of refolding and purification by affinity chromatography, but there was not significant CG9571 FL adsorption on columns with Ni2+ immobilized. We obtained impure preparations with CG9571 FL through procedures of refolding of these extracts and employed them on binding assays with the CRMs, but there was no gel shift detection. We observed reduction of the amount of DNA present in the binding reaction samples detected by ethidium bromide, but after further investigations this effect was considered the product of contaminant nuclease reaction from bacteria. Pure preparations of CG9571 FL were obtained by purification from SDS-PAGE, but there was no indication of complex formation on the most binding reaction assays with eve 1 and eve 2. We obtained only one positive result for the interaction between CG9571 FL and eve 2. However, the result was considered inconclusive because we were not able to reproduce it and new experiments will be conducted to investigate the hypothesis of this work
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Processamento e análise de imagens histológicas de pólipos para o auxílio ao diagnóstico de câncer colorretal / Processing and analysis of histological images of polyps to aid in the diagnosis of colorectal cancer

Lopes, Antonio Alex 22 March 2019 (has links)
Segundo o Instituto Nacional do Câncer (INCA), o câncer de colorretal é o terceiro tipo de câncer mais comum entre os homens e o segundo entre as mulheres. Atualmente a avaliação visual feita por um patologista é o principal método utilizado para o diagnóstico de doenças a partir de imagens microscópicas obtidas por meio de amostras em exames convencionais de biópsia. A utilização de técnicas de processamento computacional de imagens possibilita a identificação de elementos e a extração de características, o que contribui com o estudo da organização estrutural dos tecidos e de suas variações patológicas, levando a um aumento da precisão no processo de tomada de decisão. Os conceitos e técnicas envolvendo redes complexas são recursos valiosos para o desenvolvimento de métodos de análise estrutural de componentes em imagens médicas. Dentro dessa perspectiva, o objetivo geral deste trabalho foi o desenvolvimento de um método capaz de realizar o processamento e a análise de imagens obtidas em exames de biópsias de tecidos de pólipo de cólon para classificar o grau de atipia da amostra, que pode variar em: sem atipia, baixo grau, alto grau e câncer. Foram utilizadas técnicas de processamento, incluindo um conjunto de operadores morfológicos, para realizar a segmentação e a identificação de estruturas glandulares. A seguir, procedeu-se à análise estrutural baseada na identificação das glândulas, usando técnicas de redes complexas. As redes foram criadas transformado os núcleos das células que compõem as glândulas em vértices, realizando a ligação dos mesmos com 1 até 20 arestas e a extração de medidas de rede para a criação de um vetor de características. A fim de avaliar comparativamente o método proposto, foram utilizados extratores clássicos de características de imagens, a saber, Descritores de Haralick, Momentos de Hu, Transformada de Hough, e SampEn2D. Após a avaliação do método proposto em diferentes cenários de análise, o valor de acurácia geral obtida pelo mesmo foi de 82.0%, superando os métodos clássicos. Conclui-se que o método proposto para classificação de imagens histológicas de pólipos utilizando análise estrutural baseada em redes complexas mostra-se promissor no sentido de aumentar a acurácia do diagnóstico de câncer colorretal / According to the National Cancer Institute (INCA), colorectal cancer is the third most common cancer among men and the second most common cancer among women. Currently the main method used for the diagnosis of diseases from microscopic images obtained through samples in conventional biopsy tests are the visual evaluation made by a pathologist. The use of computational image processing techniques allows the identification of elements and the extraction of characteristics, which contributes to the study of the structural organization of tissues and their pathological variations, leading to an increase of precision in the decision making process. Concepts and techniques involving complex networks are valuable resources for the development of structural analysis methods of components in medical images. In this perspective, the general objective of this work was the development of a method capable of performing the image processing and analysis obtained in biopsies of colon polyp tissue to classify the degree of atypia of the sample, which may vary in: without atypia, low grade, high grade and cancer. Processing techniques including a set of morphological operators, were used to perform the segmentation and identification of glandular structures. Next, structural analysis was performed based on glands identification, using complex network techniques.The networks were created transforming the core of the cells that make up the glands in vertices, making the connection of the same with 1 to 20 edges and the extraction of network measurements to create a vector of characteristics. In order to comparatively evaluate the proposed method, classical image characteristic extractors were used, namely, Haralicks Descriptors, Hus Moments, Hough Transform, and SampEn2D. After the evaluation of the proposed method in different analysis scenarios, the overall accuracy value obtained by it was 82.0%, surpassing the classical methods. It is concluded that the proposed method for the classification of histological images of polyps using structural analysis based on complex networks is promising in order to increase the accuracy of the diagnosis of colorectal cancer
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Segmentação estratégica de mercado empresarial: uma proposição de estrutura de procedimentos com base nos benefícios procurados / Strategic segmentation of business market: a procedure structure proposition based on sought benefits

Moraes, Claudio Alberto de 11 February 2010 (has links)
A proposição apresentada de uma estrutura de procedimentos para a segmentação de mercados empresariais, após extensa pesquisa bibliográfica, resultou em quatro grandes etapas e quatorze passos. Acredita-se que seja lógica, útil e de aplicação abrangente em vários setores industriais e de consumo. A base fundamental de segmentação estudada foi aquela que diz respeito aos benefícios procurados pelos consumidores durante o processo de decisão de compra e o setor escolhido foi a indústria do alumínio. Essa indústria apresenta algumas importantes particularidades que tornam o estudo ainda mais desafiador: é um oligopólio, o produto é classificado como uma commodity (padronizado) na sua essência e o seu preço base é definido pela LME aproximando-se do que seria uma estrutura de mercado de concorrência perfeita (as empresas são tomadoras de preço). Dessa forma, a segmentação estratégica de mercado passa a ser a grande possibilidade para deslocar essa estrutura no sentido da concorrência imperfeita, em que as empresas passam a deter algum poder sobre os preços praticados. A pesquisa exploratória identificou que o setor de alumínio desenvolve uma segmentação ainda incipiente que simplesmente fornece informações pós-facto para comparações no setor com pouca ou nenhuma contribuição efetiva para a conquista de vantagem competitiva ou um melhor atendimento aos clientes e diferenciação das ofertas. Com base nos dados gerados a partir de uma pesquisa empírica, foram identificados sete benefícios procurados utilizando-se a técnica da análise fatorial: efetividade da entrega, capacitação técnica e de vendas, lealdade e relacionamento com o fornecedor, imagem do fornecedor, vendas diretas a preços competitivos, eficiência do produto e logística do produto e da sucata. Foram, também, identificados três segmentos ou conglomerados associados a esses benefícios. A segmentação de segunda ordem com base em variáveis de relacionamento e demográficas, não se mostrou adequada para caracterização dos segmentos, como preconizado por alguns autores. / This current thesis presents a proposition of a step-by-step structure to the segmentation of business to business markets. This has been developed from extensive bibliographic research and encompasses four majour groups containing a total of fourteen steps. Its characteristics make it a logic and useful structure that can be applied in a variety of industries and end-user consumer markets. The fundamental aspect of segmentation studied that led to the development of such structure was that related to the sought benefits by the consumers during the purchasing decision-making process and the studied industry was that of the aluminum. This industry presents some important specificities that posed new challenges to the present study: it is characterized as an oligopoly and its product is characterized as a commodity in its essence with its price being set by the LME, being very close to a market structure of perfect competition (the organizations are price takers). In this sense, the strategic market segmentation becomes the main alternative to shift this structure to an imperfect competition in which organizations can bear some kind of power over the prices of their products. The exploratory research carried out in this study has identified that the aluminum industry practices some incipient kind on market segmentation that simply provides pós-facto information for comparisons within the industry with very little, if none, contribution to the obtaining of competitive advantage or a better service to clients and differentiation of the product offer. Based on the data gathered through an empiric research, seven sought benefits were identified through factorial analysis: delivery effectiveness, technical and sales qualification, loyalty and relationship with the suppliers, image of the supplier, direct sales by competitive prices, product efficiency and logistics of the product and scrap. Three segments or conglomerates were also identified as being associated to these benefits. Finally, the second order segmentation based on relationship and demographic variables did not present itself as adequate for the characterization of market segments within this industry, as proposed by some authors.

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