p. 1-194 / Submitted by Santiago Fabio (fabio.ssantiago@hotmail.com) on 2013-05-09T17:25:42Z No. of bitstreams: 1 33333333.pdf: 1853653 bytes, checksum: 797104b959cbf0c6887b596734186b54 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Creuza Silva(mariakreuza@yahoo.com.br) on 2013-05-13T13:42:32Z (GMT) No. of bitstreams: 1 33333333.pdf: 1853653 bytes, checksum: 797104b959cbf0c6887b596734186b54 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-05-13T13:42:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 33333333.pdf: 1853653 bytes, checksum: 797104b959cbf0c6887b596734186b54 (MD5) Previous issue date: 2009 / Apresentação: Esta tese foi realizada com dados de uma das fases de um estudo de coorte prospectiva, sob coordenação da Profa. Vilma Sousa Santana, minha orientadora e responsável pelo Programa Integrado de Saúde Ambiental e do Trabalhador do Instituto de Saúde Coletiva, Universidade Federal da Bahia (Anexo 1). Com a oportunidade de coletar dados, a partir da elaboração e aplicação de um Questionário de Saúde Auditiva (Anexo 2), vários desafios se apresentaram. O objetivo principal do Projeto da Tese (Anexo 3) era a investigação de hipótese similar à estudada durante o mestrado, quando também fui orientada por Profa. Vilma Santana, com vantagens metodológicas que permitiriam uma análise mais apropriada e complexa, superando algumas limitações verificadas no primeiro estudo (Anexo 5). O Artigo 1, metodológico, responde à necessidade de uma alternativa à audiometria, para a identificação de casos de perda auditiva, visto que o exame padrão-ouro não era operacionalmente viável. O Artigo 2 nos familiariza com as relações entre trabalho e saúde auditiva na população de trabalhadores adultos de Salvador, e a distribuição dos padrões de exposição e perda auditiva de acordo com as características sociodemográficas. Os resultados deste estudo foram essenciais na delimitação da população de estudo do Artigo 3, que analisou a hipótese de interação entre exposição ao ruído e consumo de cigarros para a perda auditiva entre mulheres. / Salvador

LEMOS, Fabrício Dias Alves. Uma abordagem para inserção de sensibilidade ao contexo em técnicas de recomendação baseadas em conhecimento. 2012. 102 f. : Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências, Departamento de Computação, Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, Fortaleza-CE, 2012. / Submitted by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-22T17:58:58Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) / Approved for entry into archive by guaracy araujo (guaraa3355@gmail.com) on 2016-06-22T18:00:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-22T18:00:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) Previous issue date: 2012 / O principal desafio de um Sistema de Recomendação é conseguir identificar e recomendar itens que tenham maior chance de corresponder aos interesses de seus usuários que, em geral, possuem uma natureza bastante subjetiva e heterogênea. É importante, então, que os Sistemas de Recomendação possam recomendar itens personalizados a partir da identificação do perfil de cada usuário. Entretanto, muitas vezes, o perfil do usuário não é suficiente para que o sistema consiga identificar completamente seus interesses. A utilização do sistema em um contexto diferente do habitual pode acarretar em um resultado insatisfatório para a recomendação, sendo necessária sua adaptação ao novo contexto. Este trabalho propõe uma abordagem para inserção de sensibilidade ao contexto em Sistemas de Recomendação, a qual utiliza, além do contexto do usuário, o próprio contexto dos itens recomendados. Para tal, técnicas de recomendação baseadas em conhecimento são adaptadas para incluir regras de domínio com caráter contextual. A abordagem proposta é utilizada na concepção de um sistema de recomendação de fotos sensível ao contexto que explora o contexto do usuário e o contexto de geração das fotos para a realização da recomendação. Através do sistema desenvolvido, a abordagem é validada a partir de experimentos com usuários, nos quais são avaliados a qualidade da recomendação e os ganhos obtidos com a utilização das informações contextuais.

FONTELES, André Sales. Um framework para aquisição adaptativa e fracamente acoplada de informação contextual para dispositivos móveis. 2013. 96 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-08T18:31:04Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_asfonteles.pdf: 3450400 bytes, checksum: 30d4ac8e77c80d859fc10cf484e2ba15 (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-07-13T12:41:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_asfonteles.pdf: 3450400 bytes, checksum: 30d4ac8e77c80d859fc10cf484e2ba15 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-13T12:41:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_asfonteles.pdf: 3450400 bytes, checksum: 30d4ac8e77c80d859fc10cf484e2ba15 (MD5) Previous issue date: 2013 / Mobile devices, such as smartphones and tablets, with a number of sensors have become commonplace in our daily lives. This scenario promotes applications from these platforms to increasingly access contextual information of the environment, the user and the system, which adapt accordingly or offer relevant services. This behavior is known as context-awareness. Several infrastructures have been created to help in the development of context-aware applications. These infrastructures facilitate the acquisition and management of contextual information. However, many of them are not appropriated to the heterogeneous and particular environment of mobile devices. This work presents an infrastructure for context acquisition called CAM (Context Acquisition Manager). CAM is a framework designed for use in sensor rich mobile devices. Among its main features are the loosely coupling with the applications that use it and the possibility of adapting in deployment time or execution time. The deployment adaptation allows a developer to customize what features will be included in the installation of the framework. The adaptation in execution time allow the framework to enable or disable its features according to applications requirements. To evaluate this work we developed a context-sensitive application as a proof of concept that uses the framework CAM. Through the development of this application, it was possible to notice a clear separation between the context acquisition code, wrapped by the framework, and the application code. A prototype of another application in which tests were performed on the dynamic adaptation mechanism of the framework was also developed. In this experiment, the impact of the adaptation on the resources of the device was investigated, which showed an increased economy in memory and CPU. / Dispositivos móveis, tais como smartphones e tablets, dotados de uma série de sensores se tornaram comuns no nosso dia a dia. Esse cenário propiciou que aplicações dessas plataformas acessassem cada vez mais informações contextuais do ambiente, do sistema e do usuário para se adaptar de acordo ou oferecer serviços relevantes. Aplicações dotadas desse comportamento são conhecidas como sensíveis ao contexto. Várias infraestruturas já foram criadas para auxiliar no desenvolvimento de aplicações desse tipo. Essas infraestruturas facilitam a aquisição e o gerenciamento de informações contextuais. Todavia, muitas delas não são apropriadas para o ambiente de execução heterogêneo e peculiar dos dispositivos móveis. Esse trabalho de dissertação de mestrado apresenta uma infraestrutura para aquisição de contexto chamada CAM (Context Acquisition Manager). CAM é um framework projetado para utilização em dispositivos móveis dotados de sensores embarcados. Entre suas principais ca-racterísticas estão o fraco acoplamento entre ele e as aplicações que o utilizam e a possibilidade de adaptação no momento de implantação ou de execução. A adaptação na implantação permite ao desenvolvedor personalizar quais características serão incluídas na instalação do framework. Já a adaptação em tempo de execução permite desabilitar ou habilitar partes do framework conforme a demanda. Para avaliação desse trabalho foi desenvolvida uma aplicação sensível ao contexto como prova de conceito que utiliza o framework CAM. Através do desenvolvimento dela, foi possível perceber a clara separação entre o código de aquisição de contexto, encapsulado no framework, do código de uma aplicação que o utiliza. Também foi desenvolvido um protótipo de uma outra aplicação, no qual foram realizados testes do mecanismo de adaptação dinâmica do framework. No experimento foi analisado o impacto da adaptação na utilização do processador e da memória primária do dispositivo, que mostrou um aumento na economia de ambos.

QUEIROZ FILHO, Carlos Alberto Batista de. Um mecanismo de tratamento de excessões sensível ao contexo para sistemas ubíquos orientados a tarefas. 2012. 96 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2012. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-11T11:44:28Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_cabqueirozfilho.pdf: 1970524 bytes, checksum: 4c0037e9a7ae7b752cee99522d45b0b2 (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-07-14T15:27:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_cabqueirozfilho.pdf: 1970524 bytes, checksum: 4c0037e9a7ae7b752cee99522d45b0b2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-14T15:27:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_cabqueirozfilho.pdf: 1970524 bytes, checksum: 4c0037e9a7ae7b752cee99522d45b0b2 (MD5) Previous issue date: 2012 / The main purpose of ubiquitous computing is to provide information and features needed to help people in their daily tasks, proactively and transparently, at any time and anywhere. The development of ubiquitous systems involves a set of challenging requirements, including: context awareness, which allows systems to adapt their behavior to respond appropriately in the face of environmental changes, and dependability, which is related to the ability of systems provide a service which offer strong indications that are reliable. Regarding the attributes of dependability, neglecting them can bring grievances from small to severe risks to the physical integrity of the users. Exception handling is a major fault tolerance techniques used in software development to achieve greater levels of dependability. This technique, even though it is widely used in traditional software development, it is still not widely used in the development of ubiquitous systems. This is due to challenging requirements and characteristics of this type of system, among which we highlight the sensitivity to the context and distribution, which can make the necessary possibilities of handling exceptions in a system as a whole is greater than the sum of possibilities for exception handling of the parts that compose it. Therefore, this dissertation aims to propose a mechanism for exception handling context-sensitive ubiquitous systems for task-oriented. The proposed mechanism is available through a framework called foreheads, which allows the reuse mechanism. By using this framework, system functionality can be implemented on an abstraction task, which responds appropriately to changes in context, detecting and treating exceptional situations. To validate the proposed mechanism was implemented a prototype system of parking control ubiquitous as a proof of concept, which focuses on demonstration of how the tasks are implemented that make up this system and how they are defined exceptions contextual and their handlers. / O principal propósito da Computação Ubíqua é o fornecimento de informações e funcionalidades necessárias para ajudar as pessoas em suas tarefas cotidianas, de maneira proativa e transparente, a qualquer instante e em qualquer lugar. O desenvolvimento de sistemas ubíquos envolve um conjunto de requisitos desafiadores, dentre eles: sensibilidade ao contexto, que permite que os sistemas adaptem o seu comportamento para responder de forma apropriada diante de mudanças do ambiente; e dependabilidade, que está relacionado à capacidade dos sistemas de prestarem um serviço os quais ofereçam fortes indícios de que são confiáveis. Em relação aos atributos de dependabilidade, negligenciá-los pode trazer desde pequenas insatisfações até graves riscos à integridade física dos usuários. O tratamento de exceções é uma das principais técnicas de tolerância a faltas empregadas no desenvolvimento de software para atingir maiores níveis de dependabilidade. Essa técnica, apesar de já ser amplamente utilizada no desenvolvimento de software tradicional, ainda é pouco empregada no desenvolvimento de sistemas ubíquos. Isso ocorre em virtude das características e requisitos desafiadores desse tipo de sistema, dentre os quais se destacam a sensibilidade ao contexto e a distribuição, a qual pode fazer com que as possibilidades necessárias de tratamento de exceções de um sistema como um todo seja maior do que a soma das possibilidades de tratamento de exceções das partes que o compõe. Portanto, essa dissertação tem como objetivo propor um mecanismo de tratamento de exceções sensível ao contexto para sistemas ubíquos orientados a tarefas. O mecanismo proposto é disponibilizado através de um framework, denominado FRonTES, que permite a reutilização do mecanismo. Através da utilização desse framework, funcionalidades do sistema podem ser implementadas sob uma abstração de tarefa, que responde de maneira adequada a mudanças de contexto, detectando e tratando situações excepcionais. Para a validação do mecanismo proposto foi implementado um protótipo de sistema de controle de estacionamento ubíquo como uma prova de conceito, que foca na demonstração de como são implementadas as tarefas que compõem esse sistema e como são definidas as exceções contextuais e seus tratadores.

LIMA, Rafael de. CatchML: uma linguagem de domínio específico para modelagem do tratamento de exceção sensível ao contexto. 2013. 111 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2013. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-07-12T15:18:44Z No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlima.pdf: 1916774 bytes, checksum: 8d3c896a97a4692523fcd35305e73f1e (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-07-20T13:54:36Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlima.pdf: 1916774 bytes, checksum: 8d3c896a97a4692523fcd35305e73f1e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-20T13:54:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_dis_rlima.pdf: 1916774 bytes, checksum: 8d3c896a97a4692523fcd35305e73f1e (MD5) Previous issue date: 2013 / In ubiquitous systems, due to the complexity added by the use of contextual information, the application of context aware exception handling (CAEH) techniques has many challenges and in the literature several approaches have been found to define concepts and abstractions useful for modeling CAEH. However, only one of these approaches proposes a method for specification and verification of models in the field of ubiquitous systems, which provides a tool for specifying the CAEH model using a Java API, and also generates an error report to a text file. The disadvantage of this approach is that the designer should strive to understand programming details that are irrelevant to the analysis process of the exceptional behavior of the system. Then, this work aims to propose a domain specific language for modeling CAEH, which provides abstractions and constructors that allow to express relevant concepts and make the task of designing CAEH models simpler and more intuitive. In addition, the language is integrated with the tool mentioned before that allows automatic model verification. The errors generated by the verifier are now shown directly in the source code making their identification and correction easier for the designer. In order to evaluate the language, a case study is conducted to provide evidence of its viability as an alternative to modeling CAEH. / Em sistemas ubíquos, devido à complexidade inserida pela utilização de informações contextuais, a aplicação de técnicas de tratamento de exceção sensível ao contexto (TESC) tem sido objeto de estudo para muitos pesquisadores. Na literatura são encontradas diversas abordagens que definem conceitos e abstrações úteis para modelagem de TESC. Entretanto, apenas uma dessas abordagens propõe um método para especificação e verificação de modelos no domínio de sistemas ubíquos o qual fornece uma ferramenta para especificação do modelo de TESC através de uma API Java, e gera ainda um relatório de erros em um arquivo texto. A desvantagem dessa abordagem é que o projetista deve se esforçar para entender detalhes de programação irrelevantes ao processo de análise do comportamento excepcional do sistema. Esta dissertação tem portanto como objetivo propor uma linguagem de domínio específico para modelagem de TESC, com o intuito de oferecer abstrações e construtores que permitem expressar conceitos pertinentes e tornar a tarefa de projetar modelos de TESC mais simples e intuitiva. Além disso, a linguagem é integrada com a ferramenta citada anteriormente, o que permite realizar a verificação do modelo de forma automática. Os erros gerados pelo verificador são mostrados agora diretamente no código do modelo facilitando a identificação e correção dos mesmos pelo projetista. A fim de avaliar a linguagem, um estudo de caso é realizado para fornecer indícios de sua viabilidade como alternativa para modelagem de TESC.

LEMOS, Fabrício Dias Alves. Uma abordagem para inserção de sensibilidade ao contexo em técnicas de recomendação baseadas em conhecimento. 2012. 102 f. Dissertação (Mestrado em ciência da computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2012. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-08-04T12:16:49Z No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) / Approved for entry into archive by Rocilda Sales (rocilda@ufc.br) on 2016-08-05T15:45:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-05T15:45:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_dis_fdalemos.pdf: 2928114 bytes, checksum: 0e0110fab82736ead8bd32ae8b1e2a15 (MD5) Previous issue date: 2012 / O principal desafio de um Sistema de Recomendação é conseguir identificar e recomendar itens que tenham maior chance de corresponder aos interesses de seus usuários que, em geral, possuem uma natureza bastante subjetiva e heterogênea. É importante, então, que os Sistemas de Recomendação possam recomendar itens personalizados a partir da identificação do perfil de cada usuário. Entretanto, muitas vezes, o perfil do usuário não é suficiente para que o sistema consiga identificar completamente seus interesses. A utilização do sistema em um contexto diferente do habitual pode acarretar em um resultado insatisfatório para a recomendação, sendo necessária sua adaptação ao novo contexto. Este trabalho propõe uma abordagem para inserção de sensibilidade ao contexto em Sistemas de Recomendação, a qual utiliza, além do contexto do usuário, o próprio contexto dos itens recomendados. Para tal, técnicas de recomendação baseadas em conhecimento são adaptadas para incluir regras de domínio com caráter contextual. A abordagem proposta é utilizada na concepção de um sistema de recomendação de fotos sensível ao contexto que explora o contexto do usuário e o contexto de geração das fotos para a realização da recomendação. Através do sistema desenvolvido, a abordagem é validada a partir de experimentos com usuários, nos quais são avaliados a qualidade da recomendação e os ganhos obtidos com a utilização das informações contextuais.

GOMES, Francisco Anderson de Almada. Um serviço de offloading de dados contextuais com suporte à privacidade. 2017. 95 f. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Jonatas Martins (jonatasmartins@lia.ufc.br) on 2017-05-26T13:43:05Z No. of bitstreams: 1 2017_dis_faagomes.pdf: 5747766 bytes, checksum: 678be7c6e0c8e999826aa6d7060bebb5 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-05-26T17:04:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_dis_faagomes.pdf: 5747766 bytes, checksum: 678be7c6e0c8e999826aa6d7060bebb5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-26T17:04:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_dis_faagomes.pdf: 5747766 bytes, checksum: 678be7c6e0c8e999826aa6d7060bebb5 (MD5) Previous issue date: 2017 / Mobile devices became a common tool in our daily routine. Mobile applications are demanding access to contextual information increasingly. For instance, applications require user’s environment data as well as their profiles in order to adapt themselves (interfaces, services, content) according to this context data. Mobile applications with this behavior are known as context-aware applications. Several software infrastructures have been created to help the development of this applications. However, it was verified that most of them do not store history of the contextual data, since mobile devices are resource constrained. They are not built taking into account the privacy of contextual data either, due the fact that applications may expose contextual data without user consent. This dissertation addresses these topics by extending an existing middleware platform that help the development of mobile context-aware applications. This work present a service named COP (Contextual data Offloading service with Privacy Support) and is based in: (i) a context model, (ii) a privacy policy and (iii) synchronization policies. The COP aims to store and process the contextual data generated from several mobile devices, using the computational power of the cloud. To evaluate this work we developed an application that uses both the migration and the privacy mechanism of the contextual data of the COP. Other two experiments were made. The first experiment evaluated the impact of contextual filter processing in mobile device and remote environment, in which the processing time and energy consumption were measured. In this experiment was possible to conclude that the migration of data from mobile device to a remote environment is advantageous. The second experiment evaluated the energy consumption to send contextual data. / Dispositivos móveis tornaram-se uma ferramenta comum no dia a dia das pessoas. Aplicações móveis cada vez mais exigem o acesso às informações contextuais. Por exemplo, aplicações requerem os dados do ambiente do usuário, bem como dos seus perfis, a fim de se adaptarem (interfaces, serviços, conteúdo) de acordo com esses dados de contexto. Aplicações com esse comportamento são conhecidas como aplicações sensíveis ao contexto. Várias infraestruturas de software foram criadas para ajudar no desenvolvimento dessas aplicações. No entanto, foi verificado que a maioria delas não possui um histórico dos dados contextuais, uma vez que os dispositivos móveis são limitados em recursos de armazenamento. Também foi verificado que a maioria delas não é construída levando em conta a privacidade dos dados contextuais, o que pode levar à exposição desses dados sem o consentimento do usuário. Esta dissertação aborda tais tópicos, estendendo uma plataforma de middleware existente que ajuda o desenvolvimento de aplicativos móveis e sensíveis ao contexto. Este trabalho apresenta um serviço denominado COP (Contextual data Offloading service with Privacy Support) e é baseado em: (i) um modelo de contexto, (ii) uma política de privacidade e (iii) em políticas de sincronização de dados. O COP visa armazenar e processar os dados contextuais gerados a partir de vários dispositivos móveis, utilizando o poder computacional da nuvem. Para avaliar este trabalho foi desenvolvida uma aplicação que utiliza tanto a migração como o mecanismo de privacidade dos dados contextuais do COP. Outros dois experimentos foram feitos. O primeiro experimento avaliou o impacto da execução de filtros contextuais no dispositivo móvel e no ambiente remoto, em que foi medido o tempo e gasto energético desse processamento. Nesse experimento foi possível concluir que a migração de dados de um dispositivo móvel para um ambiente remoto é vantajosa. O segundo experimento avaliou o gasto energético para o envio dos dados contextuais.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo deste estudo foi caracterizar a identificacao, o perfil de sensibilidade aos antimicrobianos, a similaridade genetica e os mecanismos de resistencia a trimetoprim/sulfametoxazol (SXT) entre os isolados clinicos do complexo Burkholderia cepacia (CBc). Metodologia: Foram avaliados 82 isolados clinicos do CBc recuperados de pacientes atendidos em dois hospitais universitarios localizados na regiao sudeste do Brasil. A identificacao bacteriana foi realizada pelo sequenciamento do gene recA e pela espectrometria de massas MALDI-TOF MS. O perfil de sensibilidade aos antimicrobianos foi determinado para ceftazidima, cloranfenicol, levofloxacina, meropenem, minociclina, ticarcilina/acido clavulanico e SXT. Os resultados do perfil de sensibilidade tambem foram comparados entre quatro tecnicas distintas, microdiluicao em caldo, diluicao em agar, Etest e disco difusao, sendo a microdiluicao em caldo considerada a tecnica referencia. A concordancia geral e por categoria de sensibilidade, assim como as taxas de erros, foram calculadas de acordo com as recomendacoes do CLSI M23-A3. Os genes que conferem resistencia aos betalactamicos e ao SXT foram pesquisados por meio das tecnicas de PCR e sequenciamento dos respectivos amplicons. A similaridade genetica entre os isolados que carreavam genes de resistencia foi determinada por PFGE. O DNA plasmidial e cromossomal dos isolados foram extraidos utilizando as tecnicas de Kieser e kits comerciais, respectivamente. A localizacao dos genes de resistencia foi determinada por Southern blot e hibridizacao utilizando sondas especificas. O contexto genetico dos genes de resistencia encontrados entre os isolados do CBc foi determinado por PCR e sequenciamento das regioes conservadas 3ÆCS e 5ÆCS do integron de classe 1. A tecnica de conjugacao foi realizada utilizando como amostra receptora E.coli J53. Resultados: Foram identificadas, pelo sequenciamento do gene recA, B. cenocepacia (n=44), B. multivorans (n=12), B. vietnamiensis (n=10), B. contaminans (n=9) e B. cepacia (n=7). Comparando os resultados obtidos pelo recA com aqueles do MALDI-TOF MS, 100% e 75,6% dos isolados foram concordantes na identificacao ao nivel de genero e especie, respectivamente. Boas taxas de sensibilidade foram encontradas para ceftazidima (86,6%), meropenem (87,8%), minociclina (87,8%) e SXT (97,6%). A concordancia geral entre as tecnicas avaliadas foi maior que 93% entre microdiluicao em caldo e diluicao em agar, exceto para cloranfenicol (89%). Entre a tecnica referencia e os resultados obtidos pelo Etest, a concordancia geral foi maior que 92%, exceto para ceftazidima (78%), SXT (80,4%) e cloranfenicol (85,3%). A concordancia por categoria entre microdiluicao em caldo e disco difusao foi maior que 90% para a maioria dos antimicrobianos testados, exceto para cloranfenicol (52,4%), SXT (74,4%) e levofloxacina (83,3%). Dois isolados (B. cenocepacia e B. cepacia) apresentaram resistencia ao SXT e carreavam o gene dhfr22 inserido em um integron que classe 1. Entre os isolados resistentes a ceftazidima (7,3%), em apenas um (B. cenocepacia) foi detectado o gene blaOXA-10-like, tambem inserido em um integron de classe 1 o qual continha um gene cassete que confere resistencia aos aminoglicosideos, aadA1. De acordo com os resultados da hibridizacao, blaOXA-10-like estava inserido em um plasmideo de ~70 Kb. Entretanto, nao conseguimos realizar a transferencia deste plasmideo pela tecnica de conjugacao. Os dois isolados de B. cenocepacia que carreavam genes de resistencia apresentaram perfil clonal semelhante pelo PFGE. Conclusoes: O MALDI-TOF MS demonstrou ser uma excelente tecnica alternativa para a identificacao dos isolados do CBc. Boas taxas de sensibilidade foram observadas para os antimicrobianos usualmente empregados no tratamento das infeccoes causadas por estes micro-organismos. Em geral, foi observada boa concordancia entre as tecnicas de sensibilidade avaliadas neste estudo, exceto para as metodologias Etest e disco difusao na predicao da sensibilidade ao SXT. O gene dhfr22 demonstrou ser o principal mecanismo entre os isolados resistentes ao SXT. De acordo com os nossos conhecimentos, descrevemos, pela primeira vez, a presenca do gene blaOXA-10-like em um isolado clinico do CBc / FAPESP: 2012/04910-9 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:41Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-01. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:15Z : No. of bitstreams: 1 Publico-13096a.pdf: 2003675 bytes, checksum: 7b943b5a99d94b77ff03b7af8a8f03d5 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:16Z : No. of bitstreams: 2 Publico-13096a.pdf: 2003675 bytes, checksum: 7b943b5a99d94b77ff03b7af8a8f03d5 (MD5) Publico-13096b.pdf: 2021148 bytes, checksum: db1f43adb607e0bfce131b4f141309cc (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:16Z : No. of bitstreams: 3 Publico-13096a.pdf: 2003675 bytes, checksum: 7b943b5a99d94b77ff03b7af8a8f03d5 (MD5) Publico-13096b.pdf: 2021148 bytes, checksum: db1f43adb607e0bfce131b4f141309cc (MD5) Publico-13096c.pdf: 465188 bytes, checksum: e302770e64587fa7f70b463355dc3c59 (MD5) / As enzimas proteolíticas estão amplamente distribuídas em todos os organismos e desempenham diversas funções essenciais a estes. Atualmente são reconhecidos sete grupos de proteases (serino, cisteíno, aspártico, metalo, treonino, glutâmico e a recém identificada asparagino peptídeo liases) que são classificadas de acordo com o seu mecanismo catalítico. As glutâmico peptidases são proteases carboxílicas (ou ácidas) insensíveis à pepstatina e foram reconhecidas como um grupo novo somente em 2004 (Família G1 Merops). Estas peptidases apresentam díade catalítica formada por ácido glutâmico (Glu) e glutamina (Gln) e estrutura única entre as proteases. O protótipo das glutâmico peptidases é a scytalidoglutamico peptidase (SGP), isolada do fungo decompositor de madeira Scytalidium lignicolum na década de 1970. A caracterização da estrutura das glutâmico peptidases scytalidoglutamico peptidase (SGP) e aspergiloglutamico peptidase (AGP), isolada de Aspergillus Níger, mostra que estas enzimas são praticamente idênticas, porém baseados nestes dados estruturais, dois mecanismos catalíticos diferentes foram propostos para SGP e AGP, sendo inconsistentes entre si. Com o propósito de entender o mecanismo catalítico das glutâmico peptidases, nesta tese são demonstrados (1) a caracterização bioquímica do mecanismo catalítico da SGP através da análise da dependência do pH e efeito isotópico cinético do solvente frente a peptídeos FRET e (2) a especificidade da protease para as posições P1 e P1’, descrevendo o papel das interações do subsítio S1 na catálise. Os resultados destes estudos são apresentados no artigo em anexo (Kondo, MY et al, JBC 2010). / Proteolytic enzymes are widespread in all organisms and are involved in a wide range of biological roles. There are seven distinct classes of proteases (serine, cysteine, aspartate, metalloproteases, threonine, glutamate and the newly identified asparagine peptide lyases), grouped according to their catalytic mechanism. The glutamic peptidases are carboxylic (acidic) proteases insensitive to pepstatin inhibitor and were annotated as a new group in 2004 (Family G1 Merops). These proteases have a unique catalytic dyad of residues Glu and Gln and a previously undescribed structure fold. Scytalidoglutamic peptidase (SGP), isolated from the wood-degrading fungus Scytalidium lignicolum on the 1970’s, is the forming member of glutamic peptidases. The three dimensional structures of scytalidoglutamic peptidase (SGP) and aspergilloglutamic peptidase (AGP) from Aspergillus niger revealed that the overall structure of these enzymes are almost identical, however two different catalytic mechanisms were proposed. Aiming at understanding the reaction mechanism of glutamic peptidases, in this thesis the following topics are highlighted, (1) biochemical characterization of the catalytic mechanism of SGP by use of pH rates profiles and solvent kinetic isotopic effects (SKIE) on the enzyme hydrolysis of FRET peptides and (2) specificity of the protease for P1 and P1’ positions describing the interactions of S1 subsite during catalysis. The paper showing results of these studies is attached to this thesis (Kondo, MY et al, JBC 2010). / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2014-08-11T12:39:30Z (GMT). No. of bitstreams: 4 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) lilian_nascimento_ipec_dout_2012.pdf: 11773852 bytes, checksum: 9ad71852b1c498a40fac78e3aacc2a0a (MD5) lilian_nascimento_ipec_dout_2012.pdf.txt: 134129 bytes, checksum: 8b9796bdb9c63ac5f6e402b7415a47e7 (MD5) lilian_nascimento_ipec_dout_2012.pdf.jpg: 1525 bytes, checksum: a60802c425a9ae7d9f39a8ad44377192 (MD5) Previous issue date: 2014-05-07 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas. Rio de Janeiro, Brasil / Em decorrência da importância que o cão doméstico exerce frente à manutenção do ciclo de transmissão da leishmaniose visceral (LV), uma das estratégias de controle da doença é a eliminação de cães soropositivos. No entanto, até o início deste trabalho, ainda não havia sido realizado um estudo de acurácia diagnóstica com tamanho amostral expressivo do ensaio imunoenzimático (EIE) disponível no Brasil para diagnóstico de leishmaniose visceral canina (LVC). Neste estudo foi avaliada a acurácia, reprodutibilidade e a validação do EIE para o diagnóstico da leishmaniose visceral canina (EIE-LVC) produzido pelo Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos (Bio-Manguinhos). Foram incluídos 802 cães de áreas endêmicas captados por vigilância ativa e em Centros de Controle de Zoonoses (CCZ). Para o estudo de confiabilidade toda a amostra foi analisada de forma mascarada e em duplicata e 167 amostras foram repetidas também em outro laboratório (CCZ-Belo Horizonte). Foram considerados cães com LVC os que apresentaram diagnóstico parasitológico positivo com isolamento de Leishmania (Leishmania) chagasi ou imunofluorescência indireta (IFI) e reação em cadeia da polimerase (PCR) positivos. A confiabilidade das observações intraobservador foi excelente, com coeficiente de correlação intraclasse (CCI) de 0,98 (Intervalo de Confiança - IC 95% 0,98;0,99) para toda amostra e excelentes coeficientes de correlação de concordância de Lin Para a confiabilidade entreobservadores, o resultado também foi excelente. Os parâmetros de acurácia calculados para as duas aferições realizadas com toda amostra (N=802) indicaram sensibilidade de 89,9% (IC 95% 86,5;92,7) e 87,6% (IC 95% 83,9;90,7) para a 1ª e 2ª aferições, respectivamente, e especificidade de 89,4% (IC 95% 86,0;92,2) e 91,6% (IC 95% 88,5;94,1). A acurácia foi alta independente da condição clínica do cão com áreas sobre a curva ROC (Receiver Operating Characteristic) grandes variando de 0,94 a 0,92, e como esperado, os valores preditivos positivos aumentaram com a piora da condição clínica do cão. O desempenho do teste EIELVC o credencia para o diagnóstico em população de cães suspeitos de LVC / Due to the importance of domestic dog carries forward to the maintenance of the cycle transmission of visceral leishmaniasis, one of the strategies of disease control is the elimination of seropositive dogs. However, until the beginning of this work, had not been a study of diagnostic accuracy with expressive sample size available in Brazil for an enzyme immunoassay (EIA) for the diagnosis of canine visceral leishmaniasis (CVL). We evaluated the accuracy, reproducibility and validation of EIA for the diagnosis of canine visceral leishmaniasis (EIE-LVC) produced by the Immunobiological Technology Institute (Bio-Manguinhos). We included 802 dogs from endemic areas captured by active surveillance and Zoonosis Control Centers (ZCC). For the study of reliability, tests were performed in duplicate and masked for entire sample and 167 samples were also repeated in another laboratory (ZCC-Belo Horizonte). We considered those dogs with CVL showed positive parasitological diagnosis with isolation of Leishmania (Leishmania) chagasi or indirect immunofluorescence and polymerase chain reaction positive. The reliability of intraobserver was excellent, with intraclass correlation coefficient (ICC) of 0.98 (confidence interval - 95% CI 0.98, 0.99) for the entire sample and excellent Lin's concordance correlation coefficients. The reliability between observers was still excellent. Accuracy parameters calculated for the two measurements taken with all serum sample (N = 802) showed a sensitivity of 89.9% (95% CI 86.5,92.7) and 87.6% (95% CI 83.9,90.7) for the 1st and 2nd measurements, respectively, and a specificity of 89.4% (95% CI 86.0,92.2) and 91.6% (95% CI 88.5,94.1). Accuracy was high regardless of the clinical condition of the dog with areas under the Receiver Operating Characteristic (ROC) curve ranging from 0.94 to 0.92, and as expected the positive predictive values increased with worsening clinical condition of the dog. The performance EIE-LVC enable the diagnosis in a population of dogs suspected of CVL.