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Identificação, resistência a antimicrobianos e caracterização molecular de Enterococcus isolados de alimentos / Identification, antimicrobial resistence and molecular characterization of Enterococcus isolated from food

Fracalanzza, Suely Aparecida Pimenta January 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 122.pdf: 1194114 bytes, checksum: b0b0d31b9027bb954f6bb3ca83a18349 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os enterococos são patógenos com considerável capacidade de expressar resistência a vários antimicrobianos. Sua natureza ubiqüitária e resistência às condições ambientais adversas explicam sua habilidade para colonizar diferentes habitats e seu potencial para se disseminar com facilidade através da cadeia alimentar. No presente estudo avaliamos a distribuição das espécies e a susceptibilidade aos antimicrobianos entre enterococos isolados a partir de alimentos de origem animal (carne de frango e leite pasteurizado) obtidos de supermercados e feiras livres no Rio de Janeiro / RJ, Brasil. As seguintes espécies foram identificadas, entre 167 amostras isoladas obtidos de carne de frango e 127 obtidas de leite pasteurizado: E. faecalis (184 – 62,6%), E. casseliflavus (51 – 17,3%), E. durans (19 – 6,5%), E. gallinarum (9 – 3%), E. gilvus (7 – 2,4%), E. faecium 6 – 2%), E. hirae (4 – 1,4%) e E. sulfureus (3 – 1%). Os percentuais de resistência aos antimicrobianos entre os isolados foram: 32,1% à tetraciclina; 23,3% à eritromicina; 11,3% à estreptomicina; 0,7% ao cloranfenicol; 3,9% à gentamicina, 2,1% ao imipenem; 1,1% à norfloxacina; 0,7% à ciprofloxacina, nitrofurantoína e penicilina e 0,4% /à ampicilina. Resistência intermediária foi detectada em percentuais que variaram de 0,5% para a linezolida até 62% para a eritromicina. Nenhuma das amostras bacterianas apresentou resistência aos glicopeptídeos testados, vancomicina e teicoplanina. Resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos foi observada em 13,1% dos isolados. Multirresistencia aos antimicrobianos foi observada nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans e E. gilvus. Entre os enterococos isolados de carne de frango e leite pasteurizado foi possível detectar a presença do gene ermB, responsável pela resistência à eritromicina entre E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum e E. durans. Os genes tetL, tetM e tetO, foram detectados nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus e E. gallinarum isoladas a partir carne de frango. A diversidade genética de E. faecalis (54 isolados) apresentando características de multirresistencia aos antimicrobianos, procedentes de carne de frango e de leite pasteurizado foi avaliada através da análise dos perfis de fragmentação do DNA cromossômico utilizando a endonuclease de restrição SmaI e eletroforese em campo pulsado (PFGE). Foi detectado um número elevado (39) de diferentes perfis de fragmentação do DNA cromossômico. Deste total, a maioria (30) foi constituída por apenas um isolado, revelando um elevada diversidade genética. / The enterococci are important nosocomial pathogens with a remarkable capacity of expressing resistance to several antimicrobial agents. Their ubiquitous nature and resistance to adverse environmental conditions take account for their ability to colonize different habitats and for their potential for easy spreading through the food chain. In the present study we evaluated the distribution of species and antimicrobial susceptibility among enterococcal isolates recovered from food obtained in retail stores in Rio de Janeiro, Brazil. The following species were identified among 167 isolates obtained from poultry meat and 127 from pasteurized milk: Enterococcus faecalis (62.6%), Enterococcus casseliflavus (17.3%), Enterococcus durans (6.5%), Enterococcus gallinarum (3.0%), Enterococcus gilvus (2.4%), Enterococcus faecium (2.0%), Enterococcus hirae (1.4%), and Enterococcus sulfureus (1.0%). The overall percentages of antimicrobial resistant isolates were: 31.2 % to tetracycline, 23.8% to erythromycin, 11.3% to streptomycin, 4.3% to chloramphenicol, 3.9% to gentamicin, 1.4% to norfloxacin, 1.1% to imipenem, 0.7% to ciprofloxacin, nitrofurantoin, and penicillin and 0.4% to ampicillin. Intermediate resistance was detected in frequencies varying from 0.5% for linezolid to 58.2% for erythromycin. None of the isolates showed resistance to glycopeptides. High-level resistance to aminoglycosides was observed in 13.1% of the isolates. Multiresistance was observed in E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans and E. gilvus. The presence of the gene ermB, coding for the resistance to erythromycin, was detected by PCR in E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum and E. durans. The presence of the genes tetL, tetM and tetO, associated with resistance to tetracycline, were detected by PCR, among E. faecalis, E. casseliflavus, and E. gallinarum isolatede from poultry meat. The genetic diversity among multiresistant E. faecalis (54 isolates) from poultry meat and pasteurized milk, was evaluated by the analysis of the cromossomic DNA fragmentation profile by PFGE after cleavage with SmaI by PFGE. A variety (39) of different cromossomic DNA fragmentation profile or clonal complexes was found among multiresistant E. faecalis from poultry meat and milk, indicating a high level of genetic diversity.
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Caracterização taxonômica e susceptibilidade a antifúngicos de leveduras isoladas de infecção hospitalar / Taxinomical characterization and antifungal susceptibility of yeasts isolated from hospital infection

Neufeld, Paulo Murillo January 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 86.pdf: 4313185 bytes, checksum: 841992629bd3bcc0ae5285c8796f0995 (MD5) Previous issue date: 2009 / Universidade Federal do Rio de Janeiro. Faculdade de Farmácia, Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Infecções invasivas são um problema crescente em hospitais terciários no Brasil e no mundo. Dentre os diversos agentes etiológicos encontrados no ambiente hospitalar, o gênero Candida tem sido o terceiro ou quarto patógeno mais isolado. De maneira geral, infecções fúngicas invasivas estão associadas a altas taxas de morbidade e mortalidade, dificuldades de diagnóstico, resistência a antimicrobianos, extensão do tempo de internação e aumento dos custos hospitalares. O presente trabalho objetivou avaliar o desempenho de métodos fenotípicos e moleculares na identificação de espécies de Candida recuperadas de casos de infecção hospitalar e descrever seus perfis de susceptibilidade a drogas antifúngicas através de metodologias de referência e comerciais. Para tanto, 113 isolados clínicos (108 Candida spp., 2 Rhodotorula glutinis e 1Trichosporon sp.) de 100 pacientes hospitalizados no estado do Rio de Janeiro foram submetidos a provas em CHROMagar, do tubo germinativo e do clamidósporo, análises bioquímicas em aparelho VITEK e identificação molecular por multiplex-PCR. A susceptibilidade ao fluconazol, itraconazol e anfotericina B foi avaliada conjuntamente pelos métodos de difusão em ágar (CLSI/M44-A e CECON) e microdiluição em caldo (CLSI/M27-A2 e EUCAST/E.Dis.7.1) conforme os protocolos de referência do CLSI e EUCAST, bem como pelas instruções do fabricante do método comercial CECON. Com relação às características demográficas dos pacientes, 47% eram do sexo masculino e 37% do sexo feminino, a maioria se encontrava na faixa de 0-20 anos (33%) e as leucemias foram os principais processos de base (20%). Candida albicans (41,5%), C. parapsilosis (29,2%), C. guilliermondii (10,6%) e C. tropicalis (9,7%) foram as espécies mais isoladas, considerando a totalidade dos espécimens clínicos. Em cultura de sangue, C. albicans (38,4%) também foi preponderante. A identificação cromogênica mostrou 100% de sensibilidade e especificidade para C. albicans, C. tropicalis e C. krusei. As provas do tubo germinativo e do clamidósporo para identificação de C. albicans apresentaram 89,4% de sensibilidade e 100% de especificidade. Os testes bioquímicos permitiram a detecção correta e completa de 78,8% dos isolados. A multiplex-PCR identificou adequadamente todas as espécies para os quais primers tinham sido desenhados. Alta taxas (≥92,9%) de susceptibilidade aos 3 antifúngicos testados foram observadas em todas as metodologias empregadas. Resistência foi verificada apenas em C. krusei e Rhodotorula glutinis frente ao fluconazol. No entanto, concentrações inibitórias mínimas (CIM) mais elevadas foram, igualmente, encontradas em itraconazol. O cálculo do coeficiente de correlação intraclasse (CCI) demonstrou alta correlação (0,88-0,97) entre todos os métodos utilizados para avaliação das susceptibilidades aos antifúngicos. Os resultados apresentados demonstraram que C. albicans foi a espécie mais prevalente e também que, depois de C. albicans, C. glabrata, C. krusei e C. lambica foram as espécies menos susceptíveis aos antifúngicos azólicos. Além disto, o CHROMagar e a multiplex-PCR foram os mais efetivos na identificação preliminar e na identificação definitiva dos isolados clínicos, respectivamente. As metodologias de difusão em ágar e microdiluição em caldo foram também efetivas tanto na triagem quanto na confirmação das susceptibilidades. / Invasive infections are a increasing problem in tertiary care hospital in the Brazil and in the world. The predominant etiologic agents in the nosocomial environment include the genus Candida that is the third ou fourth most common isolate. In generaly, invasive fungal infections are associated with high morbidity and mortality, difficulties in the diagnosis, acquisition of resistance, prolonged hospital stay, and high hospitalar costs. The aim of the present work was to evaluate the performance of phenotypic and molecular methods in the identification of Candida spp. isolated from nosocomial infection cases as well as to describe their antifungal drug susceptibility profliles by reference and commercial methodologies. For this, 113 clinical isolates (108 Candida spp., 1 Rhodotorula glutinis, 1 Trichosporon sp.) from 100 hospitalized patients in the Rio de Janeiro state were submmited to CHROMagar, germ tube and chlamydospore testing, biochemistry analysis in VITEK equipament, and molecular identification by multiplex-PCR. The susceptibility to fluconazole, itraconazol, and amphotericin B was evaluated by disk-diffusion method (CLSI/M44-A, CECON) and broth microdilution method (CLS/M27-A2, EUCAST/E.Dis.7.1.) according to the CLSI and EUCAST reference protocols and the manufacturer’s instructions, in case of CECON. Relatively of the demographic patient characteristics, 47% were male, 37% were female, the majority was between 0-20 years (33%), and leukemias were the main base diseases (20%). Candida albicans (41,5%), C. parapsilosis (29,2%), C. guilliermondii (10,6%) e C. tropicalis (9,7%) were the most frequently isolated Candida species from all clinical specimens. In hemoculture C. albicans (38,4%) was prevalent. The chromogenic identification showed susceptibility and specificity of 100% to C. albicans, C. tropicalis, and C. krusei. The germ tube and chlamydospore formation to C. albicans identification presented sensibility of 89,4% and specificity of 100%. The biochemistry tests were capable to correct and complete detection of 78% of the isolates. All Candida species could be accuracely identified by using the designed species-specific primers by multiplex-PCR analysis. High rates (≥92,9%) of susceptibility to 3 antifungal drug tested were verified for all methodologies. Resistance was found only in C. krusei and Rhodotorula glutinis to fluconazole. However high minimum inhibitory concentrations (MIC) were found to itraconazole as well. The intraclass correlation coefficient (ICC) showed high correlation (0,88-0,97) between all methods used to antifungal susceptibility evaluation. The results demonstrated that C. albicans was the most predominant specie, and also that after C. albicans, C. glabrata, C. krusei and C. lambica were the less susceptibility to azoles drug. Besides this, CHROMagar and multiplex-PCR were more effective in the preliminar and definitive identification of clinical isolates, respectively. The disk-diffusion and broth microdilution methods were effective to screening and confirm the susceptibilities.
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[en] A STUDY OF THE SENSITIVITY OF THE LATTICE-LADER STRUCTURE USING STATE VARIABLES / [pt] ESTUDO DA SENSIBILIDADE DA ESTRUTURA LATTICE-LADDER POR MEIO DE VARIÁVEIS DE ESTADO

MYRIAN COE DE OLIVEIRA 15 December 2006 (has links)
[pt] Na construção de filtros digitais os coeficientes da sua função de transferência, calculados teoricamente, nem sempre podem ser implementados com exatidão. Isto gera o erro de quantização. A análise de sensibilidade permite conhecer tal alteração das especificações teóricas como também avaliar o desempenho do filtro. Este trabalho examina a estrutura Lattice-Ladder, tipo de filtro digital, descrita por equações de estado genéricas. O objetivo é estabelecer expressões de sensibilidade nos domínios do tempo e da freqüência, para resposta impulsional e resposta a uma excitação qualquer. / [en] In the construction of digital filters the coeficientes of its transfer function, calculated theorically, can´t often be implemented with accuracy. This leads to the quantization error. The sensitivy analysis allows to know this deviation from theoretical specifications and allows to estimate filter´s performance. This work examines Lattice- Ladder structure, a type of digital filter, described by generic state equations. The purpose is to establish sensivity expressions in time and frequency domains, for impulse and generic responses.
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[en] SENSITIVITY OF TIME-VARIANT DIGITAL FILTERS / [pt] SENSIBILIDADE DE FILTROS DIGITAIS VARIANTES NO TEMPO

JORGE ALBERTO TORREAO DAU 08 November 2007 (has links)
[pt] O objetivo deste trabalho é apresentar alguns resultados referentes ao estudo da sensibilidade da reposta impulsional de sistemas lineares, causais, a tempo discreto e monovariáveis a aproximações nos coeficientes das equações a diferenças finitas que os representam. São estudados primeiramente sistemas variantes no tempo representados por matrizes de estado nas formas canônicas diagonal e de Jordan, sendo analisado o caso invariante como uma particularização. Tais formas canônicas permitem obter diretamente a sensibilidade da resposta impulsional do sistema em relação aos autovalores, que são, no caso de invariância, os pólos do mesmo. A seguir são tratados sistemas variantes no tempo com equações de diferenças finitas de forma qualquer, explorando-se funções de dependência entre os diversos coeficientes. Todo o estudo é baseado em técnicas do domínio do tempo e álgebra matricial. A impossibilidade de se trabalhar de modo simples no domínio da freqüência com sistemas variantes, fez com que este não fosse utilizado nem nos casas particulares da classe mais geral dos sistemas variantes. / [en] The objective of this work is to present some results on the sensitivity of the weighting sequence (impulse response) of linear, causal, monovariable, discrete-time systems to approximations of the coefficients of the difference equations that model them. The first part of the work is devoted to systems represented in canonical representations diagonal and Jordan forms; the time-invariant case is studied as a particularization. These canonical forms allow the sensitivity to be determined as a function of the model eigenvalues and, in the time-invariant case, of the poles of the transfer function. The second part addresses systems represented in general forms. The whole work is based on time-domain techniques. Frequency-domain techniques were not used due to the fact that they are more difficult than in the time-invariant case.
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Suscetibilidade in vitro e in vivo da terbinafina, itraconazol, caspofungina, ibuprofeno e fluvastatina, em combinações duplas e triplas, frente a Pythium insidiosum

Argenta, Juliana Siqueira January 2012 (has links)
Pythium insidiosum, um micro-organismo do Reino Stramenopila, é o agente etiológico da pitiose em mamíferos, uma doença difícil de tratar. O presente estudo investigou a atividade inibitória in vitro da terbinafina, itraconazol, caspofungina, fluvastatina e ibuprofeno contra 15 isolados brasileiros de P. insidiosum em combinações duplas e triplas e determinou as correlações in vivo usando coelhos com pitiose experimental. Além disso, este estudo objetivou relatar o crescimento paradoxal de isolados de P. insidiosum quando submetidos a testes de suscetibilidade in vitro com caspofungina. A concentração inibitória mínima (CIM) foi determinada pelo protocolo M 38-A2 do Clinical and Laboratory Standards Institute, e as interações in vitro foram avaliadas usando um método de microdiluição checkerboard. Para o estudo in vivo, 20 coelhos inoculados com zoósporos de P. insidiosum foram divididos em quatro grupos: o grupo 1 foi tratado com terbinafina e itraconazol; o grupo 2 foi tratado com terbinafina, itraconazol e fluvastatina; o grupo 3 foi tratado com terbinafina e caspofungina; e o grupo 4 foi o grupo controle. As combinações de terbinafina com caspofungina ou ibuprofeno foram sinérgicas para 47% dos isolados, e antagonismo não foi observado em nenhuma das combinações duplas. As combinações triplas foram principalmente indiferentes, mas sinergismo e antagonismo também foram observados. O crescimento paradoxal foi observado em 50% dos isolados testados a concentrações acima da CIM variando de 16 a 128 mg/ml. No estudo in vivo, o aspecto histológico das lesões foi similar entre os grupos, mas o grupo 2 mostrou a menor quantidade de hifas e diferiu significativamente dos outros grupos. Os melhores resultados in vivo foram observados quando utilizada a combinação tripla de terbinafina, itraconazol e fluvastatina (grupo 2). O presente estudo foi o primeiro estudo de suscetibilidade in vitro e in vivo com P. insidiosum usando combinações de três fármacos, e o fenômeno do efeito paradoxal envolvendo oomicetos foi descrito aqui pela primeira vez.
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Levantamento epidemiológico de hipersensibilidade dentinária e trauma dental em crianças e atletas dos Jogos Pan-americanos e Parapan-americanos de 2007 / Epidemiologial survey of dentin hypersensitivity and dental trauma in children and athletes of the Pan American Games and Parapan 2007

Rafaela Amarante de Andrade Vieira 15 February 2008 (has links)
O objetivo deste trabalho é realizar um levantamento epidemiológico observacional transversal de trauma dental e hipersensibilidade dentinária em quatro populações diferentes: crianças inseridas em um projeto social esportivo, em Guadalupe, chamado Bola para Frente (BPF); crianças da Escola República Argentina (ERA), em Vila Isabel; e atletas participantes dos jogos Pan-americanos (PAN) e Parapan-americanos (PARAPAN) de 2007, no Rio de Janeiro. A avaliação foi feita através do preenchimento de um questionário, seguido de exame clínico em cadeira odontológica, realizado por três examinadores calibrados. As populações examinadas foram: a) no BPF 294 indivíduos de 6 a 17 anos, sendo 57,48% do sexo masculino; b) no ERA, foram examinadas 281 crianças, entre 6 e 18 anos, sendo 48,75% do sexo masculino; c) no PAN, 424 atletas, sendo 55,42% homens, com idade de 13 a 49 anos; d) no PARAPAN, 121 atletas, sendo 78,15% homens, com idade de 13 a 58 anos. As prevalências de hipersensibilidade no BPF, ERA, PAN e PARAPAN, foram respectivamente de 41%, 43%, 40% e 54% através do questionário, e 7% , 7%, 17% e 27 % através do teste do jato de ar. Não houve diferença estatisticamente significativa entre sexos com relação à hipersensibilidade. Na população adulta, no PAN e PARAPAN, 47,79% (IC 95% 8,4) e 73,24% (IC 95% 10,3) dos dentes com sensibilidade tinham algum grau de recessão. Em relação ao trauma as prevalências foram de 27,21% (IC 95% 5,09) no BPF, 28,11% (IC 95% 5,26) no ERA, 49,63% (IC 95% 4,85) no PAN e 47,50% (IC 95% 8,93) no PARAPAN. Dentre os atletas de alto rendimento, participantes do PAN, a maior prevalência de trauma estava associada ao treinamento ou competição. As modalidades com maior prevalência foram basquete (70,59%; IC 95% 21,66), lutas (83,33%; IC 95% 21,09) e boxe (73,68%; IC 95% 19,8). Nas quatro populações, a injúria mais comum foi a fratura de esmalte e os dentes mais atingidos foram os incisivos centrais superiores. Em relação ao sexo, apenas no BPF houve uma diferença estatisticamente significativa, sendo os meninos os mais atingidos. Os dados deste estudo refletem as prevalências de trauma e hipersensibilidade de quatro populações, compostas por crianças e adultos praticantes de esporte. Em atletas de alto rendimento houve um maior risco de trauma dental associado a modalidades que apresentam contato físico, onde nem sempre o uso de protetor bucal é obrigatório. / The aim of this study was to do a cross-sectional epidemiological survey on dental trauma and dentine hypersensitivity in four distinct populations: children who are enrolled in a social project, in Guadalupe, Bola para Frente (BPF); children who attend the Escola República Argentina (ERA); and athletes competing at the Pan American Games (PAN) and the Parapanamerican Games (PARAPAN), that took place in Rio de Janeiro in 2007. The evaluation was done through a questionnaire filled in by the participant, followed by a clinical exam, performed by three calibrated examiners at a dental chair. The examined populations were: a) at BPF, 294 volunteers aged from 6 to 17, being 57,48% male; b) at ERA, were examined 281 children, aged from 6 to 18, being 48,75% male; c) at PAN, 424 athletes, being 55,42% male, aged from 13 to 49; d) at PARAPAN, 121 athletes, being 78,15% male, aged from 13 to 58. The prevalences of hypersensitivity obtained with questionnaire at BPF, ERA, PAN and PARAPAN, were, respectively, 41%, 43%, 40% and 54%, and with the clinical exam , 7% , 7%, 17% and 27 %. There was not a statistically significant difference between males and females concerning hypersensitivity. 47,79% (CI 95% 8,4) and 73,24% (CI 95% 10,3) of the athletes at PAN and PARAPAN showed hypersensitive teeth with some degree of recession. In relation to trauma, the prevalences were 27,21% (CI 95% 5,09) at BPF, 28,11% (CI 95% 5,26) at ERA, 49,63% (CI 95% 4,85) at the PAN and 47,50% (CI 95% 8,93) at the PARAPAN. Among high performance athletes competing at PAN, most of the injuries were related to the sport, either during training or competition. The sports with higher prevalence were basketball (70,59%; CI 95% 21,66), wrestling (83,33%; CI 95% 21,09) and boxing (73,68%; CI 95% 19,8). In all four populations, the most common injury was enamel fracture and the most affected teeth were the upper central incisors. Boys at BPF showed more a higher risk of trauma than girls. The data in this study shows the prevalence of trauma and hypersensitivity in four different populations comprised by children and adults that practice sports. In high-performance athletes there was a higher risk of trauma in association with sports with physical contact, where the use of mouthguard is not always mandatory.
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A técnica da reação em cadeia de polimerase para diagnóstico de tuberculose : meta-análise de estudos publicados

Neide Cássia Tramontano 29 November 2001 (has links)
A tuberculose (TB) é uma doença infecto-contagiosa causada pelo complexo Mycobacteruim tuberculosis. A melhor forma de prevenção se baseia na detecção e na cura dos casos. Um diagnóstico acurado de TB seria essencial para a identificação e tratamento dos pacientes. O diagnóstico laboratorial recomendado baseia-se na baciloscopia e na cultura de material clínico. Novos métodos, os quais empregam técnica genética baseada na amplificação e detecção do DNA bacteriano ou do RNA, visam melhorar a velocidade, sensibilidade e especificidade da detecção da bactéria. O principal teste desse grupo é o método da reação da cadeia da polimerase (PCR). Entretanto, há discordância na literatura quanto as dados de validade da PCR aplicada ao diagnóstico de tuberculose. O presente estudo realizou uma meta-análise sobre o teste da PCR no diagnóstico de TB. O método estatístico usado estimou efeitos do teste entre os estudos primários. A sensibilidade e a especificidade foram calculadas de acordo com as suas definições: Sensibilidade = TPR, taxa de verdadeiros positivos e Especificidade = 1 FPR, onde FPR = taxa de falsos positivos. Calculamos os logit de TPR e FPR a soma e suas diferenças e fizemos uma back transformação aos eixos de TPR vs. FPR com posterior construção da curva SROC (Moses & Shapiro, 1993). A curva SROC representa uma estimativa da medida de acurácia do teste índice a qual é ajustada pelo ponto de corte tanto quanto pela interdependência dos valores de sensibilidade e especificidade obtidos de cada estudo. Foram localizados 1375 artigos através de busca base de dados do Medline no período de 1988 a 2000. Considerando os critérios de elegibilidade, foram aceitos 111 artigos. A caracterização dos estudos, a validade e a sua aplicabilidade foram apreciadas. A medida combinada de todos os estudos foi de 0,86 para a sensibilidade e 0,95 para a especificidade usando-se o método de efeitos aleatórios. A PCR in-house apresentou melhor performance do que a Amplicor. O AMTD obteve os maiores valores de acurácia possivelmente devido o rRNA apresentar múltiplas cópias por célula. Diante das evidências, a PCR se constitui num teste complementar para tuberculose devendo ter critérios próprios para a sua utilização. No entanto, este teste não contempla os atributos requeridos para a substituição da baciloscopia na rotina diagnóstica.
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Distribuição generalizada da resistência a fungicidas triazóis e evolução do gene cyp51A em populações de Pyricularia oryzae da brusone do trigo no Brasil / Widespread distribution of triazole fungicide resistance and evolution of the cyp51A gene in populations of wheat blast pathogen Pyricularia oryzae in Brazil

Poloni, Nadia Maria [UNESP] 22 February 2016 (has links)
Submitted by Nadia Maria Poloni null (nadiapoloni@gmail.com) on 2016-04-16T00:04:34Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Nadia Poloni - completa.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-04-18T12:53:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 polani_nm_me_ilha.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-18T12:53:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 polani_nm_me_ilha.pdf: 1931593 bytes, checksum: e8e92f6dc3b3aa46033959f97f62b795 (MD5) Previous issue date: 2016-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O fungo ascomiceto, Pyricularia oryzae, tem distribuição mundial como patógeno do arroz, mas recentemente emergiu como patógeno causando a brusone do trigo no Brasil. Os grupos de fungicidas estrobirulinas e triazóis tem sido intensivamente utilizados para manejo de doenças do trigo há cerca de três décadas. Há relato de resistência de P. oryzae do trigo a estrobirulinas no Brasil e a ineficácia dos fungicidas triazóis aponta para um cenário semelhante. Os triazóis, inibidores da desmetilação de esteróis (DMI), inibem a biossíntese de ergosterol e possuem como alvo a enzima 14α-demetilase, codificada pelo gene cyp51. Em nosso estudo, determinamos as distribuições de frequência da sensibilidade de 180 isolados de P. oryzae do trigo amostrados de sete estados do Centro-Sul do Brasil, com base na EC50 a tebuconazol e epoxiconazol. Descrevemos, também, a presença de mutações no gene cyp51A e reconstruímos sua filogenia reticulada para esclarecer a relação evolutiva entre haplotipos. Relatamos que todas as populações de P. oryzae amostradas se mostraram insensíveis aos fungicidas testados, comparando-se com as doses recomendadas para o manejo da doença no campo. Com base na sequência do gene cyp51A de P. oryzae do trigo, foram detectados oito haplotipos distintos. Foram encontradas sete mutações não-sinônimas, que podem estar correlacionadas com a resistência à DMI's. / The fungus ascomycete Pyricularia oryzae has worldwide distribution as rice pathogen, but it has recently emerged as pathogen causing wheat blast in Brazil. The strobirulin and azole fungicides have been intensively used for management of wheat diseases in the last three decades. The report of resistance of P. oryzae from wheat to strobirulins in Brazil and the inefficiency of azole fungicides indicates a similar scenario. The triazoles represented sterols demethylation inhibitor fungicides group (DMI), characterized by inhibiting the biosynthesis of ergosterol and their target is the 14α-demethylase enzyme, encoded by the cyp51 gene. We determined the azole sensitivity frequency distributions of 180 isolates of P. oryzae of wheat sampled in seven states of the south-central Brazil, based on the EC50 of tebuconazole and epoxiconazole. We described the presence of mutations in the cyp51A gene and built their reticulate phylogeny to identify the evolutionary relationship among haplotypes. We reported that all P. oryzae populations sampled were insensitive to the azoles when compared to the recommended doses for the management of the disease in the field. Based on the sequence of cyp51A gene from P. oryzae of wheat, eight distinct haplotypes were detected. We found seven non-synonymous mutations that could be correlated with resistance to DMI's.
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Estudo da fotossensibilidade de materiais híbridos de sílica dopados com heteropoliânions de tungstênio

Giorgi Filho, Rui [UNESP] 27 January 2014 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-01-27Bitstream added on 2014-06-13T19:53:20Z : No. of bitstreams: 1 000760114.pdf: 1996873 bytes, checksum: 321cef3c84b3cd75bb92e9479007fbd7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O presente trabalho avalia o comportamento fotocrômico do heteropoliânion ácido 12-fosfotúngstico (HPW), dopante da matriz híbrida de Sílica, GPTS:TEOS. O efeito fotocrômico (EF) é dado pelo fotoescurecimento de uma espécie química, promovido por radiação eletromagnética, no caso o ultravioleta (UV), seguido do clareamento, depois de cessada a radiação. Este processo reversível é recorrente da oxi-redução eletrônica gerada no HPW. A matriz de Sílica (Dióxido de Silício) funcionalizada foi preparada a partir da hidrólise na mistura de Tetraetoxisilano (TEOS) e 3-Glicidoxipropiltrimetoxisilano (GPTS), importantes componentes que promovem grande valor de maleabilidade e suporte estrutural, devido a formações características dos aglomerados de grupos epóxi, presente no GPTS. As amostras foram obtidas a partir do processo Sol-Gel na forma de filmes finos em substrato de vidro por dip-coating (imersão/emersão controlada) e Xerogéis monolíticos, sem substrato, formados através da evaporação dos solventes envolvidos neste processo. A secagem à pressão ambiente e temperatura fixa em 80 °C permitiu uma boa produção de amostras e análises de absorção óptica e do comportamento térmico em relação às constantes de tempo no fotocromismo de filmes. Bandas com picos em 484 nm e 741 nm formaram-se dando uma coloração azul escura à amostra inicialmente incolor. A reversibilidade do fenômeno aconteceu em ambiente escuro e na presença de O2. Os solventes usados no processo de dopagem agiram de diferentes formas, elevando a absorção óptica de uma amostra em relação à outra após 50 dias mantidas a 40 °C: pode-se relacionar um efeito mais escuro (aumento de 59% na absorção) em filmes dopados com HPW dissolvidos por Tetrahidrofurano (THF) enquanto filmes dopados com HPW dissolvidos por Etanol Absoluto (EtOH) aumentaram seus níveis de absorção em 29%, ambos com a mesma concentração do cromóforo na... / This work evaluates the photochromic effect of the heteropolyacid 12-phosphotungstic acid (PWA) when allied to GPTS:TEOS, a hybrid Silica matrix. The Photochromic Effect is given by the photodarkening of a chemical specie, promoted by electromagnetic radiation, in this case UV, followed by a thermal bleaching, after ceased UV exposition. This reversible process occurs from an electronic oxi-reduction generated in PWA. Functionalized silica (Silicon dioxide) were prepared by hydrolysis on the mixture of Tetraethylorthosilicate (TEOS) and 3-Glycidoxypropyltrimethoxysilane (GPTS), important components involved in this process, given their capacity on the development of great bulk value materials and structural support, promoted by the functionalized silica agglomerates formation, due to the epoxy group from GPTS. Samples were fabricated by the Sol-Gel process, on the form of thin films on glass substrates by dip-coating (controlled immersion) and also monolithic Xerogels, no substrates, formed by the evaporation of the solvents involved at the process. The ambient pressure drying and fixed temperature at 80 °C allowed a good sample production and analysis such as optical absorbance and thermal behavior in relation to film photochromism time-constants. Bands with peaks at 484 nm and 741 nm were formed giving a bluish coloring to the sample, initially colorless. The reversibility on the phenomena, happened in a dark ambient and in the presence of O2. The solvents used on the doping process acted differently in comparison, elevating optical absorbance of one sample compared to the other after 50 days at 40°C: we relate a darker effect (absorption increase of 59%) on films doped with HPW solved in Tetrahydrofunran (THF) while the films doped with HPW solved in Ethanol (EtOH) had the absorption levels increased by 29%, both with same concentration of the chromophore in solution. Transmittance measures in a determined band wavelength (emission...
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Mapeamento de sensibilidade a derramamentos de petróleo do Parque Estadual da Ilha do Cardoso - PEIC e áreas do entorno

Wieczorek, Arthur [UNESP] 12 May 2006 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:10Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-05-12Bitstream added on 2014-06-13T19:13:04Z : No. of bitstreams: 1 wieczorek_a_me_rcla.pdf: 2382404 bytes, checksum: 533774eb67e89b725567c7f9bc288eb5 (MD5) / Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Este estudo propõe-se realizar o mapeamento de sensibilidade ambiental a derramamentos de óleo - Cartas SAO - do Parque Estadual da Ilha do Cardoso e áreas do entorno - SP. Para tanto, foi aplicada a metodologia indicada pelo MMA atualmente utilizada no Brasil. Para o melhor detalhamento da avaliação da sensibilidade das praias arenosas, foi elaborada uma subclassificação do índice de sensibilidade do litoral (ISL) das praias em áreas de erosão, transporte e deposição de sedimentos. Devido a características importantes atualmente não avaliadas para os litorais rochosos, propõe-se um refinamento da classificação da sensibilidade destes destes em função dos parâmetros geomorfológicos (textura da rocha, hidrodinamismo e localização). Elaborou-se uma proposta de integração dos índices de sensibilidade dos ambientes costeiros, estuarinos e fluviais da área estudada, levando-se em consideração os mesmos parâmetros atualmente utilizados para a classificação destes ambientes quanto a sensibilidade a derramamentos de óleo. Foram elaboradas áreas de proteção (áreas onde os esforços de combate e limpeza devem ser priorizados)e áreas de sacrifício (setores onde os esforços podem ser secundarizados ou utilizados para atividades de remoção do óleo). Devido a grande sensibilidade da região a derramamentos de óleo sugere-se a instalação de um Centro de Emergência Ambiental e de um plano de emergência para o combate a acidentes na área. / This study purpose is to draw the oil spill environmental sensitivity mapping of Cardoso Island's State park and surrounding regions - SP. Thus, the suggested methodology for MMA, usually used in Brazil, was applied. For a better evaluation of the sensitivity of sandy beaches, a subclassification of the shoreline sensitivity index of beaches in erosion, transport and deposition zones of sediments was formulated. Due to important characteristics, so far not evaluated yet, found in rocky shores, it has been suggested a refined classification of sensitivity of those rocky shores according to geomorphologic parameters (rock grain, wave energy and localization). A suggestion of coastal, estuarine e riverine integration of environmental sensitivity index for the study area proposal was elaborated, taking into account the same parameters currently used to the classification of these environments related to the oil spill sensitivity. Priority zones of protection (sectors where the aactions and clean up must be priorities) and sacrifice zones (sectors where the actions must be retard or used to actions of removal oil) were formulated. Due to the great oil spill sensitivity in this region, the installation of an Environmental Emergency Central and a emergency plan to combat oil spill accidents in the region, is higly suggested.

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