L'intégration actuelle des systèmes photovoltaïques dans les systèmes d'alimentation conventionnels a montré une croissance importante, ce qui a favorisé l'expansion rapide des micro-réseaux du terme anglais microgrid. Cette intégration a cependant augmenté la complexité du système d'alimentation qui a conduit à de nouveaux défis de recherche. Certains de ces défis de recherche encouragent le développement d'approches de modélisation innovantes en temps réel capables de faire face à cette complexité croissante. Dans ce contexte, une méthodologie innovante est proposée et basée sur les composants pour la modélisation et l'émulation de systèmes photovoltaïques en temps réel integers aux microgrids. L'approche de modélisation proposée peut utiliser le langage de modélisation des systèmes (SysML) pour décrire la structure et le comportement des systèmes photovoltaïques intégrés en tenant compte de leurs caractéristiques multidisciplinaires. De plus, cette étude présente le cadre de spécification de haut niveau des systèmes embarqués (HiLeS) pour transformer les modèles SysML développés en code source destinés à configurer le matériel intégré. Cette caractéristique de la generation automatique de code permet de profiter de dispositifs avec un haut degré d'adaptabilité et de performances de traitement. Cette méthodologie basée sur HiLeS et SysML est axée sur l'étude des systems photovoltaïques partiellement ombragés ainsi que des architectures flexibles en électronique de puissance en raison de leur influence sur les microgrids actuels. En outre, cette perspective de recherche est utilisée pour évaluer les stratégies de contrôle et de supervision dans les conditions normales et de défauts. Ce travail représente la première étape pour développer une approche innovante en temps réel pour modéliser et émuler des systèmes photovoltaïques complexes en tenant compte des propriétés de modularité, de haut degré d'évolutivité et des conditions de travail non uniformes. Les résultats expérimentaux et analytiques valident la méthodologie proposée. / Nowadays, the integration of photovoltaic systems into electrical grids is encouraging the expansion of microgrids. However, this integration has also increased the power system complexity leading to new research challenges. Some of these research challenges require the development of innovative modeling approaches able to deal with this increasing complexity. Therefore, this thesis is intended to contribute with an innovative methodology component-based for modeling and emulating in real-time photovoltaic systems integrated to microgrids. The proposed modeling approach uses the Systems Modeling Language (SysML) to describe the structure and behavior of integrated photovoltaic systems. In addition, this study presents the High Level Specification of Embedded Systems (HiLeS) to transform automatically the developed SysML models in embedded code and Petri nets. These characteristics of automatic code generation and design based on Petri nets allow taking advantage of FPGAs for application of real-time emulation of photovoltaic systems. This dissertation is focused on partially shaded photovoltaic systems and flexible power electronics architectures because of their relevant influence on current microgrids. Furthermore, this research perspective is intended to evaluate control and supervision strategies in normal and fault conditions. This work represents the first step to develop an innovative real-time approach to model and emulate complex photovoltaic systems considering properties of modularity, high degree of scalability, and non-uniform working conditions. Finally, experimental and analytical results validate the proposed methodology.

Depuis plusieurs années, nous constatons l'augmentation de l'utilisation des techniques d'agents et multiagent pour assister l'humain dans ses tâches. Ce travail de maîtrise se situe dans la même voie. Précisément, nous proposons d'utiliser les techniques multiagent de planification et de coordination pour la gestion de ressources dans les systèmes de commande et contrôle (C2) temps réel. Le problème particulier que nous avons étudié est la conception d'un système d'aide à la décision pour les opérations anti-aérienne sur les frégates canadiennes. Dans le cas où plusieurs frégates doivent se défendre contre des menaces, la coordination est un problème d'importance capitale. L'utilisation de mécanismes de coordination efficaces permet d'éviter les actions conflictuelles et la redondance dans les engagements. Dans ce mémoire, nous présentons quatre mécanismes de coordination basés sur le partage de tâche. Trois sont basés sur les communications : la coordination centrale, le Contract Net, la coordination similaire à celle proposée par Brown; tandis que la défense de zone est basée sur les lois sociales. Nous exposons enfin les résultats auxquels nous sommes arrivés en simulant ces différents mécanismes. / The use of agent and multiagent techniques to assist humans in their daily routines has been increasing for many years, notably in Command and Control (C2) systems. This thesis is is situated in this domain. Precisely, we propose to use multiagent planning and coordination techniques for resource management in real-time \acs{C2} systems. The particular problem we studied is the design of a decision-support for anti-air warfare on Canadian frigates. In the case of several frigates defending against incoming threats, multiagent coordination is a complex problem of capital importance. Better coordination mechanisms are important to avoid redundancy in engagements and inefficient defence caused by conflicting actions. In this thesis, we present four different coordination mechanisms based on task sharing. Three of these mechanisms are based on communications: central coordination, Contract Net coordination and Brown coordination, while the zone defence coordination is based on social laws. Finally, we expose the results obtained while simulating these various mechanisms.

Ce travail résume les étapes et les technologies nécessaires pour construire une application web dynamique permettant de faire l'analyse de données financières en temps réel à l'aide des langages de programmation R et C++. R est utilisé pour la collecte et traitement des données entrantes ainsi que pour générer tout output. C++ est utilisé pour accélérer les simulations Monte-Carlo. L'output de ce travail consiste en l'application web elle-même et les fonctions permettant d'estimer les paramètres des modèles de régression quantile de la famille CAViaR. Le code pour reproduire ce travail est organisé de la façon suivante : Un paquetage R pour l'application shiny, disponible à l'adresse https://gitlab.com/cacsfre/simulr. Un paquetage R pour estimer les paramètres des modèles de la famille CAViaR, disponible à l'adresse https://gitlab.com/cacsfre/caviarma. Le code R pour générer le présent document avec bookdown, disponible à l'adresse https://gitlab.com/cacsfre/msc. La famille de modèles CAViaR a été utilisée pour obtenir une estimation du quantile q[indice α] au niveau α. Ces modèles s'adressent directement au quantile d'intérêt au lieu de le calculer indirectement comme dans d'autres cas, par exemple les modèles de type GARCH où l'on s'intéresse plutôt à la volatilité σ² . Les résultats obtenus ici sont comparables à ceux se trouvant dans la littérature tel qu'illustré dans les chapitres 3 et 4.

Cette thèse traite de la détection automatique d’outils chirurgicaux de géométrie linéaire tels que des aiguilles ou des électrodes en imagerie ultrasonore 3D. Une localisation précise et fiable est nécessaire pour des interventions telles que des biopsies ou l’insertion d’électrode dans les tissus afin d’enregistrer leur activité électrique (par exemple dans le cortex cérébral). Le lecteur est introduit aux bases de l’imagerie ultrasonore (US) médicale. L’état de l’art des méthodes de localisation est rapporté. Un grand nombre de méthodes sont basées sur la projection comme la transformation de Hough ou la Projection Intégrale Parallèle (PIP). Afin d’améliorer l’implantation des méthodes PIP connues pour être assez lentes, nous décrivons une possible accélération par approche multirésolution. Nous proposons d’utiliser une méthode d’ajustement de modèle utilisant une approche RANSAC et une optimization locale. C’est une méthode rapide permettant un traitement temps réel et qui a l’avantage d’être très robuste en présence d’autres structures fortement échogènes dans le milieu environnant. Nous proposons deux nouveaux modèles d’apparence et de forme de l’outil dans les images US 3D. La localisation de l’outil peut être améliorée en exploitant son aspect tubulaire. Nous proposons un modèle d’outil utilisant un filtrage rehausseur de ligne que nous avons incorporé dans le schéma de recherche de modèle. La robustesse de cet algorithme de localisation est améliorée au prix d’un temps additionnel de pré-traitement. La localisation temps-réel utilisant le modèle de forme est démontrée par une implantation sur l’échographe Ultrasonix RP. Toutes les méthodes proposées on été testée sur des données de simulation US, des données de fantômes (qui sont des tissus synthétiques imitant les tissus biologiques) ainsi que sur des données réelles de biopsie du sein. Les méthodes proposées ont montré leur capacité à produire des résultats similaires en terme de précision mais en limitant d’avantage le nombre d’échecs de détection par rapport aux méthodes de l’état de l’art basées sur les projections. / This thesis deals with automatic localization of thin surgical tools such as needles or electrodes in 3D ultrasound images. The precise and reliable localization is important for medical interventions such as needle biopsy or electrode insertion into tissue. The reader is introduced to basics of medical ultrasound (US) imaging. The state of the art localization methods are reviewed in the work. Many methods such as Hough transform (HT) or Parallel Integral Projection (PIP) are based on projections. As the existing PIP implementations are relatively slow, we suggest an acceleration by using a multiresolution approach. We propose to use model fitting approach which uses randomized sample consensus (RANSAC) and local optimization. It is a fast method suitable for real-time use and it is robust with respect to the presence of other high-intensity structures in the background. We propose two new shape and appearance models of tool in 3D US images. Tool localization can be improved by exploiting its tubularity. We propose a tool model which uses line filtering and we incorporated it into the model fitting scheme. The robustness of such localization algorithm is improved at the expense of additional time for pre-processing. The real-time localization using the shape model is demonstrated by implementation on the 3D US scanner Ultrasonix RP. All proposed methods were tested on simulated data, phantom US data (a replacement for a tissue) and real tissue US data of breast with biopsy needle. The proposed methods had comparable accuracy and the lower number of failures than the state of the art projection based methods.

Résumé : À partir de 2002, grâce à l’introduction du concept de la Qualité par la Conception (en anglais Quality by Design : QbD) par l’agence américaine des produits alimentaires et médicamenteux, l’industrie pharmaceutique a intensifié les efforts et les investissements pour permettre une libération en temps réel des lots commerciaux. Le QbD propose que la qualité soit construite dès la conception initiale du médicament plutôt que d'être évaluée à la fin de sa fabrication. Ainsi, avec l’initiative QbD, les tests de contrôle de la qualité des médicaments, réalisés après la fabrication des comprimés, peuvent être éliminés si les paramètres qui les influencent sont contrôlés. En effet, ces tests de contrôle qualité dits traditionnels requièrent en général plusieurs heures pour leurs préparations et leurs réalisations. Tel est le cas du test de dissolution. Ce test est très consommateur de ressources matérielles et humaines. La réalisation de stratégies de contrôle pour les tests de dissolution basée sur une approche QbD pourrait être bénéfique pour l'industrie pharmaceutique. À travers ce travail, nous avons pu : • proposer différentes stratégies novatrices de contrôle du test de dissolution de comprimés pharmaceutiques sur la base des principes du QbD, • apporter un nouvel éclairage sur la compréhension des phénomènes impliqués dans la dissolution de comprimés pharmaceutiques. Les résultats de ce projet de recherche ont permis 1) la mise en évidence des paramètres critiques influençant le test de dissolution, 2) l’élaboration et l’évaluation de modèles statistiques pour les combinaisons de variation de paramètres selon un plan d’expérience préalablement conçu, 3) la corrélation du test de dissolution à des paramètres critiques de procédés de fabrication et d’attributs de matériaux grâce aux technologies d’analyse de procédés. // Abstract : With the introduction in 2002 of the concept of Quality by Design (QbD) by the Food and Drug Administration, the pharmaceutical industry intensified efforts and investments to reach real time release of commercial batches, reducing time between manufacturing and availability to the patient. QbD proposes that quality should be built in the initial design of a product rather than being assessed at the end of the tablet manufacturing. Thus, with the QbD initiative, quality control tests of tablets like dissolution testing performed after manufacturing could be removed if the parameters impacting them are controlled. Indeed, quality control tests such as traditional dissolution tests generally require several hours for their preparation and their realizations. Dissolution tests are time consuming, require large amounts of material and human resources. The elimination of these tests through a QbD approach could be beneficial for the pharmaceutical industry. Thanks to this work, it was possible to :  propose different innovative strategies to control the dissolution test of pharmaceutical tablets based on the principles of Quality by Design,  have a better understanding of this quality control test. The main results relies on 1) the identification of critical parameters influencing the dissolution test, 2) the development and evaluation of statistical models for the combination of variation of parameters according to an experimental design, 3) the correlation of dissolution test to critical manufacturing process parameters and attributes of materials through process analysis technology.

Cette thèse a pour objectif de construire une méthodologie pour l'utilisation en prévision des crues d'un modèle pluie-débit conceptuel. Le modèle retenu pour cette étude est le modèle GR3J. Le premier problème a été de vérifier que le modèle GR3J peut être appliqué à un pas de temps nettement plus court que 24 heures. Ensuite on a analysé les paramètres: surface de réponse, sensibilité et variabilité. Ces analyses ont suggéré une méthodologie pour la prévision des crues que l'on peut caractériser par: 1) ajustement rétroactif des paramètres avec raccordement au fonctionnement en continu du modèle, 2) fonction objectif d'ajustement comportant les deux dernières erreurs et les déviations des paramètres et 3) ajustement conjoint des paramètres et des niveaux des réservoirs pour garantir la continuité des débits. Cette méthodologie a été illustrée sur deux bassins versants expérimentaux français.

Dans cette thèse, nous avons développé deux approches pour la construction de contrôleurs approchés semi-décentralisés. La thèse est partagée en deux parties, chaque partie décrivant une approche précise. Première Partie: elle traite de l'approximation semi-décentralisée d'un contrôle optimal pour des équations aux dérivées partielles (EDPs) dans un domaine borné. Dans cette partie on présente une méthode de calcul de contrôle optimal pour des systèmes distribués linéaires avec un opérateur d'entré borné ou non borné. Sa construction repose sur le calcul fonctionnel des opérateurs auto-adjoints et sur la formule de Dunford- Schwartz. Elle est conçue pour des architectures de calcul à très fine granularité, avec coordination semi-décentralisée. Enfin, elle est illustrée par des exemples portant en particulier sur la stabilisation interne de la chaleur, la stabilisation des vibrations d'une poutre, la stabilisation des vibrations dans une matrice de micro-cantilevers... Deuxième Partie: elle est consacrée à l'obtention de réalisations d'état, d'opérateurs linéaires solutions de quelques équations opératorielles différentielles linéaires dans des domaines bornés mono-dimensionnels. Nous proposons deux approches dans le cadre de réalisations diffusives. La première utilise des symboles complexes et la seconde des symboles réels sur l'axe réel. Puis, on illustre la théorie et on développe des méthodes numériques pour le contexte d'une application à l'équation de Lyapunov issue de la théorie du contrôle optimal pour l'équation de la chaleur. Un intérêt pratique pour cette approche est le calcul en temps réel sur des processeurs organisés pour une architecture semi-décentralisée.

L’intégration du génome du virus papilloma humain (VPH) a été reconnu jusqu’`a récemment comme étant un événnement fréquent mais pourtant tardif dans la progression de la maladie du col de l’utérus. La perspective temporelle vient, pourtant, d’être mise au défi par la détection de formes intégrées de VPH dans les tissus normaux et dans les lésions prénéoplasiques. Notre objectif était de déterminer la charge virale de VPH-16 et son état physique dans une série de 220 échantillons provenant de cols uterins normaux et avec des lésions de bas-grade. La technique quantitative de PCR en temps réel, méthode Taqman, nous a permis de quantifier le nombre de copies des gènes E6, E2, et de la B-globine, permettant ainsi l’évaluation de la charge virale et le ratio de E6/E2 pour chaque spécimen. Le ratio E6/E2 de 1.2 ou plus était suggestif d’intégration. Par la suite, le site d’intégration du VPH dans le génome humain a été déterminé par la téchnique de RS-PCR. La charge virale moyenne était de 57.5±324.6 copies d'ADN par cellule et le ratio E6/E2 a évalué neuf échantillons avec des formes d’HPV intégrées. Ces intégrants ont été amplifiés par RS-PCR, suivi de séquençage, et l’homologie des amplicons a été déterminée par le programme BLAST de NCBI afin d’identifier les jonctions virales-humaines. On a réussi `a identifier les jonctions humaines-virales pour le contrôle positif, c'est-à-dire les cellules SiHa, pourtant nous n’avons pas detecté d’intégration par la technique de RS-PCR dans les échantillons de cellules cervicales exfoliées provenant de tissus normaux et de lésions de bas-grade. Le VPH-16 est rarement intégré dans les spécimens de jeunes patientes. / Integration of human papillomavirus (HPV) has, until recently, been a frequent but late event in cervical carcinogenesis. The temporal view has, however, been challenged lately as integrated forms of HPV have been detected even in normal and preneoplastic lesions. Our objective was to describe HPV 16 load and physical state in a series of 220 normal and low grade cervical samples. We used quantitative real-time PCR, Taqman method, targeting E6, E2 and B-globin to calculate the HPV 16 load and the E6/E2 ratio in each sample. An E6/E2 ratio of 1.2 was used as a surrogate marker of integration. The site of integration was determined by restriction site PCR. Results show that the average viral load was 57.5±324.6 copies of DNA per cell, while E6/E2 ratio identified 9 samples with integrants. These integrants underwent amplification by restriction site PCR, followed by sequencing and nucleotide blast to identify the human-viral junctions. In conclusion, although it was possible to identify viral-host junctions with the integration positive control, that is, the SiHa cell line, the exfoliated cells of normal and low grade cervical lesions were negative for integration site by RS-PCR. HPV-16 is seldom integrated in specimens from young patients.

Pour respecter les droits d’auteur, la version électronique de ce mémoire a été dépouillée de ses documents visuels et audio‐visuels. La version intégrale du mémoire a été déposée au Service de la gestion des documents et des archives de l'Université de Montréal. / Cette recherche propose une analyse du jeu de stratégie en temps réel StarCraft (Blizzard Entertainment, 1998). Il s’agit de questionner le concept de stratégie dans le jeu sans s’en tenir à ce qu’on peut voir et entendre. Ce mémoire débute sur une description du jeu en détails afin de faire ressortir comment la stratégie joue un rôle dans l’ensemble des compétences qui y sont mobilisées. Ensuite, le cercle heuristique du processus stratégique offre une modélisation du fonctionnement de la stratégie en tant que processus cognitif, basé sur les états du jeu inférés chez le joueur et sur ses plans stratégiques. Ce modèle et les concepts qui en découlent sont consolidés par des analyses de parties spécifiques de StarCraft. / This thesis offers an analysis of the Real-Time Strategy game StarCraft (Blizzard Entertainment, 1998). Its goal is to explore beyond the visible and audible part of the game to elucidate the concept of strategy into play. Following a description of the game and its constraints, it demonstrates how strategy plays a major role within the skills needed to play. Then, our “heuristic circle of the strategic process” describes how strategy works as a cognitive process, and how it interacts with both the game states inferred by the player and his or her strategic plans. Finally, this model and its underlying concepts are supported by close analyses of StarCraft game sequences.

L’intégrité de notre système sensorimoteur est essentielle aux interactions adéquates avec notre environnement. Dans la maladie de Parkinson (MP), l’efficacité des interactions quotidiennes entre le corps et l’environnement est fréquemment réduite et diminue la qualité de vie. La MP est une maladie neurodégénérative résultant prioritairement d’une perte neuronale dopaminergique dans les ganglions de la base (GB). Cette dégénérescence altère le fonctionnement normal de la circuiterie associant les GB au cortex cérébral. L’administration de médications dopaminergiques permet d’améliorer les principaux symptômes cliniques moteurs de la MP. Cette thèse porte sur les rôles des GB dans les processus de traitement et d’intégration des informations sensorielles visuelle et proprioceptive et dans les mécanismes d’adaptation visuomotrice. Elle s’intéresse également à l’influence de la médication dopaminergique sur ces fonctions sensorimotrices. Nous avons réalisé trois études comportementales, utilisant l’atteinte manuelle tridimensionnelle comme modèle expérimental. Dans chacune de ces études, nous avons comparé la performance de personnes âgées en santé à celle de personnes souffrant de la MP avec et sans leur médication antiparkinsonienne quotidienne. Ces trois études ont été réalisées à l’aide d’un système d’analyse de mouvement et une station de réalité virtuelle. Dans la première étude, nous avons évalué si les GB sont prioritairement impliqués dans l’intégration sensorimotrice ou le traitement des informations proprioceptives. Pour se faire, nous avons testé la capacité des patients MP à effectuer des atteintes manuelles tridimensionnelles précises dans quatre conditions variant la nature des informations sensorielles (visuelles et/ou proprioceptives) définissant la position de la main et de la cible. Les patients MP ont effectué, en moyenne, de plus grandes erreurs spatiales que les personnes en santé uniquement lorsque les informations proprioceptives étaient la seule source d’information sensorielle disponible. De plus, ces imprécisions spatiales étaient significativement plus grandes que celles des personnes en santé, seulement lorsque les patients étaient testés dans la condition médicamentée. La deuxième étude présentée dans cette thèse a permis de démontrer que les imprécisions spatiales des patients MP dans les conditions proprioceptives étaient le résultat de déficits dans l’utilisation en temps réel des informations proprioceptives pour guider les mouvements. Dans la troisième étude, nous avons évalué si les GB sont prioritairement impliqués dans les mécanismes d’adaptation visuomotrice explicite ou implicite. Pour se faire, nous avons testé les capacités adaptatives des patients MP dans deux tâches variant le décours temporel de l’application d’une perturbation visuomotrice tridimensionnelle. Dans la tâche explicite, la perturbation était introduite soudainement, produisant de grandes erreurs détectées consciemment. Dans la condition implicite, la perturbation était introduite graduellement ce qui engendrait de petites erreurs non détectables. Les résultats montrent que les patients MP dans les conditions médicamentée et non médicamentée présentent des déficits adaptatifs uniquement dans la tâche explicite. Dans l’ensemble, les résultats expérimentaux présentés dans cette thèse montrent que la médication dopaminergique n’améliore pas le traitement des afférences proprioceptives et l’adaptation visuomotrice des personnes souffrant de la MP. Ces observations suggèrent que les dysfonctions dans les circuits dopaminergiques dans les GB ne sont pas les seules responsables des déficits observés dans ces fonctions sensorimotrices. / The integrity of our sensorimotor system is essential for adequate interactions with the environment. In Parkinson’s disease (PD), the efficiency of the daily interactions between the body and the environment is often reduced and interfere with quality of life. PD is a neurodegenerative disease resulting primarily from a dopaminergic neuronal loss in the basal ganglia (BG). This progressive loss of neurons alters the normal functioning of the BG-cortical circuitry. Dopaminergic medication is well known to remediate the major clinical motor symptoms of PD. This thesis investigates the role of the BG in the processing and integration of visual and proprioceptive sensory information and in visuomotor adaptation. This thesis also explores the influence of dopaminergic medication on these sensorimotor functions. We performed three behavioral studies using three-dimensional reaching movements as an experimental model. In each study, we compared the performance of healthy controls and individuals suffering from PD, while in the non-medicated condition and when on their regular daily antiparkinsonian medication. These three studies were performed using a movement analysis system and a virtual reality station. In the first study, we evaluated whether the BG are primarily involved in sensorimotor integration or in the processing of proprioceptive sensory information. We tested the ability of PD patients to perform accurate reaching movements in four conditions in which the sensory signals defining target and hand positions (vision and/or proprioception) varied. On average, PD patients made larger spatial errors than healthy controls when proprioception was the only source of sensory information available. Furthermore, these movement inaccuracies were significantly larger than those of healthy controls only when PD patients where tested in the medicated condition. The second study presented in this thesis demonstrated that the greater movement inaccuracies of PD patients in the proprioceptive conditions resulted mainly from impaired use of proprioceptive information for on-line movement guidance. In the third study, we evaluated whether the BG are primarily involved in explicit or implicit visoumotor adaptation mechanisms. Visuomotor adaptation skills of non-medicated and medicated patients were assessed in two reaching tasks in which the size of spatial errors made during adaptation was manipulated by varying the temporal evolution of a three-dimensional visuomotor perturbation across trials. In the explicit task, the visuomotor perturbation was applied suddenly resulting in large consciously detected initial spatial errors, whereas in the implicit task, the visuomotor perturbation was gradually introduced in small undetectable steps such that subjects never experienced large movement errors. Results indicate that both non- medicated and medicated PD patients showed markedly impaired visuomotor adaptation only in the explicit task. Together, the different experimental data presented in this thesis indicate that dopaminergic medication does not improve proprioceptive processing and visuomotor adaptation skills of PD patients. These observations suggest that dysfunction of dopaminergic circuits within the BG is not solely responsible for the reported sensorimotor deficits.