Submitted by Ayla Blanco Poltronieri null (aylinha_bp@hotmail.com) on 2016-03-11T02:05:30Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Pós Defesa.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) / Approved for entry into archive by Sandra Manzano de Almeida (smanzano@marilia.unesp.br) on 2016-03-14T12:33:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 poltronierioliveira_ab_me_sjrp.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-14T12:33:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 poltronierioliveira_ab_me_sjrp.pdf: 1526886 bytes, checksum: b50424a42154b92cbde06c084bf0975d (MD5) Previous issue date: 2016-03-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Introdução: A inflamação crônica desencadeada pela bactéria Helicobacter pylori (H. pylori), a qual é considerada o principal fator ambiental relacionado ao câncer gástrico, está associada ao desenvolvimento e progressão de lesões gástricas pré-cancerosas, desencadeando diversas modificações histológicas e moleculares que promovem a transformação maligna do estômago. Para isso, conta com fatores de virulência que promovem alterações superficiais e em vias de sinalização das células epiteliais gástricas. Consequentemente pode levar a alterações no padrão de expressão de genes supressores tumorais e da atividade de enzimas DNA metil transferases (DNMTs), responsáveis pela metilação do DNA e silenciamento gênico. Objetivos: O presente estudo avaliou se a infecção pela bactéria H. pylori, bem como sua erradicação, altera a expressão do RNAm dos genes supressores SOCS1, RPRM, RUNX3 e dos genes de DNMTs (DNMT1, DNMT3A e DNMT3B) em pacientes com gastrite crônica infectados (Hp+) em comparação com indivíduos com gastrite crônica sem infecção (Hp-). Além disso, investigou a ocorrência de correlação negativa entre a expressão do RNAm dos genes supressores tumorais com a dos genes das DNMTs, assim como a associação dos níveis de expressão gênica em relação aos fatores de risco idade, sexo, tabagismo, etilismo e genótipo bacteriano cagA. Material e Métodos: A quantificação relativa (RQ) do RNAm foi realizada por PCR (polymerase chain reaction) quantitativa em tempo real (qPCR) utilizando ensaios TaqMan® em 9 pacientes com gastrite crônica Hp- e 19 Hp+, sendo estes também avaliados três meses depois da terapia de erradicação bacteriana. O diagnóstico molecular e genotipagem do fator de virulência cagA foram realizados por PCR convencional. Resultados: Os resultados mostraram que a infecção pela H. pylori e sua erradicação não alteraram significantemente a expressão dos genes SOCS1, RPRM, RUNX3 e DNMTs, as quais apresentaram, de modo geral, expressão reduzida (RQ< 1,0), enquanto foi observado expressão mais elevada de SOCS1 e RPRM no grupo sem infecção Hp-. Quanto aos fatores de risco, também não foram encontradas associações significantes com os níveis de expressão dos genes avaliados. A análise de correlação não mostrou correlação negativa da expressão gênica entre os supressores tumorais e as DNMTs, mas evidenciou algumas correlações positivas entre a expressão dos genes SOCS1 e DNMT1 e do RPRM com DNMT3A e DNMT3B no grupo Hp+, que podem ter sido casuais. Conclusão: Nossos resultados não indicam que a infecção causada pela bactéria H. pylori e sua erradicação em pacientes com gastrite crônica afetam a expressão dos supressores tumorais SOCS1, RPRM, RUNX3 e das DNMTs, assim como que seja influenciada pelos fatores idade, sexo, tabagismo, etilismo e genótipo bacteriano cagA. Além disso, a expressão reduzida das DNMTs e ausência de correlação negativa com a dos genes supressores tumorais não permite indicar que a baixa expressão dos genes supressores tumorais seja devido a hipermetilação do DNA em consequência da infecção. / Introduction: Chronic inflammation caused by Helicobacter pylori (H. pylori), which is considered the main environmental factor related to gastric cancer, is associated with the development and progression of precancerous gastric lesions, triggering several histological and molecular changes that promote stomach malignant transformation. For this, it has virulence factors promoting superficial and signaling pathways of gastric epithelial cells changes. Consequently, it can lead to alterations in the expression of tumor suppressor genes and DNA enzyme activity methyl transferases (DNMTs), responsible for DNA methylation and gene silencing. Objectives: This study evaluated whether the infection by the bacterium H. pylori and its eradication change the mRNA expression of suppressor genes SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs (DNMT1, DNMT3A and DNMT3B) genes in patients with chronic gastritis infected (Hp+) compared to individuals with chronic gastritis without infection (Hp-). In addition, we investigated the occurrence of negative correlation between mRNA expression of tumor suppressor genes with the ones of DNMTs, as well as the association of gene expression levels in relation to the risk factors age, sex, smoking, drinking and bacterial genotype cagA. Methods: The relative quantification (RQ) mRNA was performed by PCR (polymerase chain reaction) quantitative real-time (qPCR) using TaqMan® assays in 9 patients with chronic gastritis Hp- and 19 Hp+, which are also evaluated three months after bacterial eradication therapy. The molecular diagnostics and genotyping of the virulence factors CagA were performed by standard PCR. Results: The results showed that the infection by H. pylori and eradication did not significantly alter the gene expression of SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs, which presented, in general, reduced expression (RQ <1.0); on the other hand, higher expression of SOCS1 and RPRM was observed in the group without Hp- infection. As for risk factors, no significant associations with the expression levels of evaluated genes were found. The correlation analysis not showed a negative correlation of gene expression in the tumor suppressor and DNMTs, but showed some positive correlations between the expression of SOCS1 and DNMT1 genes and RPRM with DNMT3A and DNMT3B the Hp + group, which may have been casual. Conclusion: Our findings do not indicate that the infection caused by the bacterium Helicobacter pylori and its eradication in patients with chronic gastritis affect the expression of tumor suppressor SOCS1, RPRM, RUNX3 and DNMTs, as it is influenced by factors such as age, sex, smoking, alcoholism and bacterial genotype cagA. Furthermore, the reduced expression of DNMTs and no negative correlation with the tumor suppressor genes do not indicate that the low expression of tumor suppressor genes is due to DNA hypermethylation in consequence of infection. / CNPq: 474.776/2013-1 / FAPESP: 2012/15036-8

Proper regulation of cellular proliferation is critical for normal development and cancer prevention. Most, if not all, cancers contain mutations in the Rb/E2F pathway, which controls cellular proliferation. Inactivation of the retinoblastoma protein (Rb) can occur through Rb loss, mutation, or inactivation by cellular or viral oncoproteins leading to unrestrained proliferation. This occurs primarily by de-repression and activation of the E2F transcription factors, which promote the transition of cells from the G1to S phase of the cell cycle. In order to protect against loss of growth control, the p53 tumor suppressor is able to induce programmed cell death, or apoptosis, in response to loss of proper Rb cell cycle regulation. E2F1 serves as the primary link between the Rb growth control pathway and the p53 apoptosis pathway. While the pathway(s) linking E2F1 to p53 activation and apoptosis are unclear, it has been proposed that E2F1 activates p53-dependent apoptosis by transactivation of p19ARF leading to inhibition of Mdm2-promoted degradation of p53. We tested this hypothesis, and found that p19ARFis not required for E2F1-induced apoptosis. Instead, we find that expression of E2F1 leads to covalent modifications of p53 that correlate with p53 activation and are required for apoptosis. The observation that E2F1 induces covalent modification of p53 is consistent with the p53 modifications observed following DNA damage. We therefore hypothesized that E2F1 may be activating components of the DNA damage response to activate p53 and kill cells. Consistent with the DNA damage response, we find that E2F1-induced apoptosis is compromised in cells from patients with the related disorders ataxia telangiectasia and Nijmegen breakage syndrome, lacking functional Atm and Nbs1 gene products, respectively. E2F1-induced apoptosis and p53 modification also requires the human checkpoint kinase Chk2, another component of the DNA damage response. We find that the commitment step in E2F1-induced apoptosis is the induction of Chk2. Having found that E2F1 requires DNA damage kinases to induce apoptosis, we next examined events upstream of kinase activation. To this end, we observe relocalization of the DNA damage repair MRN complex (composed of Mre11, Nbs1, and Rad50) to nuclear foci specifically following expression of E2F1. Expression of E2F1 also induces relocalization of the DNA damage recognition proteins γH2AX and 53BP1 to nuclear foci, consistent with the location of these complexes observed following DNA double strand breaks. As a consequence of activating some or all of these DNA damage signaling proteins, expression of E2F1 blocks cell cycle progression in diploid human fibroblasts. The observed block in cell cycle progression is found to be, in part, due to activation of a p21-dependent cell cycle checkpoint. The E7 protein from the oncogenic human papillomavirus (HPV) is able to bind to and inactivate members of the Rb family. HPV infects quiescent, non-cycling cells that lack expression of DNA replication machinery that is essential for replication of the viral genome. By expression of the E7 protein, HPV is able to bypass normal Rb-mediated growth control and induce quiescent cells to enter S phase where the host cell DNA replication enzymes are present for viral replication. We find that expression of E7 can also result in apoptosis that is dependent specifically on E2F1. Additionally, E7-induced apoptosis, like E2F1-induced apoptosis, requires Atm, Nbs1, and Chk2. Expression of E7, like that of E2F1, induces E2F1-dependent covalent modification of p53 that correlates with apoptosis induction. These findings demonstrate that deregulation of the Rb/E2F growth control pathway leads to activation of an apoptosis program with some similarity to the pathways activated by DNA damage. Our observations suggest that E2F1 not only functions as a sensor for deregulation of Rb, but may also play an important role in regulating cellular growth control in response to other oncogenic stimuli.

Contrôle de la signalisation oncogénique du mutant L858R de l'EGFR par la protéine suppresseur de tumeur p14ARF dans les adénocarcinomes pulmonaires. Le récepteur à l'EGF (EGFR) est un oncogène puissant impliqué dans le développement des cancers du poumon. Dans ces cancers, la présence de mutations activatrices de l'EGFR (majoritairement L858R et Del19) est un facteur prédictif de réponse aux agents pharmacologiques qui ciblent spécifiquement ce récepteur (EGFR-TKI). Cependant, l'association entre réponse thérapeutique et mutation est plus complexe que prévue, soulignant la nécessité d'approfondir la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans développement de ces cancers. Nous avons précédemment montré que la quasi-totalité des tumeurs pulmonaires avec des mutations activatrices de l'EGFR présente une expression faible ou indétectable de la protéine suppressive de tumeur p14ARF. Ces résultats nous ont conduites à émettre l'hypothèse que l'expression de p14ARF était un frein essentiel à l'expansion clonale de ces cellules. Nous décrivons pour la première fois une relation fonctionnelle entre p14ARF et du mutant L858R de l'EGFR dans laquelle p14ARF inhibe la croissance de cellules exprimant ce mutant en induisant leur apoptose. Les effets suppresseurs de tumeur de p14ARF impliquent une fonction pro-apoptotique originale de STAT3 qui conduit à l'inhibition de l'expression de la protéine anti-apoptotique Bcl-2. De plus, nous montrons que les cellules EGFR-L858R maintiennent leur avantage de croissance en inhibant l'expression de p14ARF et la signalisation pro-apoptotique STAT3/Bcl-2 qui en découle. Nos résultats identifient également p14ARF comme une nouvelle cible transcriptionnelle de STAT3, mettant ainsi en évidence une boucle de rétrocontrôle positif entre ces deux protéines qui pourrait entretenir la signalisation pro-apoptotique médiée par STAT3. Sur la base de ces résultats, nous suggérons que la réactivation de la voie p14ARF/STAT3/Bcl-2 pourrait être une nouvelle stratégie thérapeutique dans le traitement de ces cancers. / Control of EGFR-L858R oncogenic signaling pathway by the p14ARF tumor suppressor in lung adenocarcinoma. The EGF receptor (EGFR) is a strong oncogene involved in lung carcinogenesis. In these cancers, sensitivity to inhibitors of the EGFR tyrosine kinase activity (EGFR-TKI) has been shown to be related to the presence of activating mutations in the TK domain of EGFR (mainly L858R and Del19). However, the association between mutations and responsiveness to EGFR-TKI based treatment is more complex than previously envisioned, underlying the pressing need to study thoroughly the molecular mechanisms of lung cancer growth. We previously showed that almost all lung cancer with EGFR activated mutations has very low or undetectable levels of the p14ARF tumor suppressor protein. These results led us to postulate that expression of p14ARF is an efficient break against clonal proliferation of these cells. We report for the first time a relationship between p14ARF and mutant EGFR-L858R in which p14ARF inhibits the growth of EGFR-L858R expressing cells by inducing apoptosis. The p14ARF tumor suppressor effects involve an original STAT3 pro-apoptotic function that drives the inhibition of the anti-apoptotic Bcl-2 protein. Moreover, we show that the EGFR-L858R mutant maintains their survival and proliferation characteristics by inhibiting p14ARF expression and consequently the STAT3/Bcl-2 pro-apoptotic pathway. Our results also identify p14ARF as a new transcriptional target of STAT3, therefore providing evidence of a positive feed-back loop that could maintain STAT3 pro-apoptotic pathway. Based on these data, we suggest that manipulation of this pathway could be a therapeutic strategy for lung cancer treatment.

A kisspeptina, codificada pelo gene KISS1, é um neuropeptídeo crucial na regulação do início da puberdade. A kisspeptina estimula a secreção hipotalâmica do hormônio liberador de gonadotrofinas (GnRH) após se ligar ao seu receptor GPR54. Mutações inativadoras do GPR54 são atualmente consideradas como uma causa rara de hipogonadismo hipogonadotrófico isolado (HHI) normósmico. Recentemente, uma mutação ativadora no receptor GPR54 foi implicada na patogênese da puberdade precoce dependente de gonadotrofinas (PPDG). Com base nesses achados, levantamos a hipótese de que alterações no gene KISS1 poderiam contribuir para a patogênese de distúrbios puberais centrais. O objetivo do presente estudo foi investigar a presença de variantes no gene KISS1 em pacientes com PPDG e HHI. Sessenta e sete crianças brasileiras com PPDG (63 meninas e 4 meninos) e 61 pacientes com HHI (40 homens e 21 mulheres) foram selecionados, incluindo casos esporádicos e familiares em ambos os grupos. A população controle consistiu de 200 indivíduos com história de desenvolvimento puberal normal. A região promotora e os 3 exons do gene KISS1 foram amplificados e submetidos a sequenciamento automático. Duas novas variantes no gene KISS1, p.P74S e p.H90D, foram identificadas em duas crianças não relacionadas, portadoras de PPDG idiopática. Ambas as variantes estão localizadas na região amino-terminal da kisspeptina-54 e estavam ausentes em 400 alelos controles. A variante p.P74S foi identificada em heterozigose em um menino que desenvolveu puberdade com um ano de idade. Sua mãe e avó materna, que apresentavam história de desenvolvimento puberal normal, eram portadoras da mesma variante em heterozigose, sugerindo penetrância incompleta e/ou herança sexo-dependente. A variante p.H90D foi identificada em homozigose em uma menina com PPDG, que desenvolveu puberdade aos seis anos de idade. Sua mãe, com história de menarca aos dez anos de idade, era portadora da mesma variante em heterozigose. Células transfectadas estavelmente com GPR54 foram estimuladas com concentrações crescentes de kisspeptina-54 (kp-54) humana selvagem ou contendo as mutações (kp-54 H90D e kp-54 P74S) e o acúmulo de fosfato de inositol (IP) foi medido. Nos estudos in vitro, a kp-54 P74S apresentou uma capacidade de ativação do receptor GPR54 semelhante à kp-54 selvagem. A kp-54 p.H90D mostrou uma ativação da sinalização do receptor significativamente mais potente que a kp-54 selvagem, sugerindo que essa é uma mutação ativadora. No grupo de HHI, uma nova variante (c.588-589insT) foi identificada em heterozigose na região 3 não traduzida do gene KISS1 em um paciente do sexo masculino. O papel dessa variante no fenótipo de HHI permanece indeterminado. Em conclusão, duas mutações no gene KiSS1 foram descritas pela primeira vez em associação com PPDG. / Kisspeptin, encoded by the KISS1 gene, is an important regulator of puberty onset. After binding to its receptor GPR54, kisspeptin stimulates gonadotropin-releasing hormone secretion by the hypothalamic neurons. Inactivating GPR54 mutations are a rare cause of normosmic isolated hypogonadotropic hypogonadism (IHH). Recently, a unique GPR54 activating mutation was implicated in the pathogenesis of gonadotropin dependent precocious puberty (GDPP). Based on these observations, we hypothesized that mutations in the KISS1 gene might be associated with central pubertal disorders. The aim of this study was to investigate KISS1 mutations in idiopathic GDPP and normosmic IHH. Sixty-seven Brazilian children (63 girls and 4 boys) with idiopathic GDPP and 61 patients with normosmic IHH (40 men and 21 women) were selected. Familial and sporadic cases were included in both groups. The control population consisted of 200 individuals who had normal timing of puberty. The promoter region and the 3 exons of the KISS1 gene were amplified and automatically sequenced. Two novel KISS1 missense mutations, p.P74S and p.H90D, were identified in two unrelated children with idiopathic GDPP. Both mutations were absent in 400 control alleles and are located in the amino-terminal region of kisspeptin-54. The p.P74S mutation was identified in the heterozygous state in a boy who developed puberty at 1 yr of age. His mother and maternal grandmother, who had normal pubertal development, were also heterozygous for the p.P74S mutation, suggesting incomplete penetrance and/or sex-dependent inheritance. The p.H90D mutation was identified in the homozygous state in a girl with GDPP, who developed puberty at 6 yr of age. Her mother, who had menarche at 10 yr of age, carried the p.H90D mutation in the heterozygous state. CHO cells stably transfected with GPR54 were stimulated with different concentrations of synthetic human wild type or mutant kisspeptin-54 (KP54) and inositol phosphate (IP) accumulation was measured. In vitro studies revealed that the capacity of the p.P74S mutant KP54 to stimulate IP production was similar to the wild type. The p.H90D kisspeptin-54 showed a significantly more potent activation of GPR54 signaling in comparison to the wild type in vitro, suggesting a gain-of-function mutation. In the IHH group, a heterozygous variant in the 3 UTR of the KISS1 gene (c.588-589insT) was identified. The role of this variant in the IHH phenotype remains to be determined. In conclusion, two KiSS1 mutations were described for the first time in association with GDPP.

Aproximadamente 80% dos casos com Neoplasia endócrina múltipla tipo 1 (NEM1) possuem mutações germinativas no gene supressor de tumor MEN1, que os predispõem a tumores nas glândulas paratireóides, pâncreas endócrino e hipófise, além de outros tumores não endócrinos. A tumorigênese dos mais de 20 diferentes tipos de neoplasias já descritas na NEM1 ocorre pela presença da mutação germinativa MEN1 associadas a um segundo evento mutacional nas células desses tecidos, levando à perda de heterozigose (LOH) do locus do gene MEN1 (11q13) e à inativação da proteína supressora de tumor codificada por esse gene, a proteína MENIN. Recentemente, mutações germinativas em outros genes foram descritas em casos com NEM1 sem mutações no gene MEN1. Esses novos genes (CDKN1A, CDKN1B, CDNK2B e CDKN2C) codificam proteínas envolvidas no controle do ciclo celular (p21, p27, p15 e p18), chamadas proteínas inibidoras de quinases dependentes de ciclinas. Outro gene, chamado AIP, que codifica uma proteína chaperona de mesmo nome, também foi recentemente descrito associado à NEM1. Esses trabalhos descreveram o papel desses novos genes na NEM1, em nível germinativo, entretanto não esclareceu se esses novos genes estão inativados nos tumores de pacientes com NEM1 com mutação MEN1. O presente estudo investigou, pela primeira vez, o status somático do gene p27Kip1 em pacientes com mutação MEN1 e identificou quatro possíveis perda de heterozigose (LOH) em tumores de paratireóides e pâncreas, sugerindo que além de 11q13LOH, os tumores NEM1 podem sofrer raras perdas adicionais do gene supressor tumoral p27Kip1. Essas são as primeiras evidências na literatura de um processo de tumorigênese multi-step na NEM1, envolvendo três eventos genéticos: 1- Mutação germinativa MEN1; 2- 11q13-LOH; 3- Perda somática do gene supressor de tumor p27Kip1/CDKN1B / Approximately 80% of cases with multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1) harbor a germline mutation in the tumor suppressor gene MEN1, which predisposes these patients to tumors comprehending the parathyroid and pituitary glands, endocrine pancreas and others non-endocrine tumors. The tumorigenesis of the more than 20 different types of tumors already described in the MEN1 syndrome occurs due to a MEN1 germline mutation associated with a second mutational event in the cells of these tissues, leading to loss of heterozygosity (LOH) of the MEN1 gene locus (11q13) and therefore inactivation of tumor suppressor protein encoded by this gene, MENIN protein. Recently, germline mutations in other genes have been described in cases with MEN1 without any detectable mutations in the MEN1 gene. These novel genes (CDKN1A, CDKN1B, CDNK2B and CDKN2C) encode proteins involved in the control of the cell cycle (p21, p27, p15 and p18), called cyclin dependent kinases inhibitors. Another gene, called AIP, which encodes a chaperon protein with the same name, was recently described associated with MEN1 phenotypes. These data described a role for these novel genes in the germline level, however whether they are inactivated in tumors of patients with MEN1 mutation is so far not clarified. The present study investigated for the first time, the somatic status of p27KIP1 gene mutation in patients with MEN1 and identified four possible loss of heterozygosity (LOH) in tumors of the parathyroid and pancreas, suggesting that in addition 11q13-LOH, MEN1 tumors may suffer rare loss additional tumor suppressor gene p27KIP1. These are the first evidence in the literature of a process of tumorigenesis in MEN1 multi-step, involving three genetic events: 1-MEN1germlinemutation; 2-11q13LOH; 3-Loss of somatic tumor suppressor gene p27Kip1/CDKN1B

O complexo da esclerose tuberosa (TSC) é um transtorno genético, sistêmico, com expressividade variável e herança autossômica dominante. Clinicamente manifesta-se devido ao desenvolvimento de hamartomas e hamártias em diferentes tecidos, principalmente no cérebro, rins, coração, pele e pulmões, podendo causar disfunção do órgão. Mutação em um de dois genes supressores tumorais, TSC1 ou TSC2, são responsáveis pelo TSC. Os genes TSC1 e TSC2 codificam para hamartina e tuberina, respectivamente. Ambas as proteínas interagem fisicamente formando um complexo citosólico que inibe mTOR (mammalian target of rapamycin). Testes moleculares para TSC1 e TSC2 são úteis para auxiliar no diagnóstico de casos clínicos difíceis, em aconselhamento genético e estudos de associação genótipo-fenotípica, além de permitirem a caracterização molecular de mecanismos patogenéticos da formação dos hamartomas e análises funcionais de seus produtos gênicos. Apesar de o diagnóstico de TSC ser basicamente clínico, a partir da revisão de seus critérios em 2012 por um grupo de especialistas, o achado de uma mutação em TSC1 ou TSC2 passou a ser considerado suficiente para o diagnóstico definitivo da doença. O estudo apresentado aqui é parte de um projeto em andamento para estabelecer condições ao desenvolvimento de análise de mutações causadoras de TSC nos genes TSC1 e TSC2. Nosso objetivo neste trabalho foi avaliar por sequenciamento de Sanger o DNA genômico de 28 pacientes brasileiros com diagnóstico definitivo de TSC, procedentes dos estados de São Paulo ou Paraná, tendo como alvo a sequência codificadora do gene TSC1, parte de seus segmentos intrônicos, o promotor basal, bem como o segmento imediatamente a 5\' deste. Sete pacientes (25%) apresentaram mutações de sentido trocado (nonsense) ou com deslocamento da leitura à tradução (frameshift) no gene TSC1. Entre 31 outras variantes de DNA encontradas, 23 são polimorfismos conhecidos e oito apresentaram frequência inferior a 1%, como verificado in silico entre mais de mil sequências de genomas humanos. Entre essas oito variantes de DNA novas ou raras, quatro foram detectadas em pacientes para os quais uma mutação patogênica havia sido identificada e, por isso, foram reclassificadas como polimorfismos. Duas e uma variantes de DNA do mesmo paciente flanqueavam um sítio de ligação em potencial para um fator de transcrição específico, a 5\' do promotor basal de TSC1. Por fim, uma nova variante de DNA na região não codificadora do éxon 2 do gene TSC1 foi predita com potencial para alterar um elemento candidato a acentuador de splicing. Em resumo, como observado em estudos anteriores, descrevemos aqui 25% dos pacientes com TSC apresentando mutações patogênicas na sequência codificadora do gene TSC1. Nossos dados mostraram quatro novas variantes de DNA em regiões potencialmente reguladoras da expressão do gene TSC1, que podem revelar-se como mutações patogênicas e, portanto, necessitam ser testadas experimentalmente / Tuberous sclerosis complex (TSC) is a multisystem disorder, with variable expression and autosomal dominant inheritance. Clinically it is due to hamartia and hamartoma development in different tissues, notably in the brain, kidneys, heart, skin and lungs, causing organ dysfunction. Mutations in either tumor suppressor gene, TSC1 or TSC2, are responsible for TSC. TSC1 and TSC2 genes code for hamartin and tuberin, respectively. Both proteins physically interact forming a cytosolic complex that inhibits the mammalian target of rapamycin (mTOR). TSC1 and TSC2 molecular testing has been useful in diagnosing clinically challenging cases, in genetic counseling and genotype/phenotype association studies, besides evaluation of the molecular basis of hamartoma formation and functional analyses of both gene products. Although TSC diagnosis is basically clinical, since the 2012 specialist panel review the finding of a TSC1 or TSC2 mutation has been considered sufficient for the definite diagnosis of the disease. The results presented here are part of an ongoing project to establish conditions for TSC1 and TSC2 mutation studies. Our first aim is to evaluate by Sanger sequencing TSC1 coding sequence, and an average of 132 base pairs of intronic regions next to exon boundaries from TSC patients, in addition to the gene core promoter. We present preliminary results of a sample of 28 patients with definite TSC diagnosis, from São Paulo and Paraná states. Seven patients (25%) displayed TSC1 nonsense or frameshift mutations. Among 31 other DNA variants identified, 23 were known polymorphisms, and eight had frequencies below 1% as verified in silico among more than a thousand human genomes. Out of eight novel or rare DNA variants, four were detected in patients for whom a pathogenic mutation had been found. Two and one additional DNA point variants from the same patient flanked a putative transcription factor binding site. Finally, a novel DNA variant residing in the TSC1 noncoding exon 2 was predicted to change the sequence potential to behave as a splicing enhancer. In summary, similar to previous studies, we describe 25% of TSC patients with mutations in the TSC1 coding sequence. Differently from other reports, our data disclose four novel DNA variants in TSC1 potentially regulatory regions that are likely to unravel novel pathogenic mutations, and thus need to be experimentally tested

O Adenoma adrenocortical é frequente em adultos, já o carcinoma é raro e agressivo. Mesmo com critérios padronizados, ainda há dificuldade para diferenciar esses tumores, sendo necessário o estudo de marcadores eficientes na detecção e diferenciação. Por serem raros e com diversas manifestações clínicas, culturas in vitro pode ser uma ferramenta para o estudo de processos que envolvem a doença. Foi realizada a caracterização molecular e funcional de culturas de células de tumores de pacientes. Resultados de PCR Array não mostraram um padrão que diferenciasse as culturas em função dos diagnósticos. Desta análise, 7 oncogenes apresentaram maior expressão e 9 supressores de tumor apresentaram baixa expressão nas culturas. WWOX, FHIT e TP73 foram validados por qPCR e a sugestiva interação entre esses fatores nos tumores adrenocorticais merecem futuras investigações. O potencial funcional das culturas T83-ACC, T36-REC e T7-ACA(P) foram evidenciados, e mostraram que podem ser bons modelos para estudo da ação de hormônios e seus mecanismos. / The adrenocortical adenoma is common in adults, since carcinoma is rare and aggressive. Even with standardized scores, it is still difficult to differentiate these tumors, the study of efficient markers in the detection and differentiation is necessary. Because they are rare and diverse clinical manifestations in vitro cultures can be a tool for the study of disease processes that involve. Molecular and functional characterization of cultured tumor cells of patients was conducted. PCR Array results did not show a pattern that differentiates cultures on the basis of diagnoses. This analysis showed higher expression 7 oncogenes and tumor suppressors 9 showed low expression in cultures. WWOX, FHIT and TP73 were validated by qPCR and suggestive interaction between these factors in adrenocortical tumors deserve further investigation. The functional potential of T83-ACC, T36-REC and T7-ACA(P) cell cultures were found, and shown confirm that they can be good models for studying the action of hormones and their mechanisms.

Submitted by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-11-07T16:47:10Z No. of bitstreams: 2 Dissertalçao - Vanessa de Sousa Cruz Pimenta - 2012.pdf: 3213134 bytes, checksum: b135b98e005a73bd0b991b974142808b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Jaqueline Silva (jtas29@gmail.com) on 2014-11-07T16:47:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertalçao - Vanessa de Sousa Cruz Pimenta - 2012.pdf: 3213134 bytes, checksum: b135b98e005a73bd0b991b974142808b (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-07T16:47:28Z (GMT). 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At the first, the tumor is well differentiated, moderately differentiated is the second and the third is little differentiated. Their cause is still unknown. One of the mechanisms proposed for the proliferation of mast cells is to change the nucleotide sequence of the c-KIT gene. The tumor suppressor gene TP53 is directly related to blockage of cell cycle and the protection is changed by mutations in the p53. Were reviewed 1242 protocols of histopathology exams obtained the archives of Laboratory of Animal Pathology/UFG, from January 2007 to April 2011, found 37 diagnosis of canine cutaneous mast cell tumor. Regarding the epidemiologic aspects the prevalence of 55.26% was noted in dogs in the age group 6-10 years, 63.16% female and 39.48% of the Boxer breed. The most common anatomic site was the hind-limb with 31.58% of records. Histologic evaluation and histochemistry using Hematoxylin - Eosin and Toluidine Blue allowed to classify the majority of mast cell tumors studied, although only 24.32% of the samples were identified using the color Bismarck Brown. The prevalence of Grade II was 43.24% of all cases The lowest value expressed for p53 and c-KIT, was in Grade II, the highest value in the Grade III and the highest average in grade I. Was concluded that the coloration of Bismarck Brown proved efficient to aid in the diagnostic accuracy of laboratory routine and utilization of antibodies anti p53 and anti c-kit promoted good immunostaining with important role to determine the prognosis of canine mast cell tumors. / O objetivo deste estudo foi verificar o padrão de coloração pelo Pardo de Bismarck e avaliar a expressão de p53 e c-KIT nos mastócitos neoplásicos, quantificando a marcação obtida por estes anticorpos através do software Image J e correlacionando os valores encontrados com os subtipos histológicos. O mastocitoma é a neoplasia cutânea mais frequente do cão, sendo uma proliferação excessiva de mastócitos neoplásicos, de comportamento biológico variável e imprevisível, com grande capacidade de recidivas e metástases. As lesões podem ser de localização dérmica a subcutânea e três graus são descritos. No primeiro, o tumor é bem diferenciado, no segundo é moderadamente diferenciado e no terceiro é pouco diferenciado. Sua causa ainda é desconhecida. Um dos mecanismos propostos para a proliferação de mastócitos é a alteração da sequência de nucleotídeos do gene c-KIT. O gene supressor de tumor TP53 está diretamente relacionado ao bloqueio do ciclo celular e a proteção é alterada por mutações da p53. Foram revisados 1242 protocolos de exames histopatológicos obtidos dos arquivos do Laboratório de Patologia Animal/UFG, do período de janeiro de 2007 a abril de 2011, encontrando 37 diagnósticos de mastocitoma cutâneo canino. Quanto aos aspectos epidemiológicos a prevalência notada foi de 55,26% de cães na faixa etária de 6-10 anos, 63,16% do gênero feminino e 39,48% da raça Boxer. A localização anatômica mais frequente foi o membro pélvico com 31,58% de registros. A avaliação histológica e histoquímica utilizando a Hematoxilina - Eosina e o Azul de Toluidina permitiu classificar a maioria dos mastocitomas estudados, porém 24,32% das amostras só foram identificadas com a utilização da coloração Pardo de Bismarck. A prevalência do Grau II foi de 43,24% do total dos casos. O menor valor expresso, por p53 e c-KIT, foi no Grau II, o maior valor no Grau III e a maior média no grau I. Foi possível concluir que a coloração Pardo de Bismarck mostrou-se eficiente para auxiliar na precisão dos diagnósticos da rotina laboratorial e a utilização dos anticorpos anti p53 e anti c-KIT promoveu boa imunomarcação, com papel importante na determinação do prognóstico do mastocitoma canino.

O adenocarcinoma pancreático é a neoplasia maligna mais comum do pâncreas. A alta taxa de mortalidade deve-se ao diagnóstico tardio e a alta agressividade do tumor. Freqüentemente observam-se indivíduos com neoplasias de mesmo estadio apresentarem sobrevivência diferente. Isso demonstra a necessidade de incluir mais variáveis na caracterização da doença. O processo de angiogênese é essencial para o crescimento tanto do tumor primário, quanto para o metastático. A medida da densidade intratumoral da microvasculatura (DMV) por imunoistoquímica é o método mais confiável para medir a atividade angiogênica tumoral. A perda da função do gene p53 influencia a resposta à quimio e à radioterapia além de regular a angiogênese. A sobrevivência está inversamente relacionada à positividade do p53 e à DMV em neoplasias de mama, pulmão, ovários, estômago, cólon, laringe e bexiga. No adenocarcinoma pancreático os resultados são controversos. Idealizou-se essa pesquisa retrospectiva analisando-se dados clínicos e os resultados de estudos imunoistoquímicos obtidos de adenocarcinomas de pâncreas ressecados com intenção curativa. Analisou-se dados clínicos, patológicos, re-estadiamento e resultados da DMV e da expressão do gene p53 em 49 pacientes. A densidade média de microvasos foi de 46,2 vasos/mm2 sendo que esse valor foi utilizado para dividir os pacientes em grupos de baixa ou alta densidade de vasos. A coloração para p53 nuclear foi considerada positiva em 20 de 49 pacientes (40,8%). A DMV foi significativamente maior nos pacientes com tumores maiores que 3,0 cm e nos pacientes com ressecções incompletas. A expressão do gene p53 e a DMV, não foram fatores preditivos da sobrevivência pós-operatória. Não foi possível verificar relação entre a expressão do gene p53 e a densidade da microvasculatura tumoral / The prognostic significance of microvessel density and the p53 expression was evaluated. Between 1993 and 2006, 49 patients with pancreatic adenocarcinoma were ressected with curative intention. Specimens were stained immunohistochemically with antibodies anti- p53 anti-CD34. Microvessel density (MVD) was assessed scanning ten areas of the tumoral section and counted at a high power in an adequate area. The MVD ranged from 21,2 to 54,2 vessels/mm2 (mean 46,2 vessels/mm2). Specific nuclear staining for p53 was determined positive in 20 patients (40,8%). The overall median survival was 24,1 months after resection and there was no difference in survival rates according to the MVD and p53 positivity. There was also no relation between the MVD and p53 expression. MVD and p53 expression could not predict survival in these patients with pancreatic adenocarcinoma. There was no correlation with p53 expression and intratumoral microvessel density. High MVD was associated with tumor size grater than 3,0 cm and positive margins

As maiores taxas de incidência de câncer de mama ocorrem em mulheres idosas, que apresentam tumores com expressão de receptores de estrógeno e/ou progesterona, de baixo estadiamento e menor taxa de proliferação, se comparado com as jovens. Um dos fatores de predisposição ao câncer de mama é mutação germinativa nos genes BRCA1 ou BRCA2, que podem compreender entre 5-10% das pacientes diagnosticadas. A grande maioria dos casos são ditos esporádicos, em que não há como estabelecer um único fator determinante. Dentre o escopo de possíveis causas estão as mutações somáticas, acumuladas no tecido mamário ao longo da vida. A identificação destas mutações permite melhor compreensão da carcinogênese e possibilita a criação de tratamentos cada vez mais personalizados. O gene PIK3CA, por exemplo, já está determinado como driver (responsáveis pela obtenção de vantagem seletiva de um determinado clone) para câncer de mama. As mutações patogênicas que ocorrem neste gene levam a ativação da via de Akt/mTOR, entre outras, que mantém o ciclo celular ativo. Um gene que vem sendo estudado recentemente é o PRKD1, cujas funções parecem estar ligadas à manutenção do fenótipo epitelial das células do tecido mamário. Assim, o objetivo desse trabalho identificar mutações germinativas nos genes BRCA1 e BRCA2, analisando também o histórico familiar para câncer de mama/ovário/próstata, e mutações somáticas no gene PRKD1 em pacientes pós menopausadas,. Foram incluídas quarenta e nove pacientes diagnosticadas com carcinoma ductal invasivo em idade superior a 54 anos, que preenchessem critérios da NCCN (National Comprehensive Cancer Network) para Síndrome de Câncer de Mama e/ou Ovário Hereditário e tinham disponível um fragmento tumoral emblocado em parafina coletado na ausência de tratamento neo adjuvante. A extração de DNA foi realizada a partir do sangue periférico para sequenciamento de BRCA1 e BRCA2, realizado através da plataforma Ion Torrent(TM) ou pelo método de Sanger. Os resultados obtidos por Ion Torrent(TM) foram analisados, primeiramente, através da ferramenta online Ion Reporter e os de Sanger através do programa Mutation Surveyor v.3.20. Para a caractetização das variantes encontradas foram utilizados: os bancos de dados BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD e ClinVar além dos preditores in silico da conservação dos aminoácidos entre as espécies Polyphen-2, SIF, Provean e AlignGVGD e do preditor de efeito no splicing HSF e bancos de dados de frequência alélica ExAC, 1000 genomas e NHLBI GO Exome Sequencing Project, seguindo os critérios da American College of Medical Genetics and Genomics em conjunto com a Association for Molecular Pathology. Para caracterização de mutação somática do gene PRKD1 determinou-se duas regiões de maior importância para serem sequenciadas: Ser738/Ser742 e Ser910 que fosforilam o domínio quinase da proteína, ativando-o. Vinte e três amostras tumorais tiveram DNA extraído. Também foi realizada uma análise das informações sobre PRKD1 do banco de dados COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) e a construção de curvas de sobrevida (Kaplan-Meier) da expressão de PRKD1 utilizando a ferramenta online KM Plotter. A idade mediana das pacientes foi de 62 anos ao diagnóstico e de 64 anos na época de inclusão no estudo. A maioria tinha tumores de grau histológico II (63,27%), estádio clinico II (20%) e do subtipo luminal B (53,06%). Trinta e duas relataram parentes de primeiro grau afetados com câncer de mama/ovário/ próstata. Trinta e oito pacientes tiveram sequenciamento completo de BRCA1 e BRCA2 por Ion Torrent(TM) e onze tiveram sequenciamento parcial de BRCA1 e BRCA2 por Sanger. Variantes patogênicas foram encontradas em quatro pacientes (BRCA1=2/BRCA2=2). Uma nova variante missense foi identificada em BRCA2: c.3371A > G (p.Q1124R). Para o sequenciamento de PRKD1 quinze foram sequenciadas para Ser910 e de oito foi possível analisar o resultado. Nenhuma variante patogênica foi encontrada. Os dados obtidos sobre PRKD1 no COSMIC foram: de 2773 amostras, em apenas 15 (0,54%) foram identificadas mutações em PRKD1, 46% (7/15) provém de mulheres com idade superior a 55 anos e subtipo molecular Luminal. PRKD1 apresenta maiores frequência de mutação em câncer de intestino grosso (4,22%) e pele (4,02%). As curvas de sobrevida construídas no KM Plotter demonstram a alta expressão do gene parece ter impacto positivo na sobrevida das pacientes. Apesar da baixa frequência de mutações no PRKD1 este gene, outros dados demonstram que parece ter um papel de gene supressor de tumor no câncer de mama, que deve ser inibido de através de outros mecanismos como metilaçao de DNA / The highest rates of breast cancer incidence occur in elderly women, who present estrogen and / or progesterone receptor tumors, with a low clinical staging and lower proliferation rate compared to the young women. One of the factors predisposing to breast cancer is germline mutation in the BRCA1 or BRCA2 genes, which may comprise between 5-10% of the diagnosed patients. The vast majority of cases are said to be sporadic, in which there is no way to establish a single determining factor. Among the scope of possible causes are somatic mutations, accumulated in the breast tissue throughout life. The identification of these mutations allows a better understanding of carcinogenesis and enables the creation of increasingly personalized treatments. The PIK3CA gene, for example, is already determined as a driver (responsible for the selective advantage of a particular clone) for breast cancer. The pathogenic mutations that occur in this gene lead to the activation of Akt / mTOR pathway, among others, which keeps the cell cycle active. One gene that has recently been studied is PRKD1, whose functions seem to be linked to the maintenance of the epithelial phenotype of the mammary tissue cells. Thus, the objective of this work was to identify germline mutations in BRCA1 and BRCA2 genes, also analyzing the family history for breast / ovarian / prostate cancer, and somatic mutations in the PRKD1 gene in postmenopausal patients. Forty-nine patients diagnosed with ipsilateral ductal carcinomas over the age of 54 years who completed NCCN (National Comprehensive Cancer Network) criteria for Breast Cancer and / or Hereditary Ovarian Syndrome and had a tumor paraffin embedded in paraffin collected in the absence of neo adjuvant treatment available. DNA extraction was performed from the peripheral blood for sequencing of BRCA1 and BRCA2, performed through the Ion Torrent (TM) platform or by the Sanger method. The results obtained by Ion Torrent (TM) were first analyzed through the online tool Ion Reporter and those by Sanger through the program Mutation Surveyor v.3.20. The BIC, LOVD, LOVD-IARC, UMD and ClinVar databases were used in addition to the in silico predictors of amino acid conservation among Polyphen-2, SIF, Provean and AlignGVGD species and the effect predictor in the HSF splicing and allelic frequency databases ExAC, 1000 genomes and the NHLBI GO Exome Sequencing Project, following the criteria of the American College of Medical Genetics and Genomics in conjunction with the Association for Molecular Pathology. In order to characterize the somatic mutation of the PRKD1 gene, we determined two regions of greater importance to be sequenced: Ser738 / Ser742 and Ser910 that phosphorylate the protein kinase domain, activating it. Twenty-three tumor samples had DNA extracted. An analysis of PRKD1 information from the COSMIC (Catalog of Somatic Mutations in Cancer) database and the construction of survival curves (Kaplan-Meier) for PRKD1 expression using the online KM Plotter tool was also performed. The median age of the patients was 62 years at diagnosis and 64 years at the time of inclusion in the study. Most of them had tumors of histological grade II (63.27%), clinical stage II (20%) and molecular subtype luminal B (53.06%). Thirty-two reported first-degree relatives affected with breast / ovarian / prostate cancer. Thirty-eight patients had BRCA1 and BRCA2 complete sequencing by Ion Torrent (TM) and eleven had BRCA1 and BRCA2 partial sequencing by Sanger. Pathogenic variants were found in four patients (BRCA1 = 2 / BRCA2 = 2). For PRKD1 sequencing, fifteen patients tumors were sequenced for Ser910 and in eight samples it was possible to analyze the result. No pathogenic variant was found. The data obtained on PRKD1 in COSMIC were: from 2773 samples, in only 15 (0.54%) mutations were identified in PRKD1, 46% (7/15) came from women aged over 55 years and had tumor molecular subtype Luminal. PRKD1 shows higher mutation frequency in cancer of the large intestine (4.22%) and skin (4.02%). The survival curves constructed in KM Plotter demonstrate the high expression of the gene seems to have a positive impact on the patients survival . Despite the low frequency of mutations in PRKD1 gene, other data demonstrate that it appears to play a role of tumor suppressor gene in breast cancer, which must be inhibited by other mechanisms such as DNA methylation