Doenças infecciosas entéricas das aves comerciais apresentam uma etiologia complexa e são distribuídas mundialmente, acarretando elevadas perdas econômicas. Aliadas à possibilidade de infecções únicas ou concomitantes entre diversos patógenos, as gastroenterites podem se refletir em outros sistemas, contribuindo ainda mais para a queda da performance dos lotes. Recentemente, foi detectado um coronavírus no conteúdo intestinal de aves apresentando despigmentação e diarréia. Este vírus, denominado de CECoV (chicken enteric coronavírus) é sugestivo de pertencer ao grupo 2, divergente dos demais coronavírus comuns em aves, pertencentes ao grupo 3 do gênero Coronavirus. No Brasil, há uma grande necessidade no conhecimento acerca da participação dos agentes virais nas diarréias de aves, sendo este um passo fundamental para o estabelecimento de medidas profiláticas específicas e para a exportação de produtos avícolas. Este estudo teve por objetivos detectar este coronavírus do grupo 2 em aves de corte, poedeiras comerciais e matrizes com e sem diarréia pela técnica de PCR dirigida ao gene codificador da RNA-polimerase RNA-dependente (gene RdRp) dos coronavírus do grupo 2, estabelecer a relação genealógica entre diversas amostras detectadas deste vírus com base em seqüências dos genes RdRp, gene codificador da proteína de espícula (S), gene codificador da proteína hemaglutinina-esterase (HE), gene 5, gene 3 e região 3\'UTR e realizar o diagnóstico diferencial com reovírus, rotavírus, variedades enterotrópicas do vírus da bronquite infecciosa das galinhas (VBIG), astrovírus e adenovírus. O coronavírus CECoV foi detectado em 25 de 119 amostras de conteúdo entérico de aves de corte, matrizes e poedeiras com e sem diarréia, em diversas granjas produtoras no Brasil, pela técnica da reação em cadeia pela polimerase dirigida ao gene RdRp. O CECoV tem papel como agente primário e secundário em processos patológicos do trato digestório de aves e, ao serem analisadas filogeneticamente, diferentes amostras de CECoV formaram um grupo único com base no gene RdRp dentro do grupo 2 do gênero Coronavirus, possuindo homologia com coronavírus do grupo 3 na região 3\'UTR, sendo sua origem sugerida como um evento de recombinação entre coronavírus dos grupos 2 e 3. Através do estabelecimento de uma rotina de diagnóstico diferencial, as freqüências de ocorrência de vírus entéricos em aves de produção criadas nas 119 granjas no Brasil foram: rotavírus=48,74%, reovírus=2,52%, VBIG=65,54%, CECoV=21% e astrovírus=3,36%. / Infectious enteric diseases in poultry have a complex etiology and a worldwide distribution, causing large economic losses. Along with the possibility of single or multiple infections by different pathogens, enteric diseases may also be reflected in other systems, contributing even more to the fall of performance in the affected flocks. Recently, a coronavirus was detected in the intestinal contents of chickens with depigmentation and diarrhea. This virus, named CECoV (chicken enteric coronavirus), has been suggested as belonging to group 2, divergent of the common avian coronaviruses, which belongs to the group 3 of the genus Coronavirus. In Brazil, there is a great need for the knowledge on the role of viral agents in diarrhea of poultry, what is a fundamental step for the establishment of specific prophylactic measures and for the exportation of poultry-derived products. The present study aimed the detection of this group 2 coronavirus in broilers, laying hens and breeders with and without diarrhea using a PCR targeted to the gene coding for the RNA-dependent RNA-polymerase (RdRp) of group 2 coronaviruses, the establishment of the genealogical relationship among the different strains detected based on sequences of the RdRp, the genes coding for the spike protein (S gene), hemagglutinin-esterase protein (HE gene), gene 5, gene 3 and the 3\' UTR and the differential diagnosis with reovirus, rotavirus, enterotropic strains of infectious bronchitis virus (IBV), astrovirus and adenovirus. CECoV was found in 25 out of 119 samples of enteric contents of broilers, breeders and laying hens in different farms in Brazil using the PCR to the RdRp. CECoV has a role as a primary and secondary pathogen in pathological processes of the enteric tract of poultry and the phylogenetic analysis showed that different strains of CECoV formed an unique cluster based on the RdRp inside the group 2 of coronaviruses, harboring homology with group 3 coronaviruses in the 3\'UTR, being its origin suggested as a recombination event between coronaviruses of groups 2 and 3. By the establishment of a routine of diagnosis, the frequencies of enteric viruses in the 119 poultry farms surveyed were: rotavirus = 48.74%, reovirus = 2.52%, IBV = 65.54%, CECoV = 21% and astrovirus = 3.36%.

A diarréia em bezerros é comprovadamente uma das principais causas de perdas econômicas em rebanhos de corte, sendo os prejuízos diretamente derivados da redução do ganho de peso e custos com tratamento. Considerando-se que, para o delineamento de medidas profiláticas adequadas ao controle de uma doença é necessário o conhecimento de suas causas, o presente trabalho teve por objetivo estudar de modo longitudinal a freqüência de ocorrência de coronavírus bovino (BCoV), rotavírus do grupo A (RV-A), protozoários, helmintos e enterobactérias em uma propriedade com casos esporádicos e em outra com casos recorrentes de diarréia em bezerros. Investigou-se, ainda, a presença de genes codificadores de para as toxinas shiga-like 1 e 2 , para as adesinas K99 e F41 e para a intimina (eae) nas E. coli isoladas. Para a detecção de BCoV, utilizou-se uma nested-RT-PCR direcionada ao gene codificador da RNA polimerase RNA dependente, e para a detecção de RV-A utilizou-se ELISA direto duplo sanduíche. O isolamento e caracterização bioquímica das colônias de bactérias foram conduzidos de acordo com técnicas de bacteriologia clássica. A caracterização genotípica das colônias de E. coli isoladas foi realizada através de uma Multiplex-PCR, utilizando primers para os genes codificadores dos seguintes fatores de virulência: Stx1, Stx2, Sta, K99, F41 e eae. A detecção de parasitas foi realizada por centrífugo sedimentação em água-eter e centrífugo-flutuação em solução supersaturada de sacarose, considerando-se como resultado final do exame coproparasitológico todos os parasitas encontrados em ambas as técnicas em sua maior contagem. A freqüência de ocorrência de coronavírus bovino e rotavírus do grupo A foi baixa, restrita a animais com até quatro meses de idade, enquanto que protozoários, helmintos e enterobactérias apresentaram tendência crescente em freqüência relacionada à progressão da idade dos animais. Foram identificados os patotipos STEC, AEEC e um padrão atípico com os genes de K99 e eae. Além disso, encontrou-se associação entre baixo padrão sanitário e maior freqüência de ocorrência de Eimeria spp, Strongyloidea, Strongyloides spp, Trichuris spp e Escherichia coli portadora de fatores de virulência Stx1, Stx2, K99 e eae. O presente trabalho colabora para a caracterização da microbiota entérica de bezerros, mas mantém abertas as questões relativas às diferenças específicas entre as biotas entéricas de bezerros sadios e com diarréia, enfatizando a importância de se realizarem mais estudos que investiguem simultaneamente diversos enteropatógenos potenciais nestes animais / Diarrhea in calves is proved to be one of the main causes of economic loss in beef herds, which is direct originated by reduction of weight gain and increment of treatment costs. It is known that the determination of appropriate preventive measures to control a disease depends on the knowledge of its causes. In this manner, the present work aimed to study longitudinally the frequency of occurrence of bovine coronavirus (BCoV), group A rotavirus (RV-A), protozoa, helminths and enterobacteria in a beef farm presenting sporadic cases and other with recurrent cases of diarrhea. Moreover, the presence of genes that express the following virulence factors were investigated in the isolated E. coli: shiga-like toxins 1 and 2, adhesins K99 and F41 and intimin (eae). A nested-RT-PCR targeted to the RNA-dependent RNA polimerase gene was conducted to detect BCoV, and a double-sandwich direct ELISA was used to detect RV-A. Classical bacteriology techniques were used to isolate and indentify bacterial colonies. A Multiplex-PCR, with primers designed to previously described E. coli genes, was used to genotype these colonies. Centrifuge sedimentation in water-ether and centrifuge flotation in sucrose supersaturated solution were used to detect the presence of parasites. The final result was achieved by the highest count of all the parasites found. The observed frequency of occurrence of both BCoV and RV-A was low and restricted to animals up to 4 months of age whereas protozoa, helminths and enterobacteria showed an increasing tendency on its frequency related to progression of animals aging. STEC, AEEC and an atypical pathotype of E. coli, with K99 and eae genes were found. Moreover, an association between low sanitary pattern and a higher frequency of Eimeria spp, Strongyloidea, Strongyloides spp, Trichuris spp and Escherichia coli bearing Stx1, Stx2, K99 and eae genes was observed. The present study contributes to the characterization of calf enteric microbiota. However, the points related to the specific differences between healthy and diarrheic calves enteric microbiota remain unclear, emphasizing the importance of future studies to investigate different potential enteropathogens in beef calves simultaneously

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:04:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Susanne Mariani Loss.pdf: 2049956 bytes, checksum: 69145238536f7bbbe30c59f18c5e2885 (MD5) Previous issue date: 2012-12-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A Ilha das Caieiras está localizada em uma das regiões mais carentes no município de Vitória/ES, a Grande São Pedro. Esta região é densamente povoada e é conhecida como um bolsão de pobreza da capital, com a população sobrevivendo, principalmente, da coleta e comercialização de frutos do mar do manguezal localizado em seu entorno. Estudos realizados anteriormente na região mostraram que a água deste estuário está contaminada com microrganismos patogênicos provenientes, principalmente, de esgotos domésticos lançados sem prévio tratamento. O objetivo deste trabalho foi avaliar a presença de vírus entéricos (adenovírus AdV, rotavírus RV e norovírus GII NoV) e indicadores bacterianos de poluição fecal (coliformes termotolerantes e enterococos) em amostras de água de quatro pontos deste importante estuário da Ilha das Caieiras. O monitoramento ocorreu de janeiro de 2011 a julho de 2012 (19 meses) e utilizou-se as técnicas moleculares PCR Qualitativa e PCR em Tempo Real (qPCR), para detecção de vírus entéricos, e membrana filtrante, para análise de bactérias, além de avaliação de parâmetros físico-químicos da água. Os resultados das análises microbiológicas da água nos pontos estudados (P1, P2, P3 e P4) demonstraram a presença de coliformes termotolerantes, com médias geométricas de 1,66x102, 1,31x102, 2,29x103 e 3,13x102 UFC / 100 mL de água, respectivamente. Para enterococos, as médias encontradas foram 6,30x101 UFC / 100 mL em P1, 5,56x101 UFC / 100 mL em P2, 1,89x103 UFC / 100 mL em P3 e 1,62x103 UFC / 100 mL em P4. Os vírus entéricos foram detectados nos quatro pontos de monitoramento pelas duas técnicas moleculares utilizadas, com valores máximos de 2,00x103, 5,24x104 e 1,50x104 CG / 100 mL para AdV, RV e NoV, respectivamente, quantificados por qPCR. A frequências de detecção de vírus nas amostras de água do estuário variou de 21 27% para AdV, 42 53% para RV e 10 42% para NoV GII. Neste estudo foi possível verificar que o estuário da Ilha das Caieiras apresenta-se contaminado devido, possivelmente, aos lançamentos de esgoto in natura e/ou de lixiviados de áreas rurais. A ação antropogênica sobre este manguezal é evidente e preocupante, pois se reflete na qualidade ambiental deste meio, na saúde da população e na economia da região / The Ilha das Caieiras is located in one of the poorest regions in Vitória / ES, the Grande São Pedro. This region is densely populated and is known as a pocket of poverty in the capital, with a population surviving mainly on the collection and marketing of seafood mangrove located in their surroundings. Previous studies have shown that the region of this estuary water is contaminated with pathogenic microorganisms from mainly domestic sewage released without prior treatment. The aim of this study was to evaluate the presence of enteric viruses (adenovirus - AdV, rotavirus - RV and norovirus GII - NoV) and bacterial indicators of fecal pollution (fecal coliform and enterococci) in water samples from four sites of this important Ilha das Caieiras estuary. Monitoring occurred from January 2011 to July 2012 (19 months) and used molecular techniques Qualitative PCR and Real Time PCR (qPCR) for detection of enteric viruses, and membrane filter for analysis of bacteria, and assessment of physico-chemical parameters of the water. The microbiological analysis of water studied sites (P1, P2, P3 and P4) showed the presence of fecal coliform, with geometric means of 1.66 x102, 1.31 x102, 2.29 x103 and 3.13 x102 CFU / 100 mL water, respectively. For enterococci, the averages were 6.30 x101 CFU / 100 mL in P1, 5.56 x101 CFU / 100 mL at P2, 1.89 x103 CFU / 100 mL at P3 and 1.62 x103 CFU / 100 mL at P4. Enteric viruses were detected in the four monitoring sites by both molecular techniques used, with maximum values of 2,00x103, 5,24x104 and 1,50x104 GC / 100 mL for AdV, NoV and RV, respectively, quantified by qPCR. The frequencies of virus detection in samples of estuarine water ranged from 21 - 27% for AdV, 42 - 53% for RV and 10 - 42% for NoV GII. In this study we found that the estuary of the Ilha das Caieiras presents contaminated, possibly due to sewage releases fresh and / or leachate from rural areas. The anthropogenic mangrove on this is clear and worrisome because environmental quality is reflected in this environment, the health of the population and the economy of the region

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

Introdução - A prática de reúso pela aplicação de esgotos tratados na agricultura atualmente é considerada parte integrante dos recursos hídricos por muitas nações. No entanto, oferece riscos à saúde da população pela presença de bactérias, cistos de protozoários, ovos de helmintos e vírus, capazes de sobreviver por longos períodos em ambientes desfavoráveis e apresentarem um curto tempo entre a infecção e o desenvolvimento da doença. Objetivo - Estabelecer medidas preventivas para o lançamento de efluentes nos ecossistemas aquáticos, controle sanitário na redução de patógenos transmitidos por águas contaminadas e a disposição de efluentes tratados em solos tropicais como ferramentas de auxílio do manejo integrado dos recursos hídricos em bacias hidrográficas, por meio do uso de metodologia de gerenciamento de risco com aplicação do Sistema APPCC, em um conjunto de tecnologias na produção de efluente tratado de esgoto de origem doméstica para avaliar o potencial de emprego em solos agrícolas. Métodos - A pesquisa foi desenvolvida na estação de tratamento de esgoto e no campo experimental para pesquisas de utilização de efluente na agricultura no município de Lins. Os indicadores biológicos estudados e os pontos de amostragem foram determinados através da utilização da metodologia de controle de qualidade Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC). Foram coletadas amostras do solo irrigado e dos poços de monitoramento do lençol freático. As amostras foram submetidas a análises físico-químicas, microbiológicas e parasitológicas. Aos resultados obtidos foi aplicada a Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, para a determinação do risco anual de infecção. Resultados - O efluente final apresentou concentrações médias de 8,13x105 NMP/100 mL de coliformes totais e 4,69x105 NMP/100 mL de Escherichia coli, não sendo observados ovos de helmintos. O solo apresentou maior concentração de coliformes totais e E. coli na camada superficial 1,01x106 e 8,70x103, diminuindo ao longo da profundidade. Os ovos de helmintos foram encontrados entre a superfície e os 15 cm de profundidade em concentrações entre 0,07 e 0,87 ovos/g de peso seco. Foi constatada a presença de adenovírus em concentração de 3,56x105 cópias genômicas/g entre os 5 e 10 cm de profundidade em 2015. Nos poços de monitoramento foram constatadas concentrações de coliformes totais variando entre < 1,00 e 1,01x103 NMP/100 mL e E. coli entre <1,00 e 1,00x100 NMP/100 mL. Não foi observada a presença de vírus entéricos. O risco anual de infecção estimado para E. coli no efluente final foi 1,02x10-2 pppa, no solo variou entre 2,68x10-3 e 7,59x10-3 pppa e nos poços de monitoramento variou entre 1,42x10-8e 4,38x10-9 pppa. Para os ovos de helmintos observados no efluente do tratamento primário o risco anual de infecção calculado foi 4,04x10-2 pppa e no solo variou entre 9,57x10-1 e 9,76x10-1 pppa. Conclusões No período da pesquisa, as amostras dos sistemas de tratamento de esgoto e de irrigação demonstraram atender as expectativas de remoção de patógenos condizentes aos seus parâmetros de projeto, havendo restrições para seu lançamento em corpos hídricos e aplicação na agricultura. O solo mostrou capacidade de retenção dos organismos patogênicos nos primeiros 60 cm de profundidade, reduzindo as suas concentrações a níveis inferiores a 1,00 NMP/100 mL nos aquíferos. / Introduction - Currently, the practice of reuse through the application of treated sewage in agriculture considers an integral part of water resources for many nations. However, threatens the health of the population by the presence of bacteria, protozoan cysts, helminth eggs and viruses able to survive for long periods in harsh environments and present a short time between infection and development of disease. Objective - Establish preventive measures for the release of effluents on aquatic ecosystems, sanitary control in the reduction of pathogens transmitted by contaminated water and the disposal of treated effluent in tropical soils as aid tools in integrated management of water resources in river basins. For this purpose it was employed as risk management methodology the Hazard Analysis and Critical Control Points system (HACCP) in a set of technologies in the treated effluent production of domestic sewage to assess the employment potential in agricultural soils. Methods - The study was conducted in the sewage treatment plant and in an adjoining experimental field situated at Lins city. The biological indicators and the sampling points were determined by using the quality control methodology Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP). Samples of irrigated soil and groundwater monitoring wells were collected. The samples were subjected to analysis, physical-chemical, microbiological and parasitological. The results obtained was applied to Quantitative Microbial Risk Assessment (QRMA), for determining the annual risk of infection. Results - The final effluent presented average concentrations of 8.13x105 MPN / 100 mL of total coliforms and 4.69x105 MPN / 100 mL of Escherichia coli, not being observed helminth eggs. The soil showed the highest concentration of total coliforms and E. coli in the surface layer and 1.01x106 8.70x103, decreasing along the depth. Eggs from helminths were found between the surface and 15 cm depth in concentrations from 0.07 to 0.87 eggs / g dry weight. It was found the presence of adenovirus in concentration 3.56x105 genomic copies / g between 5 and 10 cm depth in 2015. In monitoring wells total coliform concentrations were found ranging from <1.00 and 1.01x103 NMP / 100 mL and E. coli between <1.00 and 1.00x100 MPN / 100 mL. It was not observed the presence of enteric viruses. The estimated annual risk of infection to E. coli in the final effluent was 1.02x10-2 pppy, soil ranged from 2.68x10-3 and 7.59x10-3 pppy and monitoring wells ranged from 1.42x10-8 e 4.38x10-9 pppy. For helminth eggs observed in the effluent from the primary treatment, the annual risk of infection was calculated 4.04x10-2 pppy and soil ranged from 9.57x10-1 and 9.76x10-1 pppy. Conclusions - During the survey period, samples of sewage and irrigation treatment systems showed meet the expectation removal of pathogens consistent to its design parameters, with restrictions on its release in water and applied in agriculture bodies. The soil of pathogenic organisms showed retention capacity in the first 60 cm depth by reducing its concentration to levels below 1.00 MPN / 100 mL in aquifers.

Made available in DSpace on 2016-12-23T14:04:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sara Angelino Martins.pdf: 1671026 bytes, checksum: 54e5627bbd7b0f309897c96d6bc54a06 (MD5) Previous issue date: 2013-06-10 / A região da Ilha das Caieiras, na cidade de Vitória (ES) situa-se dentro de uma região estuarina na Baía de Vitória e encontra-se próxima a uma extensa área de manguezal. A população residente mantém relação de grande dependência com os recursos naturais oferecidos (ostras, mariscos) que são utilizados como fonte de subsistência e lazer. O manguezal da Ilha das Caieiras recebe esgoto in natura proveniente das áreas adjacentes, contaminando a água e os mariscos ali existentes. Além disso, os microrganismos que são lançados juntamente com o esgoto no ambiente costeiro podem ser acumulados no sedimento. O presente trabalho teve por objetivo pesquisar vírus entéricos e bactérias indicadoras de poluição fecal no sedimento e na água em três pontos do estuário (P1, P2 e P3) na área de manguezal, ao longo de 15 meses de monitoramento. Foram avaliadas um total de 45 amostras para presença de coliformes termotolerantes (CT), enterococos e vírus entéricos (adenovírus HAdV; rotavírus RVA; e norovírus NoV GII), utilizando-se a Nested-PCR. Também foram avaliados parâmetros físico-químicos da água próxima ao ponto de coleta do sedimento. As análises microbiológicas do sedimento apresentaram respectivamente as seguintes médias geométricas para enterococos: 1,5x103, 1,5x103 e 1,1x103 UFC/100g, coliformes termotolerantes: 4,9x102, 2,6x102, 5,1x102. Nas amostras de água os resultados encontrados para enterococos foram: 7,6x101, 5,0x101 e 1,1x102 e coliformes termotolerantes 2,2x102, 1,3x102, 3,0x102. As análises de vírus entéricos nas amostras de água apresentaram frequências de 20% para RV, 13% para AdV e 8,8% para NoV GII e nas amostras de sedimento somente NoV GII(4,5%) foi encontrado. A presença viral e bacteriológica nas amostras indica que esta região encontra-se sob impacto antropogênico, e que o sedimento proveniente do manguezal da Ilha das Caieiras pode atuar como reservatório de substâncias poluentes que ao serem liberadas para a coluna d agua podem causar doenças gastrointestinais às pessoas que utilizam essa área como fonte de subsistência e lazer / The region of the Ilha das Caieiras, in Vitória (ES) is located within an estuarine region in Vitoria Bay and is close to an extensive mangrove area. The resident population ratio remains highly dependent relationship on natural resources offered (oysters, clams) therefore used as a source of subsistence and recreation. The mangrove of Ilha das Caieiras receives sewage from adjacent areas, contaminating water and shellfish therein. In addition, microorganisms that are cast together with the sewage in the coastal environment can be accumulated in the sediment. This objective of this work was to investigate enteric viruses and bacterial indicators of fecal pollution in the sediment and water at three points of this estuary (P1, P2 and P3) mangrove area over 15 months of monitoring. We evaluated a total of 45 samples for the presence of thermotolerant coliform (TC), enterococci and enteric viruses (adenovirus - HAdV; rotavirus - RVA, and norovirus - NoV GII, using a nested PCR. We also evaluated the physico-chemical parameters of the water collection point next to the sediment. Microbiological analyzes of the sediment were respectively geometric mean for enterococci: 1.5 x103, 1.5 x103 and 1.1 x103 UFC/100g, thermotolerantes coliforms: 4.9 x103, 2.6 x102 and 5.1 x102. In water samples the results for enterococci were: 7.6 x101, 5.0 x101 and 1.1 x102 and themortolerants coliforms: 2.2 x102, 1.3 x102, and 3.0 x102. Analyses of enteric viruses in water samples showed frequencies of 20% for RV, 13% for AdV and 8.8% for NoV GII and sediment samples only NoV GII (4.5%) was found. The presence of the viral and bacteriological samples indicates that this region is under anthropogenic impact, and that the sediment from the mangrove of Ilha das Caieiras can act as a reservoir of pollutants that are released to the water column can cause gastrointestinal diseases the people who use this area as a source of livelihood and recreation

Introdução - A prática de reúso pela aplicação de esgotos tratados na agricultura atualmente é considerada parte integrante dos recursos hídricos por muitas nações. No entanto, oferece riscos à saúde da população pela presença de bactérias, cistos de protozoários, ovos de helmintos e vírus, capazes de sobreviver por longos períodos em ambientes desfavoráveis e apresentarem um curto tempo entre a infecção e o desenvolvimento da doença. Objetivo - Estabelecer medidas preventivas para o lançamento de efluentes nos ecossistemas aquáticos, controle sanitário na redução de patógenos transmitidos por águas contaminadas e a disposição de efluentes tratados em solos tropicais como ferramentas de auxílio do manejo integrado dos recursos hídricos em bacias hidrográficas, por meio do uso de metodologia de gerenciamento de risco com aplicação do Sistema APPCC, em um conjunto de tecnologias na produção de efluente tratado de esgoto de origem doméstica para avaliar o potencial de emprego em solos agrícolas. Métodos - A pesquisa foi desenvolvida na estação de tratamento de esgoto e no campo experimental para pesquisas de utilização de efluente na agricultura no município de Lins. Os indicadores biológicos estudados e os pontos de amostragem foram determinados através da utilização da metodologia de controle de qualidade Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC). Foram coletadas amostras do solo irrigado e dos poços de monitoramento do lençol freático. As amostras foram submetidas a análises físico-químicas, microbiológicas e parasitológicas. Aos resultados obtidos foi aplicada a Avaliação Quantitativa do Risco Microbiológico, para a determinação do risco anual de infecção. Resultados - O efluente final apresentou concentrações médias de 8,13x105 NMP/100 mL de coliformes totais e 4,69x105 NMP/100 mL de Escherichia coli, não sendo observados ovos de helmintos. O solo apresentou maior concentração de coliformes totais e E. coli na camada superficial 1,01x106 e 8,70x103, diminuindo ao longo da profundidade. Os ovos de helmintos foram encontrados entre a superfície e os 15 cm de profundidade em concentrações entre 0,07 e 0,87 ovos/g de peso seco. Foi constatada a presença de adenovírus em concentração de 3,56x105 cópias genômicas/g entre os 5 e 10 cm de profundidade em 2015. Nos poços de monitoramento foram constatadas concentrações de coliformes totais variando entre < 1,00 e 1,01x103 NMP/100 mL e E. coli entre <1,00 e 1,00x100 NMP/100 mL. Não foi observada a presença de vírus entéricos. O risco anual de infecção estimado para E. coli no efluente final foi 1,02x10-2 pppa, no solo variou entre 2,68x10-3 e 7,59x10-3 pppa e nos poços de monitoramento variou entre 1,42x10-8e 4,38x10-9 pppa. Para os ovos de helmintos observados no efluente do tratamento primário o risco anual de infecção calculado foi 4,04x10-2 pppa e no solo variou entre 9,57x10-1 e 9,76x10-1 pppa. Conclusões No período da pesquisa, as amostras dos sistemas de tratamento de esgoto e de irrigação demonstraram atender as expectativas de remoção de patógenos condizentes aos seus parâmetros de projeto, havendo restrições para seu lançamento em corpos hídricos e aplicação na agricultura. O solo mostrou capacidade de retenção dos organismos patogênicos nos primeiros 60 cm de profundidade, reduzindo as suas concentrações a níveis inferiores a 1,00 NMP/100 mL nos aquíferos. / Introduction - Currently, the practice of reuse through the application of treated sewage in agriculture considers an integral part of water resources for many nations. However, threatens the health of the population by the presence of bacteria, protozoan cysts, helminth eggs and viruses able to survive for long periods in harsh environments and present a short time between infection and development of disease. Objective - Establish preventive measures for the release of effluents on aquatic ecosystems, sanitary control in the reduction of pathogens transmitted by contaminated water and the disposal of treated effluent in tropical soils as aid tools in integrated management of water resources in river basins. For this purpose it was employed as risk management methodology the Hazard Analysis and Critical Control Points system (HACCP) in a set of technologies in the treated effluent production of domestic sewage to assess the employment potential in agricultural soils. Methods - The study was conducted in the sewage treatment plant and in an adjoining experimental field situated at Lins city. The biological indicators and the sampling points were determined by using the quality control methodology Hazard Analysis and Critical Control Points (HACCP). Samples of irrigated soil and groundwater monitoring wells were collected. The samples were subjected to analysis, physical-chemical, microbiological and parasitological. The results obtained was applied to Quantitative Microbial Risk Assessment (QRMA), for determining the annual risk of infection. Results - The final effluent presented average concentrations of 8.13x105 MPN / 100 mL of total coliforms and 4.69x105 MPN / 100 mL of Escherichia coli, not being observed helminth eggs. The soil showed the highest concentration of total coliforms and E. coli in the surface layer and 1.01x106 8.70x103, decreasing along the depth. Eggs from helminths were found between the surface and 15 cm depth in concentrations from 0.07 to 0.87 eggs / g dry weight. It was found the presence of adenovirus in concentration 3.56x105 genomic copies / g between 5 and 10 cm depth in 2015. In monitoring wells total coliform concentrations were found ranging from <1.00 and 1.01x103 NMP / 100 mL and E. coli between <1.00 and 1.00x100 MPN / 100 mL. It was not observed the presence of enteric viruses. The estimated annual risk of infection to E. coli in the final effluent was 1.02x10-2 pppy, soil ranged from 2.68x10-3 and 7.59x10-3 pppy and monitoring wells ranged from 1.42x10-8 e 4.38x10-9 pppy. For helminth eggs observed in the effluent from the primary treatment, the annual risk of infection was calculated 4.04x10-2 pppy and soil ranged from 9.57x10-1 and 9.76x10-1 pppy. Conclusions - During the survey period, samples of sewage and irrigation treatment systems showed meet the expectation removal of pathogens consistent to its design parameters, with restrictions on its release in water and applied in agriculture bodies. The soil of pathogenic organisms showed retention capacity in the first 60 cm depth by reducing its concentration to levels below 1.00 MPN / 100 mL in aquifers.

O objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade virológica da água de reúso produzida em uma das estações de tratamento de esgoto da cidade de São Paulo. Para tanto, foram coletadas concomitantemente 177 amostras de esgoto tratado (100L) e bruto (15L) e os vírus concentrados utilizando método Viradel-ultracentrifugação. Em seguida as amostras foram tratadas com Vertrel XF e os ácidos nucléicos extraídos para a detecção de adenovírus (HAdV), rotavírus (RV-A), norovírus e vírus da hepatite A (VHA). A detecção por PCR e/ou RT-PCR evidenciou RV-A (G1-G5), VHA e HAdV incluindo os da espécie F tanto no esgoto bruto quanto no tratado, no entanto norovírus não foram detectados em ambos os efluentes. A infectividade de RV-A e HAdV foi avaliada por cultivo celular e os rotavírus RV-A foram também quantificados por reação de imunoperoxidase direta. PCR em tempo real foi padronizada para quantificação de vírus não cultiváveis ou de difícil cultivo como os VHA. Com base nos resultados obtidos foi verificada a ocorrência e a distribuição anual de cada vírus nas águas de reúso. / The aim of the study was to evaluate the virological quality from one Sewage Treatment Plant in the state of São Paulo. From January/2005 to November/2006, 177 samples (15L) of raw sewage were collected at the entrance and another 177 (100L) at the end of treatment, twice a week. Viruses were concentrated by filtration through positively charged microporous filters, followed by ultracentrifugation. Virus concentrates were treated by using Vertrel-XF and the viral genomes extracted for detection of adenovirus (HAdV), rotavirus (RV-A), norovirus and hepatitis A virus (HAV). PCR and RT-PCR revealed RV-A (G1-G5), HAV and HAdV, including the enteric ones (species F) in sewage and treated wastewater samples. Norovirus was not detected in any samples. The infectivity of HAdV and RV-A was assayed by inoculating onto suitable cell line. Immunoperoxidase assay was used to calculate the rotavirus FFU/L in the samples. Real time-PCR was standardized for enumeration of non-cultivable virus. The occurrence and annual distribution of each virus in reuse water were analyzed.

Submitted by Renata Lopes (renatasil82@gmail.com) on 2017-03-13T17:29:42Z No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-13T19:33:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 andressasilvinoferreiraassis.pdf: 3364177 bytes, checksum: ff9c20080e11e36f28daf805d56ecc7e (MD5) Previous issue date: 2016-12-19 / O tratamento de esgoto pode ser insuficiente para a completa eliminação de vírus entéricos, tais como adenovírus humanos (HAdV) e rotavírus do grupo A (RVA). Portanto, o retorno do lodo e do efluente tratado ao ambiente pode representar riscos à saúde pública. Este estudo foi conduzido para otimizar um protocolo de floculação orgânica para recuperação viral a partir de lodo de esgoto e efluente tratado, bem como realizar um monitoramento de HAdV e RVA na estação de tratamento de esgoto (ETE) de Juiz de Fora, MG. Nos estudos de otimização, foram propostas adaptações no protocolo de floculação com leite desnatado para lodo e efluente tratado, com modificações no tempo de agitação da amostra, na concentração final de leite desnatado e/ou na etapa de centrifugação. No estudo de monitoramento, esgoto bruto (P1), esgoto primário (P2), lodo (P3) e efluente tratado (P4) foram coletados bimensalmente em 2014 (durante as épocas seca e chuvosa), totalizando 96 amostras (simples e compostas). As cargas virais foram determinadas por PCR quantitativo e o bacteriófago PP7 foi usado como controle interno. Amostras de HAdV e RVA foram submetidas ao sequenciamento e a viabilidade das partículas de HAdV foi avaliada em amostras de P4. Os parâmetros físico-químicos e a contagem de coliformes termotolerantes (CT) foram determinados em cada ponto. Nos estudos de otimização, foram selecionadas duas condições que apresentaram as maiores taxas de recuperação viral no lodo (menor tempo de agitação e maior concentração de leite desnatado) e no efluente tratado (sem primeira etapa de centrifugação e com maior concentração de leite desnatado). Ambas provaram ser ferramentas úteis para pesquisa viral em amostras de campo, inclusive para a pesquisa de vírus gigantes. No monitoramento, o HAdV foi detectado em 85,4% (82/96) dos concentrados, com cargas virais variando de 3,27 x 102 a 2,42 x 106 cópias do genoma por mililitro (cg/mL), ao longo do ano. A presença de RVA foi observada em 52,1% (50/96) dos concentrados (1,38 x 103 a 3,65 x 105 cg/mL), com maior detecção na época seca. A carga viral não foi influenciada pelo tipo de amostra, sendo detectada tanto em amostras simples, quanto em amostras compostas. Todas as amostras de HAdV sequenciadas pertenciam à espécie F tipo 41 e as amostras de RVA pertenciam ao genótipo I1. O tratamento de esgoto reduziu a quantidade de matéria orgânica e sólidos, bem como a contagem de CT e as cargas virais. No entanto, a presença de HAdV e RVA foi observada mesmo após o tratamento, inclusive em amostras de efluente tratado consideradas adequadas pelas legislações atuais, com detecção de partículas infecciosas de HAdV. Foram observadas correlações positivas entre a carga viral e a demanda bioquímica de oxigênio, os sólidos sedimentáveis e sólidos suspensos totais. Os dois protocolos otimizados neste estudo podem ser facilmente adequados para uso em laboratório de rotina, podendo impulsionar o monitoramento viral nos subprodutos gerados na ETE. A carga viral detectada na ETE salienta a disseminação ambiental de RVA e HAdV e aponta o potencial do HAdV como um marcador viral de contaminação em ambientes aquáticos. / Sewage treatment may be insufficient for the complete elimination of enteric viruses such as human adenoviruses (HAdV) and group A rotaviruses (RVA). Thus, the return of sewage sludge and treated effluent to the environment poses concerns potential for public health. This study was conducted to optimize an organic flocculation procedure for viral recovery from sludge and treated effluent, and carry out a surveillance of HAdV and RVA in a wastewater treatment plant (WWTP) at Juiz de Fora, MG. In optimization studies, conditions were proposed for sludge and treated effluent with changes in the stirring time, in the final concentration of skimmed-milk and/or in the centrifugation step. In surveillance study, raw sewage (P1), primary sewage (P2), sludge (P3) and treated effluent (P4) were collected bimonthly in 2014 (during the dry and the rainy season), totaling 96 samples (simple and composite). Quantitative PCR determined viral loads and PP7 bacteriophage was used as internal control. HAdV and RVA strains were selected for sequencing, and the HAdV viability was evaluated in P4 samples. Physicochemical parameters and thermotolerant coliforms (TC) counting were determined at each point. After the optimization studies, two conditions were selected: the ones that showed the highest viral recovery rates in sludge (lower stirring time and higher concentration of skimmed-milk) and treated effluent (without the first centrifugation step and with a higher concentration of skimmed-milk). These conditions proved to be a useful tool for viral search in the field samples, including for the research of giant virus. In surveillance study, HAdV was detected in 85.4% (82/96) of the concentrated, with viral loads ranging from 3.27 x 102 to 2.42 x 106 genome copies per milliliter (gc/mL), throughout the year. RVA presence was observed in 52.1% (50/96) of the samples (1.38 x 103 to 3.65 x 105 gc/mL) with detection greater in the dry season. Viral load was not influenced by the type of sample being detected both in single samples, as in composite samples. All the sequenced HAdV strains belonged to species F type 41, and RVA strains belonged to genotype I1. Sewage treatment reduced the content of organic matter and solids, as well as the TC counts and the viral loads. However, the presence of HAdV and RVA was observed after treatment, even in samples considered adequate by current laws with detection of infectious HAdV particles. Positive correlations were observed between viral load and biochemical oxygen demand, sedimented solids and total suspended solids. Two optimized protocols in this study are easily suitable for routine laboratory use and can boost viral monitoring in by-products generated in the WWTP. Viral load detected in WWTP stress the environmental dissemination of HAdV and RVA and addressed the potential of HAdV as a virological marker of contamination in aquatic environments.