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Integrative transcriptomic approaches to analyzing plant co-expression networks

Mutwil, Marek January 2011 (has links)
It is well documented that transcriptionally coordinated genes tend to be functionally related, and that such relationships may be conserved across different species, and even kingdoms. (Ihmels et al., 2004). Such relationships was initially utilized to reveal functional gene modules in yeast and mammals (Ihmels et al., 2004), and to explore orthologous gene functions between different species and kingdoms (Stuart et al., 2003; Bergmann et al., 2004). Model organisms, such as Arabidopsis, are readily used in basic research due to resource availability and relative speed of data acquisition. A major goal is to transfer the acquired knowledge from these model organisms to species that are of greater importance to our society. However, due to large gene families in plants, the identification of functional equivalents of well characterized Arabidopsis genes in other plants is a non-trivial task, which often returns erroneous or inconclusive results. In this thesis, concepts of utilizing co-expression networks to help infer (i) gene function, (ii) organization of biological processes and (iii) knowledge transfer between species are introduced. An often overlooked fact by bioinformaticians is that a bioinformatic method is as useful as its accessibility. Therefore, majority of the work presented in this thesis was directed on developing freely available, user-friendly web-tools accessible for any biologist. / Es ist bereits ausgiebig gezeigt worden, dass Gene, deren Expression auf Transkriptionsebene koordiniert ist, häufig auch funktional in verwandten Stoffwechselwegen vorkommen, und dass sich dies wahrscheinlich auch Spezies- und sogar Reichübergreifend sagen lässt (Ihmels et al., 2004). Anfänglich wurden solche Beziehungen verwendet, um sogenannte Genfunktionsmodule in Hefe und Säugern aufzudecken (Ihmels et al., 2004), um dann orthologe Genfunktionen zwischen verschiedene Spezies und Reichen zu entdecken (Stuart et al., 2003; Bergmann et al., 2004). Modellorganismen wie Arabidopsis werden bevorzugt in der Forschung verwendet, weil man durch die schnelle Generationszeit in kurzer Zeit viele Daten erheben kann und aufgrund dessen die Ressourcen- und Informationsvielfalt um ein Vielfaches größer ist. Ein Hauptziel ist der Wissenstransfer von Modellorganismen auf Spezies, die gesellschaftlich von höherer Bedeutung sind wie z.B. Getreidearten oder andere Feldfrüchte. Pflanzen besitzen oft große Genfamilien und die eindeutige Identifizierung von gut charakterisierten Arabidopsisorthologen in besagten Nutzpflanzen ist kein triviales Vorhaben. In der vorliegenden Arbeit werden Konzepte zur Nutzung von Co-expressionsnetzwerken beschrieben, die helfen sollen (i) Genfunktionen zu identifizieren, (ii) die Organisation von biologischen Prozessen aufzuklären und (iii) das erworbene Wissen auf andere Spezies übertragbar zu machen. Ein häufig von Bioinformatikern übersehender Umstand ist, dass bioinformatische Methoden nur so sinnvoll sind wie ihre Zugänglichkeit. Deshalb basiert der Großteil dieser Arbeit auf freiverfügbaren und vor allem für Biologen nutzerfreundlichen Webtools.
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Doppelrezension: Der jüdische Hoffaktor Berend Lehmann – neue Veröffentlichungen zu Leben und Wirken

Hausmann, Ulrich 19 January 2021 (has links)
No description available.
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Molecular Studies on Head Development of the Amphipod Crustacean Parhyale hawaiensis / Molekulare Untersuchungen zur Kopfentwicklung des amphipoden Krustazeen Parhyale hawaiensis

Schmid, Bernhard 05 July 2011 (has links)
No description available.
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Interkulturelle Qualifizierung im Rahmen des Hochschulstudiums in Deutschland

Hößler, Ulrich 06 March 2017 (has links)
Die vorliegende Arbeit verfolgt das Ziel, ein Modell interkultureller Qualifizierung im Rahmen des Hochschulstudiums in Deutschland zu generieren. Im theoretischen Teil wird der Qualifizie-rungsbegriff in Bezug zum Qualifizierungsziel interkulturelle Kompetenz und zum Anwen-dungskontext Hochschulstudium in Deutschland erörtert sowie das Thema innerhalb der Erzie-hungswissenschaften verortet. Auf die Themen interkulturelle Kompetenz und interkulturelles Lernen wird gesondert eingegangen. Darauf aufbauend werden im empirischen Tiel die zwei durchgeführten Studien beschrieben und abschließend die Ergebnisse interpretiert. Aus einer qualitativ-explorativen Interviewbefragung von 18 ehemaligen Teilnehmenden am Zusatzstudi-um Internationale Handlungskompetenz der Regensburger Hochschulen und einer quantitativ-explanativen Fragebogenstudie mit 129 damals aktuellen Teilnehmenden am Ende des Zusatz-studiums konnten relevante Eingangsbedingungen, Lernprozesse und Wirkungen sowie Kon-trollvariablen interkultureller Qualifizierungsmaßnahmen identifiziert werden. Die identifizierten Variablen werden zu den fünf Nutzungsprofilen interkultureller Qualifizierung 1) Sensibilisie-rung, 2) kognitive Anwendung, 3) Aktivierung, 4) aktionale Anwendung und 5) Potenzierung zusammengefasst. In einem Transfermodell werden die Nutzungsprofile schießlich in Bezug auf Wissenstransfer und Handlungstransfer verortet und in einem Input-Prozess-Output-Modell auf-steigend angeordnet. Das Ergebnis der Arbeit besteht somit in einem theoretisch fundierten und empirisch geprüften lern- und handlungstheoretischen Modell interkultureller Qualifizierung, das exemplarisch Bedingungen, Prozessverläufe und Wirkungen interkultureller Qualifizie-rungsmaßnahmen an deutschen Hochschulen beschreibt und dadurch Anwendungswissen für Konzeption, Implementation und Evaluation weiterer bestehender und geplanter interkultureller Qualifizierungsmaßnahmen bietet. / This study aims at generating an input-process-output model of intercultural qualification in the context of academic education in Germany. The theoretical framework consists of defining in-tercultural qualification and localizing the topic within educational sciences. The topics intercul-tural competence and intercultural learning are discussed separately. There were two empirical studies: 1) 18 former participants of the Extracurricular Study Program for Intercultural Compe-tence at the Regensburg universities have been interviewed about the program’s learning pro-cesses and learning outcomes. Resulting data were analysed using qualitative methods, yielding a set of hypotheses on relations between preconditions, processes and outcomes of intercultural qualification. 2) At the end of the program, 129 participants completed a questionnaire con-structed on the results of the interview study producing quantitative data. Relevant input, pro-cess and output variables could be identified and were integrated into five user profiles: 1) sensi-tisation, 2) cognitive application, 3) activation, 4) behavioral application, and 5) potentialisation. These profiles were finally arranged in relation to knowledge transfer and behavioral transfer, thus yielding a transfer model of intercultural qualification, and were put in ascending order in an input-process-output model. This theoretically founded and empirically tested model de-scribes exemplarily preconditions, learning processes, learning outcomes, and control variables of intercultural qualification in the context of academic education in Germany. It can be used as a theoretical framework for further research or conceptualisation, implementation, and evalua-tion of intercultural qualification programs.

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