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The Influence of Adjacent Segment on the Reliability of Cu Dual Damascene Interconnects

Chang, Choon Wai, Choi, Z.-S., Thompson, Carl V., Gan, C.L., Pey, Kin Leong, Choi, Wee Kiong, Hwang, N. 01 1900 (has links)
Three terminal ‘dotted-I’ interconnect structures, with vias at both ends and an additional via in the middle, were tested under various test conditions. Mortalities (failures) were found in right segments with jL value as low as 1250 A/cm, and the mortality of a dotted-I segment is dependent on the direction and magnitude of the current in the adjacent segment. Some mortalities were also found in the right segments under a test condition where no failure was expected. Cu extrusion along the delaminated Cu/Si₃N₄ interface near the central via region was believed to cause the unexpected failures. From the time-to-failure (TTF), it is possible to quantify the Cu/Si₃N₄ interfacial strength and bonding energy. Hence, the demonstrated test methodology can be used to investigate the integrity of the Cu dual damascene processes. As conventionally determined critical jL values in two-terminal via-terminated lines cannot be directly applied to interconnects with branched segments, this also serves as a good methodology to identify the critical effective jL values for immortality. / Singapore-MIT Alliance (SMA)
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Conductive anodic filament reliability of fine-pitch through-vias in organic packaging substrates

Ramachandran, Koushik 13 January 2014 (has links)
This research reports for the first time conductive anodic filament reliability of copper plated-through-vias with spacing of 75 – 200 µm in thin glass fiber reinforced organic packaging substrates with advanced epoxy-based and cyclo-olefin polymer resin systems. Reliability studies were conducted in halogenated and halogen-free substrates with improved test structure designs including different conductor spacing and geometry. Accelerated test condition (temperature, humidity and DC bias voltage) was used to investigate the effect of conductor spacing and substrate material influence on insulation reliability behavior. Characterization studies included gravimetric measurement of moisture sorption, extractable ion content analysis, electrical resistance measurement, impedance spectroscopy measurement, optical microscopy and scanning electron microscopy analysis and elemental characterization using energy dispersive x-ray spectroscopy. The accelerated test results and characterization studies indicated a strong dependence of insulation failures on substrate material system, conductor spacing and geometry. This study presents advancements in the understanding of failure processes and chemical nature of failures in fine-pitch copper plated-through-vias in newly developed organic substrates and demonstrates potential methods to mitigate failures for high density organic packages.
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Meta-análise para a identificação de alterações na expressão de microRNAs e vias moleculares do desenvolvimento vascular reguladas por microRNAs em angiossarcoma

Mendes, Lied Pereira January 2017 (has links)
Orientador: Winston Bonetti Yoshida / Resumo: Introdução: O Angiossarcoma (AS) é um tumor vascular maligno raro. As vias moleculares associadas ao desenvolvimento e progressão do AS ainda são pouco entendidas. miRNAs são moléculas reguladoras da expressão gênica com papel importante na tumorigênese e constituem biomarcadores em potencial, podendo definir prognóstico e tratamento de pacientes com câncer. A identificação de perfis de expressão de miRNAs e das vias moleculares reguladas por miRNAs pode contribuir para a elucidação dos mecanismos de tumorigênese em AS. Objetivos: Identificação da expressão global de miRNAs e vias moleculares em AS. Identificar miRNAs alterados em AS; identificar genes-alvo regulados pelos miRNAs e mapear miRNAs e genes alvo relacionados ao desenvolvimento vascular. Material e Métodos: Realizamos uma meta-análise segundo a Declaração de Prisma e utilizando as principais bases de dados, PubMed e EMBASE. Após a aplicação de critérios de inclusão e exclusão específicos, um estudo (incluindo 5 amostras de AS) foi considerado elegível e selecionado para extração dos dados. Deste, foram identificados os miRNAs significativamente desregulados (FC>=1,5 e p<0,05). A seguir, os dados de expressão de miRNAs foram analisados utilizando as ferramentas de bioinformática miRWalk v.2.0 para predição de genes-alvo regulados pelos miRNAs e STRING e Cytoscape v.3.1.1/BINGO para identificação de redes de interação (miRNAs-mRNAs-alvo) e funções biológicas, respectivamente. Resultados: 59 miRNAs estavam com expres... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor
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Histamina induz inflamação das vias aéreas e produção de muco em pulmão de camundongos /

Vieira, Letícia Vilma dos Santos. January 2017 (has links)
Orientador: Sandra Helena Penha de Oliveira / Banca: Valeria Marçal Felix de Lima / Banca: Richardt Gama Landgraf / Resumo: Na inflamação alérgica, a histamina desencadeia papel crucial na indução de sintomas, tais como vasodilatação, broncoconstrição e produção de muco. O objetivo deste estudo foi investigar os efeitos da histamina na inflamação e no remodelamento das vias aéreas, avaliando para tanto a produção de muco e colágeno em modelo murino de inflamação pulmonar. Camundongos Balb/c machos de 20-25g foram estimulados, por via intratraqueal, com histamina em diferentes concentrações (10, 50 e 100 µM) e avaliados após 6, 24 e 48 horas. A partir dos dados resultantes do ensaio dose-resposta, foi realizado tratamento farmacológico, onde animais foram separados em 5 grupos (6 camundongos por grupo): Grupo 1 (PBS), controle não estimulado; Grupo 2 (Histamina), controle estimulado; Grupo 3 (Histamina + Loratadina); Grupo 4 (Histamina + Dexametasona) e Grupo 5 (Histamina + Dexametasona e Loratadina). Analisamos a migração de leucócitos no lavado broncoalveolar (LBA) e no tecido pulmonar. As alterações estruturais no tecido pulmonar e na traqueia foram avaliadas por análise histopatológica, bem como a produção de muco e deposição de colágeno usando Alcian blue/Periodic Acid Shiff e Tricômio de Masson, respectivamente. O sobrenadante do LBA e o tecido pulmonar foram coletados para quantificar os níveis SCF e CCL3 por ELISA de captura. A expressão gênica de Muc5ac, Gob-5, Col1a2 e receptores de histamina foi avaliada por RT-PCR em tempo real. Nossos resultados demonstram que a histamina induz infla... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In allergic inflammation, histamine exerts a crucial role in the induction of symptoms, such as vasodilation, bronchoconstriction and mucus production. The aim of this study was to investigate the effects of histamine in inflammation and airway remodeling, evaluating the mucus production and collagen in a murine model of pulmonary inflammation. Male Balb/c mice of 20-25g were challenged by intratracheal instillation of histamine at different concentrations (10, 50 and 100 μM) and evaluated after 6, 24 and 48 hours. From the data resulting from the dose-response assay, pharmacological treatment was performed, and animals were separated into 5 groups (6 mice per group): Group 1 (PBS), non-challenged control; Group 2 (Histamine), challenged control; Group 3 (Histamine + Loratadine); Group 4 (Histamine + Dexamethasone) and Group 5 (Histamine + Dexamethasone and Loratadine). We analyzed the recruitment of leukocytes in bronchoalveolar lavage (BAL) and lung tissue. Structural changes in lung tissue and trachea were assessed by histopathological analysis, as well as mucus production and collagen deposition using Alcian blue/Periodic Acid Shiff and Masson's Trichrome, respectively. BAL supernatant and lung tissue were collected for SCF and CCL3 levels quantification by capture ELISA. The gene expression of Muc5ac, Gob-5, Col1a2, and histamine receptors was evaluated by RT-PCR real time. Our results demonstrated that histamine induces airway inflammation, with presence of leukocyte infiltrate in BAL and lung tissue. In addition, histamine-challenged animals demonstrated a significant increase in the gene expression of Muc5ac, Gob-5 and Col1a2 in lung tissue, SCF and CCL3 production in BAL and lung, as well as structural changes in the trachea and lung tissue, such as leukocyte infiltrate, presence of goblet cell, mucus production and collagen... / Mestre
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Impactos econômicos e financeiros de notícias

Azevedo, Luis Fernando Pereira 18 April 2017 (has links)
Submitted by Luis Azevedo (lfpazevedo@gmail.com) on 2017-04-25T22:48:00Z No. of bitstreams: 1 Tese_Luis_Fernando_Azevedo.pdf: 2851972 bytes, checksum: b18040b51fff2a231332968632ef42ab (MD5) / Approved for entry into archive by Vera Lúcia Mourão (vera.mourao@fgv.br) on 2017-04-27T20:59:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Luis_Fernando_Azevedo.pdf: 2851972 bytes, checksum: b18040b51fff2a231332968632ef42ab (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-02T12:32:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Luis_Fernando_Azevedo.pdf: 2851972 bytes, checksum: b18040b51fff2a231332968632ef42ab (MD5) Previous issue date: 2017-04-18 / Devido à crescente evolução tecnológica das últimas décadas, eventos locais, econômicos ou não, são divulgados de forma praticamente instantânea de forma global. Muitos destes eventos têm o poder de influenciar os preços dos ativos nos mais diversos mercados, em todas as localidades. Além da divulgação de eventos, o conteúdo das notícias econômicas traz valiosas informações que capturam as variações nos sentimentos dos agentes sobre a situação corrente e prospectiva da economia. Uma pauta negativa sobre atividade econômica, com anedóticos e relatos de empresários, por exemplo, sinaliza um crescimento negativo do PIB antes mesmo da sua divulgação. Apesar da sua amplitude e velocidade, notícias podem estar sujeitas a uma série de vieses, desde má interpretação do tema, passando por preconceito contra algum personagem da matéria, e até mesmo efeito manada. A evolução tecnológica também começa a permitir a superação destes problemas. O estudo de grandes volumes de dados (big data) em redes sociais ou plataformas de buscas fornece um meio de mensurar o sentimento dos agentes econômicos diretamente, em tempo real, sem a necessidade da intermediação por notícias. Através de notícias especializadas com frequência intradiária e ferramentas como o Google Trends, esta tese busca captar a variação de sentimentos de agentes e encontrar se há alguma relação entre estas medidas e flutuações dos ciclos econômicos e precificação de ativos. No capítulo 1, fatores macroeconômicos foram replicados através de notícias e, os aplicando em modelos fatoriais, encontram-se evidências de que notícias contêm informações relevantes para explicar o excesso de retorno de carteiras de ações da BM&FBovespa. Em seguida, no capítulo 2, analisou-se a comunicação do Banco Central do Brasil através da mídia especializada. Há evidências de que a volatilidade dos juros é maior em dias nos quais algum membro do Copom é citado na mídia, principalmente considerando anos mais recentes. Por fim, no capítulo 3, buscou-se extrair o sentimento das pessoas através de suas buscas realizadas no Google. Em um VAR com variáveis macroeconômicas como produção industrial e emprego, este indicador criado foi comparado a indicadores de sentimento dos investidores, condições financeiras e indicadores de incerteza política, encontrando-se evidências que a ferramenta do Google pode fornecer informações relevantes sobre o impacto do sentimento da pessoas na economia real. / Data from texts and Internet search queries are a relatively new source of information to economists. In this PhD dissertation, I analyze the impact of news’ information content and Google searches patterns on asset pricing and business cycle. In chapter 1, using a unique intradaily news database, I create news measures to approximate people’s concern about macroeconomic variables. Using Fama-McBeth framework, I conclude that those measures improve the explanatory power of asset pricing models for brazilian stocks. In chapter 2, I identify days in which the Brazilian monetary authority is cited on media and test whether interest rate volatility is higher in those days. I find evidences that all vertices of the yield curve show a higher volatility on those days, especially short and medium-term vertices. I also find evidence that interest rate volatility is higher in days in which the Brazilian Central Bank releases special reports or when central bank directors deliver speech. Both results are stronger after 2014. Finally, in chapter 3, a proxy for people’s sentiment measured as the relative searches of economic words with positive or negative connotation is extracted from Google’s search queries and used to explain macroeconomic variables in a VAR enviroment. For the US economy, responses of employment and production to shocks (innovations) in this sentiment index are similar to those observed when the innovation comes from a financial conditions indicator, and are higher and last longer than shocks on investor’s sentiment and policy uncertainty.
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Efeitos do tratamento com células-tronco mesenquimais administradas pelas vias intraperitoneal e intravenosa em modelo experimental de sepse aguda

Magrisso, Alessandra Bileski January 2014 (has links)
Muito se tem investido em pesquisa na compreensão dos processos e fenômenos envolvidos nas respostas imunes às infecções e, principalmente, no desenvolvimento de recursos e tecnologias a fim favorecer os avanços no tratamento da sepse. Este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar os efeitos anti-inflamatórios das células-tronco mesenquimais (MSCs) quando administradas por duas diferentes vias: intraperitoneal (IP) e intravenosa (IV), determinando qual a melhor via de traramento, em modelo experimental murino de sepse. Foram utilizados 31 camundongos da linhagem C57Bl/6 para padronização do modelo de Ligadura e Perfuração do Ceco (CLP). Após os experimentos de estabelecimento do modelo, outros 60 animais foram distribuídos em nove grupos: grupo CONTROLE, grupo sepse sem tratamento (SEPSE), grupo SHAM, grupo sepse com administração de PBS via IV (SEPSE PBS IV), grupo sham com administração de PBS via IV (SHAM PBS IV), grupo sham com administração de MSCs via IV (SHAM MSC IV), grupo sham com administração de MSCs via IP (SHAM MSC IP), grupo sepse com administração de MSCs via IP (SEPSE MSC IP) e grupo sepse com administração de MSCs via IV (SEPSE MSC IV). Transcorridas 6 horas da indução da sepse pelo modelo CLP, padronizado com oclusão total do ceco seguida de uma única punctura com agulha 18G, os animais receberam o tratamento de acordo com o grupo que compunham. Após 24 horas do procedimento cirúrgico, procedeu-se a eutanásia dos animais para coleta dos órgãos, sangue e fluidos peritoneais. As amostras foram analisadas quanto aos parâmetros histológicos, hematológicos e inflamatórios, respectivamente. Com base nos resultados obtidos, foi possível concluir que: 1) O modelo CLP padronizado com oclusão total do ceco e uma punctura com agulha 18G induziu sepse aguda nos animais; 2) A administração das MSCs via IP foi atenuadamente mais eficaz na redução da concentração de leucócitos hematológicos e no quadro de trombocitopenia instalado nos animais com sepse induzida; 3) A injeção IP das MSCs diminuiu, com maior eficiência, a infiltração de células inflamatórias na região abdominal dos animais doentes. 4) As citocinas IL-6, TNF-α e IL- 10 obtiveram queda de suas concentrações séricas com a terapia nos animais dos grupos submetidos à indução da sepse. 5) O tratamento com MSCs melhorou o grau de peritonite, necrose e ulcerações observadas na histologia do ceco dos animais, com melhores resultados encontrados no grupo SEPSE MSC IP. / Much has been invested on research regarding comprehension of the processes and phenomena that are involved in immune responses to infections and mainly on resources and technologies development in order to support advances in the treatment of sepsis. This study has been performed in order to evaluate the anti-inflammatory effects of mesenchymal stem cells (MSCs) when administered by two different routes: intraperitoneal (IP) and intravenous (IV), to determine which is the best treatment route, in an experimental murine model of sepsis. Thirty-one C57Bl/6 strain mice have been used to standardize the Cecal Ligation and Perforation (CLP) model. After the establishment of CLP, 60 animals were allocated into nine groups: CONTROL group, sepsis group without treatment (SEPSE), SHAM group, sepsis group with intravenously administration of PBS (SEPSE PBS IV), sham group with intravenously administration of PBS (SHAM PBS IV), sham group with intravenously administration of MSCs (SHAM MSC IV), sham group with intraperitoneal administration of MSCs (SHAM MSC IP), sepsis group with intraperitoneal administration of MSCs (SEPSE MSC IP), and sepsis group with intravenously administration of MSCs (SEPSE MSC IV). 6 hours after the induction of sepsis by CLP model, standardized with total occlusion followed by a single cecal puncture with a 18G needle, the animals received the treatment according to the group they belonged to. 24 hours after the surgical procedure the animals were sacrificed in order to get the organs, blood and peritoneal fluid. The samples were analyzed for histological, haematological and inflammatory parameters, respectively. Basing on the results it was concluded that:1) The CLP model standardized with total occlusion followed by a single cecal puncture with a 18G needle induced acute sepsis in the animals; 2) The intraperitoneal administration of MSCs was slightly better in reducing the hematological concentration of leukocytes and the installed picture of thrombocytopenia in sepsis groups; 3) the intraperitoneal injection of MSCs decreased, with greater efficiency, the inflammatory cells infiltration in the abdominal cavity of sepsis groups. 4) The IL-6, TNF-α and IL-10 cytokines had their serum concentrations decline with therapy, in the groups subjected to induction of sepsis. 5) Treatment with MSCs improved the severity of peritonitis, necrosis and ulceration observed in cecum histology, with better results in the SEPSIS MSC IP group.
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Aprendizagem em movimento : uma plataforma para criação e uso de veículos de comunicação locativos

Pereira, Bernard Corrêa 05 June 2015 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:33:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8887_Ata 329º.pdf: 616447 bytes, checksum: 46cae2fa74c2ca966477a3357d9b6edb (MD5) Previous issue date: 2015-06-05 / Arquiteturas Pedagógicas inovadoras exigem recursos computacionais flexíveis em sua configuração, de modo a permitirem fácil adaptação às atividades pedagógicas planejadas pelo educador. A Plataforma Aprendizagem em Movimento permite a modelagem, execução e monitoramento de Veículos de Comunicação baseados em Localização, e amplia o leque de possibilidades para o educador que busca novas formas de ensino, em especial no uso pedagógico em atividades de campos e aulas extra classe.
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Avaliação do papel do óxido nítrico no comprometimento da função pulmonar e hiper-reatividade das vias aéreas em camundongos estimulados com sílica / Evaluation of the role of the nitric oxide on pulmonary function and hyperreactivity of the airways in mice stimulated with silica

Davidson Furtado Dias 20 July 2012 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Silicose é uma doença pulmonar causada pela inalação de partículas de sílica, na qual vários são os mediadores inflamatórios implicados. Neste estudo investigamos o envolvimento do óxido nítrico (NO) nas alterações de função pulmonar e hiper-reatividade das vias aéreas, em camundongos estimulados com sílica por via intranasal. Foram analisados parâmetros como i) função pulmonar (resistência e elastância) e hiper-reatividade das vias aéreas ao aerossol com metacolina (3 27 mg/mL) através de sistema de pletismografia invasiva, e ii) alterações morfológicas, mediante técnicas clássicas de histologia e imuno-histoquímica. Verificamos que a instilação de partículas de sílica (10 mg) causou aumento nos níveis basais de resistência e elastância pulmonar, bem como de hiper-reatividade das vias aéreas à metacolina, em tempos que variaram de 2 a 28 dias. Observamos uma correlação temporal com as alterações morfológicas no tecido pulmonar, que refletiram presença de resposta inflamatória e infiltrado celular intenso, seguidos de progressiva fibrose e formação de granulomas. Os tempos de 7 e 28 dias pós-estimulação com sílica foram selecionados para os ensaios subsequentes, por corresponderem às fases aguda e crônica da silicose experimental, respectivamente. Foram detectados níveis elevados de óxido nítrico (NO), bem como de peroxinitrito/expressão da enzima iNOS no lavado broncoalveolar e no tecido pulmonar de camundongos estimulados com sílica, respectivamente. Em outro grupo de experimentos, observamos que camundongos depletados para o gene codificante para a enzima NOS induzida (iNOS) apresentaram abolidas as respostas de aumento nos níveis basais de resistência e elastância pulmonares, bem como da hiper-reatividade das vias aéreas à metacolina em comparação aos animais selvagens (C57BL/6). A inibição da resposta inflamatória e fibrótica granulomatosa foi também notada no caso dos animais nocautes para iNOS. O tratamento com 1400W, um inibidor da enzima iNOS, diminui de forma marcada as alterações de função pulmonar e fibrose tecidual verificadas nos camundongos silicóticos. Em conclusão, nossos resultados mostram que o comprometimento da função pulmonar, representado pelo aumento na resistência/elastância e hiper-reatividade das vias aéreas, mostraram-se correlacionados à maior geração de NO e de peroxinitrito, assim como da expressão da enzima iNOS. A depleção do gene codificante ou, ainda, o bloqueio da enzima iNOS aboliram a resposta de comprometimento da função pulmonar e fibrose tecidual na silicose experimental. Em conjunto estes achados indicam que o NO parece ser um mediador importante no contexto da silicose, colocando-se como um alvo terapêutico em potencial no tratamento de doenças de caráter fibrótico. / Silicosis is a lung disease caused by inhalation of silica particles, which is dependent on several inflammatory mediators. In this study we investigated the role of nitric oxide (NO) in the alteration of lung function and airways hyperreactivity caused by intranasal silica stimulation in mice. The parameters analyzed included: i) lung function (resistance and elastance) and airways hyperreactivity to aerosolized methacholine (3 - 27 mg/mL) by invasive plethysmography, and ii) morphological changes, by classical histological techniques and immunohistochemistry. We found that the instillation of silica particles (10 mg) caused an increase in the baseline levels lung of resistance and elastance and airways hyperreactivity to methacholine, from 2 to 28 days. We noted that there was a temporal correlation with morphological changes in lung tissue, which reflected the presence of an intense inflammatory cell infiltrate, followed by progressive fibrosis and granuloma formation. The time-points of 7 and 28 days post-silica stimulation were chosen for subsequent experiments, because they corrrespond to acute and chronic phases of experimental silicosis, respectively. Higher levels of nitric oxide (NO) and peroxynitrite as well as iNOS expression were detected in the bronchoalveolar lavage and lung tissue of silica-stimulated mice stimulated, respectively. In another group of experiments, we observed that mice depleted for the gene encoding for inducible NOS (iNOS) had the responses of increased basal levels of resistance and elastance lung and airways hyperreactivity abolished as compared to wildtype animals (C57BL/6). Inhibition of the inflammatory and fibrotic granulomatous responses were also inhibited in the case iNOS knockout mice. Treatment with the iNOS inhibitor 1400W markedly suppressed changes in lung function and tissue fibrosis observed in silicotic mice. In conclusion, our results show that suppression of lung function failure, including increased in resistance/elastance as well as airways hyperreactivity were correlated with NO and peroxynitrite generation as well as the iNOS expression. The depletion of the gene encoding to or inhibition of iNOS enzymatic activity abolished the response of lung function and tissue fibrosis in experimental silicosis. Together, these findings indicate that NO is an important mediator in the context of silicosis and suggest that it can be considered a potential therapeutic target for the treatment of fibrotic diseases.
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Proposta de um sistema de gerência para vias férreas brasileiras / Proposal for a management system for Brazilian railways

Jesner Sereni Ildefonso 07 February 2013 (has links)
O sistema ferroviário brasileiro é constituído por uma malha de aproximadamente 30 mil quilômetros de ferrovias, nas quais percorrem mais de 2,9 mil locomotivas e 92 mil vagões, responsáveis pelo transporte de cerca 23% da carga do país; a matriz de transportes está distorcida, uma vez que nos países desenvolvidos esse modo responde por cerca de 40% da carga transportada. A manutenção de via permanente responde por 12% a 30% do custo de operação de uma via férrea e nas ferrovias brasileiras, esse gasto ficou em torno de 300 milhões de dólares no ano de 2000, evidenciando que simples melhorias no modo como as manutenções são realizadas, implicam em grande economia para o setor. Há basicamente três tipos de manutenções passíveis de serem executadas: manutenção corretiva, manutenção preventiva e manutenção preditiva. Com o uso da gerência de vias férreas é possível determinar qual manutenção é a mais apropriada e quando se deve executá-la, de forma a utilizar os recursos financeiros disponíveis da melhor forma possível. O foco desta pesquisa está no estudo da via férrea com relação à geometria e à condição estrutural dos elementos da superestrutura e, para isso, são propostos métodos de gerência e índices de qualidade para ambos os casos. / The Brazilian railway system consists of a network of approximately 30,000 kilometers, which runs a fleet of more than 2,900 locomotives and 92,000 wagons, transporting approximately 23% of the load of the country, while in developed countries this mode accounts for about 40% of the cargo. The track maintenance accounts for 12% to 30% of the cost of operating and the cost was around $ 300 million in 2000 at railroads in Brazil, showing that simple improvements in the way maintenance are performed, imply great savings for the industry. There are basically three types of maintenance that can be performed: corrective maintenance, preventive maintenance and predictive maintenance. Using the management of railways is possible to determine which is most appropriate maintenance and when to run it in order to use the available resources in the best way possible. The main goal of this research is to study the rail with respect to geometry and structural condition of the elements of the superstructure and to this are proposed methods for management and quality indexes for both cases.
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UM MÉTODO MULTIESTATÍSTICO PARA IDENTIFICAÇÃO DE VIAS GENÉTICAS DIFERENCIALMENTE EXPRESSAS / A MULTI-STATISTIC METHOD FOR IDENTIFICATION OF DIFFERENTIALLY EXPRESSED GENETIC PATHWAYS

Fontoura, Carla Adriane Ramos Segatto 19 August 2016 (has links)
Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The determination of the causes and origins of a given disease is a complex undertaking, considering that there is a large number of genes engaged that interact with each other (Watson, 2006). Bioinformatics experts working in the search for a perfect integration between biology and information, in order to understand the likely factors that trigger certain diseases (Pevzner, 2000). To achieve this, the revolutionary methodology of Microarrays (LOCKHART et al., 1996) based on the gene expression of patients, it has been widely used to simultaneously measuring changes and regulation of the genes of the genome under certain biological conditions, resulting in a list of genes that may be considered interesting from a biological point of view for a particular disease. In this thesis, we present a multi-statistic method to detect differentially expressed genetic pathways in DNA microarray data. Many statistical methods of analysis are based on the use of a single statistical test. It is believed that the use of multiple tests decreases the number of false positive discoveries. Our method can be applied to transcriptome data to investigate which pathways have changes in expression when subjected to some type of disturbance. The method determines the activity of pathways evaluated, and verifies if the changes found are statistically significant through the bootstrap, Fisher exact and Wilcoxon tests. Implemented in R language and available for download from the Comprehensive R Archive Network (CRAN) as a package called PATHChange, our method showed consistency in its results with those predicted in the literature when tested for microarray of cancer and pre-cancer colon public data. The PATHChange method offers an alternative type of analysis of differentially expressed genes pathways for researchers seeking to determine phenotypes of diseases such as cancer. / A determinação das causas e origens de uma determinada doença é uma tarefa complexa, considerando que existe um grande número de genes comprometidos que interagem entre si (WATSON, 2006). Especialistas em Bioinformática trabalham na busca de uma perfeita integração entre a biologia e a informação, com o intuito de compreender os prováveis fatores que desencadeiam determinadas doenças (PEVZNER, 2000). Para tal, a metodologia revolucionária de Microarranjos (LOCKHART et al., 1996), baseada na expressão gênica de pacientes, tem sido amplamente utilizada para medir simultaneamente as mudanças e regulação dos genes do genoma sob certas condições biológicas, resultando em uma lista de genes que podem ser considerados interessantes do ponto de vista biológico para uma determinada doença. Na presente tese, nós apresentamos um método multiestatístico destinado à detectar vias genéticas diferencialmente expressas em dados de microarranjos de DNA. Grande parte dos métodos de análise estatística são baseados no uso de apenas um teste estatístico. Acredita-se que associar métodos estatísticos baseados em testes diferentes diminui o número de falsos positivos. O método que nós desenvolvemos determina a atividade das vias avaliadas, e verifica se as alterações encontradas são estatisticamente significativas através dos testes de bootstrap, exato de Fisher e Wilcoxon. Este método pode ser aplicado à dados de transcriptoma para investigar quais vias apresentam mudanças na expressão de seus genes quando submetidos à algum tipo de perturbação. Implementado em linguagem R e disponibilizado para download no CRAN (do inglês, Comprehensive R Archive Network) como um pacote denominado PATHChange, nosso método demonstrou consistência entre os seus resultados com os previstos na literatura quando testado para dados públicos de microarranjos de câncer e pré-câncer de cólon. O método do PATHChange oferece um tipo alternativo de análise de vias de genes diferencialmente expressas para os pesquisadores que buscam apurar fenótipos de doenças, tais como o câncer.

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