Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-14T16:36:51Z No. of bitstreams: 1 fernanda-rimolli-castro-araujo.pdf: 3174906 bytes, checksum: eea9d3ec428bd1bddd0e3d306d0142f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-14T16:36:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 fernanda-rimolli-castro-araujo.pdf: 3174906 bytes, checksum: eea9d3ec428bd1bddd0e3d306d0142f7 (MD5) Previous issue date: 2007 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A infecção pelo vírus da hepatite A (HAV) em geral é transmitida pelo contato fecal-oral. Precárias condições sanitárias e de higiene favorecem a transmissão do HAV. Dados disponíveis sobre o saneamento básico mostram a precariedade em muitas regiões do Brasil onde se concentram a maioria dos casos de infecçõespelo HAV. O desenvolvimento de uma vacina efetiva e segura contra o HAV é uma das prioridades do Programa Nacional de Imunizações (PNI). Para o desenvolvimento de vacinas contra a hepatite A um dos principais obstáculos é um modelo animal para o seu controle. Algumas espécies de primatas não-humanos são utilizadas como modelos para infecção pelo HAV, por serem semelhantes aos humanos no curso da infecção. Geralmente apresentam, após a infecção experimental pelo HAV, viremia, eliminação de vírus nas fezes, aumento dos níveis séricos de enzimas hepáticas, soroconversão, alterações histológicas edetecção de antígenos de HAV no fígado. É indiscutível também a importância dos primatas não-humanos nas pesquisas sobre patogenia. Entre as opções para substituí-los, em virtude do alto valor econômico e moral (pelo alto nível de consciência), foi pesquisada a viabilidade do uso de cobaias (Cavia porcellus) na infecção experimental pelo HAV. Neste estudo foram inoculadas intraperitonialmente três cobaias com a cepa brasileira HAF-203 do HAV, isolada de paciente infectado (Grupo1), e três cobaias com esta cepa adaptada ao cultivode células FRhK-4 (Grupo 2). Outras três cobaias, controles negativos, foram inoculadas com meio 199 (Grupo 3). Observadas diariamente, não apresentaram manifestações clínicas sugestivas de hepatite A. Quanto ao peso, em diferentes intervalos, não apresentaram diferenças estatisticamente significativas entre os Grupos. Nos dias 14, 28, 42e 56 p.i., uma cobaia de cada grupo foi submetida à eutanásia sendo colhido o sangue por punção cardíaca. Na necropsia eram obtidas amostras de fígado, rim, intestino delgado e grosso e vesícula biliar. O fígado e demais órgãos não exibiram alterações histológicas.Também não foi detectado genoma viral (RNA HAV) nas amostras de fezes de dias intercalados (dia 7 ao 56 do experimento) e nas amostras de fígado, analisadas pela técnica de PCR quantitativo em tempo real. Os níveis séricos das enzimas hepáticas (ALT, AST, GGT) das amostras de sangue pós-inoculação foram comparadas com os níveis das amostras coletadas dois dias antes da inoculação e, também, não apresentaram diferenças estatisticamente significativas em relação aos intervalos de dias e entre os Grupos. A única evidência de antigenicidade do vírus foi encontrada no teste de ELISA, quando se detectaram anticorpos totais anti-HAV aos 28 e 56 dias, em duas cobaias do Grupo 1. A interpretação dos resultados não permite indicar as cobaias da linhagem “Fiocruz” como modelo experimental da infectividade do HAV cepa HAF-203. Entre as opções para substituir os primatas não-humanos no desenvolvimento de vacinas contra o HAV, não consideramos a Cavia porcellusum modelo adequado. / Infection by Hepatitis A virus (HAV) is generally transmitted through faecal-oral contact. Poor hygienic habits and inadequate sanitary conditions favor HAV transmission. Deficiencies in basic public sanitation among the different regions of Brazil have been associated with rates of HAV infections. The development of a safe and effective vaccine against HAV is priority for health policy in the Brazil National Immunization Program (PNI). The development of vaccines against Hepatitis A hasbeen hampered by the lack of a suitable animal model for the control of this vaccine. Some species of Non-human primates are used as models for HAV infection which more closely mimics many of the aspects of the human disease. Various parameters of infection were assessed in this model: they usually present viremia, faecal elimination of the virus, serum level increase of hepatic enzymes, seroconversion, alterations in liver histology and detection of RNA HAV antigen in the liver. Non-human primates continue to play an important role on the research of pathogeny. Due to high economical and moral concerns (due to the elevated level of conscience), the feasibility of guinea pigs (Cavia porcellus) in the experimental infection by HAV is considered among the replacement options. In this present study three guinea pigs were infected by the intraperitoneal route with the Brazilian HAV strainHAF-203 isolated from infected patient (Group 1) and three by cell culture adapted (FRhK-4) Brazilian HAV strain HAF-203 (Group 2). Three guinea pigs (negative-controls) were inoculated intraperitoneally with medium 199 (Group 3). All animals were observed daily, but they did not show any suggestive clinical symptoms of Hepatitis A infection. Of weights takenon different occasions animals did not show statistically significant differences at different intervals among the groups. One animal of each Group were submitted to euthanasia on 14 th , 28 th, 42 nd and 56 th days post inoculation by heart exsanguination. During necropsy, samples of liver, kidneys, small and large intestines, and gall bladder were taken. By light microscopy, no alterations could be found. There was no detection of viral gonome (RNA HAV) inthe faeces samples taken at different intervals (from day 7 to 56 of the experiment) and in the liver samples, both analyzed through quantitative RT- PCR technique. The serum level of hepatic enzymes (ALT, AST and GGT) from the blood samples after inoculation were compared to the levels of samples collected two days before inoculation and, also, did not showstatistically significant differences in relation to the intervals of days and between the groups. The only evidence of a specific antigen was determined by ELISA method when total anti-HAV antibodies were detected on the 28th and 56th days in two guinea pigs from Group 1. Analysis of the results of this study do not allow the indication of guinea pigs strain “Fiocruz” as experimental models for hepatitis A virus strain (HAF-203) infection. Interpretation of the results among the options for the replacement of non-human primates in the development of vaccines against HAV, the Cavia porcellus are certainly not considered as a suitable model.

Made available in DSpace on 2016-04-27T12:29:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 fernanda_jacome_ioc_mest_2015.pdf: 2626313 bytes, checksum: 64d9f43cae69897ab2bde62384cc1c6a (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O DENV-2 foi introduzido no Brasil em 1990, quando os primeiros casos de Febre hemorrágica do Dengue (FHD) e de Síndrome de Choque por Dengue (SCD) foram reportados. Em 2007 este sorotipo reemergiu, causando em 2008 a maior epidemia registrada no país até então. Estudos filogenéticos realizados com cepas de DENV-2 que circularam em 2007-2008 demonstram que os vírus reemergentes pertencem aos mesmo genótipo que os vírus inicialmente introduzidos no país, contudo, eles agrupam-se formando uma linhagem distinta. O DENV-2, frequentemente associado com casos de FHD/SCD, tem sido o sorotipo tradicionalmente mais estudado devido a sua associação com grandes epidemias e com manifestações clínicas mais graves. Entretanto, estudos sobre a viremia induzida por linhagens distintas de um mesmo genótipo do sorotipo 2 e sua associação com a gravidade da doença até o momento não haviam sido realizados. Ademais, um dos maiores desafios no que diz respeito ao estudo da patogênese do DENV e ao desenvolvimento de fármacos e vacinas contra a dengue é a ausência de um modelo animal que reproduza a doença tal qual esta ocorre em casos humanos, sendo o estabelecimento de modelos animais para estudos de infecção e doença causada pelos DENV de grande relevância para as diversas áreas de pesquisa em dengue Diante deste cenário, este estudo teve como objetivo principal analisar as alterações morfológicas e a viremia da infecção de duas linhagens distintas de DENV-2 epidêmicas, isoladas de pacientes e não neuroadaptadas em camundongos BALB/c. Os resultados demonstram a suscetibilidade do camundongo BALB/c às duas linhagens do DENV-2 e a capacidade dos vírus se multiplicarem em diferentes órgãos, incluindo coração, pulmão, cérebro e baço. As alterações morfológicas induzidas pelas duas linhagens são semelhantes bem como às alterações observadas em casos humanos de dengue e que a linhagem I induz, em média, uma viremia mais elevada em todos os tipos de órgãos testados / DENV-2 was introduced in Brazil in 1990, when the first cases of Dengue Hemorrhagic Fever (DHF) and Dengue Shock Syndrome (DSS) were reported. In 2007 this serotype re-emerged, causing in 2008 the largest epidemic registered in the country until then. Phylogenetic studies with DENV-2 strains that circulated in 2007-2008 showed that although the re-emerging viruses belong to the same genotype as the first viruses introduced in the country, they grouped as a distinct lineage. DENV-2 that is often associated with DHF/DSS cases, has been traditionally the most studied serotype because of its association with major epidemics and more severe clinical manifestations. However, studies on viremia induced by different lineages of the same genotype and its association with the disease severity have not yet been performed. Moreover, a major challenge regarding the study of the pathogenesis of DENV and the development of drugs and vaccines against dengue is the lack of an animal model which reproduces this disease as it occurs in human cases, thus, the development of animal models for studies of infection and disease caused by DENV is of great relevance to the various areas ofdengue research. On that scenario, this study aims to analyze morphological alterations and viremia of infection of two different lineages of epidemic DENV-2, isolated from patients and nonneuroadapted, in BALB/c mice. The results demonstrate the susceptibility of BALB/c mouse to the two lineages of DENV-2 and the ability of the virus to replicate in different organs, including heart, lung, brain and splen. Morphological changes induced by both DENV-2 lineages are similar to the changes observed in dengue human cases and Lineage I induces, on average, higher viremia in all tested organs types. / 2016-05-28

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2013-03-28T17:37:00Z No. of bitstreams: 1 Carlos_Augusto_S_Fernandes.pdf: 3137240 bytes, checksum: a923f912893f0a2f21b79d189189ec4a (MD5) / Approved for entry into archive by Priscila Nascimento(pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2013-03-28T17:53:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Carlos_Augusto_S_Fernandes.pdf: 3137240 bytes, checksum: a923f912893f0a2f21b79d189189ec4a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-28T17:53:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carlos_Augusto_S_Fernandes.pdf: 3137240 bytes, checksum: a923f912893f0a2f21b79d189189ec4a (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A partir da descoberta do vírus da hepatite C (HCV), vários testes sorológicos e moleculares têm sido desenvolvidos para auxiliar no diagnóstico da infecção pelo HCV. Os objetivos deste estudo foram avaliar a dinâmica dos anticorpos anti-HCV, obtida pela leitura em densidade ótica/ponto de corte (do/co) dos testes sorológicos e, principalmente, o desempenho de metodologias moleculares para detecção do RNA do HCV em pacientes com resultados intermitentes na fase inicial da doença. Nos estudos sorológicos, foram realizados levantamentos epidemiológicos e dos valores de do/co dos anticorpos anti-HCV em 65 amostras de pacientes acompanhados desde a fase inicial de infecção pelo HCV. No estudo molecular, 244 amostras seriadas, coletadas durante a fase inicial de infecção pelo HCV, foram obtidas de 50 indivíduos que apresentavam viremia intermitente. As amostras foram submetidas a várias técnicas qualitativas para detecção do RNA do HCV e que foram realizadas de acordo com a disponibilidade à época dos testes. Porém, todas foram testadas pela técnica de Amplificação Mediada por Transcrição (TMA), que possui o maior limite inferior de detecção atualmente (9,6 Ul/mL). Nos testes sorológicos constatamos uma relação significante entre os valores dos anticorpos, medidos em do/co, com a evolução da infecção pelo HCV em fase inicial da doença e, verificando a dinâmica dos anticorpos, observamos que a queda rápida dos valores de do/co do anti-HCV é um excelente preditor de cura espontânea. Todas as técnicas moleculares obtiveram percentual elevado de resultados discordantes e acurácia baixa ou moderada, demonstrando a dificuldade em detectar níveis muito baixos de viremia. Nossos dados sorológicos demonstraram que o comportamento dos valores de leitura do/co dos anticorpos anti-HCV, em amostras seriadas mais frequentes, podem auxiliar no prognóstico de cura do paciente e na decisão de iniciar ou não o tratamento antiviral ainda no início da doença. O resultado não detectável por técnicas moleculares, dependendo dos limites de detecção da técnica utilizada, deve ser avaliado com cautela e, em caso de dúvida, optar pela realização de metodologias mais sensíveis. / Since the discovery of the hepatitis C virus (HCV), several serological and molecular tests have been developed to aid in the diagnosis of HCV infection. The objectives of this study were to evaluate the dynamics of anti-HCV antibodies, obtained by reading optical density/cut-off (od/co) of serological tests, and especially the performance of molecular methods for detection of HCV RNA in patients with intermittent results in the initial phase of the disease. In the serological studies, epidemiological surveys were performed and values od/co from the anti-HCV antibodies of the samples from 65 patients treated at an early stage of HCV infection. In the molecular study, 244 serial samples collected during the initial phase of HCV infection were obtained from 50 individuals who presented intermittent viremia. The samples were subjected to several qualitative techniques for detection of HCV RNA which was performed according to the availability at the time of testing. However, all were tested by the Transcription Mediated Amplification (TMA), which currently has the highest sensitivity (9.6 IU / mL). In the serological tests we found a significant relationship between the values of antibodies measured in the od/co, with the evolution of HCV infection in the early stages of the disease, and verifying the dynamic of the antibodies, we observed that the quickly drop of the values of od/co from anti-HCV antibodies is an excellent predictor of spontaneous healing. All molecular techniques had a high percentage of discordant results and low or moderate accuracy, demonstrating the difficulty in detecting very low levels of viremia. Our serological data showed that the behavior of the reading values of od/co from anti-HCV antibodies in fresh serial samples may help in the healing prognosis of the patient and the decision to start or not the antiviral treatment yet in the initial phase of the disease. The results not detectable by molecular techniques, depending on the detection limits of the technique used, must be evaluated carefully and, if in case of doubt, choose to take more sensitive methodologies.

Objectives: To identify the factors associated with intermittent viremia in PLWHA who entered the HIV / AIDS program of the Edgardo Rebagliati Martins National Hospital between 2010 and 2014. Materials and methods: A secondary analysis of a database of PLWHA assisted the National Hospital Edgardo Rebagliati Martins; calculated considering that the base has 520 participants in TARGA, a frequency of intermittent viremia in patients on treatment with a protease inhibitor base of 48%. In this study it was not necessary to use an instrument, since it is based on a secondary basis. Results: When performing the statistical analysis of the variables, no association was found. The participants who had co-infection with tuberculosis were 46, representing 8.8%; and received prophylaxis with CMX 226 (43.5%) participants. The participants who presented an intermittent viremia were 37, representing an incidence of 7.12%. Conclusions: No factor associated with the variable intermittent viremia was found. The identification of associated factors would have been important to reduce the transmission of HIV and the development of resistance to TARGA. / Tesis

No description available.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-29T11:10:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Hugo César Pereira Santos - 2015.pdf: 3535564 bytes, checksum: 4fc7d88b1da6008bc42c01f46e4f8d7a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-29T11:20:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Hugo César Pereira Santos - 2015.pdf: 3535564 bytes, checksum: 4fc7d88b1da6008bc42c01f46e4f8d7a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-29T11:20:29Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Hugo César Pereira Santos - 2015.pdf: 3535564 bytes, checksum: 4fc7d88b1da6008bc42c01f46e4f8d7a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2015-03-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The human adenoviruses (HAdV) infect people of all ages worldwide, causing a wide range of clinical syndromes, depending on the viral type. In immunocompromised hosts, as transplanted patients, HAdV infection can result in a bad prognosis. Some aspects of viral pathogenesis, such as the association between viremia and/or viral load with disseminated disease and the optimal moment to start the therapy, are still not well established in adult patients that have undergone allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (ASCT). Therefore, the main objective of this study was to monitor ASCT recipients for HAdV occurrence, and also correlate viral positivity, viral load and molecular variant with clinical symptoms and patients’ prognosis. For this, stool and serum from 21 patients were monitored in a 2 years period (from October/2012 to October/2014). Serum and fecal samples were screened by Nested-PCR, using primers targeting a partial region of the hexon gene (143bp). Fecal samples were further screened by a commercial enzyme immunoassay (EIA). In total, 57% of the patients had at least one positive sample (serum or stool) for HAdV. Patients presented high viral load (varying from 7,7x103 to 2x108 copies/mL), with a higher viral load in stool when compared to serum. Positive samples were submitted to genomic sequencing, revealing the occurrence of HAdV from C, D and F species. The main clinical symptom presented by infected patients was diarrhea, and graft-versus-host disease was the main intercurrence; however it was not possible to directly associate viral positivity to cause of death. We hope to contribute for a better understanding of the HAdV infection pattern in patients submitted to ASCT. Our data highlights the importance of the inclusion of HAdV testing in the routine laboratory exams of this group of patients. / Os adenovírus humanos (HAdV) podem infectar pessoas de todas as idades, causando uma ampla gama de quadros clínicos. Em pacientes imunocomprometidos, como os indivíduos que receberam transplante, a infecção por esses vírus pode resultar em pior prognóstico para o paciente. Determinados aspectos da patogenia viral, como a associação entre viremia e/ou carga viral com a doença disseminada, bem como o melhor momento para o início da terapia, não estão ainda bem esclarecidos em pacientes que foram submetidos ao transplante de células progenitoras hematopoiéticas (TACPH), principalmente em indivíduos adultos. Dessa forma, o principal objetivo deste estudo foi realizar o monitoramento da infecção por HAdV e a caracterização molecular das variantes virais em pacientes submetidos ao TACPH, bem como determinar a carga viral e correlacionar a infecção com o quadro clínico e prognóstico dos pacientes. Foram analisadas amostras de soro e fezes de 21 pacientes submetidos ao TACPH no período de dois anos (de outubro/2012 a outubro/2014). As amostras de fezes foram triadas por ensaio imunoenzimático e por Nested-PCR, enquanto as amostras de soro foram triadas somente por Nested-PCR de uma região parcial do gene hexon (produto esperado de 143 pb). Foram detectadas amostras positivas de soro e/ou fezes de 57% dos pacientes. De forma geral, os pacientes do presente estudo apresentaram elevadas cargas virais (variando de 7,7x103 à 2x108 CG/mL), que foram mais elevadas nas fezes. As amostras positivas foram submetidas ao sequenciamento genômico e resultados revelaram a ocorrência de adenovírus das espécies C, D e F. O principal quadro clínico apresentado pelos pacientes foi a diarreia e a principal intercorrência observada, a doença do enxerto contra o hospedeiro (DECH). Dez pacientes foram a óbito durante o período de estudo, entretanto, não foi possível associar a infecção por HAdV diretamente à causa mortis. Esperamos que os dados obtidos possam auxiliar no melhor entendimento do padrão da infecção dos HAdVs em pacientes submetidos ao TACPH, de forma a contribuir para que a pesquisa de adenovírus seja incluída na rotina de exames desses pacientes.

The use of antiretroviral therapy (ART) for HIV-1 treatment effectively suppresses viral replication if managed appropriately, but sometimes patients experience incomplete viral suppression with manifestation of either persistent low-level viremia (LLV) or discernible virological failure (VF). In the present study, potential risk factors associated with LLV and VF were investigated in a cohort of HIV-1 infected Kenyan children receiving ART. Drug resistant (DR) variants in children with or without LLV were examined using a next-generation sequencing-based HIV DR typing protocol. The potential association between HIV DR mutations (DRMs) and LLV and/or VF was then examined. To measure the potential impacts from other clinical and epidemiological confounding factors, a database comprising of epidemiological and clinical information from this patient cohort was established and sanitized for ensured accountability. Statistically significant correlations between the examined factors and LLV or VF were determined using chi-square test, Kaplan-Meier survival analysis, and Cox proportional hazard models. Of 293 examined patients, 20% had LLV and 22% of the selected patients progressed to VF with no significant association observed between LLV and VF. ART adherence during therapy, baseline CD4 counts, DRMs at LLV, WHO clinical stage, gender, ART therapy stage (1st/2nd line), ART drugs and co-morbidities were not significantly associated with LLV, whereas, the ART adherence, CD4 counts and co-infection with pneumonia was significantly associated with VF. This study highlights the factors predictive of VF, and the relevance of maintaining LLV in HIV-infected children. / February 2017

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:44:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000041.pdf: 2945846 bytes, checksum: 9459efcda4034b425c3b73b8d2f0b167 (MD5) Previous issue date: 2008 / Estudos que relacionam a cinética de viremia, o estado de imunidade do hospedeiro e as formas clínicas da dengue são importantes para uma melhor compreensão da patogênese da doença. A quantificação da magnitude da replicação viral é fundamental no entendimento da progressão da doença para formas clínicas mais graves. O presente trabalho foi realizado com o objetivo de estudar a cinética de viremia do vírus dengue sorotipo 3 (DENV-3) nos diferentes tipos de infecção e formas clínicas. Dois kits (DSSS-P26 e DSSS-P29), específicos para detecção e determinação da carga viral do DENV-3 por PCR em tempo real, foram testados e validados, sendo escolhido e utilizado o kit DSSS-P29 que apresentou um limite de detecção de 10 cópias de RNA. Foram analisadas 314 amostras de soro seqüenciais de 85 pacientes, além de 209 primeiras amostras coletadas na fase aguda (período febril). Os níveis de viremia foram os mesmos em infecções primárias e secundárias e diferentes formas clínicas, quando analisadas amostras seqüenciais. O tempo mediano de duração da viremia foi de 10 dias. A carga viral máxima foi observada entre o primeiro e o terceiro dia após o início dos sintomas. Foi detectada viremia após a defervescência em todas as formas clínicas. A redução dos níveis de plaquetas foi mais acentuada nas infecções primárias, com valores mais baixos entre o quinto e o sétimo dia de início dos sintomas. Além disso, os valores de transaminase glutâmico oxalacética (TGO) foram mais elevados que os de transaminase glutâmico pirúvica (TGP) em amostras coletadas até oito dias de início dos sintomas, em infecções secundárias e na forma clínica dengue clássica complicada, embora a TGP tenha permanecido alterada por mais tempo. Os níveis de viremia foram mais elevados nas formas mais graves (febre hemorrágica da dengue e dengue clássica complicada) que em dengue clássica (p0,0001), quando analisada a primeira amostra de cada paciente, coletada na fase febril. Os níveis de carga viral e cinética de viremia nas amostras analisadas não possibilitaram predizer a gravidade da dengue

Introdução: A AIDS (Síndrome da Imunodeficiência Adquirida) é caracterizada por uma disfunção grave no sistema imunológico causada por uma infecção por HIV (Human Immunodeficiency Virus). A quantificação da viremia (carga viral) é uma ferramenta muito útil no monitoramento dos pacientes infectados pelo HIV, sendo um marcador de progressão da doença e eficácia do tratamento. A estimativa incorreta da carga viral pode levar à decisão terapêutica equivocada, portanto métodos acurados de quantificação se fazem necessários. Diversas técnicas comerciais estão disponíveis para a quantificação da carga viral do HIV-1: a maioria destas se baseiam na detecção de ácidos nucléicos e outras na detecção de enzimas e antígenos. O grau de automação varia nas diferentes técnicas assim como os procedimentos de isolamento, amplificação e detecção. A correlação e a concordância entre estas técnicas têm sido estudadas e há relatos de discordância entre os valores de carga viral produzidos por diferentes métodos. O conhecimento sobre o efeito das variações entre as técnicas se faz necessário para assegurar a interpretação adequada dos resultados. A interpretação dos resultados correta é particularmente importante quando estes estão próximos a pontos de corte utilizados para definições de rebote viral e falha virológica. Objetivos: O objetivo deste estudo é comparar as técnicas de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0) para quantificação do HIV-1. Métodos: 1000 amostras recebidas no HIV/GUM Research Laboratory do Chelsea and Westminster Hospital para quantificação da carga viral do HIV-1 durante os meses de Dezembro de 2009 e Janeiro de 2010 foram testadas pelos métodos de PCR (Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) e b-DNA (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Resultados: Uma superquantificação sistemática foi observada nos resultados testados por PCR. Esta superquantificação ficou evidente nos resultados entre 50 e 250 cópias. Uma concordância elevada foi observada na análise dos pontos de corte de 500 e 1000 copias/mL. Uma correlação linear forte foi observada entre estas técnicas na análise das amostras que obtiveram resultados dentro do limite comum de detecção de ambas as técnicas, porém o nível de concordância foi insatisfatório. Conclusão: A superquantificação observada nos resultados obtidos pelo Cobas AmpliPrep TaqMan HIV- 1 v2.0 em relação ao bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 é provavelmente o resultado de uma sensibilidade aumentada desta técnica. Nós recomendamos cautela quando resultados de duas metodologias diferentes são comparados, especialmente quando se comparam metodologias convencionais com aquelas baseadas em PCR em tempo real. / Introduction: AIDS (Acquired Immunodeficiency Syndrome) is characterised by a severe immune dysfunction caused by the HIV (Human Immunodeficiency Virus). The HIV viral load quantification is an essential tool to monitor HIV-infected patients. The HIV quantification is a disease progression marker and it is a key indicator in treatment efficacy. Inaccurate viral RNA values may subsequently lead to inappropriate treatment decisions hence accurate quantification methods are necessary. Several different methodologies are available to quantify the HIV viral load: a number of them are based on nucleic acid detection and others in detection of enzymes and antigens. Automation is also variable among these methods in addition to differences in isolation, amplification and detection. Several studies have been carried out to evaluate their correlation and agreement and some have evidenced discordant viral load values assessed by different assays. The knowledge about these differences should be taken in to account when analysing viral load results, particularly when low-level viraemia is concerned or those close to endpoints employed for definition of virological failure. Objectives: In this study, two methods to quantify viral load are evaluated: one is based on real-time PCR (AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0) and the other is based on branched-DNA technology (Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0). Methods: 1000 plasma samples received at the HIV/GUM Research Laboratory within Chelsea and Westminster Hospital for HIV-1 viral load quantification between December 2009 and January 2010 were tested by both Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 and Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 methods. Results: Results obtained show that Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 PCR systematically overquantifies the viral loads results when compared to bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0. Conclusion: The overquantification by Cobas AmpliPrep TaqMan HIV-1 v2.0 over bDNA Siemens Versant HIV-1 RNA 3.0 is likely to be a result of its increased sensitivity. We recommend caution when comparing results from different methodologies, especially when a conventional assay and a real-time PCR assay are concerned.

Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T15:13:22Z No. of bitstreams: 1 PRISCILA CONRADO GUERRA NUNES-DISSERTAÇÃO.pdf: 1825528 bytes, checksum: 74a07fe69f134aaa45b25831d5e80a3b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T15:13:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PRISCILA CONRADO GUERRA NUNES-DISSERTAÇÃO.pdf: 1825528 bytes, checksum: 74a07fe69f134aaa45b25831d5e80a3b (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Desde a introdução do dengue sorotipo 2 (DENV-2) em 1990, o estado do Rio de Janeiro registrou mais duas epidemias associadas a este sorotipo em 1998 e 2008 respectivamente. A epidemia de 2008 foi considerada a de maior magnitude não apenas em número de casos notificados, como também em número de casos graves e fatais. Durante essa epidemia, o número de casos reportados em todo o país foi de 806.036, ultrapassando em número de casos da epidemia de dengue 3 (DENV-3), até então considerada a maior já registrada no país. A análise filogenética das cepas de DENV-2 isoladas no Rio de Janeiro durante as epidemias de 1990, 1998 e 2008, demonstrou que apesar de pertencerem ao mesmo genótipo (Americano/Asiático), os vírus isolados em 2008 são geneticamente distintos e, agrupados em uma linhagem distinta classificada como linhagem II, dos vírus de 1990 e 1998 pertencentes à linhagem I. Considerando-se que a epidemia de 2008 foi a mais grave já descrita no Brasil em número de casos e óbitos, o objetivo principal desse estudo é investigar se esta nova linhagem pode ter contribuído para este perfil patogênico. Para tal, utilizando o PCR em tempo real quantificamos a viremia produzida pelas duas linhagens a partir de amostras de soros agudos de 102 casos de DENV-2, confirmados por Isolamento viral e/ou RT-PCR e, selecionados de acordo com o período de circulação de cada linhagem. A quantificação do RNA viral foi realizada de acordo com o protocolo descrito Poersch, 2005. A carga viral obtida nas amostras correspondentes às duas linhagens foi correlacionada com a gravidade da doença utilizando-se como critério a classificação clínica de casos de dengue segundo a OMS, com a idade, sexo, dias de doença e tipo de infecção (primária ou secundária). Os títulos da carga viral da linhagem II foram mais elevados do que os da linhagem I (p=0,001). A viremia foi mais elevada nas amostras da linhagem II, com significancia quando correlacionada com a forma grave da doença (p=0,001). Este estudo demonstrou que o vírus é um fator importante na complexa dinâmica da gravidade da doença. O fato de não encontramos associação entre tipo de infecção, idade, sexo e dias de doença com gravidade e carga viral durante o período em que circulou apenas a linhagem I, confirma a nossa hipótese de que a linhagem II era mais virulenta e foi um fator importante para a gravidade dos casos ocorridos na epidemia de 2008. / Since the introduction of dengue serotype 2 (DENV-2) in 1990, two additional epidemics associated with this serotype occurred in 1998 and 2008 respectively. The epidemic of 2008 was considered to be of greater magnitude not only in number of reported cases, but also in number of severe and fatal cases. During this epidemic, the number of reported cases in country was 806,036, exceeding the number of DENV-3 cases reported in the 2002 epidemic, hitherto considered the largest ever recorded in the country. Phylogenetic analysis of DENV-2 strains isolated during the epidemics of 1990, 1998 and 2008 in the state of Rio de Janeiro, showed that despite belonging to the same genotype (American / Asian), the viruses isolated in 2008 are genetically distinct and grouped into a distinct lineage of viruses from 1990 and 1998. Considering that the epidemic of 2008 was the most severe reported in Brazil in number of cases and deaths, the main objective of this study was to investigate whether this new strain may have contributed to this severity observed in cases occurred during the 2008 epidemic. To this end, using real time PCR the viral load produced by the two lineages was quantified in sera of 102 DENV-2 cases previously confirmed by virus isolation and/or RT-PCR selected according the period of lineages circulation. The viral RNA quantification was performed according to the protocol described by Poersch (2005). The viral load obtained in samples corresponding to the two lineages was correlated with disease severity following WHO clinical classification criteria, with age, gender, immunological status (primary and secondary dengue infection) and day of illness. The viral load observed in lineage II were higher than those from lineage I (p = 0.001). Higher viraemia was observed in severe cases from lineage II when those were compared to those cases from lineage I (p = 0.001). This study demonstrated that the virus is an important factor in the complex dynamic of the disease severity and the fact that we found no association between type of infection, age, gender and day of disease severity suggests that the lineage II was more virulent and was an important factor in the severity of cases occurred in 2008 epidemic.