Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:39:16Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-07-28T19:26:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71856.pdf: 4125758 bytes, checksum: e4a473daf62a159c4c49a6416a47c48b (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Desde a década de 1990, a comunidade científica tem relatado um número crescente de proteínas e trechos que não apresentam uma conformação tridimensional estável e única, mas que são biologicamente ativas, o que contrasta o paradigma estrutura-função de uma proteína. Essas proteínas podem ser denominadas como Proteínas Intrinsecamente Desordenadas (IDPs), já os trechos como Regiões Intrinsecamente Desordenadas (IDRs). As IDPs e IDRs apresentam características de composição de aminoácidos que as identificam. Além disso, como foi relatado para o protozoário Plasmodium falciparum, as IDPs e IDRs podem favorecer a relação parasito-hospedeiro. Causada por espécies do fungo Cryptococcus spp., a criptococose é uma doença que afeta principalmente pacientes com imunidade comprometida e é a principal causa de mortalidade entre os pacientes portadores do vírus HIV. Dentro deste contexto, avaliamos computacionalmente o papel biológico das IDPs e IDRs em 12 proteomas preditos de Cryptococcus spp. Para tanto, avaliamos as diferentes ferramentas computacionais disponíveis para a predição ab initio dessa interessante classe de proteínas. Parte do processo analítico envolveu a reanotação desses 12 genomas, tendo este trabalho contribuído para a anotação estrutural e funcional de oito genomas (57.680 novos genes anotados) para os quais não havia informação em banco de dados de domínio público Dentre os 11 preditores avaliados em nossas análises, cinco foram selecionados com base em seu emprego em larga escala (DisEMBL, empregando as abordagens REM465 e HOTLOOPS, GlobPlot, IUPred e ANCHOR). A análise comparativa entre os grupos virulentos e não virulentos não revelou diferença estatisticamente significativa. Além disso, considerando as sequências consenso das predições, encontramos um conteúdo de aproximadamente 60-70% de proteínas em cada proteoma analisado, com pelo menos uma IDR de no mínimo 40 resíduos de aminoácidos consecutivos. Já os resultados referentes à análise de agrupamento revelaram que das 18.900 proteínas presentes no core genome dos 12 organismos, 11.409 apresentam pelo menos uma IDR. Outro ponto observado foi que muitas IDPs ou IDRs estão participando de diversos processos biológicos, estão relacionadas aos fatores de virulência do fungo e/ou atuando como enzimas em vias metabólicas distintas. Neste estudo hipotetizamos e descrevemos o papel funcional vital dessas proteínas em vários processos biológicos nos genomas de Cryptococcus spp / Since the 1990s, the scientific community has reported an increasing number of proteins and protein regions that don´t have a stable and unique three-dimensional conformation, but which are biologically active, which contrasts the structure-function paradigm of a protein. These proteins are called Intrinsically Disordered Proteins (IDPs) and the regions, Intrinsically Disordered Regions (IDRs). IDPs and IDRs have compositional biases that characterize them. Moreover, as has been reported for the parasite Plasmodium falciparum, IDPs and IDRs can favor the host-parasite relationship. Caused by species of the fungus Cryptococcus spp., Cryptococcosis is a disease that primarily affects patients with compromised immunity and is the leading cause of mortality among patients with HIV. Within this context, we evaluated computationally the biological role of IDPs and IDRs on 12 predicted Cryptococcus spp. proteomes. Therefore, we evaluated the various computer tools available for ab initio prediction of this interesting class of proteins. Part of the analytical process involved annotation of these 12 genomes, and this work contributed to the structural and functional annotation of eight genomes (57,680 new genes annotated) for which there was no information on the public domain databases Among the 11 predictors evaluated in our analysis, five were selected based on their large-scale use (DisEMBL, employing REM465 and HOTLOOPS approaches, GlobPlot, IUPred and ANCHOR). The comparative analysis between virulent and non-virulent groups showed no statistically significant difference. Furthermore, considering the consensus sequences of the predictions, we found a content of approximately 60-70% of proteins on each proteome with at least one IDR with at least 40 consecutive amino acid residues. Regarding the results of the cluster analysis, we observed that, from the 18,900 proteins present in the core genome of the analyzed organisms, 11,409 have at least one IDR. Another point observed was that IDPs or IDRs are participating in many biological processes, are related to virulence factors of the fungus and/or acting as enzymes in different metabolic pathways. In this study we hypothesize and describe the vital functional role of these proteins in various biological processes in the genomes of Cryptococcus spp

Os Enterococcus spp. apresentam natureza ubiquitária e são encontrados no trato gastrointestinal de diversos animais. Entretanto, estudos desses microorganismos associados a tartarugas marinhas são escassos. Os objetivos deste estudo foram: isolar enterococos a partir de amostras fecais de tartarugas marinhas encontradas no Litoral Norte do Rio Grande do Sul; determinar a prevalência das espécies; avaliar seu perfil de suscetibilidade antimicrobiana; verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; analisar sua diversidade genética. Um total de 158 enterococos foram identificados como E. faecalis (55,7%), E. faecium (23,4%), E. hirae (15,2%) e E. casseliflavus (5,7%). A maioria dos isolados foi suscetível aos antimicrobianos testados, no entanto, fenótipos de resistência foram encontrados para eritromicina (34,2%), rifampicina (32,9%) e tetraciclina (0,63%). O gene de resistência à eritromicina msrC foi encontrado em todos os E. faecium resistentes, já o gene erm(B), não foi detectado. Somente um isolado foi resistente à tetraciclina, e este não apresentou nenhum dos genes testados. Os genes de virulência, gelE e ace (98,86%), asa (68.18%) e cylA (40,90%) foram detectados somente em E. faecalis. A atividade de gelatinase e citolisina foi verificada em 87 e 19 isolados, respectivamente. A maioria dos enterococos não foi capaz de formar biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do trato gastrointestinal das tartarugas marinhas e a presença de determinantes de resistência e virulência nestes animais pode estar relacionada a fatores antropogênicos ou, ainda, ter origem no resistoma ambiental. / Enterococcus spp. shows an ubiquitous nature and are found in the gastrointestinal tract of several animals. However, studies of enterococus in sea turtles are scarce The aims of this study were: to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of sea turtle found on the North coast of Rio Grande do Sul; to determine the prevalence of species; to evaluate their antimicrobial susceptibility profile; to check the presence of resistance and virulence related genes and; to analyse their genetic diversity. A total of 158 enterococci were identified as E. faecalis (55.7%) E. faecium (23.4%), E. hirae (15.2 %) and E. casseliflavus (5.7%). Most of the isolates were susceptible to the tested antimicrobials, however, resistance phenotypes were found for erythromycin (34.2%), rifampicin (32.9%) and tetracycline (0.63%). The erythromycin resistance gene msrC was detected in all E. faecium erythromycin resistant; moreover, the gene erm (B) was not detected. Only one sample was resistant to tetracycline, although it did not show any of the tetracycline resistant genes tested. Virulence genes gelE and ace (98.86%), asa (68.18%) and cylA (40.90%) were detected only in E. faecalis. The cytolysin and gelatinase activity was observed in 19 and 87 strains, respectively. Most enterococci were not able to form biofilm. The profile analysis generated by PFGE revealed a large number of clones. In conclusion, different species of enterococci were found in the microflora of sea turtle gastrointestinal tract and the presence of resistance and virulence determinants in these animals might be related to anthropogenic factors or even to an environmental resistome origin.

Apesar da importância ambiental dos morcegos em ambientes urbanos, poucos estudos relatam a presença de enterococos nestes animais. Este estudo teve como objetivos: a) isolar, identificar as espécies e detectar a presença de genes de resistência e fatores de virulência em enterococos isolados de fezes de morcegos Tadarida brasiliensis; e b) avaliar a distribuição das espécies de enterococos por qPCR e dos genes de resistência por PCR nas amostras de fezes de morcegos T. brasiliensis. Quatro pools de fezes de morcegos foram coletados em três municípios do Estado do Rio Grande do Sul e foram analisados por metodologias utilizando técnicas de microbiologia e moleculares. A partir das análises dos enterococos isolados das fezes, foram identificadas 4 espécies, sendo Enterococcus faecalis a mais frequente (83,6%), seguida de E. casseliflavus (13,7%), E. gallinarum (1,35%) e E. mundtii (1,35%). As cepas apresentaram perfil de resistência para rifampicina, eritromicina, norfloxacina, ciprofloxacina e tetraciclina. Dentre as 32 cepas resistentes à eritromicina, 28 apresentaram o gene ermC. Das 13 cepas resistentes à ciprofloxacina e norfloxacina nenhuma foi positiva para o gene gyrA. A única cepa resistente à tetraciclina apresentou o gene tetM. Os genes vanC1 e vanC2-3 foram observados em cepas de E. faecalis Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes gelE (97,3%) e ace (91,8%), seguido por agg (49,3%), cylA (5,5%) e esp (2,7%). A análise por qPCR permitiu identificar as espécies E. casseliflavus, E. faecalis, E. faecium, E. gallinarum e E. hirae nas fezes dos morcegos. Os genes de resistência ermC, gyrA, vanA, vanB, vanC1 e vanC2-3 foram detectados por PCR. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos fazem parte da microbiota do trato gastrointestinal de morcegos T.brasiliensis e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionadas a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / Despite the environmental importance of bats in urban environments, few studies have reported the presence of enterococci in these animals. This study aimed: a) isolate, to identify the species and to detect the presence of resistance genes and virulence factors in enterococci isolated from feces of Tadarida brasiliensis bats; b) to evaluate the distribution of the enterococci species by qPCR and the resistance genes by PCR in the faecal samples of T. brasiliensis bats. Four pools of bats feces were collected in three places of the Rio Grande do Sul State and analyzed using microbiology and molecular methodologies. From the analysis of enterococci isolated from feces, 4 species were identified, being Enterococcus faecalis the most frequent (83.6%), followed by E. casseliflavus (13.7%), E. gallinarum (1.35%) and E. mundtii (1.35%). The strains showed a resistance profile to rifampicin, erythromycin, norfloxacin, ciprofloxacin and tetracycline. Of the 32 strains resistant to erythromycin, 28 presented the ermC gene. Of the 13 strains resistant to ciprofloxacin and norfloxacin, none were positive for the gyrA gene. The single tetracycline resistant strain showed the tetM gene. The vanC1 and vanC2-3 genes were observed in E. faecalis strains. As regards the presence of virulence genes, higher incidence was observed for to gelE (97.3%) and ace (91.8%) genes, followed by agg (49.3%), cylA (5.5%) and esp (2.7%). The qPCR analysis allowed to identify the E. casseliflavus, E. faecalis, E. faecium, E. gallinarum and E. hirae species in the bats feces. The ermC, gyrA, vanA, vanB, vanC1 and vanC2-3 resistance genes were detected by PCR. In conclusion, different species of enterococci are part of the gastrointestinal tract microbiota of T. brasiliensis bats and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or originate from the environmental resistome.

A resistência antimicrobiana e fatores de virulência são importantes mecanismos de sobrevivência das bactérias, através deles elas se tornaram capazes de escapar da ação das adversidades do ambiente. O presente trabalho teve como objetivo principal analisar os fatores de virulência e genes de resistência de isolados de Klebsiella sp. e sua participação na manutenção de populações bacterianas resistentes em pontos na Laguna de Tramandaí. As amostragens foram realizadas em agosto de 2014 e janeiro de 2015 em quatro pontos distintos com diferentes graus de impacto ambiental. Foram analisados 272 isolados bacterianos das amostras de água da laguna de Tramandaí. Estes isolados foram submetidos a testes bioquímicos e microbiológicos para identificação e foram encontrados 37 isolados de Klebsiella sp. Estes isolados foram submetidos a testes de susceptibilidade antimicrobiana por disco-difusão, análise fenotípica de fatores de virulência e genes de resistência e pesquisa de genes de resistência (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) através de PCR e similaridade através do ERIC-PCR. Através da análise por MALDI-TOF, os 37 isolados foram identificados como quatro K. oxytoca, seis K. pneumoniae e 27 K. variicola. Todos os isolados foram suscetíveis a imipenem, ertapenem, piperacilina/tazobactam e polimixina B Ampicilina e amoxacilina foram os antimicrobianos com maior índice de resistência, o gene blashv foi o mais encontrado dentre os genes pesquisados. Todos os isolados apresentaram cápsula polissacarídica, 56,7% dos isolados apresentaram fímbrias do tipo 1, 56,7% demonstraram serem capazes de produzir biofilmes, 78,4% foram capazes de inativar os fatores bactericidas do soro e 81,1% sintetizaram sideróforos. A análise por ERIC-PCR e MALDI-TOF geraram dendrogramas de alta heterogeneidade e baixos índices de similaridade, indicando que diferentes populações de Klebsiella estão se mantendo naquele ambiente. Ficou evidenciado neste estudo, através dos isolados encontrados e suas características genéticas e fenotípicas de resistência bacteriana, que eles podem estar contribuindo para a manutenção e disseminação da resistência aos antimicrobianos no ambiente. / Antimicrobial resistance and virulence factors are important mechanisms for the survival of bacteria, through which they have become capable of escaping from the adversities of the environment. The present work had as main objective to analyze the virulence factors and resistance genes of Klebsiella sp. And its participation in the maintenance of resistant bacterial populations in points in Tramandaí Lagoon. Samplings were carried out in August 2014 and January 2015 at four different points with different degrees of environmental impact. A total of 272 bacterial isolates from the Tramandaí lagoon water samples were analyzed. These isolates were submitted to biochemical and microbiological tests for identification and 37 isolates of Klebsiella sp. These isolates were submitted to antimicrobial susceptibility tests by disc-diffusion, phenotypic analysis of virulence factors and and resistance gene (blaCTX-M, blaSHV, blaTEM) search by PCR and similarity through ERIC-PCR. Through the use of MALDI-TOF, the 37 isolates were identified as four of K. oxytoca, six of K. pneumoniae and 27 of K. variicola. All the isolates were suscetible to imipenem, ertapenem, piperacilin/tazobactam e polimixin B Ampicillin and amoxicillin were the most resistant antimicrobials, the blaSHV gene was the most found among the genes studied. All isolates presented a polysaccharide capsule, 56.7% of the isolates had type 1 fimbriae, 56.7% were able to produce biofilms, 78.4% were able to inactivate serum bactericidal factors and 81.1% synthesized siderophores. Analysis by ERIC-PCR and MALDI-TOF generated dendrograms with high diversity and low similarity indexes, indicating that different populations of Klebsiella are remaining in that environment. It was evidenced in this study, through the isolates found and their genetic and phenotypic characteristics of bacterial resistance that they may be contributing to the maintenance and dissemination of antimicrobial resistance.

Enterococcus estão presentes no trato gastrointestinal (TGI) de animais vertebrados e invertebrados, os quais podem adquirir estas bactérias através de mecanismos de transferência horizontal e vertical de micro-organismos. Pesquisas recentes descreveram a presença de Enterococcus em lepidópteros, porém estudos com borboletas do gênero Heliconius são escassos. Este trabalho teve como objetivo, a partir de uma bacterioteca de 178 Enterococcus sp. previamente isolados de fezes de imaturos de Heliconius erato phyllis detectar a presença de genes de resistência e virulência por PCR; avaliar fenotipicamente os fatores de virulência e a produção de compostos com atividade antimicrobiana; e avaliar o perfil clonal das cepas pela técnica de PFGE. Dos 178 enterococos, 55 apresentavam resistência a eritromicina e 11 a norfloxacina e/ou ciprofloxacina, porém não foi detectado nenhum gene relacionado a estes fenótipos de resistência. Quanto aos fatores de virulência testados nos 178 enterococos, 63 isolados amplificaram para o gene esp, 12 para ace e 2 para gelE. Os genes agg e cylA não foram detectados. Na análise fenotípica dos fatores de virulência, os dois E. faecalis positivos para gelE também foram positivos para a degradação da gelatinase e 130 enterococos apresentaram capacidade de hidrolisar hemácias. Para investigar a produção de substância antagonista, foram selecionados 26 enterococos; destes, 15 apresentaram atividade contra a bactéria indicadora Listeria monocytogenes. Oitenta e seis isolados foram selecionados para avaliar a relação clonal por PFGE, e foi possível observar a partir do dendrograma que os enterococos no TGI dos imaturos têm origem alimentar e materna. Conclui-se que os enterococos provenientes de amostras fecais de imaturos de H. erato phyllis possuem poucos genes relacionados a mecanismos de virulência comuns na área clínica. É possível que os Enterococcus produtores de substância antagonista desempenhem um papel importante no equilíbrio das comunidades microbianas do TGI deste inseto, e que ocorra a transferência vertical de micro-organismos das fêmeas para a prole para a espécie H. erato phyllis. / Enterococcus is present in the gastrointestinal (GI) tract of vertebrates and invertebrates, which can acquire these bacteria through mechanisms of horizontal and vertical transfer of microrganisms. Recent research has described the presence of Enterococcus in Lepidoptera, but studies with butterflies of the genus Heliconius are scarce. This study had as objective, from a bacterioteca of 178 Enterococcus sp. previously isolated from fecal samples of immature Heliconius erato phyllis detect the presence of resistance and virulence genes by PCR; phenotypically assess the virulence factors and the production of compounds with antimicrobial activity; and to evaluate the clonal profile of the strains by PFGE. Of the 178 enterococci, 55 were resistant to erythromycin and 11 resistant to norfloxacin and/or ciprofloxacin, however was not detected any gene related to these resistance phenotypes. The virulence factors were tested in 178 enterococci, and 63 isolated amplified for the esp gene, 12 for ace and 2 for gelE. The agg and cylA genes were not detected. In the phenotypic analyzes, both E. faecalis positive to gelE gene were also positive for the degradation of gelatinase, and 130 enterococci showed ability to hydrolyze red blood cells. To investigate the production of antagonistic substance, 26 enterococci were selected and of these, 15 showed activity against the indicator bacteria Listeria monocytogenes. Eighty-six isolates were selected to evaluate the clonal profile by PFGE, and it was possible to observe in the dendrogram that the origin of the enterococci in GIT of immatures was the herbivory and maternal origin. It is concluded that the enterococci from fecal samples of immature H. erato phyllis possess few mechanisms of virulence-related genes, common in the clinical area. It is possible that the antagonistic substance-producing enterococci could play an important role in the equilibrium of the microbial communities of the GIT of this insect, and there is vertical transmission of enterococci from females to their offspring to the specie H. erato phyllis.

A distribuição das espécies de enterococos, bactérias comensais do trato gastrointestinal (TGI), é bastante estudada nos diferentes mamíferos; entretanto, em lobos-marinhos (Arctocephalus spp.) ainda não existem dados. Os objetivos do estudo foram: a) isolar Enterococcus spp. a partir de amostras fecais de lobos-marinhos encontrados no litoral norte do Rio Grande do Sul; b) determinar a prevalência das espécies; c) avaliar o perfil de suscetibilidade antimicrobiana; d) verificar a presença de genes relacionados à resistência e à virulência e; e) analisar o perfil genotípico por RAPD-PCR. No total, 160 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (50,62%), E. hirae (34,37%), E. casseliflavus (11,87%), E. gallinarum (1,87%), E. mundtii (0,62%) e E. faecium (0,62%). Noventa e três isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. As propriedades de resistência foram encontradas para eritromicina (21,25%), nitrofurantoína (15,62%), tetraciclina (6,25%), norfloxacina (3,12%) e ciprofloxacina (3,12%). Dentre os 10 isolados resistentes à tetracilina, 3 apresentaram o gene tet(M) e nenhum o tet(L). Dos 34 resistentes à eritromicina, 2 apresentaram o gene erm(B). Quanto à presença dos genes de virulência, maior incidência foi observada para os genes ace (66,87%) e gelE (50,62%), seguidos por asa (11,87%) e cylA (2,5%). A atividade de gelatinase e citolisina indicou a presença de genes silenciosos. A análise do RAPD-PCR permitiu reunir os isolados em cinco grupos. Em conclusão, diferentes espécies de enterococos compõem a microbiota do TGI de lobos-marinhos e a presença de elementos de resistência e virulência podem estar relacionados a fatores antropogênicos ou ter origem no resistoma ambiental. / The species distribution of enterococci, commensal bacteria of the gastrointestinal tract (GIT), is well studied in different mammals, however in fur seals (Arctocephalus spp.) data do not exist yet. The objectives of this study were: a) to isolate Enterococcus spp. from fecal samples of fur seals found on the North coast of Rio Grande do Sul; b) to determine the prevalence of species; c) to assess the antimicrobial susceptibility profile; d) to check the presence of resistance and virulence related genes and; e) to evaluate the genotypic profile by RAPD-PCR. A total of 160 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (50.62%), E. hirae (34.37%), E. casseliflavus (11.87%), E. gallinarum (1.87%), E. mundtii (0.62%), and E. faecium (0.62%). Ninety-three isolates were susceptible to 10 antimicrobials tested. Resistance properties were found for erythromycin (21.25%), nitrofurantoin (15.62%), tetracycline (6.25%), norfloxacin (3.12%), and ciprofloxacin (3.12%). Among the 10 isolates resistant to tetracycline, 3 harbored the tet(M) gene and none were positive to tet(L) gene. Among the 34 erythromycin-resistant isolates, 2 harbored the erm(B) gene. Regarding the virulence genes, a higher incidence was observed for the ace (66.87%) and gelE (50.62%), followed by asa (11.87%) and cylA (2.5%). Gelatinase and cytolysin activity indicated the presence of silent genes. Analysis of RAPD-PCR allowed to assemble the isolates into five groups. In conclusion, different species of enterococci are part of the fur seals GIT microbiota and the presence of resistance and virulence elements may be related to anthropogenic factors or origin in the environmental resistome.

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Maria Cristina Monteiro de Souza Gugelmin / Banca: Simone Barone Salgado Marques / Banca: Everlon Cid Rigobelo / Banca: Tammy Priscilla Chioda Delfino / Resumo: De 2008 a 2011 foram isoladas 110 cepas de Escherichia coli, sendo 59 a partir de urina de mulheres com ITU bacteriana. Os outros 51 isolados foram coletados por meio de swabs anais dos respectivos animais de estimação. Foram pesquisados por PCR a presença de genes de virulência e os genes mais encontrados foram o hlyF (44,06%), iss (42,37%) e fimH (100%) e hlyF (13,72%), iss (11,76%) e fimH (96,07%) entre as cepas de origem humana e animal, respectivamente. Foi realizada também a técnica de ERIC-PCR, onde pode observar dissimilaridades genéticas entre estes dois grupos bacterianos estudados, dando fortes indícios de que a transmissão no presente trabalho esteve ausente. Foram realizados antibiogramas a partir de cada um dos cinco isolados de cada amostra encontrando maior número de cepas resistentes em mulheres que nos animais em 8 dos 11 antimicrobianos testados, as maiores resistências para as cepas de origem humana foram o ácido nalidíxico e o ciprofloxacino com 97,14% e para as de origem animal a amoxicilina / ácido clavulânico e ampicilina com 74,28% e 68,57% respectivamente. As cepas de origem humana apresentaram também maiores índices de multirresistência que dos animais com 71,42% e 40%, respectivamente. Estas diferenças entre as resistências fortalecem a hipótese de que a origem das bactérias causadoras de ITU em mulheres não é de seus respectivos animais de companhia / Abstract: A hundred-ten Escherichia coli strains was isolated from 2008 to 2011, among them 59 were from women with urinary tract infection (UTI) and 51 were from their pets collected by rectal swab. The virulence genes was search by PCR and the most found genes were fimH (100%), hly (44%) and iss (42.3%) all of then from women. Also was used the ERIC-PCR method to check the similarity among both bacterial groups analyzed. The results showed different patterns for each pair women-animal bacterial isolates. In general the isolates from human showed more resistance to the antimicrobial drugs examined, the highest resistance rate was for nalidixic acid (97.1%) and for streptomicin (96.0%) both from human isolates. The results obtained in this study do not permit to suggest a transmission of bacterial strains involving humans and their companion animals / Doutor

Orientador: José Moacir Marin / Banca: Janete Apparecida Desidério / Banca: Maria de Fátima Martins / Resumo: A piometra canina é uma enfermidade caracterizada pela inflamação do útero com acúmulo de exsudatos, acometendo principalmente fêmeas adultas. Ocorre na fase lútea do ciclo estral em decorrência de alterações hormonais e infecção bacteriana. É reconhecida como uma das principais causas de morte em cadelas e a Escherichia coli é o principal patógeno associado a esta doença. O objetivo deste estudo foi isolar e identificar cepas de E. coli provenientes de conteúdo intra uterino, boca e fezes de cadelas diagnosticadas com piometra, estudar a prevalência de genes codificadores de fatores de virulência uropatogênicos das cepas obtidas testando ainda a semelhança genética entre as cepas isoladas de conteúdo intra uterino e boca e avaliar a susceptibilidade "in vitro" das bactérias isoladas frente a 12 agentes antimicrobianos. Setenta cepas de E. coli, 25 provenientes do conteúdo intra uterino, 26 provenientes da boca e 19 provenientes das fezes, isoladas de 6 cadelas foram examinadas por PCR. Entre as cepas examinadas, 67 (95,7%) foram positivas para o gene fim, 19 (27,1%) foram positivas para iss, 18 (25,7%) foram positivas para hly , 13 (18,5%) foram positivas para iuc e 12 (17,1%) foram positivas para usp. Três animais apresentaram grande similaridade entre as cepas de E. coli isoladas do conteúdo intra uterino e da boca, através da análise da diversidade genética realizada mediante emprego da técnica REP-PCR, ERIC-PCR e BOX-PCR. Resistência antimicrobiana predominante foi detectada para cefalotina (67,1%), ampicilina (65,7%), tetraciclina (61,4%) e nitrofurantoina (58,5%) entre as cepas isoladas. Resistência a múltiplos antimicrobianos foi detectada em 12 (48,0%) dos isolados do conteúdo intra uterino, em 22 (84,6%) dos isolados da boca e em 14 (73,6%) dos isolados das fezes... / Abstract: Canine pyometra is a disease characterized by the inflammation of the uterus with accumulation of purulent discharge, affecting mainly adult animals. Occurs in the luteus phase of the estrus cycle in result of hormone alterations and generally is associated with bacterial infections. It is recognized as one of the main causes of disease and death in the bitch and Escherichia coli is the major pathogen associated with this disease. The aim of this study was to research, isolation and identification of Escherichia coli strains from intrauterine contents, mouth and feces of bitches diagnosed with pyometra, studying the prevalence of uropathogenic virulence factors genes in strains isolated, still testing the genetic similarity among strains isolated from intrauterine contents and mouth and evaluate the susceptibility "in vitro" of the isolated bacteria to 12 antimicrobial drugs. Seventy E. coli strains, 25 from intrauterine contents, 26 from mouth and 19 from feces isolated from six bitches were examined by PCR. Among the strains 67 (95.7%) were positive for fim, 19 (27.1%) were positive for iss, 18 (25.7%) were positive for hly, 13 (18.5%) were positive for iuc and 12 (17.1%) were positive for usp. Multiple antimicrobial resistance was detected for cephalothin (68.0%), nalidixic acid (56.0%) and ampicillin (56.0%) among the pyomera E. coli isolates. Multidrug resistance was found in 12 (48.0%) of the isolates from pyometra, in 22 (84.6%) of the isolates from mouth and in 14 (73.6%) of the isolates from feces... / Mestre

Orientador: Luiz Francisco Zafalon / Coorientador: Fernando Antônio de Ávila / Coorientador: Oswaldo Durival Rossi Junior / Banca: Maurício de Alvarenga Mudadu / Banca: Luciano Menezes Ferreira / Banca: Hélio José Montassier / Banca: Marita Vedovelli Cardozo / Resumo: Tendo em vista a importância e o crescente interesse na produção de leite de búfala e seus derivados e da ocorrência de Staphylococcus coagulase negativa (SCN) como patógenos da mastite tanto em bovinos como em bubalinos. O presente estudo objetivou avaliar genes de virulência, a resistência a antimicrobianos, bem como metodologias para correta identificação destes SCN em ambiente de ordenha e no leite de bubalinos. Foram colhidas 320 amostras de leite de quartos mamários de 80 búfalas escolhidas aleatoriamente, 20 amostras de narinas e 20 amostras da boca dos bezerros bubalinos, 16 amostras das mãos dos ordenhadores e 64 amostras de insufladores das teteiras, coletadas durante a ordenha. Vinte e sete cepas de Staphylococcus coagulase negativa foram positivas para o gene eno, 10 para o gene ebps, 10 para o gene fnbA. Em relação aos genes relacionados com a produção de enterotoxinas, apenas uma cepa foi positiva para o gene sea, uma para o gene see e para os genes relacionados a resistência antimicrobiana, uma cepa foi positiva para o gene mecA. A identificação das espécies isoladas foi realizada utilizando-se a metodologia de MALDI-TOF MS e confirmada por iniciadores espécie-especifico desenhados neste estudo, exceto para S. agnetis o qual foi erroneamente identificado como S. hyiucs por espectofotometria de massa. Neste trabalho a identificação destas duas espécies foi confirmada por sequenciamento genômico de um isolado representativo. Foram observadas quatro amostras resis... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Due to the importance and the growing interest in buffalo milk production and its derivate and the concurrency of coagulase negative staphylococci as major mastitis pathogens both in cattle and in buffalo. This study aimed to search for virulence genes, antimicrobial resistance, and to evaluate methodologies for the identification of these microorganisms in samples of buffalo milk and from milking environment. For this, a total of 320 milk samples were collected from mammary quarters of 80 randomly selected buffaloes, 20 samples from nostrils and 20 samples from buffalo calves 'mouths, 16 samples from milking hands and 64 samples from liners were collected at the time of milking. Twenty-seven strains of coagulase negative staphylococci were positive for the eno gene, ten for ebpS gene, ten for the fnbA. Regarding genes related to enterotoxins production. Only one strain was positive for the sea and see gene and one for the mecA gene. The identification of the isolates was correctly done by MALDI-TOF MS and subsequently confirmed by species specific primers, except for S. agnetes that was wrongly identified as S. hyiucs. This identification was confirmed by genomic sequencing of a representative isolate from each species. There were four strains resistant to clindamycin, nine to vancomycin, one to chloramphenicol, seven to rifanmpicina, four to cefepime, seven to oxacillin, 17 to penicillin, 13 to erythromycin, 15 to cotrimoxazole and three to tetracycline. Furthermore, resistance to two or more antibiotics were observed in 21 isolates. The present study results may contribute to incidence prevention and control of mastitis in buffalo, caused by coagulase negative Staphylococcus. The main SCN species isolated were S. chromogenes, S. agnetis and S. epidermidis., the detection of genes related to adhesion and the production of enterotoxins m... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-08-15Bitstream added on 2014-06-13T20:16:31Z : No. of bitstreams: 1 camargo_ms_me_arafcf.pdf: 358942 bytes, checksum: 8f89d0a7367c210ee69a22ae462e0342 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Esse estudo foi realizado com o objetivo de avaliar o efeito da concentração subinibitória de quercetina sobre alguns fatores relacionados à virulência de Staphylococcus aureus (ATCC 25923). A atividade antibacteriana foi determinada através do método de microdiluição em caldo e a concentração de 40μg/mL de quercetina foi utilizada como sub-inibitória. O sobrenadante de culturas de S. aureus em BHI contendo quercetina diminuiu a atividade hemolítica para hemácias de carneiro mas não alterou a atividade de citolisinas extracelulares para células de linhagem contínua (células McCoy B ATCC 1696) quando comparado com o sobrenadante da cultura na ausência do flavonol. O efeito da quercetina na fagocitose do S. aureus por polimorfonucleares neutrófilos (PMN) foi determinado através de técnica quimiluminescente. O burst oxidativo de PMN foi estatisticamente significativo para bactérias tratadas em relação às não tratadas, demonstrando que S. aureus crescidos na presença de quercetina tornam-se menos susceptíveis à fagocitose. A inibição da expressão de fatores relacionados à adesão bacteriana foi evidenciada através dos experimentos de fagocitose/adesão em microscopia óptica (1.000x). Mesmo que a quercetina, abaixo da concentração inibitória, tenha pouco efeito sobre a viabilidade de S. aureus, o conhecimento de que esse flavonol é capaz de alterar a adesão de estafilicocos à superfície celular parece ser atrativo para a sua utilização como profilático em processos infecciosos, visto que a adesão é o primeiro passo na patogênese da infecção bacteriana. Entretanto, deve-se considerar sua interferência com a atividade de células fagocíticas, uma importante função do sistema imune do hospedeiro. / The aim of this study was to evaluate the effects of quercetin at sub-inhibitory concentration on some Staphylococcus aureus (ATCC 25923) factors related to the virulence. The antibacterial activity of quercetin was evaluated by broth microdilution method and the concentration of 40 μg/mL was used as sub- inhibitory. S. aureus BHI culture supernatant containing quercetin reduced the hemolytic activity for sheep erythrocytes but did not exhibit a detectable change in cytolysin extracellular activity on continuous cell lines (McCoy B cells ATCC 1696) when compared with quercetin-free medium. The effect of quercetin-grown staphylococci phagocytosis by polymorphonuclear neutrophils (PMN) was compared with the effect on non-treated bacteria by chemiluminescence assay. The level of oxidative burst of PMN was statistically different in untreated versus quercetin-treated bacteria showing that druggrown cells became less susceptible to phagocytic uptake. The inhibition of expression of factors related bacterial adhesion was established though adesion/phagocytosis experiments by optical microscopy (1.000x). Even if quercetin at low level has little effect on S. aureus viability, the knowledge that this flavonol is able to affect the properties of staphylococci adherence to cell surfaces may be an attractive advance for its applications as prophylactic in infectious process, considering that bacterial adherence is the initial event in the pathogenesis of bacterial infection. Conversely, it also interferes with the activities of phagocytic cells, an important function of host immune system.