Les amibes sont des protozoaires unicellulaires ubiquitaires dans l'environnement qui se nourrissent des microorganismes qui les entourent. Cependant plusieurs études ont déjà montré que certains de ces microorganismes (bactéries et virus) sont capables d'entrer dans les amibes et de s'y multiplier au lieu d'y être digérés. Cette capacité et l'analogie entre les amibes et les macrophages fait de ces microorganismes de potentiels pathogènes humains. L'utilisation de la technique de coculture sur amibes a donc été développée afin de permettre l'isolement de ces microorganismes. En 2001 elle a permis l'isolement d'un petit coque Gram positif qui sera identifié en 2003 comme étant le premier virus géant isolé : Acanthamoeba polyphaga Mimivirus, pour « mimiking microbe » en référence à sa coloration positive au Gram. La découverte de ce virus associé aux amibes et qualifié de « géant » il y a moins d'une décennie a bouleversé les définitions même de virus. Une taille exceptionnelle de 500 nm, un génome qui dépasse 1 Mb, une particule comportant des ADN et des ARN, autant de caractéristiques originales qui l'ont rendu exceptionnel. Depuis, d'autres virus géants ont été isolés, notamment Marseillevirus, et il est probable que la famille s'étende rapidement maintenant que l'on sait que leur isolement était impossible à cause de leur caractère non filtrable. Des études en métagénomique dans l'environnement ont suggéré une grande ubiquité de ces virus dans l'environnement, notamment hydrique. / Free living amoebas are ubiquitous in the environment and feed on microorganisms. However, several studies have already shown that some of these microorganisms (bacteria and virus) are able to enter the amoeba and multiply within the cell. This capacity and the analogy between amoebas and macrophages allow to think that these microorganisms are potentially human pathogens. The use of the amoeba coculture method was thus developed to allow the isolation of these microorganisms. In 2001 it allow the isolation of a small Gram positive coccus which will be characterized in 2003 as the first isolated giant virus : Acanthamoeba polyphaga Mimivirus. The discovery of this virus less than a decade ago challenged the definition of viruses. An exceptional size of 500 nm, a genome which exceeds 1 Mb, a particle containing DNA and ARN, so many original characteristics which made it exceptional. Since, other giant viruses were isolated, in particular Marseillevirus, and it's likely that the family quickly extends now that we know that their isolation was impossible because of their not filterable character. Environmental metagenomic studies suggested a big ubiquity, particularly into hydric environment. Furthermore the description of virophages, small viruses capable of infecting Mimivirus and behaving towards him as a bacteriophage, contribute to debate on the nature of viruses as well as on their place in the evolution.

La plupart des virus sont connus pour leur capacité à causer des maladies symptomatiques chez l’Homme et chez les autres animaux. Certains d’entre eux sont des grands virus à ADN nommés Virus à Grand ADN Nucléo-Cytoplasmique (NCLDV), rapportés comme infectant les cellules eucaryotiques. Au début du XXI ème siècle, quatre familles ont été définies par Iyer et al. comme ayant une origine commune (groupe monophylétique) : Asfarviridae, Phycodnaviridae, Irido-Ascoviridae et Poxviridae.En 2003, la description d’Acanthamoeba polyphaga mimivirus a cassé un paradigme dans le monde des virus. Par leur taille de particule (450nm), par leur longueur de génomes(supérieure à 1Mb) et leur contenu génique, leur découverte a changé la définition traditionnelle des virus (Lwoff). Depuis 2013 et notamment par les isolements successifs de Pandoravirus,Pithovirus et Mollivirus, ces virus ont été décrits comme possédant de nouvelles propriétés.Leur découverte a été rendue possible grâce à la méthode de co-culture utilisant des protistes, notamment des cellules du genre Acanthamoeba. Cette méthode a été de nombreuses fois modulée par différentes équipes. Dans notre cas, nous avons combiné différentes stratégies appliquées à notre co-culture : la co-culture a été couplée à la cytométrie en flux pour détecter la lyse des protistes. De plus, la cytométrie a été utilisée avec un marqueur à ADN dans le but d’identifier de façon putative le virus et de discriminer les différentes populations virales. Enfin,nous sommes capables de séparer ces populations en utilisant un appareil FACS trieur.L’ensemble de ces techniques a permis l’isolement de nouveaux virus. / Most viruses are known for their ability to cause symptomatic diseases in humans andother animals. Some of them are large DNA viruses named Nucleo-cytoplasmic Large DNAviruses (NCLDV), known for infecting eukaryotic cells. At the beginning of the 21st centuryfour families were defined by Iyer et al. as having a common origin (monophyletic group):Asfarviridae, Phycodnaviridae, Irido-Ascoviridae and Poxviridae.In 2003, the description of Acanthamoeba polyphaga Mimivirus broke this paradigmin the virus world. Because of their particles size (450 nm), their genome size (up to 1Mb),and their gene contents, their discovery changed the traditional definition of viruses (Lwoff).Since 2013 and the successive isolations of Pandoravirus, Pithovirus and Mollivirus; theseviruses have been characterized as possessing various novel properties.Their discoveries have been possible thanks to the co-culture method using protistnotably Acanthamoeba genus cells. This method went through multiple improvements and isemployed by different teams in different ways. In our case and in order to enhance thismethod we combined strategies applied in our co-culture. Indeed, this method consists inusing flow cytometry to detect lysis of protist cells (after all steps of co-culture enrichment).In addition, the flow cytometry was used with a DNA marker in order to identity viruses anddiscriminate viral populations. Then, we were able, using a FACS sorter device, to separatedifferent viral populations from our supernatants.Altogether these techniques have permitted the isolation of new viruses.

Les virus sont ubiquitaires et abondants dans l’environnement. Ils influent fondamentalement sur l’écologie de l’ensemble des écosystèmes et du microbiote humain. Dès 2002, avec la découverte de virus géants d’amibes, la virologie s’est complexifiée. Les Megavirales (nouvel ordre au sein des grands virus nucléocytoplasmiques) ont 10% de gènes homologues aux cellules eucaryotes, et ont la caractéristique singulière d’être infectés par des virophages.Avec l’avènement de la métagénomique, le nombre de métagénomes produits ne cesse de croître de manière exponentielle. C’est ainsi que la virologie a connu un nouvel essor et a pu mieux être étudiée en s’affranchissant des difficultés de culture et d’isolement des virus dans les conditions artificielles de laboratoire. La métagénomique permet d’étudier les communautés microbiennes mais également de découvrir de nouveaux microbes. La bioinformatique est devenue incontournable dans le domaine de la biologie et essentielle pour les biologistes afin de traiter les masses de données et en extraire toute la richesse de l’information biologique nécessaire. La première partie de cette thèse consiste en une revue de la littérature décrivant la bioinformatique au service de la métagénomique virale. La deuxième partie présente la création d’un nouvel outil « MG-Digger » dédié à l’analyse rapide et automatisée de séquences d’intérêts spécifiques dans les métagénomes. La dernière partie se concentre sur l’utilisation de cet outil sur des données issues de projets métagénomiques afin de répondre à des questions biologiques précises, notamment sur les données de l’expédition scientifique TARA à travers les océans. / Viruses are ubiquitous and abundant in the environment and can influence all ecosystems ecology and the human microbiota.Since 2002, with the discovery of giant viruses of amoeba, virology has become more complex and the definition of virus has been called into question, not only because of their phenotypic sizes similar to those of bacteria but also their genomic content exceeding thousand genes. Megavirales, also known as nucleocytoplasmic large DNA viruses, have 10% homologous genes to eukaryotic cells and interestingly can be infected by virophages. With the advent of metagenomic, the number of metagenomes produced is exponentially increasing as well as our understanding of virology which has been studied. Metagenomics studies showed an efficient way to study microbial communities and identify novel viruses without the difficulties of culture and isolation of viruses in artificial laboratory conditions.Metagenomic requires considerable computational and storage resources (Big data processing). Therefore, bioinformatics has become an integral part of research and development in the biomedical sciences by providing tools that handle complex datasets and finally giving the necessary biological information. The first part of this thesis consists of an exhaustive review of the literature describing bioinformatics and viral metagenomics. The second part presents a new "MG-Digger" tool dedicated to the rapid and automated analysis of specific interest sequences in metagenomes. The third part focuses on the use of this tool on metagenomic data to answer to specific biological questions, including data from the TARA scientific expedition across the oceans.

Les virus sont présents dans tous les écosystèmes, et sont les entités les plus abondantes dans le milieu marin. Bien que nous associons systématiquement virus aux maladies, la plupart d'entre eux coexistent cependant en équilibre avec leur hôte. Les virus sont associés à tous les règnes de la vie, même les virus qui affectent d'autres virus(virophages). La définition aujourd'hui d'un virus chez les virologues, c'est qu'un virus est un parasite génétique qui utilise des systèmes cellulaires pour sa propre réplication. Les hôtes les plus couramment utilisés par les virus que nous avons étudiés sont principalement des protozoaires. Ainsi, les Amoebozoa font l'objet de nombreuses études et sont utilisés pour isoler de nouvelles espèces intracellulaires( virus, bactéries). Ces espèces ont évolué de manière à résister aux effets consécutifs à la phagocytose ou à l'ingestion dans des vacuoles, et restent viable dans le cytoplasme de l'amibe, et ont le potentiel de se multiplier dans les parasites. Dans cette étude, nous avons dans un premier temps étudier les diverses interactions existantes entre virus Acanthamoeba polypaghaga Mimivirus(APMV) et des bactéries au sein de l'amibe. Pour cela, nous avons choisi un système original basé sur la co-culture de l'APMV, soit seul ou en combinaison avec deux autres microorganismes isolés individuellement à partir de l'amibe. Il s'agit d'une bactérie intracellulaire stricte(BABL1) et le virophage de APMV (Sputnik). Cela nous a permis de mettre en évidence, d'une part la capacité du virophage à moduler la virulence d'APMV tout en révélant, d'autre part, la bataille qui a eu lieu entre eux au cours de l'infection de l'hôte. dans un deuxième temps, nous avons examiné l'activité virucide des biocides couramment utilisés en pratique clinique pour la désinfection des équipements hospitaliers. APMV et Marseillevirus montrent une grande résitance aux biocides chimiques, en particulier l'alcool. Seule la température de 75°C et le glutaraldéhyde ont réussi à réduire les titres d'APMV et Marseillevirus à des niveaux indétectables. Après dessiccation ou exposition aux rayonnements ultraviolets, APMV et marseillevirus ont démontré leur stabilité durable. Précédent le pré-traitement des échantillons de l'environnement par l'éthanol à 70°C, a permis la disparition des contaminants bactériens sans réduire la charge virale, permettant leur isolement sur amibe, sans avoir besoin d'utiliser des antibiotiques, qui peuvent avoir un effet délétère su les amibes. / In this study, we first examined the various interactions taking place between the virus Acanthamoeba polyphaga Mimivirus (APMV) and bacteria within the amoeba. We chose an original system based on a co-culture of APMV either alone or in combination with two other organisms isolated from amoeba, i.e a strict intracellular bacterium (BABL1) and the virophage of APMV (Sputnik). This allowed us to highlight, on the one hand, the possibility to modulate the virulence of APMV while revealing, on the other hand, the battle which occurs between them during the infection of the host. We then examined the virucidal activity of biocides commonly used in clinical practice for the disinfection of hospital equipment. APMV and Marseillevirus show high resistance to chemical biocides, especially to alcohol. Only a temperature of 75°C or glutaraldehyde were able to reduce APMV and Marseillevirus titres to undetectable levels. Whether dried or under ultraviolet, APMV and Marseillevirus demonstrated their lasting stability. Previous pre-treatment of environmental samples by ethanol 70° allowed disappearance of bacterial contaminating bacteria without reducing giant virus load allowing their isolation on amoeba without need the use of antibiotic that may have a deleterious effect on amoebae.

Cette thèse menée à l'interface entre deux écoles doctorales, a permis d'étudier la diversité virale et de proposer l'utilisation de biomarqueurs pour répondre à des questions environnementales. La première partie présente l'étude et la caractérisation de familles de virus géants isolées au laboratoire Information Génomique et Structurale. La première, les Pandoravirus, découverte il y a 2 ans, remet en question la définition de virus, leur origine et leur mode d'évolution. Ce virus possède un génome dépassant 2,5 Mb codant pour plus de 2500 protéines, dont 90% complètement inédites. Une autre famille de virus, les Marseilleviridae, m'a permis de mesurer leur vitesse d'évolution. Les particularités de cette famille sont (i) des génomes extrêmement conservés et (ii) la séparation de la famille en différentes lignées en fonction de leur pourcentage d'identité nucléotidique. J'ai pu étudier l'évolution de cette famille, montrant que la majorité des gènes de ces virus sont conservés entre les lignées et sous pression de sélection, donc nécessaires à leur réplication. La deuxième partie avait pour but de valider l'utilisation de marqueurs biologiques afin de répondre à une question environnementale. Il s'agissait d'identifier l'origine de l'eau saumâtre d'une rivière souterraine. Pour cela nous avons recensé les communautés de procaryotes de différentes sources d'eau douce et d'eau de mer dans le but de les comparer aux communautés de la rivière souterraine. Cette démarche nous a permis de conclure sur l'origine à la fois marine et terrestre de l'eau de l'exsurgence souterraine. Des hypothèses sur le mode d'acheminement de ces eaux vers l'exsurgence sont également proposées. / This thesis which takes place between two doctoral schools, allowed us to study viral diversity and to suggest the use of a biomarker to answer environmental questions. The first part presents a work on the characterization of two giant virus families isolated in the IGS laboratory. The first family, Pandoraviruses, questions the definition of virus, their origin and the way they evolve. This virus’ genome is bigger than 2,5 Mb, which codes for more than 2,500 proteins, of which 90% were unknown before. The isolation of new members of this family could allow us to study their evolution. Another virus family, Marseilleviridae, allowed me to study their evolution speed. This family features are (i) to have highly conserved genomes and (ii) the family is separated in three lineages, according to their nucleotide identity percentage. I thus studied the evolution of this family, showing that most genes of these viruses are conserved between lineages and under selection pressure, therefore necessary for their replication. The second part describes a work to validate the use of a biologic marker in order to respond an environmental question. We tried to identify the origin of underground river brackish water flowing from a submarine karstic spring in Port-Mio, Cassis. For that we initiated a comparison of prokaryotic community from various springs of fresh water, sea water, and the underground river. This method, coordinated to biogeochemical data allowed us to identify biomarkers which are specific of each sample. We can then conclude that this brackish water finds an origin in both fresh and sea water. Hypothesis on the way these waters flows in the spring are also proposed.

Le risque de contamination des réseaux par les légionelles est aujourd'hui bien connu. Ces bactéries sont naturellement résistantes à un certain nombre de stress, elles peuvent survivre de façon prolongée dans les biofilms et proliférer de façon très importante via une croissance intracellulaire dans les amibes. Les amibes peuvent elles-mêmes présenter une résistance élevée aux traitements de décontamination usuels et offrent donc une protection supplémentaire aux légionelles. Si l'association amibes-légionelles dans les réseaux a été largement étudiée, il n'en est pas de même pour un certain nombre d'autres associations existant entre les amibes et des micro-organismes pathogènes avérés ou pathogènes émergents. Parmi les agents pathogènes émergents associés aux amibes, de nouvelles espèces bactériennes apparentées aux Chlamydia pourraient être responsables de pneumonies et d'avortements à répétition chez l'Homme et l'animal. Ces nouvelles espèces de Chlamydia présentent de nombreuses particularités, dont une survie à l'état libre dans l'environnement beaucoup plus importante que celles des Chlamydia " classiques " et une résistance importante aux températures élevées. De nouveaux virus " géants " associés aux amibes ont aussi été récemment décrits. Ils présentent de nombreuses particularités biologiques par rapport aux virus plus classiques et, bien que les preuves formelles de leur pathogénicité restent à apporter, certains de ces virus pourraient être responsables de pneumonies. Enfin, l'association amibes libres - mycobactéries soulève des questions importantes. Des travaux récents démontrent que des mycobactéries atypiques résistantes à certains traitements de décontamination (glutaraldéhyde notamment) sont aussi plus résistantes à certains traitements antibiotiques et plus à même de survivre dans les amibes. Par ailleurs la plupart des espèces de mycobactéries présentent la capacité de survivre dans les kystes amibiens, eux-mêmes très résistants à la plupart des traitements de décontamination. Les travaux de recherche présentés dans ce mémoire portent sur l'étude de l'écologie des amibes libres de l'environnement ainsi que sur l'étude de leur résistance à différents types de traitements biocides. Le rôle des amibes en tant que lieu d'échange de matériel génétique entre micro-organismes est abordé, ainsi que l'interaction des amibes avec les légionelles, les espèces apparentées aux Chlamydia, les virus d'amibes et les mycobactéries.

La découverte des virus géants il y a une dizaine d’années a véritablement bouleversé notre perception du monde viral. Cette découverte a ouvert un débat sur l’origine et l’histoire évolutive de ces virus, et ravivé celui portant sur la nature des virus : peuvent-ils être considérés comme vivants ?J'ai caractérisé un nouveau Marseilleviridae, isolé à partir d’un échantillon prélevé en Nouvelle-Calédonie, appelé Noumeavirus. Les Marseilleviridae sont des grands virus à ADN, qui possèdent des particules à symétrie icosaédrique d’environ 200 nm de diamètre, et des génomes à ADN double-brin de plus de 300 kb. Différentes approches de génomique, protéomique, ainsi que l’étude du cycle infectieux ont montré que le cycle infectieux de ces virus n’était pas indépendant du noyau cellulaire mais recrutait transitoirement les fonctions nucléaires à l’usine virale.J'ai également caractérisé un nouveau Pandoravirus, isolé à partir d’un échantillon prélevé en Nouvelle-Calédonie, appelé Pandoravirus neocaledonia. Les Pandoravirus possèdent une morphologie unique au sein des virus, ainsi qu’un génome colossal à ADN double-brin de 2.5 Mb. Des études comparatives avec d’autres Pandoravirus ont été réalisées en combinant plusieurs approches, afin de mieux comprendre les caractéristiques de ces virus inédits. La morphologie étonnante de ces virus nous a poussés à étudier la nature de leur enveloppe, constituée d’un réseau de fibres formant des structures lamellaires. Se pourrait-il que les Pandoravirus, contrairement aux autres virus, détournent la machinerie cellulaire pour construire leurs particules ? Dans ce cas, quelle serait leur place dans l’histoire évolutive des virus ? / The discovery of giant viruses about a decade ago has truly shaken our perception of the viral world. This discovery has initiated a debate on the origin and evolutionary history of these viruses, and it revived the debate on their nature: are viruses alive?I characterized a new Marseilleviridae, isolated from a sample collected in New-Caledonia, named Noumeavirus. The Marseilleviridae are large DNA viruses that have icosahedral particles of about 200 nm in diameter, and double-stranded DNA genomes of more than 300 kb. Various approaches, such as genomics, proteomics and the study of the infectious cycle, allowed us to reveal that the infectious cycle of these viruses was not independent from the cell nucleus as we thought, but was transiently recruiting nuclear functions to the viral factory.I also characterized a new Pandoravirus, isolated from a sample collected in New-Caledonia, named Pandoravirus neocaledonia. Pandoraviruses have a unique morphology and a gigantic double-stranded DNA genome of about 2.5 Mb. Comparative studies with other Pandoraviruses were performed using several approaches to better understand the characteristics of these original viruses. The astonishing morphology of these viruses led us to investigate the nature of their envelope, which is made of a mesh of fibers forming lamellar structures. Is it possible that Pandoraviruses, unlike other viruses, hijack the cellular machinery to build their particles? In this case, what would be their place in the evolutionary history of viruses?

Les Megavirales appartiennent à des familles de virus géants infectant un grand nombre d'hôtes eucaryotes. Leurs génomes ont des tailles variant de 100 kb to 2.5 mb et leur composition a montré des caractéristiques surprenantes qui ont soulevées diverses questions sur l’origine et l’évolution de ces virus. Les études de métagénomique environnementale ont montré qu’il existe une «matière noire», composée de séquences reliées à aucun organisme connu. Cependant, l'identification des séquences a été principalement réalisée en utilisant les séquences ADN ribosomal (ADNr), ce qui conduit à ignorer les virus. D’autres gènes informationnels « cœur », incluant la DNA-dependant RNA polymerase (RNAP) constituent d'autres marqueurs qui apparaissent comme plus appropriés pour une classification plus exhaustive des séquences, puisqu’ils apparaissent conservés dans les organismes cellulaires ainsi que les mégavirus. Nous avons utilisé un petit ensemble de gènes universels conservés incluant la RNAP et avons reconstruit des séquences ancestrales pour rechercher des séquences reliées aux mégavirus dans les bases de données. Cela a permis d’identifier trois nouvelles séquences de megavirus qui avaient été mal annotées comme correspondant à des organismes cellulaires, ainsi que de nouveaux clades viraux dans les bases métagénomiques environnementales. De plus, nous avons montré que l’ordre Megavirales constituait une quatrième branche monophylogénétique ou « TRUC » (pour Things Resisting Uncompleted Classification). Nos analyses montrent également que la RNAP ainsi que quelques autres gènes utilisés dans nos études permettent de considérer un répertoire plus complet d’organismes que l’ADNr. / Nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs), or representatives of order Megavirales, belong to families of giant viruses that infect a large number of eukaryotic hosts. These viruses genomes size ranges from 100 kb to 2.5 mb and compose surprising features, which raised various questions about their origin and evolution. Environmental metagenomic studies showed that there is a “dark matter”, composed of sequences not linked to any known organism. However sequence identification was mainly determined using ribosomal DNA (rDNA) sequences, which led therefore to ignore viruses, because they are devoid of such genes. Informational genes, including DNA-dependant RNA polymerase (RNAP), are other markers that appear as more appropriate for a comprehensive classification as they are conserved in cellular organisms (Bacteria, Archaea and Eukarya) and in Megavirales. We used a small set of universally conserved genes that included RNAP and reconstructed ancestral sequences to search for megavirus relatives in sequence databases and to perform phylogeny reconstructions. This allowed identified three megaviral sequences that were misannotated as cellular orgainsms, and new viral clades in environmental databases. In addition, we delineated Megavirales as a fourth monophylogenetic TRUC (things resisting uncompleted classification) aside cellular organisms. Moreover, we classified by phylogenetic and phyletic analyses based on informational genes new giant viruses as new bona fide members of the fourth TRUC. Our analyses shows that RNAP as well as a few other genes used in our studies allow a more comprehensive overview and classification of the biological diversity than rDNA.

La recherche en bactériologie et virologie est à la fois de nature cognitive et appliquée. Elle consiste à fédérer et mettre en place une capacité de recherche multidisciplinaire et pouvoir l'intégrer sur un champ très vaste de microorganismes et de maladies. Les nouvelles avancées conceptuelles et technologiques dans le domaine de la génomique, notamment les avancées dans les techniques à haut débit (séquençage, PCR...) permettent actuellement d’avoir rapidement des génomes bactériens et viraux entiers, ou seulement sur quelques gènes d’une grande population. Les progrès dans ce domaine permettent l’accès à ces informations en évitant une combinaison de plusieurs méthodologies, et à moindre coûts. Dans notre travail de thèse, nous avons été porté à analyser et traiter les données de deux études genomiques et métagenomiques, mettant en évidence avantages, limites et attentes liés à ces techniques. La première étude porte sur l'analyse génomique de nouveaux virus géants et chlamydia infectant Vermamoeba vermiformis. La deuxième étude concerne le pyroséquençage 16S de microbiote intestinal de nouveau-nés atteint de l'entérocolite nécrosante. Pour le premier projet du travail de thèse, nous avons analysé les génomes de trois nouvelles espèces de Chlamydiae et onze virus giants (premiers membres de deux probables nouvelles familles) qui se multiplient naturellement dans Vermamoeba vermiformis. L'objectif étant de mettre en évidence les caractéristiques génétiques spécifiques à ces micro-organismes. La deuxième partie a été consacrée à l'analyse des données de pyroséquençage 16S des selles de nouveau-nés atteints de l'entérocolite nécrosante. / Research in bacteriology and virology is both cognitive and applied. It involves federating and developing a multidisciplinary research capacity and being able to integrate it into a very broad field of microorganisms and diseases. New genomic and conceptual advances in genomics, including advances in high-throughput techniques, now permit rapid bacterial and viral genomes, or only a few genes of a large population. Progress in this area allows access to this information by avoiding a combination of several methodologies and at lower costs. In our thesis work, we were led to analyze and process the data of two genomic and metagenomic studies, highlighting advantages, limitations and expectations related to these techniques. The first study focuses on the genomic analysis of new giant viruses and chlamydia infecting Vermamoeba vermiformis. The second study concerns the 16S pyrosequencing of intestinal microbiota of neonates with necrotizing enterocolitis. The first project of the thesis work analyzed the genomes of three new species of Chlamydiae and eleven giant viruses (first members of two probable new families) which naturally multiply in Vermamoeba vermiformis. The objective is to highlight the genetic characteristics specific to these microorganisms. The second part was devoted to the analysis of 16S pyrosequencing data from neonatal enterocolitis neonatal stools. The goal was to identify an agent responsible for this disease.