Les données d’expression génique sont reconnues comme étant de grande dimension, etnécessitant l’emploi de méthodes statistiques adaptées. Mais dans le contexte des essaisvaccinaux, d’autres mesures, comme par exemple les mesures de cytométrie en flux, sontégalement de grande dimension. De plus, ces données sont souvent mesurées de manièrelongitudinale. Ce travail est bâti sur l’idée que l’utilisation d’un maximum d’informationdisponible, en modélisant les connaissances a priori ainsi qu’en intégrant l’ensembledes différentes données disponibles, améliore l’inférence et l’interprétabilité des résultatsd’analyses statistiques en grande dimension. Tout d’abord, nous présentons une méthoded’analyse par groupe de gènes pour des données d’expression génique longitudinales. Ensuite,nous décrivons deux analyses intégratives dans deux études vaccinales. La premièremet en évidence une sous-expression des voies biologiques d’inflammation chez les patientsayant un rebond viral moins élevé à la suite d’un vaccin thérapeutique contre le VIH. Ladeuxième étude identifie un groupe de gènes lié au métabolisme lipidique dont l’impactsur la réponse à un vaccin contre la grippe semble régulé par la testostérone, et donc liéau sexe. Enfin, nous introduisons un nouveau modèle de mélange de distributions skew t àprocessus de Dirichlet pour l’identification de populations cellulaires à partir de donnéesde cytométrie en flux disponible notamment dans les essais vaccinaux. En outre, nousproposons une stratégie d’approximation séquentielle de la partition a posteriori dans lecas de mesures répétées. Ainsi, la reconnaissance automatique des populations cellulairespourrait permettre à la fois une avancée pratique pour le quotidien des immunologistesainsi qu’une interprétation plus précise des résultats d’expression génique après la priseen compte de l’ensemble des populations cellulaires. / Gene expression data is recognized as high-dimensional data that needs specific statisticaltools for its analysis. But in the context of vaccine trials, other measures, such asflow-cytometry measurements are also high-dimensional. In addition, such measurementsare often repeated over time. This work is built on the idea that using the maximum ofavailable information, by modeling prior knowledge and integrating all data at hand, willimprove the inference and the interpretation of biological results from high-dimensionaldata. First, we present an original methodological development, Time-course Gene SetAnalysis (TcGSA), for the analysis of longitudinal gene expression data, taking into accountprior biological knowledge in the form of predefined gene sets. Second, we describetwo integrative analyses of two different vaccine studies. The first study reveals lowerexpression of inflammatory pathways consistently associated with lower viral rebound followinga HIV therapeutic vaccine. The second study highlights the role of a testosteronemediated group of genes linked to lipid metabolism in sex differences in immunologicalresponse to a flu vaccine. Finally, we introduce a new model-based clustering approach forthe automated treatment of cell populations from flow-cytometry data, namely a Dirichletprocess mixture of skew t-distributions, with a sequential posterior approximation strategyfor dealing with repeated measurements. Hence, the automatic recognition of thecell populations could allow a practical improvement of the daily work of immunologistsas well as a better interpretation of gene expression data after taking into account thefrequency of all cell populations.

Saccharomyces cerevisiae est l’acteur principal de la fermentation du moût de raisin, mais l’influence de facteurs sur sa distribution dans les vignobles est peu connue. La région bordelaise, par son histoire et ses appellations, est une région d’intérêt pour étudier la diversité de S.cerevisiae. Au total, 2422 isolats de S.cerevisiae provenant de prélèvements de raisins et de cuves en fermentation spontanées sur deux années consécutives ont été analysés par 15 à 17 marqueurs microsatellites. Une très grande diversité génétique est mise en évidence, supérieure en mode de conduite conventionnel par rapport au mode biologique. Le mode de conduite influence faiblement la structure de la population de S.cerevisiae au vignoble. L’appellation et le domaine impactent significativement la structure de population, sans que des gradients de diversité n‘apparaissent, mais nos analyses révèlent des connections importantes dans le sens Pessac-Léognan vers les autres appellations du Bordelais, en particulier le Médoc. Des flux importants bidirectionnels sont mis en évidence entre les compartiments vigne et chai, illustrés par la présence de 25% de souches apparentées à des levures commerciales au vignoble, retour des souches du chai au vignoble jusqu’alors sous-estimé, alors qu’un flux d’importance similaire est observé entre le vignoble et le chai. La présence de populations ancestrales communes dans des prélèvements anciens (plus de 20 ans) et récents révèle la stabilité des populations sur le long terme à l’échelle d’une appellation. Une succession temporelle des populations du chai pourrait être favorisée par la mise en œuvre de pied de cuve avec repiquages successifs. / Saccharomyces cerevisiae is the main actor of wine fermentation but still little is known about the factors impacting its distribution in the vineyards. Bordeaux region, by its history and its appellations, is one of the regions of interest to study S. cerevisiae diversity. A total of 2422 isolates of S.cerevisiae sampled from grapes and spontaneous fermentation tanks during two consecutive years were analyzed by 15 to 17 microsatellite markers. A very high genetic diversity is demonstrated, greater in conventional farming system than in organic one. The type of farming system weakly influences the population structure of S.cerevisiae in the vineyard. The appellation and the wine estate significantly impact the population structure, without appearance of diversity gradients, but our analyses reveal important connections from the Pessac-Léognan to other Bordeaux appellations, especially to the Medoc. Bidirectional strong flows are highlight between the vineyard and the cellar compartments as illustrated by the presence of 25% of commercial related strains in the vineyard, due to the unexpected return of strains through cellar to the vineyard, while a flow of similar magnitude is observed between the vineyard and the cellar. The presence of common ancestral populations in old (over 20 years) and recent samples showed population stability over the long-term at an appellation scale. A temporal succession of cellar populations was highlighted that could be link with the implementation of the Pied de Cuve method through successive inoculations.

Brettanomyces bruxellensis est un microorganisme qui est considéré comme la cause majeure des défauts microbiologiques du vin. L’importance de cette levure à l’échelle industrielle est liée au fait qu’elle est isolée à partir de substrats différents tels que la bière, le kombucha, les molasses utilisées pour la production de bioéthanol et autres. Ce projet a pour objectif d’étudier la diversité génétique de l’espèce en se basant sur une large population d’isolats provenant de niches écologiques et géographiques variées. Pour ce faire, une méthode de génotypage robuste (analyse microsatellite) a été optimisée et appliquée sur la population, mettant en évidence la coexistence de populations diploïdes et triploïdes à l’échelle globale. Puis, la relation entre regroupement génétique et traits physiologiques a été explorée. Notamment, l'étude de la tolérance aux sulfites a été effectuée sur un sous-ensemble de souches représentatif de la population. Les résultats obtenus mettent en évidence un lien entre groupes génétiques et comportement vis-à-vis des sulfites. Des expériences de compétition en présence de dioxyde de soufre montrent un avantage sélectif des souches tolérantes aux sulfites par rapport aux souches sensibles, suggérant ainsi une adaptation spécifique au principal antiseptique utilisé en œnologie. Ce travail contribue à une meilleure connaissance de cette levure d’altération du vin en termes de diversité génétique et phénotypique et permet d’émettre des hypothèses sur les stratégies évolutives d'adaptation au milieu anthropique de cette espèce modèle non conventionnelle. / Brettanomyces bruxellensis is a microorganism described as the first cause of microbial spoilage of wine. Its industrial relevance is highlighted by the fact that this yeast is isolated from different substrates such as beer, kombucha, bioethanol fermentation molasses and others. This project aims to explore the genetic diversity of the species by studying a large population of isolates from various geographical and ecological niches. For this purpose, a robust genotyping method (microsatellite analysis) was optimized and applied on the population, thus highlighting the coexistence of diploid and triploid populations worldwide. Further, the relation between genotypic clustering and physiological traits was studied. Namely, sulphite tolerance assay was performed on a subset of strains representative of the total population. The results reveal a link between genetic group and growth profile in the presence of sulphur dioxide. Competition experiments in presence of sulphites highlight a selective advantage of sulphite tolerant strains compared to sulphite sensitive ones, thus suggesting a specific adaptation to the main antimicrobial used in winemaking. This work contributes to a deeper understanding of this wine spoilage microorganism in means of genetic and phenotypic diversity and sheds light on putative evolutionary strategies for adaptation to human related environment of this non-conventional model yeast species.

Dans le vin rouge, les composés phénoliques sont souvent associés à la qualité du produit. Parmi eux, les anthocyanes sont responsables de la couleur du vin rouge et chaque cépage possède un génome spécifique déterminant le profil anthocyanique de chacun. Les pratiques culturales peuvent influencer l’accumulation de ces molécules dans la baie de raisin, tandis que les différentes techniques fermentaires peuvent modifier leur extraction. Les flavanols monomères, oligomères et polymères des pépins et des pellicules contribuent à l’amertume et l’astringence des vins. Pendant la vinification et l’élevage, ceux-ci réagissent avec les anthocyanes modifiant les propriétés du vin. De nombreuses publications concernant les caractéristiques sensorielles des flavanols ont été réalisées, alors que la contribution sensorielle des anthocyanes est encore mal connue. Cette thèse se décompose en deux parties. La première partie s’intéresse à l’étude de l’utilisation d’ozone gazeux comme technique pré-fermentaire sur les cépages rouges Nebbiolo et Barbera après récolte et pendant le passerillage. L’ozone est une technique innovante pour la réduction des contaminations microbiennes et la réduction du dioxyde de soufre. L’influence de cette technique sur les parois cellulaire des pellicules, sur l’extraction, la concentration en flavanols et en anthocyanes pendant la macération a été évaluée. L’étude montre que l’ozone possède un impact sur la macération des raisins, induisant une extraction plus importante des anthocyanes dans le Nebbiolo. En revanche, l’ozone n’influence ni les anthocyanes moléculaires, ni le profil variétal de chaque cépage. Pendant le passerillage, l’inverse a été étudié. L’extraction des anthocyanes dans le Nebbiolo est diminuée. A l’inverse, bien que moins d’anthocyanes soient retrouvées dans le raisin de Barbera, le traitement ne possède aucun impact sur l’extraction de celles-ci. Concernant les flavanols, l’extraction est moins influencée par le traitement à l’ozone. Des différences ont été retrouvées dans le cépage Nebbiolo. Les flavonols sont plus concentrés après le traitement avec l’ozone sur les raisins post-récolte, alors qu’ils diminuent pendant le passerillage. La modification causée sur la paroi cellulaire par l’ozone ainsi que la dureté des pellicules pourraient prédire l’extraction des anthocyanes et des flavanols, grâce à des analyses multi-variées. En conséquence, le traitement avec l’ozone doit être adapté en fonction du cépage et du produit final désiré. Dans la deuxième partie, les anthocyanes des raisins ont été extraites à partir des raisins et ces extraits ont été fractionnés en trois fractions, glucoside, acetyl-glucoside et cinnamoyl-glucoside, par Chromatographie de Partage Centrifuge (CPC) et CLHP (Chromatographie Liquide Haute Performance) préparative. L’évaluation de l’astringence a été réalisée par des analyses de précipitation protéique avec une protéine modèle BSA (Bovine Serum Albumin) et des protéines salivaires, les anthocyanes réagissant avec ces dernières. Les analyses sensorielles et l’évaluation de l’astringence ont été combinées. La concentration en anthocyane diminue après le traitement avec les protéines salivaires, dans l’extrait total et dans les fractions, en particulier les cinnamoyl-glucosides apparaissent comme les plus réactives avec les protéines salivaires. Les seuils de perception gustatifs ont été calculés avec la méthode “Best estimate threshold” dans le vin modèle. Les fractions acétyl-glucosides et cinnamoyl-glucosides, suivies de la fraction glucoside, possèdent des seuils de perception plus bas aux concentrations retrouvées dans les vins. Les descripteurs associés à ces fractions sont l’amertume et l’astringence. Ces résultats démontreraient que les anthocyanes apportent une contribution sensorielle dans la perception du vin en bouche, corrélée à l’acétylation des molécules. / In red wine, phenolic compounds are generally associated with the quality of products. Among them, anthocyanins extracted from skins are responsible for wine colour. The grapevine genomes determine the anthocyanins profiles, but several factors in the vineyard can influence their accumulation, as well as post-harvest techniques can modify their extraction during winemaking. Monomeric, oligomeric and polymeric flavanols from skins and seeds contribute to astringency and bitterness of wine and during winemaking and ageing complexes formation with anthocyanins modifies wine characteristics. Several publications are available to understand flavanols sensory characteristics, whereas anthocyanins role has not consensus in scientific literature. This PhD thesis is composed by two parts. The first part deal with the evaluation of the use of gaseous ozone as post-harvest technique in red wine grapes Nebbiolo and Barbera used on both fresh grape and during withering. Ozone treatment is an innovative technology proved to avoid mycobiota spoilage and preserving from the use of sulphur dioxide. Its influence on flavanol and anthocyanin contents and extractabilities during maceration was evaluated, considering skin cell wall modification. In fresh grape, ozone influenced skin maceration for both the varieties, leading to a higher anthocyanin extraction in Nebbiolo grapes and lower in Barbera. Ozone did not influence the final individual anthocyanin extractability, respecting the varietal anthocyanin fingerprint. During dehydration, opposite trend was found: in Nebbiolo reported no change in the content of total anthocyanins just after ozone-assisted dehydration, but their extraction yield was lower. On the contrary, although lower contents of anthocyanins were found in Barbera grapes no differences in final extractability was found. Regarding oligomeric and polymeric flavanols, their extractability was less affected by the ozone treatment. Only in Nebbiolo, both oligomeric and polymeric flavanol extraction was increased in fresh grape, whereas it is slightly decrease during dehydration. The ozone-induced modification of skin cell wall composition together with skin hardness parameters fitted well in multivariate models to predict anthocyanins, oligomeric flavanols and polymeric flavanols extraction. Therefore, the ozone treatment should be adapted depending on the variety and on the target wine. In the second part, grape anthocyanins were isolated depending on the acylation patterns, i.e. glucoside, acetyl-glucoside, and cinnamoyl-glucoside by a combination of centrifugal partition chromatography (CPC) and preparative-HPLC. Protein precipitation analyses to assess astringency and sensorial analysis were carried out. Anthocyanins reacted with both bovine serum albumine and salivary proteins, in different extent, since higher interaction between anthocyanins and salivary proteins was found with a significative reduction of total extract and fractions glucoside, acetyl-glucoside, and cinnamoyl-glucoside. The latter in particular is the more reactive to salivary proteins. Sensorial analysis was carried out as detection threshold test. Best estimated threshold (BET) of anthocyanins were resulted in wine-range scale, in particular acetyl-glucoside and cinnamoyl-glucoside BET are lower of glucoside threshold, and descriptors reported were astringency and bitterness. These results show that anthocyanins can be detected as in-mouth properties contributors, and the magnitude of their involvement is related to anthocyanins acylation.

Oenococcus oeni est une espèce de bactérie lactique adaptée à l'environnement hostile de la fermentation du vin. Elle montre un degré de spécialisation remarquable face au stress provoqué par le faible pH et la forte teneur en éthanol, ce qui lui permet de proliférer là où la plupart des bactéries ne survivent pas. Cette bactérie est très importante dans la production de vin, car elle réalise la fermentation malolactique, qui se produit après la fermentation alcoolique, et au cours de laquelle l'acide malique est métabolisé en acide lactique et où le vin est désacidifié. L'espèce accumule des mutations plus vite que les autres espèces de bactéries lactiques, ce qui a probablement accéléré le processus de domestication. Son degré de spécialisation a été démontré par la présence de populations spécifiques adaptées aux vins rouges ou aux vins blancs dans la même région. Dans cette étude, nous avons utilisé des approches de séquençage haut débit et de génomique pour élucider la diversité des souches d’O. oeni, identifier leurs caractéristiques génomiques et mesurer leur dispersion dans différents environnements ainsi que leur dynamique au cours des fermentations. En raison de son importance pour la vinification, plusieurs centaines de souches ont été isolées et séquencées. Dans ce travail, nous avons augmenté la collection de génomes en séquençant des souches de cidre et de kombucha et en effectuant des analyses phylogénétiques afin de clarifier la structure de la population de l'espèce. En calculant un pangénome à l'échelle de l'espèce, nous avons effectué une analyse génomique comparative afin d'explorer des gènes spécifiques à une ou plusieurs sous-populations. Avec le séquençage de nouvelle génération, nous avons produit des génomes entièrement circularisés à partir des principales sous-populations et analysé leurs arrangements génomiques. Ces nouveaux génomes ont été annotés avec de nouveaux pipelines automatiques et une curation manuelle pour la première fois depuis la publication du génome de référence PSU-1. L’évolution des communautés bactériennes au cours de la fermentation, du moût de raisin au vin fini, a été examinée par le séquençage de fragments 16S dans quatre exploitations du bordelais. À l’aide d’amorces universelles et spécifiques, nous avons comparé la biodiversité des espèces dans des vins issus d’agriculture biologique ou conventionnelle. De plus, en se basant sur les groupes phylogénétiques de souches d’O. oeni nouvellement définis, nous avons développé une méthode de qPCR pour analyser la dispersion des groupes de souches d’O. oeni et leur dynamique au cours des fermentations. Cette nouvelle méthode a également été utilisée pour analyser la diversité des souches d’O. oeni dans les vins de base de Cognac et au cours de la production de cidre, deux produits qui se distinguent des productions de vins traditionnels par la non-utilisation de sulfites. Les deux autres espèces du genre Oenococcus, O. kitaharae et O. alcoholitolerans, se retrouvent également dans les environnements de boissons fermentées. O. kitaharae ne possède pas de gène malolactique fonctionnel, mais O. alcoholitolerans, découvert plus récemment, serait capable de réaliser la réaction malolactique. Nous l’avons caractérisée, ainsi que sa tolérance aux facteurs de stress de l'environnement vin. Constatant qu'elle était incapable de survivre dans le vin, nous avons produit un génome entièrement circularisé d'O. alcoholitolerans et effectué une analyse de génomique comparative afin d'identifier les gènes d'O. oeni lui permettant de tolérer le pH et l'éthanol, ce qui manque à O. alcoholitolerans et à O. kitaharae. En conclusion, nous avons utilisé les nouvelles technologies de séquençage de nouvelle génération pour produire des génomes de haute qualité et effectuer des analyses comparatives approfondies à l’échelle de l’espèce qui nous ont permis d’identifier des gènes susceptibles d’expliquer l’adaptation d’O. oeni à l’environnement. / Oenococcus oeni is a lactic acid bacteria species adapted to the inhospitable environment of fermenting wine, where it shows a remarkable degree of specialization to the stress of low pH and high ethanol that allows it to proliferate where most bacteria fail to survive. The bacteria is supremely important in wine production, because it carries out malolactic fermentation, a process that occurs after alcoholic fermentation, where malic acid is metabolised into lactic acid and the pH of the wine is raised. The species has only a small genome and accumulates mutations several orders of magnitude faster than other lactic acid bacteria due to a loss of DNA mismatch repair genes. This has likely sped up the process of domestication to wine. The degree of specialization has been demonstrated by finding specific populations adapted to red or white wines in the same region. In this study, we used high throughput sequencing and genomics approaches to elucidate the diversity of O. oeni strains, to identify their genomic characteristics and measure their dispersion in different environments as well as their dynamics during fermentation. Because of its importance to wine-making, several hundred strains have been isolated and sequenced. In this work, we have expanded upon the collection of genomes by sequencing strains from cider and kombucha and performing phylogenetic analyses to clarify the population structure of the species. By calculating a species-wide pangenome, we performed comparative genomics to explore gene clusters that were specific to one or more sub-populations. With next generation sequencing, we produced fully circularized genomes from the major sub-populations and analysed their genomic arrangements. These new genomes were annotated with new, automatic pipelines and manual curation for the first time since the publication of the reference genome PSU-1. The evolution of bacterial communities over the course of fermentation, from grape must to finished wine, was examined with 16S amplicon sequencing in four Bordeaux wineries. Using a universal and a specific primer-set, we compared the biodiversity in wines resulting from organic or conventional farming practices. In addition, with the newly defined phylogenetic groups, we developed a qPCR experiment to detail the composition of O. oeni in the fermentations and cemented the dispersal of even rarely isolated strain sub-populations in grape must. This new method was also used to analyse the diversity of O. oeni strains in the base wines of Cognac and during the production of cider, two products that are distinguished from traditional wine production by not using sulfite. The two other species in the Oenococcus genus, kitaharae and alcoholitolerans, are also found in the environments of fermenting beverages. O. kitaharae does not have a functional malolactic gene, but the more recently discovered O. alcoholitolerans was thought capable of performing the malolactic reaction. We characterized this, as well as the species tolerance for the stressors of the wine environment. Finding it unable to survive in wine, we produced a fully circularized genome of O. alcoholitolerans and performed a comparative genomics analysis to identify the O. oeni genes that enable it to tolerate the pH and ethanol, which O. alcoholitolerans and O. kitaharae lacks. In conclusion, we have used the new technologies of next generation sequencing to produce high-quality genomes and performed extensive, species-wide comparative analyses that allowed us to identify patterns in gene presence that provide likely explanations for environmental adaptation.

La tomate est le deuxième légume le plus consommé dans le monde et la plus grande partie est consommée sous forme transformée. La tomate d’industrie est typiquement une culture exigeante en eau. La production se situe majoritairement en zone méditerranéenne, confrontée à des périodes de sécheresse de plus en plus fréquentes, et contrainte, dans le contexte de changement climatique, à réduire le prélèvement des ressources en eau pour son agriculture. L’eau est un facteur majeur qui impacte le rendement et la qualité des tomates et il y a donc un lien direct entre l’amont agricole (production), et l’aval industriel (transformation). Bien que des travaux visant à mieux comprendre les liens pré-post-récolte existent, mieux adapter la production face aux contraintes climatiques en évolution reste un challenge pour la filière, et c’est dans ce cadre que ce situe ce travail de thèse. Dans ce contexte, l’objectif de la thèse était d’analyser au cours de la chaine de production et de transformation, l’impact de facteurs agronomiques et technologiques sur la qualité des purées de tomate, et d’identifier au cours de cette chaine des leviers pour améliorer la qualité gustative, nutritionnelle et environnementale du produit fini. Etant donné cet objectif, ce travail a été construit pour analyser 1) quels sont les principaux facteurs agronomiques et technologiques responsables de la variabilité de la qualité des fruits frais et transformés au sein des zones de production françaises de tomates d’industrie ; 2) quels sont les effets de la variété, des apports en eau, du stade de développement, et du procédé sur la qualité des fruits frais et leur aptitude à la transformation ; 3) Quels sont les processus responsables des modifications des propriétés rhéologiques des purées. Nos résultats ont montré des différences de qualité des fruits et des produits finis entre les deux grandes régions de production françaises de tomates d’industrie en 2015. Le choix du cultivar et des pratiques, comme la densité de plantation ou la durée du cycle de production, étaient responsables de ces différences. En l’absence de déficit hydrique, les différences climatiques (amplitudes thermiques et cumul de précipitations) n’ont pas semblé être un facteur majeur de variation. L’exploration des liens pré-post-récoltes a ensuite confirmé que les critères à la récolte couramment utilisés (rendement et °Brix) renseignaient peu sur l’aptitude à la transformation des tomates. De plus, nous avons montré que diminuer l’irrigation jusqu’à ne remplacer que 60 % de l’évapotranspiration des plantes n’a que très peu affecté le rendement en fruit frais, et a augmenté le rendement en matière sèche jusqu’à +27%, ce qui est positif pour l’usine. L’efficience de l’utilisation de l’eau d’irrigation a ainsi été augmentée d’en moyenne 20% sur tout le cycle. La composition de la matière sèche des fruits à la récolte n’a pas été significativement affectée par le déficit hydrique en 2016. En revanche, lorsque ces mêmes fruits ont été transformés selon des procédés industriels, le déficit hydrique a amélioré la viscosité de la purée sans affecter sa couleur. Il a également limité la perte de viscosité obtenue lorsque le procédé possède une phase de macération à basse température (Cold Break (CB)). Ce résultat a suggéré que la réactivité enzymatique des tissus a été réduite. En revanche, un stress hydrique plus drastique en 2017 a induit des fortes différences de teneur en matière sèche. Comme les purée sont concentrée à la même teneur en SSC, alors les purée WD, où moins d’eau a été éliminée, montre une viscosité plus faible. La maitrise de la matière sèche n’est pas le seul facteur affectant la rhéologie des purées. C’est un phénomène complexe dépendant de plusieurs facteurs. / Tomato is the second most consumed vegetable in the world and most of it is consumed in processed form. The industry tomato is typically a demanding crop in water. Production is mainly in the Mediterranean zone, facing increasingly frequent periods of drought, and constrained, in the context of climate change, to reduce the withdrawal of water resources for its agriculture. Water is a major factor affecting the yield and quality of tomatoes, so there is a direct link between upstream agriculture (production) and industrial downstream (processing). Although works to better understand pre-post-harvest links exists, better adapting production to changing climatic constraints remains a challenge for the industry, and it is in this context that this thesis work is located. In this context, the objective of the thesis was to analyze during the chain of production and processing, the impact of agronomic and technological factors on the quality of tomato purées, and to identify during this chain levers to improve the taste, nutritional and environmental of the finished product. Given this objective, this work was constructed to analyze 1) what are the main agronomic and technological factors responsible for the variability of the quality of fresh and processed fruit within the French production areas of industrial tomatoes; 2) what are the effects of variety, water supply, stage of development and process on the quality of fresh fruits and their suitability for processing; 3) what are the processes responsible for the changes in the rheological properties of the purees. Our results showed differences in the quality of fruit and processed products between the two major French industrial tomato production regions in 2015. The choice of cultivar and practices, such as planting density or production cycle time, were responsible for these differences. In the absence of a water deficit, climatic differences (thermal amplitudes and cumulative precipitation) did not seem to be a major factor of variation. Exploration of pre-post-harvest links then confirmed that the commonly used harvest criteria (yield and °Brix) provided little information on the processing ability of tomatoes. In addition, we have shown that decreasing irrigation to replace only 60% of plant evapotranspiration has had little effect on the yield of fresh fruit, and has increased dry matter yield to + 27%, which is positive for the plant. The efficiency of the use of irrigation water has thus been increased by an average of 20% over the entire cycle. The composition of the dry matter of the fruits at harvest was not significantly affected by the water deficit in 2016. On the other hand, when these same fruits were transformed according to industrial processes, the water deficit improved the viscosity of the purees without affecting its color. It also limited the loss of viscosity obtained when the process has a low temperature maceration phase (Cold Break (CB)). This result suggested that the enzymatic reactivity of the tissues was reduced. On the other hand, more drastic water stress in 2017 led to significant differences in dry matter content. As the purees are concentrated to the same SSC content, then the WD purees, which less water has been removed, shows a lower viscosity. The mastery of the dry matter is not the only factor affecting the rheology of purees. It is a complex phenomenon depending on several factors. Indeed, when the differences in viscosity are induced by the cooking method, it is mainly the viscosity of the serum (liquid part of the mash) that is involved. When the viscosity variations are induced by the use of Variety with a high potential for viscosity (Ketchup tomato), it is the size and shape of the particles and their aggregation potential that are involved.

L'effet de Pygmalion au travail est intégré dans les cadres conceptuels des prophéties autoréalisatrices et des styles de leadership dans le domaine du comportement organisationnel. Son actualité se caractérise par un effet d’espérance interpersonnelle, son importance étant d’avoir un impact exceptionnel sur l’amélioration du leadership et la performance professionnelle des employés. Cependant, les préoccupations éthiques, phénoménales et méthodologiques de ses expériences ont soulevé des critiques. En réponse à cela, la thèse a proposé une nouvelle perspective à mettre en œuvre basée sur les trois dimensions du naturel (comportement, mise en place, traitement) et a émis l'hypothèse de l'occurrence naturelle de l’effet Pygmalion au travail. Par conséquent, la thèse visait à voir le test de la réalité, si et comment il est réalisé dans le contexte choisi du Programme d'Emploi de la Communauté culturelle. Il a appliqué une conception séquentielle exploratoire avec deux collectes de données: observation des participants (n = 25-130), questionnaires organisationnels (n = 1146-1155). L'analyse reposait sur des stratégies de quantification et de validité et prenait des statistiques descriptives et inférentielles. Les résultats ont contribué aux aspects théoriques et méthodologiques des recherches sur les effets de Pygmalion et de Galatea, à la question du contexte naturel et au programme étudié. / The Pygmalion effect at work is embedded into the conceptual frameworks of self-fulfilling prophecies and leadership styles within the field of Organisational Behaviour. Its actuality lays in operating as an interpersonal expectancy effect, its significance lays in having an outstanding impact on leadership improvement and follower job performance. However, the ethical, phenomenal and methodological concerns of its experiments raised arguments. As a response to these, the dissertation proposed a new perspective to be implemented based on the three dimensions of naturalness (behaviour, setting, treatment) and hypothesized the naturally occurring Pygmalion effect at work. Therefore, the thesis aimed to see the test of reality, if and how it is realized in the chosen context of the Cultural Community Employment Program. It applied an exploratory sequential design with two data collections: participant observation (n=25-130), organisational questionnaires (n=1146-1155). The analysis was based on quantification and validity strategies, it took descriptive and inferential statistics. The findings contributed to the theoretical and methodological aspects of Pygmalion and Galatea effect researches, the issue of the natural context and the investigated program.

Les méthodes de réduction de modèles offrent un cadre général permettant une réduction de coûts de calculs substantielle pour les simulations numériques. Dans cette thèse, nous proposons d’étendre le domaine d’application de ces méthodes. Le point commun des sujets discutés est la tentative de dépasser le cadre standard «bases réduites» linéaires, qui ne traite que les cas où les variétés solutions ont une petite épaisseur de Kolmogorov. Nous verrons comment tronquer, translater, tourner, étirer, comprimer etc. puis recombiner les solutions, peut parfois permettre de contourner le problème qui se pose lorsque cette épaisseur de Kolmogorov n’est pas petite. Nous évoquerons aussi le besoin de méthodes de stabilisation sur-mesure pour le cadre réduit. / Model reduction methods provide a general framework for substantially reducing computational costs of numerical simulations. In this thesis, we propose to extend the scope of these methods. The common point of the topics discussed here is the attempt to go beyond the standard linear "reduced basis" framework, which only deals with cases where the solution manifold have a small Kolmogorov width. We shall see how truncate, translate, rotate, stretch, compress etc. and then recombine the solutions, can sometimes help to overcome the problem when this Kolmogorov width is not small. We will also discuss the need for tailor-made stabilisation methods for the reduced frame.

Le sujet de cette thèse est l’étude de l’encodage des références et de la concurrence dans la Logique Linéaire. Notre motivation est de montrer que la Logique Linéaire est capable d’encoder des effets de bords, et pourrait ainsi servir comme une cible de compilation pour des langages fonctionnels qui soit à la fois viable, formalisée et largement étudiée. La notion clé développée dans cette thèse est celle de zone de routage. C’est une famille de réseaux de preuve qui correspond à un fragment de la logique linéaire différentielle, et permet d’implémenter différentes primitives de communication. Nous les définissons et étudions leur théorie. Nous illustrons ensuite leur expressivité en traduisant un λ-calcul avec concurrence, références et réplication dans un fragment des réseaux différentiels. Pour ce faire, nous introduisons un langage semblable au λ-calcul concurrent d’Amadio, mais avec des substitutions explicites à la fois pour les variables et pour les références. Nous munissons ce langage d’un système de types et d’effets, et prouvons la normalisation forte des termes bien typés avec une technique qui combine la réductibilité et une nouvelle technique interactive. Ce langage nous permet de prouver un théorème de simulation, et un théorème d’adéquation pour la traduction proposée. / The topic of this thesis is the study of the encoding of references andconcurrency in Linear Logic. Our perspective is to demonstrate the capabilityof Linear Logic to encode side-effects to make it a viable, formalized and wellstudied compilation target for functional languages in the future. The keynotion we develop is that of routing areas: a family of proof nets whichcorrespond to a fragment of differential linear logic and which implementscommunication primitives. We develop routing areas as a parametrizable deviceand study their theory. We then illustrate their expressivity by translating aconcurrent λ-calculus featuring concurrency, references and replication to afragment of differential nets. To this purpose, we introduce a language akin toAmadio’s concurrent λ-calculus, but with explicit substitutions for bothvariables and references. We endow this language with a type and effect systemand we prove termination of well-typed terms by a mix of reducibility and anew interactive technique. This intermediate language allows us to prove asimulation and an adequacy theorem for the translation

La gestion des maladies infectieuses dans la faune sauvage se heurte à de nombreuses limites, et le développement de stratégies efficaces représente un défi de taille. Pour atteindre cet objectif, une compréhension fine des facteurs influençant la transmission et la persistance de l’infection est nécessaire. Parmi ces facteurs, l’hétérogénéité de transmission est une caractéristique importante des populations sauvages. En effet, la diversité des comportements, des structures sociales et spatiales, ou encore des espèces peut conduire à des contributions très variables au nombre de nouvelles infections. Par conséquent, quantifier l’hétérogénéité de transmission pourrait permettre d’améliorer l’efficacité des mesures de gestion sanitaire dans la faune sauvage, en ciblant les individus ou les unités de population qui sont responsables de la majorité des évènements de transmission. L’objectif de cette thèse était d’améliorer les connaissances sur la gestion des maladies infectieuses dans des populations sauvages hétérogènes, en utilisant la brucellose à Brucella melitensis dans une population de bouquetin des Alpes (Capra ibex) comme modèle d’étude. En effet, la biologie de la brucellose et l’écologie de l’espèce hôte se prêtent bien à l’existence et donc à l’étude d’une hétérogénéité de transmission à différentes échelles. A l’aide de cultures bactériennes, nous avons tout d’abord montré que seulement 58 % des individus séropositifs sont à risque d’excréter la brucellose, et que ce risque diminue avec l’âge. Ensuite, mettant à profit l’existence d’informations détaillées sur la dynamique de population et le comportement du bouquetin, et de données épidémiologiques dans la population d’étude, nous avons développé un modèle individu-centré afin de quantifier l’hétérogénéité individuelle et spatiale de la transmission. Nous avons démontré que la transmission de la brucellose était hétérogène entre individus, les femelles provoquant environ 90% des nouvelles infections, et entre unités spatiales, plus de 80% des cas de transmission ayant lieu dans les trois sous-unités socio-spatiales qui forment la zone cœur du massif. Nous avons également estimé l’évolution temporelle de la séroprévalence et de la force d’infection, en utilisant différents modèles statistiques. Les résultats suggèrent que l’importante opération de capture menée en 2015, avec test systématique et élimination des individus séropositifs, a permis de diminuer la transmission de la brucellose dans la population. Sur la base de l’ensemble de ces résultats, nous avons évalués une série de stratégies de gestion sanitaire qui pourraient être utilisées à l’avenir dans la population. Les résultats, issus du modèle individu-centré, confirment que la stratégie prioritaire devrait être d’éliminer le plus d’individus séropositifs, et que cibler les femelles et/ou la zone cœur permet d’améliorer l’efficacité des mesures. Bien qu’il n’y ait pas de solution évidente pour la gestion de la brucellose dans notre cas d’étude, les stratégies de gestion ciblées sont très prometteuses et permettent de raffiner les mesures sanitaires classiquement utilisées. Il est donc primordial de bien comprendre l’hétérogénéité de transmission dans les populations sauvages infectées, et de rechercher des stratégies ciblées qui peuvent permettre d’améliorer la gestion en termes d’efficacité et d’acceptabilité / The management of infectious diseases in wildlife reservoirs is particularly challenging and faces several limitations. The development of appropriate management strategies requires a detailed understanding of the factors affecting the transmission and persistence of the infectious agent in the population. Among these factors, heterogeneity of transmission is a common characteristic in natural host-pathogen systems. Indeed, wild animals express a broad range of behaviours, are organised in a variety of social and spatial structures, occupy many areas with very different characteristics and belong to a large diversity of species. Such heterogeneities, from between-individuals to between-species, may result in different contributions to the overall number of new cases of infections. Thus, understanding transmission heterogeneity could provide valuable insights on how to effectively manage these systems, by targeting the individuals or areas that are responsible for most transmissions. The aim of this thesis was to provide insights on the monitoring and management of infectious diseases in heterogeneous wild populations, using Brucella melitensis infection in a French population of wild Alpine ibex (Capra ibex) as a case study. The biology of brucellosis and the ecology of Alpine ibex makes this case study a good candidate for transmission heterogeneity at several levels. Using bacterial examinations, we first established that only 58% of seropositive individuals were at risk to excrete Brucella, and that this risk decreased with increasing age. Then, we took advantage of detailed information available on ibex population dynamics, behaviour, and habitat use, and on epidemiological surveys, to build an individual-based model in order to quantify heterogeneity at the individual and spatial levels. The transmission is extremely heterogeneous between individuals, with females generating around 90% of the new cases of brucellosis infection, and between spatial units, three of the five socio-spatial units (the core area) accounting for more than 80% of brucellosis transmission. Using statistical models to estimate the temporal dynamics of the seroprevalence and of the force of infection in the population, we found evidence that the massive captures with test-and-remove operations that were conducted in 2015 managed to reduce brucellosis transmission in the population. Based on these results, we evaluated several predictive disease management strategies in the individual-based model. Our results confirmed that the primary strategy should be to remove as many seropositive individuals as possible, and that strategies targeting females and/or the core area are more effective than untargeted management. Although there is no silver bullet for the management of brucellosis in the population of study, targeted strategies offer a wide range of promising refinements to classical sanitary measures. We therefore encourage to look for heterogeneity in other infection-wildlife systems and to evaluate potential targeted strategies for improving management schemes in terms of efficiency and acceptability