Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-05T17:35:36Z No. of bitstreams: 2 Moçambique, Pedro Antonio - 2010.pdf: 1847856 bytes, checksum: 913aad73e5dbc897fff5c2698ba75f38 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-05T17:35:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Moçambique, Pedro Antonio - 2010.pdf: 1847856 bytes, checksum: 913aad73e5dbc897fff5c2698ba75f38 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2010-08-31 / Common beans (Phaseolus vulgaris L.) are widely cropped in Brazil, the largest world consumer. P. Vulgaris species is an important source of proteins in the human diet in developing countries in tropical and sub tropical regions, especially in the Americas and West Africa. To know the genetic diversity among commercial and Creole cultivars is very useful to breeders because it allows an adequate organization of the genetic resources and a better exploitation of the available genetic diversity. The objective of this work was to identify the genetic diversity among and into Carioca type common bean accesses stored in the Active Germplasm Bank at Embrapa Arroz e Feijão. The experimental design was a completely randomized bloc with three replicates and carried out at the same institution in the municipality of Santo Antônio de Goiás with the following geographical coordinates: 16.30´S; 49.17´W at 814 m altitude. The evaluation was performed based on fifteen morphoagronomic qualitative descriptors and fifteen quantitative descriptors as well. Nine out of fifteen descriptors were uniform in all accesses. The quantitative descriptors were analyzed using canonical variate analysis; the agglomerative clustering method of Ward, and the univariate variance analysis associated with the Tukey test to evaluate the effect of clustering on the variables and to compare the means of the groups among them. Through the canonical variate analysis it was possible to discard three variables with little contribution to the total phonotypical variability among the accesses. Taking in account the twelve variables left, it was necessary to consider the first five canonical variables to explain 68% of the total variance. Even though the dispersion plot of the accesses related to the two first canonical variables (57%) evidenced phonotypical variability in the accesses studied. Variables flowering days, number of locules per pods and pod beak length were considered the most discriminatory. Accesses CF870015 and CF 830128 were identified as the most diverging between themselves. Through cluster analysis, using the fifteen quantitative descriptors, six similar groups were established. Observing the average of the phenotypic characteristics of each group and the dispersion of the accessions, it was observed concordance between the canonical variate analysis and clustering. Based on the analysis of variance of the quantitative descriptors, the variables leaf width, number of pods per plant, pod beak length and number of locules per pods indicate non significant difference, while the other variables presented highly significant differences at the 5% level. / O feijão (Phaseolus vulgaris L.) é uma cultura amplamente difundida no Brasil, que é o maior produtor e consumidor mundial. A espécie P.vulgaris representa uma importante fonte protéica na dieta humana dos países em desenvolvimento das regiões tropicais e subtropicais, particularmente nas Américas e no leste e sul da África. O conhecimento da diversidade genética entre as cultivares comerciais e crioulas é útil aos melhoristas, por permitir melhor organização dos recursos genéticos e maior aproveitamento da diversidade genética disponível. O objetivo deste trabalho foi identificar a existência de diversidade entre e dentro dos acessos de feijão comum de tipo grão Carioca armazenados no Banco Ativo de Germoplasma da Embrapa Arroz e Feijão. O delineamento experimental foi em blocos ao acaso com três repetições, e foi realizado na área experimental da Embrapa Arroz e Feijão, localizada no município de Santo António de Goiás, com coordenadas geográficas 16,30´S, 49,17´W e 814 m. Os acessos foram avaliados com base em quinze descritores morfoagronômicos qualitativos e quinze quantitativos. Em nove, dos quinze descritores qualitativos foram uniformes em todos os acessos. Os descritores quantitativos foram analisados utilizando-se a análise de variáveis canônicas; o método de agrupamento aglomerativo de Ward; e a análise de variância univariada, associada ao teste de Tukey, para avaliar os efeitos dos grupos sobre as variáveis e comparar as médias dos grupos entre si. Pela análise de variáveis canônicas, foi possível descartar três variáveis que pouco contribuíram para a variabilidade fenotípica total entre os acessos. Considerando-se as doze variáveis restantes, foram necessários as três primeiras variáveis canônicas para explicar 68% da variância total. Mesmo assim, o gráfico de dispersão dos acessos em relação as duas primeiras variáveis canônicas (57%) evidenciou variabilidade fenotípica existente nos acessos. As variáveis dias de floração, número de lóculos por vagem e comprimento do dente apical, foram consideradas como os mais discriminantes. Os acessos CF870015 e CF830128 foram identificados como os mais divergentes entre si. Pela análise de agrupamento, utilizando-se os quinze descritores quantitativos, foram estabelecidos seis grupos de similaridade. Observando-se as médias das características fenotípicas de cada grupo, e a dispersão dos acessos, verificou-se concordância entre as análises de variáveis canônicas e de agrupamento. Pela análise de variância dos descritores quantitativos, os variáveis largura foliar, número de vagens por planta, largura da vagem, comprimento do dente apical, e número de lóculos por vagem, indicaram diferença não significativa, enquanto que as outras variáveis apresentaram diferença altamente significativa ao nível de significância 5%.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-05T17:48:20Z No. of bitstreams: 2 Chaves, Sivany Rodrigues - 2005.pdf: 4355157 bytes, checksum: b939ddc1c468c5979f9e561e5ea8bd22 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-05T17:48:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Chaves, Sivany Rodrigues - 2005.pdf: 4355157 bytes, checksum: b939ddc1c468c5979f9e561e5ea8bd22 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2005-08-25 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The species Caryocar brasiliense Camb. (pequizeiro) is a common tree fruitful in the Brazilian savannah (Cerrado) with great economic and social potential. The objective of this study goals the increase of information for an efficient breeding program for specie domestication and conservation. Eleven natural populations of “pequizeiro”, 30 individuals each, was sampled on five different regions of Goiás state. The genetics structure of these natural populations was analyzed based on variability at eight microsatellite loci in about 330 individuals. The number of alleles per locus it varied of 22 to 32 (mean = 28). The waited and observed heterozigosity varied of 0,843 to 0,920 and 0,546 to 0,758, respectively. Measures of genetic differentiation indicated significant differences between most populations (FST = 0,064 and RST = 0,439). RST values among samples were high and much higher than FST indicating a divergence between the model that consider alleles to be identical by descent, and the model of identity by state in these populations. Estimated number of migrants was high, Nm = 3,63 (mean), and the existence of private alleles indicated reduced gene flow and a consequently possible damage to the metapopulations structure. Significant correlation was not found between geographical distance and measure of genetic divergence, suggesting the intense gene flow in the past that joined the populations that are separated today. / O pequizeiro (Caryocar brasiliense Camb) é uma espécie frutífera do Cerrado brasileiro que possui grande potencial econômico e social. Este estudo visa o acúmulo de informações para um programa eficiente de domesticação da espécie e sua conservação. Onze populações naturais de pequizeiro, contendo 30 indivíduos cada, foram amostradas em cinco regiões diferentes do Estado de Goiás. A estrutura genética dessas populações foram avaliadas utilizando a variação de oito locos microssatélites, em cerca de 330 indivíduos. O número de alelos por loco variou de 22 a 32 (media de 28). As heterozigosidades esperada e observada variaram de 0,843 a 0,920 e de 0,546 a 0,758, respectivamente. Medidas da diferenciação genética indicaram diferenças significativas entre as populações (FST = 0,064 e RST = 0,439). Os valores de RST entre as amostras foram altos e muito maiores que FST indicando uma divergência entre o modelo que considera os alelos serem idênticos por descendência e o modelo de identidade por estado nestas populações. O número estimado de migrantes foi elevado, Nm = 3,63 na média. Não foi encontrada correlação significativa entre as distâncias geográficas e as medidas de diversidade genética, sugerindo que provavelmente ocorreu um intenso fluxo no passado unindo as populações hoje separadas.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:03:20Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T12:43:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T12:43:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_BiologiaMolecularAplicada.pdf: 8918060 bytes, checksum: d929a519e6a827337140388ee9beb358 (MD5) Previous issue date: 2016-09-02 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A hanseníase é causada pelo Mycobacterium leprae e os indivíduos acometidos pela hanseníase podem ser classificados, em Paucibacilares e Multibacilares. Alternativamente, segundo Ridley-Jopling (1966), com base em critérios clínicos e imuno-hitológicos em outros dois pólos: (i) o pólo Tuberculóide (TT); e (ii) pólo Lepromatoso (LL), e seus intermediários. Independente de sua classificação, este espectro parecer ser inflluenciado por moléculas moduladoras da resposta imune, como os genes que codificam estes mediadores, e por um grupo de pequenos RNAs (microRNAs) que são responsáveis pela regulação destes genes, portanto essas investigações podem adensar o conhecimento sobre o mecanismo de resposta ao processo infecsioso, assim como possibilitar a identificação de novos biomarcadores no auxilio ao diagnóstico da hanseníase. O objetivo foi investigar oito polimorfismos do tipo INDEL nos genes CYP19A1, NFKβ1, IL1α, CASP8, UGT1A1, PAR1, CYP2E1, e IL4, para identificar possíveis marcadores de susceptibilidade e a influência da ancestria genética neste risco, além disso foi realizado o primeiro miRnoma da hanseníase por sequenciamento massivo em plataforma de alto desempenho, afim de elucidar o perfil epigenético presente na hanseníase. Nosso estudo revelou que os genes NFΚβ1, CASP8, PAR1 e IL4, são potenciais marcadores de susceptibilidade para a hanseníase, enquanto que NFΚβ1, CASP8, PAR1 e CYP19A1 são potenciais marcadores da forma clínica multibacilar. Adicionalmente, a análise da ancestralidade genômica mostrou que a contribuição Européia elevou o risco ao desenvolvimento da doença, enquanto a contribuição Africana aumentou proteção. No que diz respeito a análise diferencial do perfil de expressão dos microRNAs de pacientes com hanseníase, por meio da análise de biopsias de pele, revelaram-se 67 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 43 apresentavam um padrão de expressão downregulated e 24 upregulated. Quando analisamos amostras de sangue desses mesmos pacientes, observaram-se 10 miRNAs diferencialmente expressos, dos quais 9 com padrão de expressão downregulated e 1 upregulated. Os alvos pesquisados, em análise in silico, a partir desses resultados sugeriu os genes (IL1β, IL6, IL8, IL12, TLR2, TLR4, IL17RB, IFNGR1, TGFBR1, NFκβ, família SMAD, STAT3, CASP8, CYP19A1, BCL-2, entre outros) como envolvidos na patologia da hanseníase. Por fim, monstrou-se pela primeira vez o perfil de microRNAs em genome wide da Hanseníase. / Leprosy is caused by Mycobacterium leprae and patients can be grouped in Paucibacillary and Multibacillary. Alternatively, according by Ridley-Jopling (1966), using immune-hystogical criteria, grouped in two distinct pole: (i) Tuberculóide (TT); and (ii) lepromatous (LL), and your intermediaries. Independently these classification, the disease can be affected by molecules that modulates immune response, like genes that encode these molecules, and by small RNA (micro-RNA), wich regulated these genes, thus these study can improve the knowledge about the mechanism of response to infectious process, as well as enable the identification of new possibles biomarkers to assist diagnosis in leprosy. The objective of this study was to investigate eight INDEL polymorphisms on genes CYP19A1, NFKβ1, IL1α, CASP8, UGT1A1, PAR1, CYP2E1, and IL4, to identify possible susceptibility markers of leprosy and evaluate the influence of genetic ancestry on disease risk. Besides was performed the first genome wide miRNA profiling of Leprosy by next generation sequencing (NGS), assessing and describing the expression standard in leprosy. Our study shows that the NFKβ1, CASP8, PAR1, IL4 and CYP19A1 genes are possible markers for the susceptibility to development of leprosy and the severe clinical form MB. Moreover, after correcting for population structure within an admixture population, the results show that different levels of ethnic group composition can generate different OR rates for leprosy susceptibility. The differential expression profile from tissue samples reveal 67 miRNAs differentially expression, with 43 down and 24 upregulated and from blood sample were found a total of 10 miRNAs differentially expression with 9 down and one upregulated. Moreover was performed in silico target analysis and detect the genes (IL1β, IL6, IL8, IL12, TLR2, TLR4, IL17RB, IFNGR1, TGFBR1, NFκβ, família SMAD, STAT3, CASP8, CYP19A1, BCL-2, in others) involved on pathological of leprosy. Lastly, was showed for the first time the genome wide microRNA of leprosy.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-08-30T12:02:02Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-30T13:18:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_EvolucaoCromossomicaMapeamento.pdf: 2625467 bytes, checksum: f85c5768d02c1376257b4df8a411043a (MD5) Previous issue date: 2016-07-11 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os morcegos representam um grupo amplamente distribuído e diversificado. A variedade de hábitos alimentares faz da ordem Chiroptera uma das mais bem-sucedidas entre os mamíferos. A família Phyllostomidae constitui a terceira maior família em número de espécies dentro da Ordem Chiroptera. Entre as representantes neotropicais é a mais numerosa, sendo encontrada em florestas tropicais da América do Sul, particularmente, concentrada na Amazônia que é a região com maior diversidade de morcegos do mundo. No presente trabalho foram analisados por citogenética clássica e molecular oito espécies representantes de seis gêneros da subfamília Phyllostominae: Phylloderma stenops (2n=32 NF=58), Lophostoma brasiliense (2n=30, NF=56), L. carrikeri (2n=26, NF=46), L. schulzi (2n=28, NF=36) (Tribo Phyllostomini), Trachops cirrhosus (2n=30 NF=56) e Macrophyllum macrophyllum (2n=34 NF=62) (tribo Macrophyllini) e Chrotopterus auritus (2n=28 NF=52) e Vampyrum spectrum (2n=30 NF=56) (tribo Vampyrini). Utilizando técnicas de bandeamentos cromossômicos e hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas de DNA ribossomal 18S e 45S, sequências teloméricas e sondas cromossomo totais. Descrevemos um novo citótipo para M.macrophylum (2n=34 NF=62) e L. schulzi (2n=26, NF=36). Phyllostominae, que constitui um clado diversificado, com relações filogenéticas não resolvidas. Utilizamos pintura cromossômica utilizando sondas cromossomo totais de Phyllostomus hastatus e Carollia brevicauda para investigar a evolução cariotípica intergenérica na subfamília e construir uma filogenia de caracteres cromossômicos. A análise comparativa entre elas sugere um extenso grau de diferenciação cromossômica, com poucos cromossomos compartilhados entre os seis gêneros. Nossos resultados de pintura cromossômica mostram grande reorganização cromossômica entre os gêneros, em particular para o gênero Lophostoma que é caracterizado por grande número de rearranjos difericiando o cariótipo das espéceis que o compõe, demostrando que rearranjos não-Robertsonianos foram responsáveis pela evolução cromossômica desses genomas quando comparados a condição ancestral.

Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-09-20T18:32:08Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: on 2017-10-10T17:00:12Z (GMT) / Submitted by Hellen Luz (hellencrisluz@gmail.com) on 2017-10-17T18:12:17Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-11-23T17:24:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-23T17:24:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnaliseCitogeneticaMorcegos.pdf: 2267189 bytes, checksum: 170b09d0e099f5761f466fa972ff382f (MD5) Previous issue date: 2011-04-29 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / Pela primeira vez foram estudadas citogeneticamente morcegos da família Emballonuridae provenientes da Amazônia brasileira. As espécies estudadas foram Cormura brevirostris-CBR (2n=22; NF=40), Rhynchonycteris naso-RNA (2n=22 e NF=36), Saccopteryx canescens-SCA (2n=24 e FN=38) e Saccopteryx leptura-SLE (2n=28 e NF=38), caracterizadas por bandeamento G, C, NOR e por Hibridização in situ fluorescente (FISH). Em CBR os cariótipos encontrados apresentaram os mesmos números diplóide e fundamental já descritos na literatura. FISH com sondas de DNA ribossomal e impregnação com nitrato de prata revelaram dois sítios de NOR e hibridizações com sondas teloméricas evidenciaram marcações nos centrômeros de todos os cromossomos, exceto o Y. Através de estudos meióticos, bandeamentos cromossômicos e FISH utilizando sondas totais do cromossomo X de Phyllostomus hastatus (Chiroptera, Phyllostomidae) sugerimos que o par sexual dessa espécie é diferente daquele descrito na literatura. Células em diplóteno-diacinese apresentaram uma conformação em anel envolvendo quatro pares de cromossomos, sugerindo a ocorrência de múltiplas translocações recíprocas envolvendo esses cromossomos, fato esse raro em vertebrados e inédito em mamíferos eutérios. A análise de RNA, SCA e SLE indicam que os cariótipos de Emballonuridae são conservados mesmo comparando espécimes afastados geograficamente, mas a análise do bandeamento C indica que podem ocorrer variações intraespecíficas a nível de heterocromatina constitutiva. Pela primeira vez as regiões organizadoras de nucléolos foram descritas revelando marcações em um par de cromossomos em cada espécie analisada. A FISH com sondas de DNA Ribossomal 18S coincidiram com as marcações da prata. FISH com sondas teloméricas humanas revelaram marcações distais em todos os cromossomos. Esses trabalhos são importantes para compreender a biodiversidade de morcegos da região amazônica, bem como a compreensão da evolução cromossômica de Chiroptera. / This is the first description of the karyotypes of bats of the family Emballonuridae from the Brazilian Amazon region. The species studied were Cormura brevirostris-CBR (2n=22; NF=40), Rhynchonycteris naso-RNA (2n=22 and NF=36), Saccopteryx canescens-SCA (2n=24 and FN=38) and Saccopteryx leptura-SLE (2n=28 and NF=38), characterized by G-, C-banding, NOR-staining and Fluorescent In Situ Hybridization (FISH). In CBR the karyotypes found had the same diploid number and fundamental number than in literature. FISH with ribosomal DNA probes and Ag-NOR staining showed two NOR places. Hybridization with telomeric probes showed that the sequences were found in the centromeres of all chromosomes but the Y. Using meiotic studies, chromosome banding and FISH with a whole X chromosome probe from Phyllostomus hastatus (Chiroptera, Phyllostomidae) we suggest that the sex chromosome pair of this species is not the one described in the literature. Cells in diploid and diakinesis had a ring conformation with four chromosome pairs, what suggests multiple reciprocal translocations among these chromosomes, a very rare situation in vertebrates and never found in eutherian mammals. The analyses of RNA, SCA and SLE shows that the karyotypes of Emballonuridae are very conservative even when compared with samples collected geographically very far, but the C-banding analyses shows that it can happen intraspecific variations in the constitutive heterochromatin. For the first time the Nucleolar Organizer Regions were described, showing a stained pair of chromosomes on each analyzed species. The FISH with 18S rDNA probes agrees with the Ag-NOR staining. FISH with human telomeric probes showed hybridizations in the distal portion of all chromosomes. These works are Important to understand the biodiversity of bats from the Amazon region, as well as the comprehension of the chromosomal evolution of Chiroptera.

Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-04T00:07:37Z No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-04T00:07:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao.RGV.2015.1.pdf: 1835460 bytes, checksum: 8d5b6650247801f1f7f07285b2eedfe0 (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / Searches related to evaluation and selection of native forages can contribute to improvement in feeding cattle in the Brazilian semiarid region, highlighting the Stylosanthes gender as an important source of forage species with great potential. This study aimed to perform morphoagronomic and cytogenetics Stylosanthes accessions, to contribute to studies that promote the inclusion of this legume in animal feed, seeking to characterize and select superior genotypes, and also select important in the characterization of germplasm of the species. To characterize morphoagronomic were evaluated 19 descriptors and of these, four were immediately discarded for not having variability among accessions, with the statistical analysis performed in the remaining 15 descriptors. The data were submitted to univariate and multivariate analyzes. Analysis of variance was performed only in quantitative descriptors NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS and CP, as to the qualitative descriptors CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF and FF, descriptive analysis was performed. For cytogenetic characterization were obtained root tips used seed access Stylosantes 17, following the method described by War and Souza (2002). Scott and Knott test was performed for the grouping of averages, the descriptors were significant at (p ? 0.01) which allowed the formation of two groups, multivariate analysis was also performed by calculating the Mahalanobis distance using the method original Tocher, there is the formation of two groups. Group 1 consisted of 42 accesses and the group 2 only through access CPAC 4955. We observed the formation of four groups where the dendrogram also be noted that only the access CPAC 4955 did not group with any other access. This access, for long leaves that too, very thick stem and lack of body hair on the sheets. The descriptors evaluated by Singh test is observed that the main contributors to the diversity of genotypes were CP (11,64%) and NRP (10,98%) followed by HC (8,62%) and FF (8, 44%). By cytogenetic analysis were observed hits with 2n = 20 and 2n = 40 chromosomes, allowing differentiation of species S. scabra of S. seabrana with interphase nucleus of semirreticulado type, symmetrical karyotype with chromosome morphology ranging from the metacentric submetac?ntrica and size Average chromosomal around 2,5 microns. Differences were observed in the average length of the chromosomes and the total length of the genome. The analysis with double staining CMA3/DAPI enabled visualization of four CMA+ blocks, two CMA + blocks in subterminal region of the short arm of a chromosome pair submetacentric, and two blocks located in the proximal region of another metacentric pair in S. scabra, and still two blocks in the subterminal region of a metacentric pair in S. seabrana access. It was also possible to visualize DAPI and CMA+ bands in access CPAC 1261 and CPAC 5205. The accessions in this study were, in general, plants with semiereto growth habit, leaves with dark green color and hairiness, stem mostly quite branched. The differential staining of chromosomes, together with other cytogenetic markers, assists in characterizing germplasm collections access Stylosanthes spp. It was observed that there is genetic variability among the accessions studied the collection of Stylosanthes Embrapa Semi-Arid. / Pesquisas relacionadas a avalia??o e sele??o de forrageiras nativas podem contribuir para melhoria na alimenta??o dos rebanhos do Semi?rido brasileiro, destacando-se o g?nero Stylosanthes como uma importante fonte de esp?cies com grande potencial forrageiro. O presente trabalho teve por objetivo realizar caracteriza??o morfoagron?mica e citogen?tica de acessos de Stylosanthes, visando contribuir com estudos que promovam a inser??o desta leguminosa na alimenta??o animal, buscando caracterizar e selecionar gen?tipos superiores, e tamb?m selecionar descritores de import?ncia na caracteriza??o de germoplasma da esp?cie. Para caracteriza??o morfoagron?mica, foram avaliados 19 descritores e destes, quatro foram descartados imediatamente por n?o apresentarem variabilidade entre os acessos, sendo a an?lise estat?stica realizada nos 15 descritores restantes.Os dados foram submetidos ? an?lisesunivariadas e multivariadas. Foi realizada a an?lise de vari?ncia apenas nos descritores quantitativos NRP, CHP, Lfo, Cfo, ECAA, ECAS e CP, j? para os descritores qualitativos CC, AC, PC, HC, CF, AF, PF e FF, foi realizada analise descritiva. Para a caracteriza??o citogen?tica foram utilizadas pontas de ra?zes obtidas de sementes de 17 acessos de Stylosanthes, seguindo a metodologia descrita por Guerra e Souza (2002). O teste de Scott e Knott foi realizado para o agrupamento de m?dias, os descritores foram significativos a (p ? 0,01) o que possibilitou a forma??o de dois grupos, tamb?m foi realizada analise multivariadas pelo c?lculo da dist?ncia de Mahalanobis,utilizando o m?todo de Tocheroriginal,observa-se a forma??o de dois grupos.O grupo 1foi formado por 42 acessos e o grupo 2 apenas pelo acesso CPAC 4955. Observou-se a forma??o de quatro grupos onde no dendogramaobservar-se tamb?m que apenas o acesso CPAC 4955n?o agrupou com nenhum outro acesso.Este acesso apresentou folhas mais compridas que os demais, caule muito espesso e falta de pilosidade nas folhas. Dos descritores avaliados pelo teste de Singh observa-se que os que mais contribu?ram para a diversidade dos gen?tipos foram CP (11,64%) e NRP (10,98%) seguidos por HC (8,62%) e FF (8,44%). Atrav?s da an?lise citogen?tica observaram-se acessos com 2n=20 e 2n=40 cromossomos, permitindo a diferencia??o das esp?cies S. scabra da S. seabrana, com n?cleo interf?sico do tipo semirreticulado, cari?tipo sim?trico com morfologia cromoss?mica variando de metac?ntrica a submetac?ntrica e tamanho cromoss?mico m?dio em torno de 2,5 ?m.Foram observadas diferen?as no comprimento m?dio dos cromossomos e no comprimento total do genoma. A an?lise com dupla colora??o CMA3/DAPI permitiu a visualiza??o de quatro blocos CMA+, sendo dois blocos CMA+ localizados na regi?o subterminal do bra?o curto de um par cromoss?mico submetac?ntrico, e dois blocos localizados na regi?o proximal de outro par metac?ntrico em S. scabra, e ainda dois blocos na regi?o subterminal de um par metac?ntrico nos acessos de S. seabrana.Tamb?m foi poss?vel a visualiza??o de bandas DAPI+ e CMA- nos acessos CPAC 1261 e CPAC 5205.Os acessos avaliados neste estudo apresentaram,em geral,plantas com h?bito de crescimento semiereto, folhas com colora??o verde escura e com pilosidade, caule em sua maioria bastante ramificado. A colora??o diferencial de cromossomos, associados a outros marcadores citogen?ticos, auxilia na caracteriza??o de acessos de cole??es de germoplasma de Stylosanthes spp.Observou-se que h? variabilidade gen?tica entre os acessos estudados da cole??o de Stylosanthes da Embrapa Semi?rido.

Submitted by Verena Bastos (verena@uefs.br) on 2015-08-06T14:15:43Z No. of bitstreams: 1 Disserta??o Camila Gonzaga de Jesus.pdf: 1491997 bytes, checksum: 7a4237d1223b1f93947c5ada8a9defc1 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-06T14:15:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Disserta??o Camila Gonzaga de Jesus.pdf: 1491997 bytes, checksum: 7a4237d1223b1f93947c5ada8a9defc1 (MD5) Previous issue date: 2013-04-25 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior - CAPES / This study aimed to characterize the structure of plant communities, the impact caused by human action in these species and identify areas in which the fund pasture medicinal plants used by the people, through forms previously prepared and subsequent collection of plants cited in two Communities Fundo de Pasto in Village of S?o Bento and Patamut?, Cura??-Bahia. To phytosociological analysis method was used to point quadrant in 10 transects of 200 m with points spaced 20 to 20 m. We sampled all individuals shrubs and trees that had greater than 1.30 m height and diameter at ground height greater than or equal to 0.3 cm. The analysis was performed using the program Fitpoac1. We carried out a comparative analysis of floristic similarity and evaluation of the diameter distribution was calculated where the quotient ?q? to verify that the study area is balanced. The interviews were conducted in a semi-structured, for location and collection of plants was performed non-probability sampling intentional, which can be used to describe phenomena, data and generate hypotheses, using the technique ?snowball?. The analysis revealed a set phytosociological floristic represented by 11 families, 24 genera and 28 species. In S?o BentoSt. Benedict (SB) were recorded 07 families and 16 species. In Patamut? (PT) enrolled 10 families and 22 species. The Shannon diversity index was 1.62 and 2.1 in SB PT. The most abundant species common to both fragments of study is Poincianella laxiflora (Tul.) L. P. Queiroz. Cluster analysis showed that the factor of geographical proximity and human action defined the separation of the three groups formed the similarity dendrogram. For the identification of the species as medicinal interviewed 25 people, 14 men and 11 women. The Community of S?o Bento were interviewed 12 people, aged between 30 and 87 years, with 50% of respondents had more than 60 years, the Community of Patamut? 13 people were interviewed between 35 and 96 years. Informants identified uses for 38 species and 25 SB in PT, belonging to 15 plant families. The maximum use values obtained were 1.33 and 0.77 Myracrodruon. urundeuva Allem?o (aroeira) in SB, Libidibia ferrea (Mart. Ex Tul.) LP Queiroz (pau-ferro) in PT. Both species have medicinal use for inflammatory conditions. The use value average 0.38 and 0.23 in Sb and PT respectively. Regarding the frequency of citation of the use of the species in the SB Aroeira was the species most frequently mentioned by informants. In PT the ironwood was the most cited (13%). Regarding the various uses mentioned by informants communities study, treatments of conditions such as abdominal pain, flu, inflammation, kidney pain and healing were the most frequent. The study area has not provided a reason absolutely balanced, having mortality rates and growth variables, confirming the result of the strong anthropic generated by communities of bottom grazing. The results demonstrate that traditional knowledge of communities of bottom grazing areas studied might contribute significantly to the bioprospecting research to be conducted with plants of the caatinga serving as the basis for future pharmacological research and that species of lesser importance value, (Spondias tuberosa Arruda, Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan, Ziziphus joazeiro Mart., Myracrodruon urundeuva, Schinopsis brasiliensis Engl., Commiphora leptophloeos (Mart.) J.B.Gillett, Pseudobombax simplicifolium A. Robyns, Aspidosperma pyrifolium Mart., Jatropha multabilis (Pohl) Baill., Melochia tomentosa L., Sideroxylon obtusifolium (Roem. & Schult) e Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir.) should be used for seedling production and recovery of bottom grazing areas studied. / O presente trabalho objetivou caracterizar a estrutura das comunidades vegetais, avaliando o impacto causado pela a??o antr?pica sob essas esp?cies identificando em ?reas de fundo de pasto quais as plantas medicinais utilizadas pela popula??o em duas Comunidades de Fundo de Pasto no Povoado de S?o Bento e Patamut?, Cura??-Bahia. Para an?lise fitossociol?gica foi utilizado o m?todo do ponto quadrante em 10 transectos de 200 m com pontos espa?ados de 20 em 20 m. Foram amostrados todos os indiv?duos arbustivos e arb?reos que apresentaram altura superior a 1,30m e di?metro ? altura do solo maior ou igual a 0,3cm. A an?lise foi realizada atrav?s do programa Fitopac1. Realizou-se a an?lise comparativa por similaridade flor?stica e a avalia??o da distribui??o diam?trica onde se calculou o quociente ?q?, para verificar se a ?rea de estudo estava balanceada. As entrevistas foram realizadas de forma semiestruturadas. Para localiza??o e coleta das plantas foi realizada a amostragem intencional n?o-probabil?stica, com uso da t?cnica ?bola de neve?. A an?lise fitossociol?gica revelou um conjunto flor?stico representado por 11 fam?lias, 24 g?neros e 28 esp?cies. Em S?o Bento (SB) foram registradas 07 fam?lias e 16 esp?cies. Em Patamut? (PT) registrou-se 10 fam?lias e 22 esp?cies. O ?ndice de diversidade de Shannon foi de 1,62 nats/ind em SB e 2,1 nats/ind em PT. A esp?cie mais abundante comum aos dois fragmentos de estudo ? Poincianella laxiflora (Tul.) L. P. Queiroz (catingueira). A an?lise de agrupamento mostrou que o fator proximidade geogr?fica e a??o antr?pica definiu a separa??o dos tr?s grupos formados no dendrograma de similaridade. Para a identifica??o das esp?cies como medicinais foram entrevistadas 25 pessoas, sendo14 homens e 11 mulheres. Na Comunidade de S?o Bento foram entrevistadas 12 pessoas com idade entre 30 e 87 anos, sendo que 50% dos entrevistados possu?am mais de 60 anos, na Comunidade de Patamut? foram entrevistadas 13 pessoas entre 35 e 96 anos. Os informantes identificaram usos para 38 esp?cies em SB e 25 em PT, pertencentes a 15 fam?lias bot?nicas. Os valores de uso m?ximos para a Myracrodruon urundeuva Allem?o (aroeira) em SB foi 1,33 e para a Libidibia ferrea (Mart. Ex Tul.) L.P. Queiroz (pau-ferro) em PT foi de 0,77. Ambas as esp?cies possui utiliza??o medicinal para problemas inflamat?rios. O valor de uso m?dio 0,38 e 0,23 em Sb e PT respectivamente. Em rela??o ? frequ?ncia de cita??o do uso das esp?cies, em SB a aroeira foi a esp?cie mais citada pelos informantes (9%). Em PT o pau-ferro foi o mais citado (13%). Em rela??o aos diversos usos citados pelos informantes das comunidades de estudo, os tratamentos de afec??es como dor de barriga, gripe, inflama??o, dor nos rins e cicatrizante foram os mais frequentes. A ?rea estudada n?o apresentou uma raz?o absolutamente balanceada, possuindo taxas de mortalidade e crescimento vari?veis, comprovando a forte conseq??ncia da a??o antr?pica gerada pelas comunidades de fundo de pasto. Os resultados demonstraram que o conhecimento tradicional das comunidades de ?reas de fundo de pasto estudadas pode vir a contribuir com as pesquisas de bioprospec??o a serem realizadas com plantas da caatinga servindo de base para futuras pesquisas farmacol?gicas e que as esp?cies de menor valor de import?ncia (Spondias tuberosa Arruda, Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan, Ziziphus joazeiro Mart., Myracrodruon urundeuva, Schinopsis brasiliensis Engl., Commiphora leptophloeos (Mart.) J.B.Gillett, Pseudobombax simplicifolium A. Robyns, Aspidosperma pyrifolium Mart., Jatropha multabilis (Pohl) Baill., Melochia tomentosa L., Sideroxylon obtusifolium (Roem. & Schult) e Mimosa tenuiflora (Willd.) Poir.) devem ser utilizadas para produ??o de mudas e recupera??o das ?reas de fundo de pasto estudadas.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-10-01T13:54:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Rejected by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br), reason: Tese de Neurociências para alterar on 2014-10-01T14:12:09Z (GMT) / Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-10-01T14:13:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-10-07T14:15:04Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-07T14:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_AplicacaoPinturaCromossomica.pdf: 7084687 bytes, checksum: 45760e0919b92bb5a78aa175d66fb9e7 (MD5) Previous issue date: 2013 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / As análises citogenéticas de diversos Falconiformes mostraram que os acipitrídeos têm uma organização cromossômica atípica na classe Aves, com um número diplóide relativamente baixo (média de 2n= 66) e poucos pares de microcromossomos (4 a 6 pares). Propostas baseadas em citogenética clássica sugeriram que esse fato devia-se à fusão de microcromossomos presentes no cariótipo ancestral das Aves. No intuito de contribuir para o esclarecimento das questões referentes à evolução cromossômica e filogenética dessa família, três espécies da subfamília Buteoninae (Rupornis magnirostris, Buteogallus meridionales e Asturina nitida) e duas espécies da subfamília Harpiinae (Harpia harpyja e Morphnus guianensis) foram analisados citogeneticamente através da aplicação de técnicas de citogenética clássica e molecular. As espécies de Buteoninae apresentaram cariótipos muito semelhantes, com número diplóide igual a 68; o número de cromossomos de dois braços entre 17 e 21, o cromossomo Z submetacêntrico e o W metacêntrico em R. magnirostris e submetacêntrico em Asturina nitida. O uso de sondas de 18/28S rDNA mostrou a localização de regiões organizadoras de nucléolo em um par submetacêntrico médio nas três espécies, correspondendo ao braço curto do par 7. Sequências teloméricas foram mapeadas não só na região terminal dos braços, mas também em algumas posições intersticiais. Sondas de cromossomo inteiro derivadas dos pares 1 a 10 de Gallus gallus (GGA) produziram o mesmo número de sinais nessas três espécies. A disponibilidade das sondas de cromossomos totais derivadas de Leucopternis albicollis confirmou a existência de uma assinatura citogenética comum para as espécies de Buteoninae analisadas por FISH, que se trata da associação entre GGA1p e GGA6, inclusive com um sítio de sequência telomérica intersticial reforçando esse fato. As espécies de Harpiinae analisadas mostraram que o número diplóide das espécies de H. harpyja e M. guianensis foi igual a 58 e 54, respectivamente, e que ambas as espécies apresentam vinte e dois pares de cromossomos de dois braços, mesmo Harpia apresentando dois pares a mais. 18/28S rDNA produziram sinais no braço curto do par 1 em M. guianensis e em dois pares em H. harpyja (pares 6 e 25). Sequências teloméricas intersticiais também foram observadas em alguns pares. Apesar da similaridade na morfologia cromossômica, não foram observadas associações compartilhadas por essas duas espécies. As diferentes associações observadas em Morphnus e Harpia mostram que essas espécies sofreram uma reorganização genômica expressiva após sua separação em linhagens independentes. Além disso, ausência de associações semelhantes sugere que houve fissões nos macrocromossomos do ancestral em comum desse grupo, e as fusões foram subsequentes ao seu isolamento como linhagens diferentes. Os resultados aqui apresentados, somados àqueles publicados anteriormente com outras espécies de Accipitridae indicam que os processos de fissões envolvendo os macrocromossomos de GGA e fusões entre esses segmentos e entre esses e microcromossomos são rearranjos recorrentes nesse grupo. Apesar dos Falconidae também apresentarem cariótipos atípicos, e números diploides baixos, os dados globais da citogenética de Accipitridae indicam que, assim como postulado para as semelhanças morfológicas entre esses dois grupos, os cariótipos rearranjados corresponderiam a homoplasias, do ponto de vista evolutivo, apoiando que essas duas famílias não formam um grupo monofilético. / Cytogenetic analyses of Falconiformes have showed that Accipitridae have atypical chromosomal organization among birds, with relatively low diploid numbers (mean of 2n=66) and a few pairs of microchromosomes (4 to 6 pairs). Proposals based on classical cytogenetics suggested that this fact was a result of fusions of microchromosomes found in the Avian putative ancestor karyotype. With the aim of contributing to clarify questions concerning chromosomal evolution and phylogenetics of this family, we analyzed three species of subfamily Buteoninae (Rupornis magnirostris, Buteogallus meridionales e Asturina nítida) and two of subfamily Harpiinae (Harpia harpyja e Morphnus guianensis) by means of classical and molecular cytogenetics. Buteoninae species showed karyotypes with diploid number 68 and FN varying from 100 to 102; the number of biarmed chromosomes varied between 17 and 21, Z chromosome was submetacentric and W chromosome was metacentric in R. magnirostris and submetacentric in Asturina nitida. 18/28 rDNA probes showed that nucleolar organizer regions are located in a medium-sized submetacentric pair, corresponding to the short arm of pair 7. Telomeric sequences were found not only on terminal region of the chromosomes, but also on some interstitial regions. Whole-chromosome paints derived from pairs 1 to 11 of Gallus gallus (GGA) produced the same number of signals in these species. The availability of whole-chromosome probes derived of Leucopternis albicollis confirmed the presence of a common cytogenetic signature for Buteoninae species, corresponding to the association between GGA1p and GGA6. An interstitital telomeric sequence found in this pair reinforces this fact. Concerning the species of Harpiinae, the conventional staining analyses showed that H. harpyja and M. guianensis have 2n=58 and 2n=56, respectively. Both species have 22 pairs of biarmed chromosomes, although H. harpyja has two more chromosomes than M. guianensis. 18/28S rDNA mapped on the short arm of pair 1 in M. guianensis and in two pairs in H, harpyja (6 and 25). Telomeric sequences were found on the terminal regions, but also on interstitial locations in some chromosomes. Despite the apparent karyotypic similarity, no common associations were found in these two species. The different associations observed in Morphnus and Harpia indicate that these species suffered an extensive genomic reorganization after their separation in two independent lineages. Moreover, the absence of shared associations suggests that the fissions of macrochromosomes have occurred in the common ancestor of this group, and that fusions were subsequent to their isolation as different lineages. Our results, together with previous reports in other species of Accipitridae, indicate that the processes of fissions involving the macrochromosomes of GGA and fusions between these segments and between them and microchromosomes are recurrent rearrangements in this group. Although Falconidae species also show atypical karyotypes, with low diploid numbers, global cytogenetic data of Accipitridae indicate that, similarly to the morphological traits between these two families, the rearranged karyotypes would correspond to homoplasies, from the evolutionary point of view, supporting the idea that these families do not form a monophyletic group.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-19T19:59:59Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-20T17:42:45Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-20T17:42:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AcumuloColesterolMycobacterium.pdf: 1572903 bytes, checksum: 457e2b33249b8d202ab48fe3a91ebeca (MD5) Previous issue date: 2015 / A parede celular micobacteriana é uma característica marcante do gênero Mycobacterium, apresentando lipídios e glicoconjugados bioativos, como fosfatidilinositol manosídeos (PIMs), lipomanana (LM) e lipoarabinomanana (LAM). A infecção crônica no interior de macrófagos pulmonares é relacionada com o acúmulo de colesterol na célula hospedeira, conferindo uma fonte alternativa de energia e carbono para o bacilo manter suas funções fisiológicas. Com base na atividade imunomoduladora desses glicoconjugados e na adaptação em outro ambiente no interior da célula hospedeira infectada, propomos investigar a possível modulação da biossíntese de LM/LAM em Mycobacterium smegmatis (saprofítico), após o cultivo em meio mínimo (MM) suplementado com glicerol e/ou colesterol. Como resultados, obtivemos que o bacilo, mesmo sendo saprofítico, foi capaz de acumular colesterol e influenciar na fisiologia bacteriana por apresentar um crescimento lento com densidade bacteriana comprometida. Além disso, o colesterol diminuiu o acúmulo de PIMs e promoveu mudanças morfológicas e de agregação bacteriana, mesmo mantendo a parede celular com sua característica físico-química específica (resistência a descoloração por álcool e ácido). A mudança mais marcante induzida pelo consumo do colesterol foi na biossíntese de LAM, que apresentou migração eletroforética diferenciada, compatível às massas moleculares maiores, assemelhando-se a de bacilos não saprofíticos (de 25 – 30 KDa para 30 – 50 KDa). Estes resultados mostram que o colesterol, quando utilizado como principal alternativa de fonte de energia e carbono, pode induzir mudanças fisiológicas em micobactérias, principalmente na biossíntese de LAM, uma das principais moléculas imunoreguladoras presente na parede celular. Estes dados sugerem que micobactérias podem sofrer mudanças semelhantes no interior de granulomas, e que estas mudanças podem ajudar na evolução da tuberculose para a forma crônica multibacilar, marcada por um aspecto imunodeficiente contra o bacilo. / Mycobacterial cell wall is a hallmark of Mycobacterium genus, constituted of bioactive lipids and glycoconjugates: phosphatidylinositol mannoside (PIMs), lipomannan (LM) and lipoarabinomannan (LAM). The chronic infection inside lung macrophages is related with cholesterol accumulation into host cells as an alternative source of carbon and energy to maintain the bacilli with its physiological functions. To understand the activity of these immunomodulatory glycoconjugates during adaptation under the unusual environment inside the host infected cells, the present work propose to investigate the possible modulation of LM/LAM biosynthesis in Mycobacterium smegmatis (saprophytic) after culture in minimal medium (MM), supplemented with glycerol and/or cholesterol. Our results showed that saprophytic bacilli are able to accumulate the cholesterol and change the bacterial physiology due to slow growth and restrict cell density. Furthermore, the cholesterol consumption decreased the accumulation of PIMs and promoted morphological changes and bacterial aggregates, even maintaining the cell wall with its specific physic-chemistry characteristic (alcohol-acid resistance). The most impressive change after cholesterol consumption was the LAM biosynthesis, which showed distinct electrophoresis migration, compatible to high molecular weight of LAM from non-saprophytic bacilli (from 25 – 30 KDa to 30 – 50 KDa). These results showed that cholesterol consumption, when utilized as principal alternative of carbon and energy source, is able to induce physiological changes in mycobacteria, mainly in LAM biosynthesis, one of the most immunoregulatory molecules of cell wall. Ours data suggest that similar changes in mycobacteria may occur inside the granuloma, and that changes may help the evolution of tuberculosis to chronic and multibacillary form, hallmarked by immunodeficient aspect against the bacilli.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2015-05-25T18:39:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2015-05-27T12:38:30Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-27T12:38:30Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 22974 bytes, checksum: 99c771d9f0b9c46790009b9874d49253 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoViesGC.pdf: 2733576 bytes, checksum: 9bd7b306d18c9262798f5c16a04c4c4a (MD5) Previous issue date: 2015-03 / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / O surgimento das plataformas de sequenciamento de nova geração (NGS) proporcionou o aumento do volume de dados produzidos, tornando possível a obtenção de genomas completos. Apesar das vantagens alcançadas com estas plataformas, são observadas regiões de elevada ou baixa cobertura, em relação à média, associadas diretamente ao conteúdo GC. Este viés GC pode afetar análises genômicas e dificultar a montagem de genomas através da abordagem de novo, além de afetar as análises baseadas em referência. Além do que, as maneiras de avaliar o viés GC deve ser adequada para dados com diferentes perfis de relação/associação entre GC e cobertura, tais como linear e quadrático. Desta forma, este trabalho propõe o uso do Coeficiente de Correlação de Pearson (r) para analisar a correlação entre conteúdo GC e Cobertura, permitindo identificar aintensidade da correlação linear e detectar associações não-lineares, além de identificar a relação entre viés GC e as plataformas de sequenciamento. Os sinais positivos e negativos de r também permitem inferir relações diretamente proporcionais e inversamente proporcionais respectivamente. Utilizou-se dados da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, conhecido por serem genomas clonais obtidas através de diferentes tecnologias de sequenciamento para identificar se há relação do viés GC com as plataformas utilizadas. / The emergence of high throughput sequencing (HTS) platforms increased the amount of data making feasible to obtaining complete genomes. Despite the advantages and the throughput produced by these platforms, the high or low genomic coverage in the regions of the genome can be related to GC content. This GC bias may affect genomic analyzes and the genomic/transcriptomic analysis based on de novo and reference approach. In addition, the ways to evaluate the GC bias should be fit to data with different profiles of the GC vs coverage relationship, such as linear and quadratic. Thus, this work proposes the use of Pearson's Correlation Coefficient (r) to analyze the correlation between GC content and coverage, allowing to identify the strength of linear correlation and detect nonlinear associations, beyond identify a relationship between GC bias and sequencing platforms. The positive and negative signs of r also allow us to infer directly and inversely proportional relationships, respectively. To evaluate the bias, we used the data of Corynebacterium pseudotuberculosis obtained from different sequencing technologies to identify if the CG bias is related to used platforms.