Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-23Bitstream added on 2014-06-13T19:54:00Z : No. of bitstreams: 1 nachtigall_pg_me_botib.pdf: 1512670 bytes, checksum: c79b570dced4bdd72d93ec49ab217896 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... / MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-28Bitstream added on 2014-06-13T18:54:02Z : No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_me_jabo.pdf: 347561 bytes, checksum: 0ceedd7351a78c3c74de3d03c22faae1 (MD5) / As características reprodutivas estão relacionadas à eficiência econômica e à produtividade dos sistemas de criação de bovinos. A idade ao primeiro parto (IPP) e a ocorrência de prenhez precoce (OP) são empregadas em sistemas de melhoramento genético com a finalidade de antecipar a vida reprodutiva dos animais. A medida (r²) de desequilíbrio de ligação (LD) é empregada em estudos de associação genômica, para detecção de marcadores genéticos e genes que influenciam características quantitativas (quantitative trait loci: QTL). O objetivo deste estudo foi determinar o grau de desequilíbrio de ligação no genoma de fêmeas da raça Nelore e verificar a existência de associações entre polimorfismos de base única (SNP) e as características IPP e OP, utilizando um painel de SNPs de alta densidade. Foram utilizadas 1.182 fêmeas da raça Nelore nascidas em 2007 e 2008, pertencentes à Agropecuária Jacarezinho LTDA. Foram formados 13 grupos de contemporâneas (GC) constituídos por fazenda, estação e ano de nascimento, com média de 90 animais por grupo. Para o estudo de associação genômica, foram excluídos SNPs que apresentaram frequência do alelo menor (MAF) inferior a 0,05 e animais com Call Rate menor que 0,90, totalizando 431.885 SNPs. Para as análises estatísticas, foi utilizado um modelo linear para IPP e um modelo de limiar para OP. Para a estimativa da significância das associações, em ambas as características, o modelo incluiu como efeitos fixos classificatórios, o GC e os SNPs. Para estimativa do efeito de substituição alélica, foi utilizado o mesmo modelo considerando os SNPs como covariável. A correção de Bonferroni foi aplicada para ajustar o limite de significância (1,16x10-7). A média de LD (r²) para todos os autossomos foi de 0,18, a uma distância média de 4,8 kb, e a média da MAF foi de 0,25 ± 0,13... / Reproductive traits are related to economic efficiency and productivity of cattle systems. Age at first calving (AFC) and occurrence of early pregnancy (OP) are used in beef breeding programs in order to anticipate the reproductive life. The measure (r²) of linkage disequilibrium (LD) is used in genome wide association studies to detect genetic markers and genes affecting quantitative traits (QTL). The aim of this study was to determine the extent of LD in the genome of Nellore cattle, and examine associations between single nucleotide polymorphisms (SNP) and AFC and OP, using a panel of high-density SNPs. Data from 1.182 Nellore born in 2007 and 2008, belonging to Agropecuária Jacarezinho were used. A total of 13 contemporary groups (CG) consisting of farm, season and year of birth, with an average of 90 animals per CG were formed. For genomic-wide association, SNPs with minor allele frequency (MAF) below 0.05, and animals with Call Rate below 0.90 were excluded, totaling 431,885 SNPs. For the statistics analyses, a linear model was used for IPP and a threshold model was used for OP. To estimate the significance of the associations, for both traits, the model included the classificatory fixed effects of GC and SNPs (0,1, and 2). To estimate the allelic substitution effect, the same model was used, considering the SNP effects as covariable. The Bonferroni correction was applied to adjust the limit of significance (1.16 x10-7). The average r ² for all autosomes was 0.18 at a distance of 4.8 kb and the average MAF was 0.25 ± 0.13. The LD decreased as the distance between markers increased: 0.35 (1 kb) to 0.12 (100 kb). Eleven significant associations were detected in seven different chromosomes (BTA1, BTA4, BTA6, BTA11, BTA17, BTA21, and BTA22). Among these, seven SNPs were associated with AFC and four were linked to the OP. Three SNPs were significant for both traits... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-27Bitstream added on 2014-06-13T18:29:28Z : No. of bitstreams: 1 cardoso_df_me_jabo.pdf: 596419 bytes, checksum: 9928ce1965f58c352748e68876550558 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores genéticos podem auxiliar na seleção em características de importância econômica com a definição de regiões no DNA que expliquem proporções de sua variação. Este estudo teve como objetivo verificar a existência dos polimorfismos GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C e GHR g.257A>G em bovinos Nelore pertencentes ao programa de seleção da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho-SP, avaliar a influência da seleção para peso sobre estes polimorfismos, além de, analisar suas associações com o peso corporal em diferentes idades, altura na garupa ao ano e ao sobreano, espessura de gordura na carcaça e área de olho de lombo. Foram genotipados 645 animais por PCR-RFLP. As análises de associação foram realizadas com a técnica dos modelos mistos, considerando o efeito de dois marcadores e a interação entre os mesmos. Apenas os marcadores GH1 g.1047T>C e GHR g.229T>C foram polimórficos, no entanto não estão sobre efeito da seleção aplicada ao rebanho. Foi observada associação do marcador GHR g.229T>C com a área de olho de lombo (p<0,03) e efeito da interação entre os marcadores sobre o peso corporal de fêmeas aos 550 dias de idade (p<0,04). Assim, o marcador GHR g.229T>C caracteriza um potencial instrumento de auxílio para a seleção nesse rebanho e o efeito de interação deve ser considerado em situações em que seja conhecida a interatividade entre dois genes / The genetic markers can assist the selection of economic important traits with the definition of DNA regions that explain part of the trait variation. This work has the aim to verify the presence of polymorphisms GH1 g.1047T>C, POU1F1 c.577C>A, GHR g.229T>C and GHR g.257A>G in Nellore cattle from the selection program of Animal Science Experimental Station, Sertãozinho-SP, evaluate the influence of the growth selection in these polymorphisms and analyze their association with body weight at different ages, hump height at 378 days and 550 days, carcass fat thickness and rib eye area. 645 animals were genotyped by PCR-RFLP. The association analyses were performed using the mixed model considering the two markers effect and the interaction among markers. Only the markers GH1 g.1047T>C and GHR g.229T>C were polymorphic, however they were no under effect of the selection. It was observed association between the marker GHR g.229T>C and the trait rib eye area (p<0,03) and effect the interaction among the two markers with the dam body weight at 550 days of age (p<0,04). Therefore, the marker GHR g.229T>C can be a potential tool to assist selection of females in this herd. The interaction effect may be considered in the cases that the interaction between the genes is known

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-01Bitstream added on 2014-06-13T20:03:29Z : No. of bitstreams: 1 buzanskas_me_dr_jabo.pdf: 1313691 bytes, checksum: 7e8dfd967547ab3d2ff714be1b7ddd4b (MD5) / Recentes avanços tecnológicos possibilitaram a utilização de dados genômicos na avaliação de animais de produção. Os marcadores do tipo SNP (“Single Nucleotide Polymorphism”) estão entre os mais utilizados para estudos do genoma bovino, pois estão presentes em grande quantidade e podem estar associados a regiões do genoma que atuam em características de interesse econômico. Fatores como a redução dos custos de genotipagem e a alta densidade dos painéis de marcadores possibilitaram que esta tecnologia seja utilizada em larga escala. Os objetivos deste trabalho foram avaliar o desequilíbrio de ligação (DL) e a conservação da fase do desequilíbrio de ligação (FDL) entre animais da raça Canchim e do grupo genético MA; e aplicar a metodologia “Generalized Quase- Likelihood Score” para estudo de associações genômica entre SNPs e características de peso corporal ao nascimento (PN), ao desmame (PD) e ao sobreano (PS); perímetro escrotal ao desmame (PED) e ao sobreano (PES); e idade ao primeiro (IPP) e segundo (ISP) parto nestes mesmos animais. Foram utilizados 285 animais da raça Canchim (proporção Charolês-Zebu igual a 62,5 % e 37,5%) e 114 animais do grupo genético MA (proporção aproximada Charolês-Zebu igual a 65,6% e 34,4%) genotipados para o painel de alta densidade BovineHD - Illumina® bead chip (777k). Para o estudo de DL e FDL as informações dos genótipos de alta densidade foram concatenadas com o mapa de genótipos de menor densidade (BovineSNP50 v2 bead chip) que possui aproximadamente 50 mil SNPs (50k), realizando assim a redução da densidade dos marcadores. Foram realizadas análises para animais Canchim, MA e Canchim + MA. O painel de 777k mostrou-se mais eficiente para estudo do DL e FDL quando comparado ao painel de 50k, pois apresentou elevada conservação de FDL (acima de 0,80)... / Recent technological advances have enabled to use genomic data in livestock evaluation. Single nucleotide polymorphism (SNP) are one of the most widely used genetic markers because they are widely spread along the genome and also could be associated with traits of economic interest. High-throughput panels are becoming interesting for the producers as the cost of genotyping reduces. The objectives of this study were to evaluate the extent of linkage disequilibrium (LD) and the phase of linkage disequilibrium (PLD) between Canchim animals and MA genetic group; and to apply the Generalized Quasi-Likelihood Score method to perform a genome wide association study with birth weight (BW), weaning weight (WW), yearling weight (YW), scrotal circumference at weaning (SCW), scrotal circumference at yearling (SCY), age at first calving (AFC), and age at second calving (ASC). Analyses considered 285 Canchim animals (Charolais-Zebu proportion of 62.5% - 37.5%) and 114 animals of the MA genetic group (Charolais-Zebu proportion of 65.6% - 34.4%) genotyped with the BovineHD - Illumina Bead® chip (777k). Two marker densities were used for the LD and PLD analyses; one considered the 777k panel while the other considered a reduced panel which was resulted from a combined information of the high-throughput panel and the BovineSNP50 chip bead v2 map from Illumina®. These analyses were carried out for Canchim, MA, and Canchim + MA animals. PLD conservation was high in both panels, but only the 777k panel had higher mean r2 (LD measure) equal to 0.38, 0.34, and 0.31 at distances from 0.00 to 0.0025 Mb, 0.0025 to 0.0050 Mb, and 0.0050 to 0.0075 Mb in the Canchim + MA analysis. After this step, genome wide associations were carried out using the Generalized Quasi-Likelihood Score method (GQLS), which considers the logistic regression to associate phenotypic information... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-09-23Bitstream added on 2014-06-13T21:03:51Z : No. of bitstreams: 1 000736390.pdf: 1232128 bytes, checksum: 1d7a4c38c12471f91313482fa6fb43ce (MD5) / As características reprodutivas são fundamentais ao melhoramento genético de bovinos de corte, pois impõem limites à intensidade de seleção, determinam o intervalo entre gerações e estão diretamente relacionadas com a economia do sistema. Com relação às fêmeas, um desafio é a identificação de características facilmente mensuráveis que sejam geneticamente relacionadas com a fertilidade. Objetivou-se com este estudo detectar polimorfismos de DNA associados a características reprodutivas de fêmeas da raça Nelore, bem como a avaliação de modelos para predição de valores genéticos a partir de dados genômicos. Para tanto, foram genotipadas 1853 fêmeas nascidas entre 2007 e 2009, utilizando-se SNPs de alta densidade Illumina Bovine HD assay (Illumina, San Diego, CA, USA), e após a o controle de qualidade, foram utilizados 305.348 SNPs. No Capítulo 2, aplicou-se o modelo BAYESCπ para estimar os efeitos de marcadores e associá-los às características dias para o primeiro parto (DPP) e reconcepção de fêmeas primíparas (REC). Foram encontrados 42 SNPs significativos associados à REC e 13 para DPP. Esses SNPs explicam 11,32% da variância fenotípica da característica reconcepção de fêmeas primíparas e 3,48% da variância fenotípica da característica dias para o primeiro parto. Esses resultados permitirão montar painéis de baixa densidade específicos para a raça Nelore. No Capítulo 3, foram utilizados três modelos para estimação dos efeitos dos marcadores (para as características reconcepção de fêmeas primíparas, dias para o primeiro parto, idade ao primeiro parto e ocorrência de prenhez precoce): melhor estimador linear não viesado (GBLUP), BAYESCπ e Improved Bayesian least absolut shrinkage and selection operator (IBLASSO). As definições de variável dependente foram: a medida direta do fenótipo; fenótipo corrigido, valor genético e valor... / Reproductive traits are fundamental to genetic improvement of beef cattle as they impose limits on the selection intensity, determine the generation interval and are directly related to the economy of the system. With respect to the females, a challenge is to identify traits that are easily measurable and are genetically related to fertility. The objective of this study was to detect DNA polymorphisms associated with reproductive traits in Nellore females, as well as to evaluate models to predict breeding values from genomic data. So, 1853 females born between 2007 and 2009 were genotyped, using high-density SNP Illumina Bovine HD assay ( Illumina , San Diego , CA , USA ), and after quality control , 305,348 SNPs were used. In Chapter 2, BAYESCπ was applied to estimate the marker effects and associate them to the traits days to first calving (DFC), and heifers rebreeding (HR). 42 significant SNPs were associated with HRC and 13 to DFCD. These SNPs explain 11.32 % of the phenotypic variance of the trait HR and 3.48 % of the phenotypic variance of the trait DFC. These results will enable to create lowdensity panels specific to Nellore breed. In Chapter 3 , three models were used to estimate the effects of markers ( for traits heifers rebreeding, days to first calving, age at first calving, and occurrence of early pregnancy) : best linear unbiased estimator (GBLUP) BAYESCπ and Improved Bayesian least absolute shrinkage and selection operator ( IBLASSO ) . The definitions of the dependent variable were the direct measurement of the phenotype; corrected phenotype, breeding value and deregressed breeding value. BAYESCπ was most appropriate for estimation of the effects of SNPs and genomic values for all traits. The estimation of genomic values using the direct measurement of the dependent variable phenotype led to more accurate estimates of the genomic values

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseGG.pdf: 831763 bytes, checksum: b1376af900a84dd0298192f96eea7f38 (MD5) Previous issue date: 2007-03-17 / Universidade Federal de Sao Carlos / The large amount of phenotypic variability between Bos primigenius taurus and Bos primigenius indicus cattle, which had diverged hundreds of thousands of years ago and since then have been explored by men through artificial selection of the breeds to milk and meat production, allows the development of crossbreeds, since there is no reproductive isolation between these subspecies. It is known that part of the described differences for productive and parasite resistance traits among the breeds is under genetic control, and that is possible to distinguish genetically superior individuals from the others of the population with the combined use of molecular genetics and traditional livestock production programs. Since in Brazil the economy is largely influenced by agribusiness, once bovine meat exportation alone generated US$2.5 bilion in 2004, the search and identification of chromosomic regions that control al least part of the variation of these quantitative economic traits (QTL, Quantitative Trait Loci), like birth weight and weight gain, and also regions that influence resistance to parasites, is of great concern. The objective of the present study was to map QTLs for growth traits and resistance to gastrointestinal endoparasites and external parasites, like the tick (Riphicephalus (Boophilus) microplus) and the beef worm (Dermatobia hominis) using microsatellite markers to scan bovine chromosomes five and seven in a F2 Gir x Holstein experimental population. On chromosome five, a significant (P < 0.01) QTL for birth weight and one suggestive (P < 0.05) for resistance to tick count during the rainy season were detected. On chromosome seven, it was identified an indicative QTL (P < 0.10) for tick count in the dry season. In both cases, a significant dominance deviation was observed, suggesting that part of the genetic variation must be atributed to allele combinations. The favorable allele for resistance in chromosome five was from the Gir parental and on chromosome seven, from Holstein, which is a surprising result, since the zebu breeds were traditionally considered as the solely source of tick resistance. No QTL was associated to resistance to endoparasites or to the beef worm. The application of these informations still demands the reduction of confidence intervals for the QTLs locations and validation in other populations. / A enorme variabilidade fenotípica entre os bovinos Bos primigenius taurus e Bos primigenius indicus, os quais se separaram há centenas de milhares de anos atrás, e vêm sendo explorados desde então pelo homem através da seleção artificial de raças para corte e produção de leite, possibilita a formação de raças mestiças, pois não há isolamento reprodutivo entre essas subespécies. Sabe-se também que parte das diferenças observadas entre as raças para características produtivas e de resistência aos parasitas está sob controle genético, e que é possível distinguir animais geneticamente superiores aos demais da população com o uso combinado da genética molecular e do melhoramento animal tradicional. Uma vez que a economia do Brasil é grandemente influenciada pela agropecuária, somente a exportação de carne bovina gerou receita de US$2,5 bilhões em 2004, a busca e identificação de regiões cromossômicas que controlem ao menos parte da variação dessas características quantitativas de interesse econômico (QTL, Quantitative Trait Loci), tais como peso ao nascimento e ganho de peso, e também regiões que influenciem a resistência aos parasitas, é de grande importância. O objetivo do presente estudo foi mapear QTLs para características de crescimento e de resistência à endoparasitas gastrintestinais e parasitas externos, como o carrapato (Rhipicephalus (Boophilus) microplus) e o berne (Dermatobia hominis), utilizando marcadores microssatélites para fazer a varredura dos cromossomos cinco e sete dos bovinos, em uma população F2 Gir x Holandês. No cromossomo cinco, detectamos a presença de um QTL significativo (P < 0,01) para peso ao nascimento e outro sugestivo (P < 0,05) para contagem de carrapato na estação chuvosa. No cromossomo sete, detectamos um indicativo de QTL (P < 0,10) para contagem de carrapato na estação seca. Em ambos os casos houve desvio significativo de dominância, sugerindo que parte da variação genética da característica deve ser atribuída à combinação de alelos. O alelo favorável para resistência do QTL no cromossomo cinco foi oriundo da raça Gir e o do cromossomo sete da raça Holandesa, fato surpreendente, dado que as raças zebuínas foram tradicionalmente consideradas como única fonte de resistência ao carrapato. Nenhum QTL foi associado à resistência aos endoparasitas gastrontestinais ou ao berne. A aplicação dessas informações depende ainda da redução do intervalo de confiança para a posição dos QTLs e validação em outras populações.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1677.pdf: 3237644 bytes, checksum: 05775a00384d5ed86dce49771ff93425 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / Universidade Federal de Minas Gerais / ABSTRACT Tumor metastasis is usually a major cause of death among cancer patients. Degradation and invasion of the extracellular matrix and basement membrane, key steps in the metastatic process, rely on the activity of proteolytic enzymes. The levels and activities of cathepsins B and L are considerably increased in cancer cells, and have been related to the invasive potential of these cells. Moreover, the levels of their endogenous inhibitors, the cystatins, are decreased, which results in an imbalance that contributes to the development of the metastatic phenotype. Thus, the potential use of cystatins as therapeutic agents in novel anti cancer strategies has been suggested. The sugarcane genome project (SUCEST FAPESP) allowed the identification of about 20 putative cystatins in this plant. In the present study, we describe the heterologous expression, purification and characterization of three cystatins from sugarcane, dubbed as CaneCPI-2, CaneCPI-3 and CaneCPI-4, which showed different inhibitory activities against human cathepsins B and L. While the three recombinant cystatins inhibited cathepsin L activity with Ki values of 0.17, 0.6 and 0.021 nM, respectively, only CaneCPI-4 was capable of efficiently inhibiting cathepsin B activity (Ki = 0.83 nM). Considering the involvement of these cathepsins in tumor cell invasion, the effect of the cystatins on the invasive ability of human breast cancer MDA-MB-231 cells was assessed after the addition of the recombinant cystatins to the cells, and in cell clones expressing the sugarcane cystatins. Overall, the Ki values correlated with the ability of the cystatins to inhibiting the cysteine cathepsin activity of the tumor cells as well as the cell invasion through a Matrigel&#63720; matrix. A slight reduction in the invasive ability was observed in the MDA-MB-231 cells expressing CaneCPI-4. In addition, a substantial reduction of ~ 60% in the cell invasion was obtained in the presence of 2 µM recombinant CaneCPI-2 or CaneCPI- 3, or 0.2 µM of CaneCPI-4. Finally, the cystatins showed negligible effects on the adhesion and proliferation of the cells. Our results open the possibility of considering these as well as other phytocystatins as therapeutics agents in anti-cancer strategies. / A principal causa de mortalidade em pacientes com câncer está associada ao estabelecimento de metástases pelo organismo. A degradação e invasão da matriz extracelular e lâmina basal, etapas chave no processo da metástase, envolvem a ação de enzimas proteolíticas. Em linhagens de células cancerosas as quantidades e a atividade das catepsinas B e L estão consideravelmente aumentadas, e têm sido correlacionadas ao potencial invasivo destas células. Ao mesmo tempo, as quantidades de seus inibidores endógenos, as cistatinas, estão consideravelmente diminuídas, gerando um desequilíbrio que contribui para o desenvolvimento do fenótipo metastático. Assim, no sentido de restabelecer o equilíbrio existente na célula normal, o uso das cistatinas como possíveis agentes terapêuticos em novas estratégias anti-câncer tem sido sugerido. O projeto genoma da cana-de-açúcar (SUCEST FAPESP) possibilitou a identificação de cerca de 20 possíveis cistatinas nesta planta. No presente trabalho, descreve-se a expressão heteróloga, purificação e caracterização de três cistatinas da cana-de-açúcar, denominadas CaneCPI-2, CaneCPI-3 e CaneCPI-4, as quais apresentaram diferenças na ação inibitória contra as catepsinas B e L humanas. Enquanto as três cistatinas inibiram a catepsina L com valores de Ki de 0,17, 0,6 e 0,021 nM, respectivamente, somente a CaneCPI-4 foi capaz de inibir eficientemente a catepsina B (Ki = 0,83 nM). Considerando o envolvimento das catepsinas B e L na invasão das células tumorais, o efeito das cistatinas da cana-de-açúcar sobre a habilidade invasiva da linhagem celular de câncer mamário humano MDA-MB-231 foi avaliado por meio da adição das cistatinas recombinantes às células, e também utilizando células transfectadas com os genes das cistatinas. De modo geral, os valores de Ki correlacionaram-se com a capacidade das cistatinas de inibir a atividade de cisteíno catepsinas das células tumorais, assim como, a invasão celular através de uma matriz de Matrigel. As células que expressavam a cistatina CaneCPI-4 apresentaram uma pequena redução na habilidade invasiva. Por outro lado, uma redução de ~ 60% na invasão celular foi obtida com 2 µM das cistatinas recombinantes CaneCPI-2 ou CaneCPI-3, ou 0,2 µM de CaneCPI-4. Entretanto, as cistatinas não apresentaram nenhum efeito sobre a adesão e a proliferação destas células. Nossos resultados abrem a possibilidade de considerar estas, assim como outras fitocistatinas, como possíveis agentes terapêuticos em estratégias anti-câncer.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseSMC.pdf: 1475573 bytes, checksum: 4f80d07f9aea9ed3c478641a4ab37393 (MD5) Previous issue date: 2004-06-29 / The PIT1 gene codes for the pituitary transcription factor Pit-1, which is critical for the activation of the expression of prolactin and growth hormone genes, in addition to participating in the activation of PIT1 itself. The objective of the present study was to investigate the effect of HinfI polymorphism of this gene on meat production traits. The sample consisted of 509 Canchim animals born between 1998 and 2000. The sample included a traditional line (GG1) consisting of 5/8 Charolais genome breed and 3/8 of the Zebu breeds, Nelore, Guzerá and Indubrasil, and a new line (GG2) with 21/32 Charolais genome and 11/32 of the Nelore breed. The genotypes for the PIT1 gene were identified by PCR-RFLP. Genotype effect on phenotypic values for birth weight (BW), standardized weaning weight (W240) and at 12 month of age weight (W365), and on average daily weight gain to the born at weaning (GMND) and to the weaning at 12 month of age (GMD12), were analyzed by the least squares method. The results revealed significant effects of the interaction between genetic animal group and PIT1 genotype on W240, GMND and GMD12 (P < 0.05). The differences in mean least squares between genotype ( / ) and genotypes (+/+) and (+/ ) for W240 and GMND were significant in GG2 (P < 0,01 and p < 0,05, respectively), revealing superiority of the ( / ) genotype on that characters. The means for genotypes (+/+) and (+/ ), respectively at the W240 and GMND, did not differ from one another, suggesting a dominance effect of the HinfI (+) allele. The means effects of the HinfI ( ) allele indicated a positive effect of this allele on W240 and GMND, and the deviation estimates attributed to dominance showed a favorable effect of the HinfI ( ) allele on W240 and GMND of GG2 animals, when present in homozygosis in the genotypes of the individuals. The means of the genotypes in GG1 did not differ from one another. The difference in PIT1 behavior observed in the two genetic groups, however, may suggest the action of a quantitative trait locus linked to PIT1 segregating only in GG2 of the population studied, and not a direct effect of PIT1. / O gene PIT1 codifica o fator de transcrição pituitário Pit-1, crítico para ativar a expressão dos genes da prolactina e do hormônio de crescimento, além de participar na ativação do próprio PIT1. Esta pesquisa teve por objetivo investigar o efeito do polimorfismo HinfI desse gene sobre caracteres de produção de carne em um rebanho da raça Canchim. A amostra foi constituída por 509 animais nascidos entre os anos de 1998 e 2000. A amostra incluiu uma linhagem tradicional (GG1) com média de 5/8 de genoma da raça Charolês e 3/8 das raças zebuínas Nelore, Guzerá e Indubrasil, e uma linhagem nova (GG2) com média de 21/32 de genoma de Charolês e 11/32 da raça Nelore. Os genótipos para o gene PIT1 foram identificados mediante técnica PCR-RFLP empregando a enzima HinfI. Os efeitos dos genótipos sobre valores fenotípicos para pesos ao nascimento (PN) e pesos padronizados à desmama (P240) e ao ano (P365), e sobre os valores de ganhos de peso médios diários do nascimento à desmama (GMND) e da desmama aos 12 meses de idade (GMD12) foram analisados pelo método dos quadrados mínimos. Os resultados revelaram efeitos significativos da interação entre grupo genético do animal e genótipo de PIT1 sobre P240, GMND e GMD12 (P < 0,05). As diferenças nas médias dos quadrados mínimos entre o genótipo ( / ) e os genótipos (+/+) e (+/ ) para P240 e para GMND foram significativas em GG2 (P < 0,01 e p < 0,05, respectivamente), revelando superioridade do genótipo ( / ). As médias dos genótipos (+/+) e (+/ ), referentes a P240 e GMND, não diferiram entre si, indicando efeito de dominância do alelo HinfI (+). As médias dos efeitos do alelo HinfI ( ) apontaram para efeito positivo deste alelo sobre P240 e GMND, e as estimativas de desvios atribuídos à dominância mostraram efeito favorável do alelo HinfI ( ), sobre P240 e GMND dos animais do grupo GG2, quando presente em homozigose nos genótipos dos indivíduos. Não houve diferenças significativas entre as médias dos três genótipos no grupo genético GG1. A diferença de comportamento de PIT1 observada nos dois grupos genéticos, entretanto, pode sugerir a ação de um QTL ( Quantitative Trait Locus) ligado ao gene PIT1 segregando apenas em GG2 da população estudada e não efeito direto de PIT1.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseDMNJ.pdf: 1396596 bytes, checksum: c40f8c60cc5a4bb8964cfe0ce5adc332 (MD5) Previous issue date: 2004-12-07 / Universidade Federal de Minas Gerais / Down syndrome (DS) is the most common congenital disease occurring in approximately 1 out of 700 live births. In addition to the full HC21 trisomy, rare individuals with clinically recognized DS have only a partial trisomy, carrying a region common to all patients dubbed as Down Syndrome Critical Region (DSCR). Several genes contained in this portion of the HC21 are probably related to the DS phenotypes. In an attempt to characterize some of the DSCR genes, heterologous expression and subcellular localization analyses were performed for the genes DCRB (DSCR4), c21orf45, c21orf59, c21orf83-2, c21orf 95 and c21orf101. Analyses of the recombinant proteins produced in Escherichia coli showed that most of them remained in the insoluble fraction. DCRB was expressed as a soluble protein in E. coli Rosetta (DE3), purified and subjected to assays for secondary structure analyses. Also, deletion and site directed mutagenesis as well as the production of polyclonal antisera against DCRB were performed. Subcellular localization analyses revealed that the proteins DCRB, c21orf45, c21orf59 and c21orf83-2 were distributed in the cytoplasm of mammalian cells and that c21orf95 and c21orf101 resided in the nucleus. Considering the lack of information concerning these proteins encoded in the DSCR our results allowed a insight into some of the proteins provably involved in Down syndrome. / A Síndrome de Down (SD) é o distúrbio genético mais freqüente em humanos, sendo detectado em média um caso a cada 700 nascimentos. Esta anomalia é decorrente principalmente da trissomia total do cromossomo 21 porém, em alguns casos, ocorre a trissomia parcial deste cromossomo o que possibilitou a definição de uma região comum a todos os portadores denominada Região Crítica da Síndrome de Down (DSCR). Nesta região encontram-se vários genes que possivelmente estão relacionados às características fenotípicas apresentadas pelos indivíduos portadores. Entre eles estão os genes estudados neste trabalho: DCRB ou DSCR4 e as ORFS c21orf45, c21orf59, c21orf83-2, c21orf 95 e c21orf101. Com o objetivo de contribuir para os estudos realizados com genes localizados na DSCR foram realizadas a expressão heteróloga em E. coli e a localização subcelular das proteínas codificadas pelos genes descritos acima. Assim, os experimentos de expressão heteróloga em E. coli demonstraram que as proteínas expressas encontram-se na forma insolúvel para a maioria das condições testadas, entretanto foi possível a expressão de uma pequena fração solúvel da c21orf45, c21orf59 e da DCRB quando utilizou-se células da linhagem Rosetta (DE3) o que permitiu que a última proteína fosse purificada em condições nativas e que ensaios iniciais de estrutura secundária fossem realizados. Experimentos de deleção e mutação sítio dirigida também foram realizados com esta proteína assim como a produção de anticorpos policlonais. Estudos da localização subcelular revelaram que quatro das proteínas analisadas (DCRB, c21orf45, c21orf59 e c21orf83-2) são citoplasmáticas enquanto que duas (c21orf95 e c21orf101) são nucleares. Considerando a escassez de informações a respeito dos genes localizados na DSCR, esses resultados vem contribuir para o conhecimento das proteínas possivelmente envolvidas com a Síndrome de Down.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMM.pdf: 1266413 bytes, checksum: d6fbf6c10fe74d26ef6a06263083f0bd (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / Brazil possesses the largest commercial bovine herd in the world and cattle represents about 43% of agricultural PIB of Brazil. Crossing Bos taurus and Bos indicus species allows the combination of traits of production from the first specie and of rusticity from the second specie for the genetic improvement of the bovines. Due to the economical relevance of livestock in Brazil, the search for regions in the genome that contribute to prodution traits is object of many studies including traits such as meat yield, precocity of growth and many weight measures (eg. birth weight, yearling weight). The endoparasites and ectoparasites have great economical relevance, once the growth losses and production (meat and milk) affect the bovine herd and consequently, the producer and consumer. The objective of this work was to map QTL (Quantitative Trait Loci) for growth traits and for resistance to ectoparasite and endoparasites through the BTA14 scan, using microssatellite markers in a F2 population Holstein x Gyr. The QTL mapping for the trait birth weight (BW) suggested a QTL (P <0.05) at 1 cM from centromere and for the weight at 60 days (P60), a suggestive QTL (P <0.05) was found at 0 cM from centromere. The mapping for resistance to the ectoparasite Boophilus microplus revealed a significant QTL (P<0.01) at 22 cM from centromere but no association was observed for endoparasites. Together, the results found in this work suggest the possibility to map regions of the bovine genome that affect quantitative traits, like growth and resistance, by means of microssatellite markers. / O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo e a bovinocultura representa cerca de 43% do PIB agropecuário do Brasil, onde o cruzamento das espécies Bos taurus e Bos indicus permite a combinação de características de produção da primeira espécie e a rusticidade da segunda espécie visando o melhoramento genético dos bovinos. Devido à essa importância econômica da pecuária no Brasil, a procura por regiões no genoma que contribuem para características de produção é objeto de muitos estudos, que incluem características como rendimento de carne, precocidade de crescimento e diversos tipos de pesos. Também importante é o combate aos endoparasitas e ectoparasitas, que têm grande relevância econômica, uma vez que as perdas de crescimento e de produção (carne e leite) afetam o rebanho bovino e consequentemente, o produtor e consumidor. O objetivo deste trabalho foi mapear QTLs (Quantitative Trait Loci) para características de crescimento e de resistência (a ectoparasitas e endoparasitas) por meio da varredura do cromossomo 14 dos bovinos (BTA14), utilizando marcadores microssatélites em uma população F2 Holandês x Gir. O mapeamento de QTLs relacionados à característica peso ao nascimento (PN), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 1 cM do centrômero e para a característica peso aos 60 dias (P60), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 0 cM do centrômero. O mapeamento para característica de resistência ao ectoparasita Boophilus microplus revelou um QTL significativo (P<0,01) a 22 cM do centrômero e à resistência a endoparasitas nenhum QTL foi associado. Os resultados encontrados neste trabalho sugerem que é possível mapear regiões do genoma dos bovinos que afetam características quantitativas, como crescimento e resistência à parasitas, através da utilização de marcadores microssatélites.