Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 546340 bytes, checksum: c6ef1899560e5249142f8d7f9943743d (MD5) Previous issue date: 2006-09-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Soybean is one of the most important crops in the world extensively used as a food and feed source. However, the proteins present in soybean seeds are not considered ideal because they contain low amounts of the essential amino acids methionine and lysine. Adverse nutritional and other effects following consumption of raw soybean meal have been attributed to the presence of endogenous inhibitors of digestive enzymes and allergenic factors. Among these proteins are the P34 protein and the Bowman-Birk protease inhibitors. The absence of these factors would increase the nutritional quality of the soybean seeds, as well as the availability of this product to large number of consumers. Recent advances in plant biotechnology have enabled the silencing of specific genes. One of the techniques used to achieve this goal is RNA interference (RNAi). This method of posttranscriptional gene silencing is highly efficient, especially when the construct results in the formation of a intron-spliced hairpin RNA. It is proposed that RNAi works by enzymatic RNA degradation induced by double-stranded RNA. The main goal of this work was to construct expression cassettes for RNAi-based silencing of genes encoding antinutritional factors in soybean seeds. To achieve seed-specific expression, specific primers were designed for the amplification of the promoter region of the alpha-subunit of the beta-conglycinin gene. Appropriate restriction sites - Sac I and Xho I - were added to the primers which were used to amplify a 634 bp fragment. This product was cloned into a pGEMTEasy vector and cloning was verified by PCR, enzymatic digestion and sequencing. The sequenced clone was analyzed in silico for identification of cis-elements related to seed specific expression. The elements TATA box, CAAT box, RY LEG box and RY FLEB box were found. The fragment of interest was isolated from vector pGEM-TEasy by cleavage with enzymes Sac I and Xho I and inserted in the expression vector pKANNIBAL. This new vector was designated pBKN. For the construction of the expression cassettes, primers were designed according to published sequences deposited in the GenBank. The fragments of interest were isolated by the RT-PCR method using RNA isolated from soybean seeds. RT-PCR was also used to analyze the expression of the gene of interest in the seed and in other organs of the plant (root, stem and leaves). These analyses showed that the expression of these genes was continuous and abundant during all stages of seed development, and the corresponding transcripts were present in all organs analyzed. The fragments obtained by RT-PCR were sequenced and their identity was confirmed by BLAST analysis. To clone the sense sequence, the vectors pKANNIBAL and pBKN, and the fragments of interest were cleaved with enzymes Xho I and Kpn I. The ligation reaction was catalyzed by T4 DNA ligase and competent cells of Escherichia coli were transformed by heat shock. Cloning was verified by PCR and enzymatic digestion. The cloning of the antisense fragment was done using restriction enzymes Xba I and Cla I and vectors containing the sense fragments. The complete expression cassettes were cloned into the binary vector pCAMBIA 3301 and verified by PCR. / A soja é uma das mais importantes culturas do mundo e como apresenta um alto teor protéico, ela tem sido muito utilizada na alimentação animal e humana. Apesar disso, as proteínas encontradas na semente desta leguminosa não são consideradas ideais por apresentarem baixo teor de metionina e lisina, além de fatores alergênicos e de inibidores de proteases. Dentre estes fatores antinutricionais estão a proteína P34 e os inibidores de protease do tipo Bowman-Birk. A ausência destes fatores aumentaria a qualidade da semente de soja, bem como a tornaria disponível para uma faixa mais ampla de consumidores. Recentes avanços na biotecnologia vegetal têm possibilitado o silenciamento completo ou em altos níveis de genes específicos. Uma destas técnicas é conhecida como interferência por RNA ou RNA interference. Este método é altamente eficiente e a clivagem do mRNA alvo é induzida pela presença de pequenos RNAs dupla fita na célula. O objetivo deste trabalho foi a construção de cassetes de expressão para silenciamento gênico, via interferência por RNA, dos inibidores de protease do tipo Bowman-Birk e da proteína P34 em sementes de soja. Para a expressão semente-específica dos transgenes, primers específicos foram desenhados para a amplificação da região promotora do gene da subunidade [alfa] da [beta]-conglicinina. A estes oligonucleotídeos foram adicionados sítios de restrição Sac I e Xho I - adequados para sua clonagem em vetores de expressão em plantas. Foram clonados 634 pb no vetor pGEM-TEasy. A clonagem foi confirmada por PCR, clivagem enzimática e sequenciamento do clone isolado. A seqüência clonada foi analisada in silico para a identificação de cis-elementos relacionados à expressão semente específica de genes colocados sob controle deste promotor. Os elementos TATA box, CAAT box, RY LEG box e RY FLEB box encontrados. O fragmento de interesse foi, então, isolado do vetor pGEM-TEasy por clivagem com as enzimas Sac I e Xho I e inseridos em vetores de expressão em plantas (pKANNIBAL) originando o vetor pBKN. Para a construção dos cassetes de expressão, a escolha da região do cDNA de cada gene de interesse a ser amplificada foi determinada com o auxílio do programa BLOCK-iTTM RNAi Designer (INVITROGEN), e os primers específicos foram desenhados de acordo seqüências depositadas no banco de dados público GenBank. Inicialmente foi feita, por meio de RTPCR, uma análise da expressão dos genes de interesse durante o desenvolvimento da semente e em demais órgãos da planta (raiz, caule e folha). Essa análise evidenciou expressão contínua e abundante desses genes durante todo o desenvolvimento da semente bem como a presença de transcritos correspondentes em todos os órgãos vegetais analisados. Após sua amplificação, todos os fragmentos obtidos a partir de cDNA de semente foram sequenciados e sua identificação foi confirmada por meio de alinhamento utilizando o programa BLAST. Para a clonagem da seqüência sense, os vetores pKANNIBAL e pBKN, além dos fragmentos amplificados referentes aos genes de interesse, foram clivados com as enzimas Xho I e Kpn I. A reação de ligação foi realizada utilizando T4 DNA ligase e células de Escherichia coli ultracompetentes foram transformadas por meio de choque térmico. Os transformantes foram analisados por PCR e reação de clivagem enzimática. A clonagem do fragmento antisense foi realizada da mesma forma, utilizando as enzimas Xba I e Cla I e os clones contendo o fragmento sense como vetores. Em seguida, as construções foram transferidas para o vetor binário pCAMBIA 3301 e confirmadas por PCR.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 665559 bytes, checksum: 20e883c9a1b228fc8f3e959a0a0064c6 (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The aim this present work were from the simulated population, make replication or enlargement of populations sets, with the same characteristics off from average, herdability and variation coefficient and organization (covariance or correlation matrix), by means of spectral decomposition, and evaluable efficiency of use artificial neural network in the prediction genetics value in randomized blocks experiments. The design used to simulation of the experiments was randomized blocks with six repetitions. They were simulated 80 conformation, when get established values of average, herdability and experimental variation coefficient. Experiments simulated were used to training (experiment with 5000 genotypes) and validation (100 experiment with 150n and 200 genotypes by each conformation). Thus to measurement the efficiency of the ANN in prediction of genetic value compared its correlation between network value with genetic value and correlation between phenotypic value with genetic value. Average, herdability, variation coefficient and variance and covariance matrix were maintained constant in all experiments simulated. It was possible through spectral decomposition techniques. Neural network were efficient for prediction of genetic value with gain 0,64 until 10,3% in relation phenotypic value regardless of size from populations, herdability or variation coefficient simulated. Thus concluded that preservation variance and covariance matrix of experimental data was efficiently performed by using spectral decomposition of the matrix observed. Therefore datasets simulated can be used to training of the ANNs maintaining original populations characteristics. Thus it was found that ANNs is a technique more efficient by prediction of genetic value in balanced experiments, when compared with phenotype value (average). / Os objetivos do presente trabalho foram a partir das populações simuladas, fazer a replicação ou a ampliação de conjuntos populacionais, com as mesmas características pontuais de média, herdabilidade e coeficiente de variação e de estruturação (matriz de covariância ou de correlações), por meio da utilização da t écnica de decomposição espectral, e avaliar a eficiência da utilização das redes neurais artificiais na predição do valor genético em experimentos em blocos casualizados. O delineamento utilizado para simulação dos experimentos foi blocos casualizados contendo seis repetições. Foram simuladas 80 cenários, que possuíam valores estabelecidos para a média, a herdabilidade e coeficiente de variação experimental. Os experimentos simulados foram utilizadas para treinamento (experimento com 5000 genótipos) e validação (100 experimentos com 150 ou 200 genótipos para cada cenário). Para medir a eficiência da RNA na predição do valor genético comparou-se a correlação do valor de rede com o valor genético e a correlação do valor fenotípico com a valor genético. A média, herdabilidade, CV e a matriz de variância e covariância foram mantidos constantes em todos os experimentos simulados. Isso foi possível através da utilização da técnica de decomposição espectral. As redes neurais foram eficientes para predição do valor genético com ganho de 0,64 a 10,3% em relação ao valor fenotípico independente do tamanho de população utilizada, da herdabilidade ou do coeficiente de variação simulado. Assim concluiu-se que a preservação da matriz de variâncias e covariâncias de dados experimentais foi eficientemente realizada por meio do uso da decomposição espectral da matriz observada. Portanto os conjuntos de dados simulados podem ser utilizados para treinamento das RNAs mantendo as características da população original. Assim verificou-se que as RNAs é uma técnica mais eficiente na predição do valor genético em experimentos balanceados, quando comparado ao valor fenotípico (média).

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 556442 bytes, checksum: 83f1236169675934d178ce9bc6f855fb (MD5) Previous issue date: 2007-03-13 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The genetic variability of 66 colonies of Partamona helleri collected in five locations of Minas Gerais state was estimated using ten microsatellites loci. Low levels of polymorphism were detected, getting 40% of polymorphic loci and 1,5 alleles/Iocus. The expected average heterozygosity for all the analyzed colonies was 0.180 and the observed average heterozygosity was 0.107. The analyzed subpopulations were well structured, with significant genetic variation (FST = 0.552). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that 81.23% of the total genetic variability is explained by variation among populations, what confirms the structure observed. The grouping analysis of the colonies, did not reveal the formation of groups corresponding to their geographic origin. However, when grouping colonies according to localities, it was verified that the population of Viçosa was more genetically different from the others, and that populations of São Miguel do Anta, Teixeiras and Porto Firme were closer to that collected in Rio Vermelho, than to population of Viçosa, although Rio Vermelho was geographically more distant. More detailed studies, analyzing a larger number of colonies and using microsatellites primers specific for P. helleri, must be carried out in order to supply more conclusive information about the genetic variability of these bees. / A variabilidade genética de 66 colônias de Partamona helleri coletadas em cinco localidades do Estado de Minas Gerais foi estimada utilizando dez locos microssatélites. Baixos níveis de polimorfismos foram detectados, obtendo-se 40% de locos polimórficos e 1,5 alelos/loco. A heterozigosidade média esperada para todas as colônias analisadas foi 0,180 e a heterozigosidade média observada foi de 0,107. As subpopulações analisadas apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação genética (FST = 0,552). A análise de variância molecular (AMOVA) revelou que 81,23% da variabilidade genética total é explicada pela variação existente entre as populações, o que confirma a forte estruturação detectada. A análise de agrupamento de todas as colônias em conjunto, não revelou a formação de grupos correspondentes à origem geográfica das mesmas. Porém, ao agrupar as colônias por localidade, verificou-se que a população de Viçosa mostrou-se mais geneticamente diferente das demais, e que as populações de São Miguel do Anta, Teixeiras e Porto Firme mostraram-se geneticamente mais próximas daquela coletada em Rio Vermelho, do que da população de Viçosa, apesar de ser geograficamente mais distante. Estudos mais detalhados, analisando um maior número de colônias e utilizando primers microssatélites específicos para P. helleri, devem ser realizados a fim de fornecerem dados mais conclusivos sobre a variabilidade genética destas abelhas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 696310 bytes, checksum: 885479e14190b04344238aca73a62d1d (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae) is a species probably originated from Central America. It became an agricultural pest since it was established and continually began to reproduce in stored seeds and later diffused throughout tropical and subtropical regions. In stores, those insects cause damages to the grains, by boring them and giving them an unpleasant flavor, therefore depreciating their commercial value. In seeds, the pest consumes the reserves of the cotyledons, therefore endangering germination. This study was conducted to estimate the genetic diversity in Z. subfasciatus populations, by using the molecular markers ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Twelve populations of Z. subfasciatus amostradas were sampled in eight Brazilian states as totaling 269 individuals, then they were evaluate. Five primers ISSR (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891) were used, whereas a total of 51 polymorphic bands averaging 10 bands by each primer were amplified. The percent polymorphism within each population ranged from 74.51 to 92.16, with an average percentage of 83.82. The expected heterozygozite corrected by Nei in 1978 ranged from 0.2253 to 0.;3281 with some 0.2885 average, whereas the genetic diversity index by Shannon and Weaver (HE) ranged from 0.2908 to 0.4805, as averaging 0.4167. At species level, those two indexes showed the values 0.3636 and 0.5393 respectively. The FST values between the population pairs obtained by molecular variance analysis (AMOVA) ranged from 0.06804 to 0.6165. The genetic distance by Nei used in estimation of the genetic divergence among populations ranged from 0.0563 to 0.3250. The AMOVA allowed for the partition of the genetic variation into two levels: either inside and among populations. Higher genetic variation was observed inside population, with 66% of the total variation. Only 34% genetic variation were observed among populations. The Mantel` test showed low correlation between geographical distance and FST, genetic identity and FST, and between the Nei´genetic distance and FST. According to the results, the following conclusions were drawn: the genetic variability of the species is still considered as low in Brazil, probably due to the recent introduction of the pest; and those Zabrotes subfasciatus populations showed to be not geographically structured in Brazil. / Zabrotes subfasciatus Boheman (Coleoptera: Bruchidae), espécie originária provavelmente na América Central, se tornou uma praga agrícola quando se estabeleceu e passou a se reproduzir continuamente em sementes armazenadas, difundindo-se posteriormente pelas regiões tropicais e subtropicais. Em armazéns, esses insetos causam danos aos grãos, perfurando-os e conferindo-lhes sabor desagradável, depreciando o seu valor comercial. Nas sementes, a praga consome as reservas dos cotilédones, comprometendo a germinação. O objetivo deste trabalho foi estimar a diversidade genética de populações de Z. subfasciatus por meio de marcadores moleculares ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Foram avaliadas 12 populações de Z. subfasciatus, amostradas em oito estados brasileiros, totalizando 269 indivíduos. Cinco primers ISSR foram utilizados (UBC 807, UBC 808, UBC 809, UBC 811, UBC 891), sendo amplificadas um total de 51 bandas polimórficas com média de 10 bandas por primer. A porcentagem de polimorfismo dentro de cada população variou de 74,51 a 92,16, com porcentagem média de 83,82. A heterozigosidade esperada corrigida de Nei (HE), variou de 0,2253 a 0,3281, com média de 0,2885 e o índice de diversidade genética de de Shannon e Weaver (I) variou de 0,2908 a 0,4805, com média de 0,4167. Em nível de espécie, estes dois índices apresentaram valores de 0,3636 e 0,5393 respectivamente. Os valores de FST entre pares de populações obtidos pela análise de variância molecular (AMOVA) variaram de 0,06804 a 0,6165. A distância genética de Nei (1978), usada para estimar a divergência genética entre populações, variou de 0,0563 a 0,3250. A AMOVA permitiu uma partição da variação genética em dois níveis: dentro de populações e entre populações. Foi observada maior variação genética dentro da população, com 66% da variação total. Apenas 34% da variação genética foi observada entre populações. O teste de Mantel revelou baixa correlação entre distância geográfica e FST, identidade genética e FST e entre distância genética de Nei e FST. Pode-se concluir que a variabilidade genética da espécie ainda é considerada baixa no Brasil, provavelmente devido à introdução recente da praga. As populações de Zabrotes subfasciatus avaliadas não se apresentam geograficamente estruturadas no Brasil.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 623187 bytes, checksum: 351372d8fb2a6df46264f48e3ae8f0e5 (MD5) Previous issue date: 2007-03-02 / Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Minas Gerais / The soybean is attacked by many pathogens, spite of all the diseases the Asiatic rust caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi has been considered one of the most important pathogens. The symptoms are characterized for small points darker than the healthy tissue, where it is observed a bulge, which it opens in small pore expelling some uredionospores. Hardly infected plants show premature fallen leave, compromising then the formation and filling of some string beans and also the final weight of some grains. The most effective controlling method is the use of some resistant varieties, however the pathogenic large variability has bothered the research of these resistant varieties. This research has aimed search the special and temporal distribution of the genetic diversity of the Phakopsora pachyrhizi, and infer about the developed relations between some Brazilian, African and Asiatic isolates. Uredionospores were collected in 20 Brazilian places and also in South African. The genomic DNA was extracted from and amplified with the PCR using specifics primers for the ITS region of the nuclear genome in the Phakopsora pachyrhizi. The ITS1 and ITS2 regions were cloned and sequenced of independent forms. Four clones of each ITS regions in samples were sequenced, aimed to verify whether it might have variability of the pathogens in same location. The sequences were lined up and compared each others and also with isolates sequences of the Phakopsora pachyrhizi from different countries in GenBank. Later, the TCS program was used to obtain haplotypes net, one for the ITS1 sequences and other for the ITS2 region. The program ARLEQUIN was used to conduct the analysis of molecular variables, calculating the diversities between and in located samples, and also to calculate the genetic and nucleotide diversity. The net based on the ITS1 sequences, was able to distinguish 21 haplotypes between 96 sequences, while the net based on ITS2 distinguished 17 haplotypes between 86 sequences, showing that spite of Phakopsora pachyrhizi was recently inserted in Brazil, the Brazilian isolates show a great genetic variability. This net shows that distributed haplotypes in Brazil were also found in Africa and Asia, showing an ancestors relation. Comparing the sequences, it was observed the presence of at least three haplotypes for each location, showing a large genetic diversity among the locations, and it was proved by variability molecular analysis. The results support the hypothesis that the origin of this fungus in Brazil has been brought through spores, probably by area transportation through the Atlantic Ocean from Africa and this migration happen more than once. / A soja é atacada por muitos patógenos, porém dentre todas as doenças a ferrugem asiática causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi tem sido considerada como uma das mais importantes. Os sintomas são caracterizados por minúsculos pontos mais escuros do que o tecido sadio, onde se observa uma protuberância, essa se abre em minúsculo poro, expelindo daí, os uredósporo. Plantas severamente infectadas apresentam desfolha precoce, comprometendo a formação e o enchimento de vagens e o peso final dos grãos. O método mais eficiente de controle é o emprego de variedades resistente, entretanto, a grande variabilidade patogênica tem dificultado a pesquisa de tais variedades resistentes. Esse estudo teve como objetivo investigar a distribuição espacial e temporal da atual diversidade genética de Phakopsora pachyrhizi, e inferir sobre as relações evolutivas entre os isolados de origem brasileira e de origem africana e asiática. Uredósporos foram coletados de 20 localidades brasileiras e de localidades na África do Sul. O DNA genômico foi extraído e amplificado por meio de PCR utilizando-se iniciadores específicos para a região de ITS do genoma nuclear de Phakopsora pachyrhizi. As regiões ITS1 e ITS2 foram clonadas e sequenciadas de forma independente. Foram sequenciados quatro clones de cada região ITS por amostra, com o objetivo de verificar se haveria variabilidade do patógeno dentro de uma mesma localidade. As sequências foram alinhadas e comparadas entre si e com sequências de isolados de Phakopsora pachyrhizi de diferentes países obtidas no GenBank. A seguir, o programa TCS foi utilizado para obter redes de haplótipos, uma para as sequências de ITS1, e outra para a região de ITS2. O programa ARLEQUIN foi utilizado para conduzir a análise de variância molecular, calculando a diversidade entre e dentro das localidades amostradas, como também para calcular a diversidade gênica e a diversidade nucleotídica. A rede, com base em sequências provenientes de ITS1, foi capaz de distinguir 21 haplótipos entre as 96 sequências, enquanto que a rede baseada em ITS2 distinguiu 17 haplótipos entre as 86 sequências, indicando que embora P. pachyrhizi tenha sido recentemente introduzida no Brasil, os isolados brasileiros apresentam uma grande variabilidade genética. Essa rede também mostrou que haplótipos amplamente distribuídos no Brasil também foram encontrados na África e Ásia, indicando uma relação de ancestralidade. Pela comparação das sequências, foi observada a presença de cerca de três haplótipos para cada localidade, indicando uma alta diversidade genética dentro da localidade, sendo esse indício comprovado pela análise de variância molecular. Os resultados dão suporte à hipótese de que, a origem desse fungo no Brasil tenha sido por meio de esporos trazidos, provavelmente, por correntes aéreas transoceânicas que tenham atravessado o Oceano Atlântico, vindos da África. E que essa migração ocorreu mais de uma vez.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FladjuleRSS.pdf: 330062 bytes, checksum: 22e7d9836e1ea44b75c1f00b2ab22a60 (MD5) Previous issue date: 2008-03-28 / Bacterial meningitis (BM) is still an important infectious disease causing death and disability. Invasive bacterial infections of the central nervous systems (CNS) generate some of the most powerful inflammatory responses known, which contributes to neuronal damage. The DNA microarray technology showed alterations in the kynurenine (KYN) pathway that is induced in BM and other diseases associated with inflammation, leading to brain injury. Our main aim was to search SNPs previously described in the KYN path enzymes to investigate a putative association of this SNPs with imbalanced in this pathway in patients with BM. The patients included in this study were 33 males and 24 females, with ages varying from 02 months to 68 years. SNPs were located inside of the domain conserved in KYNU, IDO, KATI and KATII. Primers were designed for analysis of SNPs already described by PIRA-PCR followed by RFLP. The analysis of KYNU+715G/A SNP found a heterozygous frequency of 0.033. We did not found the variant allele of SNP KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII+650C/T and IDO+434T/G. Despite of previews studies showing the importance of KYN pathway we did not found one association of these SNPs analyzed with susceptibility or severity of MB in study population. / A meningite bacteriana (MB) ? uma doen?a infecciosa que causa morte e deixa graves seq?elas. Infec??es bacterianas do sistema nervoso central (SNC) geram uma das mais poderosas respostas inflamat?rias conhecidas, a qual contribui para os danos neuronais. Atrav?s de an?lises por Microarray foi poss?vel observar altera??es na Rota da Quinurenina (RQ) que s?o induzidas na MB e em outras doen?as associadas com inflama??o, levando a inj?ria cerebral. A RQ tem um papel crucial na patog?nese da MB, produzindo neurotoxinas e esp?cies reativas de oxig?nio. Nosso principal objetivo foi buscar SNPs previamente descritos no banco de dados do NCBI em enzimas da RQ e investigar uma poss?vel associa??o destes SNPs com as altera??es da RQ em pacientes com MB. Os pacientes inclu?dos neste estudo foram 33 homens e 24 mulheres, com idades variando entre 02 meses a 68 anos. Os SNPs foram localizados dentro do dom?nio conservado da cadeia polipept?dica das enzimas KYNU, IDO, KATI e KATII. Primers foram desenhados para an?lises do SNPs atrav?s da t?cnica do PIRA-PCR seguido por RFLP. A an?lise do SNP KYNU+693G/A mostrou uma freq??ncia de heterozigosidade de 0,033. N?s n?o encontramos freq??ncia al?lica na popula??o estudada para os SNPs KYNU+693G/A, KATI+164T/C, KATII650C/T e IDO+434T/G. Apesar de estudos anteriores mostrarem a import?ncia da RQ, n?o foi encontrada uma associa??o dos SNPs estudados com a susceptibilidade ou a severidade das seq?elas da MB na popula??o em estudo.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 CintiaSB.pdf: 937978 bytes, checksum: a1a6cf722466de13f9b1ea03c48f4ba6 (MD5) Previous issue date: 2007-02-22 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The gray mold, causal organism Amphobotrys ricini, is one of the major diseases of castor bean. Difficulties in managing plant disease arises form the limited understanding of the genetic structure of A. ricini, their complexity and variability make it difficult to control. Genetic structure can be used to infer the relative impact of different forces that influence the evolution of pathogen populations, that allow to predict the potencial for pathogen populations to envolve in agricultural ecosystems. Growers protect their crop by applying fungicides, but there aren t fungicides to provide significant control of gray mold of castor bean. The objectives of this work were use RAPD to determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Para?ba and assay the sensitivity of A. ricini isolates to azoxystrobin and carbendazim. To determine the genetic structure of A. ricini subpopulations in Para?ba, 23 isolates were colleted from two different geographic location (subpopulation). These isolates were analysed by RAPD using 22 random decamer primers, purchased from OPERON, produced a total of 80 markers polimorphics. The resulting matrixes were analysed using PopGene version 1.32. Sensitivity to azoxystrobin and carbendazim of 30 isolates, colleted form Para?ba and Alagoas, was estimated based on spore germination and colony growth inhibition. The stock solutions were added toV8 medium after sterilization to produce final concentrations of 0, 0.01, 0.1, 1, 10, and 100 ?g/ml of carbendazim and 0, 0.001, 0.01, 0.1, 1, and 10 ?g/ml of azoxystrobin. All statistical analyses were performed using SAS to estimate the dose that inhibited fungal growth by 50% (ED50 values). The genetic diversity within subpopulations (Hs=0,271) accounted for 92% of the total genetic diversity (Ht=0,293), while genetic diversity between subpopulations (Gst = 0,075) represented only 7,5%. The estimated number of migrants per generation (NM ) was 6,15. Nei s average gene identity across 80 RAPD loci was 0,9468. Individual ED50 values, for the 30 isolates screened for their sensitivity to azoxystrobin, ranged From a maximum of 0,168 ?g/ml to a minimum of 0,0036 ?g/ml. The ED50 values for carbendazim varied within the range of 0,026 to 0,316 ?g/ml / O mofo cinzento, causado pelo fungo Amphobotrys ricini, ? um dos principais problemas fitossanit?rios da cultura mamoneira. Esta doen?a causa preju?zos a cultura podendo levar ? perda total da produ??o caso medidas de controle n?o sejam implementadas a tempo. A determina??o da estrutura gen?tica de popula??es de pat?genos e o monitoramento sistem?tico das popula??es com o intuito de compreender a din?mica de seus aspectos gen?ticos ? importante para que programas de melhoramento visando a resist?ncia dur?vel tenham ?xito. O controle qu?mico do pat?geno tamb?m ? necess?rio, entretanto, n?o existem fungicidas registrados para o controle da doen?a. O objetivo deste trabalho foi determinar a variabilidade gen?tica entre e dentro de subpopula??es de A. ricini no estado da Para?ba, empregando marcadores moleculares do tipo RAPD e analisar a sensibilidade de isolados de A. ricini aos fungicidas carbendazim e azoxistrobina. Para a determina??o da estrutura gen?tica foram analisados 23 isolados de duas subpopula??es (SPs), sendo a SP1 formada por isolados coletados nos munic?pios de Campina Grande, Lagoa Seca e Esperan?a e a SP2 com isolados oriundos dos munic?pios de Areia, Rem?gio, Sol?nea e Alagoa Nova. Amostras de DNA purificadas dos isolados foram submetidas a rea??es RAPD com 22 oligonucleot?deos da s?rie OPERON, gerando 80 fragmentos polim?rficos que foram analisados pelo programa PopGene. Para verificar a sensibilidade a fungicidas, 30 isolados de duas popula??es, sendo uma da Para?ba e outra de Alagoas foram testados contra o Carbendazim avaliando-se o crescimento micelial em meio V8 acrescido do fungicida nas dosagens 0, 0.01, 0.1, 1, 10 e 100 ?g/ml; e azoxistrobina avaliando-se a germina??o de esporos. Os dados foram analisados pelo procedimento PROBIT do pacote estat?stico SAS que calculou a dosagem necess?ria para inibir 50% do crescimento micelial (DL50). A diversidade gen?tica total (Ht=0,293) ? devida ? diversidade gen?tica dentro das SPs (Hs=0,271). O n?mero de migrantes foi estimado em 6,15 indiv?duos a cada gera??o entre as subpopula??es. A fra??o da varia??o gen?tica distribu?da entre as subpopula??es Gst foi 0,075. Houve baixa diferencia??o entre as subpopula??es com base na m?dia de identidade gen?tica (Nei, 1973) entre as subpopula??es em todos os locos analisados (0,9468). Os valores de DL50 variaram entre 0,026 e 0,316 ?g/ml para carbendazim e 0,0036 e 0,168 ?g/ml para azoxistrobina. Neste estudo, h? evid?ncias de que a estrutura gen?tica da popula??o de A. ricini no estado da Para?ba seja clonal e que h? intensa migra??o e que os isolados da Para?ba e Alagoas s?o sens?veis a carbendazim e azoxistrobina

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonardoHGML.pdf: 763178 bytes, checksum: c568f24d89429cee54a6bd18443ef3bc (MD5) Previous issue date: 2007-02-28 / The germination of cotton seeds and the seedlings emergency are generally delayed and reduced by the salinity. Although the cotton is considered a tolerant culture, it can suffer substantial reductions in regarding its growth and production when exposed to salinity condition. The aims of this study went evaluate the effect of the saline stress in the germination phase to four cotton genotypes (BRS Rubi, BRS Safira, BRS 201 and CNPA 187 8H), using different osmotic potentials generated with increment of sodium chloride (NaCl). The saline stress was simulated using NaCl aqueous solutions in the potentials: 0.0 (Control); -0.2; -0.4; -0.6; -0.8 and -1.0 MPa. The treatments were monitored by means of tests for analysis of seeds, germination, first counting, speed germination index, length of shoot, radicle length, dry weigth of embrionic axis and shoot/radicle ratio. The tests for germination, first counting and index of germination speed were accomplished using 50 seeds for repetition and for the study of length of shoot, radicle length, dry weigth of embrionic axis and shoot/radicle ratio were used 20 seeds by repetition. For both tests four repetitions were accomplished by genotype for each one of the potentials. The seeds of each repetition were involved in papers Germitest humidified with NaCl solution corresponding to the potential. The repetitions of both tests were maintained in a germinator with saturated humidity. The analysis were initiate four days after the induction of the saline stress. The evaluations of the first three variables analyzed were accomplished daily; the seeds were remove and counted when its germinated. For the length tests just the repetitions corresponding to the potential of NaCl 0,0 MPa were analysis 4 days after the beginning of the induction of the saline stress. The analysis of the repetitions of the potentials -0,2 and -0,4 and of the potentials -0,6, -0,8 and -1,0 MPa they were accomplished with 12 and 20 days, respectively. For accomplishment of the analisis of this test the shoot of the 20 plantules of each repetition was separate from the radicle and both parts were measured. The statistical analyses were performed using the GENMOD and GLM procedures of the SAS. For the variable germination, the cultivates CNPA 187 8H and BRS Safira stood out for the potential -0.8 MPa, with averages of 89% and 81%, respectively. The test of speed germination index to cultivate BRS Safira presented the largest averages for the two higher saline potentials. It was observed that the increase of the saline potential reduces the germination percentage and speed germination index. For each day of evaluation it was verified that the increase of the saline potential causes a reduction of the length both of the shoot and of the radicle. The radicle tends to grow more than the shoot until the potential -0,4 MPa / A germina??o de sementes de algod?o e a emerg?ncia de pl?ntulas s?o geralmente retardadas e reduzidas pela salinidade. Embora o algod?o seja considerado uma cultura tolerante, pode sofrer redu??es substanciais no seu crescimento e na produ??o quando exposta ? condi??o de salinidade. O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito do estresse salino na fase de germina??o em quatro gen?tipos de algod?o (BRS Rubi, BRS Safira, BRS 201 e CNPA 187 8H), empregando-se diferentes potenciais osm?ticos, gerados com acr?scimo de cloreto de s?dio (NaCl). O estresse salino foi simulado, utilizando-se solu??es aquosas de NaCl nos potenciais 0,0; -0,2; -0,4; -0,6; -0,8 e -1,0 MPa. Os tratamentos foram monitorados por meio de testes para an?lise de sementes: germina??o, primeira contagem, ?ndice de velocidade de germina??o (IVG), comprimento de parte a?rea, comprimento de rad?cula, peso seco de eixo embrion?rio e rela??o rad?cula/parte a?rea. Os testes para germina??o, primeira contagem e IVG foram realizados utilizando-se 50 sementes por repeti??o; para o estudo de comprimento de parte a?rea, comprimento de rad?cula, peso seco de eixo embrion?rio e rela??o rad?cula/parte a?rea, foram utilizadas 20 sementes por repeti??o. Para ambos os testes, foram realizadas quatro repeti??es por gen?tipo para cada um dos potenciais. As sementes de cada repeti??o foram envolvidas em pap?is Germitest umedecidos com a solu??o de NaCl correspondente ao potencial. As repeti??es de ambos os testes foram conduzidas em germinador e a umidade mantida ao ponto de satura??o. As leituras das tr?s primeiras vari?veis analisadas foram iniciadas quatro dias ap?s a indu??o do estresse salino. As avalia??es foram realizadas diariamente; as sementes foram retiradas e contabilizadas ? medida que ocorria a germina??o. Para os testes de comprimento, apenas as repeti??es correspondentes ao potencial de NaCl 0,0 MPa foram lidas, quatro dias ap?s o in?cio da indu??o do estresse. As leituras das repeti??es dos potenciais -0,2 e -0,4 e dos potenciais -0,6, -0,8 e -1,0 MPa foram realizadas, respectivamente, aos 12? e 20? dias. Para a realiza??o das leituras deste teste, a parte a?rea das 20 plantas de cada repeti??o foi separada da rad?cula e ambas mensuradas. As an?lises estat?sticas foram efetuadas, utilizando-se os procedimentos GENMOD e GLM do SAS. Para a vari?vel germina??o, as cultivares CNPA 187 8H e BRS Safira destacaram-se para o potencial -0,8 MPa, com m?dias de 89% e 81%, respectivamente. Foi observado que o aumento do potencial salino reduziu a porcentagem do IVG. Para cada dia de avalia??o, verificou-se que o aumento do potencial salino provoca uma redu??o do comprimento da parte a?rea e da rad?cula. A rad?cula tende a crescer mais que a parte a?rea at? o potencial -0,4 MPa

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:18:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AntonioJMV.pdf: 40604 bytes, checksum: 837880de27f78652daed108818974b9f (MD5) Previous issue date: 2007-02-23 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / The Anguiliformes is constituted by 15 families, 141 sorts and 737 species. In this group eight families possess at least one karyotyped species, where a prevalence of karyotypes with 2n=38 is evidenced chromosomes and high NF, apparently basal for the Anguiliformes. The only family who shows a different karyotypic pattern from the others is the Muraenidae family. In this, of the eight species already described, all of them present 2n=42 chromosomes. Despite the dimension of this Order, few species present karyotypics descriptions. In the present work, a species of Ophichthidae, Myrichthys ocellatus (2n=38, 8m+14sm+10st+6a, NF=70) and three species of Muraenidae, Enchelycore nigricans (2n=42, 6m+8sm+12st+16a, NF=68), Gymnothorax miliaris (2n=42, 14m+18sm+10st, NF=84), Gymnothorax vicinus (2n=42, 8m+6sm+28a, NF=56) and Muraena pavonina (2n=42, 6m+4sm+32a, NF=52), collected in the coast of the Rio Grande do Norte state, Saint Peter and Paul Rocks and in the coast of Bahia state were analyzed. Mitotics chromosomes had been gotten through mitotic stimulation with yeasts. Among the analyzed species, it is observed the presence of characteristic large metacentric chromosomic pairs (≅10?m). As for the structural standard, heterochromatics regions in these species in centromeric position of the majority of the chromosomic pairs and simple ribosomal sites had been evidenced. For the Ophichthidae family, the gotten data corroborate the hypothesis of karyotypic diversification mediated by the occurrence of pericentrics inversions and robertsonians rearrangements, while in the Muraenidae, the identification of larger chromosomic values (2n=42), suggests derived karyotypes, possibly caused by possible chromosomic fissions / Os Anguiliformes s?o constitu?dos por 15 fam?lias, 141 g?neros e 737 esp?cies. Neste grupo oito fam?lias possuem pelo menos uma esp?cie cariotipada, onde ? evidenciada uma preval?ncia de cari?tipos com 2n=38 cromossomos e NF elevados, aparentemente basal para os Anguiliformes. A ?nica fam?lia que exibe um padr?o cariot?pico diferente das demais ? a fam?lia Muraenidae. Nesta, das oito esp?cies j? descritas, todas apresentam 2n=42 cromossomos. Apesar da dimens?o desta Ordem, poucas esp?cies apresentam descri??es cariot?picas. No presente trabalho, uma esp?cie de Ophichthidae, Myrichthys ocellatus (2n=38; 8m+14sm+10st+6a; NF=70) e quatro esp?cies de Muraenidae, Enchelycore nigricans (2n=42; 6m+8sm+12st+16a; NF=68), Gymnothorax miliaris (2n=42; 14m+18sm+10st; NF=84), Gymnothorax vicinus (2n=42; 8m+6sm+28a; NF=56) e Muraena pavonina (2n=42; 6m+4sm+32a; NF=52), coletadas no litoral do Rio Grande do Norte, Arquip?lago de S?o Pedro e S?o Paulo e litoral da Bahia, foram analisadas. Cromossomos mit?ticos foram obtidos atrav?s de prepara??es de curto termo, precedidas por estimula??o mit?tica com levedura. Entre as esp?cies observa-se a presen?a de grandes pares cromoss?micos metac?ntricos (≅10?m) caracter?sticos. Quanto aos padr?es estruturais nestas esp?cies foram evidenciadas regi?es heterocrom?ticas em posi??o centrom?rica da maioria dos pares cromoss?micos e s?tios ribossomais simples. Para a fam?lia Ophichthidae, os dados obtidos corroboram a hip?tese de diversifica??o cariot?pica mediada pela ocorr?ncia de invers?es peric?ntricas e rearranjos robertsonianos, enquanto que nos Muraenidae, a identifica??o de valores cromoss?micos maiores (2n=42), sugere cari?tipos mais derivados, possivelmente ocasionados por poss?veis fiss?es cromoss?micas

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-31Bitstream added on 2014-06-13T19:19:07Z : No. of bitstreams: 1 000754767.pdf: 1885697 bytes, checksum: 2ed2ea03ad68b5ea2b12562ea9d0f63c (MD5) / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica, que acomete pele e sistema nervoso periférico e tem como agente etiológico o Mycobacterium leprae, um patógeno exclusivamente intracelular, que tem predileção por macrófagos e pelas células de Schwann. É um traço complexo e fatores genéticos do hospedeiro têm sido repetidamente implicados com o risco para a doença. A região cromossômica 6p21 vem sendo sistematicamente envolvida com a hanseníase, não só pelos genes do HLA de classe II, como também pelos estudos envolvendo marcadores em genes como o TNF e a LTA. O gene TLR1 também é um importante candidato e polimorfismos deste já têm sido associados com hanseníase per se e com reação hansênica. O objetivo desta pesquisa foi conduzir estudo de associação de base populacional do tipo caso-controle em hanseníase testando marcadores do tipo tag SNPs em genes candidatos da região cromossômica candidata 6p21 e do gene TLR1. Oitenta e nove marcadores do tipo tag SNPs, localizados em trinta e seis genes foram genotipados. O presente trabalho envolveu 1718 indivíduos, 981 casos e 737 controles, provenientes de dois estados brasileiros: Mato Grosso e São Paulo. As genotipagens da população de Rondonópolis, MT foram realizadas em plataforma de médio rendimento (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay – Illumina) e as genotipagens da população de São Paulo foram feitas usando discriminação alélica baseada na tecnologia TaqMan (Applied Biosystems). Para as análises estatísticas foi empregado modelo de regressão logística, com correção para as co-variáveis etnia e sexo, usando o software R, para Windows. Treze genes localizados na região 6p21 tiveram marcadores associados com hanseníase per se. O alelo S do polimorfismo N248S do gene TLR1 também foi associado com susceptibilidade para hanseníase per se. Estes dados ressaltam o papel destes genes na susceptibilidade genética para a... / Leprosy is an chronic infectious disease that attacks skin and peripheral nervous system. The causative agent is Mycobacterium leprae, an obligate intracellular pathogen that infects macrophage and Schwann cells. It is a complex trait and host genetic factors have been extensively implicated in leprosy susceptibility. The chromosomal region 6p21 has been involved with leprosy susceptibility due to HLA class II, and TNF and LTA genes, as well. The TLR1 gene is also an important candidate gene and polymorphisms at this locus have been associated to leprosy per se and leprosy reactions. This research is a population-based association study in leprosy which tested tag SNPs located at candidate genes in chromosomal region 6p21 and in TLR1 gene. Eighty-nine markers distributed in thirty-six genes were genotyped. The present work enrolled 1,718 individuals, 981 cases and 737 controls from Mato Grosso and São Paulo States, Brazil. The genotypes for Rondonópolis population were obtained using by medium-scale genotyping platform (VeraCode GoldenGate Genotyping Assay – Illumina), while to São Paulo samples the genotyping were done by allelic discrimination based on TaqMan technology (Applied Biosystems). Statistical analysis were performed by logistic regression models adjusted for the covariates sex and ethnicity, using R software. Thirteen genes located at 6p21 region presented markers associated to leprosy per se. The S allele for N248S polymorphism at TLR1gene was also associated to leprosy susceptibility. These data show the role of these genes in genetic host resistance and susceptibility to leprosy and suggest the necessity of replication and functional studies in order to better explain their involvement with the disease