Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:21:43Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Paulo Roberto Faria - 2012.pdf: 1827212 bytes, checksum: 3a1276717070b5a5dcde3f3289329041 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-01-16T17:40:49Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Paulo Roberto Faria - 2012.pdf: 1827212 bytes, checksum: 3a1276717070b5a5dcde3f3289329041 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-16T17:40:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Paulo Roberto Faria - 2012.pdf: 1827212 bytes, checksum: 3a1276717070b5a5dcde3f3289329041 (MD5) Previous issue date: 2012-08-10 / In micropropagation, plant tissue fragments called explants are isolated aseptically, disinfected and cultured in culture medium. However, oxidation and contamination are the main problems in the initiation of the tissue culture plants. In order to initiate the establishment of in vitro methodologies for selected sugarcane varieties a series of decontaminating treatments were performed in shoot tips with different exposure times and concentrations of sodium hypochlorite, casugamicin, ethanol and mercuric chloride. There were no problems with oxidation in any treatment. The use of reagent concentrations and times tested showed not be phytotoxic. Treatment using longer times of exposure to casugamicin and sodium hypochlorite obtained the lowest levels of contamination by fungi and bacteria. However, bacterial contamination rates were high which indicates the necessity of using new procedures for the decontamination process. It is known that the sugarcane is associated with different endophytic bacteria. In order to better study these endophytic bacteria and their relationship with the host plant, promoted the isolation of bacteria in explants of five different varieties of sugarcane: RB98710, RB34068, RB034130, RB034120 and RB034041 to determinate of morphological and physiological characteristics. The thirteen isolates have diversity for morphological and biochemical staining and are characterized as gram-positive. All of them had a production capacity of plant growth factors, and after antimicrobial susceptibility testing, two antibiotics: Ciprofloxacin and Ceftazidime showed the greatest potential for controlling the growth of the isolates. With microbial contamination controlled, studies were conducted to evaluate the effect of growth regulators on in vitro multiplication of shoot tip culture and its roots in three sugarcane varieties: RB98710, RB034041 and RB034130. We used liquid MS medium containing BAP, KIN, NAA and GA3 in different combinations and concentrations. The results showed that, for the three varieties tested, MS medium with 0.2 mg.L-1 BAP and 0.1 mg L-1 KIN are most suitable for higher production of shoots and that the best rooting results were obtained in semi-solid ½ MS medium with 6% sucrose, 5.0 mg L-1 NAA and 0.2% activated charcoal. The plantlets were acclimatized and survivability under ex vitro conditions was 90%, three weeks after the transfer to the greenhouse. / Na micropropagação, fragmentos de tecidos vegetal chamados explantes são isolados, desinfetados e cultivados assepticamente em meio de cultura. Porém, a oxidação e a contaminação são os principais problemas no início do processo de cultura de tecidos de plantas. Com o objetivo de iniciar metodologias de estabelecimento in vitro de variedades selecionadas de cana-de-açúcar foram realizados tratamentos de descontaminação de ápices caulinares com diferentes tempos de exposição e concentrações de hipoclorito de sódio, casugamicina, etanol e bicloreto de mercúrio. Não houve problemas de oxidação em nenhum dos tratamentos. O uso dos reagentes nas concentrações e tempos testados não mostrou ser fitotóxico, no tratamento utilizando os maiores tempos de exposição à casugamicina e ao hipoclorito de sódio obteve os menores índices de contaminação por fungos e bactérias. Porém, os índices de contaminação bacteriana foram elevados, o que indica a necessidade de uso de novos procedimentos para o processo de descontaminação. Sabe-se que a cana-de-açúcar está associada a diferentes bactérias endofíticas. Com o objetivo de melhor estudar estas bactérias endofíticas e sua relação com a planta hospedeira, promoveu-se o isolamento de bactérias contaminantes de explantes de cinco diferentes variedades de cana-de-açúcar: RB98710, RB034068, RB034130, RB034120 e RB034041 visando à determinação de características morfológicas e fisiológicas. Os treze isolados obtidos possuem diversidade para características morfo-tintoriais e bioquímicas sendo caracterizados como bastonetes gram-positivos. Apresentaram capacidade de produção de fatores de crescimento vegetal e, após teste de sensibilidade a antimicrobianos, dois antibióticos: Ciprofloxacino e Ceftazidima apresentaram maior potencial de controle do crescimento dos isolados. Com as contaminações microbianas controladas, estudos foram realizados para avaliar o efeito de reguladores de crescimento na multiplicação in vitro de culturas de ápices caulinares e seu enraizamento em três variedades de cana: RB98710, RB034041 e RB034130. Utilizou-se meio MS líquido contendo BAP, KIN, ANA e GA3 em diferentes combinações e concentrações. Os resultados mostraram que, para as três variedades testadas, o meio MS com 0,2 mg.L-1 de BAP e 0,1 mg.L-1 de KIN são os mais apropriados para a maior produção de brotos e que os melhores resultados de enraizamento foram obtidos em meio ½ MS semissólido com 6% de sacarose, 5,0 mg.L-1 de ANA e 0,2% de carvão ativado. As plântulas foram aclimatizadas e a capacidade de sobrevivência sob condições ex vitro foi de 90%, três semanas após a transferência para a casa de vegetação.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T20:50:13Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T14:02:53Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T14:02:53Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Warita Alves de Melo - 2014.pdf: 2324180 bytes, checksum: ceadfecb6355d48562897ba5ed60e072 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-09-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Tabebuia roseoalba (RIDL.) Sandwith (Bignoniaceae) is widely distributed in Neotropical seasonally dry forests, occurring mainly from Northeast towards the Central West and Southeast Brazil, and also in Paraguay, Bolivia and Peru. The phylogeography of this species may help us to understand how historical events influenced its genetic diversity and in the current geographic distribution of seasonally dry forests. The results were based on the sequencing of three chloroplast intergenic spacers (psbA-trnH, trnC-ycf6 and trnStrnG2S) and the nuclear ribosomal region (nrDNA) (ITS1 + 5.8S + ITS2). We sampled 18 populations (235 individuals) in North, Central West and Southeast. The three chloroplast regions generated a fragment of 1,519 base pairs and 37 haplotypes. We found high haplotype diversity (h = 0.839) and low nucleotide diversity (π = 0.00610 SD = 0.00311) and were found. A fragment of 506 base pairs was generated for nrDNA and 14 haplotypes were identified. The haplotype diversity (h = 0.336) was lower than chloroplast diversity but nucleotide diversity (π = 0.01669 SD = 0.00857) was higher. Populations of Tabebuia rosealba are highly differentiated (FST = 0. 684; p = 0.001) with low gene flow (Nm < 1.0) among all population pairs. Our results also showed significant population reduction followed by expansion (Mismatch Distribution SSD = 0.20746; p = 0.0002, Tajima D = - 1.766; p = 0.008, Fs = - 23.702; p = 0.001), and the Extended Bayesian Skyline Plot (EBSP) also showed population reduction. Coalescent dated tree showed an ancient time to most recent ancestor (TMRCA) dated from ~4.9 Ma (CI 95% 1.9 Ma) in the Pliocene. Both the median-joining network and the coalescent tree showed evidences of incomplete lineage sorting. Our data show that the current pattern of diversity found so far is in consonance with a wide distribution of this species in the past, strongly suggesting that the climate changes of the Quaternary Period had strongly influenced the genetic diversity pattern and the geographical distribution of the species. / Tabebuia roseoalba (RIDL.) Sandwith (Bignoniaceae) é amplamente distribuída em florestas estacionais semideciduais e deciduais neotropicais, do Nordeste para o Centro- Oeste e Sudeste do Brasil, sendo também encontrada no Paraguai, Bolívia e Peru. Conhecer o padrão filogeográfico desta espécie nos ajuda a entender quais eventos históricos influenciaram na atual distribuição geográfica das florestas estacionais. Sendo assim, estamos interessados em compreender os efeitos das mudanças climáticas do período quaternário sobre os atuais padrões de diversidade genética e distribuição geográfica da espécie T. roseoalba e das florestas estacionais. Os nossos resultados foram baseados em três regiões intergênicas cloroplastidiais (psbA-trnH, trnC-ycf6 e trnStrnG2S) e uma região ribossômica nuclear (nrDNA) (ITS1 + 5.8S + ITS2). Foram amostrados 235 indivíduos distribuídos em 18 populações coletadas nas regiões Norte, Centro-Oeste e Sudeste. As três regiões cloroplastidiais concatenadas geraram um fragmento de 1519 pares de bases, a diversidade haplotípica foi alta (h = 0,839) e a diversidade nucleotídica foi baixa (π = 0,00610 +/- 0,00311) e foram encontrados 37 haplótipos. Obteve-se um fragmento de 506 pares de bases para a região nuclear, uma diversidade haplotípica menor (h = 0,336) uma diversidade nucleotídica maior (π = 0,01669+/-0,00857) e 14 haplótipos foram identificados. Encontrou-se uma alta diferenciação entre as populações (FST = 0,684; p = 0,001), demonstrando insignificativo fluxo gênico. Foi encontrado sinal de retração seguido de expansão populacional (Distribuição de diferenças par a par SSD = 0,20746, p = 0,0002; D de Tajima D = -1,766, p = 0,008; teste de Fu FS = -23,706, p = 0,001), a análise de Extended Bayesian Skyline Plot (EBSP) também foi significativa, porém o índice de Raggedness não foi significativo (r = 0,029; p = 0,999). O ancestral comum mais recente entre as linhagens foi datado a cerca de ~4,9 ± 1,9 Ma (Ma) antes do presente no Plioceno. As redes de haplótipos e a árvore de coalescência mostraram não haver relação filogenética das linhagens e o espaço geográfico, evidenciando possivelmente arranjo incompleto de linhagem. Os nossos dados mostram que o atual padrão de diversidade encontrado é condizente com uma ampla distribuição desta espécie no passado, sugerindo que as oscilações climáticas do período Quaternário teriam influenciado grandemente o padrão da diversidade genética encontrada, a distribuição geográfica da espécie e das florestas estacionais neotropicais.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-05-19T21:05:23Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-05-20T14:05:11Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-20T14:05:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Elen Amoreli Gonçalves Cintra Miranda - 2014.pdf: 2511663 bytes, checksum: 82dcd84be188d0a4232f300033b12581 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-06-02 / The Savanna is highly diverse and has the richest flora and endemic in the world, comprising about 12,000 species of native plants. The family Myrtaceae is among the 10 families representative of this biome, comprising 14 genera. Among these, gender Campomanesia has several fruit species, known popularly as gabiroba. The species Campomanesia adamantium and Campomanesia pubescens have widespread occurrence in the Savanna. Its fruits can be consumed " in nature ", in the form of candy, ice cream , soft drinks and as flavoring in alcoholic distillates, besides having antidiarrheal properties, its bark and leaves are used in the form of teas. His exploration is by extractivism and can also be grown in small family orchards, being a source of extra income for some families. Thus, the study of genetic diversity and genetic structure of populations’ allies with other areas of knowledge can provide important information for planning and execution of native species conservation programs information. Currently, molecular markers have wide application for studies on the genetics of populations, among the types of markers used; microsatellites have been widely used in recent years by high power to detect genetic variability. Population - genetic studies of the genus Campomanesia sp. are scarce and so not found microsatellite markers available in the literature for any species of the Savanna o. In this context, the aim of this study was to test the potential for transferability of microsatellite markers derived gene regions (EST) developed for Eucalyptus sp., Campomanesia in two species (C. adamantium and C. pubescens), providing a panel of polymorphic markers for the species. To do so, we sampled two populations of each species and DNA was extracted from leaf tissue. The potential for transferability of 120 primers pairs were evaluated. The PCR products derived from the microsatellite markers were assessed in automatic transferred DNA analyzer. The array of genotypes was used to estimate the parameters of genetic variability for the panel of marker. Of the 120 primers tested, 87 were discarded for not having amplification products, many nonspecific fragments amplified 22 and 12 were considered successfully transferred the two species. The 12 markers transferred showed good discrimination power of the individual , with high probability of paternity exclusion (0,99939 to C. adamantium and 0,99982 for C. pubescens) and low probability of identity (5,718 x 10-10 for C. adamantium and 1,182 x 10-11 to C. pubescens). The average number of alleles at polymorphic loci was equal to 6,8 to C. adamantium, ranging from 2 (EMBRA1335 and EMBRA 1811) 16 (EMBRA 1364) and C. pubescens was 7,8 ranging from 2 (EMBRA1811 and EMBRA 1076) to 16 (EMBRA 2011) alleles per locus. Mean genetic diversity of Nei (1973) in populations was equal to 0,517 (C. adamantium) and 0,579 (C. pubescens). Mean observed heterozygosity (Ho) for the populations was equal to 0,505 (C. adamantium) and 0,503 (C. pubescens). For some markers for deviations expected for the Hardy-Weinberg equilibrium was observed due proportion’s estimates of intrapopulation inbreeding (f) were not significant for any population. Inbreeding full level (F) was significantly different from zero, suggesting some genetic variability structure populations. The structure of genetic variability in component among populations (θp) was equal to 0,105 (C. adamantium) and 0,249 (C. pubescens). / O Cerrado apresenta uma grande diversidade e possui a mais rica e endêmica flora do mundo, abrigando cerca de 12.000 espécies de plantas nativas. A família Myrtaceae está entre as 10 famílias representativas deste bioma, composta por 14 gêneros. Dentre estes, o gênero Campomanesia apresenta várias espécies frutíferas, conhecidas popularmente como gabiroba. As espécies Campomanesia adamantium e Campomanesia pubescens apresentam ampla ocorrência no Bioma Cerrado. Os seus frutos podem ser consumidos “in natura”, na forma de doces, sorvetes, refrescos e como flavorizantes em destilados alcoólicos, além de possuírem propriedades antidiarréicas, suas cascas e suas folhas são usadas sob a forma de chás. Sua exploração ocorre por extrativismo e, também, pode ser cultivada em pequenos pomares familiares, sendo uma fonte de renda extra para algumas famílias. Desta forma o estudo da diversidade genética e estrutura genética de populações aliados com outras áreas do conhecimento, pode fornecer informações importantes para o planejamento e execução de programas de conservação de espécies nativas. Atualmente, os marcadores moleculares têm ampla aplicação para estudos referentes à genética de populações. Dentre os tipos de marcadores utilizados, os microssatélites têm sido amplamente utilizados nos últimos anos, pelo alto poder de detecção da variabilidade genética. Estudos genéticos-populacionais com espécies do gênero Campomanesia sp. são escassos e não foram encontrados marcadores microssatélites disponíveis na literatura para nenhuma espécie do Cerrado. Nesse contexto, a proposta deste trabalho foi testar o potencial de tranferibilidade de marcadores microssatélites provinientes de regiões gênicas (EST) desenvolvidos para Eucalyptus sp., em duas espécies de Campomanesia (C. adamantium e C. pubescens), disponibilizando um painel de marcadores polimórficos para as espécies. Para tanto, foram amostradas duas populações de cada espécie e o DNA foi extraído a partir de tecido foliar. Foi avaliado o potencial de transferibilidade de 120 pares primers. Os produtos de PCR derivados dos marcadores microssatélites transferidos foram avaliados em analisador automático de DNA. A matriz de genótipos foi utilizada para estimar os parâmetros de variabilidade genética para o painel de marcadores. Dos 120 primers testados, 87 foram descartados por não apresentarem produtos de amplificação, 22 amplificaram muitos fragmentos inespecíficos e 12 foram considerados transferidos com sucesso para as duas espécies. Os 12 marcadores transferidos apresentaram bom poder de discriminação individual, com alta probabilidade de exclusão de paternidade (0,99939 para C. adamantium e 0,99982 para C. pubescens) e baixa probabilidade de identidade (5,718 x 10-10 para C. adamantium e 1,182 x 10-11 para C. pubescens). O número médio de alelos nos locos polimórficos foi igual a 6,8 para C. adamantium, variando entre 2 (EMBRA 1335 e EMBRA 1811) a 16 (EMBRA 1364) e em C. pubescens foi de 7,8 variando entre 2 (EMBRA 1811 e EMBRA 1076) a 16 (EMBRA 2011) alelos por loco. A média da diversidade genética de Nei (1973) nas populações foi igual a 0,517 (C. adamantium) e 0,579 (C. pubescens). A heterozigosidade média observada (Ho) para as populações foi igual a 0,505 (C. adamantium) e 0,503 (C. pubescens). Para alguns marcadores foi observado desvios para as proporções esperados para o equilíbrio Hardy-Weinberg. As estimativas de endogamia intrapopulacional (f) não foram significativas para nenhuma das populações. A endogamia total (F) foi significativamente diferentes de zero, sugerindo certa estruturação da variabilidade genética das populações. A estruturação da variabilidade genética no componente entre populações (θp) foi igual a 0,105 (C. adamantium) e 0,249 (C. pubescens).

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-01T13:42:46Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-01T13:43:15Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-01T13:43:15Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rhewter Nunes - 2015.pdf: 16056651 bytes, checksum: e2b26d20076c285e8944154d20506e8f (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-12-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), belonging to the Myrtaceae family, is a neotropical fruit tree species and native Brazilian Cerrado. As for the vast majority of neotropical species, very little is known about the genome of cagaiteira and genetic studies conducted so far are based on the use of a small number of molecular markers. In order to facilitate the development of genetic analysis studies in genomic scale for the species, this study aimed to identify and characterize variants of a single nucleotide (SNPs) in the genome of E. dysenterica using next-generation sequencing data. Genomic DNA libraries extracted from leaf tissue of five individuals of E. dysenterica, descendants of five distinct natural populations were subjected to sequencing on Illumina MiSeq platform, using the paired-end strategy (2x300). The sequences obtained were submitted to quality control examination to remove adapters and low quality regions. An assembly for the draft genome of E. dysenterica was produced by use of dipSPAdes program. To identify SNPs, after controlling for data quality, we performed the alignment of the assembly reads the draft with the BWA program and variants were identified using the platform of GATK tools. After three stages of filtration were identified 999,016 SNPs, with a Ts / Tv ratio equal to 1.86. We observed a density of one SNP every ~ 251 bases and most SNPs occurs in the context gene (59.79%). Most effects of putative SNPs identified are missense mutations (57.70%), but which have a low impact (0.74%). This work provides subsidies for the development of molecular markers for application in genomic studies of populations of E. dysenterica. / A cagaiteira (Eugenia dysenterica DC), pertencente à família Myrtaceae, é uma espécie vegetal neotropical, arbórea, frutífera e nativa do Cerrado brasileiro. Como ocorre para a grande maioria das espécies neotropicais, muito pouco se sabe sobre o genoma da cagaiteira e os estudos genéticos realizados até agora se fundamentam na utilização de um pequeno número de marcadores moleculares. A fim de viabilizar o desenvolvimento de estudos de análise genética em escala genômica para a espécie, esse trabalho teve como objetivo identificar e caracterizar variantes de um único nucleotídeo (SNPs) no genoma de E. dysenterica, utilizando dados de sequenciamento de nova geração. Bibliotecas de DNA genômico extraído de tecidos foliares de cinco indivíduos de E. dysenterica, descendentes de cinco populações naturais distintas, foram submetidas ao sequenciamento na plataforma Illumina MiSeq, utilizando a estratégia de paired-end (2x300). As sequências obtidas foram submetidas à análise de controle de qualidade para remoção de adaptadores e de regiões de baixa qualidade. Um draft assembly para o genoma de E. dysenterica foi produzido pela utilização do programa dipSPAdes. Para a identificação de SNPs, após o controle de qualidade dos dados, foi realizado o alinhamento dos reads ao draft assembly com o programa BWA e as variantes foram identificadas utilizando-se as ferramentas da plataforma GATK. Após três etapas de filtragem foram identificados 999.016 SNPs, apresentando uma relação Ts/Tv igual a 1,86. Observou-se uma densidade de um SNP a cada ~251 bases e que a maior parte dos SNPs ocorre em contexto gênico (59,79%). A maior parte dos efeitos putativos dos SNPs identificados são de mutações do tipo missense (57,70%), mas que apresentam um baixo impacto (0,74%). Esse trabalho fornece subsídios para o desenvolvimento de marcadores moleculares para aplicação em estudos de genômica de populações de E. dysenterica.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-19T11:37:57Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Stela Barros RIbeiro - 2016.pdf: 2466812 bytes, checksum: 6dcf03c36d51185279b526d71c61bd43 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-19T11:38:26Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Stela Barros RIbeiro - 2016.pdf: 2466812 bytes, checksum: 6dcf03c36d51185279b526d71c61bd43 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-19T11:38:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Stela Barros RIbeiro - 2016.pdf: 2466812 bytes, checksum: 6dcf03c36d51185279b526d71c61bd43 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-03-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The development of genomic analysis technologies, mainly the next generation sequencing platforms (NGS), has enabled to obtain a large amount of DNA sequencing information. The association between NGS data and cutting edge computational tools affords access to whole genome information for different organisms, through whole genome assembly (or partial) and structural and functional characterization. The cagaiteira tree (E. dysenterica DC.) is one of the Cerrado native species with potential utilization in crop production systems, due to its products exploration: fruits, leaves and bark. Besides, it has ecological importance for food availability to local fauna. Despite the efforts made, little is known about the organization and genetic structure of the cagaiteira tree. The previous researches take into account a reduced number of molecular markers applied to mating systems studies and effects of micro evolutionary events in populations. In this study we obtained an assembly and a partial characterization of E. dysenterica genome, regarding number, structure and function of genes and repetitive DNA. We obtained DNA sequences for five individuals from different populations using Illumina MiSeq sequencing platform. The quality control was performed with FasQc and Trimmomatic. We assembled the reads using dipSPAdes and used blastn and Samtools to verify the assembly quality. We used Repeat Masker, Repeat Modeler and QDD to identify and characterize the repetitive DNA content. For gene prediction and annotation we used AUGUSTUS and Blast2GO. The raw DNA sequences amounted 8.64 Gb, distributed in 63,017,960 reads. After trimming for low quality, the amount decreased to 5.63 Gb, distributed in 59,415,168 reads. After filtering for organellar DNA and contigs smaller than 500 bp, we assembled 130,243 contigs, representing 56.7% (~250 Mb) of estimated E.dysenterica genome size (~442 Mb). About 35.3% of genome assembled comprised repetitive regions, of which 27.1% are transposable elements (most LTR retrotransposons). We identified 55,491 microsatellite regions, 46,701 mononucleotides and 8,403 dinucleotides. The T/A motif was the most common follow by A/T and GA/TC. We predicted 60,171 gene fragments and 228,510 transcripts. We observed a gene density of 1 gene per 7.3 Kb and an average of 3.8 transcripts per gene. This study makes the cagaiteira tree the first native plant species from Cerrado of which genome was widely sampled and characterized using NGS data. / Com o desenvolvimento das tecnologias de análise genômica, entre elas o sequenciamento de nova geração (NGS), a obtenção de uma grande quantidade de dados de sequenciamento de DNA é hoje uma realidade. Estes dados, associados às ferramentas computacionais desenvolvidas para sua análise, permitem o acesso às informações sobre genomas de diversos organismos, através da montagem de suas sequências parciais ou completas, bem como sua caracterização estrutural e funcional. A cagaiteira (E.dysenterica DC.) é uma das espécies nativas do Cerrado que possui potencial de utilização em sistemas de produção agrícola, devido ao potencial de utilização de seus frutos, folhas e casca além de possuir grande valor ecológico, por servir de alimento para a fauna nas suas regiões de ocorrência. Apesar dos avanços obtidos, pouco se sabe sobre a organização e estrutura genética desta espécie, visto que os trabalhos já realizados fazem o uso de um pequeno número de marcadores moleculares, aplicados a estudos sobre sistema cruzamento e efeitos de eventos microevolutivos nas populações. Foi realizada a montagem e a caracterização parcial o genoma de E.dysenterica com relação à quantidade, estrutura e função de genes e DNAs repetitivos, de forma a agregar informações àquelas já existentes. DNAs de cinco indivíduos de populações distintas foram sequenciados utilizando a plataforma Illumina MiSeq. O controle de qualidade das sequências genômicas obtidas foi feito utilizando o FastQc e o Trimmomatic. O draft assembly foi obtido utilizando o dipSpades e o controle de qualidade do assembly foi feito utilizando o blastn e o SamTools. A identificação e caracterização de regiões repetitivas foi feita com os programas RepeatMasker, RepeatModeler e QDD. Para a predição e anotação de genes foram utilizados os programas AUGUSTUS e o Blast2GO. Foi obtido um volume inicial de 8,64 Gb de sequências, distribuídos em 63.017.960 reads. Este valor diminuiu para após o controle de qualidade, restando 5,63 Gb, distribuídos em 59.415.168 reads. Mesmo com diminuição da quantidade de dados, foi observado o aumento das taxas de alinhamento entre o genoma de E.dysentera e E.grandis, espécie mais próxima à cagaiteira, cujo genoma já foi sequenciado. Após a retirada de DNAs organelares e contigs menores que 500 bases, foram obtidos 130.243 contigs, representando 56,7% (~250 Mb) do tamanho estimado para o genoma de E.dysenterica (~442 Mb). Cerca de 35,3% do assembly é composto por regiões repetitivas das quais 27,1% são elementos transponíveis, sendo a maioria pertencente à ordem LTR retrotransposons. Foram identificadas 55.491 regiões microssatélites das quais 46.701 são monocleotídeos e 8.403 são dinucleotídeos. O motivo de repetição T/A foi o mais frequente, seguido por A/T e GA/TC. Foram preditos 60.171 fragmentos gênicos e 228.510 transcritos. Observou-se uma densidade de 1 gene a cada 7,3 kb e uma média de 3,8 transcritos por gene. Diante dos resultados obtidos e a abordagem utilizada, este trabalho faz da cagaiteira a primeira espécie vegetal nativa do Cerrado cujo genoma foi amplamente amostrado e caracterizado utilizando dados NGS.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-04-12T17:27:16Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kassyo Lobato Potenciano da Silva - 2017.pdf: 3631765 bytes, checksum: debcde89ec6bb553c1b37cafd56ee370 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-13T11:21:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kassyo Lobato Potenciano da Silva - 2017.pdf: 3631765 bytes, checksum: debcde89ec6bb553c1b37cafd56ee370 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-13T11:21:48Z (GMT). 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Iron is a vital micronutrient for all organisms, with the exception of some bacteria, participating in essential cellular processes, such as: DNA replication, oxidative stress, cellular respiration, oxygen transport, energy production, among others. During the infection, the host decreases the availability of iron to the pathogen to contain the advancement of the infection; while the pathogen activates mechanisms for obtain and use the metal to survive in the infected tissues, revealing a scenario of intense dispute. In order to characterize the presence of these systems in F. pedrosoi and C. carrionii, in sílico analyzes were performed, revealing the presence of orthologs for proteins involved in reductive iron assimilation, siderophore mediated uptake and regulators of capture and utilization strategies of the metal, these sequences containing conserved domains consistent with the predicted functions. The expression profile of transcripts demonstrated the induction of iron reducing scavengers, siderophore biosynthesis intermediates and the hapX positive regulator during iron deprivation, in addition to repressing the negative regulatory sreA. The production of siderophores was observed after qualitative approaches, and the siderophore ferricrocine was subsequently identified intra- and extracellularly in F. pedrosoi and C. carrionii. These siderophores were able to restore the growth of a mutant strain of ΔsidA from A. nidulans. Preferred iron sources were observed after growth assays and, in addition, some of these sources were used by F. pedrosoi and C. carrionii during infection in macrophages, demonstrating that these pathogens may have strategies for remodeling iron homeostasis for survival. / Os fungos polimórficos Fonsecaea pedrosoi e Cladophialophora carrionii são os principais agentes etiológicos da Cromoblastomicose (CBM), uma infecção micótica cutânea crônica, que ocorre principalmente em regiões tropicais úmidas. A escassez de protocolos terapêuticos eficazes somada ao polimorfismo clínico da CBM, conduzem a terapias prolongadas e elevada taxa de recidiva. Poucos são os dados a respeito da biologia molecular de F. pedrosoi e C. carrionii, embora alguns fatores de virulência já tenham sido descritos, salientando a necessidade de se explorar os mecanismos utilizados por estes patógenos durante a infecção. O ferro é um micronutriente vital para todos os organismos, com exceção de algumas bactérias, participando de processos celulares essenciais, tais como: replicação do DNA, combate ao estresse oxidativo, respiração celular, transporte de oxigênio, produção de energia, dentre outros. Durante a infecção o hospedeiro diminui a disponibilidade de ferro para o agente patogênico para conter o avanço da infecção; enquanto o patógeno ativa mecanismos de obtenção e utilização do metal para sobreviver nos tecidos infectados, revelando um cenário de intensa disputa. Com o objetivo de caracterizar a presença destes sistemas em F. pedrosoi e C. carrionii, análises in sílico foram realizadas, revelando a presença de ortólogas para proteínas envolvidas na assimilação redutiva de ferro, captação mediada por sideróforos e reguladores das estratégias de captação e utilização do metal, contendo estas sequências domínios conservados consistentes com as funções preditas. O perfil de expressão de transcritos demonstrou a indução de captadores redutivos de ferro, intermediários da biossíntese de sideróforos e do regulador positivo hapX durante a privação de ferro, além da repressão do regulador negativo sreA. A produção de sideróforos foi observada após abordagens qualitativas, sendo posteriormente identificado o sideróforo ferricrocina intra e extracelularmente em F. pedrosoi e C. carrionii. Estes sideróforos mostraram-se capazes de restaurar o crescimento de uma linhagem mutante de ∆sidA de A. nidulans. Fontes preferenciais de ferro foram observadas após ensaios de crescimento e, além disso, algumas destas fontes foram utilizadas por F. pedrosoi e C. carrionii durante infecção em macrófagos, demonstrando que estes patógenos podem possuir estratégias de remodelamento da homeostase de ferro para sobrevivência.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:41:32Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Débora Gonçalves Pereira - 2016.pdf: 4367121 bytes, checksum: 32f7357df870251cf9b52df110fc8207 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T13:41:51Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Débora Gonçalves Pereira - 2016.pdf: 4367121 bytes, checksum: 32f7357df870251cf9b52df110fc8207 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T13:41:51Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Débora Gonçalves Pereira - 2016.pdf: 4367121 bytes, checksum: 32f7357df870251cf9b52df110fc8207 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-09-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The fusarium wilt, caused by the fungus Fusarium oxysporium f sp phaseoli, is considered one of the most important diseases affecting the common bean crop, especially in areas of intense and successive crops in the winter crop. There is little information about the variability of the pathogen and few common bean cultivars used in Brazil are resistant. The objectives of this study were to identify lines of common bean, previously characterized as resistant to fusarium wilt under controlled conditions, which combine resistance to fusarium wilt in the field and other favorable characters; obtain and select segregating populations of common bean with black beans resistant to fusarium wilt, with high grain yield and commercial grain size; select promising black bean lines with resistance to fusarium wilt, high grain yieldy and mass of 100 grains; estimate correlations and genetic and phenotypic parameters for these three characters. In the evaluation of the elite lines previously obtained as resistant to fusarium wilt, the tests were conducted in a randomized block design with three replications and plots consisting of four rows of four meters. Six lines were used, one carioca and five black beans, along with five cultivars in 28 experiments, between the years 2009 to 2011, in wet, winter and rainy growing seasons, at Paraná, Distrito Federal and Goiás States. In these trials were carried out evaluations for grain yield, plant architecture, lodging tolerance, reaction to fusarium wilt and reaction to anthracnose. Variance and mean grouping test analyzes were performed for the data obtained from five traits and analysis of adaptability and stability was realized for grain yield, using the method Nunes. For obtaining and selecting segregating populations under field conditions, the segregating populations were obtained from crosses in complete diallel scheme. Crosses were realized with eight lines with black granis and with different levels of resistance to fusarium wilt. The trials were composed by 28 populations obtained and two cultivars, one resistant and one susceptible to fusarium wilt. The populations obtained were evaluated in a randomized block design with three replications, in F2, F3 and F4, in winter/2012, winter/2013 and winter/2014, respectively. The three trials were conducted in Santo Antônio de Goiás in field infested by Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli under irrigation by central pivot. The reaction to fusarium wilt, grain yield and weight of 100 grains were evaluated. Analyses were performed for individual and joint variance and for reaction to fusarium wilt was also carried out diallel analysis according Griffing (1956). Means were grouped using the Scott knot test. From the data obtained, two segregating populations were selected. 58 lines from each population were obtained, totalizing 116 lines which were evaluated with five controls. The evaluation of the lines was carried out in the winter/2015 in triple lattice design 11x11 with plots of two lines of 3 meters, also in Santo Antônio de Goiás - GO, in naturally infested area. There is variability in reaction to fusarium wilt, grain yield, plant architecture, lodging tolerance and reaction to anthracnose, among the lines evaluated. The genotype x environment interaction is important for the five characters evaluated. The five lines of black beans (CNFP 15867, CNFP 15870, CNFP 15869, CNFP 15868 and CNFP 15871) were resistant to fusarium wilt. Already CNFC 15872 line, with carioca grain, showed moderately susceptible. The CNFP 15867 and CNFP 15870 lines showed potential for use in breeding. BRS Esplendor cultivars and BRS Notavel are also good choices for planting in areas with fusarium wilt, with good agronomic performance. Regarding the evaluation of segregating populations was detected genetic variability for the three characters. The diallel analysis for reaction to wilt fusarium showed difference between the general combining ability (CGC) of parents and between the specific combination capacity (CEC) of the populations. The resistance to fusarium wilt was explained by additive and non-additive effects. The CNFP 15867 line showed positive estimate of CGC, been indicated for new crosses. Considering together, the mean of population for all traits and diallel analysis for reaction to fusarium wilt, populations BRS Esplendor x BRS Expedito and BRS Expedito x CNFP 15867 were selected. Considering the lines obtained from these two populations, the estimates of heritability, genetic variance and gain expected selection were high for the three traits, indicating good chance of successful selection. Considering the simultaneous selection, it was possible to obtain gains for the three traits, especially for reaction to fusarium wilt (31%). Eight lines have been identified that meet resistance to fusarium wilt, high grain yield and good grain size. There was a significant genetic correlation between fusarium wilt and grain yield, so lines resistant to fusarium wilt present high grain yield. / A murcha-de-fusário, causada pelo fungo Fusarium oxysporium f sp phaseoli, é considerada uma das doenças mais importantes que acometem a cultura do feijoeirocomum, sobretudo em áreas de cultivos intensos e sucessivos na safra de inverno. Existem poucas informações acerca da variabilidade do patógeno e poucas cultivares de feijoeiro-comum utilizadas no Brasil são resistentes. Assim, os objetivos deste trabalho foram: identificar linhagens elite de feijoeiro-comum, previamente caracterizadas como resistentes à murcha-de-fusário em condições controladas, que associem resistência à murcha-de-fusário em campo e outros caracteres favoráveis; obter e selecionar populações segregantes de feijoeiro-comum com grãos pretos resistentes à murcha-de-fusário, com alta produtividade e tamanho comercial de grãos; selecionar linhagens de grãos pretos promissoras com resistência à murchade- fusário, alta produtividade e massa de 100 grãos; estimar correlações e parâmetros genéticos e fenotípicos para esses três caracteres. Na avaliação das linhagens elite previamente obtidas como resistentes à murcha-de-fusário, os ensaios foram conduzidos em delineamento blocos ao acaso, com três repetições e parcelas constituídas de quatro linhas de quatro metros. Foram avaliadas seis linhagens, sendo uma do tipo carioca e cinco de grãos pretos, juntamente com cinco cultivares, em 28 experimentos, entre os anos de 2009 a 2011, nas safras da seca, inverno e das águas, nos Estados de Paraná, Distrito Federal e Goiás. Nesses experimentos foram realizadas avaliações para produtividade de grãos, arquitetura de plantas, tolerância ao acamamento, reação à murcha-de-fusário e reação à antracnose. Foram realizadas análises de variância e testes de agrupamento de médias para os dados obtidos dos cinco caracteres e análise de adaptabilidade e estabilidade para a produtividade de grãos, utilizando o método de Nunes. Para a obtenção e seleção de populações segregantes, em condições de campo, as populações segregantes foram obtidas a partir de cruzamentos em esquema de dialelo completo sem recíprocos. Foram cruzadas oito linhagens/cultivares de feijoeiro-comum com grãos pretos com níveis diferenciados de resistência à murcha-de-fusário. Os ensaios foram compostos pelas 28 populações obtidas nos cruzamentos e duas testemunhas, sendo uma resistente e outra suscetível à murcha-de-fusário. As populações obtidas foram avaliadas em delineamento em blocos casualizados com três repetições, nas gerações F2, F3 e F4, nas safras de inverno/2012, inverno/2013 e inverno/2014, respectivamente. Os três ensaios foram conduzidos em Santo Antônio de Goiás em campo infestado por Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli sob irrigação por pivô central. Foram avaliadas a reação à murcha-de-fusário, produtividade e massa de 100 grãos. Realizaram-se análises de variância individual e conjunta e para reação a murcha-de-fusário também foi realizada análise dialélica segundo Griffing (1956). As médias foram agrupadas utilizando-se o teste de scott knot. A partir dos dados obtidos, foram selecionadas duas populações segregantes, das quais foram obtidas 58 linhagens de cada uma, totalizando 116 linhagens, que foram avaliadas juntamente com cinco testemunhas. A avaliação das linhagens foi realizada na safra de inverno/2015, em delineamento látice triplo 11x11, com parcelas constituídas de duas linhas de 3 metros, também em Santo Antônio de Goiás – GO, em área infestada naturalmente. Existe variabilidade para reação à murcha-de-fusário, produtividade de grãos, arquitetura de plantas, tolerância ao acamamento e reação à antracnose, entre as linhagens avaliadas. A interação genótipos x ambientes é importante para os cinco caracteres avaliados. As cinco linhagens de grãos pretos (CNFP 15867, CNFP 15870, CNFP 15869, CNFP 15868 e CNFP 15871) foram resistentes à murcha-de-fusário. Já a linhagem CNFC 15872, de grão carioca, apresentou-se moderadamente suscetível. As linhagens CNFP 15867 e CNFP 15870 apresentaram potencial para utilização em novos cruzamentos, entretanto, não superaram as melhores testemunhas. As cultivares BRS Esplendor e BRS Notável ainda são boas opções para plantio em áreas com incidência de murcha-de-fusário, apresentando bom desempenho agronômico. Com relação à avaliação das populações segregantes, detectou-se variabilidade genética para os três caracteres. A análise dialélica para reação à murcha-de-fusário mostrou diferença entre as capacidades gerais de combinação (CGC) dos genitores e entre as capacidades específicas de combinação (CEC) das populações. A resistência a murcha-de-fusário foi explicada pelos efeitos aditivos e não-aditivos. A linhagem CNFP 15867 apresentou estimativa positiva de CGC, sendo indicada para realização de novos cruzamentos. Considerando em conjunto, a média das populações para todos os caracteres e a análise dialélica para reação à murcha-de-fusário, foram selecionadas as populações BRS Esplendor x BRS Expedito e BRS Expedito x CNFP 15867. Considerando as linhagens obtidas dessas duas populações, as estimativas de herdabilidade, variância genética e ganho esperado com a seleção foram elevadas para os três caracteres, indicando boa possibilidade de sucesso com a seleção. Considerando a seleção simultânea, foi possível obter ganhos para os três caracteres, com destaque para a reação à murcha-de-fusário (31%). Foram identificadas oito linhagens que reúnem resistência à murcha-de-fusário, alta produtividade e bom tamanho de grão. Foi identificada correlação genética significativa entre murcha-defusário e produtividade de grãos, portanto linhagens resistentes à murcha-de-fusário são mais produtivas.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:12:04Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Isabela Pavanelli de Souza - 2014.pdf: 8334281 bytes, checksum: 3dab37e35c18875483625a1b3a46036d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-18T14:13:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Isabela Pavanelli de Souza - 2014.pdf: 8334281 bytes, checksum: 3dab37e35c18875483625a1b3a46036d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-18T14:13:10Z (GMT). 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We did a genome assembly and annotation of a Brazilian sugarcane cultivar (RB867515) genome region, correspondent to eight R570 homologous sequences already published. We use high qualities paired-ends libraries produced by Illumina HiSeq 2000 sequencing platform. The reads were aligned against eight R570 BACs (Bacterial Artificial Chromosome) sequences stored in NCBI using Bowtie2. We used MaSuRCA to assemble the aligned reads de novo, and the consensus sequences were obtained with SAMtools mpileup option. The transposable elements were identified using RepeatMasker and the gene regions were annotated with Blastx against the GenBank non-redundant protein database. After that, the consensus sequences were aligned with the matching reference (R570) using ClustalW in Mega software, to look for the percentage of mismatches and conserved sites between them. We obtained the number of scaffolds bigger than 1 kb ranging from 607 to 2,884, and the longest scaffold had near 21 kb. The consensus sequence length ranged from 81 to 142 kb, and the recovery rate relative to the reference ranged from 82% to 97%. The sequences amounted 1 Mb of RB867515 cultivar genome. We identified 5,145 repeated elements, which 4,662 were microsatellite and 460 were transposable elements, amounted 225 kb of repeated sequences. Among the mobile elements, the retrotransposons comprises 15% of nucleotide composition, ranging from 8% to 29% among BACs. The 134 genes identified on the eight BAC consensus sequences comprised a total of 243 kb, resulting in a density of one gene per 7.2 kb. The average number of genes per BAC was 16, with an average gene length of 1,841 bp. The percentage of mismatches between the RB867515 and R570 BACs ranged from 0.27% to 1.32%. The sugarcane BACs correspond to homeologous genomic regions, with this alignment we can suggest high divergence inside an homeologous group. / A cana-de-açúcar é reconhecida como uma das mais importante culturas do mundo, pela utilização dos seus subprodutos. O genoma da cana-de-açúcar é um dos mais complexos entre as plantas cultivadas, com aproximadamente 10 Gb. Seu genoma completo ainda não foi sequenciado, mas o surgimento e a popularização de novas ferramentas de análise genômica possibilitaram estudos refinados sobre essa cultura. Com o grande volume de informações que é possível gerar, a demanda atual é a produção ferramentas eficientes para o processamento dos dados. Foi realizado um assembly e anotação de uma região do genoma da cultivar RB867515 correspondente às sequências de 8 BACs da cultivar R570. As regiões correspondentes foram obtidas por alinhamento usando Bowtie2 com reads de bibliotecas paired-ends produzidos por sequenciador automático de nova geração e montados de novo utilizando MaSuRCA. Os scaffolds foram alinhados às sequência de referência usando BWA-SW, e as sequências consenso foram obtidas pela opção mplieup do SAMtools. Reads de cDNA de cinco tecidos vegetais, provenientes de 30 genótipos de cana-de-açúcar obtidos pela estratégia RNA-seq, foram mapeados nas sequências consenso a fim de identificar as regiões gênicas, que foram anotadas utilizando Blastx contra o banco de proteínas não redundante no GenBank. As regiões repetitivas foram determinadas pelo RepeatMasker e os microssatélites pelo IMEX. Para a comparação entre as sequências das duas cultivares, foi realizado uma alinhamento das sequências correspondentes nos dois genomas utilizando ClustalW no software Mega. O assembly das oito regiões, gerou de 607 à 2884 scaffolds maiores que 1 kb, com o maior scaffold chegando a 21 kb. As sequências consenso variam de 81 a 142 kb de tamanho, representando uma taxa de recuperação em relação à referência de 82% a 97%. O tamanho total das sequências montadas somou quase 1 Mb do genoma da cultivar de cana-deaçúcar. Em relação à anotação, foram identificados 5145 elementos genéticos repetitivos, em que 4662 são microssatélites e 460 são transposons, totalizando 225 kb em sequências repetidas ao longo dos BACs. Dentro do grupo dos elementos genéticos móveis os retrotransposons são maioria, com 15% da composição nucleotídica, variando de 8% a 29% entre os BACs. Foram identificados 134 genes nas oito sequências de cana-de-açúcar analisadas, totalizando 243 kb. O número de genes por BAC variou de 11 a 26, com uma média de 16 genes por BAC. Os genes encontrados apresentaram tamanho médio de 1841 pb, variando de 443 (BAC1) à 6316 pb (BAC3). A densidade de genes média foi de 1 gene por 7,2 kb. A porcentagem de mismatches entres as sequências dos BACs de RB867515 variou de 0,27% a 1,32%. Os BACs de cana-deaçúcar correspondem a regiões genômicas homeólogas, com o alinhamento realizado com as duas cultivares pode-se sugerir que existe alta divergência dentro do grupo de homeologia.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-20T14:07:53Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lamartine Nogueira Gonzaga - 2017.pdf: 2017508 bytes, checksum: 1af67174911634205aaa1738758578cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-04-20T14:08:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lamartine Nogueira Gonzaga - 2017.pdf: 2017508 bytes, checksum: 1af67174911634205aaa1738758578cd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-20T14:08:10Z (GMT). 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Later, they were measured the morpho-agronomic variables: leaf length, leaf width, petiole length, petile diameter, leaf angle, leaflets angle and chlorophyll index. Growth dynamics and analysis of variance were performed to estimate genetic and statistical parameters and selection gain, for growth traits. Data from 113 progenies were used to estimate phenotypic and genetic correlation coefficients. It was also determined the relative importance of the variables for genetic divergence. The dynamics of growth were different in different periods, which is attributed to the formation of the root system in the initial phase of growth. The effects of progeny and subpopulation explain considerably part of the total variation, being significant between and, predominantly, not significant within subpopulations for the growth variables. The morpho-agronomic traits showed significant variation within subpopulations. The cluster analysis showed the formation of two distinct groups which corroborates a population study previously carried out with molecular markers. There is significant variation between subpopulations for growth trais, with possibility of selection for these variables. Based on morphological agronomic variables, the genetic variability is structured among subpopulations. Plants with high growth rates in height have a high growth rate of stem diameter. The variables petiole length (CP), petiole diameter (DP) and final stem diameter (DF) were the most determinant in the discrimination of accessions. / O jatobá-do-cerrado é uma espécie nativa do Cerrado, classificada como prioritária para a pesquisa e exploração sustentada em médio prazo, para produção de frutos. Há variação fenotípica na espécie que permite a distinção de três variedades por caracteres das folhas. O presente estudo teve como objetivo caracterizar e avaliar a magnitude e distribuição da variabilidade genética de uma coleção de germoplasma da espécie. O material experimental foi constituído por 336 acessos de 120 progênies maternas, de 24 subpopulações amostradas no Cerrado. Foram realizadas leituras das variáveis de crescimento: altura da planta, diâmetro do caule, número de ramificações e número de folhas. Posteriormente foram mensuradas as variáveis morfoagronômicas: comprimento do entrenó, comprimento do folíolo, largura do folíolo, comprimento do pecíolo, diâmetro do pecíolo, ângulo da folha, ângulo dos folíolos e índice de clorofila. Foi avaliada a dinâmica do crescimento e estimados componentes de variância para obtenção de parâmetros genéticos, estatísticos e ganho de seleção para os caracteres do crescimento. Dados de 113 progênies foram utilizados na estimativa de coeficientes de correlação. Foi determinada, ainda, a importância relativa das variáveis para a divergência genética. A dinâmica do crescimento foi diferente em períodos distintos, o que é atribuído à formação do sistema radicular na fase inicial de crescimento. Os efeitos de progênie e subpopulação explicam consideravelmente parte da variação total captada, sendo significativa entre e, predominantemente, não significativa dentro de subpopulações para as variáveis do crescimento. Com os caracteres morfoagronômicos houve significativa variação dentro de subpopulações. A análise de divergência por agrupamento mostrou a formação de dois grupos distintos o que corrobora estudo populacional realizado anteriormente com marcadores moleculares. Existe variação significativa entre subpopulações para os caracteres de crescimento, com possibilidade de seleção para estas variáveis. Há, com base em variáveis morfoagronômicas, estruturação da variabilidade genética entre subpopulações. Plantas com elevadas taxas de crescimento em altura apresentam elevada taxa de crescimento do diâmetro do caule. As variáveis avaliadas comprimento do pecíolo (CP), diâmetro do pecíolo (DP) e diâmetro final do caule (DF) foram as mais determinantes na discriminação dos acessos.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-05-04T19:08:19Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tiago Quaggio Vieira - 2017.pdf: 2182301 bytes, checksum: 3449d810c4ce0f711d0fb40c6df12ad7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-05-05T13:00:08Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tiago Quaggio Vieira - 2017.pdf: 2182301 bytes, checksum: 3449d810c4ce0f711d0fb40c6df12ad7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-05T13:00:08Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Tiago Quaggio Vieira - 2017.pdf: 2182301 bytes, checksum: 3449d810c4ce0f711d0fb40c6df12ad7 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / A região Sudoeste do estado de Goiás, originalmente coberta pelo Cerrado, é hoje caracterizada pela presença de grandes propriedades rurais produtoras de algodão, soja e milho. As monoculturas, em especial as de grãos, causam sérios impactos ao meio ambiente: empobrecimento e dano genômico, erosão do solo, contaminação por agrotóxicos, compactação do solo, queimadas e desmatamento. O último grande remanescente de vegetação nativa de Cerrado na região está protegido pelo Parque Nacional das Emas, que possui uma área de 132 mil hectares. A proposta deste estudo é avaliar o dano no DNA em girinos de Hypsiboas albopunctatus submetidos a diferentes níveis de exposição às pressões antrópicas do sistema de produção agrícola predominante na região. Tal avaliação foi realizada por meio de ensaio cometa, a partir de amostras sanguíneas obtidas desses girinos, coletados no Parque Nacional das Emas e entorno, tais coletas foram feitas ao longo do primeiro trimestre de 2016. Essa espécie de anuro possui ampla distribuição geográfica e é considerada abundante, características importantes para eleger um organismo como bioindicador de qualidade ambiental. As amostras foram coletadas em ambiente de veredas, com solo encharcado e presença de poças temporárias e permanentes. A amostragem foi dividida em dois tipos de ambiente: a) dentro do Parque Nacional, onde os impactos antrópicos são significativamente menores, não havendo pulverização direta de agrotóxicos ou qualquer tipo de alteração física da paisagem natural, e, b) fora dos limites da unidade de conservação, onde a vegetação nativa foi quase totalmente suprimida e a exposição direta a agrotóxicos é frequente. Dessa forma foi comparado o DNA dos girinos por meio de ensaio cometa, para verificar se no ambiente protegido do Parque Nacional das Emas o dano no material genético difere significativamente em relação ao ambiente antropizado, externo à Unidade de Conservação. Após a realização das análises foi possível constatar que o dano encontrado no DNA de girinos da espécie Hypsiboas albopunctatus foi maior nas amostras provenientes de áreas externas ao parque, intermediário nas áreas internas mais próximas da borda do Parque Nacional das Emas e reduzidos nas áreas centrais e mais próximas do centroide, corroborando a hipótese de que os impactos intermediate in the internal areas closer to the edge of the Emas National Park and reduced in the central areas and closer to the centroid, corroborating the hypothesis that environmental impacts, which are severe outside the protected area boundaries, would have a detrimental effect on biodiversity, including at the molecular level. / A região Sudoeste do estado de Goiás, originalmente coberta pelo Cerrado, é hoje caracterizada pela presença de grandes propriedades rurais produtoras de algodão, soja e milho. As monoculturas, em especial as de grãos, causam sérios impactos ao meio ambiente: empobrecimento e dano genômico, erosão do solo, contaminação por agrotóxicos, compactação do solo, queimadas e desmatamento. O último grande remanescente de vegetação nativa de Cerrado na região está protegido pelo Parque Nacional das Emas, que possui uma área de 132 mil hectares. A proposta deste estudo é avaliar o dano no DNA em girinos de Hypsiboas albopunctatus submetidos a diferentes níveis de exposição às pressões antrópicas do sistema de produção agrícola predominante na região. Tal avaliação foi realizada por meio de ensaio cometa, a partir de amostras sanguíneas obtidas desses girinos, coletados no Parque Nacional das Emas e entorno, tais coletas foram feitas ao longo do primeiro trimestre de 2016. Essa espécie de anuro possui ampla distribuição geográfica e é considerada abundante, características importantes para eleger um organismo como bioindicador de qualidade ambiental. As amostras foram coletadas em ambiente de veredas, com solo encharcado e presença de poças temporárias e permanentes. A amostragem foi dividida em dois tipos de ambiente: a) dentro do Parque Nacional, onde os impactos antrópicos são significativamente menores, não havendo pulverização direta de agrotóxicos ou qualquer tipo de alteração física da paisagem natural, e, b) fora dos limites da unidade de conservação, onde a vegetação nativa foi quase totalmente suprimida e a exposição direta a agrotóxicos é frequente. Dessa forma foi comparado o DNA dos girinos por meio de ensaio cometa, para verificar se no ambiente protegido do Parque Nacional das Emas o dano no material genético difere significativamente em relação ao ambiente antropizado, externo à Unidade de Conservação. Após a realização das análises foi possível constatar que o dano encontrado no DNA de girinos da espécie Hypsiboas albopunctatus foi maior nas amostras provenientes de áreas externas ao parque, intermediário nas áreas internas mais próximas da borda do Parque Nacional das Emas e reduzidos nas áreas centrais e mais próximas do centroide, corroborando a hipótese de que os impactos intermediate in the internal areas closer to the edge of the Emas National Park and reduced in the central areas and closer to the centroid, corroborating the hypothesis that environmental impacts, which are severe outside the protected area boundaries, would have a detrimental effect on biodiversity, including at the molecular level.