Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-24. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:27:11Z : No. of bitstreams: 1 000843769.pdf: 2393250 bytes, checksum: 8fc6404791a243e0e69ba4d6f4a32b14 (MD5) / inus caribea var. hondurensis é a espécie do gênero Pinus mais importante para regiões tropicais. Sua madeira e resina são utilizadas em vários nichos do setor florestal. Porém, a oferta de sementes com qualidade genética é disponibilizada somente por poucas empresas privadas e instituições públicas. Com o objetivo de contribuir para o avanço do programa de melhoramento de Pinus, a proposta do trabalho foi verificar o efeito de competição sobre as estimativas dos parâmetros e do ganho genético de um teste de progênies de P. caribaea var. hondurensis para produção de madeira e resina, bem como analisar a relação entre esses caracteres. O experimento foi estabelecido em delineamento látice 10 x 10, triplo, com 100 tratamentos (96 progênies de um pomar de sementes clonal de P. caribaea var. hondurensis e quatro testemunhas comerciais), dez plantas por parcelas, no espaçamento de 3 x 3 m. Aos 12 anos após o plantio foi realizado um desbaste seletivo, com base nos caracteres silviculturais, mantendo-se seis plantas por parcela. Aos 27 anos após o plantio, a altura total, o diâmetro à altura do peito e a produção de resina dos indivíduos remanescentes foram mensurados. Análise de deviance e as estimativas dos parâmetros genéticos, o ganho esperado na seleção foram realizadas com e sem o efeito de competição, de acordo com o procedimento REML/BLUP. Ainda foram estimados, as correlações genéticas e fenotípicas e a divergência genética. Diferenças fenotípicas significativas, principalmente considerando o efeito da covariável, foram observadas entre e dentro de progênies para todos caracteres avaliados. O desbaste realizado aos 12 anos após o plantio influenciou de modo positivo os caracteres diâmetro à altura do peito e produção de resina. Os valores médios desses caracteres foram de 30,62 cm e 4,83 kg/arv .- 1 /ano -1, respectivamente. Os coeficientes de... / Pinus caribea var. hondurensis is a species of the genus Pinus which is very important to tropical regions. Its wood and resin are used in various niches of the forest sector. However, the supply of quality genetic seeds are produced by few private companies and public institutions, especially by those in the resin sector. The aim is to contribute to the advances in P. caribaea var. hondurensis breeding cycles. The purpose of this work was to verify the competition effect on the estimates of genetic parameter and gain of a P. caribaea var. hondurensis progeny trial for wood and resin production as well as to verify the correlation between these traits. The experiment was established in lattice design 10 x 10 (triple), 100 treatments (96 progeny of a clonal seed orchard and four commercial control of P. caribaea var. hondurensis), 10 plants by plot, spaced at 3 m x 3 m. At twelve years after planting the test plots was thinning which left six plants per plot. The total height, diameter at breast height and the resin production o fall remaining were measured at 27 years following the planting. Analysis of deviance, genetic parameter estimates, the expected gain in the selection, with and without competition effect, and genetic and phenotypic correlation was based on REML/BLUP procedure. Significant phenotypic differences were observed among and within progeny for all available traits, especially with regards to evaluating the competition effect. The thinning at 12 years after planting contributed positively to the increase of plant diameter at breast height and resin production, with an average of 30.62cm and 4.83kg/tree .-1 /year -1 . The individual narrow sense of heritability ranged from 0.25 to 0.38 for dbh and volume. The correlations between the growing traits were positive and significant. Therefore, different selection methods will be proposed separately for two traits (resin and wood). Despite ...

Made available in DSpace on 2014-11-10T11:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-11-10T11:57:53Z : No. of bitstreams: 1 000791330.pdf: 838305 bytes, checksum: f521bf96d8512ac72dff3f5b59e3638f (MD5) / A identificação de genes que influenciam características de produção e composição do leite tem sido o foco de vários estudos nos últimos anos, como o caso do gene candidato DGAT1, reconhecidamente envolvido com o conteúdo de gordura no leite sendo de grande interesse para o melhoramento de rebanhos leiteiros. Outro gene importante, o A2M, apresenta associação aos processos celulares do sistema imune, como a contagem de células somáticas (CCS), diretamente ligada à qualidade do leite e saúde dos animais. Nesse contexto, objetivou-se verificar a existência de polimorfismos em regiões específicas dos dois genes descritos e possíveis associações na produção de leite e seus constituintes em bubalinos. Para tanto, um grupo de animais formado inicialmente por 200 búfalas foi avaliado. Amostras de folículos pilosos dos referidos animais foram utilizadas para extração de DNA. Mediante PCR, foram amplificados fragmentos que, posteriormente, foram analisados através do sequenciamento. Foram identificados SNPs, avaliadas as frequências alélicas e genotípicas, foi realizado o teste de desequilíbrio de ligação e também, análises de variância dos efeitos dos SNPs. Foram identificados ao todo seis SNPs, sendo que apenas três encontravam-se em região codificante, dois no éxon 17 do gene DGAT1 (SNP 162G/A e 164C/T) e um no éxon 29 do gene A2M (SNP 241A/G). O SNP 164C/T apresentou associação com as características porcentagem de gordura e porcentagem de proteína no leite em nível de 5% de significância, já o SNP 241A/G além de apresentar associação com as mesmas características, apresentou também com a característica produção de gordura. Diante desses resultados, supõe-se a relação dos SNPs encontrados e identificados nas regiões codificantes do DNA com características de composição e qualidade do leite, podendo, estes SNPs serem utilizados como marcadores ... / The search for genes that affect milk yield and composition traits has been the aim of many studies in recent years, as the case of candidate gene DGAT1, admittedly involved with the fat content in milk being of great interest to breeders of dairy herds. Another important gene, A2M, has association with cellular processes of the immune system, such as somatic cell count (SCC), directly linked to milk quality and animal health. The aim of the present study was to verify the existence of polymorphisms in this two genes and their effects in composition and milk yield traits in breed buffaloes (Bubalus bubalis). The sample was constituted by 200 buffaloes cows. Hair were used for the extraction of DNA. After PCR, the samples were analyzed by sequencing techniques. Were found six SNPs, but only three in the coding region, two in exon 17 of the DGAT1 gene (SNP 162G/A and 164C/T) and one in exon 29 of the gene A2M (SNP 241A/G ). The SNP 164C/T was associated with the characteristics fat percentage and protein percentage in milk at 5% significance, since the SNP 241A/G besides having association with the same characteristics, also presented with the characteristic fat production. Before addition, is supposed there may be some relation of this SNPs and characteristics of composition from milk like, production and percents of fat and protein in to the milk. Therefore, it can be completed these SNPs can be used as moleculars markers in MAS in buffaloes

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-20Bitstream added on 2015-03-03T12:06:40Z : No. of bitstreams: 1 000803969_20150720.pdf: 643146 bytes, checksum: a04c312640647b4a3c3106b674f7c7b5 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-03T12:21:05Z: 000803969_20150720.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-03T12:22:19Z : No. of bitstreams: 1 000803969.pdf: 1435369 bytes, checksum: adeae4931f4ad905d18da0f6d68ce156 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os Transtornos do Espectro do Autismo (TEA) são afecções neuropsiquiátricas graves que se caracterizam por dificuldades, de início precoce, no domínio da comunicação social, por comportamentos atípicos, repetitivos e interesses restritos. Em cerca de 10 a 25% dos casos a etiologia pode ser esclarecida, o que reflete a natureza complexa e heterogênea da doença. Embora diversos fatores ambientais estejam relacionados com a etiopatogenia, muitos estudos, inclusive com gêmeos, mostram que a participação dos fatores genéticos é inequívoca. A literatura tem revelado, de maneira progressiva, muitos genes e variantes genéticas relacionados com a predisposição a estas afecções. Polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) têm sido considerados marcadores genéticos de predisposição a várias doenças complexas, o que sugere que também podem estar relacionados aos TEA. Há referências da associação de variantes comuns do gene sináptico CNTNAP2 com diferentes fenótipos neuropsiquiátricos e alterações no desenvolvimento da linguagem. SNPs do gene ADA, envolvido em neurotransmissão e metabolismo das purinas, também já foram associados a uma diminuição de atividade enzimática e predisposição ao fenótipo autista. Este estudo objetivou avaliar SNPs destes dois genes em autistas e controles, para investigar uma possível associação com o fenótipo comportamental. Foram avaliados dois SNPs (rs7794745 e rs2710102) do gene CNTNAP2 e o SNP G22A do gene ADA, genotipados em 210 indivíduos com TEA idiopático e em 200 indivíduos controles. A análise molecular foi feita por reação em cadeia da polimerase – polimorfismo de fragmentos de restrição (PCR-RFLP). Para análise estatística foi adotado nível de significância de 5%. Os resultados revelaram associação entre o SNP rs7794745 (OR=1,802, IC95%=1,054-3,083, p=0,042) em homozigose (TT) com a predisposição aos TEA na população estudada. Os indivíduos do sexo ... / Autism Spectrum Disorders (ASD) are severe neuropsychiatric disorders characterized by difficulties with early onset, in the field of social communication, atypical behaviors, restricted and repetitive interests. In about 10-25% of cases the etiology can be clarified, which reflects the complex and heterogeneous nature of the disease. Although several environmental factors are related to the pathogenesis, many studies, including twins, have showed that the involvement of genetic factors is clear. The literature has revealed, progressively, many genes and genetic variants related to the predisposition to these disorders. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) have been considered genetic markers of predisposition to various diseases complex, suggesting that can also be related to ASD. There are references of association the common variants of the CNTNAP2 synaptic gene with different neuropsychiatric phenotypes and changes in language development. SNPs of ADA gene, involved in neurotransmission and metabolism of purines, have also been associated with a decrease in enzyme activity and predisposition to autism phenotype. This study aimed to evaluate SNPs of these two genes in autistic patients to investigate a possible association with the behavioral phenotype. It was evaluated two SNPs (rs7794745 and rs2710102) of the CNTNAP2 gene and the SNP G22A of the ADA gene, genotyped in 210 individuals with idiopathic ASD and 200 control subjects. Molecular analysis was performed by polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). A 5% alpha error was considered significant in statistical analysis. The results revealed association between the SNP rs7794745 (OR = 1.802; 95%CI = 1.054 - 3.083; p = 0.042) in homozygous (TT) with predisposition to ASD at our study population. Affected individuals males also showed a significantly higher frequency of this polymorphism (p = 0.021) compared to men in the control group. For ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-10-11Bitstream added on 2014-06-13T19:14:38Z : No. of bitstreams: 1 000738835.pdf: 2748761 bytes, checksum: dcad72914370b9d270982eb35f883ae3 (MD5) / O presente estudo foi realizado no período de janeiro de 2012 a janeiro de 2013 em fazendas leiteiras da região de Dracena, São Paulo. Durante o período, foram coletadas 800 amostras de fezes com suabes retais em vacas leiteiras. Essas amostras foram levadas para o Laboratório de Microbiologia do Campus Experimental de Dracena, onde foram isoladas e identificadas 561 amostras para Escherichia coli. Após o isolamento foram extraídos os DNAs de todas as amostras pelo método da fervura e por PCR o DNA foi amplificado para se detectar a presença dos genes de virulência de E. coli pertencentes ao grupo STEC, produtora de toxina tipo shiga em 446 amostras. De todas as cepas isoladas 90 eram portadoras do gene stx1, 97 do gene stx2, 45 do gene eae, 37 dos genes stx1 e stx2, 110 dos genes stx1 e eae e 67 dos genes stx2 e eae. Foram isoladas também 115 cepas que não eram portadoras de nenhum dos genes de virulência de STECs do estudo. Todos os isolados de E. coli portadores de cada gene de virulência foram avaliados quanto a resistência frente a 10 antimicrobianos. Os percentuais de resistências aos antimicrobianos foram maiores para a lincomicina, penicilina e novobiocina e menores para ampicilina, neomicina e tetraciclina. Foram identificados os sorogrupos, dos quais os mais frequentes entre os isolados portadores do gene de virulência stx1 foram o O119 e O114; do gene de virulência stx2 foram os sorogrupos O9 e O8; e do gene de virulência eae foram os sorogrupos O9, O8 e O127. Todos os isolados de E. coli apresentaram multirresistência e a maioria apresentou maior percentagem de multirresistência contra 2 a 3 e contra 10 antimicrobianos. Não foi verificado estatisticamente relação entre os padrões de virulência e os padrões de resistência aos antimicrobianos entre as amostras / The present study was conducted between january 2012 to january 2013 on dairy farms of Dracena city region, São Paulo. During the period, 800 samples of faeces were collected with rectal suabs from dairy cattle cows. Those samples were taken to the laboratory of microbiology of Dracena Experimental Campus, where 561 samples were isolated and identified for Escherichia coli. After the DNA from the samples were extracted by the boiling method and with PCR the genetic material was amplified to detect the presence of virulence genes from STEC, shiga-like toxin producer E. coli, on 446 samples. Of those samples, 90 were carriers of the stx1 gene, 97 of the gene stx2, 45 of the gene eae, 37 of the genes stx1 and stx2, 110 of the genes stx1 and eae, 67 of the genes stx2 and eae. Also were isolated 115 samples that did not carry none of the virulence genes from STECs of the study. All the E. coli isolates of each virulence gene were evaluated for resistence to 10 antibiotics. The percentual of resistence were higher for lincomycin, penicillin and novobiocin and lower for ampicillin, neomycin and tetracycline. A serogroup test was made, of which the most frequent among isolates carrying the virulence gene stx1 were O119 and O114; of the gene stx2 were serogroups O8 and O9; and of the gene eae were the serogroups O9, O8 and O127. All the E. coli isolates presented multirresistence and most isolates presented more percentage of multirresistence against 2 to 3 and against 10 antibiotics. Was not verified statistically relationship between virulence patterns and patterns of antimicrobial resistance among the samples

Orientadora: Marguerite Quoirin / Co-orientadora: Valderes A. de Sousa / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Tecnologia, Programa de Pós-Graduaçao em Processos Biotecnológicos. Defesa: Curitiba, 2005 / Inclui bibliografia / Área de concentraçao: Agroindústria

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2016-10-14T12:37:20Z No. of bitstreams: 1 DissMAC.pdf: 2122060 bytes, checksum: 43ce5eb7f330f24493a44315884f5a3e (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-21T13:09:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMAC.pdf: 2122060 bytes, checksum: 43ce5eb7f330f24493a44315884f5a3e (MD5) / Approved for entry into archive by Marina Freitas (marinapf@ufscar.br) on 2016-10-21T13:09:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissMAC.pdf: 2122060 bytes, checksum: 43ce5eb7f330f24493a44315884f5a3e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-21T13:09:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMAC.pdf: 2122060 bytes, checksum: 43ce5eb7f330f24493a44315884f5a3e (MD5) Previous issue date: 2015-05-22 / Não recebi financiamento / Despite the rapid tests market in Brazil being in full expansion, the country does not have a tradition of manufacturing these kits. Therefore, it is very difficult to find, in the national literature, reports to guide the development process of these kits. The lack of published reports is aggravated by the difficulty of understanding the rules and laws governing the sector and by their subjectivity. The aim of this study was to describe a methodology to develop and validate a diagnostic kit, according to prevailing regulations. For this, a self-diagnostic semiquantitative kit for detection of Luteinizing Hormone (LH), using the rapid test platform, was taken as a model and all the procedures required in each stage of the design of the product, including planning, development and validation, have been described. The kit developed complied with all established operating requirements and achieved 97.39% sensitivity and 97.92% specificity. The cross-reaction tests showed that the kit suffers interference from samples containing hCG, due to the high similarity of beta chains of the hormones. Despite this fact, the performance of the test was better than the performance of the kit available in the market today. Based on the results obtained, we conclude that the procedures presented, which comply with the management standards ISO 9001:2008 and ISO 13485:2004 and also with the Good Manufacturing Practices of the RDC 16/2013, were effective in obtaining the kit and may be used as a model for management and development of similar projects within companies operating in the diagnostic market. / Apesar do mercado de testes rápidos no Brasil se encontrar em franca expansão, o país ainda não possui a tradição de fabricação desses kits. Por esse motivo é muito difícil encontrar na literatura nacional relatos que norteiem o processo de desenvolvimento. O problema é agravado devido à dificuldade de compreensão e subjetividade das normas e legislações que regulamentam o setor. O objetivo deste trabalho foi descrever a metodologia para o desenvolvimento e validação de um kit diagnóstico seguindo as normas vigentes. Para isso, tomou-se como modelo um kit autodiagnóstico para detecção do Hormônio Luteinizante (LH), semi-quantitativo, utilizando a plataforma de teste rápido e descreveram-se todos os procedimentos requeridos nas etapas de concepção do produto, desde o planejamento, desenvolvimento e validação. O kit desenvolvido atendeu a todos os requisitos de funcionamento estabelecidos e apresentou 97,39% de sensibilidade e 97,92% de especificidade. Os testes de reação cruzada mostraram que o teste sofre interferência de amostras contendo hCG devido à alta similaridade das cadeias β dos hormônios. Apesar disso, o desempenho do teste foi melhor que o kit disponível hoje no mercado. Com base nos resultados obtidos, conclui-se que os procedimentos apresentados seguindo as normas de gestão da ISO 9001:2008 e da ISO 13485:2004 e as boas práticas de fabricação da RDC 16 de 2013 foram eficazes para a obtenção do kit e poderão servir como um modelo para a gestão e desenvolvimento de novos projetos similares em empresas do ramo diagnóstico.

Submitted by Alison Vanceto (alison-vanceto@hotmail.com) on 2017-02-07T10:16:30Z No. of bitstreams: 1 DissNSMS.pdf: 2315984 bytes, checksum: 1245c9af0e2575904b71a6d6569edf15 (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-08T12:04:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissNSMS.pdf: 2315984 bytes, checksum: 1245c9af0e2575904b71a6d6569edf15 (MD5) / Approved for entry into archive by Camila Passos (camilapassos@ufscar.br) on 2017-02-08T12:08:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DissNSMS.pdf: 2315984 bytes, checksum: 1245c9af0e2575904b71a6d6569edf15 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-08T12:09:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissNSMS.pdf: 2315984 bytes, checksum: 1245c9af0e2575904b71a6d6569edf15 (MD5) Previous issue date: 2016-04-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Cervical cancer is the second largest cause of deaths from malignant cancer among women worldwide. Many studies show the importance of the HPV virus in the onset of cervical cancer, but because of the monoclonal nature of this cancer, it is suspected that HPV infection may not be considered the only causal factor responsible for the development of cervical carcinoma. Studies have indicated that EBV may have a role in cooperation with the HPV16 tumor development. Such cooperation could influence the tumor microenvironment by creating a favorable niche for its progression. Cancer cells secrete enzymes that degrade the extracellular matrix (ECM). Such enzymes such as matrix metalloproteinases (MMPs) facilitate cell movement in tissues and induce the activity of growth factors that promote angiogenesis. Among the group of MMPs, MMP-7 seems to have a crucial role in the development of carcinogenesis, since its action has been associated with the cleavage and release of adhesion molecules important. In this sense, this study was performed to establish the relationship between the HPV coinfection / EBV and expression of MMP-7. They were examined immunohistochemically histological slides of cervical lesions biopsies of 60 patients aged 35 to 65 years. The samples were divided into high grade lesion and low grade and evaluated semiquantitatively by scoring system ranging from 0 to +++. Histopathological indexes the degree of injury were established. It observed a statistically significant association between high-grade lesion, the expression of MMP-7 and the presence of the HPV virus, with p = 0.007 at the junction portion squamocolumnar and p = 0.023 in the portion of the ectocervix. This correlation / O câncer cervical é responsável pela segunda maior causa de mortes por neoplasia malignas entre as mulheres no mundo. Muitos estudos comprovam a importância do vírus HPV no surgimento do câncer cervical, porém devido à natureza monoclonal desta neoplasia, suspeita-se que a infecção pelo HPV não possa ser considerada o único fator causal responsável pelo desenvolvimento do carcinoma de colo de útero. Estudos já apontaram que o EBV pode ter um papel de cooperação com o HPV16 no desenvolvimento tumoral. Tal cooperação poderia influenciar o microambiente tumoral criando um nicho favorável para a sua progressão. Células de câncer secretam enzimas que degradam a matriz extracelular (MEC). Tais enzimas, como as metaloproteinases de matriz (MMPs) facilitam a movimentação celular nos tecidos e induzem a atividade de fatores de crescimento que promovem a angiogênese. Dentre o grupo das MMPs, a MMP-7 parece ter papel crucial no desenvolvimento da carcinogênese, pois sua ação já foi associada com a clivagem e a liberação de importantes moléculas de adesão. Neste sentido, foi realizado este estudo para estabelecer a relação entre a co-infecção HPV/EBV e a expressão da MMP-7. Foram examinadas imunohistoquimicamente lâminas histológicas de biópsias de lesões de colo uterino de 60 pacientes com idades entre 35 e 65 anos. As amostras foram divididas em lesão de alto grau e de baixo grau e avaliados semiquantitativamente através de um sistema de escore variando de 0 à +++. Índices histopatológicos quanto ao grau das lesões foram estabelecidos. Foi observada uma associação estatisticamente significante entre a lesão de alto grau, a expressão da MMP-7 e a presença do vírus HPV, com p=0,007 na porção da junção escamocolunar e p=0,023 na porção da ectocérvice.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 492128 bytes, checksum: 4591b57e36d0c8c37588137394b8de46 (MD5) Previous issue date: 2008-02-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Carica papaya is one of the most economically important species of the Caricaceae family, with many industrial applications. Despite its importance, there is little information covering the cytogenetic and cytometric characterization of this species. Hence, this study is justified by the need to increase the knowledge related to papaya karyotype, nuclear DNA content and base composition. The specific objectives of this study were to: characterize papaya chromosomes, using image analysis resources; apply the acridine orange staining to mitotic chromosomes of C. papaya to identify nucleolar organizers regions (NORs); estimate the nuclear DNA content and determine the base composition of male, female and hermaphrodite plants of C. papaya, by the use of flow cytometry and verify if the cytometric data can differentiate the three sex types with regard to their DNA content and base pair frequencies. Root tips from hermaphrodite plants were pre-treated with amiprophosmethyl (APM) 3 µM for 15h, at 4ºC and fixed. Slides were prepared by cellular dissociation and air drying, and submitted to Giemsa and acridine orange staining. The association of cellular dissociation and air drying techniques to Giemsa conventional staining resulted in metaphasic and prometaphasic cells with individual and well spread chromosomes, without overlaps, with well defined primary and secondary constrictions. These characteristics enabled the homologues pairing and morphological classification of the chromosomes, with karyograms assembly of a hermaphrodite plant, which had 18 chromosomes, being 7 pairs metacentrics (1, 2, 3, 4, 5, 7 and 8) and 2 submetacentrics (6 and 9). The acridine orange staining allowed the identification of yellowish green bands in two chromosomes (1 and 2). The strong bands corresponded to NOR flanking regions, as sustained by the localization of chromosome 1 associated to the nucleolus. Considering the obtained results by the cytogenetic techniques, there were no morphological differences that could evidence a possible heteromorphic pair of chromosomes in the hermaphrodite plant of C. papaya. For the application of flow cytometry, leaves from the three sexual forms of papaya were submitted to the chopping procedure in an isolation buffer, followed by a staining buffer. The obtained suspension was passed through a filter and analyzed in a flow cytometer, to determine the total nuclear DNA content and base composition. The cytometric analyses evidenced histograms with peaks of G0/G1 nuclei with coefficients of variation (CVs) lower than 5%. The analysis of male, female and hermaphrodite plants nuclei, stained with propidium iodide (PI), allowed the calculation of the mean 2C DNA values, which were 0.67, 0.65 and 0.65 pg, respectively, and statistically equal, by the F test, for the three sex forms. The analysis of nuclei stained with 4 ,6-diamidino-2-phenylindole (DAPI) and chromomicin A3 (CMA3) enabled the calculation of AT/GC base pair frequencies of the three sex types, also statically equal, by the F test. Therefore, there was no significant difference between the three sex forms of papaya in relation to their total nuclear DNA content and base pair composition. In relation to the obtained mean values of nuclear DNA content and considering the morphological similarity of papaya chromosomes, each one of the 18 chromosomes would have, on average, 0.036 to 0.037 pg of DNA. Hence, in order to identify a probable pair of heteromorphic chromosomes, a tiny portion of the chromosome would have to be distinguished, corresponding to an amount of DNA under the limits of resolution of the cytogenetic and cytometric techniques employed in this study. / O mamoeiro, Carica papaya, é a espécie da família Caricaceae considerada mais importante economicamente, possuindo diversas aplicações industriais. Apesar de sua importância, são poucos os dados envolvendo a caracterização citogenética e citométrica dessa espécie. Portanto, o presente estudo visa ampliar o conhecimento com relação ao cariótipo, ao tamanho do genoma e à relação de bases do mamoeiro. Os objetivos específicos foram: caracterizar morfologicamente os cromossomos de C. papaya, utilizando recursos de análise de imagem; aplicar a coloração de laranja de acridina aos cromossomos mitóticos de C. papaya, para a identificação de regiões organizadoras do nucléolo (RONs); estimar o conteúdo de DNA nuclear e determinar a composição de bases de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, por meio da técnica de citometria de fluxo e verificar se os dados citométricos possibilitam diferenciar os três tipos sexuais quanto ao tamanho genômico e à relação de bases AT/GC. Para isso, raízes de plantas hermafroditas foram pré-tratadas com amiprofos-metil (APM), 3 μM, por 15h, a 4ºC e fixadas. Lâminas foram preparadas por dissociação celular e secagem ao ar e submetidas à coloração com Giemsa e com laranja de acridina. A associação das técnicas de dissociação celular e secagem ao ar, com a coloração convencional com Giemsa resultou na obtenção de células metafásicas e prometafásicas com cromossomos individualizados, bem espalhados na lâmina e sem sobreposições, com constrições primárias e secundárias bem definidas. Essas características possibilitaram o pareamento dos homólogos e a classificação morfológica dos cromossomos, com a montagem de cariogramas de uma planta hermafrodita de C. papaya, que apresentou número cromossômico de 2n = 18, sendo sete pares metacêntricos (1, 2, 3, 4, 5, 7 e 8) e dois submetacêntricos (6 e 9). A coloração com laranja de acridina possibilitou a identificação de bandas verde-amareladas em dois cromossomos (1 e 2). As bandas que emitiram maior intensidade de fluorescência corresponderam às regiões flanqueadoras das RONs, como salientado pela localização do cromossomo 1 associado ao nucléolo. Considerando os resultados obtidos por meio das técnicas citogenéticas, não houve diferenças morfológicas que evidenciassem um possível par de cromossomos heteromórficos na planta hermafrodita. Para a aplicação da citometria de fluxo, folhas de plantas dos três tipos sexuais de mamão foram submetidas ao procedimento de cortes seqüenciais em tampão de extração, seguidos do tampão de coloração. A suspensão obtida foi filtrada e analisada em citômetro de fluxo, para a determinação do conteúdo de DNA nuclear total e da composição de bases AT e GC. As análises citométricas realizadas possibilitaram a geração de histogramas com picos de núcleos G0/G1 com coeficientes de variação (CVs) menores do que 5%. A análise dos núcleos de plantas masculinas, femininas e hermafroditas de C. papaya, corados com iodeto de propídio (IP), permitiu calcular os valores médios 2C de DNA, que foram 0,67, 0,65 e 0,65 pg, respectivamente, sendo estatisticamente iguais, pelo teste F, para os três sexos. A análise dos núcleos corados com 4 ,6- diamidino-2-fenilindol (DAPI) e cromomicina A3 (CMA3) possibilitou o cálculo das freqüências de pares de bases AT e GC para os três tipos sexuais, também estatisticamente iguais, de acordo com o teste F. Portanto, não houve diferença significativa quanto ao tamanho genômico ou quanto à relação de pares de bases entre os três sexos do mamoeiro. Com relação aos valores médios de conteúdos absolutos de DNA nuclear observados, e considerando a semelhança morfológica dos cromossomos de C. papaya, cada um dos 18 cromossomos teria, em média, 0,036 a 0,037 pg de DNA. Conseqüentemente, para a identificação de um provável par de cromossomos heteromórficos, ter-se-ia de se distinguir uma porção muito pequena do cromossomo, com uma quantidade de DNA que estaria abaixo do limite de resolução das técnicas citogenéticas e citométricas utilizadas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3514431 bytes, checksum: 363b70b87828ee72684cb0b0718115ca (MD5) Previous issue date: 2008-02-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) is a ant of black color and large size, up to four cm, with apterous females and smaller, winged males. There are no morphologically differentiated castes and the reproduction is carried out by fertilized workers known as gamergates . The species is on the Brazilian list of fauna threatened with extinction. Its distribution is restricted to the south of Bahia and to Espírito Santo in the Central Corridor of the Mata Atlântica. As a contribution to the elucidation of the type of geopgraphic distribution and population structure of the species, the phylogeography of D. lucida was studied from mitochondrial DNA. 1149 bp of the COI, COII and Cytb genes were sequenced. Phylogenetic trees were constructed by Bayesian Inference. Molecular variation, fixation indices, nucleotide and haplotype diversity indices were estimated. Haplotype networks were reconstructed by median-joining network. The type of phylogeography observed was phylogeographic structure with discontinuous genetic divergence and loss of intermediate haplotypes and populations with limited gene flow. The area of occurrence of the species has been intensely impacted by habitat loss and consequently isolation of remaining populations and preserved forests that represent modern ecological refuges for the species. The loss of the habitat also represents loss of intermediate haplotypes and the remaining populations presented exclusive haplotypes. The loss of any of these can not be replaced or compensated for by the conservation of any other. This implies the necessity of conservation efforts aiming to preserve as many as possible of the remaining areas that still harbour population of the D. lucida. / Dinoponera lucida (Formicidae: Ponerinae) é uma formiga de coloração preta e grande porte, até 4 cm, com fêmeas ápteras e machos alados e menores. Não há castas morfologicamente diferenciadas e a reprodução é feita por operárias fertilizadas conhecidas como gamergates . A espécie consta na lista brasileira da fauna ameaçada de extinção. Sua distribuição está restrita ao sul da Bahia e ao Espírito Santo no Corredor Central da Mata Atlântica. Como contribuição para a elucidação do padrão de distribuição geográfica e estruturação populacional da espécie, a filogeografia de D. lucida foi estudada a partir de seqüências do DNA mitocondrial. Foram seqüenciados 1149 pb dos genes COI, COII e Cytb. Árvores filogenéticas foram construídas por Inferência Bayesiana. Variância molecular, índices de fixação, índices de diversidade nucleotídica e haplotípica foram estimados. Redes de haplótipos foram reconstruídas por median-joining network. Os índices de diversidade e fixação indicaram a estruturação das populações. O padrão filogeográfico observado foi a estruturação filogeográfica com padrão descontínuo de divergência genética e perda de haplótipos intermediários em populações com limitado fluxo gênico. A área de ocorrência da espécie tem sido intensamente impactada com perda de habitat e conseqüente isolamento das populações remanescentes em fragmentos florestais preservados que representam refúgios ecológicos modernos para a espécie. A perda de habitat representa também a perda haplótipos intermediários e as populações remanescentes apresentaram haplótipos exclusivos. A perda de qualquer uma delas não pode ser substituída ou compensada pela conservação de nenhuma outra. Isto implica a necessidade de esforços conservacionistas que visem preservar o máximo possível das áreas remanescentes que ainda abrigam populações de D. lucida.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 01 - capa_abstract.pdf: 58779 bytes, checksum: 7e18e0eb2bba381c313d94bc594e82aa (MD5) Previous issue date: 2008-04-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The order Characiformes is one of the dominant teleost taxa in the neotropical region, where it is widely distributed. The systematics of one characiform, the trahira Hoplias malabaricus, is still unresolved. This species is characterized by high levels of karyotypical variation within and among basins, including differences in chromosome morphology and number, and in some cases, involving systems of multiple sex chromosomes. We compared cytogenetic data of populations H. malabaricus from the Upper Paraguay and amazon basins that have been isolated for at least 10 million years. Samples were collected and subject to standard cytogenetic techniques (Giemsa staining, C and NOR banding and CMA3). In the Amazon Basin samples from three tributaries of the Juruena River (Sangue, Papaguaio and Arinos rivers). In the Sangue river they were 2n=40, chromosomal formula 18 m + 16 sm + 6 st and fundamental number (NF) = 80; in the Papagaio river trahiras had 2n=42, chromosomal formula 18 m + 24 sm e NF= 84 and in the Arinos river they were 2n=42, chromosome formula 20 m + 22 sm and NF= 84. In the Paraguai basin, samples were collected in the Paraguai, Sepotuba rivers and in the Joaquim do Boche spring. All were 2n=40, with 20m + 20sm and NF=80. Morphology of the Sangue rivers cytotypes were considered as new proposal in this work. All populations were characterized by mostly centromeric heterochromatic regions, whereas some chromosomes showed telomeric blocks of heterochromatin associated to nucleolar organizer regions. Pattern of NOR variation was highly variable, but all populations showed multiple NORs associated to GC-rich regions. The shared presence of 2n=40 and 2n=42 cytotypes in the Upper Paraguay and Juruena basins suggested that karyotypic diversification within H. malabaricus largely preceded the 10 million years vicariance. The occurrence of unique cytotypes in the three Juruena tributaries indicated that processes of chromosomal differentiation were more intense in the Amazon basin than in the southern Brazilian basins. / A ordem Characiformes representa um dos grupos dominantes de teleósteos na região Neotropical, com ampla distribuição geográfica. Um desses caraciformes, a traíra Hoplias malabaricus, apresenta aspectos sistemáticos não resolvidos. Esta espécie apresenta grande diversidade de padrões cariotípicos dentro e entre bacias hidrográficas, com variações na morfologia e número cromossômico, em alguns casos envolvendo sistemas de cromossomos sexuais múltiplos. Foram comparadas populações de H. malabaricus das bacias do Alto Paraguai e amazônica, consideradas isoladas por aproximadamente 10 milhões de anos. Os espécimes foram coletados e submetidos a técnicas padrões de citogenética (coloração convencional, bandas C, NOR e CMA3). Na drenagem amazônica foram analisadas amostras de três afluentes do rio Juruena (rios Sangue, Papagaio e Arinos). No Sangue as traíras apresentaram 2n=40, fórmula cromossômica 18 m +16 sm + 6 st e número fundamental (NF) igual a 80; no Papagaio foram 2n=42, fórmula cromossômica 18 m + 24 sm e NF= 84 e no Arinos apresentaram 2n=42, fórmula cromossômica 20 m + 22 sm e NF= 84. Na bacia do Paraguai, foram amostradas populações dos rios Paraguai, Sepotuba e córrego Joaquim do Boche, todas apresentaram 2n=40, 20m + 20sm e NF=80. A morfologia do citótipo do rio Sangue foi considerada como nova no presente trabalho. Todas as populações apresentaram regiões heterocromáticas predominantemente centroméricas e alguns cromossomos com blocos heterocromáticos em regiões teloméricas associados com regiões organizadoras de nucléolos. O padrão de NORs se mostrou variável, mas todas a populações apresentaram NORs multiplas, demonstrando serem ricas em GC. A presença de citótipos semelhantes nas bacias do Paraguai e do Juruena sugere que a diversificação cariotípica precedeu a última vicariância entre estas drenagens, há 10 milhões de anos. Por outro lado, os citótipos em cada afluente do Juruena indicam que na bacia amazônica os processos de diferenciação cromossômica podem ter ocorrido de maneira mais intensa do que é observado nas bacias do sul brasileiro.