El proyecto de investigación propuesto se enmarca dentro del área de diseño de producto con aplicaciones de modelado sólido CAD/CAM (Computer Aided Design/Computer Aided Manufacturing). Concretamente, se pretende hacer un estudio de las herramientas de anotación asociativas disponibles en las aplicaciones comerciales de modelado CAD con el fin de analizar su uso, viabilidad, eficiencia y efectos en la modificación y reutilización de modelos digitales 3D, así como en la gestión y comunicación del conocimiento técnico vinculado al diseño. La idea principal de esta investigación doctoral es establecer un método para representar y evaluar el conocimiento implícito de los ingenieros de diseño acerca de un modelo digital, así como la integración dinámica de dicho conocimiento en el propio modelo CAD, a través de anotaciones, con el objetivo de poder almacenar y comunicar eficientemente la mayor cantidad de información útil acerca del modelo, y reducir el tiempo y esfuerzo requeridos para su alteración y/o reutilización. / Dorribo Camba, J. (2014). ANNOTATION MECHANISMS TO MANAGE DESIGN KNOWLEDGE IN COMPLEX PARAMETRIC MODELS AND THEIR EFFECTS ON ALTERATION AND REUSABILITY [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/45997

Lung cancer is the leading cause of cancer deaths worldwide due to the late stage of diagnosis as most patients do not present symptoms until late-stage disease. The two most common forms of non-small cell lung cancer are adenocarcinoma followed by squamous cell carcinoma, which differ in location, appearance and molecular phenotypes and require different approaches for treatment. Prior to the development of invasive lung cancer, premalignant lesions, or regions of abnormal cellular architecture, are often present in the lung. Understanding the pathologic heterogeneity and cellular and molecular alterations in premalignant lesions that precede or are adjacent to invasive carcinomas may help identify the earliest changes in lung carcinogenesis that could be used to identify biomarkers of progression and targets for intervention. Previous work by our group profiling endobronchial biopsies by bulk mRNA sequencing identified gene expression alterations associated with high grade squamous premalignant lesion histology and progression towards advanced histology. Molecular profiling combined with careful pathologic assessment of premalignant lesions are important steps in uncovering the biological processes that are dysregulated in premalignant lesions that progress; however, lung tissue is often limited and fixed. Biopsies of lung tissue, obtained using forceps or needles, are an important diagnostic and prognostic clinical tool although, only tiny amounts of tissue may be left for research. As a result, it is important to work closely with pathologists to review clinical pathology samples and optimize methodologies to use the limited biospecimens available to study these early changes associated with the development of lung cancer. My thesis work focused on the detailed pathologic annotation of lung premalignant lesion biopsies and whole tumor samples and the development of methodologies to profile these small biospecimens to advance lung cancer interception research. Lung squamous cell carcinoma is thought to originate from bronchial premalignant lesions that progress through a series of histological grades to dysplasia (mild, moderate, and severe), carcinoma in situ, and invasive carcinoma. Endobronchial biopsies of these premalignant lesions have heterogeneous pathologic features, and it is not known which features are associated with progression to cancer. In Aim 1 of my thesis, in collaboration with thoracic pathologists, whole slide biopsy images were annotated to identify the histologic grades of surface epithelium, including the presence of angiogenic squamous dysplasia, and stromal features such as the presence of a fibrotic basal membrane under the epithelium. Analyzing these annotations across 284 biopsies identified a significant association between former smokers and the presence of a fibrotic basal membrane. Additionally, we found that when exposed to asbestos, approximately two thirds of patients developed angiogenic dysplasia, while those who were never exposed had a 50% chance of developing it. We also observed a reserve cell dysplasia-like pattern characterized by its nuclear uniformity through all layers, increased nucleus to cytoplasm ratio, hyperchromia, and presence of cilia. This type of dysplasia is not described in the lung to date but is well described in the cervix as a transitional subtype between reserve cell hyperplasia and squamous dysplasia. We quantified the percentage of each histologic grade present in the epithelium of each biopsy and found that there was a weak, but significant, negative correlation between the percentage of normal epithelium and reserve cell dysplasia-like epithelium. The results suggest that reserve cell dysplasia in the lung may be worthy of more study, as it is found to be only inversely correlated with normal epithelium. More studies must be done to elucidate its true role in the premalignant to malignant process. To complement the pathologic analysis of endobronchial biopsies in Aim 2, we examined 31 lung cancer resection cases where premalignant lesions were present in the tumor margins. Our goal was to profile the RNA and DNA of multiple regions within each case to identify molecular alterations associated with the transition from premalignant to tumor tissue. The 31 cases were stained with H&E and mIHC panels using markers corresponding to epithelial, immune, and stromal cell types. We annotated the H&E stains alone and together with the mIHC stains and found that we annotated significantly more unique regions when considering both data modalities. We captured the annotated regions using an optimized laser capture microdissection (LCM) protocol. The goal of Aim 3 was to first optimize the LCM and isolation protocols for limited FFPE lung samples. We accomplished this using a smaller group of eight samples, of which six were LCM’d, by comparing different DNA and RNA isolation kits to select the kit that offered the highest quality and greatest amount of isolated DNA and RNA. The LCM tissue from the 31 cases is currently undergoing RNA and DNA sequencing and we hope the data analysis will identify unique tissue microenvironments associated with premalignant lesion progression. These findings contribute to existing lung cancer and premalignancy research, which, as a field, aims to identify progressing lesions and treat patients at earlier stages to decrease mortality. My thesis work has focused on characterizing the pathologic features of lung squamous premalignant lung lesions and their associations with premalignant progression to cancer and other clinical covariates such as smoking status and carcinogenic exposures. To fully understand these pathologic features, I have developed methods to isolate high quality RNA and DNA from these limited biospecimens to allow for the identification of the molecular alterations underpinning the pathological changes.

Negation is a complex phenomenon present in all human languages, allowing for the uniquely human capacities of denial, contradiction, misrepresentation, lying, and irony. It is in the first place a phenomenon of semantical opposition. Sentences containing negation are generally (a) less informative than affirmative ones, (b) morphosyntactically more marked—all languages have negative markers while only a few have affirmative markers, and (c) psychologically more complex and harder to process. Negation often conveys positive meaning. This meaning ranges from implicatures to entailments. In this dissertation, I develop a system to reveal the underlying positive interpretation of negation. I first identify which words are intended to be negated (i.e, the focus of negation) and second, I rewrite those tokens to generate an actual positive interpretation. I identify the focus of negation by scoring probable foci along a continuous scale. One of the obstacles to exploring foci scoring is that no public datasets exist for this task. Thus, to study this problem I create new corpora. The corpora contain verbal, nominal and adjectival negations and their potential positive interpretations along with their scores ranging from 1 to 5. Then, I use supervised learning models for scoring the focus of negation. In order to rewrite the focus of negation with its positive interpretation, I work with negations from Simple Wikipedia, automatically generate potential positive interpretations, and then collect manual annotations that effectively rewrite the negation in positive terms. This procedure yields positive interpretations for approximately 77% of negations, and the final corpus includes over 5,700 negations and over 5,900 positive interpretations. I then use sequence-to-sequence neural models and provide baseline results.

No description available.

L’évolution des systèmes de capture des données concernant les objets mobiles a donné naissance à de nouvelles générations d’applications dans différents domaines. Les données capturées, communément appelées « trajectoires », sont au cœur des applications qui analysent et supervisent le trafic routier, maritime et aérien ou également celles qui optimisent le transport public. Elles sont aussi exploitées dans les domaines du jeu vidéo, du cinéma, du sport et dans le domaine de la biologie animale pour l’étude des comportements, par les systèmes de capture des mouvements. Aujourd’hui, les données produites par ces capteurs sont des données brutes à caractère spatio-temporel qui cachent des informations sémantiquement riches et enrichissantes pour un expert. L’objectif de cette thèse est d’associer automatiquement aux données spatio-temporelles des descriptions ou des concepts liés au comportement des objets mobiles, interprétables par les humains, mais surtout par les machines. Partant de ce constat, nous proposons un processus partant de l’expérience des objets mobiles de monde réel, notamment le bateau et l’avion, vers un modèle ontologique générique pour la trajectoire. Nous présentons quelques requêtes qui intéressent les experts du domaine et qui montrent l’impossibilité d’exploiter les trajectoires dans leurs états bruts. En effet, l’analyse de ces requêtes fait ressortir trois types de composantes sémantiques : thématique, spatiale et temporelle. Ces composantes doivent être rattachées aux données des trajectoires ce qui conduit à introduire un processus d’annotation qui transforme les trajectoires brutes en trajectoires sémantiques. Pour exploiter les trajectoires sémantiques, on construit une ontologie de haut niveau pour le domaine de la trajectoire qui modélise les données brutes et leurs annotations. Vu le besoin d’un raisonnement complet avec des concepts et des opérateurs spatiaux et temporaux, nous proposons la solution de réutilisation des ontologies de temps et d’espace. Dans cette thèse, nous présentons aussi notre travail issu d’une collaboration avec une équipe de recherche qui s’intéresse à l’analyse et à la compréhension des comportements des mammifères marins dans leur milieu naturel. Nous détaillons le processus utilisé dans les deux premiers domaines, qui part des données brutes représentant les déplacements des phoques jusqu’au modèle ontologique de trajectoire des phoques. Nous accordons une attention particulière à l’apport de l’ontologie de haut niveau définissant un cadre contextuel pour l’ontologie du domaine d’application. Enfin, cette thèse présente la difficulté de mise en œuvre sur des données de taille réelle (des centaines de milliers d’individus) lors du raisonnement à travers les mécanismes d’inférence utilisant des règles métiers. / The evolution of systems capture data on moving objects has given birth to new generations of applications in various fields. Captured data, commonly called ”trajectories”, are at the heart of applications that analyze and monitor road, maritime and air traffic or also those that optimize public transport. They are also used in the video game, movies, sports and field biology to study animal behavior, by motion capture systems. Today, the data produced by these sensors are raw spatio-temporal characters hiding semantically rich and meaningful informations to an expert data. So, the objective of this thesis is to automatically associate the spatio-temporal data descriptions or concepts related to the behavior of moving objects, interpreted by humans, but also by machines. Based on this observation, we propose a process based on the experience of real-world moving objects, including vessel and plane, to an ontological model for the generic path. We present some applications of interest to experts in the field and show the inability to use the paths in their raw state. Indeed, the analysis of these queries identified three types of semantic components : thematic, spatial and temporal. These components must be attached to data paths leading to enter an annotation that transforms raw semantic paths process trajectories. To exploit the semantic trajectories, we construct a high-level ontology for the domain of the path which models the raw data and their annotations. Given the need of complete reasoning with concepts and spatial and temporal operators, we propose the solution for reuse of ontologies time space. In this thesis, we also present our results from a collaboration with a research team that focuses on the analysis and understanding of the behavior of marine mammals in their natural environment. We describe the process used in the first two areas, which share raw data representing the movement of seals to ontological trajectory model seals. We pay particular attention to the contribution of the upper ontology defined in a contextual framework for ontology application. Finally, this thesis presents the difficulty of implementation on real data size (hundreds of thousands) when reasoning through inference mechanisms using business rules.

This study of the graphic field in notes on space, undated (log 3) focuses on how the white emptiness of a page plays a structural role in the articulation of dissociated fragments of notes. According to the criteria of three theorists (Genette, Lapacherie, Baetens), the distinction between non-linear and tabular proves to be non-exclusive in this particular work. Ostensibly, this non-figurative writing instigates interactive contemplation and lends itself to multiple entries, like an object one contemplates from every possible visual perspective without ever constructing a representation or image. The poetic form that du Bouchet explores renders perceptible the latent materiality of all text.

Cette thèse traite de l'usage de l'annotation socio-sémantique dans le cadre de la dé-mocratie électronique et plus particulièrement des débats en ligne. L'annotation socio-sémantique est utilisée ici comme solution de structuration des débats. La représentationdes données des débats est pensée pour faciliter la mise en place de méthodes d'extrac-tion et d'analyses du réseau social des utilisateurs, en particulier pour faciliter l'extractionde groupes d'opinions. La thèse est réalisée dans le contexte de l'ANR Intermed qui vise àproduire des outils d'aide à la concertation en ligne, en particulier pour la gestion de zonescôtiéres.En nous appuyant sur la tendance 2.0, nous définissons la notion de débat 2.0. Débat àgrande échelle, au moins l'échelle d'une collectivité territoriale, s'appuyant sur l'usage detechnologies du Web 2.0 pour faciliter les interactions entre les citoyens. Dans ce contexte,l'interopérabilité est un enjeu crucial. Si les annotations discursives s'inscrivent dans latendance 2.0 et permettent aux citoyens de discuter en ligne, le traitement des donnéesproduites en vue de structurer les débats, de synthétiser les discussions, de modérer, d'éva-luer la représentativité ... devient une tâche de plus en plus complexe avec l'augmentationde la quantité de données produites. Nous proposons d'utiliser les technologies du websémantique, et donc des annotations à la fois discursives et sémantiques (appelées anno-tations socio-sémantique), pour représenter les données produites par les citoyens dansun outil de débat 2.0 et pour faciliter l'interopérabilité de ces données, faciliter la créationd'autres services comme par exemple un service d'analyse du réseau social, un service derecommandation, un service de visualisation des débats ... Nous présentons donc un mé-canisme d'annotation structurant les discussions, fruit d'un processus incrémental d'im-plémentation et d'expérimentation sur le terrain. / This pdh deals with socio-semantic annotations for e-democracy and online debates. Socio-semantic annotation are used to structurate debates. Data representation was designed to facilitate social network analysis and community detection based on opinion mining. This phd was made during the ANR project Intermed wich has to develop e-participation tools for geolocalised planning.Based on Web 2.0 trend, we define debate 2.0 concept as great scale online debates. A debate 2.0 is a debate that involves at least an important part of the inhabitants of a county and that uses web 2.0 tools. Interoperability is a main challenge of debates 2.0. If discursive annotations are a web 2.0 way of interaction between citizen, to process data from citizen participation is a complicate and expensive task. We recommand to use web semantic technology and socio-semantic annotations to represent data produced by citizen. Il will increase interoperability and easiness to create new applications and features consuming this data. We propose an annotation mecanism to structurate discussions and we have developped a platform through an agile loop with on field experiment.

Nous nous intéressons à une extension de ML avec polymorphisme<br />de première classe, à la manière du Système F.<br />Cette extension, nommée MLF, utilise les annotations de types<br />d'ordre supérieur données explicitement dans le programme pour inférer<br />de manière principale le type le plus général. Toute expression admet<br />ainsi un type principal, qui dépend des annotations présentes<br />initialement dans le programme.<br /><br />Toute expression de ML est typable dans MLF sans annotation<br />supplémentaire. Les expressions du Système F sont encodées de<br />manière systématique dans MLF en supprimant les abstractions<br />et les applications de types, et en traduisant les annotations<br />de types dans le langage de types de MLF.<br />De plus, les paramètres de lambda-abstractions qui ne sont pas<br />utilisés de manière polymorphe n'ont pas besoin d'être annotés.

Dans un environnement guide par les procedes de fabrication de logiciel (EGPFL), la gestion de l'information est un probleme complexe qui doit concilier deux besoins : gerer le produit logiciel et gerer les procedes de fabrication. Outre la grande quantite d'entites diverses et fortement interdependantes, la gestion du produit doit prendre en compte l'aspect evolutif et les facteurs de variation du logiciel, ainsi que la nature cooperative des activites de fabrication des logiciels. La gestion des procedes recouvre la modelisation, l'execution, l'evaluation et la supervision des procedes. Diverses informations doivent alors etre prises en compte : la trace d'execution des procedes, les evenements survenus dans l'environnement et les mesures de qualite. Nous proposons les objets historiques annotes pour gerer l'information d'un EGPFL. L'objet historique constitue la notion de base d'un modele a objets historique permettant de representer a la fois les entites logicielles et leur evolution. La notion d'annotation vient, quant a elle, enrichir ce modele pour permettre d'introduire des informations qui denotent des faits (notes, mesures, observations, etc) pouvant etre ponctuellement associes aux entites de l'EGPFL. Un langage de requetes est defini afin d'acceder aux differentes informations. Grace a ce langage, l'EGPFL dispose d'un service puissant pour rassembler, a partir de la base d'objets, les diverses informations necessaires a l'evaluation et au controle des procedes de fabrication. Nous proposons egalement d'exploiter les possibilites offertes par notre modele pour definir des evenements et, eventuellement, en conserver un historique. Les evenements permettent d'identifier des situations liant des informations provenant aussi bien de l'etat courant que des etats passes de l'EGPFL. C'est pourquoi la definition d'un evenement peut comporter des conditions exprimees dans le langage de requetes. L'emploi d'annotations permet d'enregistrer les occurrences d'evenements, ainsi qu'une partie de l'etat du systeme. Une implantation du modele est proposee dans le systeme Adele.

Les champignons sont des microorganismes essentiellement connus en écosystèmes aériens, s'étant diversifiés en milieu continental. A partir d'analyses d'horloges moléculaires, nous avons émis l'hypothèse d'une diversification des champignons dans les océans. Par ailleurs, de nombreux auteurs considèrent les écosystèmes hydrothermaux marins profonds comme le Berceau de la Vie : nous avons donc choisi d'étudier ces milieux, très peu exploités en terme de diversité fongique, dans l'espoir de retrouver des champignons ayant conservé des caractères ancestraux de ce Règne. Des analyses de diversité (établies après la création d'une base de données moléculaires dédiée), par PCR indépendantes de la culture (amplification du gène codant l'ARNr18S), ont révélé des organismes se branchant à la base de la phylogénie des champignons (phylum Chytridiomycota), en accord avec notre hypothèse de travail, couplée à une forte diversité spécifique fongique (phyla Chytridiomycota, Basidiomycota, et Ascomycota). Des souches isolées de ces écosystèmes en laboratoire ont également permis de détecter de nombreuses nouvelles espèces de champignons (phylum Ascomycota). Ces 2 approches combinées nous ont ainsi permis de révéler une diversité insoupçonnée dans ces milieux. Des hypothèses évolutives sur la diversification des champignons en milieu marin ont ainsi pu être proposées. Le second objectif de notre travail était de connaître les rôles de ces organismes au sein de ces écosystèmes. Pour cela, nous avons choisi une approche métagénomique originale : l'échantillon choisi sur la base de la fréquence du gène codant l'ARNr18S et des études de diversité, a été pyroséquencé (GS FLX ; 454 Life Sciences, ROCHE). L'échantillon testé contenait un seul phylotype fongique, constituant une branche profonde des champignons (phylum Chytridiomycota). Six ng d'ADN extraits ont été pyroséquencés en 3 runs indépendants : 168.909 contigs (longueur moyenne : 352 pb) ont été assemblés à partir de 1.441.839 séquences individuelles. Deux approches ont alors été choisies. La première consistait à analyser les contigs générés, afin d'extraire les fragments de gènes fongiques et de reconstruire leur métabolisme hypothétique. Des hypothèses de fonctionnement métabolique des champignons dans ces milieux, établies sur la base de recherche d'homologies dans les bases de données (BLASTX, ORF finder, KOG,...) ont pu être établies. La seconde approche, basée cette fois sur l'étude des séquences non assemblées, consistait à reconstruire les voies métaboliques du métagénome (BLASTX, mgRAST, ASGARD), et reconstituer la composition taxonomique de notre échantillon (MEGAN). Les résultats de l'analyse métagénomique présentés dans cette thèse, nous ont permis d'émettre des hypothèses sur les modes de vie des champignons en écosystème hydrothermal et nous ont également permis de reconstruire avec succès les métabolismes bactériens dominants dans l'écosystème. Les limites de cette analyse, ainsi que les nombreuses perspectives qu'offrent ce travail sont également développées.