A partir da leitura do livro Mínimos, Múltiplos e Comuns de João Gilberto Noll, este trabalho busca empreender um estudo sobre as relações entre a escrita do artista e tempo na figura dos instantes ficcionais, observando a questão do microrrelato e da exigência fragmentária (cf.P. Lacoue-Labarthe e Jean-Luc Nancy), na perspectiva do inacabado/unidade, o que projeta uma hipótese de conjunto constelar para a escrita de João Gilberto Noll. Inicialmente realiza-se uma reflexão de alguns temas importantes na fortuna crítica sobre o escritor, com a intenção de saber como estes reverberam na sua escrita para, em seguida, tratar do fragmento e suas perspectivas estéticas de inacabamento e de totalidade, com relação ao tempo e como dessas questões surge a metáfora crítica do instante ficcional. As leituras críticas usadas como operadores nortearam-se a partir das noções de fragmento (romântico), e de Acontecimento, relacionadas ao par conceitual Cronos/Aiôn deleuziano / Based on the reading of Mínimos, múltiplos e comuns, by João Gilberto Noll, this work seeks to undertake a study on the relationship between the artist writing and the time in the figure of "fictional instants, noting the issue of the micro-relate and the fragmentary requirement (cf.P. Lacoue-Labarthe and Jean-Luc Nancy), in the view of the unfinished / unit, which casts a whole constellate hypothesis on the writing of João Gilberto Noll. Initially, a reflection on some important topics that are recurrent in the critical fortune of the writer is carried out with the intention of finding out how they reverberate in his writings; then, the fragment and its aesthetics perspectives of incompleteness and wholeness are treated with respect to time; finally, it is observed how, from these issues, the critical metaphor of the fictional instant takes place. The critical readings used as operators have been guided by the notions of the fragment (romantic), and Event which is related to the conceptual pair Cronos / Aeon Deleuzian

No contexto de imagens geradas por computador, efeitos multi-fragmento são aqueles que determinam a cor do pixel baseados em informações computadas a partir de mais de um fragmento. Nesse tipo de efeito, a contribuição de cada fragmento é extraída de sua visibilidade com respeito a um determinado ponto de vista. Observando uma sequencia de fragmentos vista através de um pixel, a visibilidade de um fragmento depende da sua relação espacial com os demais fragmentos. Essa relação pode ser reduzida ao problema de ordenação de múltiplos fragmentos. Portanto, ordenação é essencial para correta avaliação de efeitos multi-fragmento. A pesquisa desta tese foca em dois problemas multi-fragmento clássicos: transparência independente de ordem e anti-aliasing de fragmentos transparentes. Enquanto o efeito de transparência necessita de ordenação de fragmentos ao longo do raio de visualização do pixel, anti-aliasing aumenta a complexidade do problema ao adicionar informação espacial do fragmento com respeito à área do pixel. A contribuição desta tese é o desenvolvimento de uma solução para visibilidade de fragmentos que pode tirar proveito do pipeline de transformação e iluminação, implementando nas GPUs de hoje. Nós descrevemos ambos os problemas de transparência e anti-aliasing, discutindo soluções anteriores, além de classificá-las e compará-las. Nossa análise associa soluções a implementações específicas, comparando uso de memória, desempenho e qualidade de imagem. Os documentos resultantes fornecem uma visão geral das áreas abordadas, contendo: qual é o estado-da-arte atualmente, o que ele é capaz de fazer e quais são suas limitações, ou seja, onde melhorias são possíveis. Como parte integrante desta tese, nós propomos duas novas técnicas para processar transparência independente de ordem. Nós mostramos como obter o menor consumo de memória para cálculo exato de transparência, em um número finito de passos de geometria; permitindo aumento da complexidade das cenas representadas e da resolução da imagem final, em relação aos métodos anteriores, dada uma determinada configuração de hardware. Adicionalmente, demonstramos que, para a maior parte dos casos, os fragmentos mais próximos ao observador tem maior impacto sobre a cor final do pixel. Também mostramos como esta perspectiva sobre o problema inspirou novas técnicas. A pesquisa também inclui a investigação de uma nova abordagem para anti-aliasing para fragmentos transparentes. Através do uso de uma única amostra por fragmento, nosso objetivo é reduzir o consumo de memória enquanto melhoramos desempenho e qualidade. Experimentos preliminares apresentam resultados promissores em comparação com a técnica mais usada para anti-aliasing. / Multi-fragment effects, in the computer-generated imagery context, are effects that determine pixel color based on information computed from more than one fragment. In such effects, the contribution of each fragment is extracted from its visibility with respect to a point of view. Seen through a pixel’s point of view, the visibility of one fragment depends on its spatial relationship with other fragments. This relationship can be reduced to the problem of sorting multiple fragments. Therefore, sorting is the key to multi-fragment evaluation. The research on this dissertation is focused on two classical multi-fragment effects: order-independent transparency and anti-aliasing of transparent fragments. While transparency rendering requires sorting of fragments along the view ray of a pixel, anti-aliasing increases the problem complexity by adding spatial information of fragments with respect to the pixel area. This dissertation contribution relies on the work towards the development of a solution for the visibility of fragments that can take advantage of the transformation and lighting pipeline implemented in current GPUs. We describe both transparency and aliasing problems, for which we discuss existing solutions, analyzing, classifying and comparing them. The analysis associates solutions to specific applications, comparing memory usage, performance, and quality. The result is a general view of each field: which are the current state-of-the-art capabilities and in which direction significant improvements can be made. As part of this dissertation, we proposed two novel techniques for order-independent transparency rendering. We show how to achieve the minimum memory footprint for computing exact transparency in a bounded number of geometry passes; allowing increasing scene complexity and image resolution to be feasible within current hardware capabilities. Additionally, we demonstrate that, for most scenarios, the front-most fragments have the greatest impact on the pixel color. We also show how the perspective we propose has inspired recent transparency techniques. The research includes the investigation of a novel anti-aliasing approach for transparent fragments. Through the use of a single sample per fragment, we aim at reducing memory footprint while improving performance and quality. Preliminary experiments show promising results, in comparison with a well established and largely used anti-aliasing technique.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de Pessoal de NÃvel Superior / O presente trabalho se propÃe a apresentar o itinerÃrio filosÃfico seguido por Walter Benjamin (1892-1940) destacando o quanto sua âgnoseologiaâ pretende superar a lÃgica dedutiva e sistemÃtica das ciÃncias e alcanÃar a lÃgica fragmentÃria da realidade atual sem encobrir todos os elementos que a constituem. O pensador lanÃa na introduÃÃo crÃtica-epistemolÃgica de sua obra Origem do Drama Barroco AlemÃo e em sua Passagens conceitos como os de alegoria, monadologia, montagem, apresentaÃÃo, dentre outros, em uma perspectiva filosÃfica que de forma inovadora e original tenta ressaltar a necessidade de levantarmos questÃes referentes ao primado do fragmentÃrio sobre o sistemÃtico no Ãmbito dos mÃtodos e das teorias filosÃficas de nosso tempo. Ressaltando as particularidades de tal proposta epistemolÃgica, e como esta se aplica no todo de sua filosofia apresentaremos o quanto sua crÃtica se direciona para o positivismo, o historicismo, e principalmente Ãs concepÃÃes filosÃficas oriundas do idealismo absoluto. Contra tal perspectiva o pensador aplica a lÃgica do fragmento, da descontinuidade, na construÃÃo de suas Teses sobre o conceito de histÃria destacando o quanto à emergente a necessidade de se fundar uma filosofia contrÃria ao procedimento lÃgico-dedutivo e matemÃtico por estes se realizarem de forma resumida e didÃtica, deixando de lado o problema da expressÃo do singular. Por fim, o presente trabalho pretende demonstrar o quanto o mÃtodo filosÃfico de Benjamin se baseia em uma apresentaÃÃo contemplativa da verdade posta a partir de uma configuraÃÃo descontÃnua e intencional na qual os fenÃmenos sÃo salvos sem perderem sua particularidade. / This paper aims to present the philosophical itinerary followed by Walter Benjamin (1892-1940) highlighting how their "gnoseology" aims to overcome the systematic deductive logic and science and achieve fragmentary logic of current reality without cover all elements that form. The Thinker launches in the introduction-epistemological critique of his work Origin of German Baroque Drama and its Cheap concepts like allegory, monadology, assembly, presentation, among others, in a philosophical perspective that in an innovative and original attempts to highlight the need for we raise questions regarding the primacy of fragmentary on systematic within the methods and philosophical theories of our time. Emphasizing the particularities of such epistemological proposal, and how it applies in all of his philosophy present how his criticism is directed to the positivism, historicism, and especially the philosophical conceptions derived from the absolute idealism. Against such a perspective thinker applies the logic of the fragment, the discontinuity in the construction of his Theses on the Philosophy of History is emerging as highlighting the need to establish a philosophy contrary to procedure and logical-deductive mathematical for these are held in a summarized and didactic, leaving aside the problem of singular expression. Finally, the present work aims to demonstrate how the philosophical method Benjamin is based on a presentation called contemplative truth from a discontinuous and intentional setting in which phenomena are saved without losing their distinctiveness.

La recherche intitulée Aproximação de fragmentos capturados: uma poética em desenho e colagem (L’assemblage de fragments capturés: une poétique en dessin et collage) se centre sur une investigation poétique fondée sur le dessin et qui débute par la capture d’éléments qui sont collectionnés pour être ultérieurement mis en rapport. Le dessin est vu comme un langage propice à des contaminations, par son histoire, ses matériaux et par les qualités d’enregistrement, intimité et inachevé qui se lient à lui. Dessiner c’est une manière de connaître et comprendre visuellement le monde, mais aussi de garder ces perceptions – possibilité qui est ici renforcée par l’utilisation du collage. La rencontre qui a lieu entre les fragments qui constituent le travail est vue comme un potentiel de construction poétique des images et la thèse se développe autour de l’hypothèse du sens construit plus dans les relations établies entre les composants d’un travail ou une série que dans ses unités. Cela implique que les efforts de rapprochement entrepris par le collage préservent quelque chose de fragmenté. Moyennant la pratique artistique, l’observation et analyse réflexive du processus de travail lui-même et ses relations avec le champ de l’art, la recherche a déclenché des réflexions au sujet des fondements du dessin et du collage; des documents de travail, la collection et le bricolage; des stratégies d’appropriation et opérations de transports d’images. Pour finir, tout en considérant que la rencontre implique aussi une distance, dans le contexte de cette recherche, on raffermit la quête de la non-dissimulation des renforcements, par l’évidence de la coupe et sa cicatrice. On a la bordure comme métaphore de la discontinuité et de la fragmentation caractéristiques de travaux élaborés moyennant le montage. / A pesquisa intitulada Aproximação de fragmentos capturados: uma poética em desenho e colagem centra-se em uma investigação poética fundada no desenho e que se inicia pela captura de elementos que são colecionados para posteriormente serem colocados em relação. O desenho é visto como uma linguagem propícia a contaminações, pela sua história, seus materiais e pelas qualidades de registro, intimidade e inacabado que se ligam a ele. Desenhar é uma maneira de conhecer e entender visualmente o mundo, mas também de guardar essas percepções – possibilidade que é aqui reforçada pelo uso da colagem. O encontro que acontece entre os fragmentos que constituem o trabalho é visto como um potencial de construção poética das imagens e a tese desenvolve-se em torno da hipótese de que o sentido é construído mais nas relações estabelecidas entre os componentes de um trabalho ou série, do que nas suas unidades. Isso implica que os esforços de aproximação empreendidos pela colagem preservam algo de fragmentado. Por meio da prática artística, da observação e análise reflexiva do próprio processo de trabalho e suas relações com o campo da arte, a pesquisa desencadeou reflexões acerca dos fundamentos do desenho e da colagem; dos documentos de trabalho, a coleção e a bricolagem; das estratégias de apropriação e operações de transportes de imagens. Por fim, considerando que o encontro também implica em uma distância, no contexto desta pesquisa reforça-se a busca pela não dissimulação das emendas, pela evidência do corte e da sua cicatriz. Tem-se a borda como metáfora da descontinuidade e da fragmentação características de trabalhos elaborados por meio da montagem. / The research named Aproximação de fragmentos capturados: uma poética em desenho e colagem (Approximation of captured fragments: a poetic in drawing and collage) is a poetic study based in drawing, which begins by collecting captured elements in order to later correlate them. Drawing is seen as a language vulnerable to contamination, which can be due to its history, its materials and the quality of its records, the intimacy and the unfinished that connect to it. To draw is a way to visually recognize and understand the world, but also to keep these perceptions – a possibility that is reinforced in this study using collage. The encounter of the fragments in this study is seen as a potential image poetic construction, in which this thesis is developed around the hypothesis that meaning is built in established relationship among the components of a work or series rather than in its units. This implies that the approximation efforts of the collage preserve a fragment trace. Through the practice of art, the observation and the reflexive analysis of the work process and its relationship to the art field, this research initiated reflections on the drawing and collage fundamentals; work documents; the collection and bricolage; appropriation strategies and operations of image transportation. Finally, considering that the encounter also implies distance, this research reinforces the search for a non-dissimulation of the seam, evidencing the cut and its scar. The border is a metaphor of discontinuity and fragmentation, which are characteristics of works elaborated through montage.

No contexto de imagens geradas por computador, efeitos multi-fragmento são aqueles que determinam a cor do pixel baseados em informações computadas a partir de mais de um fragmento. Nesse tipo de efeito, a contribuição de cada fragmento é extraída de sua visibilidade com respeito a um determinado ponto de vista. Observando uma sequencia de fragmentos vista através de um pixel, a visibilidade de um fragmento depende da sua relação espacial com os demais fragmentos. Essa relação pode ser reduzida ao problema de ordenação de múltiplos fragmentos. Portanto, ordenação é essencial para correta avaliação de efeitos multi-fragmento. A pesquisa desta tese foca em dois problemas multi-fragmento clássicos: transparência independente de ordem e anti-aliasing de fragmentos transparentes. Enquanto o efeito de transparência necessita de ordenação de fragmentos ao longo do raio de visualização do pixel, anti-aliasing aumenta a complexidade do problema ao adicionar informação espacial do fragmento com respeito à área do pixel. A contribuição desta tese é o desenvolvimento de uma solução para visibilidade de fragmentos que pode tirar proveito do pipeline de transformação e iluminação, implementando nas GPUs de hoje. Nós descrevemos ambos os problemas de transparência e anti-aliasing, discutindo soluções anteriores, além de classificá-las e compará-las. Nossa análise associa soluções a implementações específicas, comparando uso de memória, desempenho e qualidade de imagem. Os documentos resultantes fornecem uma visão geral das áreas abordadas, contendo: qual é o estado-da-arte atualmente, o que ele é capaz de fazer e quais são suas limitações, ou seja, onde melhorias são possíveis. Como parte integrante desta tese, nós propomos duas novas técnicas para processar transparência independente de ordem. Nós mostramos como obter o menor consumo de memória para cálculo exato de transparência, em um número finito de passos de geometria; permitindo aumento da complexidade das cenas representadas e da resolução da imagem final, em relação aos métodos anteriores, dada uma determinada configuração de hardware. Adicionalmente, demonstramos que, para a maior parte dos casos, os fragmentos mais próximos ao observador tem maior impacto sobre a cor final do pixel. Também mostramos como esta perspectiva sobre o problema inspirou novas técnicas. A pesquisa também inclui a investigação de uma nova abordagem para anti-aliasing para fragmentos transparentes. Através do uso de uma única amostra por fragmento, nosso objetivo é reduzir o consumo de memória enquanto melhoramos desempenho e qualidade. Experimentos preliminares apresentam resultados promissores em comparação com a técnica mais usada para anti-aliasing. / Multi-fragment effects, in the computer-generated imagery context, are effects that determine pixel color based on information computed from more than one fragment. In such effects, the contribution of each fragment is extracted from its visibility with respect to a point of view. Seen through a pixel’s point of view, the visibility of one fragment depends on its spatial relationship with other fragments. This relationship can be reduced to the problem of sorting multiple fragments. Therefore, sorting is the key to multi-fragment evaluation. The research on this dissertation is focused on two classical multi-fragment effects: order-independent transparency and anti-aliasing of transparent fragments. While transparency rendering requires sorting of fragments along the view ray of a pixel, anti-aliasing increases the problem complexity by adding spatial information of fragments with respect to the pixel area. This dissertation contribution relies on the work towards the development of a solution for the visibility of fragments that can take advantage of the transformation and lighting pipeline implemented in current GPUs. We describe both transparency and aliasing problems, for which we discuss existing solutions, analyzing, classifying and comparing them. The analysis associates solutions to specific applications, comparing memory usage, performance, and quality. The result is a general view of each field: which are the current state-of-the-art capabilities and in which direction significant improvements can be made. As part of this dissertation, we proposed two novel techniques for order-independent transparency rendering. We show how to achieve the minimum memory footprint for computing exact transparency in a bounded number of geometry passes; allowing increasing scene complexity and image resolution to be feasible within current hardware capabilities. Additionally, we demonstrate that, for most scenarios, the front-most fragments have the greatest impact on the pixel color. We also show how the perspective we propose has inspired recent transparency techniques. The research includes the investigation of a novel anti-aliasing approach for transparent fragments. Through the use of a single sample per fragment, we aim at reducing memory footprint while improving performance and quality. Preliminary experiments show promising results, in comparison with a well established and largely used anti-aliasing technique.

La presente investigación aborda la novela de fin de siglo XX en Colombia entre 1990 y 2005 desde una orientación panorámica. El estudio se plantea desde el punto de vista de la escritura y se elabora a través del análisis de algunas novelas del periodo a partir de los conceptos mundo, autor, fragmento. Para ello se centra en las novelas Rosario Tijeras de Jorge Franco, Entre fantasmas de Fernando Vallejo, y Pavana del ángel de Roberto Burgos Cantor. Así las cosas el estudio presenta tres capítulos centrales. En la introducción se explica el propósito de la investigación. El primer capítulo trabaja el concepto de mundaneidad en la obra de Rosario Tijeras de Jorge Franco, dialogando con la novela Después de todo de Piedad Bonnett y El anarquista jubilado de Roberto Rubiano. El segundo capítulo intenta delimitar el concepto de autor y la forma como se configura en Entre fantasmas de Fernando Vallejo, para ello se pone en diálogo con Asuntos de un hidalgo disoluto de Héctor Abad Faciolince, Amirbar de Álvaro Mutis, Érase una vez el amor pero tuve que matarlo de Efraim Medina Reyes y Vida feliz de un joven llamado Esteban de Santiago Gamboa. El tercer capítulo analiza el modo como se presenta el fragmento en la novela Pavana del ángel de Roberto Burgos Cantor, novela que se inscribe en la tradición literaria de Colombia y, en particular, del Caribe colombiano. Dicha novela se pone en relación con la novela Opio en las nubes de Rafael Chaparro Madiedo y se relaciona también con la novela Los cuadernos de N. de Nicolás Suescún. Finalmente, en las conclusiones se busca fijar las líneas generales del camino que se ha seguido en esta investigación. / This research studies the romance on the end of the twentieth century in Colombia between 1990 and 2005 in a panoramic orientation. The analysis is approached from the point of view of writing and is made through the analysis of some novels of the period from the concepts of world, author and fragment. This research, also, is focused on the novels Rosario Tijeras by Jorge Franco, Entre fantamas by Fernando Vallejo and Pavana del angel by Roberto Burgos Cantor. On this way, the study presents three chapters; the introduction presents the purpose of the research and its explanation. The first chapter works with the concept of worldliness in the romance Rosario Tijeras by Jorge Franco, in a direct dialogue with the novel Después de todo by Piedad Bonnett and El anarquista jubilado by Roberto Rubiano. The second chapter attempts to define the concept of author and how it is configured in Entre fantasmas by Fernando Vallejo, for that purpose, it is brought into dialogue with Memorias de un hidalgo disoluto by Héctor Abad Faciolince, Amirbar by Alvaro Mutis, Érase una vez el amor pero tuve que matarlo by Efraim Medina Reyes and Vida feliz de un joven llamado Esteban by Santiago Gamboa. The third chapter discusses how the fragment is presented in Pavana del ángel by Roberto Burgos Cantor, a novel that is part of the literary tradition of Colombia and in particular, the Colombian Caribbean. This novel is set in relation to the novel Opio en las nubes by Rafael Chaparro Madiedo and also relates to the romance Los cuadernos de N., by Nicolás Suescún. The conclusion tries to define the way this research was developed.

Orientador: Jacks Jorge Junior / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-20T05:33:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_CamilaMariaBeder_D.pdf: 4195827 bytes, checksum: 1cddac40e2d935c7ef84711c5172f6f6 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: As lesões liquenóides orais (LLO), como líquen plano oral (LPO) e reação liquenóide oral por amálgama dental (RLO-AD), são doenças imunologicamente mediadas (DIM) com características histopatológicas semelhantes, porém com prognósticos distintos. As suas etiopatogenias têm sido relacionadas a polimorfismos gênicos e secreção citocinas de inflamatórias (CI), as quais são responsáveis pelas respostas imunológicas inadequadas, que causam danos estruturais à mucosa oral (MO) e estimulam o recrutamento de células inflamatórias. Assim, foi realizado um estudo em voluntários portadores de LLO (grupo-1, n=39), em voluntários saudáveis (grupo-2, n=39), e em cem amostras de DNA provenientes de voluntários saudáveis (grupo-3, n=100). A pesquisa teve como objetivos selecionar e diferenciar casos de LLO clássicas (LLO-c) por meio dos critérios de diagnósticos de LLO da Organização Mundial de Saúde (Cdx-LLO-OMS); determinar a hipossalivação nesses pacientes; analisar outros achados histopatológicos presentes nas LLO; quantificar linfócitos T (LT-CD3, LT-CD8), linfócitos B (LB), plasmócitos, mastócitos, imunomarcados contidos no infiltrado inflamatório subepitelial (IISE) nos casos de LLO a fim de avaliar as respostas Th1/2; e estimar a frequência dos polimorfismos dos genes Th1/2 envolvidos na síntese de CI através da reação em cadeia da polimerase (PCR) e polimorfismo no comprimento do fragmento de restrição (RFLP). De forma geral, pacientes do gênero feminino com idade média de 53,13 anos apresentaram maior frequência de LLO (p=0,06; OR:2,57). O infiltrado inflamatório perivascular profundo e a presença de folículos linfóides foram frequentes nas RLO-AD (p<0,001). A contagem de LB foi maior nas RLO-AD (p<0,05). A hipossalivação foi frequente em portadores de LLO (p<0,001;OR:19,72). Os alelos mutados IL4-590T,TNF-?-308A, e IL10592C foram freqüentes nos portadores de LLO (p<0,0001). Portadores de LPO apresentaram mais alelos mutados IL4-590T e IL10-592C (p<0,05). Concluiu-se, portanto que pacientes do gênero feminino com média de idade de 53 anos apresentam mais LLO. A hipossalivação foi associada à presença da lesão oral em portadores de LLO. As LLO estão associadas aos altos índices de células de reação inflamatória crônica e à expressão gênica das citocinas relacionadas às respostas Th1/2 / Abstract: Oral lichenoid lesions (OLL), such as oral lichen planus (OLP) and amalgam-associate oral lichenoid reaction (AAOLR) are immunologically mediated diseases (IMD) with similar histopathologic features but distinct prognoses. Their etiopathogenesis have been related to gene polymorphisms and inflammatory cytokine (IC) secretion, which are responsible for the inappropriate immune responses that cause structural damage to the oral mucosa (OM) and stimulate the recruitment of inflammatory cells. Therefore, this study was conducted in a group of volunteers with OLL (group-1, n=39), another group comprised of healthy volunteers (group-2, n=39), and a third group comprised of hundred DNA samples obtained from healthy volunteers (group-3, n = 100). The research aimed to select and differentiate classic cases of OLL by means of diagnostic criteria for OLL of the World Health Organization (WHO-OLL-CDx), to determine the hyposalivation in these patients, to analyze other histological findings features present in OLL; to evaluate the Th1/2 by means of quantification of inflammatory cells, T-lymphocytes (CD3-TL, CD8-TL), B lymphocytes (BL), plasma cells and mast cells immunostained contained in the subepithelial inflammatory infiltrate (SEII) on the slides of OLL, and estimate the frequency of polymorphisms of genes Th1/2 involved in the synthesis of IC by means of polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP). Overall, female patients with mean age of 53.13 years had a higher frequency of OLL (p = 0.06, OR: 2.57). The deep perivascular inflammatory infiltrate and lymphoid follicles were common in the AAOLR (p <0.001). The LB count was higher in AAOLR (p <0.05). The hyposalivation was common in patients with OLL (p <0.001, OR: 19.72). Mutated alleles of IL4-590T, TNF-?-308A and IL10-592C were frequent in patients with OLL (p <0.0001). Patients with OLP had more mutated alleles IL4 and IL10-590T-592C, when compared to AAOLR (p <0.05). Therefore it was concluded that female patients with a mean age of 53 have more OLL. Hyposalivation was associated with the presence of oral lesions in patients with OLL. The oral lichenoid lesions are associated with high rates of chronic inflammatory cell reaction and gene expression of cytokines related to Th1/2 response / Doutorado / Patologia / Doutor em Estomatopatologia

Orientador: Suzete Aparecida Lanza Destéfano / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T14:37:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tonin_MarianaFerreira_D.pdf: 2371085 bytes, checksum: d7c915d664efeec24397b855164c65b9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Espécies pertencentes ao gênero Xanthomonas são responsáveis por doenças que podem causar grandes perdas econômicas em diversas culturas. Esses fitopatógenos têm sido objeto de diversos estudos taxonômicos resultando em significativas alterações na classificação em nível inter e infraespecífico. O presente estudo teve por objetivo caracterizar taxonomicamente bactérias do gênero envolvendo: (1) diferenciação e análises filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas; (2) esclarecimento da posição taxonômica de linhagens classificadas como Xanthomonas sp.; (3) diferenciação de patovares da espécie X. campestris; (4) desenvolvimento de primers específicos para X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. O par de primers rpoB2F/rpoB3R, desenhado a partir de sequências do gene rpoB, foi empregado em experimentos de amplificas;ao utilizando-se DNAs de 26 espécies do gênero Xanthomonas e os produtos de amplificas;ao (800 pb) foram digeridos com diversas endonucleases. Os perfis de restrição obtidos com a utilização da enzima Hae III permitiram a diferenciação da maioria das espécies, incluindo os patógenos de mesmo hospedeiro como X. albilineans e X. sacchari (patogênicas à cana-de-açúcar); X. cucurbitae . e X. melonis (patogênicas ao melão); X. vesicatoria, X. gardneri e X. euvesicatoria/X. perforans (patogênicas ao tomateiro). Ainda, os produtos de amplificação do gene rpoB foram seqüenciados e a árvore filogenética construída a partir destas sequências também possibilitou a diferenciação das espécies do gênero, indicando que o gene rpoB pode ser considerado um marcador molecular eficiente para o estudo das relações filogenéticas de espécies do gênero Xanthomonas. Os DNAs de linhagens classificadas como Xanthomonas sp. também foram analisados por meio de experimentos de amplificação com primers específicos para a espécie X. axonopodis, de hibridizas;ao DNA-DNA, e analise de multilocus utilizando-se sequências dos genes rpoB, rpoA, atpA, recA e região espaçadora 16S-23S DNAr. Os resultados mostraram que as linhagens de X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae e X. sp. pv. paulliniae pertencem a espécie X. axonopodis, entretanto, não foi possível definir a posição taxonômica das linhagens de X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti e X. sp. pv. eucalypti, embora várias ferramentas tenham sido utilizadas. Assim, somente estudos complementares deverão ser conduzidos visando esclarecer a classificação dessas linhagens. Nesse estudo também foram analisadas as espécies X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae e X. melonis. Visando a diferenciação dos patovares da espécie X. campestris, os DNAs destas linhagens foram submetidos a experimentos de PCR-RFLP do gene rpoB e as digestões duplas utilizando-se Cfo I/Mbo I. Os resultados permitiram a diferenciação dos patovares X.c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae e X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Ainda, os dados obtidos nas amilises do gene rpoB permitiram o desenvolvimento de primers específicos para as espécies X. campestris, patogênicas as crucíferas (rpoB2F/xcamR) e X. translucens, patogênicas a gramíneas e cereais (trans1F/trans2R). Alem disso, amilises de sequências da região espaçadora 16S-23S DNAr possibilitaram o desenho do par de primers mecF/mecR, especifico para X. cucurbitae e X. melonis, espécies patogênicas ao melão. A especificidade destes primers foi confirmada em experimentos de amplificação utilizando-se DNAs de algumas bactérias de diferentes gêneros isoladas de mesma espécie de plantas hospedeiras. O nível de sensibilidade da técnica de PCR utilizando-se os primers desenvolvidos foi de 0,1 pg para rpoB/xcam, de 0,01 ng para trans1F/trans2R e de 1 pg para mecF/mecR / Abstract: Xanthomonas species are responsible for diseases causing economic losses in many crops. These phytopathogens have been subject of several taxonomic studies resulting in significant changes at interespecific or infraspecific level. This study aimed the taxonomic characterization of Xanthomonas species including: (1) differentiation and phylogenetic analysis of Xanthomonas species; (2) clarification of taxonomic position of strains classified as Xanthomonas sp.; (3) differentiation of the pathovars of X. campestris; ( 4) development of specific primers for X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis. The rpoB2F/rpoB3R primers, designed from rpoB gene sequences, were employed in amplification experiments using DNAs from 26 species of Xanthomonas genus and the products (800 bp) were digested with different restriction enzymes. Profiles using Hae III allowed to differentiate the most species of the genus, including pathogens the affect the same plant host as X. albilineans e X. sacchari (pathogenic to sugarcane); X. cucurbitae e X. melonis (pathogenic to melon); X. vesicatoria, X. gardneri and X. euvesicatoria/X. perforans (pathogenic to tomato). Amplification products of the rpoB gene were sequenced and the phylpgenetic tree constructed from these sequences also allowed the differentiation of the Xanthomonas species, indicating that the rpoB gene can be used as an efficient molecular marker for phylogenetic relationships studies within the Xanthomonas genus. DNA of the strains classified as Xanthomonas sp. were also analysed by the amplification experiments using specific primers for X. axonopodis species, DNA-DNA hybridization and multilocus sequence analysis of the genes rpoB, rpoA, atpA, recA and intergenic spacer region 16S-23S rDNA. Results showed that the strains of X. sp. pv. viticola, X. sp. pv. betae and X. sp. pv. paulliniae belong to X. axonopodis species, however, it was not possible to define the taxonomic position of X. sp. pv. arracaciae, X. sp. pv. esculenti and X. sp. pv. eucalypti, although different approaches have been used. Thus, further studies should be conducted in order to clarify their classification. In this study X. campestris, X. translucens, X. cucurbitae and X. melonis were also analyzed. In order to differentiate the pathovars of the X. campestris specie, the DNAs of these strains were submitted to PCR-RFLP analysis of the rpoB gene and the double digestions using Cfo I/Mbo I allowed the differentiation of the pathovars X. c. pv. raphani, X.c. pv. barbariae, X.c. pv. incanae, X.c. pv. armoraciae and X.c. pv. campestris/ X.c. pv. aberrans. Also, the data obtained in the rpoB gene analysis allowed the development of specific primers for the species X. campestris, pathogenic to crucifers (rpoB2F/xcamR) and X. translucens, pathogenic to grasses and cereals (trans1F/trans2R). Furthermore, intergenic spacer 16S-23S rDNA sequences analysis enabled the development of the mecF/mecR primers, specific for X cucurbitae and X melonis, both pathogenic to melon. The specificity of these primers was confirmed by amplification experiments using DNAs from bacteria belonging to different genera pathogenic to the same plant hosts. Sensitivity level of the PCR technique using the primers developed was 0,1 pg for rpoB/xcam, 0,01 ng for trans1F/trans2R and 1 pg for mecF/mecR / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Trombin är ett trypsinliknande serinproteas som har stor del i kroppens reglering av blodets fluiditet och koagulation genom att det klyver faktorer som slutligen leder till att blodet kan koagulera och fibrin bildas. Syftet med det här projektet har varit att syntetisera fragment som designats med datorgrafiska metoder på Astra Zeneca och sedan analysera fragmenten med affinitetskromatografi med trypsin immobiliserad på kiselgelspartiklar. I projektet har även ett nytt koncept prövats, nämligen att analysera reaktionsblandningarna direkt med hjälp av trypsinkolonnen utan att först isolera och rena föreningarna. De designade fragmenten har syntetiserats med standardmetoder, bl.a. har N,N’dicyklohexylkarbodiimid (DCC) använts. DCC är ett kopplingsreagens som kopplar ihop aminer med karboxylsyror genom skapande av en amidbindning, peptidbindning. Ibland då lite mer komplicerade peptider skall göras, kan aminoänden eller karboxyländen skyddas med en skyddsgrupp, för att dessa inte ska reagera under reaktionssteget och för att man ska få den peptiden man är ute efter. Vätskekromatografi-masspektrometri, LC-MS har använts för identifiering av reaktionblandningarna (substanserna). Resultaten visade att två av de framställda föreningarna retarderades på trypsinkolonnen, vilket innebär att de växelverkar med trypsin och att s.k. hits, träffar erhållits. Synteserna verkar ha gått bra, då LC-MS har visat att det är rätt produkt som finns i kolven. Projektet har visat att det går att designa fragment som man syntetiserar och sen analyserar med AFC-MS. AFC-MS har dessutom visat vara en lämplig metod för screening av svagt bindande fragment. / Through different, intricate mechanisms, the body regulates the coagulation and the fluidity of the blood. This is an important part of the hemostasis if for example bleeding occurs, or to provide the body with oxygen and nutrition. Thrombin is a trypsin like serine protease that plays an important role in this process since it is cleaving factors that eventually lead to coagulation of the blood and production of fibrin. The aim of this project has been to synthesize fragments that have been designed with computer graphical methods by Astra Zeneca and then to analyze the fragments with affinity chromatography that has trypsin immobilized on silica particles. The project also introduces a new concept i.e. to analyze reaction mixtures on the trypsin column without first isolating and purifying the compounds. The design fragments are synthesized by earlier reported standard methods. N, N'-dicyclohexylcarbodiimide (DCC) was used as coupling reagents to form amide or peptide bonds between carboxylic acids and amines. In some of the reactions the amino group or the carboxylic groups of the amino acid were protected, to prevent these from interfering in the reaction and avoid to formation of unwanted substances. After the reactions the protecting groups were removed in different ways. If it is attached to the amine as a Boc-group (the most common protecting group to protect amino groups) it would be removed with trifluoracetic acid, and if the carboxyl group was protected, the protecting group would be removed with catalytical hydrogenolysis, for example by adding sodium hydroxide. To analyze if the right product has been acquired, analyzes with liquid chromatography-masspectrometry has been performed. The results showed that two of the prepared fragments were retarded on the trypsin column meaning that they interact with trypsin i.e. hits were obtained. The results showed that the two fragments that were analyzed with the trypsin column did retard a bit, which implies that they interact with trypsin. The synthesis seems to have been successful since the liquid-chromatography has shown that the right product has been made. This project has proven that it is possible to design fragments with computer graphical methods before synthesizing and analyzing with AFC-MS. AFC-MS has also been shown to be a suitable method for screening of weak binding fragments.

Parmi les nombreux agents thérapeutiques utilisés en oncologie, le paclitaxel (Taxol®) est sans doute celui qui a suscité le plus d'intérêt. Il est utilisé en clinique pour le traitement des cancers de l'ovaire, du sein et des poumons. Il agit comme poison du fuseau mitotique en favorisant l'assemblage de la tubuline en microtubules et en stabilisant le polymère formé. Initialement extrait de l'if du Pacifique (Taxus Brevifolia) puis obtenu par hémisynthèse à partir de la 10-déacétylbaccatine III, il est aujourd'hui produit par un procédé biotechnologique de fermentation de cellules végétales. Le paclitaxel possède une structure chimique complexe basée sur un squelette tétracyclique taxane. Une approche visant à remplacer ce squelette taxane par une structure chimique plus simple a été entreprise afin d'identifier des mimes du paclitaxel. L'identification d'un fragment chimique (fragment based drug design) dérivé de la proline par une étude de modélisation moléculaire a permis de développer de nouvelles séries de mimes du paclitaxel. Parallèlement, le remplacement du squelette taxane par une matrice peptidique cyclique utilisant des dérivés de la proline a été réalisé. Les études de modélisation moléculaire, la synthèse des mimes du paclitaxel et leur évaluation biologique seront présentées. / Among the many therapeutic agents used in oncology, paclitaxel (Taxol®) is probably the one that generated the most interest. It is used clinically for the treatment of ovarian, breast and lung cancers and acts as a mitotic spindle poison by promoting the assembly of tubulin into microtubules and stabilizing the polymer formed. Initially extracted from the Pacific yew (Taxus Brevifolia) and obtained by semi-synthesis from 10-deacetylbaccatin III, it is now produced by a biotechnological process of cell plant fermentation. Paclitaxel has a complex chemical structure based on a tetracyclic taxane skeleton. A process to replace the taxane skeleton with a simpler chemical structure was undertaken to identify paclitaxel mimics. The identification of a chemical fragment (fragment based drug design) derived from proline by a molecular modeling study has led to the design of a new series of paclitaxel mimics. Meanwhile, replacing the taxane skeleton by a cyclic peptide scaffold using proline derivatives was performed. Molecular modeling studies, synthesis of paclitaxel mimics and biological evaluation will be presented.