Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

L'objectif de ce travail est la généralisation, dans le contexte des 1-motifs, des accouplements de hauteurs construits par B. Mazur et J. Tate sur les variétés abéliennes. Suite à leur approche, nous considérons de ρ-splittings de la biextension de Poincaré d’un 1-motif et nous demandons qu'ils soient compatibles avec la linéarisation canonique associée à la biextension. Nous établissons donc des résultats concernant l'existence de tels ρ-splittings. Quand ρ est non-ramifié, celle-ci est garanti si l'accouplement de monodromie du 1-motif pris en considération est non-dégénéré. Pour ρ ramifié, le ρ-splitting se construit à partir d'une paire de scindages des filtrations de Hodge des réalisations de de Rham du 1-motif et de son dual. Ceci généralise des résultats précédents de R. Coleman and Y. Zarhin pour les variétés abéliennes. Ces ρ-splittings sont ensuite utilisés pour définir un accouplement global entre les points rationnels d'un 1-motif et de son dual. Également, nous fournissons des accouplements locaux entre les zéro-cycles et les diviseurs sur une variété, qui est fait en appliquant les résultats précédents à ses 1-motifs de Picard et d’Albanese. / The purpose of this work is to generalize, in the context of 1-motives, the height pairings constructed by B. Mazur and J. Tate on abelian varieties. Following their approach, we consider ρ-splittings of the Poincaré biextension of a 1-motive and require that they be compatible with the canonical linearization associated to the biextension. We establish results concerning the existence of such ρ-splittings. When ρ is unramified this is guaranteed if the monodromy pairing of the 1-motive considered is non-degenerate. For ramified ρ, the ρ-splitting is constructed from a pair of splittings of the Hodge filtrations of the de Rham realizations of the 1-motive and its dual. This generalizes previous results by R. Coleman and Y. Zarhin for abelian varieties. These ρ-splittings are then used to define a global pairing between rational points of a 1-motive and its dual. We also provide local pairings between zero cycles and divisors on a variety, which is done by applying the previous results to its Picard and Albanese 1-motives.

Un grupo de científicos de China ha encontrado un nuevo gen en las bacterias gram negativas, el MCR-1. Este gen ha sido responsable de otorgarle resistencia a estas bacterias patógenas ante la colistina, el antibacteriano que los médicos emplean como última arma para combatir ciertas infecciones multi-resistentes. Con este gen, las superbacterias serán potencialmente epidémicas y las enfermedades que se creían controladas, como la neumonía, la tuberculosis y las infecciones del tracto urinario, podrían ser nuevamente letales. / A group of Chinese scientists have found a new gene in gram negative bacteria, the MCR-1. This gene has given pathogenic bacteria resistance to colistin, which is the antibacterial that medical doctors use as last line of defense against multi-drug resistant infections. Superbacteria with MCR-1 will be potentially epidemic, and diseases that were believed to be controlled such as pneumonia, tuberculosis and urinary tract infections could be lethal again.

The main goal of this thesis is to design a furniture piece for a public interior and produce a prototype in 1:1 scale, which should reveal the right approach to the design, setting of proportions, ergonomics, and use of proper materials in line with international safety standards. The first part of the work is based on the research of historical and modern trends in seating and upholstery, anthropology, and regulations concerning furniture making. The second part contains the design process, drafts and sketches, choice of materials, technical drawings and construction of the functional model itself, including the use of theoretical information obtained during the design process and previously summarized in the first part of the thesis.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-10-14T17:28:38Z No. of bitstreams: 1 Fernanda Khouri. Estudo in silico....pdf: 3863859 bytes, checksum: 34a7b6c0bc315b65207169652027de26 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-10-14T17:28:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Fernanda Khouri. Estudo in silico....pdf: 3863859 bytes, checksum: 34a7b6c0bc315b65207169652027de26 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O HTLV-1 foi o primeiro retrovírus descrito associado a doenças humanas, tais como leucemia de célula T do adulto (ATLL), paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV (TSP/HAM), dermatite infecciosa, entre outras. Esse retrovírus possui um genoma de RNA de fita simples, com os genes gag (grupo antigênico), env (envelope), pol (polimerase), e uma região próxima à extremidade 3' conhecida como pX. Em cada extremidade do genoma existem sequências de repetições terminais longas (LTR – long terminal repeat), que são essenciais na integração do DNA proviral ao DNA do hospedeiro, e também para a regulação transcricional do genoma do vírus. Estima-se que cerca de 5-10 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV-1 no mundo. No Brasil, presume-se que 2,5 milhões de pessoas estejam infectadas. Apesar da infecção pelo HTLV-1 ser endêmica em diferentes regiões geográficas do mundo, ainda permanece sem um método de profilaxia eficaz. Pesquisas realizadas em macacos-esquilos no Instituto Pasteur da França e no Instituto Nacional do Câncer nos EUA avaliaram a imunogenicidade e a eficácia de uma vacina contendo o gene env ou env e gag do HTLV-1. Após a vacinação e transfusão de células infectadas com o HTLV-1 todos os animais mostraram-se protegidos. Anteriormente a este estudo, pesquisadores do Instituto Nacional do Câncer, NIH-EUA, avaliaram a eficácia de um vetor vacinal derivado do vírus da varíola atenuado contendo o gene env do HTLV-1 (R-ALVAC), e após o desafio vacinal todos os animais mostraram-se protegidos. Porém, a proteção destes dois estudos não foi permanente. Entretanto, esses resultados sugerem que uma vacina anti-HTLV-1 pode ser viável e, acreditamos que a produção dessa vacina tendo como vetor um vírus persistente como o HTLV-2 pode proteger contra a infecção pelo HTLV-1. Assim, desenvolvemos em colaboração com o NIH, um vetor vacinal contendo as duas regiões LTR do HTLV-2, para serem inseridos os genes gag e env do HTLV-1 sob o controle da região 3’LTR deste vetor. Para a utilização desse vetor recombinante faz-se necessário caracterizar a região promotora do HTLV-2, avaliando assinaturas nucleotídicas presentes em diferentes subtipos, bem como a presença de motifs importantes para a expressão do vetor vacinal. Pelo exposto, o objetivo principal desse trabalho foi avaliar in silico a habilidade do vetor recombinante do HTLV-2 poder ser utilizado como vetor vacinal anti-HTLV-1. Nossos resultados revelaram que existem pequenas diferenças na região promotora dos subtipos HTLV-2a, HTLV-2b, HTLV-2c e HTLV-2d. Algumas alterações resultam em ganho ou perda de motifs importante para a regulação da transcrição gênica, como o motif E Box, presente nas sequências dos diferentes subtipos do HTLV-2 e ausente na região promotora do vetor. Entretanto, estudos sugerem que esse motif pode ser responsável pela repressão da transcrição gênica e, portanto, essa diferença encontrada entre o vetor recombinante do HTLV-2 e as diferentes sequências analisadas sugere que a transcrição gênica do vetor vacinal sem esse motif pode ser mais eficiente. Logo, o vetor recombinante do HTLV-2 pode ser utilizado como vetor vacinal anti-HTLV-1 em ensaios pré-clínicos. / The HTLV-1 was first described retroviruses associated with human diseases, such as leukemia adult T cell (ATLL), tropical spastic paraparesis / HTLV-associated myelopathy (TSP / HAM), infective dermatitis, among others. This retrovirus has a genome of single-stranded RNA, with the genes gag (group antigen), env (envelope), pol (polymerase), and a region near the 3 'end known as pX. At each end of the genome are sequences of long terminal repeat (LTR) that are essential for the integration of the proviral DNA in the host DNA and also for the transcriptional regulation of the virus genome. It is estimated that about 5-10 million people are infected with HTLV-1 worldwide. In Brazil, it is assumed that 2.5 million people are infected. Despite the HTLV-1 is endemic in different geographic regions of the world still remains without an effective method of prophylaxis. Research conducted in squirrel monkeys at the Pasteur Institute in France and the National Cancer Institute in the USA evaluated the immunogenicity and efficacy of a vaccine containing the env gene or env and gag of HTLV-1. After vaccination and transfusion of infected cells with HTLV-1 all animals were shown to be protected. Prior to this study, researchers from the National Cancer Institute, NIH, USA, evaluated the efficacy of a vector vaccine derived from attenuated smallpox virus containing the env gene of HTLV-1 (R-ALVAC) and after challenge all animals were shown to be protected. However, the protection of these two studies was not permanent. At the same time, these results suggest that a vaccine anti-HTLV-1 may be feasible and we believe that the production of this vaccine as a vector having one persistent virus as HTLV-2 can protect against HTLV-1 infection. Thus, we developed in collaboration with the NIH, a vector vaccine containing the two LTR of HTLV-2, that will be inserted the env and gag genes of HTLV-1. To use this recombinant vector is necessary characterize the promoter region of HTLV-2, evaluating nucleotide signatures present in different subtypes, as well as the presence of motifs important for the expression vector vaccine. For these reasons, the aim of this study was to evaluate in silico the ability of recombinant vector of HTLV-2 be able to be used as a vector vaccine anti-HTLV-1. Our results reveal that there are small differences in the promoter region of HTLV-2a, HTLV-2b, HTLV-2c and HTLV-2d. Some changes results in loss or gain of motifs important for regulation of gene transcription, such as the E box motif present in the sequences of the different subtypes of HTLV-2 and absent in the promoter region of the vector. However, studies suggest that this motif can be responsible for the repression of gene transcription, and therefore this difference found between the recombinant vector of HTLV-2 and different sequences suggested that the analyzed gene transcription vector vaccine without this motif can be more efficient . Therefore, the recombinant vector HTLV-2 can be used in preclinical trials as a vaccine vector for HTLV- 1.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-05-30T21:42:25Z No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-30T21:42:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aline Cristina Andrade M. EStudo molecular de proteínas estruturadas....pdf: 1507991 bytes, checksum: e5a153c8832e560bcf10d060a63bb47c (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O vírus linfotrópico de células T humanas tipo 1, HTLV-1, é conhecido, principalmente, por ser o agente etiológico de uma síndrome neurológica denominada TSP/HAM. Os fatores que definem a manifestação de doença ainda não foram completamente esclarecidos. As glicoproteínas do envelope são altamente conservadas entre os isolados do HTLV-1, no entanto, substituições nucleotídicas na região gênica que codifica para estas proteínas, podem influenciar tanto na infectividade viral como na replicação do vírus. A gp46 possui domínios funcionais já associados à inibição da formação do sincício, à transmissão célula-célula e à produção de anticorpos, enquanto que a gp21 apresenta domínios que permitem a fixação dela à membrana plasmática da célula hospedeira. O HBZ, por sua vez, é relacionado à regulação positiva de fatores de transcrição importantes para o ciclo celular, além de suprimir a transcrição viral mediada por TAX. Estudos recentes revelam correlação entre os níveis dos transcritos do HBZ e a severidade da manifestação da TSP/HAM. Pelo exposto, o objetivo principal do trabalho foi buscar possíveis biomarcadores virais nos diferentes perfis clínicos: assintomáticos e TSP/HAM definidos. Nossos resultados revelaram que a mediana da carga proviral dos indivíduos assintomáticos (ASS) (n = 5) e TSP/HAM (n = 5), foi semelhante (316.227 cópias/106 PBMC). Da caracterização da gp46, obtivemos 146 clones virais: 70 (ASS) e 76 (TSP/HAM). A caracterização molecular revelou uma diversidade genética de 0,4% e 0,6% nos indivíduos ASS e TSP/HAM, respectivamente. Identificamos 5 mutações com freqüência acima de 20% entre os clones de cada grupo. Apenas a mutação S35L foi exclusiva de clones do grupo ASS, três mutações (F14S, N42H, G72S) foram exclusivas de clones do grupo TSP/HAM e apenas uma mutação V247I foi encontrada em clones de ambos os grupos com diferença estatística (p = 0,0014). Apenas a mutação G72S está presente em um domínio funcional (53-75aa) previamente identificado. Tal domínio foi o segundo domínio mais divergente entre os indivíduos TSP/HAM, sendo o RBD o mais divergente em ambos os grupos. Análises físico-químicas revelaram que o alelo mutante para a posição 14 é mais hidrofílico e flexível, e menos antigênico, para as posições 42 e 247, respectivamente. Foi possível identificar 23 e 16 epítopos ligantes de alelos de HLA classe I e II, respectivamente nos domínios 175-209aa e 53-75aa, respectivamente. A análise de domínios potenciais revelou a presença dos mesmos sítios de modificação pós-traducional com diferentes freqüências entre os grupos. Identificamos a troca de estrutura em coil para folha beta na predição da estrutura secundária para as mutações S35L e G72S. Da caracterização molecular da gp21 dispomos apenas de 08 sequências, obtidas de PCR direto, de 4 de indivíduos ASS e 4 de indivíduos TSP/HAM. A análise molecular identificou apenas uma mutação (Y477H) em 7 seqüências. Da caracterização de 10 sequências, obtidas de PCR direto do HBZ, foi possível identificar duas mutações (S9P e T95I), em 100% das sequências, e uma terceira mutação R112C em 66,7% e 25% das sequências oriundas de indivíduos ASS (n = 6) e TSP/HAM (n = 4), respectivamente. A mutação R112C pode ser responsável pela mutação P34L na proteína p12 (ORF-1 de pX). 7 Concluímos, portanto, a observação de 5 mutações mais freqüentes, na gp46, e que estão associadas ao perfil de variação dentro de cada hospedeiro, já que, com exceção da mutação V247I, as demais mutações foram exclusivas de clones de um único hospedeiro. Uma única mutação foi encontrada na gp21 e em relação ao HBZ foi possível identificar 3 mutações sendo que nenhuma delas tinha sido descrita na literatura. Não foi possível associar nenhuma das mutações encontradas ao perfil clínico devido ao reduzido número de indivíduos incluídos no estudo. No entanto, sugerimos que novos estudos sejam conduzidos, para expandir o entendimento da diversidade molecular dessas proteínas, com o aumento no número de indivíduos avaliados, e sobretudo porque acreditamos no potencial destas mutações sugerimos também a avaliação funcional delas.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T19:38:45Z No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T19:38:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joana Paixao Monteiro. Análise da variabilidade genética do vírus da....pdf: 5164575 bytes, checksum: de810e999facd7c4e9d33d14ad2ed0e3 (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O grupo M do HIV -1 envolve a maioria das infecções mundiais e é composto por nove subtipos, denominados de A-K. Esta intensa variabilidade genética reflete-se no surgimento partículas virais com diferentes comportamentos biológicos. Estes representam os principais obstáculos para a eficiência da resposta imune humana e para o desenvolvimento de vacinas e terapias universais. O estudo molecular e biológico do HIV pode contribuir para o melhor entendimento de suas propriedades, para a escolha adequada de estratégias terapêuticas e para a vigilância da epidemia de HIV / AIDS. O objetivo deste trabalho foi investigar o perfil epidemiológico e molecular do HIV - 1 no estado da Bahia. Para tanto, foram estudadas amostras de DNA provenientes de 261 indivíduos infectados pelo HIV, acompanhados em um hospital de Salvador, a capital do estado. Destas, 228 e 208 amostras foram analisadas através de HMA nos genes gag e env, respectivamente, e 175 foram caracterizadas em ambos os genes. Adicionalmente, 32 amostras de subtipos F e recombinantes BF foram seqüenciadas e analisadas através de métodos filogenéticos. Uma proporção significativa de resultados divergentes entre o HMA e as análises filogenéticas foi observada (84.4%). Os resultados combinados mostraram sete diferentes genótipos de HIV - 1: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) FIO, 1 (0.6%) BF/F e 18 (10.3%) BF/B. As seqüências recombinantes BF não foram relacionadas à Forma Recombinante Circulante (CRF) CRF12, enquanto apenas duas foram relacionadas à CRF28 e à CRF29. 19 variantes BF compartilharam o mesmo ponto de recombinação em gago Em adição, 7 recombinantes BF circulantes na região de Feira de Santana apresentando padrão similar de recombinação, mostraram-se filogeneticamente relacionados aos recombinantes encontrados em Salvador. Em conclusão, o subtipo B é o genótipo predominante, entretanto, a prevalência (13.1%) de variantes BF divergentes entre si e uma possível nova CRF sugerem que recombinação genética está ocorrendo :&eqüentemente nesta região do país. O uso da técnica de HMA não é apropriado em regiões onde diferentes subtipos estão co-circulando e onde a presença de vírus recombinantes é esperada. A epidemia de HIV / AIDS local caracteriza-se por um crescente número de casos entre mulheres e associada a transmissão por via heterossexual. Em particular, a epidemia de subtipo F na Bahia está relacionada aos indivíduos do sexo feminino e à via de transmissão heterossexual. A presença de um vírus recombinante FIO foi reportado pela primeira vez no Brasil. / The Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV -I) is characterized by high levels of genetic variability. The majority of the HIV-I infections worldwide is caused by group M strains, which have been c1assified into 9 different genetic subtypes (A-K). As a result ofthis great genetic variability, the virus is also characterized by a diversity of phenotypes, which represents a major obstac1e to the immune system function and to the long-term efficiency of antiretroviral therapy. Therefore, studies involving molecular and biological aspects of HIV-I can contribute to the understanding of its properties, the development of therapeutic and control strategies, and the monitoring of the HIV / AIDS epidemic. The aim of this study is to investigate the epidemiological and genetic variability of HIV -I in the Brazilian state of Bahia. DNA samples from 229 and 213 HIV-I-infected individuaIs followed at a hospital in Salvador, the capital of Bahia, were analyzed using the Heteroduplex Mobility Assay (HMA) in gag and env genes, respectively. Out of these, 175 samples were characterized in both genes. Thirty-two subtype F and BF recombinant viruses were sequenced and analyzed by phylogenetic methods. The combined data showed that seven different HIV -I genotypes comprised this sample: 147 (84%) B/B, 4 (2.3%) F/F, 3 (1.7%) B/F, 1 (0.6%) F/B, 1 (0.6%) F/D, I (0.6%) BF/F, and 18 (10.3%) BF/B. A significant divergence was observed between the HMA and the sequencing results (84.4%). This could be explained by the low accuracy of the HMA for detecting recombinant viruses. These variants were unrelated to CRFI2, while two sequences were related to CRF28 and CRF29. Nineteen BF mosaics shared the same gag breakpoint. In addition, 7 BF recombinants from the city Feira de Santana presenting the same recombination pattern were related to the variants found in Salvador in the phylogenetic analysis. In conc1usion, subtype B is the most common genotype, however, an increasing prevalence (13.1%) of different BF variants and a potentially new CRF suggest that recombination is occurring frequent1y in Bahia. The use of HMA may be inappropriate in regions where different subtypes are co-circulating. The local HIV / AIDS epidemic follows the national epidemiological trends being mainly associated with heterosexual transmission and with an increasing number of cases among women. The subtype F epidemic was associated with women infected heterosexually. Finally, this study identified the presence of an F /D recombinant HIV -I in Brazil.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-25T20:46:06Z No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-25T20:46:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Giselle Calasans Investigação de mutacçoes nos genes....pdf: 17299730 bytes, checksum: b9919577a31cf080e622e852dc432578 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O HIV-1 é o agente etiológico da AIDS. Sabe-se que fatores virais e do hospedeiro podem influenciar na susceptibilidade à infecção pelo vírus e na progressão para a AIDS. Em relação aos fatores intrínsecos ao hospedeiro, tem sido demonstrado que algumas alterações na CCR5 podem afetar sua ligação com a gp120 do HIV-1, influenciando na infecção pelo vírus. Além disso, a proteína Langerina, encontrada na superfície das Células de Langerhans (LCs), apresenta um papel importante em relação à infecção pelo HIV-1, por ter a capacidade de se ligar à gp120 viral através de seu Domínio de Reconhecimento de Carboidrato (CRD). Esta interação permite que as LCs internalizem o vírus em Grânulos de Birbeck, os quais degradam a partícula viral, inibindo a apresentação do HIV-1 para os linfócitos T. Desta forma, diferenças na função da langerina, devido a mutações no promotor do gene Langerina e na região codificante do CRD, por exemplo, podem influenciar a susceptibilidade à infecção pelo HIV-1. Sendo assim, o objetivo principal deste trabalho foi verificar a existência de mutações nas regiões do gene CCR5 que codificam para os domínios N e Cterminal da proteína, no promotor do gene da Langerina e na região codificante do CRD, bem como verificar a existência de possíveis associações entre as mutações encontradas e a infecção pelo HIV-1. Para tal, através de sequenciamento, foi analisado um total de 128 amostras de DNA de indivíduos infectados pelo HIV-1 de Feira de Santana, Bahia e 197 amostras de DNA de indivíduos não-infectados de Salvador, Bahia. Os possíveis sítios de ligação para fatores de transcrição da região promotora do gene da Langerina foram analisados pela ferramenta MatInspector implementada no software Genomatix. Análises físico-químicas, de domínios protéicos potenciais, de predição da estrutura proteica secundária e de modelagem tridimensional proteica foram também realizadas, utilizando diferentes ferramentas de bioinformática. Os estudos na região N-terminal da CCR5 revelaram a existência de uma mutação de sentido trocado no aminoácido 55 (p.L55Q) apenas em indivíduos não-infectados, com uma frequência do alelo mutante de 1,8%. Análises físico-químicas demonstraram que esta mutação aumentou a flexibilidade e a acessibilidade da CCR5 e a modelagem protéica demonstrou que a mutação levou a um pequeno desvio para a direita, bem como alterou levemente a carga eletrostática dessa região da proteína. Foi observada diferença estatisticamente significante entre as frequências alélicas (p=0,039) e genotípicas (p=0,038) da mutação p.L55Q quando os indivíduos infectados e não-infectados foram comparados. Os estudos na região C-terminal da CCR5 demonstraram a existência de três mutações silenciosas em indivíduos infectados pelo HIV- 1: c.3,765C>T, c.3,777A>T e c.3,831A>G. Em relação à análise da região promotora do gene da Langerina, foram observadas três mutações (-577T>C, -517T>C e -160T>C) que, segundo o MatInspector, criaram novos sítios de ligação para fatores de transcrição, tais como: NFAT5, HOXB9.01 e STAT6.01. Entretanto, comparando as frequências alélicas e genotípicas dessas mutações entre os indivíduos infectados e não-infectados, não foi observada diferença estatisticamente significante. Já as análises realizadas na região gênica que codifica o CRD da Langerina demonstraram a existência de três mutações: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) e c.983C>T (g.4770C>T) As análises físico-químicas revelaram que a mutação p.K313I aumentou a hidrofobicidade e as hélices transmembranares e diminuiu a hidrofilicidade, a acessibilidade e a antigenicidade da proteína. Entretanto, a presença do alelo mutante não alterou a predição da estrutura secundária da Langerina e não foi observada diferença estatisticamente significante nas frequências alélicas e genotípicas quando os dois grupos estudados foram comparados. Estes resultados sugerem que a mutação p.L55Q, encontrada no domínio N-terminal da CCR5, pode afetar a entrada do HIV-1 na célula. Foi possível, também, observar que as mutações encontradas no gene da Langerina não apresentam associação com a infecção pelo HIV-1. No entanto, é importante que novos estudos sejam realizados com o intuito de compreender melhor o verdadeiro papel da mutação p.L55Q na infecção pelo HIV-1, assim como, novas análises voltadas para a busca de variações no gene da Langerina também devam ser conduzidas, uma vez que este é o primeiro estudo que investiga mutações na Langerina em indivíduos infectados pelo HIV-1. / HIV-1 is the etiologic agent of AIDS. It has been demonstrated that the mechanisms underlying HIV-1 infection and pathogenesis require a combination of viral and host factors. Concerned to the host intrinsic factors, some mutations at CCR5 human gene can affect the interaction between CCR5 protein and HIV-1 gp120, influencing the virus infection. Besides, the Langerin protein, located exclusively on Langerhans cells surface, has an important role in HIV-1 infection due to its ability of binding to gp120 through its Carbohydrate Recognition Domain (CRD). This interaction ables HIV-1 internalization into Birbeck granules, which degrade the virus and prevent LC infection and viral dissemination. So, differences in Langerin function due to mutations at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, for example, might influence the susceptibility to HIV-1 infection. Thus, the main purpose of this study is to investigate the existence of mutations at the regions of CCR5 gene that encodes the N- and C-terminal protein domains and at promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene, and finally to stablish possible associations among the observed mutations and HIV-1 infection. Using DNA sequencing, it was studied a total of 128 DNA samples of HIV-1 infected individuals from Feira de Santana, Bahia and 197 DNA samples of HIV-1 non-infected individuals from Salvador, Bahia. The transcription factors binding sites were analyzed using the MatInspector tool implemented in the Genomatix software. Physico-chemical, potential protein domain, prediction of protein secondary structure and protein modeling analyses were also performed, using Bioinformatic tools. The studies into the N-terminal protein domain revealed a new missense mutation at aminoacid 55 (p.L55Q), only in HIV-1 non-infected individuals, with allelic frequency of 1.8%. Physico-chemical analysis revealed that this mutation magnified the flexibility and accessibility profiles and the modeling of CCR5 structures showed that this mutation resulted in a small deviation to the right, as well as, a hydrophobic to hydrophilic property alteration. When HIV-1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the p.L55Q mutation were statistically significant (p=0.039 and 0.038, respectively). Three novel silent mutations were found at encoding region of C-terminal protein domain in the HIV-1 infected individuals: c.3,765C>T, c.3,777A>T and c.3,831A>G. Concerned to the analyses at promoter Langerin region, the studies revealed three mutations: -577T>C, -517T>C and -160T>C. The search for possible transcription factors binding sites using MatInspector demonstrated that these promoter mutations created new binding sites to some transcription factors, such as NFAT5, HOXB9.01 and STAT6.01. However, when HIV- 1 infected and non-infected groups were compared, the allelic and genotypic frequencies of the analyzed promoter sites were not statistically significant. It was observed three mutations at Langerin gene region that encodes to the protein CRD: p.K313I (c.937T>A), c.941C>T (g.4728C>T) and c.983C>T (g.4770C>T). The physico-chemical analysis revealed that the p.K313I polymorphism magnified the hydropathy and transmembrane profiles and reduced the hydrophilicity, accessibility and anitigenicity profiles. However, this mutation did not modify the protein secondary structure prediction and when HIV-1 infected and non-infected individuals were compared, it was not observed a statistically significant difference in the allelic and genotypic frequencies from the p.K313I polymorphism. These results suggest that the p.L55Q mutation can affect HIV-1 infection through CCR5 entry. It was also observed that the mutations detected at the promoter and CRD encoding regions of the human Langerin gene are not associated with HIV-1 infection susceptibility. However, it is important to accomplish future studies in order to better understand the role of the p.L55Q mutation at HIV-1 infection, as well as, conduct new search for variations at Langerin gene that could influence HIV-1 infection, since this is the first study that analyzes mutations at promoter and encoding regions of Langerin gene in a HIV-1 infected population.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-10-29T14:14:27Z No. of bitstreams: 1 Marcus Vinícius Alves Lima. Avaliação... 2014.pdf: 2528971 bytes, checksum: 51729fd9ac67351143ca0f2de5f23517 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-29T14:14:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marcus Vinícius Alves Lima. Avaliação... 2014.pdf: 2528971 bytes, checksum: 51729fd9ac67351143ca0f2de5f23517 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O Brasil representa uma das áreas endêmicas para o vírus linfotrópico de células T humanas do tipo 1 (HTLV-1) e a cidade de Salvador, Bahia, possui a maior prevalência nacional da infecção por este retrovírus (1,8%), com cerca de 50.000 pessoas infectadas. O HTLV-1 foi o primeiro retrovírus humano descrito e está classicamente associado à leucemia/linfoma de células T do adulto (ATLL) e à mielopatia associada ao HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP). A HAM/TSP é uma doença inflamatória do sistema nervoso central, cujos mecanismos imunopatogênicos não estão completamente elucidados. O papel dos linfócitos T citotóxicos na patogênese desta doença ainda não está bem definido. Neste estudo, foram avaliados o fenótipo e a função de linfócitos T citotóxicos de pacientes infectados pelo HTLV-1 com HAM/TSP. Ensaios de imunofenotipagem por citometria de fluxo foram conduzidos para avaliar a proporção das subpopulações de memória dos linfócitos T citotóxicos e mensurar potencial citotóxico destas células. Foram analisados 13 indivíduos não infectados e 49 infectados pelo HTLV-1 (18 sem mielopatia - ASS, 6 diagnosticados como HAM/TSP provável - HAM-PB - e 25 como HAM/TSP definido - HAM-D). Os indivíduos infectados apresentaram aumento da proporção de linfócitos T citotóxicos e de suas subpopulações de memória efetora em detrimento das células naive e de memória central. Não foi observada diferença na distribuição das subpopulações de memória dos CTLs entre os indivíduos infectados pelo HTLV-1. A quantidade de CTLs com atividade de degranulação foi significativamente menor nos pacientes HAM-D em comparação aos indivíduos ASS. O grupo HAM-D também apresentou redução (50%) da produção de IFN-γ pelos CTLs em relação ao grupo ASS. O grupo HAM-PB apresentou resultados similares ao grupo ASS quanto à atividade de degranulação e produção de IFN-γ. Aumento da expressão de IL-15 em células mononucleares do sangue periférico e em células CD14+ foi observado em todos os grupos de pacientes infectados em comparação com os indivíduos soronegativos para o HTLV-1. Estes resultados sugerem que os pacientes infectados pelo HTLV-1 com HAM/TSP apresentam prejuízo da resposta imune celular, caracterizado pela diminuição da quantidade de linfócitos T CD8+ com atividade de degranulação. / Brazil represents one of the largest endemic areas for human T-lymphotropic virus cells type 1 (HTLV-1) infection and associated diseases. Salvador, Bahia, is considered as the Brazilian city with the highest national HTLV-1prevalence (around 1.8% in the general population). HTLV -1 was the first human retrovirus described and is classically associated with adult Tcell leukemia/lymphoma (ATLL) and HTLV-1 associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP). HAM/TSP is a chronic and progressive inflammatory disease of the central nervous system and your immunopathogenic mechanisms are not completely understood. The role of cytotoxic T-lymphocytes (CTLs) in the pathogenesis of this disease is still undefined. In this study we evaluated the phenotype and function of cytotoxic Tlymphocytes from HTLV-1-infected patients with HAM/TSP. Assays immunophenotyping by flow cytometry were conducted to assess the proportion of cytotoxic T-lymphocytes memory subsets and the cytotoxic potential of such cells. We analyzed 13 uninfected subjects (controls) and 49 HTLV-1-infected patients (18 without myelopathy (asymptomatic-ASS), 6 diagnosed as probable-HAM/TSP (HAM-PB) and 25 as defined-HAM/TSP (HAMD). Infected patients showed an increased proportion of cytotoxic T-lymphocytes and their subpopulations of effector memory cells at the expense of naive and central memory cells. The distribution of CTLs memory subsets resembled between HTLV-1-infected patients. The amount of CTLs with recent degranulation activity was significantly lower in HAM-D patients when compared to ASS group. The HAM-D group also showed IFN-γ production decrease (50%) by CTLs relative to the ASS group. The degranulation activity and IFN-γ production by cytotoxic T-lymphocytes were similar between the HAM-PB patients and ASS patients. Increased expression of IL-15 on peripheral blood mononuclear cells and CD14+cells was observed in all groups of infected patients when compared to not infected subjects. These results suggest that HTLV-1-infected individuals with HAM/TSP have cellular immune response impaired, characterized by decrease of CD8+ T-lymphocytes with degranulation activity.

Made available in DSpace on 2016-03-28T12:39:38Z (GMT). No. of bitstreams: 2 viviane_andrade_ioc_mest_2014.pdf: 2228142 bytes, checksum: da0fd6680c74fa05fb6671ad6d8bfc07 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016-01-13 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A infecção pelo herpes é causada pelo HSV-1, o qual representa o agente etiológico de uma das infecções mais prevalentes na população mundial. Indíviduos imunodeprimidos, como aqueles infectados pelo HIV-1, possuem maior susceptibilidade de contrair infecções oportunistas, como aquelas causadas por herpesvírus, enfatizando a necessidade de estudos mais profundos à cerca da co-infecção HIV-1/HSV-1. Estudos in vitro mostram que a infecção pelo HSV-1 pode modular a replicação do HIV-1 através de ativação transcricional. A partir do ano 2000, diversos estudos sobre fatores de restrição (FRs) à replicação do HIV-1 tem surgido. No entanto, o impacto do HSV-1 sobre os FR\2019s é desconhecido. Observamos um aumento na produção de HIV-1 na co-infecção com HSV-1. Este último vírus levou a redução nos níveis do FR IFITM3. Baseado nesse resultado, nós analisamos as mudanças na expressão de IFITM3 durante as primeiras 24 h de infecção por HSV-1. Durante as primeiras horas, os níveis de IFITM3 encontraram-se ligeiramente aumentados; no entanto, em fases tardias da infecção, seus níveis reduziram significativamente Em seguida, macrófagos infectados com HSV-1 foram tratados com Acyclovir ou IFN-2\03B1, a fim de monitorarmos o conteúdo de IFITM3. Nós observamos que a capacidade do HSV-1 de modular negativamente os níveis de IFITM3 foi prevenida em ambos os tratamentos, indicando que a replicação viral e a capacidade de induzir sinalização por IFN é crítica para produzir esse fenômeno. Diversas proteínas de fase tardia do HSV-1 prejudicam a sinalização por IFN, como a ICP34.5, Us3, Us11 e VHS. Realizamos então o knockdown desses transcritos e observamos que os dois últimos foram capazes de previnir a redução do conteúdo de IFITM3 induzida por HSV-1. Além disso, o aumentos da replicação do HIV-1 na co-infecção foi previnida pelos siRNAs para Us11 e VHS. Uma vez que a co-infecção HIV-1/HSV-1 é bastante comum e a presença desse tipo de co-infecção pode definer a progressão clínica para a AIDS, nosso trabalho fornece evidências adicionais relacionadas à imunopatogênese desses virus em co-infecções / Herpes infection is caused by HSV - 1 virus, which is one of the most prevalent infection worldwide . Immunocompromised individuals, such as those infected with HIV - 1 , have an increased susceptibility to contract opportunistic infection s , such as those caused by herpesvirus h ighlighting the necessity of more in - depth investigations on HIV - 1/HSV - 1 co - infections. In vitro studies have shown that HSV - 1 can mod ulate the replication of HIV - 1, mainly by means of transcriptional activation. S ince the 2000 ’s , several studies on restriction factors (RFs) to HIV - 1 replication have emerged . The impact of HSV - 1 on such RF is unknown . We observed an increase d HIV - 1 production during co - infection with HSV - 1. This last virus led to a reduction in the levels of the RF IFITM 3 . Based on that, we analyzed the changes in IFITM 3 levels over time, during the first 24 h of HSV - 1 infection. During the first hours , IFITM 3 levels were found slightly increased ; however, at late phase of infection, IFITM3 content decline d s ignificantly . Next , HSV - 1 - infected macrophages were treated with Acyclovir or IFN - 2α to monitor IFITM3 content. We observed that the ability of HSV - 1 to downregulate IFITM 3 was prevented by both treatments, meaning that viral replication and ability to overcome IFN signaling are critical to produce the observed phenomena. Several HSV - 1 late proteins impair IFN signaling, such as ICP34.5, Us3, US11, and VHS . W e performed knock down of th ese t ranscripts and observed that the last two prevented HSV - 1 - induced IFITM 3 reduction . Consistently, HSV - 1 - induced enhancement of HIV - 1 replication was prevented by the siRNA against US11 and VHS. Since HIV - 1/HSV - 1 co - infection is very common a nd the presence of co - infections such as this may dictate the clinical progression to AIDS, our work provides additional evidence on the immunopathogenesis of these viruses on co - infection s